Examensarbetet utfördes på SP-Food and Bioscience (tidigare SIK-Institutet för Livsmedel och Bioteknik) och anknyter till projektet DynahMat (Dynamisk Hållbarhetsdatum för Minimerat Svinn). Syftet med examensarbetet var att undersöka hur väl tillväxten av mjölksyrabakterier predikteras av tre befintliga prognosmodeller jämfört med tillväxten av naturligt förekommande mjölksyrabakterier i MA-packad rökt skinka.Tillväxten av mjölksyrabakterier i rökt MA-packad skinka studerades vid tre lagringstemperaturer (4, 8 respektive 12 °C) och resultat visade att förskämningen av den rökta skinkan skedde snabbare vid en högre lagringstemperatur. De befintliga prognosmodellerna som tillämpades var modeller framtagna av Kreyenschmidt et al. (2010), Mataragas et al. (2006) och Devlieghere et al. (1998,1999). Prognosmodellerna validerades genom beräkning av accuracy- och bias faktor och resultaten visade att de tre modellerna var tillämpbara för att prediktera tillväxten av mjölksyrabakterier.De olika arterna av mjölksyrabakterier i den rökta skinkan identifierades vid slutet av lagringstiden och identifieringen visade att de dominerande arterna av mjölksyrabakterier var Lactobacillus curvatus vid 4 ̊C och Lactobacillus sakei vid 8 respektive 12 ̊C.Laborativa studier har även utförts på skinkan där Listeria monocytogenes ympades in i produkten för att undersöka dess tillväxthastighet under påverkan av mjölksyrabakteriernas tillväxt. Tillväxten av L. monocytogenes var låg i belastningsstudien vilket troligen berodde på tillväxt av mjölksyrabakterier som antingen bildade bakteriociner eller att de två mikroorganismerna konkurrerade om näringen i skinkan. Beräkning av tillväxt för L. monocytogenes med hjälp av FSSP visade att tillväxten påverkades av förekomsten av mjölksyrabakterier. / The bachelor thesis was performed at SP-Food and Bioscience (formerly SIK-Institutet för Livsmedel och Bioteknik) as part of the project DynahMat (Dynamisk Hållbarhetsdatum för Minimerat Svinn). The purpose of the study was to examine how the growth of LAB (lactic acid bacteria) was predicted by three predicative models compared to the microbial growth of LAB in naturally contaminated MA-packed cured ham.The growth of LAB in the cured ham was studied at three storage temperatures (4, 8 and 12 °C) and results showed that the spoilage of ham occurred faster at higher temperatures. The three predicative models that were used were models developed by Kreyenschmidt et al. (2010), Mataragas et al. (2006) and Devlieghere et al. (1998, 1999). The predictive models was validated by calculating accuracy and bias factors and the results showed that the models were applicable for predicting the growth of LAB.The different species of LAB in the cured ham was identified at the end of the storage time and the identification showed that the dominant species of LAB were Lactobacillus curvatus at 4 ̊C and Lactobacillus sakei at 8 and 12 ̊C.Experiment where L. monocytogenes was inoculated into the product was performed to examine its growth under the influence of LAB. The growth rate of L. monocytogenes was slow and that probably depended on the production of bacteriocins by LAB or competition for nutrients. The growth of L. monocytogenes was calculated with the FSSP and the results showed that the growth was affected by the presence of LAB.

Mjölksyrabakterier tillhörande släkten Lactobacillus och Bifidobacterium har nyligen upptäckts hos bin och i honungen de producerar och innefattar 13 nya arter[1]. Forskarna arbetar med att ta fram nya snabba och mer pålitliga identifierings metoder för att karakterisera dessa bakterier.I detta projekt undersöktes möjligheten att identifiera dessa bakterier med en ny metod som heter denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC). Metoden bygger på separation av PCR (polymerase chain reaction) amplifierade 16S rDNA fragment i DHPLC [8]. Vid identifiering av bakterier amplifierades olika variabla regioner från 16S rRNA genen, som påvisade efter sekvensering störst genetisk variation mellan dessa bakterier [1]. Separationen utfördes med ion-pair reverse-phase high presure liquid chromatoghaphy (IP RP HPLC) med delvis denaturering av DNA molekylen. Tidigare studier av identifiering av marina bakterier med DHPLC resulterade i optimal separation [9]. Identifiering av följande mjölksyrabakterier kunde verifieras till en viss grad. Analys i DHPLC visade profiler med urskiljbara toppar som utgjorde separation på artnivå, detta enbart mellan två bakterier tillhörande släktet Lactobacillus. Trots olika justeringar av analys parametrar gällande kolonntemperatur och elueringsbuffert, erhölls inte separation mellan alla 13 arter. Analysen kan ha påverkats av en rad olika funktionsfel i HPLC systemet och felaktig beredning av prov. Metoden kunde eventuellt förbättrats om tiden inte varit en begränsning. / Lactic acid bacteria belonging to genera Lactobacillus and Bifidobacterium has been recently discovered in bees and the honey they produce, and includes 13 new species [1]. Researchers are working to develop new rapid and more reliable detection methods to characterize these bacteria.In this project we investigate the possibility of identifying these bacteria with a new method called denaturing high performance liquid chromatography, DHPLC. The method involves the separation of the PCR (polymerase chain reaction) amplified 16S rDNA fragments in the DHPLC [8].For the identification of bacteria various variable regions of 16S rRNA gene was amplified, sequencing proved great genetic variability between these bacteria [1]. Separation is effected by means of ion-pair reverse-phase high pressure liquid chromatography (IP RP HPLC) with partial denaturation of the DNA molecule.Previous studies of the identification of marine bacteria by DHPLC resulted in optimal separation [9]. Identification of the following lactic acid bacteria was verified to some limited degree. Analysis of the DHPLC demonstrated profiles with distinguishable peaks that represented the separation at the species level, that only between two bacteria of the genus Lactobacillus.Despite numerous adjustments of operating conditions such as existing column temperature and eluent buffer, did not result in separation of all 13 species. The analysis may have been influenced by a variety of malfunctions in the HPLC system and improper sample preparation. The method could possibly be improved if time was not a limitation.

Flera olika arter av mjölksyrabakterier som ingår i släktena Lactobacillus och Bifidobacterium har hittats hos bin och i deras honung. Idag finns ingen effektiv metod för identifiering av bakterierna. Syftet med detta projekt är att utveckla en metod för snabb identifiering genom att hitta lämpliga primers till olika mjölksyrabakterier och därmed få fram en Polymeraskedjereaktion (PCR) metod. Ribosomal ribonukleinsyra (rRNA) generna eller 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) används ofta vid design av primers, som därefter används i PCR för att identifiera olika bakterier. Deoxiribonukleinsyra (DNA) visualiseras i agarosgelen med hjälp av SYBRgreen I som fluorescens på ultraviolett (UV)-ljusbord. I detta projekt har 16S rRNA och 16S-23S rRNA ISR amplifierats i enkel PCR och multiplex PCR och visualiserats i agarosgel i försök att identifiera mjölksyrabakterierna. 16S rRNA har visat sig ha mycket liten variation mellan bakterierna och ansågs därför inte lämplig att använda för identifiering av närbesläktade arter. 16S-23S rRNA ISR visade större variation, fram för allt mellan lactobacillerna och bifidobakterierna. Gruppering av bakterierna med hjälp av multiplex PCR gjordes med viss framgång, med undantag av några bakterier som inte hamnade i den förväntade gruppen. Dock behövs fler försök för att stödja dessa resultat. / Several different lactic acid bacterium (LAB) species from the genera Lactobacillus and Bifidobacterium was discovered in bees and in their honey. Today there is no rapid and reliable method to identify these LAB. Therefore a rapid polymerase chain reaction (PCR) method to identify the LAB is needed. The aim of this project is to find primers suitable for the different LAB. Ribosomal ribonucleic acid (rRNA) genes or 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) are often used to designing of primers followed by PCR assays, for identification of different bacteria. To visualize deoxyribonucleic acid (DNA) in agarose gels, SYBRgreen I was used as fluorescence and then viewed under ultraviolet (UV) light. In this project the 16S rRNA and 16S-23S rRNA ISR was used as a target in a PCR and a multiplex PCR amplification. The PCR product was analyzed in agarose gel in an attempt to identify the LAB. 16S rRNA sequence have to little variation and is not suitable to identify closely related species. 16S-23S rRNA ISR sequence exhibits greater variations, especially between Lactobacillus and Bifidobacterium. Differentiation of the bacteria into groups by multiplex PCR was done with good result, except for some of the bacteria that did not end up in the expected group. More studys is needed to support these results.

Bakgrund: Med industrialiseringen har de traditionella yoghurtkulturerna med en mångfald av samverkande mjölksyrabakterier fått ge plats åt de mer standardiserade. En gårdskultur framställs genom att obehandlad mjölk spontanfermenteras av gårdens egen bakterieflora och får därigenom en unik karaktär. Bakteriekulturen kan sedan ympas vidare för tillverkning av yoghurt.Syfte: Syftet med studien är framställning och vidareympning samt sensorisk och mikrobiologisk karaktärisering av termofil gårdskultur från obehandlad mjölk. Vidareympningen avser framställning av yoghurt fermenterad av gårdens egen bakterieflora.Metod: Gårdskulturen framställdes och ympades till yoghurt. Yoghurten undersöktes genom mikrobiologisk karaktärisering, antibiotikaresistens och sensorisk profilering samt jämfördes med industriell kultur och en traditionell heirloomkultur.Resultat: Resultatet visade att gårdskulturen skiljde sig både mikrobiologisk och sensoriskt. Gårdskulturen innehöll stammar av enterokocker vilka inte visade på resistens mot analyserade antibiotika.Slutsats: Det är möjligt att framställa en gårdskultur av godtagbar mikrobiologisk och sensorisk kvalitet. Gårdskulturen ger en differentierad mikrobiologisk och sensorisk karaktär i jämförelse med en industriell kultur och en traditionell heirloomkultur Metoden kan vara riskfylld och kulturen bör analyseras med avseende på patogen tillväxt. En unik gårdsyoghurt kan vara en metod för gårdsmejerister att i sitt varumärke bygga på terroir och platsens unicitet. / Background: With industrialization, the traditional yoghurt cultures with a multitude of lactic acid bacteria had to make way for the more standardized. An artisanal farm culture is produced by raw milk spontaneously fermented by the farm's own bacterial flora and thus develops a unique character. The bacterial culture can then be inoculated for the production of yoghurt.Purpose: The pupose of the study is to produce and inoculate as well as sensory and microbiological characterization of a thermophilic artisanal farm culture from raw milk. The inoculation relates to the production of yoghurt fermented by the farm's own bacterial flora.Method: The artisanal farm culture was produced and inoculated into yoghurt which was assessed by microbiological characterization, antibiotic resistance, sensory profiling and then compared with industrial culture and a traditional heirloom culture.Result: The result showed that the artisanal farm culture differed both microbiologically and with regard to sensory paramters. The farm culture contained strains of enterococci which did not show resistance to analyzed antibiotics.Conclusion: It is possible to produce an artisanal farm culture of good microbiological and sensory quality. The artisanal farm culture provides a differentiated microbiological and sensory character in comparison to an industrial culture and a traditional heirloom culture The method may be risky and the culture should be analyzed for pathogens. A unique farm yoghurt can be a method for artisan farm dairies to build their brand based on terroir.

A link between the gut and the brain has been proposed to influence psychiatric disorders. Probiotics have been suggested to modify the gut microbiota and thereby improve autism symptoms in children. Attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) has high comorbidity with other neuropsychiatric diagnoses, including autism. This is a follow-up of the first study examining a synbiotic intervention in patients with ADHD (Skott et al., 2019). In the original study, 114 adults participated. In this study, 38 adults were evaluated. The aim was to examine if suggested improvements remained 18 months post treatment. Specifically, if reductions were detected in comorbid autism symptoms, emotional dysregulation or functional impairment. The endpoints were measured using questionnaires: Autism-Spectrum Quotient (AQ), Difficulties in Emotion Regulation Scale (DERS-16) and Weiss Functional Impairment Rating Scale (WFIRS). No Synbiotic2000-specific effect was detected. Synbiotic2000 and placebo improved emotion regulation and life skill-functioning equally well. More research is needed to draw reliable conclusions. / En koppling mellan magen och hjärnan har i studier antytts påverka psykiatriska tillstånd. Probiotika har föreslagits förändra mag- och tarmkanalens bakterieflora och därigenom förbättra psykiatriska symtom hos barn med autism. ADHD har hög komorbiditet med andra neuropsykiatriska diagnoser, däribland autism. Detta är en långtidsuppföljning av RCT-studien som var först med att undersöka en synbiotika-intervention hos patienter med ADHD (Skott et al., 2019). I uppföljningen undersöktes 38 av de 114 vuxna som deltagit i originalstudien. Syftet var att undersöka om indikationerna till förbättring höll i sig 18 månader efter studieavslutet. Frågeställningen var om reduktion i komorbida autismsymtom, svårigheter med emotionsreglering eller funktionsnedsättning kunde identifieras. Detta undersöktes genom självskattningsskalor: Autism-Spectrum Quotient (AQ), Difficulties in Emotion Regulation Scale (DERS-16) och Weiss Functional Impairment Rating Scale (WFIRS). Ingen behandlingsspecifik effekt detekterades. Förbättringar av samma grad identifierades av Synbiotic2000 och placebo, utifrån emotionsreglering samt delskalan färdigheter. Mer forskning på området krävs för att möjliggöra tillförlitliga slutsatser. / BAMBA (Behandla Adhd med MagBakterier)