Les Streptomyces possédent un large arsenal enzymatique ayant des rôles importants dans le sol. Au cours de cette thèse, nous avons exploré leur diversité génétique, fonctionnelle et écologique à partir de collections provenant de sols forestiers. Ainsi, l’exploration du potentiel cellulolytique et la capacité à détecter des sucres libérés lors de l’attaque du bois par des champignons lignivores a permis de créer un biosenseur dont l’exploitation pourrait constituer un nouvel outil normatif pour la détection de la dégradation du bois. Suite à une approche de génomique comparative réalisée entre des isolats sympatriques, nos résultats ont permis de démontrer que des souches phylogénétiquement très apparentées présentaient de grandes différences en termes de présence/absence de gènes, suggérant une vitesse d’évolution rapide du génome accessoire au sein de la population. Ces gènes, souvent associés à des éléments potentiellement transférables, a souligné un rôle important du transfert horizontal pour la diversification de la population. Par une approche d’écologie réverse, la fonction prédite de certains de ces gènes a également pu être corrélée avec un rôle écologique potentiel. Ainsi, l’un des clusters de gènes variables identifié était impliqué dans la production de métabolites secondaires et pourrait constituer un bien commun pour la population. Nos résultats ont confirmé la grande diversité métabolique des Streptomyces (et leur utilité à des fins appliquées), mais indique également qu’une diversification rapide entre souches proches, aurait un rôle écologique important au niveau des populations naturelles de Streptomyces / Streptomyces are known to possess a large enzymatic arsenal which can have important roles in the soil. During this thesis, we explored their genetic, functional and ecological diversity using collections from forest soils. Thus, the exploration of their cellulolytic potential and their ability to detect complex sugars released by wood during lignivorous fungi attacks has led to the creation of a biosensor whose exploitation could constitute a new normative tool for the detection of the degradation of wood. Subsequent to comparative genomic approach carried out between sympatric isolates, our results also demonstrated that phylogenetically highly related strains exhibited large differences in the presence / absence of genes, suggesting a rapid rate of evolution of the population accessory genome. These genes, often associated with potentially transferable elements, underlined important role of horizontal transfer for population diversification. Using a reverse ecology approach, the predicted function of some of these genes could also be correlated with a potential ecological role. Thus, one of the variable gene clusters identified by genome analysis was involved in the production of secondary metabolites and would constitute a common good for the population. All of our results confirm the wide metabolic diversity of Streptomyces (and their utility for applied purposes), but also indicates that this diversification would be rapid between nearby strains and would have an important ecological role in the natural populations of Streptomyces

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2016-05-17T13:11:30Z No. of bitstreams: 1 PDF - Fabrício Correia Diniz.pdf: 1709834 bytes, checksum: 43e4f8c72a3f970f3e159f409f5fad74 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-07-21T20:41:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Fabrício Correia Diniz.pdf: 1709834 bytes, checksum: 43e4f8c72a3f970f3e159f409f5fad74 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T20:41:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Fabrício Correia Diniz.pdf: 1709834 bytes, checksum: 43e4f8c72a3f970f3e159f409f5fad74 (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / The composition and structure of the shrub and tree vegetation along the altitudinal gradient are reflections of environmental heterogeneity resultant from the interaction of several variables, resulting in the formation of distinct floristic arrangements. Aimed to evaluate and understand the formation and variance of shrub-tree communities along na altitudinal gradient in Brazilian semiarid according to variables abiotic and biotic. The search was accomplished along an altitudinal gradient in Serra da Arara in São João do Cariri/PB. It was established 100 permanent plots distributed in four transects 25 and each with 100 m², forming a continuum in the gradient, distant from one another 10 m, two on the slope northeast of the mountain range and two in the southeast side, including all plants with height ≥ 1 meter and DNS (diameter at ground level) ≥ 3 cm. Measured weekly rainfall, humidity, temperature and winds peed at three locals situated in the altitudes (up to 500 m), foot; (up to 600 m) intermediate altitude; (> 600 m) in the top and each parcel were measured the altitude, ground slope, soil depth, rockiness, amount of burlap and presence of terrestrial bromeliads. There was the formation of two distinct floristic groups, one (G1) at the lower altitudes (between 479 to 563 meters) and other (G2) in the higher altitudes plots (between 564 to 653 meters) with composition and structure that differed significantly. The rainfall, humidity, temperature and winds peed can not explain the formation of floristic groups. The altitude, the presence of Bromeliaceae and amount of burlap are the predictive variables which together with the slope, rockiness and soil depth influence on the formation of groups formed along the gradient. Conclude that these variables jointly with the species in each habitat floristic group act as filters, resulting in na environmental heterogeneity with distinct microhabitats forming. / A composição e estrutura da vegetação arbustiva-arbórea ao longo do gradiente altitudinal são reflexos da heterogeneidade ambiental resultante da interação de diversas variáveis, resultando na formação de arranjos florísticos distintos. Objetivou-se avaliar e compreender a formação e divergência de comunidades arbustivo-arbóreas ao longo de um gradiente altitudinal no semiárido brasileiro de acordo com variáveis abióticas e bióticas. O trabalho foi realizado ao longo de um gradiente altitudinal na Serra da Arara em São João do Cariri/PB. Estabeleceu-se 100 parcelas permanentes distribuídas em quatro transectos de 25 e cada uma com 100 m², formando um continuum no gradiente, distando uma da outra 10 m, dois na vertente nordeste da serra e dois na vertente sudeste, incluindo todas as plantas com altura ≥ 1 metro e DNS (diâmetro ao nível do solo) ≥ 3 cm. Mediu-se semanalmente a pluviosidade, umidade, temperatura e velocidade do vento em três pontos localizados nas altitudes de (até 500 m), sopé; (até 600m), altitude intermediária; (> 600 metros), topo e em cada parcela foram medidas a altitude, declividade do terreno, profundidade do solo, rochosidade, quantidade de serapilheira e presença de bromélias terrestres. Houve a formação de dois grupos florísticos distintos, um (G1) nas menores altitudes (entre 479 a 563 metros) e o outro (G2) as parcelas de maiores altitudes (entre 564 a 653 metros), com composição e estrutura que diferiram significativamente. A pluviosidade, umidade, temperatura e velocidade do vento não conseguem explicar a formação dos grupos florísticos. A altitude, presença de Bromeliaceae terrestres e quantidade de serrapilheira constituem as variáveis preditivas que juntamente com a declividade, rochosidade e profundidade do solo influenciam na formação dos grupos formados ao longo do gradiente. Conclui-se que estas variáveis juntamente com as espécies em cada grupo florístico atuam como filtros de habitat, resultando numa heterogeneidade ambiental com formação de microhabitats distintos.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-03-14T21:40:08Z No. of bitstreams: 1 DiogoSantosDeMoura_DISSERT.pdf: 4499351 bytes, checksum: ce1afdd4cc28f96ba5427513af1f55ad (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-03-15T22:50:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DiogoSantosDeMoura_DISSERT.pdf: 4499351 bytes, checksum: ce1afdd4cc28f96ba5427513af1f55ad (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-15T22:50:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DiogoSantosDeMoura_DISSERT.pdf: 4499351 bytes, checksum: ce1afdd4cc28f96ba5427513af1f55ad (MD5) Previous issue date: 2016-06-03 / As ?reas recifais do litoral do Rio Grande do Norte s?o fei??es geomorfol?gicas extremamente importantes, principalmente para as pessoas que dependem da atividade tur?stica e da pesca al?m de servir de ref?gio para diversas esp?cies de animais marinhos. O presente estudo pretende analisar a qualidade ambiental de microhabitats de foramin?feros relacionada ?s condi??es oceanogr?ficas f?sicas e sedimentol?gicas na platafoma interna adjacente ? ?rea recifal da praia de Pirangi - RN e da plataforma externa adjacente a Macau - RN (Recifes do A?u), visando caracterizar diferentes graus de polui??o, contamina??o org?nica e potencial de prolifera??o de organismos construtores dos recifes nesses ambientes recentes. Na regi?o dos recifes de Pirangi foram coletadas em 2013 e 2014, 55 amostras sedimentares, e realizadas medidas na coluna de ?gua de temperatura, salinidade e oxig?nio dissolvido. Os ?ndices ecol?gicos revelaram que as amostras de Pirangi 2014 s?o mais diversas e com menor domin?ncia de esp?cies de foramin?feros oportunistas do que 2013. Observou-se tamb?m que estas esp?cies oportunistas foram dominantes principalmente nas esta??es costeiras e na regi?o onde ocorre o pisoteamento dos recifes pelos turistas. Os dados de foramin?feros correlacionados aos dados f?sicos da ?gua e granulometria, revelam que a fra??o grossa ? a vari?vel que melhor se correlaciona com a abund?ncia de foramin?feros. A avalia??o da sa?de ambiental baseada nos dados FI, revelou-se eficaz e seus resultados levaram a conclus?o que a qualidade da ?gua do Pirangi n?o ? adequada para o crescimento de recife corais e que a presen?a de ambientes onde n?o haver? recupera??o da comunidade de corais em caso de um evento estressante, ? bem preocupante. Na ?rea recifal do vale inciso do rio A?u, 29 amostras de sedimento foram coletadas e caracterizadas pela granulometria, teores de carbonato de c?lcio e mat?ria org?nica e foramin?feros. Os resultados revelaram que as esp?cies oportunistas s?o dominantes na regi?o do paleocanal do rio A?u, onde predomina sedimento fino, enquanto nas bordas do canal prevalecem assembl?ias de foramin?feros simbi?nticos associado aos recifes. Observou-se diferen?a marcante em rela??o ao tamanho dos gr?os em cada por??o da ?rea, por?m o estudo revelou que este n?o ? o fator determinante para a varia??o das assembl?ias, e que o fator chave para as diferentes assembl?ias ? a profundidade. A regi?o das bordas do canal onde est?o situados os recifes apresentou qualidade ambiental superior ao paleocanal, mostrando-se ambiente saud?vel que permite o desenvolvimento dos recifes.

Les modèles d’habitat hydrauliques sont fréquemment utilisés pour prédire les impacts écologiques de la gestion des débits des rivières. Ils couplent des modèles hydrauliques des tronçons de rivières à des modèles de "préférences" des organismes pour les conditions hydrauliques de leur microhabitat (vitesses, hauteurs, forces). Les modèles d'habitat statistiques reposent sur une modélisation des distributions en fréquence des variables hydrauliques. Ils sont simples d'utilisation mais ne sont pas applicables en l'état en milieu insulaire tropical. Nous avons développé des modèles biologiques de préférences hydrauliques de 15 taxons diadromes des îles tropicales (crevettes et poissons), ainsi que des modèles hydrauliques statistiques adaptés aux rivières à forte pente et forte granulométrie. Les modèles utilisent cinq jeux de données biologiques existants (~8350 échantillons de pêches électriques, 52 rivières) et des mesures hydrauliques originales (44 rivières, 69 station×date), collectés dans quatre îles des Caraïbes (Guadeloupe, Martinique) et de l'Océan Indien (Mayotte, Réunion), en collaboration avec des partenaires locaux. Nos modèles hydrauliques statistiques prédisent les distributions de vitesses et de hauteurs d'eau observées avec plus de précision que les modèles développés en Europe continentale. Les modèles biologiques reflètent que les contraintes hydrauliques contribuent généralement faiblement à la sélection du microhabitat en milieu tropical. Néanmoins, certains taxons montrent des préférences hydrauliques significatives et comparables entre les jeux de données. Nous illustrons l'application possible des résultats pour guider la gestion des débits / Hydraulic habitat models are frequently used for predicting the ecological impacts of flow management in stream reaches. Their hydraulic component describes microhabitat hydraulics within the reach (e.g. velocity, depth); their biological component describes the "preferences" of aquatic taxa for microhabitat hydraulics. Statistical habitat models involve the modelling of the frequency distributions of hydraulic variables in reaches. Their application requires simple data, but such models are not available for insular tropical streams. We developed hydraulic preference models for 15 diadromous taxa of tropical islands (shrimps and fishes), and statistical hydraulic models for steep streams with large bed particle size. Our models are based on five available biological data sets (~8350 electrofishing units, 52 streams) and original hydraulic measurements (44 streams, 69 site×date) collected in four islands in the Caribbean region (Guadeloupe, Martinique) and the Indian Ocean (Reunion, Mayotte), in collaboration with local partners. Our hydraulic models improve the predictions of observed velocity and depth distributions when compared with previous models developed in continental Europe. Our biological models reflect that hydraulics contribute less to microhabitat selection in tropical islands than elsewhere. Nevertheless, some taxa have significant hydraulic preferences that are comparable among data sets and we illustrate a potential application of our results for guiding low flow management in tropical insular streams

L'échinococcose alvéolaire, qui peut être fatale si le diagnostic est tardif, est une zoonose émergente. Elle est due à un cestode, Echinococcus multilocularis, dont le cycle fait intervenir le renard roux, Vulpes vulpes, comme hôte définitif et les campagnols prairiaux (Microtus arvalis et Arvicola terrestris) comme hôtes intermédiaires. Relativement peu de données sont actuellement disponibles sur les facteurs écologiques qui peuvent moduler l'intensité de la transmission du parasite entre ses hôtes aux fenêtres d'observation régionales et locales. Dans ce contexte, nous avons conduit une étude du fonctionnement du cycle d'Em à différents niveaux de perception, dans le département français des Ardennes, considéré comme une région de nouvelle endémie. La prévalence vulpine, estimée à 53 % pourrait être expliquée par une densité relativement élevée de renards et une importante consommation de M. arvalis de leur part. A une étendue régionale (900 km²) et un grain local (1 km²), la prévalence vulpine et la distribution des charges parasitaires apparaissent très hétérogènes, avec un gradient croissant nord-sud très marqué. La majorité de la biomasse parasitaire est concentrée sur quelques individus et sur quelques kilomètres carrés. Les caractéristiques du paysage et les densités de rongeurs hôtes intermédiaires semblent influencer les prévalences vulpines. Enfin, à une étendue locale (90 km²) et un grain micro-local (1000 m²), les lisières semblent particulièrement favorables à la transmission parasitaire, puisque c'est dans ce milieu que coïncident des densités élevées de fèces de renards et de rongeurs et, donc, que les contacts entre oeufs et hôtes intermédiaires sont les plus probables.

Compreender os mecanismos que causam variações espaço-temporais na diversidade biológica é uma das principais atribuições da ecologia. A teoria clássica de nicho prediz que o gradiente ambiental e sua complexidade mediam processos cruciais na estruturação das assembléias locais, permitindo a coexistência das espécies. A associação entre fatores espaciais e ambientais e diversidade inventário e diversidade diferenciação de mamíferos Neotropicais, tem sido usualmente investigada por estudos de resolução grosseira. Assim, o efeito do gradiente ambiental em resolução fina, ainda é praticamente desconhecido. Neste trabalho, eu investiguei os efeitos de processos ambientais, espaciais e ambientais espacialmente estruturados sobre a diversidade α e β de mamíferos, em uma área de aproximadamente de 1.100,42 km2 no norte do Pantanal, a maior área úmida contínua do planeta. Utilizei um método de análise espacial chamado Análise de Coordenadas Principais de Matrizes Vizinhas e modelos lineares para descrever as contribuições desses processos. Os resultados demostram que fatores ambientais e espaciais, em conjunto, são mais importantes do que os efeitos independentes de cada fator, tanto para a diversidade α quanto para a β. O modelo completo explicou 18% da variação na diversidade α e 41% da variação na diversidade β. A diversidade β estimada foi negativamente relacionada com a diversidade α estimada. A diversidade β observada foi positivamente relacionada com a variação da estrutura de habitas entre sítios, embora o modelo tenha explicado uma porcentagem pequena da variação total. Os dados sugerem que embora os grandes mamíferos neotropicais sejam considerados espécies generalistas, eles não ocorrem de forma homogênea ao longo do gradiente, criado pelo mosaico da paisagem pantaneira, e que o papel da variação de nicho espacial é fundamental para manter a riqueza específica em nível regional. / Comprehending the mechanism that causes spatial-temporal variation in biological diversity is at the core of ecological inquiry. Classical niche theory states that environmental gradient and complexity mediate crucial processes that structure local assemblages, allowing species to co-exist. The association between spatial and environmental factors and mammalian inventory or differentiation diversity in the Neotropics, has been usually investigated by coarse grain studies, thus the effect of fine grain effects on mammalian diversity still largely unappreciated. In this paper, I investigated the effects of environmental, spatial, and spatially structured environmental processes on mammalian α- and β-diversity in an area of approximately 1,100.42 km2 in the northern Pantanal, the largest continuous wetland on Earth. I used a spatial analysis method called Principal Coordinates of Neighbor Matrices analysis and linear models to depict the contributions of these processes. The results show that environmental and spatial factors, jointly, are more important than the independent effects of each factor for both, α- and β-diversity. The full model accounted for 18% of the variation in α- diversity and 41% of the variation in β-diversity. Estimated β-diversity decreased with estimated α-diversity. Observed β-diversity increased with site distinctness, although the model had a poor fit and explained a small amount of the total variance. My data suggests that although most large Neotropical mammals are broadly distributed and considered plastic species, they do not occur homogeneously across the landscape, and that the role of spatial niche is critical to maintain species richness at the landscape level.

Compreender os mecanismos que causam variações espaço-temporais na diversidade biológica é uma das principais atribuições da ecologia. A teoria clássica de nicho prediz que o gradiente ambiental e sua complexidade mediam processos cruciais na estruturação das assembléias locais, permitindo a coexistência das espécies. A associação entre fatores espaciais e ambientais e diversidade inventário e diversidade diferenciação de mamíferos Neotropicais, tem sido usualmente investigada por estudos de resolução grosseira. Assim, o efeito do gradiente ambiental em resolução fina, ainda é praticamente desconhecido. Neste trabalho, eu investiguei os efeitos de processos ambientais, espaciais e ambientais espacialmente estruturados sobre a diversidade α e β de mamíferos, em uma área de aproximadamente de 1.100,42 km2 no norte do Pantanal, a maior área úmida contínua do planeta. Utilizei um método de análise espacial chamado Análise de Coordenadas Principais de Matrizes Vizinhas e modelos lineares para descrever as contribuições desses processos. Os resultados demostram que fatores ambientais e espaciais, em conjunto, são mais importantes do que os efeitos independentes de cada fator, tanto para a diversidade α quanto para a β. O modelo completo explicou 18% da variação na diversidade α e 41% da variação na diversidade β. A diversidade β estimada foi negativamente relacionada com a diversidade α estimada. A diversidade β observada foi positivamente relacionada com a variação da estrutura de habitas entre sítios, embora o modelo tenha explicado uma porcentagem pequena da variação total. Os dados sugerem que embora os grandes mamíferos neotropicais sejam considerados espécies generalistas, eles não ocorrem de forma homogênea ao longo do gradiente, criado pelo mosaico da paisagem pantaneira, e que o papel da variação de nicho espacial é fundamental para manter a riqueza específica em nível regional. / Comprehending the mechanism that causes spatial-temporal variation in biological diversity is at the core of ecological inquiry. Classical niche theory states that environmental gradient and complexity mediate crucial processes that structure local assemblages, allowing species to co-exist. The association between spatial and environmental factors and mammalian inventory or differentiation diversity in the Neotropics, has been usually investigated by coarse grain studies, thus the effect of fine grain effects on mammalian diversity still largely unappreciated. In this paper, I investigated the effects of environmental, spatial, and spatially structured environmental processes on mammalian α- and β-diversity in an area of approximately 1,100.42 km2 in the northern Pantanal, the largest continuous wetland on Earth. I used a spatial analysis method called Principal Coordinates of Neighbor Matrices analysis and linear models to depict the contributions of these processes. The results show that environmental and spatial factors, jointly, are more important than the independent effects of each factor for both, α- and β-diversity. The full model accounted for 18% of the variation in α- diversity and 41% of the variation in β-diversity. Estimated β-diversity decreased with estimated α-diversity. Observed β-diversity increased with site distinctness, although the model had a poor fit and explained a small amount of the total variance. My data suggests that although most large Neotropical mammals are broadly distributed and considered plastic species, they do not occur homogeneously across the landscape, and that the role of spatial niche is critical to maintain species richness at the landscape level.

Compreender os mecanismos que causam variações espaço-temporais na diversidade biológica é uma das principais atribuições da ecologia. A teoria clássica de nicho prediz que o gradiente ambiental e sua complexidade mediam processos cruciais na estruturação das assembléias locais, permitindo a coexistência das espécies. A associação entre fatores espaciais e ambientais e diversidade inventário e diversidade diferenciação de mamíferos Neotropicais, tem sido usualmente investigada por estudos de resolução grosseira. Assim, o efeito do gradiente ambiental em resolução fina, ainda é praticamente desconhecido. Neste trabalho, eu investiguei os efeitos de processos ambientais, espaciais e ambientais espacialmente estruturados sobre a diversidade α e β de mamíferos, em uma área de aproximadamente de 1.100,42 km2 no norte do Pantanal, a maior área úmida contínua do planeta. Utilizei um método de análise espacial chamado Análise de Coordenadas Principais de Matrizes Vizinhas e modelos lineares para descrever as contribuições desses processos. Os resultados demostram que fatores ambientais e espaciais, em conjunto, são mais importantes do que os efeitos independentes de cada fator, tanto para a diversidade α quanto para a β. O modelo completo explicou 18% da variação na diversidade α e 41% da variação na diversidade β. A diversidade β estimada foi negativamente relacionada com a diversidade α estimada. A diversidade β observada foi positivamente relacionada com a variação da estrutura de habitas entre sítios, embora o modelo tenha explicado uma porcentagem pequena da variação total. Os dados sugerem que embora os grandes mamíferos neotropicais sejam considerados espécies generalistas, eles não ocorrem de forma homogênea ao longo do gradiente, criado pelo mosaico da paisagem pantaneira, e que o papel da variação de nicho espacial é fundamental para manter a riqueza específica em nível regional. / Comprehending the mechanism that causes spatial-temporal variation in biological diversity is at the core of ecological inquiry. Classical niche theory states that environmental gradient and complexity mediate crucial processes that structure local assemblages, allowing species to co-exist. The association between spatial and environmental factors and mammalian inventory or differentiation diversity in the Neotropics, has been usually investigated by coarse grain studies, thus the effect of fine grain effects on mammalian diversity still largely unappreciated. In this paper, I investigated the effects of environmental, spatial, and spatially structured environmental processes on mammalian α- and β-diversity in an area of approximately 1,100.42 km2 in the northern Pantanal, the largest continuous wetland on Earth. I used a spatial analysis method called Principal Coordinates of Neighbor Matrices analysis and linear models to depict the contributions of these processes. The results show that environmental and spatial factors, jointly, are more important than the independent effects of each factor for both, α- and β-diversity. The full model accounted for 18% of the variation in α- diversity and 41% of the variation in β-diversity. Estimated β-diversity decreased with estimated α-diversity. Observed β-diversity increased with site distinctness, although the model had a poor fit and explained a small amount of the total variance. My data suggests that although most large Neotropical mammals are broadly distributed and considered plastic species, they do not occur homogeneously across the landscape, and that the role of spatial niche is critical to maintain species richness at the landscape level.

Orientador: Flavio Antonio Maes dos Santos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T20:45:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Virillo_CarolinaBernucci_D.pdf: 2082404 bytes, checksum: 73a7c246ad5ac8eccbc8fcf39ee5364b (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Os mecanismos responsáveis pela alta diversidade de espécies arbóreas em florestas tropicais têm sido alvo de intenso debate na literatura, e dentre os inúmeros mecanismos propostos, dois deles têm encontrado relativo suporte empírico: a dependência de densidade e a diferenciação de nichos. O objetivo deste trabalho foi investigar a ocorrência destes mecanismos na Floresta Ombrófila Densa Atlântica, que apresenta uma enorme diversidade de espécies vegetais, que variam em abundância, e uma grande diversidade de habitats, o que faz deste bioma um local apropriado para buscar evidências da ocorrência desses mecanismos. Foi investigada a influência da densidade de coespecíficos, da vizinhança e do microhábitat na demografia de quatro espécies arbóreas, e esperava-se que estes fatores atuassem de maneira conjunta na determinação da demografia das espécies estudadas. Em cinco áreas de 0,25 ha, duas na Floresta Ombrófila Densa de Terras Baixas (TB) e três na Floresta Ombrófila Densa Submontana (SM), foram marcados e medidos os indivíduos destas espécies, e um recenso foi realizado após dois anos para obtenção de taxas de mortalidade e recrutamento. Indivíduos com PAP (perímetro a altura do peito) > 15 cm foram acompanhados mensalmente para a avaliação da fenologia reprodutiva e do incremento diamétrico. Foi avaliada a influência da densidade de indivíduos e da distância e número de vizinhos coespecíficos na demografia das espécies. Também foi avaliada a relação da demografia com habitats específicos, dados pela declividade e pela porcentagem de abertura de dossel, assim como da fenologia reprodutiva e do incremento diamétrico com a cota de altitude e com o índice de iluminação da copa (IC). Para nenhuma das espécies estudadas foi encontrada relação entre a densidade total de indivíduos e as taxas de mortalidade e de recrutamento. Entretanto, nas áreas de maior abundância, foram encontradas associações entre os indivíduos mortos e os demais indivíduos da população, assim como diminuição da agregação conforme se considera classes de tamanho maiores, que podem ser interpretadas como evidências dos processos dependentes de densidade, indicando que os processos dependentes de distância ou densidade só se mostram importantes em situações de densidade elevada. Houve relação do número de indivíduos com a declividade para a maioria das espécies, mas foram poucas as relações significativas com a abertura de dossel. A mortalidade, o recrutamento e o crescimento dos indivíduos com PAP < 15 cm apresentaram poucas relações significativas com as variáveis ambientais (IDP e abertura do dossel), provavelmente devido ao baixo número de eventos registrados. Para duas das espécies, a fenologia reprodutiva se relacionou com a cota de altitude, mas não com o IC, indicando um aspecto da preferência de hábitat. Já o incremento diamétrico variou muito dentro de uma mesma cota altitudinal, se relacionando, para duas das espécies, com o IC, mas para as outras duas espécies nem a altitude e nem a iluminação das suas copas explicou a variação observada no crescimento. Recomenda-se que um maior número de variáveis ambientais sejam utilizadas para caracterizar os microambientes quando se busca evidências de preferências de hábitat. É provável que os mecanismos estudados não sejam mutuamente exclusivos e que eles atuem em conjunto na determinação dos processos demográficos populacionais, e assim influenciando conjuntamente na manutenção da grande diversidade de espécies arbóreas em florestas tropicais. / Abstract: The mechanisms that are responsible for the high tree species diversity in tropical forests have been intensively debated on literature, and among the several proposed mechanisms, two of them have been relatively empirically supported: the density-dependence and the niche differentiation. The aim of this work was to investigate the occurrence of these mechanisms on the Atlantic Ombrophilous Dense Forest, that has a huge plant species diversity, that vary on their abundance, and a high diversity of habitats, what makes this biome an appropriate place to seek for the existence of these mechanisms. We investigated the influence of conspecific density, neighborhood and microhabitat on the demography of four tree species, and we expected these factors to act together on determining the demography of the studied species. On five 0.25 ha area, two on the Lowland Ombrophilous Dense Forest and three on the Lower-montane Ombrophilous Dense Forest, we tagged and measured all the plants of the studied species; the plants were re-censused after two years so we obtained the mortality and recruitment rates. Plants with perimeter at breast height (PBH) > 15 cm were monthly observed to evaluate their reproductive phenology and diameter increment. We evaluated the influence of the density of plants and the number and distance of conspecific neighbors on the demography of the studied species. We also evaluated the relationship of the demographic rates with specific habitats, given by canopy openness and declivity, and of the reproductive phenology and diameter increment with the altitude and the crown illumination index (IC). We found no relationship between the total density of individuals and the mortality or recruitment rates, but on the areas of high abundance we found associations between the dead plants and the other plants of the populations, as well as lower aggregation as we considered bigger size classes, which could be interpreted as evidences of the density dependent processes, indicating that the density or distance-dependent processes are important only on high density situations. We found significant relationships between the number of individuals and declivity for the majority of species, but there were few significant associations with the canopy openness. Mortality, growth and recruitment of plants PBH < 15 cm have few significant correlations with environmental variables (declivity and canopy openness), probably because of the low number of events registered. For two of the studied species, the reproductive phenology was related to the altitude but not with IC, indicating one aspect of the habitat preference. The diameter increment showed great variation on the same altitude, and for two species it was related with IC, but for the other two neither the altitude nor the IC explained the observed variation on growth. We recommend the use of more environmental variables to characterize the microenvironments when seeking for evidence of habitat preference. It's possible that the studied mechanisms are not mutually exclusive and that they act together on determining the demographic processes, and so, influencing together the maintenance of the high tree species diversity on tropical forests. / Doutorado / Mestre em Biologia Vegetal

Orientadores: Paulo Inácio de Knegt López de Prado, Emerson Monteiro Vieira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T00:11:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paise_Gabriela_D.pdf: 1506226 bytes, checksum: 2321b37857a637b42de135349a06edea (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo : Os efeitos negativos da fragmentação de habitats sobre pequenos mamíferos são amplamente reconhecidos. Entretanto, a intensidade desses efeitos depende de diversos fatores como o padrão de fragmentação, a escala avaliada, a permeabilidade de diferentes tipos de matrizes e a plasticidade comportamental de diferentes grupos de espécies. Neste estudo avaliamos os efeitos da fragmentação, em uma paisagem extremamente fragmentada de Mata Atlântica, na comunidade de pequenos mamíferos (i) através do uso diferencial de habitats pela comunidade e por guildas de espécies que usam habitats florestais, áreas abertas ou ambos (generalistas); (ii) através dos padrões de utilização de micro-habitats; (iii) através da similaridade na utilização da paisagem, entre sexos e espécies generalistas de habitat, em diferentes escalas espaciais. Nós utilizamos armadilhas de intercepção e queda em seis sítios de amostragem, nos quais avaliamos cinco habitats: floresta com rio, floresta sem rio, borda de floresta, matriz de pasto com rio e matriz de pasto sem rio. Nós detectamos que o habitat mais antrópico e inóspito, a matriz sem rio, suportou menor abundância de espécies. As guildas de espécies responderam diferentemente aos habitats da paisagem. Houve menor tolerância das espécies florestais ao habitat matriz sem rio. Até mesmo as espécies generalistas sofrem os efeitos negativos da matriz sem rio, diminuindo em abundância. Um pequeno aumento na estrutura da vegetação, como observado nas matrizes ripárias, mitigam o efeito negativo da matriz, tornando a abundância, riqueza e diversidade da matriz com rio comparável aos habitats florestais. A riqueza e abundância das guildas de espécies associadas à macro-habitats foram em geral influenciadas pela estrutura da vegetação em escala de micro-habitats e revelam um alto grau de especificidade de micro e macro-habitat. Esta especificidade mostra que, mesmo em paisagens altamente fragmentadas e alteradas, não ocorre a invasão das áreas florestais pela guilda de espécies de áreas abertas e que guildas de espécies florestais são incapazes de utilizar micro-habitats extremamente modificados. Nossos resultados indicam que a similaridade na utilização da paisagem varia entre espécies e sexos, entre diferentes escalas espaciais e pode ser fortemente dependente do padrão de fragmentação. O manejo das paisagens fragmentadas requer a existência de matrizes permeáveis, como a matriz de pasto com rio, as quais poderão funcionar como habitats potenciais, diminuindo a divisão da paisagem e facilitando a manutenção da comunidade original na paisagem fragmentada. / Abstract: The negative effects of habitat fragmentation on small-mammals are widely recognized. Nevertheless, the intensity of these effects depend on multiple factors such as the pattern of fragmentation, the evaluated scale, the permeability of different types of matrices, and the behavioral plasticity of different groups of species. In this study, we evaluated the effects of fragmentation on the community of small-mammals in a severely fragmented landscape of Brazilian Atlantic forest (i) through the differential use of habitats by the small-mammal community and by small-mammal guilds that use forest habitats, open areas or both (generalists); (ii) through the patterns of utilization of micro-habitats by small-mammal guilds; (iii) through the similarity in the use of the landscape, between sexes and generalist species in different space scales. We used pitfall traps installed in six sites. In each site, we sampled five habitats: forest fragments with streams, forest fragments without streams, forest edge, pasture matrix with streams, and pasture matrix without streams. We have detected that the pasture matrix without streams harbored lower species abundance than all other landscape units. The guilds responded differently to the different landscape units. The pasture matrix without streams is inhospitable for forest species which, even for generalists, suffer their effect, decreasing in abundance. A slight increase in the complexity of the vegetation, as observed in riparian matrices, mitigates its negative effect, making the abundance, richness and diversity of matrices with streams comparable to forest habitats. The richness and the abundance of macro-habitat-related guilds were, in general, influenced by the complexity of vegetation into the micro-habitat's scale and revealed a high degree of specificities of the macro- and micro-habitats. This specificity shows that, even in highly fragmented and altered landscapes, the invasion of forest habitats by open-area dwellers does not occur and that the forest dwellers are incapable to use the severely altered micro-habitats. Our results also indicate that in highly fragmented landscapes, the similarity in the use of the landscape varies between species and sexes, among different space scales, and can be strongly dependent on the pattern of fragmentation. The management of fragmented landscapes requires the existence of permeable matrices, as the pasture matrix with stream, which may function as potential habitat, decreasing the division of the landscape and facilitating the maintenance of the original community in the fragmented landscape. / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ecologia