Tese (doutorado) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação dos Programas de Pos-Graduação em Engenharia / Made available in DSpace on 2012-10-16T08:00:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2013-07-16T17:23:35Z : No. of bitstreams: 1 101370.pdf: 4305545 bytes, checksum: 10f9ae8cf65a47e8b40d23d9ea88001f (MD5)

Made available in DSpace on 2016-01-13T13:27:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 1988. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:31:36Z : No. of bitstreams: 1 000036077.pdf: 4483670 bytes, checksum: 03892faf78b15a06dda178fbff397aad (MD5)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-02Bitstream added on 2014-06-13T20:33:12Z : No. of bitstreams: 1 wanzeller_wg_me_ift.pdf: 1104414 bytes, checksum: f6829a4e95fac397804869f7aa9967e9 (MD5) / A teoria da percolação de clusters é empregada para estudar a transição de fase magnética no modelo de Ising bidimensional utilizando simulações de Monte Carlo. A teoria da percolação é de interesse para problemas de transições de fase em matéria condensada e em biologia e química. Mais recentemente, conceitos da teoria de percolação de clusters têm sido invocados em estudos da transição de desconfinamento dos quarks e glúons a altas temperaturas na Cromadinâmica quântica. A dissertação apresenta uma revisão sucinta, mas autocontida, dos princípios básicos da teoria da percolação e sua relação aos fenômenos críticos, e dos principais métodos de Monte Carlo. Alguns resultados obtidos não são novos, no entanto, todos códigos numéricos para as simulações e estimativas de erros são originais. / Abstracts: Cluster percolation theory is employed to study the magnetic phase transition in the two dimensional Ising model using Monte Carlo simulations. Percolation theory is of interest in problems of phase transitions in condensed matter physics, and in biology and chemistry. More recently, concepts of percolation theory have been invoked in studies of quark-gluon deconfinement at high temperatures in quantum Chromodynamics. The dissertation presents a brief, but selfcontained review of the basic principles of percolation theory, the relation of percolation to critical phenomena, and discusses the main Monte Carlo methods. Some of the results obtained are to new, but all numerical codes employed in the simulations and erro estimate are original.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-13Bitstream added on 2014-06-13T19:53:28Z : No. of bitstreams: 1 leme_rr_me_ift.pdf: 924435 bytes, checksum: 92fdbfbe29ac1970f3d28a01d822ca6c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Neste trabalho apresentamos resultados de simulações de Monte Carlo de uma teoria quântica de campos escalar com autointeração ´fi POT. 4' em uma rede (1+1) empregando o recentemente proposto algoritmo worm. Em simulações de Monte Carlo, a eficiência de um algoritmo é medida em termos de um expoente dinâmico 'zeta', que se relaciona com o tempo de autocorrelação 'tau' entre as medidas de acordo com a relação 'tau' 'alfa' 'L POT. zeta', onde L é o comprimento da rede. O tempo de autocorrelação fornece uma medida para a “memória” do processo de atualização de uma simulação de Monte Carlo. O algoritmo worm possui um 'zeta' comparável aos obtidos com os eficientes algoritmos do tipo cluster, entretanto utiliza apenas processos de atualização locais. Apresentamos resultados para observáveis em função dos parâmetros não renormalizados do modelo 'lâmbda' e 'mü POT. 2'. Particular atenção é dedicada ao valor esperado no vácuo < 'fi'('qui')> e a função de correlação de dois pontos <'fi'('qui')'fi'('qui' POT. 1')>. Determinamos a linha crítica ( ´lâmbda IND. C', 'mu IND C POT. 2') que separa a fase simétrica e com quebra espontânea de simetria e comparamos os resultados com a literatura / In this work we will present results of Monte Carlo simulations of the ´fi POT. 4'quantum field theory on a (1 + 1) lattice employing the recently-proposed worm algorithm. In Monte Carlo simulations, the efficiency of an algorithm is measured in terms of a dynamical critical exponent 'zeta', that is related with the autocorrelation time 'tau' of measurements as 'tau' 'alfa' 'L POT. zeta', where L is the lattice length. The autocorrelation time provides a measure of the “memory” of the Monte Carlo updating process. The worm algorithm has a 'zeta' comparable with the ones obtained with the efficient cluster algorithms, but uses local updates only. We present results for observables as functions of the unrenormalized parameters of the theory 'lâmbda and 'mü POT. 2'. Particular attention is devoted to the vacuum expectation value < 'fi'('qui')> and the two-point correlation function <'fi'('qui')fi(qui pot. 1')>. We determine the critical line( ´lâmbda IND. C', 'mu IND C POT. 2') that separates the symmetric and spontaneously-broken phases and compare with results of the literature

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-20Bitstream added on 2014-06-13T20:42:20Z : No. of bitstreams: 1 000733608.pdf: 9086920 bytes, checksum: cabe6ae63b437dc018fc6f42a80b52e7 (MD5) / O presente trabalho tem como propósito apresentar uma proposta de modelo para gerenciamento em ambientescommúltiplos projetos simultâneos, baseado no método da Corrente Crítica, demonstrando também como seus princípios podem ser complementados junto às premissas do Sistema Enxuto de Desenvolvimento de Produto, tanto no planejamento quanto na gestão de um portfólio de projetos. Isto pode ocorrer por meio da priorização edo sequenciamento entre os projetos na fase de planejamento do portfólio, aplicando-se o nivelamento pela capacidade dos recursos restritivos e estratégicos de uma organização, a fim de minimizar a sobrecarga sobre os recursos do sistema, e complementando,ainda, com a redução dos desperdícios e das variabilidades durante os processos de desenvolvimento. Em adição a isto, é estruturada a proposta de um modelo,delineando-se os estágios desde o planejamento do portfólio até a fase de gestão e controle do sistema, propiciando a discussão de cenários e a exposição das delimitações de aplicação.Na sequência, o trabalho emprega a Simulação de Monte Carlo, a fim de demonstrar quantitativamente os resultados da solução da Corrente Crítica em termos de desempenho de prazos de uma carteira hipotética de projetos, indicando prováveis resultados similares à realidade dos ambientes multiprojetos. Por último, são elencadas possíveis perspectivas de contribuições, sugerindo, ainda, futuras pesquisas do tema agregado a outros modelos de gestão / This work aims to present a proposed model of management in environments with multiple simultaneous projects based on Critical Chain method, also demonstrating how its principles can be complemented with the assumptions of the Lean Product Development System, both the planning and management of a project portfolio. This can occur by prioritizing and sequencing the projects in the planning phase of the portfolio, applying the leveling according to the capacity of the constrained and strategic resources of an organization in order to minimize the overload on the system’s resources and, moreover, reducing waste and variability during the development processes. In addition to this, is structured proposal for a model, scaling the stages from portfolio planning until management and system control phase, providing a discussion of scenarios and exposuring the delimitations of the application. Following, this research uses the Monte Carlo Simulation in order to quantitatively demonstrate the results of the Critical Chain solution in terms of schedule performance of a hypothetical portfolio of projects, indicating possible results similar to the reality of multiproject environments. Finally, there are possible prospects contributions, suggesting future research theme added to other management models

Made available in DSpace on 2014-08-27T14:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-25Bitstream added on 2014-08-27T15:57:14Z : No. of bitstreams: 1 000723022.pdf: 4573012 bytes, checksum: 3b0b87ba2cdde44c7203a2dc8e7fb5db (MD5) / O enovelamento de proteínas é um problema fundamental em Biofísica Molecular. A teoria aceita, conhecida como “energy landscape”, utiliza o funil de energia potencial como conceito fundamental para o entendimento do enovelamento de proteínas. Este funil ocorre em uma superfície multidimensional de difícil visualização. A investigação de métodos para analisar quantitativamente a estrutura desse funil é importante para o completo entendimento do problema. Neste trabalho são apresentados meios de fazer a visualização desses funis de enovelamento de proteínas para o modelo de rede cúbica 3×3×3. A partir de simulaões do enovelamento de proteínas são calculados as distâncias entre mínimos locais por meio de uma métrica efetiva, onde considera-se os contatos não covalentes feitos em cada conformação. Esta análise é restrita para conformações próximas ao estado nativo. Técnicas de visualização e minimização são usadas para mapear o processo do enovelamento em um espaço de fase de menor dimensionalidade. Por meio desta visualização é possível analisar o enovelamento com detalhes, como a conectividade entre conformações, os diferentes caminhos para se atingir o estado nativo e regiões onde a proteína pode ?car armadilhada. Para este trabalho, utilizou-se cinco proteínas distintas, sendo duas altamente estáveis, duas que possuem baixa estabilidade e uma quinta que tem o estado nativo degenerado. A visualização dos funis se mostraram bastantes distintas, sendo possível notar um padrão para cada proteí?na mesmo quando variado alguns parâmetros. Tais resultados são consistentes com as ideias associadas à teoria do funil de enovelamento de proteínas / The protein folding is a fundamental problem in molecular biophysics. The accepted theory, known as energy landscape, uses the funnel potential energy as a fundamental concept to understand the protein folding problem. The energy funnel occurs in a multidimensional surface, which is difficult to be visualized. The investigation of methods for a quantitative analysis of the funnel structure is important for complete understanding of the problem. In this work, ways for visualize the protein folding funnels in a 3×3×3 lattice models are presented. Protein folding simulations are carried out. Distances between conformations are determined by the non-covalent contact sand de?ned by effective metric of the structural con?guration. The analysis is restricted to conformations close to the native state, i.e., beyond the transition state. Computer minimization and visualization techniques were used to map the dynamics of the folding process into a lower dimensionality phase space, and then represent the folding funnel in two and three-dimensional surface. These techniques are applied to ?ve distinct sequences, which two are highly stable, two marginally stable and the last has a native degenerated state. Their folding funnels are very distinct, where each sequence has a signature even when some parameters varied. These results are consistent with the ideas of the theory of protein folding funnel

Orientador: Prof. Dr. Felix Sharipov / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Exatas, Curso de Pós-Graduação em Física. Defesa: Curitiba, 17/07/2015 / Inclui referências : f. 128-147 / Resumo: Um esquema para implementar um potencial arbitrário na Simulação Direta de Monte Carlo é proposto. Para ilustrar esse esquema, dois problemas testes foram resolvidos usando o potencial de Lennard-Jones. Os potencias AI também foram implementados na Simulação Direta de Monte Carlo (DSMC). Tal implementação permite modelar os fenômenos de transporte em gases rarefeitos sem nenhum parâmetro de ajuste de colisões intermoleculares que normalmente são extraídos de dados experimentais. Aplicando o método proposto em Phys. Fluids 24 011703 (2012), o uso de potenciais ab initio em DSMC requer o mesmo esforço computacional de potenciais amplamente utilizados como o de esferas rígidas, esferas rígidas variáveis, esferas moles variáveis etc. Ao mesmo tempo, os potenciais ab initio permitem obter resultados mais confiáveis do que qualquer outro método. Como exemplo, dois dos coeficientes de transporte para a mistura binária de He-Ar, isto é, viscosidade e condutividade térmica, também foram calculados para diversas valores da fração molar. Já que o esforço computacional do novo esquema é comparável com o modelo de esferas rígidas, este esquema pode substituir completamente os modelos amplamente utilizados tais como esferas rígidas variáveis e esferas moles variáveis. A seguir, o escoamento plano de Couette para a mistura gasosa de He- Ar é calculado pelo método DSMC baseado no potencial ab initio, ao longo de toda a gama de rarefação de gás para diversos valores da fração molar e para dois valores da velocidade da parede. O menor valor de velocidade é correspondente ao limite quando as condições não lineares são desprezíveis, enquanto o valor maior descreve um escoamento não linear. O tensor de cisalhamento, gradiente de velocidade, e perfis de temperatura e fração molar são apresentados. Os resultados reportados podem ser utilizados como dados de referência para testar as equações cinéticas modelo de misturas gasosas. Para estudar a influência do potencial intermolecular, são realizadas simulações para o modelo molecular de esfera rígida. Um desvio relativo dos resultados com base nesse modelo daqueles baseados em potencial ab initio é observado. Salienta-se que a diferença entre os tensores de cisalhamento dos dois potenciais para a solução linearizada é dentro de 1%, enquanto que atinge 6% para os casos não- lineares. A seguir, o problema do fluxo de calor para uma mistura gasosa binária confinada entre duas placas paralelas com diferentes temperaturas é estudado em função do método DSMC com uma aplicação do potencial ab initio. Os cálculos são feitos para uma ampla gama de rarefação gás, para vários valores da fração molar e para dois valores da diferença de temperatura. O menor valor de diferença de temperatura corresponde ao limite quando os termos não lineares são desprezíveis, enquanto o valor maior descreve uma transferência de calor não-linear. O fluxo de calor, temperatura, e as distribuições de frações molares são apresentados. Para estudar a influência do potencial intermolecular, foram realizadas simulações para o modelo molecular de esfera rígida. Um desvio relativo dos resultados com base nesse modelo daquelas baseadas no potencial ab initio é observado. A diferença entre o fluxo de calor dos dois potenciais é de cerca de 8% e 5% para as pequenas e grandes diferenças de temperatura, respectivamente. A distribuição de temperatura entre as placas é fracamente afetada pelo potencial molecular, enquanto que a variação da composição química é a quantidade mais sensível para o problema considerado. Os resultados reportados podem ser utilizados como dados de referência para testar equações cinéticas modelo de misturas gasosas. Por último, um fluxo de gás rarefeito através de um orifício é calculado para três gases nobres, hélio, argônio e criptônio, aplicando DSMC baseada no potencial ab initio. Os cálculos são realizados ao longo de todo o intervalo da rarefação do gás e para vários valores da razão de pressão com o erro numérico inferior a 0,5%. Uma análise comparativa mostra que a diferença relativa da taxa de fluxo com base no potencial ab initio do que a obtida para o modelo molecular de esferas rígidas depende de muitos fatores, isto é, espécies de gás, a razão de pressão, rarefação do gás e a temperatura do gás. Entre os gases considerados aqui, a diferença para o hélio é menor e não excede 0,7%. O desvio para o criptônio é maior e chega a 1,4%. O desvio relativo da taxa de fluxo devido à variação de temperatura está dentro de 0,9%. Uma comparação dos campos mostra que os discos de Mach para o potencial ab initio são mais intensos do que aqueles para o modelo de esferas rígidas. / Abstract: First, a scheme to implement an arbitrary intermolecular potential into the direct simulation Monte Carlo method is proposed. To illustrate the scheme, two benchmark problems are solved employing the Lennard-Jones potential. Then, ab initio potentials are implemented into the direct simulation Monte Carlo (DSMC) method. Such an implementation allows to model transport phenomena in rarefied gases without any fitting parameter of intermolecular collisions usually extracted from experimental data. Applying the method proposed by the authors in Phys. Fluids 24 011703 (2012), the use of ab initio potentials in the DSMC requires the same computational efforts as the widely used potentials such as hard spheres, variable hard sphere, variable soft spheres etc. At the same time, the ab initio potentials provides more reliable results than any other one. As an example, two of the transport coefficients of a binary mixture He-Ar, viz., viscosity and thermal conductivity, are calculated for several values of the mole fraction. Since the computational effort of the new scheme is comparable with that of the hard sphere model of molecules, this new scheme can completely substitute the widely used models such as variable hard spheres and variable soft spheres. Then, the planar Couette ow for gaseous mixture He-Ar is calculated by the DSMC method based on ab initio potential over the whole range of the gas rarefaction for several values of the mole fraction and for two values of the wall speed. The smaller value of the speed corresponds to the limit when the non-linear terms are negligible, while the larger value describes a nonlinear ow. The shear stress, velocity gradient, temperature and mole fraction profiles are presented. The reported results can be used as benchmark data to test model kinetic equations for gaseous mixtures. To study the inuence of the intermolecular potential, the same simulations are carried out for the hard sphere molecular model. A relative deviation of the results based on this model from those based on the ab initio potential is analyzed. It is pointed out that the difference between the shear stresses of the two potentials for the linearized solution is within 1%, while it reaches 6% for the non-linear cases. Next, the heat ux problem for a binary gaseous mixture confined between two parallel plates with different temperatures is studied on the basis of the DSMC method with an implementation of ab initio potential. The calculations are carried for a wide range of the gas rarefaction, for several values of the mole fraction and for two values of the temperature difference. The smaller value of the difference corresponds to the limit when the nonlinear terms are negligible, while the larger value describes a nonlinear heat transfer. The heat ux, temperature, and mole fraction distributions are presented. To study the inuence of the intermolecular potential, the same simulations were carried out for the hard sphere molecular model. A relative deviation of the results based on this model from those based on the ab initio potential is analyzed. It is pointed out that the difference between the heat ux of the two potentials is about 8% and 5% for the small and large temperature differences, respectively. The temperature distribution between plates is weakly affected by the molecular potential, while the chemical composition variation is the most sensitive quantity for the considered problem. The reported results can be used as benchmark data to test model kinetic equations for gaseous mixtures. Finally, a rarefied gas ow through a thin orifice is calculated for three noble gases, helium, argon and krypton, applying the DSMC method based on the ab initio potential. The calculations are carried out over the whole range of the gas rarefaction and for several values of the pressure ratio with the numerical error less than 0.5%. A comparative analysis shows that the relative difference of the ow rate based on the ab initio potential from that obtained for the hard sphere molecular model depends on many factors, namely, gas species, pressure ratio, gas rarefaction and gas temperature. Among the gases considered here, the difference for helium is the smallest and does not exceed 0.7%. The deviation for krypton is the largest and reaches 1.4%. A relative deviation of the ow rate due to the temperature variation is within 0.9%. A comparison of the flowfield shows that the Mach discs for the ab initio potential are stronger than those for the hard sphere model.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-01Bitstream added on 2014-06-13T19:49:16Z : No. of bitstreams: 1 valle_rml_me_sjrp.pdf: 866733 bytes, checksum: 903cda2dc88f2ecf24f8cec8bd5ce702 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho utilizamos simulações de Monte Carlo para estudar as propriedades elétricas e conformacionais de polianfóteros fracos, investigando o efeito da estrutura primária, do pH da solução da valência dos contraíons. O polímero foi representado por um conjunto de esferas rígidas conectadas por um potencial harmônico (modelo bead-spring ) e os contraíons da solução, de valência 1, 2 e 3, foram tratados de maneira explícita segundo o modelo primitivo restrito. Todo o sistema foi confinado em uma célula esférica com o polímero fixado em seu centro. Dentre as análises de propriedades elétricas do polianfótero, foi observado que a fração de grupos básicos protonados se aproxima do caso ideal com o aumento da valência dos contraíons, para todas as sequências primárias estudadas. Diferentemente do que ocorre para homopolímeros carregados, nos quais os efeitos de correlação entre contraíons multivalentes provocam alta compactação da cadeia, o raio de giração de polienfóteros com contra ons trivalentes se mostrou muito próximo de cadeias (self-avoiding walk ). Em relação ao efeito da sequência primária, cadeias com baixa carga líquida apresentaram maior compactação nos casos de distribuição de monômero com menor número de blocos, assim como já previsto na literatura utilizando eletrólito implícito através da teoria de Debye-Hückel. A medida que aumentamos o valor de pH, o polinafótero ca carregado e conformações globulares não são mais observadas. Nestas condições, verificamos a formação de estruturas conhecidas como tadpoles apenas utilizando contraíons monovalente. Em nossa análise de Scaling, os valores conhecidos na literatura para o índice v da relação Rg ~ N vm foram obtidos para os casos Alternado (caso SAW) e Dibloco (caso globular) em regimes de pH nos quais a macromolécula está neutra apenas considerando diluição infinita / In this work we use the Monte Carlo simulations to study conformational and electrical properties of weak Polyampholytes and investigate the e ect of the primary structure, pH and the valency of the counterion on these conformations. The polymer was represented by a set of rigid spheres connected by a harmonic potential (bead-spring model) and the counterions of the solution of valency 1, 2 and 3 were treated explicitly according to the restricted primitive model. The system was enclosed in a spherical cell with the polymer set at its center. Among the analysis of electrical properties of the polyampholyte, it was observed that the fraction of protonated basic groups approaches the ideal case with the increase in valency of the counterion for all the primary sequence studied. Di erently from what occurs for homopolymers, in which the e ects of correlation between multivalent counterions cause high compression of the chain, the radius of gyration of polyampholytes considering trivalent counterions is very close to those obtained for Gaussian chains with excluded volume interaction (Self-Avoiding Walk ). Regarding the e ect of primary sequence, chains with low net charge showed higher compression in cases of fewer blocks monomers distribution, as already provided in previous work using implicit counterions by the Debye-H uckel theory. As the pH increased, the polyampholyte has a net charge and globular conformations are no longer observed. Accordingly, we observed the formation of structures known as tadpoles using monovalent counterions. In our analysis of Scaling, the known values for the index (in Rg N m) were obtained for Alternating case (SAW) and Diblock case (globular) in pH regimes in which the macromolecule has no net charge and only considering in nite dilution

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-23Bitstream added on 2014-06-13T19:49:17Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_vm_me_sjrp.pdf: 490556 bytes, checksum: dd189873ce20ff5b1a9687c5da17fc59 (MD5) / A interação entre polieletrólitos e macro ons de carga oposta é uma area de pesquisa ativa em campos como química, física, biologia, medicina e nanotecnologia. Desse modo, e fundamental conhecer os fatores que determinam a estabilidade de complexos formados por essas macromoléculas. Um aspecto interessante neste sistema e a mudança abrupta de certas propriedades da solução sens veis a formacão do complexo, como a turbidez, quando há variação na concentração de sal ou no pH da solução. Este comportamento e característico de uma transição de fase e pode ter uma grande importância na regulacão do metabolismo celular. O conhecimento dos aspectos termodinâmicos deste comportamento ainda não est a muito claro. Neste trabalho nos investigamos o efeito da concentração de sal, carga da macromolécula e pH na trasição entre o estado adsorvido e livre de polieletrólitos fracos, sujeitos a regulação de carga, e macroíons esféricos de carga oposta. Para tanto, n os usamos simulações de Monte Carlo associadas ao algoritmo de Metropolis e o método de análise de multiplos histogramas. Usando médias da energia livre e do raio de giro nós identicamos transições de fase do tipo de primeira ordem entre o dois estados (complexado e livre). Também analisamos diagramas de estado em função da força iônica e do pH para diferentes valores de carga do macro on e a conformação da cadeia adsorvida foi caracterizada pela m édia do raio de giro e pelo perfil da distribuição dos monômeros / The knowledge of factors that determine the stability of biomolecular com-plexes is utmost importance for understanding various biological processes and for many technological applications. An important class of complex are the ones formed by macroions and oppositely charged polyelectrolytes. An interesting aspect here is the abrupt change of certain properties of the solution sensitive to complex formation, as the turbidity, when varying the salt concentration and pH. This behavior characteristic of phase transition may have great importance in the regulation of cellular metabo-lism. The understanding of the thermodynamic aspects of this phase-transition-like behaviour is still not very clear. In this work we investigate the e ect of salt concen-tration, charge of the macromolecule and pH on the adsorption-desorption transition of these polyelectrolytes onto oppositely charged spherical macroions by means of Me-tropolis Monte Carlo simulations and the weighted histogram analysis method. Using the mean binding energy and the radius of gyration as order parameters we identify a rst-order-like transitions between adsorbed and desorbed states. The states diagrams as a function of ionic strenght and pH of are provided for di erent values of macroion charge, and the conformation of the adsorbed chain is characterized by means of radius of gyration and monomer distribution profile

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-03-30Bitstream added on 2014-06-13T19:08:27Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_rj_me_sjrp.pdf: 1282528 bytes, checksum: f1be25a39f095b823d25acad1b0e4ae8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O enovelamento de proteinas é um problema fundamental em Biofísica Molecular. O processo de enovelamento é, em geral, mapeado através de uma equação de difusão aplicada ao longo da coordenada de reação Q, a qual descreve o grau de similaridade de uma determinada configuração com o estado nativo da proteína. Os tempos de enovelamento podem ser calculados a partir dos potenciais efetivos e do coeficiente de difusão D. Na literatura, D é assumido constante. Usando modelos de rede, mostramos neste trabalho variações desse coeficiente de difusão em função de Q e calculamos os novos tempos de enovelamento. / The protein folding is a fundamental problem in Molecular Biophysics. The folding process is, in general, mapped in a diffusion equation through the reaction coordinate Q, that is the similarity degree of a state with the native state. The folding times can be calculated with effective potencials and the diffusion coef- ficient D. In the literature, D is assumed constant. Using lattice models, we show in this work its variations in function of Q and we calculate the new folding times.