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Linkage fine-mapping, GWAS and QTLs affecting morpho-agronomic traits of a common bean RIL population / Mapeamento fino, GWAS e QTLs relacionados a características morfo- agronômicas de uma população de RILs de feijão comum

Silva, Leonardo Corrêa da 20 July 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T15:39:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1009278 bytes, checksum: 0ca0f39af7e469a6dded1b9a46b70329 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T15:39:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1009278 bytes, checksum: 0ca0f39af7e469a6dded1b9a46b70329 (MD5) Previous issue date: 2017-07-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma das leguminosas mais cultivadas e consumidas em todo o mundo. É uma fonte relativamente barata de proteínas e nutrientes, firmando-se como um importante alimento na manutenção da segurança alimentar no planeta. Nesse sentido, o melhoramento genético é fundamental para a obtenção de cultivares mais produtivas, com arquitetura de plantas mais adequada aos sistemas de colheita, com ciclo compatível com às regiões de produção e de aspecto de grãos que atenda às exigências do mercado consumidor. Uma ferramenta auxiliar no melhoramento genético de plantas é a seleção assistida por marcadores moleculares do DNA. O mapeamento de ligação (Linkage Mapping, LM) é a abordagem mais comum no melhoramento para detectar marcadores moleculares associados a QTLs (Quantitative Trait Loci, ou locos controladores de características quantitativas). A abundância de marcadores no genoma das espécies fez do mapeamento de associação (Association Mapping, AM) uma nova estratégia pra detecção de QTLs. Uma importante metodologia do mapeamento de associação é o estudo de associação genômica ampla (Genome Wide Association Study, GWAS). Neste contexto, o Programa de Melhoramento do Feijoeiro da Universidade Federal de Viçosa (UFV) desenvolveu uma população formada por 376 RILs (Recombinant Inbred Lines, ou linhagens endogâmicas recombinantes) de feijão comum, obtidas do cruzamento entre Rudá e AND 277, para a obtenção de um mapa genético e detecção de QTLs relacionados a sete características morfo-agronômicas usando essas duas metodologias. Essa população foi denominada de RILs RA. Outro objetivo foi conhecer a função biológica destes QTLs pela sua localização em relação a genes candidatos com função biológicas que se relacionassem às características destes QTLs. A população foi genotipada com 3.098 marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo a partir de um único nucleotídeo) e fenotipada em campo para as características número de dias até o florescimento (DF) e até a maturação (DM), arquitetura de plantas (ARC), produtividade de grãos (YLD), grau de achatamento (SF) da semente, forma da semente (SS) e massa de cem grãos (SW). Pelo mapeamento de ligação (LM), foi obtido uma mapa genético com 1.962 SNPs e tamanho total de 1.065,48 cM. Também foram detectados 29 QTLs, para as sete características, distribuídos nos 11 cromossomos, que explicaram de 3,83 a 32,92% da variação fenotípica. Na anotação gênica, quatro sequências de SNPs identificados como ligados aos QTLs foram relacionados a 18 genes com função biológica conhecida. Pelo estudo de associação genômica ampla (GWAS), foram detectados 112 SNPs/QTLs em todos os cromossomos, com exceção dos cromossomos 06 e 07, relacionados a todas as características avaliadas. Alguns destes QTLs estavam posicionados próximos ou dentro de genes candidatos com função biológica que se relacionava com as características morfo-agronômicas avaliadas. Conclui-se que o tamanho da população de RILs RA (376 linhagens) permitiu a obtenção de um mapa genético com estimativas de frequência de recombinação acurada. O número de marcadores utilizados propiciou boa saturação em todos os cromossomos, o que permitiu a detecção de QTLs com mais eficiência e confiabilidade pelo mapeamento de ligação e pela GWAS. Os genes candidatos localizados nas regiões destes QTLs corroboram o potencial destes na seleção assistida por marcadores moleculares para as características morfo-agronômicas avaliadas. / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is one of the most cultivated and consumed legumes worldwide. It is a relatively inexpensive source of protein and nutrients, establishing itself as an important food in maintaining food security on the world. In this sense, genetic breeding is essential to obtain more productive cultivars, with plant architecture more adequate to the harvesting systems, with a cycle suitable to the regions of production, and grain type compatible with the requirements of the local market. An auxiliary tool in plant breeding is the DNA marker-assisted selection. Linkage mapping (LM) is the most common approach to detect molecular markers associated to quantitative trait loci (QTL). The abundance of molecular markers in the genome of the species made of association mapping (AM) a new methodology to QTLs detection. An important association mapping (AM) methodology is the genome wide association study (GWAS). In this context, the Common Bean Breeding Program of the Universidade Federal de Viçosa (UFV) developed a population consisting of 376 RILs, obtained from the crossing between Rudá and AND 277, to construct a genetic map and detect QTLs related to seven morpho-agronomic traits using these two methodologies. Another objective was to know the biological function of these QTLs by their location in relation to candidate genes with biological functions that related to the traits of these QTLs. The population was genotyped with 3,098 SNP (single nucleotide polymorphism) markers and phenotyped in the field conditions for the trais number of days to flowering (DF) and to maturity (DM), plant architecture (ARC), seed yield (YLD), degree of seed flatness (SF), seed shape (SS), and 100- seed weight (SW). A genetic map with 1,962 SNPs, spanning a total size of 1,065.48 cM, was obtained by linkage analysis. In addition, 29 QTLs were detected for the seven characteristics distributed on the 11 chromosomes, which explained from 3.83 to 32.92% of the phenotypic variation. In gene annotation, four sequences of SNPs identified as linked to QTLs were related to 18 genes with known biological function. 112 SNPs/QTLs related to the traits evaluated were detected in all chromosomes by genome wide association study (GWAS), except to chromosomes 06 and 07. Some of these QTLs were positioned near or within candidate genes with biological function that were related to the morpho-agronomic traits evaluated. It is concluded that the population size of RA RILs (376 lines) allowed to obtain a genetic map with accurate estimates of recombination frequency. The number of markers used in this study provided good saturation in all chromosomes, which allowed the efficiently and reliably QTL detection by linkage mapping and GWAS. The candidate genes located in the regions of these QTLs corroborate their potential in the marker-assisted selection for these seven morpho-agronomic traits.
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Diversidade genética, ganhos com seleção e seleção genômica ampla na espécie Coffea canephora / Genetic diversity, selection gains and genome wide selection in the Coffea canephora species

Alkimim, Emilly Ruas 31 July 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T16:24:47Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 962345 bytes, checksum: 5a6d6072db690a2bf84a5142262e8313 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T16:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 962345 bytes, checksum: 5a6d6072db690a2bf84a5142262e8313 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A presença de variabilidade genética associada a estratégias mais eficientes de seleção são imprescindíveis para se obter sucesso nos programas de melhoramento. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares em estudos de diversidade, bem como a seleção baseada em dados fenotípicos por meio do uso de procedimentos genético-estatísticos mais refinados têm se mostrado ferramentas úteis nos programas de melhoramento. Além disso, com o avanço das plataformas de NGS (Next Generation Sequencing), um novo método de seleção, que visa utilizar dados fenótipos e moleculares, denominado Seleção Genômica Ampla foi proposto. O objetivo do trabalho foi identificar marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e validá-los em estudos de diversidade genética; estimar os parâmetros genéticos e os ganhos com a seleção utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP); aplicar o princípio da GWS (Genome Wide Selection) e avaliar sua eficiência em população de C. canephora. A população em estudo, inicialmente, foi composta por 72 genótipos nos quais os marcadores SNP foram identificados e validados. A seleção fenotípica, por meio do procedimento REML/BLUP, foi realizada em 192 genótipos de cafeeiros. Por fim, a população avaliada por meio da GWS foi composta por 165 genótipos. Utilizando a plataforma de sequenciamento da empresa RAPiD Genomics foram identificados 117.450 SNP em 72 indivíduos de C. canephora. Após análises de qualidade, 33.485 SNP foram selecionados e validados em análises de diversidade e estrutura genética de populações. Os marcadores foram eficientes na avaliação da diversidade e estrutura genética de C. canephora e com base em nessas análises foi possível selecionar possíveis cruzamentos promissores dentro e entre os grupos varietais e Híbridos geneticamente mais distantes. Com base nas análises utilizando o método REML/BLUP foi possível selecionar genótipos Conilon e Robusta promissores por serem geneticamente divergentes pela análise de agrupamento e por proporcionarem ganhos elevados com a seleção. Estes podem ser intercruzados para obter cultivares dentro de cada grupo varietal e/ou como genitores em cruzamentos interpopulacionais. Além disso, foi possível selecionar famílias híbridas que se destacaram nas análises. Estas podem ser testadas em diferentes regiões e as promissoras utilizadas como variedade propagada por semente. As famílias híbridas selecionadas podem também ser intercruzadas (cruzamento intrapopulacional) para avanço da seleção recorrente. Por fim, a GWS mostrou-se ferramenta útil para o melhoramento de C. canephora, por predizer com alta acurácia os valores genéticos genômicos dos indivíduos e possibilitar a redução no tempo necessário para completar o ciclo de seleção, proporcionando ganhos significativos em eficiência seletiva por unidade de tempo. / The presence of genetic variability associated with more efficient selection strategies is essential for success in breeding programs. In this sense, the use of molecular markers in diversity studies, as well as selection based on phenotypic data through the use of more refined genetic-statistical procedures have been shown to be useful tools in breeding programs. In addition, with the advancement of NGS (Next Generation Sequencing) platforms, a new selection method, which aims to use phenotype and molecular data, called the Genome Wide Selection was proposed. The objective of this work was to identify SNP markers (Single Nucleotide Polymorphism) and to validate them in studies of genetic diversity; to estimate genetic parameters and selection gains using the mixed model methodology (REML/BLUP); to apply the principle of GWS (Genome Wide Selection) and to evaluate its efficiency in C. canephora population. The study population was initially composed of 72 genotypes in which the SNP markers were identified and validated. Phenotypic selection, using the REML/BLUP procedure, was performed on 192 coffee genotypes. Finally, the population evaluated through GWS consisted of 165 genotypes. Using the RAPiD Genomics company sequencing platform, 117,450 SNPs were identified in 72 C. canephora individuals. After quality analyzes, 33,485 SNPs were selected and validated in analyzes of diversity and genetic structure of populations. The markers were efficient in evaluating the genetic diversity and structure of C. canephora and based on these analyzes, it was possible to select possible promising crosses within and among the genetically distant varietal and hybrid groups. Based on the analyzes using the REML/BLUP method, it was possible to select promising Conilon and Robusta genotypes because they are genetically divergent by cluster analysis and because they provide high gains with selection. These can be cross-linked to obtain cultivars within each varietal group and/or as parents at interpopulation crossings. In addition, it was possible to select hybrid families that stood out in the analyzes. These can be tested in different regions and the promising ones used as seed propagated variety. Selected hybrid families can also be cross-linked (intrapopulation cross) to advance recurrent selection. Finally, the GWS proved to be a useful tool for the improvement of C. canephora, by accurately predicting the genomic genetic values of the individuals and allowing the reduction in the time needed to complete the selection cycle, providing significant gains in selective efficiency by unit of time.
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Otimização de protocolo para obtenção de cromossomos metafásicos de alta qualidade citogenética em meristemas radiculares de milho (Zea mays) / Optimization of protocol for obtaining high cytogenetic metaphase chromosomes in corn root meristems (Zea mays)

Miranda, Daniel Pereira 31 March 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T11:09:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2302689 bytes, checksum: 07773e2aaee1b899425e53723d84faa0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-16T11:09:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2302689 bytes, checksum: 07773e2aaee1b899425e53723d84faa0 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O milho (Zea mays) é considerado uma espécie modelo nos estudos citogenéticos de plantas. Contudo, existem dificuldades em se obter cromossomos metafásicos de qualidade e em quantidade. A sincronização celular com hidroxiureia (HU) seguida da utilização de agentes bloqueadores do ciclo celular sob pressão negativa de vácuo podem ser eficazes para alcançar um alto índice metafásico. Além disso, diferenciar metáfases com cromossomos bloqueados dos não bloqueados é uma prática essencial para se obter cromossomos com morfologia delimitada para a montagem do cariograma. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver um protocolo para obtenção de alto índice metafásico apresentando cromossomos bem distendidos e de qualidade citogenética em quantidades suficientes para serem disponibilizados em aplicações que envolvam técnicas moleculares e genômicas em Zea mays. As raízes de milho foram tratadas no experimento I sem sincronização celular, que consistiu de 4 tratamentos: T1: sem APM e sem pressão negativa de vácuo; T2: sem APM com pressão negativa de vácuo (-570 mmHg); T3: com APM e com pressão negativa de vácuo e T4: com APM sem pressão negativa de vácuo. Os períodos de tempo de cada tratamento foram: 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36 e 40 min. As raízes foram tratadas com Feulgen e em seguida realizou-se a digestão enzimática, esmagamento celular e análise de imagens do material sobre a lâmina. Os experimentos II e III consistiram de células sincronizadas com ação da HU. Após as análises das contagens de células do experimento I, os tempos de 32 minutos com APM com vácuo e 40 minutos com APM sem vácuo foram selecionados para dar continuidade conforme seus os índices mitóticos e metafásicos. Os experimentos II e III consistiram no tempo de recuperação das raízes, porém com a utilização de 1,75mM de HU. Os tempos de recuperação variaram em períodos de 30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270 e 300 minutos com 3 raízes retiradas a cada intervalo de tempo. Os procedimentos de fixação, visualização do DNA, digestão enzimática e esmagamento, captura e análise das imagens seguiram os mesmos passos do experimento I. As raízes absorveram APM suficiente para bloquear o ciclo celular no período de tempo máximo de 40 minutos. Após a sincronização do ciclo celular, a porcentagem média de metáfases aumentou principalmente no tratamento T1 (32 min. com APM e vácuo) do experimento II após 4 horas de recuperação com 33,15 % de metáfases. Foi possível discriminar metáfases bloqueadas das não bloqueadas, com base na morfologia dos cromossomos, constrições bem visíveis e níveis de compactação cromossômica. A pressão negativa de vácuo permitiu obter metáfases em quantidade e qualidade suficientes para serem aplicados em técnicas de bandeamento, análises genômicas e citomoleculares. / Corn (Zea mays) is considered a model species in cytogenetic studies of plants. However, there are difficulties in obtaining metaphasic chromosomes of quality and quantity. The cell synchronization with hydroxyurea (HU) followed using cell cycle blocking agents under negative vacuum pressure may be effective to achieve a high metaphase index. In addition, differentiating metaphases with blocked chromosomes from unlocked chromosomes is an essential practice for obtaining chromosomes with delimited morphology for a cariogram montage. The objective of the present work was to develop a protocol to obtain a high metaphase index presenting well distended and cytogenetic chromosomes in sufficient quantity to be available in applications that involve molecular and genomic techniques in Zea mays. The maize roots were treated without experiment I without cell synchronization, which consisted of 4 treatments: T1: without APM and without negative vacuum pressure; T2: no APM with negative vacuum pressure (-570 mmHg); T3: with APM and with vacuum negative pressure and T4: with APM without negative vacuum pressure. The time periods of each treatment were: 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36 and 40 min. The roots were treated with Feulgen and instead enzymatic digestion, cellular crushing and image analysis of the material on a slide were performed. Experiments II and III consisted of cells synchronized with HU action. After analysis of the cell counts of experiment I, the 32 minute times with APM with vacuum and 40 minutes with APM without vacuum were selected to give continuity according to their mitotic and metaphase indices. Experiments II and III consisted in root recovery time, but with a use of 1.75 mM of HU. The recovery times varied in periods of 30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270 and 300 minutes with 3 roots removed at each time interval. The procedures of fixation, DNA visualization, enzymatic digestion and crushing, capture and analysis of the images were the same as the synchronization. The roots absorbed sufficient APM to block the cell cycle in the maximum time period of 40 minutes After a cell cycle synchronization, a mean percentage of metaphases increased without T1 treatment (32 min with APM and vacuum) from experiment II after 4 hours of recovery with 33.15% of metaphases. It was possible to discriminate blocked metaphases from unlocked ones, based on chromosome morphology, conspicuous constrictions and levels of chromosome compaction. Negative vacuum pressure allowed to obtain metaphases in sufficient quantity and quality to be applied in banding techniques, genomic and cytomological analyzes.
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Associação genômica para resistência de soja à pústula-bacteriana / Genome-wide association study of resistance to bacterial-pustule in soybean

Barbosa, Rosângela Maria 29 August 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-04-11T18:56:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 956880 bytes, checksum: 9c1c12f9f76e60035b27129c264ec216 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-11T18:56:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 956880 bytes, checksum: 9c1c12f9f76e60035b27129c264ec216 (MD5) Previous issue date: 2017-08-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A pústula-bacteriana em soja é causada pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Esta doença teve aumento expressivo em sua agressividade nos cultivares de soja nas últimas safras. O principal método de controle da pústula-bacteriana é o uso de cultivares resistentes. A identificação de fontes de resistência à pústula-bacteriana é um desafio para os melhoristas, uma vez que existem várias estirpes da fitobactéria e interação genótipos x estirpes para a resistência ao patógeno. O que pode ser resolvido com o auxílio de marcadores moleculares SNPs via análise de associação genômica ampla. Diante disso, objetivou-se caracterizar fenotipicamente 118 genótipos de soja quanto à resistência a X. axonopodis pv. glycines; identificar marcadores moleculares do tipo SNPs ligados a genes responsáveis pela resistência à pústula-bacteriana e identificar cultivares de soja portadores de alelos de resistência à pústula bacteriana. Foram inoculados 118 genótipos de soja com os isolados XAG2440 p e XAG2447. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizados, com sete repetições. A parcela experimental foi um pote plástico de 200 ml de volume com uma planta. A severidade da doença foi avaliada 15 dias após a inoculação com uma escala de notas de severidade de pústula bacteriana de 1 a 5, em que 1= a ausência de pústulas e 5= maior severidade de pústula bacteriana. O agrupamento das médias de severidade da doença dos genótipos pelo teste de Skott-Knott permitiu a formação de cinco grupos de genótipos quando se usou a estirpe XAG2440 p e três grupos com a estirpe XAG2447.O genótipo CD244RR foi resistente a ambas as estirpes. Já o genótipo TMG 7161RR foi o primeiro a apresentar sintomas de pústula bacteriana, mostrando-se altamente suscetível à ação de ambas as estirpes. Foram identificados onze potenciais marcadores SNPs em cinco cromossomos associados com a resistência à pústula-bacteriana causada pela estirpe XAG2440 p . O marcador Gm03_46214163_C_T é o mais fortemente associado com a resistência à pústula-bacteriana causada pela estirpe XAG2440 p e está localizado no cromossomo 3. Para a estirpe XAG2447 foram identificados cinco potenciais marcadores SNPs em três cromossomos. O marcador Gm17_7280661_C_T localizado no cromossomo 17 é o marcador mais fortemente associado à resistência à pústula- bacteriana causada pela estirpe XAG2447. Com base nos marcadores recomendamos fvcruzamentos envolvendo as cultivares CD244RR, CD243RR, CD5969, FUNDACEP55RR e FUNDACEP58RR para obter genótipos portadores de todos os alelos de resistência à estirpe XAG2440 p . Esses marcadores, depois de validados, poderão ser utilizados para seleção assistida por marcadores, de forma a aumentar a frequência de alelos de resistência à ação das estirpes XAG2440 p e XAG2447. / Bacterial pustule in soybean is caused by the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. glycines. This disease had an expressive increase in its aggressiveness in soybean cultivars in the last harvests. The main method control of bacterial pustule is the use of resistant cultivars. The identification of sources of resistance to bacterial pustule is a challenge for breeders as there are several strains of this phytobacteria and interaction genotypes x strains for resistance to the pathogen. What can be solved with the identification of molecular markers SNPs with Genome-wide association studies. On this, the objective of this study was to characterize phenotypically 118 soybean genotypes for resistance to X. axonopodis pv. glycines; to identify molecular markers of the SNPs type linked to genes responsible for resistance to bacterial pustule and to identify soybean cultivars carrying resistance alleles to bacterial pustule. 118 soybean genotypes were inoculated with the isolates XAG2440p and XAG2447. The experimental design was the completely randomized with seven replications. The experimental plot was a plastic pot of 200 ml volume with a plant per pot. After 15 days of inoculation plants were examined for lesions characteristic of bacterial pustule with a scale of bacterial pustule severity scores from 1 to 5, where 1 = absence of pustules and 5 = greater severity of bacterial pustule. The clustering of disease severity averages of the genotypes by the Skott-Knott test allowed the formation of five genotype groups when using the strain XAG2440p and three groups with the strain XAG2447. The genotype CD244RR was resistant to both strains. The genotype TMG 7161RR was the first to present symptoms of bacterial pustule, being highly susceptible to the action of both strains. Eleven potential SNPs markers were identified on five chromosomes associated with resistance to bacterial pustule caused by strain XAG2440p. The marker Gm03_46214163_C_T is most strongly associated with resistance to bacterial pustule caused by strain XAG2440p and is located on chromosome 3. For the strain XAG2447 were identified five potential SNPs markers on three chromosomes. The marker Gm17_7280661_C_T located on chromosome 17 is the marker most strongly associated with resistance to bacterial pustule caused by strain XAG2447. Based on the markers we recommend crosses involving the cultivars CD244RR, CD243RR, CD5969, FUNDACEP55RR and FUNDACEP58RR to obtain genotypes carrying all the strain resistance alleles XAG2440p. These markers, once validated, may be used for marker- assisted selection in order to increase the frequency of resistance alleles to strains XAG2440p and XAG2447.
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Preferência do pulgão-preto por feijão-de-corda coletado em estados do Nordeste brasileiro / Preference of the black aphid for cowpea collected in states of northeastern Brazil

Nere, Daniel Rodrigues January 2016 (has links)
NERE, Daniel Rodrigues. Preferência do pulgão-preto por feijão-de-corda coletado em estados do Nordeste brasileiro. 2016. 51 f. Dissertação (Mestrado em Fitotecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2016-08-26T14:40:54Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_drnere.pdf: 3432554 bytes, checksum: dedbeba2f45e7c305f52da2eda42b9a5 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-26T18:27:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_drnere.pdf: 3432554 bytes, checksum: dedbeba2f45e7c305f52da2eda42b9a5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-26T18:27:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_drnere.pdf: 3432554 bytes, checksum: dedbeba2f45e7c305f52da2eda42b9a5 (MD5) Previous issue date: 2016 / The black aphid stands out as one of the most important pests of cowpea, as it causes direct and indirect damages to the plant. A measure of efficient control and easy to use by producers is resistant varieties, which have the ability to reduce infestation or damage caused by this insect. In this sense, this work had the purpose of seeking new sources of cowpea genotypes resistant to black aphid, preserved by farmers, in two distinct regions of the State of Ceará (Cariri and Curu Valley) and landraces collected sparsely in some states of the Northeast. The experiment was conducted in a greenhouse in the UFC-Fortaleza and IFCE - Umirim with a randomized complete block design with four replications, testing seventy-one genotypes distributed in three tests according to the collection area. For comparison, in each assay, were used four genotypes with known resistance. To evaluate the resistance of genotypes, we used the following variables: number of live adults, number of live nymphs and the effective resistance. The results indicated 10 highly resistant genotypes: Rabo-de-tatu (CCE-115), Corujinha (CCE-055), Leandro-do-monte (CCE-112), Paulistinha (CCE-068) Branco-do-marinheiro (CCE-078), Costela-de-vaca (CCE-046), Recife-marrom (CCE-094) Rabo-de-peba (CCE-118), Moitinha (CCE-077) and Passo II (SCC-091), which represent a source resistance to black aphid and may be used in genetic improvement of the cowpea around the world, through backcrossing. Finally, it was found that in all regions studied, there was found cowpea genotypes resistant to Aphis craccivora and, independent of the area, where they were collected, it was found genetic diversity. The mechanisms involved in genotypes resistance to adult aphids may possible be antibiosis and / or antixenosis and for nymphs the results indicate antibiosis. / O pulgão-preto destaca-se como uma das mais importantes pragas do feijão-de-corda, por causar danos diretos e indiretos às plantas. Uma medida de controle eficiente e de fácil emprego pelo produtor é a utilização de variedades resistentes, que têm a possibilidade de reduzir a infestação ou os danos causados por este inseto. Nesse sentido, esta pesquisa objetiva-se buscar novas fontes de resistência ao pulgão-preto e inferir que mecanismos de resistência poderiam estar envolvidos, em genótipos de feijão-de-corda preservados por agricultores, de duas regiões distintas do Estado do Ceará (região do Cariri e Vale do Curu) e em materiais coletados, dispersamente, por alguns estados do Nordeste. O experimento foi conduzido em telado na UFC-Fortaleza e no IFCE – Umirim, com delineamento em blocos ao acaso, com quatro repetições e setenta e um tratamentos, distribuídos em três ensaios, conforme a região de coleta. Para efeito de comparação, em cada ensaio, foram testados quatro genótipos padrões, com resistência conhecida. Para avaliar a resistência dos genótipos, as seguintes variáveis foram usadas: número de adultos vivos, número de ninfas vivas e Resistencia efetiva. Os resultados indicaram 10 genótipos altamente resistentes, – Rabo-de-tatu (CCE-115), Corujinha (CCE-055), Leandro-do-monte (CCE-112), Paulistinha (CCE-068), Branco-do-marinheiro (CCE-078), Costela-de-vaca (CCE-046), Recife-marrom (CCE-094), Rabo-de-peba (CCE-118), Moitinha (CCE-077) e Passo II (CCE-091), e que representam fonte de resistência ao pulgão-preto e podem ser utilizados para melhoramento genético do feijão-de-corda, em todo o mundo, através de retrocruzamentos. Ao final, verificou-se que, em todas as regiões estudadas, foram encontrados genótipos de feijão-de-corda resistentes ao Aphis craccivora e que, independentemente das regiões de coleta, existe diversidade genética. Os prováveis mecanismos de resistência envolvidos são antibiose e/ou antixenose para adultos e antibiose para ninfas.
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Evolução dos cultivares de feijão carioca recomendados no Brasil / Evolution of carioca common bean cultivars recommended in Brazil

Barili, Leiri Daiane 16 July 2015 (has links)
Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-03T12:15:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 594381 bytes, checksum: 78003bc43c8f85c2a92e37c856c8f191 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-03T12:15:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 594381 bytes, checksum: 78003bc43c8f85c2a92e37c856c8f191 (MD5) Previous issue date: 2015-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os objetivos deste estudo foram obter estimativas do progresso genético para produtividade de grãos e outras características agronômicas, bem como, os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade fenotípica em cultivares de feijão do tipo carioca recomendados no Brasil entre os anos de 1970 e 2013. Os experimentos foram conduzidos nos municípios de Viçosa/MG e Coimbra/MG nas safras da seca e de inverno de 2013. Foram avaliados 40 cultivares de feijão carioca recomendados pelos principais programas de melhoramento do Brasil entre 1970 a 2013. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, com três repetições. As características avaliadas para o estudo do progresso genético foram: produtividade de grãos (Prod); aspecto de grãos (AG); arquitetura de planta (Arq); número de vagens por planta (NVP); número de grãos por vagem (NGV) e massa de 1000 grãos (MMG). Para o estudo de adaptabilidade e estabilidade fenotípica, foi utilizada apenas a característica produtividade de grãos. O progresso genético foi estimado com base nas médias das características por meio da análise de regressão bissegmentada. As estimativas dos parâmetros de adaptabilidade e estabilidade foram obtidas por meio da metodologia de Eberhart e Russell (1966). As médias das caraterísticas foram agrupadas pelo método de agrupamento de Scott e Knott (1974). Observou-se expressivo progresso genético dos programas de melhoramento de feijão carioca para a produtividade de grãos, e esse progresso passou a ser significativo a partir de 1990, com um ganho de 68,15 kg ha -1 ou 6,74% ao ano. Melhorias também foram observadas no aspecto de grãos (1,36% ao ano), no número de vagens por planta vii(5,62% ao ano), no número de grãos por vagem (4,59 % ao ano) e na massa de mil grãos (2,08% ao ano). Embora tenham sido recomendadas algumas cultivares de feijão carioca de arquitetura ereta, não foi observado progresso genético significativo proporcionado pelo melhoramento genético de feijão no Brasil para esta característica. Além disso, com a análise de adaptabilidade e estabilidade foi possível verificar, que os cultivares recomendados após 2005 foram as que apresentaram o fenótipo proposto por Eberhart e Russell, ou seja, alta produtividade de grãos, ampla adaptabilidade e alta previsibilidade de comportamento. Palavras-Chave - Phaseolus vulgaris L.; interação genótipos x ambientes; ganho genético; regressão bissegmentada, componentes do rendimento. / We aimed to estimate genetic progress for grain yield and other agronomic traits, as well as the adaptability and stability parameters using carioca beans cultivars recommended in the Brazil between 1970 and 2013. The experiments were carried out in the cities of Viçosa/MG and Coimbra/MG at crops seasons of drought and winter of 2013. Forty cultivars recommended by the main breeding programs in Brazil were evaluated by using randomized block design with three replications. The evaluated traits for the study of genetic progress were: grain yield (Prod.); grain aspect (AG); plant architecture (Arq), number of pods per plant (NVP); number of seeds per pod (NGV) and 1000-seeds weight (MMG). To study the stability and adaptability was considered only the characteristic grain yield using the Eberhart and Russell method. The genetic progress was estimated for all traits based on the average over the year using the bi-segmented regression analysis. Being the means grouped by Scott and Knott method. Significant genetic progress in carioca cultivars beans was observed to the trait grain yield, and this progress became significant from the year 1990, with an increase of 68.15 kg ha -1 or 6.74 % per year. Improvements were also seen in the other traits (0.29 or 5.62% per year for number of pods per plant, 0.09 or 4.59% per year for number of grains per pod, 2.95 or 2, 08% per year for thousand grain weight and -0.07 or 1.36% per year for grain aspect). Although erect cultivars have been recommended, significant genetic progress was not observed for this trait. The cultivars indicated after 2005 showed the genotypic suggested by Eberhart and Russell, i.e. jointly submitted high grain yield, wide adaptability and high predictability of behavior. ixKeywords - Phaseolus vulgaris L.; interaction GxE; genetic gain; bi-segmented regression; yield components.
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Pré-melhoramento genético do capim-elefante para a produção de bioenergia / Pre-breeding of elephant grass for bioenergy production

Rocha, João Romero do Amaral Santos de Carvalho 13 July 2015 (has links)
Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-07T14:40:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T14:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) Previous issue date: 2015-07-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho foi realizado com os objetivos de quantificar a diversidade genética entre acessos de Capim-elefante do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa (BAGCE), por meio de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, e avaliar a aptidão dos grupos Cameroon e Napier, visando pré-melhoramento genético do capim- elefante para a produção de bioenergia via combustão direta da biomassa. Utilizou-se da metodologia de modelos mistos para estimar os valores genotípicos de 100 acessos do BAGCE com base em caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, bem como avaliar a aptidão dos grupos Napier e Cameroon. Os grupos de dissimilaridade genética foram obtidos pelo método de Tocher a partir da matriz de dissimilaridade genética, obtida pela distância euclidiana média padronizada. Para quantificar a importância relativa dos caracteres para a diversidade genética, utilizou-se o método de Singh. Para a visualização da diversidade genética dentro dos grupos de dissimilaridade, utilizou-se o método hierárquico do vizinho mais próximo. Análises de correlações canônicas foram realizadas entre os grupos de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa para os grupos Napier e Cameroon. Complementarmente, utilizou-se a análise de trilha tendo-se como variável principal o poder calorífico (POC). Verificou-se que os acessos do BAGCE apresentaram maior variabilidade genética quanto aos caracteres de qualidade da biomassa em relação aos morfo-agronômicos. Os 100 acessos do BAGCE foram divididos em seis grupos de dissimilaridade genética, com potencial de uso na produção de etanol de segunda geração e combustão direta da biomassa. O grupo Cameroon apresenta em média aproveitamento térmico pela combustão da biomassa superior ao grupo Napier e, portanto, possui maior aptidão para a cogeração de energia. Para o grupo Napier o primeiro par canônico indicou que acréscimo no diâmetro do colmo (DC) resulta em redução da porcentagem de biomassa seca (%BS) e do teor de cinzas (CZ) e proporcionam incrementos no caractere POC. O segundo par canônico indica que os acessos do grupo Napier com florescimento (FLOR) mais tardio e com maior altura de plantas (ALT) são os que apresentam vimenores teores de lignina (LIG) e nitrogênio (NIT). Enquanto o terceiro par canônico sugere que plantas com o FLOR mais tardio são as que proporcionam maiores teores de CZ e menores POC. Quanto à interpretação do primeiro par canônico para os acessos do grupo Cameroon pode-se afirmar que plantas com maior ALT e maior DC apresentam menores teores de CZ e maiores valores de POC, assim como menores conteúdos de celulose/lignina (C/L). No grupo Napier, destacaram-se os caracteres DC, LIG e CZ, enquanto, no grupo Cameroon, as características ALT, DC, C/L LIG, fibra em detergente neutro (FDN) e CZ foram as principais determinantes do POC. Este trabalho é pioneiro na quantificação da diversidade genética, visando utilização do capim- elefante como insumo bioenergético e reforça a importância de ações de pré- melhoramento para elevar a cultura do capim-elefante a um patamar de destaque na diversificação sustentável da matriz energética brasileira. / This work was carried out to quantify the genetic diversity of Embrapa’s Active Germplasm Bank of Elephant grass (BAGCE), through morphoagronomic and biomass quality traits and assess the suitability of Cameroon and Napier groups, aiming pre- breeding of elephant grass for bioenergy production. For this, 100 BAGCE accessions were evaluated by morphoagronomic and biomass quality traits, in two cuts. We used the mixed model methodology to estimate the genotypic values of 100 BAGCE accessions, using morphoagronomic and biomass quality traits, and to evaluate the suitability of Napier and Cameroon groups. The genetic dissimilarity groups were obtained from Tocher method using dissimilarity matrix, obtained by standardized average Euclidean distance. To quantify the relative importance of traits to genetic diversity it was used the method proposed by Singh. To display the genetic diversity within the dissimilarity groups, we used hierarchical neighbor joining method. Canonical correlations analyses were carried out between groups of morphoagronomic and biomass quality traits, for elephant grass groups, Napier and Cameroon. In addition, we used the path analysis using as the main variable calorific value (POC). We found that the BAGCE accessions showed genetic variability superior to quality biomass than morphoagronomic traits. The 100 BAGCE accessions were distributed into six groups of genetic dissimilarity, with potential for second generation ethanol production and direct combustion of biomass. The Cameroon group has an average thermal recovery from combustion of the biomass superior than Napier group, and therefore, exhibit greater suitability to energy cogeneration. In Napier group, the first canonical pair indicates that the increase in average stalk diameter (DC) results in reduction of the percentage of dry biomass (% BS) and ash content (CZ) and increase calorific value (POC). The second canonical pair, reports that plants with late flowering (FLOR) and greater height average (ALT) are those with lower lignin content (LIG) and nitrogen (NIT). The third one, indicate that latter flowering accessions present higher values for CZ, lower POC and higher in vitro digestibility of dry biomass (DIBS). For Cameroon viiigroup, plants with higher ALT and DC have lower CZ and cellulose/lignin reason (C/L) and higher POC. Based on path analysis, we observed as main determinants of POC, in Napier group, the traits DC, LIG and CZ and ALT, DC, C/L LIG, FDN e CZ for Cameroon group. This work is pioneer in genetic diversity quantification, aimed the use of elephant grass as a bioenergy feedstock and reinforces the importance of pre- breeding to raise the elephant grass culture to a prominent level in the sustainable diversification of the Brazilian energy matrix.
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Expressão gênica de fatores angiogênicos em corpo lúteo e células da granulosa e características reprodutivas de fêmeas de linhagens comerciais e da raça piau / Gene expression of angiogenic factors in corpus luteum and granulosa cells and reproductive characteristics of commercial lines and breed Piau

Faria, Vanessa Ricardo 27 March 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T09:37:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 451489 bytes, checksum: c4f3febfa6a6f7e679357a7fd09a369d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T09:37:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 451489 bytes, checksum: c4f3febfa6a6f7e679357a7fd09a369d (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O processo desenvolvimento folicular, formação e regressão do corpo lúteo (CL) são caracterizadas por intensa angiogênese. Fêmeas de três grupos genéticos foram comparadas durante o ciclo estral (Linhagem1-L1, Linhagem2-L2 e raça Piau) quanto às características reprodutivas e a expressão de genes candidatos ligados ao processo de angiogênese, fator de crescimento do endotélio vascular (VEGFA), angiopoetinas 1 e 2 (ANGPT1 e ANGPT2), receptor de tirosina quinase (TIE-2/TEK) e metaloproteinase (MMP2), por meio da técnica de PCR em tempo real. Aos 3, 5, 10 e 14 dias do ciclo as fêmeas foram abatidas para coleta de CL e aos 14 e 18 dias para coleta de células da granulosa (CG) e análise da concentração de estradiol. Registrou-se o número e o diâmetro dos folículos e o número de CL. A L1 apresentou maior comprimento do ciclo estral (P=0,0334), taxa de ovulação (P 0,0001) e diâmetro folicular aos 14 dias (P=0,0002). Já em relação à concentração de estradiol, apenas a L2 e Piau apresentaram pico aos 18 dias do ciclo estral (P=0,002). Em relação à expressão gênica das CG, os genes ANGPT1 e ANGPT2 não apresentaram diferença (P=0,7749 e P=0,6875, respectivamente) e o TEK mostrou apenas tendência à variação da expressão entre os grupos (P=0,0645). O VEGF, MMP2 e TEK apresentaram padrão de expressão gênica do CL semelhante entre grupos de animais (P=0,6739, P=0,5273 e P=0,4288 respectivamente). Em relação ao ANGPT1 e ANGPT2, a L2 e a raça Piau apresentaram maior abundância que a L1 no dia 10 (P 0,05). Entretanto na relação ANGPT2/ANGPT1 apenas a L1 apresentou aumento no dia 14 (P=0,0049). Os resultados obtidos em relação à CG demonstram a necessidade de mais estudos quanto à angiogênese folicular. Em relação ao CL, observou-se padrão diferente na expressão de genes ligados ao processo de regressão em fêmeas de diferentes grupos genéticos. Diante dos resultados obtidos conclui-se vique a linhagem comercial 1 possui maior comprimento do ciclo estral e maior fase folicular, embora apresente menor fase luteal que a raça Piau. / Follicular development process, formation, and regression of the corpus luteum (CL) are characterized by intense angiogenesis. Females from three genetic groups were compared during the estrous cycle (Line1-L1, Line2-L2 and breed Piau), the reproductive traits and the expression of candidate genes, vascular endothelium growth factor (VEGFA), Angiopoietins 1 and 2 (ANGPT1 and ANGPT2), tyrosine kinase receptor (TIE-2 / TEK), and metalloproteinase (MMP2), by PCR in real time were evaluated. Females were slaughtered at 3, 5, 10 and 14 day of the estrous cycle to collect CL and at 14 and 18 days to collect granulosa cells (GC) and to analyze estradiol concentrations. It was recorded the number and diameter of the follicles and the number of CL. The L1 showed longer estrous cycle (P=0.0334), ovulation rate (P 0.0001) and follicular diameter at 14 days (P = 0.0002). Regarding to estradiol concentrations, L2 and Piau reached a peak at 18 days of the estrous cycle (P=0.002). In adition gene expression in the CG, the ANGPT1 and ANGPT2 genes showed no difference (P=0.7749 and P=0.6875, respectively) and the TEK showed only the variation trend of expression among the groups (P=0.0645). VEGF, MMP2 and TEK showed similar pattern of expression between groups in CL (P=0.6739, P=0.5273 and P=0.4288 respectively). The L2 and the Piau breed showed greater expression than the L1 on the 10 day (P 0.05) in relation to ANGPT1 and ANGPT2. However only L1 showed an increase of the relationship ANGPT2 / ANGPT1 at day 14 ( P=0.0049). The results about gene expression in the CG demonstrate that further study on the follicular angiogenesis will be needed. Regarding CL, different pattern was observed in the expression of genes related to the regression process of different genetic groups females. Based on these results it is concluded that the commercial line 1 has a viiigreater length of the estrous cycle and higher follicular phase, although it presents lower luteal phase of that breed Piau.
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Functional characterization and regulation of abiotic stress-responsive genes (GmNAC081 and SbMATE) in plants / Caracterização funcional e regulação de genes responsivos a estresses abioticos (GmNAC081 e SbMATE) em plantas

Pimenta, Maiana Reis 27 February 2015 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-20T10:15:06Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3605720 bytes, checksum: 54f685fad7646a1c0ea2989f35ab2020 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T10:15:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3605720 bytes, checksum: 54f685fad7646a1c0ea2989f35ab2020 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O início da senescência foliar é uma mudança do desenvolvimento altamente regulada, que é controlada por ambos genética e ambiente. A senescência é desencadeada por reprogramação massiva de transcrição, mas informações funcionais sobre os seus mecanismos reguladores subjacentes é limitada. No presente estudo, foi realizada uma análise funcional do fator de transcrição de soja (Glycine max) GmNAC081 induzido por estresse osmótico e do retículo endoplasmático (ER), durante senescência foliar natural, utilizando estudos de superexpressão e genética reversa. Linhagens superexpressando GmNAC081- exibiram floração e senescência foliar aceleradas, mas de outra forma se desenvolveram normalmente. A senescência foliar precoce de linhagens superexpressando GmNAC081 foi associada com maior perda de clorofila, deterioração fotossintética mais rápida e maior expressão de genes de codificação de enzimas hidrolíticas alvo de GmNAC081, incluindo a enzima de processamento vacuolar (VPE), uma executora da morte celular programada (PCD) desencadeada no vacúolo. Por outro lado, o silenciamento de GmNAC081 mediado por VIGS adia a senescência foliar e foi associado com reduções na perda de clorofila, a peroxidação lipídica e a expressão de alvos diretos de GmNAC081. Os estudos do promotor-repórter revelaram que o padrão de expressão GmNAC081 foi associado com a senescência, em folhas de soja. Nossos dados indicam que GmNAC081 é um regulador positivo da senescência dependente da idade e pode integrar as respostas de MCP induzida por estresse osmótico, do RE e senescência natural, completando o circuito regulamentar o GmNAC081 / VPE. Além de estressores ambientais, muitas espécies de plantas são sensíveis a concentrações micromolares de Al. Em sorgo, o gene de resistência ao alumínio é SbMATE, altamente expresso no ápice da radícula e codifica um transportador de membrana que pertencem à família MATE (multidrug and toxic compound extrusion family), que é responsável pelo efluxo citrato ativado por alumínio. Nesta espécie a região codificadora do gene de tolerância ao alumínio é identica entre cultivares tolerantes e sensíveis. Além de um polimorfismo encontrado no segundo íntron, elementos transponíveis do tipo MITE foram detectados na região promotora, sendo o número de repetições MITE positivamente relacionada com a tolerância. Neste trabalho, a análise in silico do promotor de SbMATE apresentou sequencias típicas de promotores eucarióticos assim como a presença de elementos cis regulatórios que conferem tolerância ao aluiminio em Arabidopsis. A ausência de atividade de promotores inteiros transformados em Arabidopsis sugerem a presença de elementos cis regulatórios negativos reprimindo a atividade em Arabidopsis ou ainda, a presença de silenciamento transcricional por RNA de interferência em Arabidopsis que não ocorre em Sorghum. Deleções do promotor, mostraram que os repressores estão localizados na sequência do elemento transponível já que na ausência deste elemento, o promotor passa a ser ativo em todas as partes da planta de forma independente da idade. A prospecção por fatores de transcrição que controlam a capacidade de resposta do gene SbMATE de Sorghum e a análise da interação entre prováveis transfatores com o promotor de SbMATE, foram realizadas através do sistema mono-hibrido em leveduras e evidenciaram a necessidade da obtenção de uma nova biblioteca de cDNA confeccionada por um kit mais adequado à esta planta, além da utilização de diferentes vetores de clonagem para as análises das iterações. / The onset of leaf senescence is a highly regulated developmental change that is controlled by both genetics and the environment. Senescence is triggered by massive transcriptional reprogramming, but functional information about its underlying regulatory mechanisms is limited. In the current investigation, we performed a functional analysis of the soybean (Glycine max) osmotic stress- and endoplasmic reticulum (ER) stress-induced NAC transcription factor GmNAC081 during natural leaf senescence using overexpression studies and reverse genetics. GmNAC081- overexpressing lines displayed accelerated flowering and leaf senescence but otherwise developed normally. The precocious leaf senescence of GmNAC081-overexpressing lines was associated with greater chlorophyll loss, faster photosynthetic decay and higher expression of hydrolytic enzyme- encoding GmNAC081 target genes, including the vacuolar processing enzyme (VPE), an executioner of vacuole-triggered programmed cell death (PCD). Conversely, VIGS-mediated silencing of GmNAC081 delayed leaf senescence and was associated with reductions in chlorophyll loss, lipid peroxidation and the expression of GmNAC081 direct targets. Promoter–reporter studies revealed that the expression pattern of GmNAC081 was associated with senescence in soybean leaves. Our data indicate that GmNAC081 is a positive regulator of age-dependent senescence and may integrate osmotic stress- and ER stress-induced PCD responses with natural leaf senescence thorough the GmNAC081/VPE regulatory circuit. In addition to environmental stressors, many plant species are sensitive to micromolar concentrations of Al. In sorghum, aluminum resistance SbMATE gene is highly expressed at the apex of the radicle and encodes a membrane transporter belonging to MATE family (multidrug and toxic Compound Extrusion family), which is responsible for the efflux activated aluminum citrate. In this species the coding region of the aluminum tolerance gene is identical between tolerant and sensitive cultivars. In a polymorphism is found in the second intron, the MITE type transposable elements were detected in the promoter region, the number of repetitions MITE positively related tolerance. In this work, the analysis in silico showed typical SbMATE promoter sequences of eukaryotic promoters, as well as the presence of cis regulatory elements that confer tolerance in Arabidopsis. The absence of whole promoter activity in transformed Arabidopsis suggesting the presence of negative regulatory cis- elements repressing the activity in Arabidopsis or the presence of transcriptional silencing by RNA interference in Arabidopsis does not occur in sorghum. Deletions promoter showed that the repressors are located in sequence as the transposable element in the absence of this element, the promoter becomes active in every part regardless of the age of plant form. Prospecting for transcription factors that control the responsiveness of SbMATE Sorghum gene and analysis of the interaction between likely transfatores with SbMATE promoter, were performed using mono-hybrid system in yeast and demonstrated the need for obtaining a new cDNA library made for a more appropriate for this plant kit, besides the use of different cloning vectors for analysis of iterations.
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Parâmetros genéticos, diversidade genética e seleção dos acessos de macaúba (Acrocomia aculeata) / Genetic parameters, genetic diversity and selection of macaw palm accessions (Acrocomia aculeata)

Costa, Annanda Mendes 16 February 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T11:09:12Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 251735 bytes, checksum: 16d64bae7a029b52e0a18d65b3abc040 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T11:09:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 251735 bytes, checksum: 16d64bae7a029b52e0a18d65b3abc040 (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Brasil é um país de clima tipicamente tropical e, por isso, apresenta uma considerável diversidade de espécies capaz de produzir óleo, como a macaúba (Acrocomia aculeata). Por ser uma cultura incipiente, têm-se poucos estudos genéticos relacionados à produção de óleo. Assim, o objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros relacionados ao controle genético dos caracteres físicos dos frutos, teor e produção de óleo, inferir sobre a diversidade genética, realizar o agrupamento e proceder à seleção dos acessos de macaúba. Frutos de 44 acessos de macaúba do banco ativo de germoplasma foram colhidos e levados ao laboratório de pós-colheita da Universidade Federal de Viçosa, para avaliação da: massa seca (g) da casca, polpa, endocarpo e amêndoa, teor de óleo e produção de óleo por planta. As estimativas das herdabilidades individuais no sentido restrito foram consideradas de média magnitude para todas as características avaliadas. O coeficiente de repetibilidade e a acurácia na seleção de famílias, para todas as características, foi de alta magnitude e a produção de óleo por planta apresentou o maior coeficiente de variação genética individual (77,16%). Dos 10 primeiros indivíduos selecionados pelo BLUP individual, houve uma contribuição de 5 acessos diferentes (8, 37, 49, 43, 26), sendo que os cinco melhores indivíduos para o caráter produção de óleo por planta, pertence à família do acesso 8, com destaque para o acesso 8 planta 7. O agrupamento genético dos 44 acessos, estabelecidos pelo método Tocher, baseado na distância euclidiana média, permitiu a formação de 11 grupos. O índice de média de ranks de Mulamba e Mock permitiu classificar os acessos em ordem favorável a seleção, considerando todas as características avaliadas, sendo que os acessos selecionados 43, 8, 37, 35 e 6 destacaram nas primeiras posições. / Brazil is a typical tropical climate country and, therefore, presents a considerable diversity for species capable of producing oil, such as macaw palm (Acrocomia aculeata). Few genetic studies related to oil production for this species are available, since it is an incipient crop. Thus, the main of this study was estimating genetic parameters related to genetic control of physical traits in fruits, quantifying content and oil production, inferring genetic diversity by cluster analysis and selecting macaw palm accessions. Fruits from 44 macaw palm accessions of the active germplasm bank were collected and transferred to postharvest laboratory in Universidade Federal de Viçosa, evaluating the following traits: dry mass (g) of the exocarp, mesocarp, endocarp and kernel, and oil content and production per plant. Estimated individual narrow sense heritability were classified as moderate magnitude for all traits. Coefficient of repeatability and accuracy for progenies selection were considered high magnitude for all traits and plant oil production presented the highest individual genetic variation coefficient (77.16%). Five distinct accessions (8, 37, 49, 43, 26)contributed among the first ten selected by the individual BLUP, however, the top five individuals for oil production belongs to accession 8 family, standing out the individual 7 from accession 8. The genetic cluster for the 44 accessions, performed by Tocher method based on average Euclidian distance, resulted in 11 groups formation. Mulamba and Mock average rank index allowed classifying accessions to favorable selection sequence, considering all traits evaluated, and the following accessions 43, 8, 37, 35 and 6 standed out in the top positions.

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