Orientador: Vanderlei Perez Canhos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-20T10:27:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Castro_MonicaMariadeSillos_M.pdf: 5490390 bytes, checksum: 3a211cff99bb010c9067fdce56ee9a02 (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: : Amostras de mosto, vinho levedurado e leite levedurado foram coletadas durante o período de maio a dezembro de 1992, em duas usinas de açúcar e álcool da região de Piracicaba e Capivari no Estado de São Paulo. O estudo teve por objetivo o levantamento da diversidade de leveduras presentes na fermep.tação alcoólica. Foram utilizados os meios WLN ágar (para contagem total de leveduras), WLD ágar (para contagem de leveduras nãoSaeeharomyees eerevisiae), Usina ágar (para detecção de leveduras não-Saeeharomyees) e Lin ágar (para detecção de leveduras tipo Saeeharomyees). Foram isoladas 439 linhagens, sendo 221 da usina de Piracicaba e 218 da Usina de Capivari. Na Usina de Piracicaba o gênero Saeeharomyees se constituiu o contarninante mais freqüente (44,8%), seguido de Candida (38,9%), Piehia. (5,4%), ygosaeeharomyees/Torulaspora (2,7%), SaeeharomyeodeslHanseniaspora .(1,8%), Cryptoeoeeus (1,4%), Issatehenkia (1,4%), Sehizosaeeharomyees (1,4%), Triehosporon (1,4%), e Rhodotorula (0,9%). As linhagens de Candida isoladas foram as leveduras ~ontaminantes mais significativas e consistiram de C. tropiealis (30,2%), C. stellata (25,6%), C. rugosa (12,8%), C. krusei (10,5%), C. guilliermondii varo membranaefacíens (5,8%), C. collieulosa (3,5%), C. millerilC. holmii (3,5%), C. guilliermondii (2,3%), C. lusitaniae (2,3%), C. magnoliae (2,3%) e C. utilis (1,2%). Na Usina de Capivari o gênero Candida foi o contaminante mais freqüente (43,6%), seguido por Saceharomyces (33,0%), ZygosaeeharomyceslTorulaspora (10,lo/ç), Kluyveromyees (8,7%), Issatchenkia (1,8%), Rhodotorula (0,9%), Sehizosaeeharomyc,es (0,9%), Piehia (0,5%) e SaeeharomyeodeslHanseniaspora (0,5%). As linhagens de Candida foram classificadas como C. stellata (46,3%), C. tropiealis (20,0%), C. krusei (10,5%), C. rugosa (9,5%), C. eollieulosa (6,3%), C. kefyr (4,2%), C. dattila (1,1%), C. lipolytica (1,1 %) e C. parapsilosis (1,1 %). As Saccharomyees detectadas incluem também as linhagens selvagens. A maioria das linhagens contaminantes foram caracterizadas como fermentadoras, assimiladoras do etanol, osmotolerantes, termotolerantes, urease e DBB negativos e com brotamento multipolar. Espera-se, com estes resultados, obter melhor conhecimento da microbiota contaminante, e por conseguinte estabelecer sistemas de monitoramento mais eficazes nos processos de fermentação utilizados / Abstract: Samples of cane juice (mosto), fermenting broth (vinho) and yeast celI slurry (leite levedurado), were colIected during the period of 1992 May to December, in 2 ethanol fermentation industries in São Paulo State, from 2 different cities: Piracicaba and Capivari. Both them had apure strain as the starting inoculum. This study aims the survey of the yeasts diversity present in ethanol fermentation processes. Medium WLN-agar (total yeast count), WLD-agar (non-Saccharomyces cerevisiae celIs count), Lysine-agar (detection of non-Saccharomyces) and Lin-agar (detection of Saccharomyces type celIs), were used for enumeration and isolation of the yeasts. 439 strains were isolated, namely 221 from Piracicaba e 218 from Capivari. Among the 221 strains isolated from Piracicaba, the genus Saccharomyces was the most frequent (44,8%), folIowed by Candida (38,9%), Pichia (5,4%), Zygosaccharomyces/Torulaspora (2,7%), SaccharomycockslHanseniaspora (1,8%), Schizosaccharomyces (1,4%), Issatchenkia (1,4%), Trichosporon (1,4%), Cryptococcus (1,4%) e Rhodotorula (0,9%). Yeasts belonging to Candida sp. were the most significant contaminant, and consisted of: C. tropicalis (30,2%), c. stellata (25,6%), C. rugos6l (12,8%), C. krusei (10,5%), C. guilliermondÜ varo membranaefadens (5,8%), C. colliculosa (3,5%), C. millerilC. holmÜ (3,5%), C. guilliermondÜ (2,3%), C. lusitaniae (2,3%), C. magnoliae (2,3%) and C. utilis (1,2%). Among the 218 strains isolated from Capivari, the genus Candida was the most frequent contaminant (43,6%): folIowed by Saccharomyces (33,0%), ZygosaccharomyceslTorulaspora (10,1%); Kluyveromyces (8,7%), Issatchenkia (1,8%), Schizosaccharomyces (0,9%), Rhodotorula (0,9%), Pichia (0,5%) and SaccharomycodeslHanseniaspora (0,5%). Candida strains were classified as C. stellata (46,3%), C. tropicalis (20,0%), C. krusei (10,5%), C. rugosa (9,5%), C. colliculosa (6,3%), C. kefyr (4,2%), C. dattUa (1,1%), C. lipolytica (1,1%) e C. parapsUosis (1,1 %). The detected Saccharomyces include also the wild strains. Most of the strains were fermentative, ethanol tolerant, osmotolerant, thermotolerant, urease and DBB negatives and vegetative reproduction by multipolar budding. It is expected that these results will be useful to improve the knowledge on the contarninating yeasts in ethanol production plants, and that this will be of help to establish more efficient systems for microbial control and monitoring in the ethanol fermentation processes / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Gil Eduardo Serra / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-22T14:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marques_TadeuAlcides_D.pdf: 4774613 bytes, checksum: c7e2b1d0b5fd0d96402e7be8802fc300 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo:Nas destilarias de álcool brasileiras utiliza-se o método de condução da fermentação denominado de "Melle-Boinot", que caracteriza-se pela recuperação e reciclagem de leveduras em ciclos de fermentações subsequentes. Contudo, juntamente com a reciclagem das leveduras ocorre a reciclagem de etanol e de outros componentes, que ao longo do processo ocorre de forma acumulativa. Ao final da fermentação o vinho é passado em centrífugas contínuas de pratos, para a separação do fermento, que contém as células de levedura, e da sua fase líquida que contém todos os componentes do vinho como água, etanol e metabólitos da fermentação, como metanol, propano 1, butanol e álcool amüico. Da mesma forma, em fermentações contínuas o fermento centrifugado apresenta as mesmas características. Assim sendo, o objetivo desse trabalho foi avaliar a interferência do etanol e metabólitos reciclados com o vinho sobre a performance fermentativa. As fermentações foram conduzidas em laboratório empregando-se a levedura Saccharomyces cerevisiae catalogada pela ESALQ/USP como IZ 1904, e mosto preparado a partir de melaço. Foram conduzidos dois ensaios empregando-se mosto com concentrações nominais de 180 e 310g/L de açúcares redutores totais. Os tratamentos empregados foram: a)fermento convencional: recuperação da biomassa de levedura e sua ressuspensão em vinho; b) fermento beneficiado: recuperação de biomassa de levedura e sua ressuspensão em água. A condução do ensaio deu-se ao longo de oito fermentações com sete reciclos de fermento com três repetições de ensaios. Empregando-se a menor concentração de ART no mosto (180g/L) observou-se efeitos discretos dos tratamentos testados. Nesse caso os teores de açúcares redutores residuais (ARR) foram maiores para os inóculos convencionais. Com o emprego de mosto com 310g/L de ART as diferenças foram maiores, destacando-se sempre o inoculo beneficiado. Dos resultados obtidos pode-se concluir que a reciclagem de vinho, através da centrifugação para a recuperação do fermento, ao final da fermentação, recicla também metabólitos que interferem na performance fermentativa. Essa interferência negativa acentua-se ao longo dos reciclos e com o aumento do teor de ART no mosto de alimentação. Os resultados permitem inferir que deve-se estudar uma reestruturação no tratamento do fermento nas destilarias, de acordo com as possibilidades do uso de equipamentos ou processos, que permitam uma melhor separação do vinho das células de leveduras / Abstract: This trial was conducted to evaluate the influence of metabolites presents in wine, from separated materials by Melle-Boinot process in the parameters of alcoholic fermentation simulated in laboratory conditions. The experiments were taken using Saccharomyces cerevisiae (IZ 1904) and juice of molasse from Piracicaba County, State of São Paulo, Brazil, with two contents of Total Reducing Sugars in juice: 180 and 310g/L. The treatments were: yeast dispel in water (optimized culture) and yeast dispel in water and wine (conventional culture). The seven recycles were taken of yeast after the turn on the alcoholic fermentation. Using juice with 180g/L of TRS, the residual sugar contents in wine were greatest when conventional culture was used. Several differences were observed when the content of TRS in juice was 3 lOg/L. From the results it can be concluded which: l)The interference of the wine recycled on the metabolism of yeast is easily detected when the greatest sugar content in juice was used.2)The effects of metabolites on the metabolism of yeasts were verified. It is an indication of which the Melle-Boinot process may be optimized in industrials conditions / Doutorado / Doutor em Engenharia de Alimentos

Orientador: Maria Helena Andrade Santana / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-14T16:51:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pires_AlineMaraBarbosa_D.pdf: 5667585 bytes, checksum: 99be814ed0f4b52809cad017f91235eb (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Neste trabalho, estudou-se a otimização da produção de ácido hialurônico (HA) por cultivo de Streptococcus zooepidemicus em batelada, com base nas alterações metabólicas ao longo do cultivo. Ás condições ambientais estudadas foram a concentração inicial de glicose, controle do pH, íons minerais e fonte de nitrogênio orgânico. Nos cultivos em frascos, a concentração inicial de glicose não alterou nem o crescimento celular nem a produção de HA. Entretanto, no cultivo em biorreator sem o controle do pH, ambos foram fortemente dependentes da concentração inicial de glicose, com maior produção de HA (1,21 g.L-1) no cultivo realizado em meio com 25 g.L-1 glicose. Tal condição nutricional foi a única que apresentou maior conversão de glicose em HA (YHA/S) do que conversão de glicose em massa celular (YX/S). O controle do pH ao longo do cultivo com 25 g.L-1 glicose resultou em maior produtividade de células (0,21 g.L-1.h-1) e de HA (0,10 g.L-1.h-1). apesar dos menores rendimentos em relação à glicose. A combinação desses resultados relaciona o maior direcionamento da fonte de carbono para HA do que para células a uma resposta do microrganismo ao stress ácido ocorrido no cultivo sem controle do pH. Uma análise da distribuição dos fluxos metabólicos nas condições ambientais estudadas demonstrou que as alterações na via de produção de HA foram mais relacionadas à distribuição dos fluxos para os açúcares precursores da síntese do polímero que à disponibilidade de energia (ATP) ou potencial redutor (NADH/NAD+) das células. A total suplementação do meio de cultura com íons minerais (K+, Mg++, Na+, Fe++, Ca++, Mn++, Zn++ e Cu++) foi benéfica para o crescimento celular, porém não alterou a produção de HA de forma significativa. O estudo demonstrou ainda que a qualidade do polímero produzido pode ser modulada pela suplementação do meio com íons minerais. As propriedades reológicas do HA com baixo teor de proteína (0.44 g.g-1) e massa molar média de 4.0 x 106 Da demonstraram elevada densidade de emaranhamento das cadeias devido à alta dependência do módulo elástico com a concentração e desvios da viscosidade complexa com relação à regra de Cox-Merz. O estudo de meios alternativos contendo derivados agroindustriais demonstrou maiores concentrações de HA em meios contendo extrato de levedura como fonte de nitrogênio. Este conjunto de resultados contribui para a otimização da produção de HA, assim como para um melhor entendimento do metabolismo do Streptococcus zooepidemicus. / Abstract: In this work, h was studied the optimization of HA production by hatch culture of Streptococcus zooepidemicus, with focus on the metabolic changes along cultivation. The environmental conditions studied were the initial glucose concentration, pH control, mineral ions and organic nitrogen source. In flask cultivations, the initial glucose concentration had no influence on the amounts of either the biomass or the MA produced. However, in bioreactor cultivations, at non-controlled pH. both were strongly dependent on the initial glucose concentration. The highest HA concentration (1.21 g.L-1) was obtained from 25 g.L-1 glucose, which was the only cultivation where the conversion of glucose to HA (YHA/S) was higher than the one of glucose to biomass (YX/S). Not only did the pH control along cultivation result in higher cell productivity (0.21 g.L-1.h-1), but also in the HA productivity (0.10 g.L-1.h-1), However, the HA and cell yields from glucose were lower. The combination of these results relates the higher direction of the carbon source to the HA synthesis at the expenses of the cell growth to a microbial response to the acid stress observed in non-controlled pH. An analysis of the metabolic flux distribution in the environmental conditions studied shows that the changes in the HA production pathway were more related to die distributions of duxes 10 the precursors of HA synthesis than to the energy availability (ATP) or redox slate (NADH/NAD+) of the cells. The total supplementation of the culture medium with ions was beneficial to die cell growth. However, if did not have any influence on the HA production. Moreover, the results showed that the HA quality may be modulated through the mineral ion supplementation. The rheological properties of HA with low protein content (0.44 g.g-1) and average molecular weight of 4.0 x 106 Da showed the high entanglements density of the HA chains due to the high storage modulus concentration dependence as well as to the complex viscosity deviations with respect to the Cox - Merz rule. Alternative media containing agricultural resources derivates were studied. The higher HA concentrations were produced in media whose organic nitrogen source was yeast extract. This set of results contributes not only to the optimization of the HA production, but also to a better understanding of the Streptococcus zooepidemicus metabolism. / Doutorado / Desenvolvimento de Processos Biotecnologicos / Doutor em Engenharia Química

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No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Celiac Disease is an intolerance to gluten ingestion, contained in cereals such as barley, oats, rye, wheat and malt, characterized by an inflammatory process involving the mucosa of the small intestine, leading to intestinal villous atrophy and bad absorption. Approximately 1-2 % of the world population has this disease. Obtaining a byproduct that can be used along with food for these people can be a solution that would give them a life without the worry of consuming foods containing this protein. Microorganisms, for their high genetic diversity, can be one source of these bioproducts. Among them, we can highlight the rhizobacterias found in the rhizosphere of plants and within nodules of legumes, by presenting a range of enzymes of biotechnological value and are not pathogenic to plants and animals, including human being. Experiments were conducted under laboratory conditions to find rhizobacterias able to degrade gluten aiming their future use as enzymes suppliers for the benefit of people who have celiac disease. About 10 % of a total of 115 tested rhizobacterias had this ability: INPA_Ps007, INPA_Ps020, INPA_Ps021, INPA_Ps024, INPA_Ps028, INPA_Ps076, INPA_Ps178, INPA_Ps183, INPA_Ps225, INPA_Ps572. The top six (INPA_Ps020, Ps021, Ps028, Ps076, Ps178, Ps225) were taxonomically identified as Paenibacillus sp. These Paenibacillus sp. showed better growth in medium containing mannitol and gluten compared to the media only with gluten or only with mannitol. The ability of these Paenibacillus sp. in degrading gluten was higher at the temperature of 36.5° C than at 26.5° C. The presence of gluten in the culture medium containing mannitol was essential for the strains of Paenibacillus sp. INPA_Ps020, Ps021, Ps028 and Ps225 extracts to produce degrading activity of this protein. Only the extracts produced by the strains of INPA_Ps076 and Ps178 in the medium containing only gluten showed the ability to degrade this protein. Most of the crude extracts of these Paenibacillus sp. presented degrading action against gluten until the dilution of eight times, after eight days of growth in culture. The crude extract of INPA_Ps178 showed degrading gluten activity until the dilution of four times and from the INPA_Ps225, until the dilution of 16 times at eight days of growth in culture. The crude extracts of these Paenibacillus sp. showed gluten degrading action at the temperatures between 36-56º C, but lost this ability at the temperatures between 66-96º C. There was an influence of pH on their ability to degrade gluten, with neutral pH (7.0) being the most suitable for all the bacterial extracts. The best bacteria will be studied more intensively to evaluate whether they can serve as gluten degrading enzymes suppliers for the benefit of people who have celiac disease. / A Doença Celíaca é uma intolerância à ingestão de glúten, contido em cereais como cevada, aveia, centeio, trigo e malte, caracterizada por um processo inflamatório que envolve a mucosa do intestino delgado, levando à atrofia das vilosidades intestinais e má absorção dos alimentos. Cerca de 1-2 % da população mundial tem essa doença. A obtenção de algum bioproduto que possa ser usado junto com a alimentação por essas pessoas pode ser uma solução capaz de dar a elas uma vida sem a preocupação de consumir alimentos que contenham essa proteína. Os micro-organismos, por sua alta diversidade genética, podem ser uma fonte desses bioprodutos. Entre eles, pode-se destacar as rizobactérias encontradas nas rizosferas das plantas e dentro de nódulos de leguminosas, por apresentarem uma gama de enzimas e metabólitos de valores biotecnológicos e por não serem patogênicas a plantas e animais, inclusive ao homem. Em vista disso, foram realizados experimentos em condições de laboratório para obter rizobactérias capazes de degradar o glúten, visando suas utilizações futuras em benefício das pessoas que tenham a doença celíaca. Cerca de 10 % de um total de 115 rizobactérias testadas apresentaram a habilidade de quebra do glúten (INPA_Ps007, INPA_Ps020, INPA_Ps021, INPA_Ps024, INPA_Ps028, INPA_Ps076, INPA_Ps178, INPA_Ps183, INPA_Ps225, INPA_Ps572). As seis melhores (INPA_Ps020, Ps021, Ps028, Ps076, Ps178, Ps225) foram identificadas taxonomicamente como Paenibacillus sp. Essas Paenibacillus sp. apresentaram melhores condições de crescimento em meio contendo manitol e glúten, quando comparadas nos meios somente com glúten ou somente com manitol. A presença do glúten no meio de cultura contendo o manitol foi essencial para que essas seis estirpes produzissem extratos com atividade degradadora dessa proteína. Apenas os extratos produzidos pelas estirpes INPA_Ps076 e Ps178 em meio contendo somente glúten apresentaram a capacidade de degradar essa proteína. A maioria dos extratos brutos das Paenibacillus sp. apresentaram ação degradadora do glúten até na diluição de oito vezes aos oito dias de crescimento em meio de cultura. O extrato bruto da estirpe INPA_Ps178 mostrou atividade degradadora do glúten até na diluição de quatro vezes e o da INPA_Ps225, até na diluição de 16 vezes aos oito dias de crescimento em meio de cultura. Os extratos brutos das seis estirpes de Paenibacillus sp. também apresentaram ação degradadora do glúten entre as temperaturas de 36º a 56º C, mas perderam essa habilidade entre 66º a 96º C. Houve influência do pH na capacidade desses extratos brutos em degradarem o glúten, com o pH neutro (7,0) sendo o mais adequado para todos eles. As melhores bactérias serão estudadas com mais intensidade, visando avaliar se podem servir como supridoras de enzimas ou metabólitos degradadores do glúten em benefício das pessoas que tenham a doença celíaca.

Orientador: Rosemeire Cristina Linhari Pietro / Banca: Sérgio Ricardo Ambrósio / Banca: Ana Helena Januário / Banca: Jairo Kenupp Bastos / Banca: Tais Maria Bauab / Resumo: Produtos naturais de fungos constituem-se em fontes promissoras de novas moléculas de alta diversidade estrutural e amplo espectro de atividades biológicas, particularmente quando provenientes de organismos que ocupam nichos ecológicos específicos e/ou originários de habitats complexos. O presente trabalho objetivou a prospecção química e biológica de fungos oriundos de associações ecológicas consideradas como altamente promissoras e ainda pouco exploradas para a busca de metabólitos secundários bioativos. Realizou-se isolamento de fungos endofíticos de Piper umbellatum (Piperaceae), o qual resultou em 6 diferentes cepas fúngicas. Estes fungos, assim como duas diferentes espécies de fungos derivados de ambiente marinhos associados à Ascídias foram cultivados em meio líquido e obtidos extratos que foram avaliados em ensaios de atividade antibacteriana e antifúngica. Os extratos provenientes das 6 cepas de fungos endofíticos isoladas, assim como os fungos derivados de ambiente marinho, apresentaram moderada atividade antibacteriana ou antifúngica. De acordo com os resultados destes ensaios de atividade biológica, as duas cepas de fungos derivados de ambiente marinhos associados à ascídias foram selecionadas para cultivos em escala ampliada para obtenção e isolamento de metabólitos secundários bioativos. Cinco substâncias foram isoladas dos extratos dos fungos associados á ascídias e estas substâncias foram submetidas a análises espectroscópicas para elucidação de suas estrutura... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Angelo Berchieri Junior / Coorientador: Oliveiro Caetano de Freitas Neto / Banca: Wanderley Dias da Silveira / Banca: Gerson Nakazato / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / banca: Marcos tulio de Oliveira / Resumo: O tifo aviário, causado por Salmonella Gallinarum biotipo Gallinarum, é uma infecção caracterizada pela alta mortalidade nos lotes de aves suscetíveis acometidos, enquanto S. Gallinarum biotipo Pullorum, o agente da pulorose, infecta as aves de produção industrial com as quais desenvolve relação mais branda. Ainda é escasso o conhecimento sobre os mecanismos moleculares que sustentam essas diferentes interações patógeno-hospedeiro. Nesse estudo, objetivou-se investigar o efeito de deleção parcial das sequências codificantes dos genes idnT (transportador de L-idonato ou D-gluconato), idnO (5-cetogluconato redutase) e ccmH (heme liase necessária na montagem de citocromos do tipo C) sobre a patogenicidade de S. Gallinarum 287/91 (SG287/91), uma vez que seus ortólogos são pseudogenes conservados em S. Pullorum. Os clones mutantes SG∆idnTO, SG∆ccmH e SG∆ccmHidnTO foram obtidos por meio da técnica de mutação sítio-dirigida, denominada de recombinação Lambda-Red e testados em dois experimentos independentes com aves comerciais semipesadas de postura suscetíveis ao tifo aviário. No 1º experimento não se observou alteração da patogenicidade dos clones mutantes após inoculação oral, pois todos os animais infectados desenvolveram sinais clínicos típicos do tifo aviário e vieram a óbito ao longo de 12 dias pós-infecção (dpi). Apesar dos 100% de mortalidade, as infecções desenvolvidas pelos clones SG∆idnTO e SG∆ccmHidnTO levaram os animais a óbito dentro de 48 horas desde o aparecimento d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fowl typhoid, caused by Salmonella Gallinarum biovar Gallinarum, is an infectious disease which elicits high mortality into a flock of susceptible birds whereas S. Gallinarum biovar Pullorum, the aetiological agent of pullorum disease, infects poultry of commercial importance with which such a bacterium sets off a more permissive host-pathogen interaction. Little is known about the molecular mechanisms driving these distinct interplays with the host. Herein, we aimed at investigating the effect of partial deletions in the idnT (L-idonate / D-gluconate transporter), idnO (5-ketogluconase reductase) and ccmH (heme liase involved in the c-type cytochrome maturation) coding sequences on S. Gallinarum 287/91 (SG287/91) pathogenicity since they are conserved pseudogenes in S. Pullorum genomes. SG∆idnTO, SG∆ccmH and SG∆ccmHidnTO mutant strains were constructed through a one-step inactivation technique, known as Lambda-Red-mediated recombination, and tested on two independent experiments by using a commercial brown egg-producing layer line susceptible to fowl typhoid. On the experiment 1, no changing was observed in the pathogenicity of the mutant strains upon oral inoculation as the infected animals developed typical fowl typhoid clinical signs and died along 12 days post-infection (dpi). In spite of causing 100% mortality, SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO killed all the animals within 48 hours since the clinical signs appearance while SG287/91 did so in 6 days, indicating an increased virulence by these mutant strains. On the experiment 2 every mutant strain were able to invade the host system from the intestine albeit SG∆idnTO and SG∆ccmHidnTO were recovered from livers and SG∆idnTO alone from spleens at higher numbers than was SG287/91, supporting the hypothesis of increased virulence for those clones ha... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-01-27T13:44:02Z No. of bitstreams: 1 CarolineGabrielaBezerraDeMoura_TESE.pdf: 2231934 bytes, checksum: 890994db2e35bf07a5f1e900da0830e5 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-01-31T14:50:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CarolineGabrielaBezerraDeMoura_TESE.pdf: 2231934 bytes, checksum: 890994db2e35bf07a5f1e900da0830e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-31T14:50:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarolineGabrielaBezerraDeMoura_TESE.pdf: 2231934 bytes, checksum: 890994db2e35bf07a5f1e900da0830e5 (MD5) Previous issue date: 2015-12-14 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O objetivo desta tese ? compreender os fatores que influenciam o balan?o de carbono em reservat?rios do semi?rido do nordeste brasileiro e avaliar o efeito de peixes com diferentes h?bitos alimentares no balan?o de carbono destes ambientes. Os resultados desta tese nos mostraram que peixes com diferentes h?bitos alimentares podem influenciar o balan?o de carbono em reservat?rios (Cap?tulo I; Cap?tulo II; Capitulo III). Demonstramos atrav?s de experimentos de mesocosmos que peixes bent?voros (detrit?voros) aumentam a heterotrofia e emiss?o de CO2 para atmosfera, atrav?s da ressuspens?o de mat?ria org?nica e nutrientes presos ao sedimento, que estimulam as taxas de respira??o planct?nica e microbiana, assim como os processos de metanotrofia (Cap?tulo II). Por outro lado, peixes on?voros como a Til?pia do Nilo, favorecem a diminu??o da emiss?o de CO2 para a atmosfera, atrav?s do est?mulo da biomassa fitoplanct?nica ocasionado principalmente via cascata tr?fica pela diminui??o da biomassa de zoopl?ncton (Cap?tulo III). Al?m disso, reservat?rios que apresentam uma domin?ncia de s?lidos inorg?nicos em suspens?o pode indicar que o ambiente est? emitindo CO2 para a atmosfera. Em contrapartida, reservat?rios que apresentam uma domin?ncia de s?lidos org?nicos em suspens?o pode indicar que o ambiente esteja apreendendo CO2 da atmosfera (Cap?tulo I). Podemos concluir, que alguns fatores como a domin?ncia de s?lidos em suspens?o pode ser um indicativo da fun??o do ecossistema aqu?tico frente ao balan?o de carbono. Al?m disso, peixes com diferentes h?bitos alimentares podem influenciar o balan?o de carbono em reservat?rios. / The objective of this thesis is to understand the factors that influence the carbon balance in semi-arid reservoirs in northeastern Brazil and to evaluate the effect of the feeding characteristics in the carbon balance of these environments. The results of this thesis have shown that fish with different feeding characteristics can influence carbon balance in reservoirs (Chapter I, Chapter II, Chapter III). We have demonstrated through experiments mesocosms that benthivorous fish enhance heterotrophic and emission of CO2 to the atmosphere, through the suspension of organic matter and nutrients attached to sediment, which stimulate plankton and microbial respiration rates as well as methanotrophy processes (Chapter II). On the other hand, omnivorous fish like Nile Tilapia favor decrease CO2 emissions to the atmosphere by stimulating phytoplankton biomass mainly caused via trophic cascade by decrease in zooplankton biomass (Chapter III). In addition, reservoirs which have a predominance of inorganic suspended solids may indicate that the environment is emitting CO2 to the atmosphere. However, reservoirs have a dominance of organic suspended solids may indicate that the environment is uptake CO2 by the atmosphere (Chapter I). We can conclude, that some factors such as the dominance of suspended solids may be indicative of the of carbon balance function by aquatic ecosystem. In addition, fish with different feeding characteristics can influence the carbon balance in reservoirs.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:55:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cassiane Minelli.pdf: 1637307 bytes, checksum: b5227c9445b1a0b3f8dcc8fcef9bcfd3 (MD5) Previous issue date: 2013-06-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / One of the biggest successes of Brazilian agriculture is the Pro-Alcohol, whose base of support is the culture of sugar cane, which leaves a lapse of activity in the offseason. In view of this, several alchool industries have been investing in other cultures, where the starch is the primary source for the alcohol production. The pursuit of amylase in thermotolerant Bacillus sp. And rhizobia from Amazonian soils is a strategy to be used for the bio-industries to reduce or stop importing them. Mutation was made from two Bacillus sp. containing amylases by exposure to ultraviolet light. Also tested were 40 strains of rhizobia for the presence of thermophilic amylases. Enzyme assays were performed to check for amylase activity at different temperatures, times, pHs, thermal shock and thermal stability. The Bacillus sp. ITAAM 023M mutant showed higher amylolyse than mutant ITAAM 010M. The amylases of the two Bacillus sp mutants and rhizobias proved quite diverse as their characteristics, indicating they are different from each other. The temperature with higher amylase activity of the mutants ITAAM 010M and ITAAM 023M was 100 ˚C. Amylase from the mutant ITAAM 010M showed greater activity in pH 4.5, and from the ITAAM 023M at pH 7.5. Their amylases showed high sensitivity to thermal shock. Amylase from mutant ITAAM 010M showed high thermostability at temperature of 90 ˚C. The amylase from ITAAM 023M, at a temperature of 80˚C. The highest activity shown by ITAAM 010M amylase was 1.6 U / ml and the ITAAM 023M, 1.5 U / mL. From the 40 rhizobia, 17 grew well in culture medium containing starch, 19 produced amylolytic halo, and 11 proved to be thermophiles. Rhizobia INPA INPA R001 and INPA R020 showed the highest rates of amylolyse. Their amylase showed greater activity at 90˚C. Amylase of INPA R001 showed higher activity at 100˚C, and from INPA R020, 30˚C. Amylase from INPA R001 showed greater activity at pH 4.5 and from INPA R020, at pH 7.5. Their amylases showed high sensitivity to thermal shock. Amylase from INPA R020 showed higher thermostability at 90 °C and from INPA R001 at 100˚C. The higher activity shown by amylase of rhizobia INPA R001 was 1.6 U/mL, and from INPA R020, 7.5 U/mL / Um dos maiores sucessos da agricultura brasileira é o Pró-Álcool, cuja base de sustentação é a cultura da cana-de-açúcar, que deixa um lapso de atividade na entressafra. Em vista disso, diversas usinas vêm investindo em outras culturas, onde o amido é a fonte primária para a produção do álcool. A busca de amilases termotolerantes em Bacillus sp. e em rizóbios de solos da Amazônia é uma estratégia a ser usada para que as bioindústrias reduzam ou parem de importá-las. Foi feita a mutação de dois Bacillus sp. contendo amilases com exposição à luz ultravioleta. Foram testadas também, 40 estirpes de rizóbio quanto à presença de amilases termotolerantes. Foram feitos ensaios enzimáticos para a verificação de atividade amilolítica em diferentes temperaturas, tempos, pHs, choque térmico e termoestabilidade. O mutante de Bacillus sp. ITAAM 023M mostrou maior índice de amilolise do que o ITAAM 010M. As amilases dos dois mutantes de Bacillus sp e dos rizóbios mostraram-se bem diversificadas quanto às suas características, indicando serem diferentes umas das outras. A temperatura com maior atividade das amilases dos mutantes ITAAM 010M e ITAAM 023M foi 100˚C. A amilase do mutante ITAAM 010M mostrou maior atividade em 4,5, e a do ITAAM 023M em pH 7,5. Suas amilases mostraram alta sensibilidade ao choque térmico. A amilase do mutante ITAAM 010M mostrou maior termoestabilidade na temperatura de 90˚C. A do ITAAM 023M, na temperatura de 80˚C. A maior atividade mostrada pela amilase do ITAAM 010M foi de 1,6 U/mL e a do ITAAM 023M, 1,5 U/mL. Dos 40 rizóbios, 17 cresceram bem em meio de cultura contendo amido, 19 produziram halo amilolítico e 11 se mostraram termofílicos. Os rizóbios INPA R001 e INPA R020 mostraram os maiores índices de amilolise. Suas amilases mostraram maior atividade a 90˚C. A amilase do INPA R001 mostrou maior atividade a 100˚C, e a do INPA R020 a 30˚C. A amilase do INPA R001 mostrou maior atividade no pH 4,5 e a do INPA R020 no pH 7,5. Suas amilases mostraram alta sensibilidade ao choque térmico. A amilase do INPA R020 mostrou maior termoestabilidade a 90ºC e a do INPA R001 a 100˚C. A maior atividade amilolítica mostrada pela amilase do rizóbio INPA R001 foi de 1,6 U/mL e a do rizóbio INPA R020, 7,5 U/mL

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T04:53:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Negri_VictorAugusti_M.pdf: 12106388 bytes, checksum: d15b4a2052af5e412ac086681ebf3a4b (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Propionibacterium acidipropionici é uma bactéria gram-positiva que apresenta a capacidade de produzir ácido propiônico em sua via fermentativa, composto de grande importância na indústria petroquímica e alimentícia. Tendo-se em vista que esse ácido é hoje obtido através de derivados do petróleo, P. acidipropionici vem sendo apontada como uma potencial plataforma industrial na produção de ácido propiônico. Uma das características que enfatizam a sua utilização está a sua capacidade em fixar CO2 e direcioná-lo para a produção de ácido propiônico. Entretanto, pouco se sabe sobre esse fenômeno em propionibactérias. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar e estudar o metabolismo de assimilação de CO2 em P. acidipropionici, visando avaliar a relevância do mesmo na fermentação desta bactéria. Através da análise do genoma e resultados prévios de expressão global foram identificados potenciais genes envolvidos tanto na assimilação de CO2 quanto na produção de ácido propiônico, destacando-se a enzima piruvato carboxilase como uma importante candidata envolvida na fixação de CO2. Dados de expressão dessa enzima indicaram que a mesma tem sua expressão aumentada quando a bactéria é cultivada em glicerol como fonte de carbono, condição em que há uma maior produção de ácido propiônico. Outros genes que se destacaram foram os genes do metabolismo de biotina, cofator importante em enzimas fixadoras de dióxido de carbono. Foi descrito que os genes envolvidos na sua síntese estão ausentes em seu genoma e que os genes envolvidos em sua assimilação se mostraram diferencialmente expressos ao fim das fermentações em glicerol e glicose, indicando uma possível carência metabólica dessa vitamina. Adicionalmente, foi reportado que a assimilação de CO2 pode ocorrer em diferentes fontes de carbono, podendo apresentar até 25% de ácido propiônico e até 32% do ácido succínico, contendo pelo menos um carbono proveniente do CO2. Tais dados revelaram que a assimilação de CO2 é provavelmente um fenômeno recorrente e relevante em P. acidipropionici, o que reforça essa bactéria como uma promissora plataforma industrial. Por fim, experimentos realizados em biorreator indicaram que ambientes com alta disponibilidade de CO2 podem levar a um aumento expressivo da produção de ácido succínico, intermediário da via do ácido propiônico e também um importante produto de interesse da indústria química / Abstract: Propionibacterium acidipropionici is a gram-positive bacterium that has the ability to produce propionic acid through its fermentative pathway, a highly important compound in petrochemical and food industry. In view that nowadays this acid is obtained through petroleum derivatives, P. acidipropionici is being appointed as an important candidate as an industrial platform in propionic acid production. One of the characteristics that emphasize its use is the ability to fix CO2 and direct the assimilated carbon to the production of propionic acid. Little is known about this phenomenon in propionibacteria, however it¿s occurrence is described when the bacterium is cultivated in glycerol as its only carbon source. The present work had as objective to characterize and study the CO2 assimilation mechanism in P. acidipropionici, aiming to evaluate how relevant this mechanism is in its fermentative metabolism. Through genome analysis, genes and pathways potentially involved in this process were identified. The analysis highlights the enzyme pyruvate carboxylase, a propionic acid cycle¿s acting enzyme and little distributed in Propionibacteria, and the genes involved in biotin¿s metabolism, a vitamin that acts as an important cofactor in CO2 fixation reactions in bacteria. The biotin production pathway is not complete in P. acidipropionici, being observable in this project that in fact there is a deficiency in its growth in the absence of the same. Seeking trancriptional clues of the phenomenon and having glycerol as carbon source, a global gene expression analysis of the fermentation of P. acidipropionici was performed in glycerol, glucose and sugarcane juice in different points of bacterial growth (RNASeq). Interestingly, the most differentially expressed enzyme of the fermentative pathway in glycerol is the enzyme pyruvate carboxylase. The biotin related pathways are also differentially expressed at the final stages of the bacterium¿s fermentation, what can be related to a requirement of this vitamin at these stages. The supplementation of this vitamin was performed at the three studied carbon sources. However, no difference in growth or acids production was found. Aiming to explore in which situations the CO2 fixation happens, fermentations with six different carbon sources supplemented with carbon-13 containing sodium bicarbonate were performed. It was evaluated from this experiment that the CO2 assimilation occurs in all studied carbon sources, and that about 1/4 of the propionic acid total has a carbon that comes from the diluted bicarbonate. The generated data reveals that the phenomenon is relevant in P. acidipropionici. Lastly, the effect of sodium bicarbonate supplementation in P. acidipropionici fermentations having glycerol as carbon source was studied. As a result, an expressive increase in the production of succinic acid was observed, another fermentation final product in propionibacteria. Such phenomenon, therefore, could also be more explored for the production of this second acid, equally important in the industrial point of view / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

CAPES / Objetivou-se avaliar o efeito da inclusão de diferentes níveis de óleos funcionais extraídos da mamona (Ricinus communis L.) e da casca da castanha do caju (Anacardium occidentale L.) sobre consumo e digestibilidade de nutrientes, parâmetros ruminais e síntese de proteína microbiana em ovinos. Foram utilizados quatro ovinos machos, castrados, sem raça definida, fistulados no rúmen, com peso vivo médio de 49,1 kg em um delineamento experimental quadrado latino 4 x 4, sendo os tratamentos a inclusão de 2, 4 e 6 g/animal/dia de óleos funcionais e o tratamento testemunha sem a inclusão do óleo. Após 21 dias para adaptação dos animais, o experimento foi conduzido em quatro períodos de 20 dias, sendo 15 para adaptação a dieta e cinco para coletas de amostras e dados. A digestibilidade aparente dos componentes da dieta, e os parâmetros ruminais: amônia, açúcares totais, peptídeos e aminoácidos não foram influenciados pelos tratamentos. O pH apresentou efeito cúbico com maiores valores observados com suplementação de 4,7g/dia e o menor valor com 1,4 g/dia de óleos funcionais. Ao longo do dia, a concentração de açúcares apresentou efeito quadrático aumentando nas primeiras horas após a alimentação. Houve efeito linear ao longo do tempo para as concentrações de peptídeos no fluido ruminal de ovinos recebendo 2g/dia de óleos funcionais, para as concentrações de aminoácidos nos ovinos não suplementados com óleos funcionais e para amônia, neste mesmo tratamento com variação de 9,85 mg/dL à 25,29mg/dL. Da mesma forma, o pH ruminal também variou em função do tempo de forma linear após alimentação para todos níveis de suplementação, com aumento nas duas horas após arraçoamento seguindo de decréscimo por pelo menos 6 horas, e evidenciando menor valor de pH de 5,78. Não foi verificado alterações no consumo e balanço de nitrogênio, com valores médios de nitrogênio retido de 24,5 g/dia, correspondendo a 65,07% do nitrogênio ingerido. Os derivados de purina excretados corresponderam a proporção de 51% de alantoína e 48% de ácido úrico, xantina e hipoxantina e não evidenciaram alterações na síntese microbiana. / The objective of this study was to evaluate the effect of the inclusion of different levels of functional oils extracted from castor bean (Ricinus communis L.) and cashew nuts (Anacardium occidentale L.) on nutrient intake and digestibility, ruminal parameters and microbial protein synthesis in sheep. Four male, castrated, undefined, rumen fistulated sheep were used, with a mean live weight of 49,1 kg in a 4 x 4 Latin square experimental design, with treatments being included of 2, 4 and 6 g/animal/day of functional oils and the control treatment without the addition of the oil. After 21 days for adaptation of the animals, the experiment was conducted in four periods of 20 days, 15 for adaptation to diet and five for collection of samples and data. The apparent digestibility of dietary components and ruminal parameters: ammonia, total sugars, peptides and amino acids were not influenced by the treatments. The pH had a cubic effect with higher values observed with supplementation of 4,7 g/day and the lowest value with 1,4g/day of functional oils. Throughout the day, the concentration of sugars presented quadratic effect increasing in the first hours after the feeding. There was a linear effect over time for the concentrations of peptides in the ruminal fluid of sheep receiving 2g/day of functional oils, for amino acid concentrations in sheep not supplemented with functional oils and for ammonia, in this same treatment with a variation of 9,85mg/dL to 25,29mg/dL. In the same way, the ruminal pH also varied as a function of time in a linear way after feeding for all levels of supplementation, with increase in the two hours after feeding, followed by decreasing for at least 6 hours, and evidencing a lower pH value of 5,78. No changes were observed in nitrogen consumption and nitrogen balance, with mean values of nitrogen retained of 24,5g/day, corresponding to 65,07% of the ingested nitrogen. Excreted purine derivatives corresponded to the proportion of 51% allantoin and 48% uric acid, xanthine and hypoxanthine and did not show changes in microbial synthesis.