Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 142-152).

Submitted by Fabíola Silva (fabiola.silva@famerp.br) on 2016-06-20T21:04:05Z No. of bitstreams: 1 fabiananakashima_tese.pdf: 1263029 bytes, checksum: ea1d05d8998fac5ccacd5e04039e5c2a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T21:04:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fabiananakashima_tese.pdf: 1263029 bytes, checksum: ea1d05d8998fac5ccacd5e04039e5c2a (MD5) Previous issue date: 2015-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP / Introduction: Toxoplasma gondii, which causes toxoplasmosis, is an intracellular protozoan that has several transmission routes, among them the transfusion. Objective: To investigate by serological and molecular methods the T. gondii infection in blood donors to assess the risk of transmission via transfusion. Methods: We selected 750 individuals able to donate blood. These individuals were submitted to an interview about their lifestyle habits and a collection of peripheral blood. The immunosorbent assay (ELISA) was used to investigate the presence of anti-T. gondii IgM and IgG classes, and the Nested PCR and qQPCR, the parasitaemia. Positive samples in the molecular methods were submitted for genotyping by the Multilocus Nested PCR RFLP method. Donors with positive molecular result and no positive serology were recalled to investigate seroconversion by ELISA and Indirect Immunofluorescence (IIF). In addition, recipients of blood components with molecular suspected parasitemia were screened. Of these, aliquots were separated from peripheral blood prior to transfusion and after transfusion (± 20 days), which were also analyzed by serological methods (ELISA and IIF) and molecular (PCR, qPCR Mulitplex nested PCR and RFLP). Results: Three hundred and fifty-seven (47.6%) donors had positive result and 393 (52.4%) showed no positive result for the presence of anti-T. gondii IgG class. Twenty-seven (3,6%) showed positive result for IgM and 723 (96.4%) non-reactive. The variables associated with infection by T. gondii were: advanced age (P < 0.0001), consumption of raw milk (P = 0.001), consumption of raw and underare beef and pork meat (P = 0.003), to reside in the countryside (P = 0.004), frequent presence of mechanical vectors in the residence (cockroach, mouse and fly P = 0.02; mice, P = 0.03), lower education (1st grade incomplete, P <0.0001 and 1st grade complete, P = 0.002) and low family income (P = 0.002). No sample was positive by qPCR, but 40 (11%) were positive by Nested PCR and positive serology. However, these samples did not show amplification when undergoing to genotyping. The four cases screened did not show positive results to molecular analysis and no recalled donor presented seroconversion. Conclusion: We concluded that the studied population of blood donors is exposed to various risk factors associated with infection by T. gondii, and it is likely that the high frequency of anti-T. gondii IgG class found in this study is related to this exposure. The results show that there is no molecular evidence of parasitaemia in the studied donors, thus the risk of transmission of this infection via blood transfusion is low or zero in this region. In addition, the failure of genotyping and the non-occurrence of seroconversion of reanalyzed donors suggest that the positivity found in some samples analyzed by Nested PCR, were related to false-positive results. / Introdução: Toxoplasma gondii, causador da toxoplasmose, é um protozoário intracelular que apresenta várias vias de transmissão, dentre elas a transfusional. Objetivo: Investigar por métodos sorológicos e moleculares, a infecção por T. gondii em doadores de sangue para avaliar o risco de transmissão via transfusional. Casuística e métodos: Foram selecionados 750 indivíduos aptos à doação de sangue. Estes indivíduos foram submetidos a uma entrevista sobre seus hábitos de vida e a uma coleta de sangue periférico. Com o ensaio imunoenzimático (ELISA) foi investigada a presença de anticorpos anti-T. gondii das classes IgM e IgG, e por Nested PCR e qPCR a parasitemia. As amostras positivas nos métodos moleculares foram submetidas à genotipagem pelo método Multilocus Nested PCR RFLP. Os doadores com resultados moleculares positivos e sorologias não reagentes foram reconvocados para investigar a soroconversão por ELISA e imunofluorescência indireta (IFI). Além destes, os receptores dos hemocomponentes com suspeita molecular de parasitemia foram rastreados. Destes, foram separadas alíquotas de sangue periférico, antes da transfusão e após a transfusão (±20 dias), as quais também foram analisadas pelos métodos sorológicos (ELISA e IFI) e moleculares (Nested PCR, qPCR e Mulitplex Nested PCR RFLP). Resultados: Trezentos e cinquenta e sete (47,6%) doadores apresentaram resultado reagente e 393 (52,4%) apresentaram resultado não reagente para a pesquisa de anticorpos anti-T. gondii da classe IgG. Vinte e sete (3,6%) apresentaram resultado reagente para IgM e 723 (96,4%) não reagente. As variáveis associadas a infecção por T. gondii foram: média de idade avançada (P < 0,0001), consumo de leite cru (P = 0,001), consumo de carne crua e mal passada de bovino e suíno (P = 0,003), residir na zona rural (P = 0,004), presença frequente de vetores mecânicos na residência (barata, rato e mosca P = 0,02; ratos, P = 0,03), menor grau de escolaridade (1º grau incompleto, P < 0,0001 e 1º grau completo, P = 0,002) e a baixa renda familiar (P = 0,002). Nenhuma amostra foi positiva pela qPCR, mas 40 (11%) apresentaram resultado positivo pela Nested PCR e sorologia reagente. Entretanto, estas amostras ao serem submetidas a genotipagem, não apresentaram amplificações. Os quatro casos rastreados também não apresentaram resultados positivos nas análises moleculares e nenhum doador reconvocado apresentou soroconversão. Conclusão: Concluímos que a população de doadores de sangue estudada está exposta a vários fatores de riscos associados a infecção por T. gondii e, é provável que a elevada frequência de anticorpos anti-T. gondii da classe IgG encontrada neste trabalho esteja relacionada a esta exposição. Os resultados demonstram que não há evidências moleculares de parasitemia nos doadores estudados, portanto o risco de transmissão desta infecção via transfusional é baixo ou nulo para esta região. Além disto, o insucesso da genotipagem e a não ocorrência de soroconversão dos doadores reanalisados sugerem que a positividade, encontrada em algumas amostras analisadas por Nested PCR, tratavam-se de resultados falso-positivos.

Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T11:08:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Angelini_Michelle_D.pdf: 4094056 bytes, checksum: b80e9ba086ee8f30b823ce5b5718f3c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: As bactérias do gênero Shigella spp. são responsáveis por infecções intestinais endêmicas e epidêmicas denominadas shigueloses. As shigueloses, transmitidas por via fecal-oral, principalmente através das mãos e água contaminadas, são responsáveis por 10% dos casos de diarréia entre crianças até cinco anos de idade em países em desenvolvimento. Estima-se que, anualmente, 1,1 milhões de pessoas morram de infecções causadas por Shigella. No Brasil, estudos revelam que as shigueloses estão entre as principais causas de diarréia. O presente trabalho teve por objetivo analisar a análise clonal comparativa de 119 linhagens de Shigella spp., entre elas 57 S. flexneri e 62 S. sonnei, isoladas de diferentes casos de shiguelose ocorridos nas regiões metropolitanas de Campinas e Ribeirão Preto, Estado de São Paulo, pelos métodos de PCR da seqüência consenso intergênica repetitiva enterobacteriana (ERIC-PCR), de PCR de elementos extragênicos palindrômicos repetitivos (REP-PCR), análise do padrão de macro-restrição em gel de eltroforese com campo pulsado e análise da presença de integrons. A maior parte dos casos de shiguelose estudados aconteceram no verão, estação de maior precipitação de chuvas. Do total de casos, 57,9% das infecções causadas por S. sonnei e 64,4% das causadas por S. flexneri afetaram crianças com menos de 5 anos de idade. Pela análise de ERIC e REP-PCR foram caracterizados grupos de identidade entre as linhagens isoladas em ambas regiões. Pela análise de PFGE caracterizaram-se os genótipos circulantes nas regiões. Não foi possível determinar uma correlação entre a presença dos integrons, o perfil de resistência a antimicrobianos e os resultados obtidos pelos métodos utilizados neste trabalho nas linhagens de S. sonnei pesquisadas. / Abstract: The bacteria of the genus Shigella spp. are responsible for endemic and epidemic intestinal infections called shigellosis. The shigellosis, transmitted by fecal-oral route, mainly through the hands and contaminated water, are responsible for 10% of cases of diarrhea among children under five years of age in developing countries. It is estimated that annually 1.1 million people die from infections caused by Shigella. In Brazil, studies show that shigellosis are among the main causes of diarrhea. The present study was carried out to examine the clonal variation of 119 strains of Shigella spp., including 57 S. flexneri and 62 S. sonnei, isolated from different cases of shigellosis occurred in the metropolitan regions of Campinas and Ribeirão Preto, São Paulo state, by ERIC-PCR, REP-PCR, and PFGE methods and by integrons profile analysis. Most of shigellosis cases happened in summer, season of highest precipitation of rain. Of the total cases, 57.9% of infections caused by S. sonnei and 64.4% of infections caused by S. flexneri affected children under 5 years of age. By analysis of ERIC and REP-PCR groups were characterized for identity between the strains isolated in both regions. By the analysis of PFGE circulating genotypes were characterized in the regions. It was not possible to determine a correlation among the presence of integrons, the profile of resistance to antibiotics and the results obtained by the methods used in this work in strains of S. sonnei investigated. / Doutorado / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Estudos relacionados à malária autóctone em regiões de baixa transmissão no Brasil ganham cada vez mais relevância científica e epidemiológica, pois revelam a manutenção desse cenário em regiões de Mata Atlântica remanescente. No sudeste do Estado de São Paulo, a ocorrência de surtos no município de Juquitiba tem sido foco de pesquisas sobre a prevalência de Plasmodium na população, com registros de casos assintomáticos. Relatos de ocorrência da doença ou da presença de anticorpos antiplasmodiais em gestantes nessa região não haviam sido descritos anteriormente. Embora infecções por P. falciparum em gestantes tenham sido amplamente abordadas na literatura, a interação entre P. vivax e P. malariae com esta coorte imunodeprimida foi pouco explorada até o momento. Nesse estudo nós monitoramos trimestralmente a circulação de Plasmodium em gestantes atendidas em cinco Unidades de Saúde de Juquitiba. Para isso foi empregado o diagnóstico por gota espessa e metodologias moleculares sensíveis para detecção do parasito, além de ensaios imunológicos para avaliação de parâmetros imunes humorais. Desse modo, foram detectadas infecções por P. vivax e P. malariae em gestantes, incluindo casos assintomáticos. A alta prevalência de anticorpos IgG nesta população mostrou importante exposição das gestantes ao Plasmodium. Em regiões com perfil semelhante ao apresentado neste estudo, o diagnóstico de malária poderia ser indicado no seguimento pré-natal / Studies related to autochthonous malaria in low transmission areas in Brazil have acquired scientific and epidemiological relevance, since they suggest continued transmission in remaining Atlantic Forest regions. In the Southeast of São Paulo State, outbreaks in the municipality of Juquitiba has been focus of studies on the prevalence of Plasmodium in the population, with reports of asymptomatic cases. Data on the occurrence of the disease or presence of antiplasmodial antibodies in pregnant women in this region were not described previously. Although P. falciparum infections in pregnant women have been widely addressed in the literature, the interaction of P. vivax and P. malariae with this immunocompromised cohort were poorly explored to date. In this study, we monitored quarterly the circulation of Plasmodium in pregnant women in five health facilities in Juquitiba. For this purpose, we performed diagnosis by thick blood film and sensitive molecular protocols for parasite DNA detection, as well immunological assays in order to evaluate humoral immune parameters. Through these tools, it was possible to detect infections due to P. vivax and P. malariae in pregnant women, including asymptomatic cases. The high prevalence of IgG antibodies showed a significant exposure of this population to Plasmodium. In regions with a similar profile presented in this study, the diagnosis of malaria might be indicated in prenatal care

Atualmente, um dos grandes problemas relacionados à leishmaniose é a falta de um diagnóstico específico capaz de indentificar e diferenciar espécies de Leishmania com rapidez e precisão. O desenvolvimento de métodos moleculares como a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), possibilita que o diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina (LVC) possa se tornar mais preciso e, eventualmente, de fácil execução, uma vez que limitações importantes relacionadas à sensibilidade e especificidade desta técnica ainda são descritas, principalmente quando se utiliza amostras clínicas. Com o intuito de melhor avaliar a eficiência da PCR para o diagnóstico da LVC, foram selecionadas diferentes amostras clínicas (baço, aspirado de linfonodo, pele sem lesão, pele com lesão e amostras de sangue) de 26 cães com sorologia positiva para leishmaniose submetidos à eutanásia pelo Serviço de Vigilância Epidemiológica do município de Embu das Artes - SP. Realizamos uma análise comparativa entre a PCR-RFLP kDNA-HaeIII e PCR-RFLP hsp70-BsaJI/EcoRII com dois métodos diagnósticos tradicionais (parasitológico direto, e cultura in vitro). Amostras clínicas de 28 cães com sorologia negativa para LVC da mesma região foram utilizadas como controle negativo das reações. Notamos que a PCR aprensentou maior sensibilidade em todas as amostras clínicas testadas quando comparadas aos métodos tradicionais. Os resultados apontam que a PCR-RFLP kDNA-HaeIII é a mais eficiente para o diagnóstico da LVC, com um índice de 96,15% de positividade nas amostras de pele com lesão. Quanto à discriminação da espécie de Leishmania envolvida na infecção, nossos resultados de PCR-RFLP kDNA-HaeIII indicam Leishmania chagasi-infantum como o agente etiológico envolvido na infecção e transmissão canina na cidade de Embu das Artes. Por outro lado, a análise da PCR em Tempo Real (qPCR), mostrou que algumas amostras de sangue não apresentavam o padrão associado à Leishmania chagasi-infantum, podendo indicar uma co-infecção com outras parasitoses caninas. Nosso grupo também acompanhou 184 crianças de 4 a 10 anos de idade (população de risco) residentes da mesma região de transmissão autóctone da doença canina, como também foi realizado um levantamento das espécies de flebotomíneos da região (pela SUCEN). Até o momento, não foi encontrado nenhum caso da doença humana, nem a principal espécie transmissora do parasito (Lutzomiya longipalpis). Acreditamos que esses resultados possam contribuir significativamente para aprimorar o diagnóstico e a identificação das espécies Leishmania na LVC. / Currently, one of the major problems related to leishmaniasis is the lack of a specific diagnosis capable of identifying and differentiating Leishmania species quickly and accurately. The development of molecular methods such as Polymerase Chain Reaction ( PCR ) allows the diagnosis of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL) to become more accurate and eventually, easy to perform, since that important limitations in terms of sensitivity and specificity of this technique are being described especially when using clinical samples. In order to better evaluate the efficiency of PCR for the diagnosis of CVL, we selected different clinical samples (spleen, lymph node aspirate, skin with and without lesions and blood samples) from 26 dogs with positive serology for leishmaniasis submitted to euthanasia by the Agency of Epidemiological Surveillance of Embu das Artes - SP. Therefore, we performed a comparative analysis between the kDNAPCR-RFLP HaeIII and hsp70PCR-RFLP BsaJI/EcoRII with two traditional diagnostic methods (direct parasitological test, and in vitro culture). Additionally, clinical samples from 28 dogs with negative serology for CVL in the same region were used as negative reactions control. We noted that the PCR showed greater sensitivity in all clinical samples tested when compared with traditional methods. The results indicate that the kDNAPCR-RFLP HaeIII is the most efficient test for the diagnosis of CVL, with a positivity index of 96.15 % in skin lesions samples. Related to the discrimination of the Leishmania species involved in the infection, our results of kDNAPCR-RFLP HaeIII indicate Leishmania infantum chagasi as the agent involved in canine infection in Embu das Artes city. Moreover, the analysis of real-time PCR (qPCR) showed that some blood samples has not showed the same pattern associated with Leishmania infantum chagasi suggesting a possible co-infection with other canine parasite. Our group also followed 184 children between 4 to 10 years old (risk population) living in the same region of autochthonous transmission of canine disease, as well a survey was conducted on the sandfly species in the region (by SUCEN). So far, we found no human infection, nor the main species involved in the transmission of the parasite (Lutzomyia longipalpis). We believe that these results can significantly contribute to the improvement of the diagnosis and identification of Leishmania species involved in the CVL worldwide.

O diagnóstico etiológico da hanseníase, causada pelo bacilo Mycobacterium leprae, pode ser difícil na forma paucibacilar (PB), na qual os exames têm baixa sensibilidade na detecção do bacilo. A reação em cadeia da polimerase (PCR) tem se mostrado sensível para o diagnóstico da hanseníase. Amostras de linfa são rapidamente obtidas em campo e pouco invasivas. O objetivo principal deste trabalho foi comparar os resultados da PCR com 4 pares de primers (Ag85B, MntH, Pra-36kDa e RLEP), descritos na literatura para o diagnóstico da hanseníase, utilizando-se DNA extraído de amostras de linfa de orelhas, cotovelos e joelhos, coletadas em papel filtro. Além da comparação dos resultados da PCR com os 4 pares de primers, também foram comparados à baciloscopia de linfa no grupo MB e ao ELISA anti-PGL-1 nos grupos PB e MB, utilizando-se o teste de qui-quadrado de McNemar para amostras pareadas. Trinta e nove pacientes com hanseníase [12 (30,76%) na forma PB e 27 (69,23%), multibacilar (MB)], virgens de tratamento, atendidos consecutivamente no período de 2006 a 2010, foram incluídos. A detecção de bacilos à baciloscopia e na biópsia de pele foi confirmada em 55,55% e em 100% dos pacientes MB, respectivamente; e 67,56% dos pacientes (33,33% dos PB e 84% dos MB) apresentaram títulos de anti-PGL1 acima do cut-off no ELISA. A PCR foi positiva em 70,37% das 27 amostras de pacientes MB, considerando-se o resultado conjunto dos 4 primers (7,69% com Ag85B; 11,11% com MntH; 12,5% com Pra-36kDa; e 66,66% com RLEP). Uma amostra se mostrou positiva com os primers Ag85B, MntH e Pra-36kDa e negativa com RLEP. Não houve amplificação no grupo PB, portanto, os resultados do ELISA anti-PGL-1, embora não confirmatórios da etiologia, foram superiores para o diagnóstico da hanseníase PB. No grupo MB, os resultados da PCR com RLEP foram superiores àqueles com MntH, Ag85B e Pra- 36kDa (P<0,001); comparando-se MntH com Ag85B e Pra-36kDa (P=0,317; P=1,0, respectivamente), e Ag85B com Pra-36kDa (P=0,564), os resultados foramsemelhantes. A frequência de positividade da baciloscopia foi maior que a da PCR com MntH (P=0,001), Ag85B (P<0,001) e Pra-36kDa (P=0,004); semelhante ao RLEP (P=0,083); e menor, quando comparada ao resultado combinado dos 4 primers (P=0,046). Ainda no grupo MB, a frequência de positividade anti-PGL-1 foi superior à da PCR com MntH, Ag85B e Pra-36kDa (P<0,001) e à baciloscopia (P=0,011); porém, foi semelhante à PCR com RLEP (P=0,059) ou com os 4 primers combinados (P=0,102). A maior frequência de positividade da PCR com primers RLEP é explicada pela presença de múltiplas cópias RLEP no genoma do bacilo, aumentando a chance do anelamento e amplificação. Existe complementariedade entre os resultados com diferente primers, podendo uma mesma amostra apresentar diferentes resultados a depender da escolha destes. A frequência da positividade da PCR com par de primers RLEP, em amostras de linfa coletadas em papel filtro, mostrou-se semelhante à da baciloscopia e do ELISA anti-PGL-1 nos pacientes MB. Assim, encoraja-se seu emprego em trabalhos de campo devido à facilidade da coleta e possibilidade de remessa dos papéis filtro para centros de referência. / Leprosy\'s etiologic diagnosis may be difficult in paucibacillary (PB) patients, in which laboratory tests have low sensitivity for the detection of the causative agent, Mycobaterium leprae. Polymerase chain reaction (PCR) has shown good sensitivity in leprosy diagnosis. Lymph samples are readily acquired in the field and minimally invasive. The main objective of this paper is to compare the results of PCR with four sets of primers previously described in the literature (Ag85B, MntH, Pra-36kDa and RLEP), using DNA extracted from lymph samples from ear lobes, elbows and knees, stored in filter paper. We also aim to compare the PCR results to lymph bacilloscopy in the multibacillary (MB) group and to anti-PGL-1 serology in PB and MB group, using McNemar\'s chi-square test for paired samples. 39 treatment-naïve leprosy patients [12 (30.76%) PB and 27 (69.23%) MB] seen in the outpatient clinic of a referral center were included. Bacilli were detected in 55.55% of bacilloscopy samples and 100% of biopsies from MB patients; 67.56% of all patients (33.33% of PB and 84% of MB) had anti-PGL1 titers above the method\'s cut-off. PCR was positive in 70.37% of the 27 MB patients, taking in consideration the 4 primers combined (7,69% with Ag85B; 11,11% with MntH; 12,5% with Pra-36kDa; e 66,66% with RLEP). One sample was positive for primers Ag85B, MntH e Pra-36kDa and negative for RLEP. There was no DNA amplification in the PB group, in which antiPGL-1 ELISA, although not confirmatory of the disease, was superior in the diagnosis. In the MB group, PCR with RLEP primer was superior to Ag85B, MntH and Pra-36kDa (P<0,001); between MntH and Ag85B (P=0,317); MntH and Pra- 36kDa (P=1,0); and Ag85B and Pra-36kDa (P=0,564), results were similar. Bacilloscopy\'s frequency of positivity was greater than PCR with Ag85B (P<0,001), MntH (P=0,001) and Pra-36kDa (P=0,004); similar to RLEP (P=0,083); and inferior to the results of the four primers combined (P=0,046). Still in the MB group, anti-PGL-1 serology was superior to PCR with Ag85B, MntH and Pra-36kDa (P<0,001) and to bacilloscopy (P=0,011); its results were similar to PCR with RLEP (P=0,059) or with the four primers combined (P=0,102). RLEP\'s greater positivity is probably due to thepresence of multiple copies of the target DNA in the bacillus\' genome, enhancing the chances of primer annealing. The primers showed complementarity; therefore one sample may display different outcomes depending on primer choice. The frequency of positivity of PCR with RLEP primers, in lymph samples stored in filter paper, was similar to bacilloscopy and serology amongst MB patients. Hence, we encourage its use in fieldwork as a practical and easy method for acquiring samples that can be shipped for further processing in referral centers.

Estudos relacionados à malária autóctone em regiões de baixa transmissão no Brasil ganham cada vez mais relevância científica e epidemiológica, pois revelam a manutenção desse cenário em regiões de Mata Atlântica remanescente. No sudeste do Estado de São Paulo, a ocorrência de surtos no município de Juquitiba tem sido foco de pesquisas sobre a prevalência de Plasmodium na população, com registros de casos assintomáticos. Relatos de ocorrência da doença ou da presença de anticorpos antiplasmodiais em gestantes nessa região não haviam sido descritos anteriormente. Embora infecções por P. falciparum em gestantes tenham sido amplamente abordadas na literatura, a interação entre P. vivax e P. malariae com esta coorte imunodeprimida foi pouco explorada até o momento. Nesse estudo nós monitoramos trimestralmente a circulação de Plasmodium em gestantes atendidas em cinco Unidades de Saúde de Juquitiba. Para isso foi empregado o diagnóstico por gota espessa e metodologias moleculares sensíveis para detecção do parasito, além de ensaios imunológicos para avaliação de parâmetros imunes humorais. Desse modo, foram detectadas infecções por P. vivax e P. malariae em gestantes, incluindo casos assintomáticos. A alta prevalência de anticorpos IgG nesta população mostrou importante exposição das gestantes ao Plasmodium. Em regiões com perfil semelhante ao apresentado neste estudo, o diagnóstico de malária poderia ser indicado no seguimento pré-natal / Studies related to autochthonous malaria in low transmission areas in Brazil have acquired scientific and epidemiological relevance, since they suggest continued transmission in remaining Atlantic Forest regions. In the Southeast of São Paulo State, outbreaks in the municipality of Juquitiba has been focus of studies on the prevalence of Plasmodium in the population, with reports of asymptomatic cases. Data on the occurrence of the disease or presence of antiplasmodial antibodies in pregnant women in this region were not described previously. Although P. falciparum infections in pregnant women have been widely addressed in the literature, the interaction of P. vivax and P. malariae with this immunocompromised cohort were poorly explored to date. In this study, we monitored quarterly the circulation of Plasmodium in pregnant women in five health facilities in Juquitiba. For this purpose, we performed diagnosis by thick blood film and sensitive molecular protocols for parasite DNA detection, as well immunological assays in order to evaluate humoral immune parameters. Through these tools, it was possible to detect infections due to P. vivax and P. malariae in pregnant women, including asymptomatic cases. The high prevalence of IgG antibodies showed a significant exposure of this population to Plasmodium. In regions with a similar profile presented in this study, the diagnosis of malaria might be indicated in prenatal care

<p>Uvod: Virusni gastrointestinalni sindrom je aktuelni zdravstveni problem u celom svetu. To važi kako u razvijenim zemljama, tako i u zemljama u razvoju, a posebno u nerazvijenim zemljama, gde je drugi po redu uzrok mortaliteta. Nagli početak bolesti, praćen pojavom velikog broja tečnih stolica, mukom, povraćanjem, bolovima u stomaku, temperaturom, malaksalo&scaron;ću, ima za posledicu dehidrataciju. U svim starosnim grupama obolelih, a naročito kod sasvim male dece, starih i imunodeficitarnih osoba može da dođe do smrtnog ishoda, ukoliko se brzo ne postavi tačna etiolo&scaron;ka dijagnoza bolesti i ne pristupi se odmah nadoknadi vode i elektrolita, kao i primeni svih ostalih mera simptomatske terapije. Brzo postavljena tačna dijagnoza, &scaron;to se najbolje postiže real-time PCR testom, sprečava pojavu komplikacija, pa i fatalnog ishoda bolesti. Istovremeno, omogućava primenu odgovarajućih epidemiolo&scaron;kih mera da se spreči nastanak epidemija i njihovo &scaron;irenje. Cilj ovog istraživanja bio je da se tačno utvrdi incidenca virusnog gastrointestinalnog sindroma u Vojvodini i učestalost pojave epidemijskog i sporadičnog javljanja ove bolesti. Cilj je bio i postavljanje algoritma za primenu real-time PCR testa u dijagnostici virusnog gastrointestinalnog sindroma u budućem radu. Isto tako, cilj je bio da se molekularnom analizom, sekvenciranjem delova genoma pozitivnih uzoraka stolice, izvr&scaron;i genetska tipizacija i odredi filogenetska pripadnost virusa. Materijal i metode: Tokom petogodi&scaron;njeg istraživanja molekularnim real-time PCR testom pregledane su 1003 obolele osobe sa simptomima virusnog dijarealnog sindroma, starosti od mesec dana do preko 90 godina. Pregledani su na rota, noro, astro i enterične adenoviruse. Na osnovu podataka iz anketnih upitnika i istorija bolesti, detaljno su analizirani svi klinički pokazatelji (javljanje bolesti tokom godine, trajanje bolesti, simptomi). Procena težine kliničke slike vr&scaron;ena je prema Vesikari skali. Svi podaci su upoređivani prema vrsti virusnog uzročnika, prema starosti obolelih, godinama trajanja istraživanja i epidemijskom i sporadičnom javljanju oboljenja. Dobijeni podaci su statistički obrađeni, tabelarno i grafički prikazani. Rezultati: U petogodi&scaron;njem periodu real-time PCR testom pregledan je uzorak od 1003 obolele osobe različite starosti na 4 virusna uzročnika dijarealnog sindroma (rota, noro, astro i enterične adenoviruse). Virusni dijarealni sindrom dokazan je kod 709 obolelih (70,69%). Najče&scaron;će su dokazane rotavirusne infekcije u 28,81%. Statistički značajno najče&scaron;će rotavirusi su bili utvrđeni kod dece do 5 godina (38,90%), ali u visokom procentu i kod dece uzrasta 6 do 14 godina (24,83%). Deca mlađa od 5 godina imala su statistički značajno najtežu kliničku sliku, bila su če&scaron;će hospitalizovana i imala su statistički značajno vi&scaron;u temperaturu. Pored vi&scaron;e temperature kod obolelih od rotavirusa, klinička slika je kod ovih bolesnika bila teža i bolest je duže trajala nego kod obolelih od drugih virusa. Norovirusna infekcija je dokazana u 23,03% obolelih i to statistički značajno če&scaron;će kod odraslih osoba, starijih od 20 godina. Od kliničkih simptoma kod ovih bolesnika statistički značajno če&scaron;će su dokazani muka, povraćanje i bolovi u stomaku, nego kod obolelih od drugih virusa. Norovirusi su značajno če&scaron;će bili uzročnici epidemijskog javljanja bolesti. Astrovirus je dokazan kod znatno manjeg broja obolelih (u 2,29%) i to samo kod dece do 5 godina i dece uzrasta 6 do 14 godina. Infekcija izazvana enteričnim adenovirusima dokazana je kod 13,36% bolesnika. Njače&scaron;će je utvrđena kod dece uzrsta do 5 godina i 6 do 14 godina. Oboleli od adenovirusa imali su statistički značajno blažu kliničku sliku bolesti. Dva virusna uzročnika u uzorku stolice dokazana su u 3,19% osoba, obično u toku epidemijskog javljanja bolesti. Ovi bolesnici su imali bitno težu kliničku sliku. Najvi&scaron;e obolelih od dijarealnog sindroma bilo je u hladnim mesecima, mada su dijagnostikovani i tokom cele godine. U petogodi&scaron;njem periodu utvrđene su 22 epidemije u kolektivima i 9 porodičnih epidemija. Epidemijsko javljanje bolesti bilo je statistički značajno najče&scaron;će kod najstarijih bolesnika (starijih od 50 godina), a sporadično javljanje bilo je statističko značajno najče&scaron;će kod dece. U cilju potvrde tačnosti dijagnostike virusa u ispitivanim uzorcima real-time PCR testom, genotipizacije, kao i detaljnije molekularne analize, izabrani su reprezentativni uzorci pozitivni na rota, noro, astro ili adenoviruse. Delovi genoma ovih uzoraka su amplifikovani, a zatim sekvencirani. Sekvencirani izolati rotavirusa pripadali su grupi A i tipovima G1P[8], G2P[4], G3P[8] i G9P[8]. Sekvencirani izolati norovirusa pripadali su genogrupi I tipu 2, zatim genogrupi II tipovima 1, 2, 4 i 17. Sekvencirani izolati astrovirusa pripadali su grupi klasičnih astrovirusa i tipovima 1, 4 i 5. Sekvencirani izolati adenovirusa pripadali su grupi F i tipovima 40 i 41, kao i grupi C tipu 2. Pripadnost dobijenih sekvenci u ovom istraživanju, dodatno je potvrđena izradom filogenetskog stabla za sekvence pozitivne na rota, noro, astro ili adenoviruse. Zaključak: Incidenca virusnog dijarealnog sindroma u Vojvodini (70,69%) vrlo je visoka i vi&scaron;a je nego &scaron;to je bilo pretpostavljeno prilikom prijave teze (u hipotezi). Real-time PCR test treba da bude redovno kori&scaron;ćen u budućem dijagnostičkom radu, jer dovodi do brze dijagnostike, čak i ako su virusi prisutni u malom broju u uzorcima tečnih stolica, &scaron;to je utvrđeno tokom ovog dijagnostičkog rada. Ispitivani virusi treba da budu redovno dijagnostikovani kod obolelih od dijarealnog sindroma i to u svim starosnim grupama, tokom epidemijskog i sporadičnog javljanja oboljenja.</p> / <p>Introduction: Viral gastrointestinal syndrome is a current ongoing health problem worldwide. This is true of both developed and developing countries, especially underdeveloped ones where it is the second leading cause of mortality. Sudden onset of the disease&mdash;accompanied by the occurrence of large numbers of liquid stools, nausea, vomiting, abdominal pain, fever, and exhaustion&mdash;leads to dehydration. A fatal outcome can occur in all age groups of patients, especially very young children, the elderly, and the immuno-deficient, unless an accurate etiological diagnosis of the disease is quickly established, followed by a prompt institution of fluid and electrolyte placement, and implementation of other symptomatic therapy measures. Quick establishment of an accurate diagnosis, which is best achieved using the real-time PCR test, prevents the onset of complications, including a potentially fatal outcome of the disease. Simultaneously, it enables the implementation of appropriate epidemiological measures to prevent epidemic outbreaks and their spread. The aim of this study was to accurately determine the incidence of viral gastrointestinal syndrome in Vojvodina and the frequency of epidemic and sporadic occurrence of this disease. The aim was also to set up an algorithm for the application of the real-time PCR test in diagnostics of viral gastrointestinal syndrome in future work. Likewise, the aim was to carry out genetic typing and determine phylogenetic affiliation of the virus using molecular analysis and sequencing of parts of genomes from positive stool samples. Material and Methods: During a five-year study, 1003 patients with symptoms of viral diarrheal syndrome, aged from one month to more than 90 years old, were examined using molecular real-time PCR test. They were screened for rota, noro, astro, and enteric adenoviruses. Based on the data from survey questionnaires and medical case history, all clinical indicators were meticulously analyzed (disease occurrence during the year, disease duration, symptoms). The assessment of the clinical severity was carried out according to the Vesikari Clinical Severity Scoring scale. All data were compared according to the type of the viral causing agent, age of the patients, duration of research in years, and epidemic and sporadic occurrence of the disease. Obtained data were statistically analyzed, tabulated, and graphically displayed. Results: In a five-year period, a sample of 1003 patients of different ages was screened for four different viral causing agents of diarrheal syndrome (rota, noro, astro, and enteric adenoviruses) using the real-time PCR test. Viral diarrheal syndrome was confirmed in 709 patients (70.69%). The most commonly found were rotavirus infections in 28.81% of the cases. Rotaviruses were statistically significantly most common in children younger than 5 years old (38.90%), but were also found in high percentage in children aged 6-14 years old (24.83%). Children under 5 years of age had statistically significantly highest clinical severity and fever, and were more frequently hospitalized. In addition to higher fever in patients with rotavirus, clinical severity in these patients was also higher, and the disease lasted longer than in patients with other viruses. Norovirus infections were reported in 23.03% of the subjects, statistically significantly more frequently in adults over 20 years of age. Regarding the clinical symptoms in these patients, nausea, vomiting, and abdominal pain were statistically significantly more common than in patients with other viruses. Noroviruses were significantly more common as causing agents of epidemic disease outbreaks. Astrovirus was found in a significantly smaller number of patients (in 2.29%), and only in children under 5 years of age and children aged 6-14 years old. Enteric adenovirus infections were reported in 13.36% of the subjects. They were most commonly found in children younger than 5, and those aged 6- 14 years old. Adenovirus sufferers had statistically significantly milder clinical disease. Two viral causing agents in the stool sample were found in 3.19% of the subjects, usually during an epidemic disease outbreak. These patients had a significantly more severe clinical disease. Highest numbers of sufferers from diarrheal syndrome occurred during the cold months, although they were diagnosed throughout the year. In a five-year period, 22epidemics in collective groups and 9 family epidemics were identified. Epidemic outbreaks of the disease were statistically significantly most frequent in the elderly patients (older than 50), while sporadic occurrences were statistically significantly most frequent in children. Representative samples positive for rota, noro, astro, or adenoviruses were selected in order to confirm the accuracy of virus diagnostics in samples tested by the real-time PCR test, and perform genotyping as well as more detailed molecular analyses. Parts of the genomes of these samples were amplified and then sequenced. Sequenced rotavirus isolates belonged to group A and types G1P[8], G2P[4], G3P[8], and G9P[8]. Sequenced norovirus isolates belonged to genogroup I type 2, and genogroup II types 1, 2, 4, and 17. Sequenced astrovirus isolates belonged to the group of classical astroviruses and types 1, 4, and 5. Sequenced adenovirus isolates belonged to group F and types 40 and 41, as well as group C type 2. The affiliation of the obtained sequences in this study was further confirmed by creating a phylogenetic tree for sequences positive for rota, noro, astro, or adenoviruses. Conclusion: The incidence of viral diarrheal syndrome in Vojvodina (70.69%) is very high&mdash;higher than what was assumed at the time of the thesis submission (in the hypothesis). The real-time PCR test should be regularly used in future diagnostic work, since it leads to rapid diagnostics even if viruses are present in small numbers in liquid stool samples, as determined in the course of this diagnostic study. The investigated viruses should be regularly tested in patients with diarrheal syndrome belonging to all age groups during both epidemic and sporadic occurrences of the disease.</p>

Atualmente, um dos grandes problemas relacionados à leishmaniose é a falta de um diagnóstico específico capaz de indentificar e diferenciar espécies de Leishmania com rapidez e precisão. O desenvolvimento de métodos moleculares como a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), possibilita que o diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina (LVC) possa se tornar mais preciso e, eventualmente, de fácil execução, uma vez que limitações importantes relacionadas à sensibilidade e especificidade desta técnica ainda são descritas, principalmente quando se utiliza amostras clínicas. Com o intuito de melhor avaliar a eficiência da PCR para o diagnóstico da LVC, foram selecionadas diferentes amostras clínicas (baço, aspirado de linfonodo, pele sem lesão, pele com lesão e amostras de sangue) de 26 cães com sorologia positiva para leishmaniose submetidos à eutanásia pelo Serviço de Vigilância Epidemiológica do município de Embu das Artes - SP. Realizamos uma análise comparativa entre a PCR-RFLP kDNA-HaeIII e PCR-RFLP hsp70-BsaJI/EcoRII com dois métodos diagnósticos tradicionais (parasitológico direto, e cultura in vitro). Amostras clínicas de 28 cães com sorologia negativa para LVC da mesma região foram utilizadas como controle negativo das reações. Notamos que a PCR aprensentou maior sensibilidade em todas as amostras clínicas testadas quando comparadas aos métodos tradicionais. Os resultados apontam que a PCR-RFLP kDNA-HaeIII é a mais eficiente para o diagnóstico da LVC, com um índice de 96,15% de positividade nas amostras de pele com lesão. Quanto à discriminação da espécie de Leishmania envolvida na infecção, nossos resultados de PCR-RFLP kDNA-HaeIII indicam Leishmania chagasi-infantum como o agente etiológico envolvido na infecção e transmissão canina na cidade de Embu das Artes. Por outro lado, a análise da PCR em Tempo Real (qPCR), mostrou que algumas amostras de sangue não apresentavam o padrão associado à Leishmania chagasi-infantum, podendo indicar uma co-infecção com outras parasitoses caninas. Nosso grupo também acompanhou 184 crianças de 4 a 10 anos de idade (população de risco) residentes da mesma região de transmissão autóctone da doença canina, como também foi realizado um levantamento das espécies de flebotomíneos da região (pela SUCEN). Até o momento, não foi encontrado nenhum caso da doença humana, nem a principal espécie transmissora do parasito (Lutzomiya longipalpis). Acreditamos que esses resultados possam contribuir significativamente para aprimorar o diagnóstico e a identificação das espécies Leishmania na LVC. / Currently, one of the major problems related to leishmaniasis is the lack of a specific diagnosis capable of identifying and differentiating Leishmania species quickly and accurately. The development of molecular methods such as Polymerase Chain Reaction ( PCR ) allows the diagnosis of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL) to become more accurate and eventually, easy to perform, since that important limitations in terms of sensitivity and specificity of this technique are being described especially when using clinical samples. In order to better evaluate the efficiency of PCR for the diagnosis of CVL, we selected different clinical samples (spleen, lymph node aspirate, skin with and without lesions and blood samples) from 26 dogs with positive serology for leishmaniasis submitted to euthanasia by the Agency of Epidemiological Surveillance of Embu das Artes - SP. Therefore, we performed a comparative analysis between the kDNAPCR-RFLP HaeIII and hsp70PCR-RFLP BsaJI/EcoRII with two traditional diagnostic methods (direct parasitological test, and in vitro culture). Additionally, clinical samples from 28 dogs with negative serology for CVL in the same region were used as negative reactions control. We noted that the PCR showed greater sensitivity in all clinical samples tested when compared with traditional methods. The results indicate that the kDNAPCR-RFLP HaeIII is the most efficient test for the diagnosis of CVL, with a positivity index of 96.15 % in skin lesions samples. Related to the discrimination of the Leishmania species involved in the infection, our results of kDNAPCR-RFLP HaeIII indicate Leishmania infantum chagasi as the agent involved in canine infection in Embu das Artes city. Moreover, the analysis of real-time PCR (qPCR) showed that some blood samples has not showed the same pattern associated with Leishmania infantum chagasi suggesting a possible co-infection with other canine parasite. Our group also followed 184 children between 4 to 10 years old (risk population) living in the same region of autochthonous transmission of canine disease, as well a survey was conducted on the sandfly species in the region (by SUCEN). So far, we found no human infection, nor the main species involved in the transmission of the parasite (Lutzomyia longipalpis). We believe that these results can significantly contribute to the improvement of the diagnosis and identification of Leishmania species involved in the CVL worldwide.

O diagnóstico etiológico da hanseníase, causada pelo bacilo Mycobacterium leprae, pode ser difícil na forma paucibacilar (PB), na qual os exames têm baixa sensibilidade na detecção do bacilo. A reação em cadeia da polimerase (PCR) tem se mostrado sensível para o diagnóstico da hanseníase. Amostras de linfa são rapidamente obtidas em campo e pouco invasivas. O objetivo principal deste trabalho foi comparar os resultados da PCR com 4 pares de primers (Ag85B, MntH, Pra-36kDa e RLEP), descritos na literatura para o diagnóstico da hanseníase, utilizando-se DNA extraído de amostras de linfa de orelhas, cotovelos e joelhos, coletadas em papel filtro. Além da comparação dos resultados da PCR com os 4 pares de primers, também foram comparados à baciloscopia de linfa no grupo MB e ao ELISA anti-PGL-1 nos grupos PB e MB, utilizando-se o teste de qui-quadrado de McNemar para amostras pareadas. Trinta e nove pacientes com hanseníase [12 (30,76%) na forma PB e 27 (69,23%), multibacilar (MB)], virgens de tratamento, atendidos consecutivamente no período de 2006 a 2010, foram incluídos. A detecção de bacilos à baciloscopia e na biópsia de pele foi confirmada em 55,55% e em 100% dos pacientes MB, respectivamente; e 67,56% dos pacientes (33,33% dos PB e 84% dos MB) apresentaram títulos de anti-PGL1 acima do cut-off no ELISA. A PCR foi positiva em 70,37% das 27 amostras de pacientes MB, considerando-se o resultado conjunto dos 4 primers (7,69% com Ag85B; 11,11% com MntH; 12,5% com Pra-36kDa; e 66,66% com RLEP). Uma amostra se mostrou positiva com os primers Ag85B, MntH e Pra-36kDa e negativa com RLEP. Não houve amplificação no grupo PB, portanto, os resultados do ELISA anti-PGL-1, embora não confirmatórios da etiologia, foram superiores para o diagnóstico da hanseníase PB. No grupo MB, os resultados da PCR com RLEP foram superiores àqueles com MntH, Ag85B e Pra- 36kDa (P<0,001); comparando-se MntH com Ag85B e Pra-36kDa (P=0,317; P=1,0, respectivamente), e Ag85B com Pra-36kDa (P=0,564), os resultados foramsemelhantes. A frequência de positividade da baciloscopia foi maior que a da PCR com MntH (P=0,001), Ag85B (P<0,001) e Pra-36kDa (P=0,004); semelhante ao RLEP (P=0,083); e menor, quando comparada ao resultado combinado dos 4 primers (P=0,046). Ainda no grupo MB, a frequência de positividade anti-PGL-1 foi superior à da PCR com MntH, Ag85B e Pra-36kDa (P<0,001) e à baciloscopia (P=0,011); porém, foi semelhante à PCR com RLEP (P=0,059) ou com os 4 primers combinados (P=0,102). A maior frequência de positividade da PCR com primers RLEP é explicada pela presença de múltiplas cópias RLEP no genoma do bacilo, aumentando a chance do anelamento e amplificação. Existe complementariedade entre os resultados com diferente primers, podendo uma mesma amostra apresentar diferentes resultados a depender da escolha destes. A frequência da positividade da PCR com par de primers RLEP, em amostras de linfa coletadas em papel filtro, mostrou-se semelhante à da baciloscopia e do ELISA anti-PGL-1 nos pacientes MB. Assim, encoraja-se seu emprego em trabalhos de campo devido à facilidade da coleta e possibilidade de remessa dos papéis filtro para centros de referência. / Leprosy\'s etiologic diagnosis may be difficult in paucibacillary (PB) patients, in which laboratory tests have low sensitivity for the detection of the causative agent, Mycobaterium leprae. Polymerase chain reaction (PCR) has shown good sensitivity in leprosy diagnosis. Lymph samples are readily acquired in the field and minimally invasive. The main objective of this paper is to compare the results of PCR with four sets of primers previously described in the literature (Ag85B, MntH, Pra-36kDa and RLEP), using DNA extracted from lymph samples from ear lobes, elbows and knees, stored in filter paper. We also aim to compare the PCR results to lymph bacilloscopy in the multibacillary (MB) group and to anti-PGL-1 serology in PB and MB group, using McNemar\'s chi-square test for paired samples. 39 treatment-naïve leprosy patients [12 (30.76%) PB and 27 (69.23%) MB] seen in the outpatient clinic of a referral center were included. Bacilli were detected in 55.55% of bacilloscopy samples and 100% of biopsies from MB patients; 67.56% of all patients (33.33% of PB and 84% of MB) had anti-PGL1 titers above the method\'s cut-off. PCR was positive in 70.37% of the 27 MB patients, taking in consideration the 4 primers combined (7,69% with Ag85B; 11,11% with MntH; 12,5% with Pra-36kDa; e 66,66% with RLEP). One sample was positive for primers Ag85B, MntH e Pra-36kDa and negative for RLEP. There was no DNA amplification in the PB group, in which antiPGL-1 ELISA, although not confirmatory of the disease, was superior in the diagnosis. In the MB group, PCR with RLEP primer was superior to Ag85B, MntH and Pra-36kDa (P<0,001); between MntH and Ag85B (P=0,317); MntH and Pra- 36kDa (P=1,0); and Ag85B and Pra-36kDa (P=0,564), results were similar. Bacilloscopy\'s frequency of positivity was greater than PCR with Ag85B (P<0,001), MntH (P=0,001) and Pra-36kDa (P=0,004); similar to RLEP (P=0,083); and inferior to the results of the four primers combined (P=0,046). Still in the MB group, anti-PGL-1 serology was superior to PCR with Ag85B, MntH and Pra-36kDa (P<0,001) and to bacilloscopy (P=0,011); its results were similar to PCR with RLEP (P=0,059) or with the four primers combined (P=0,102). RLEP\'s greater positivity is probably due to thepresence of multiple copies of the target DNA in the bacillus\' genome, enhancing the chances of primer annealing. The primers showed complementarity; therefore one sample may display different outcomes depending on primer choice. The frequency of positivity of PCR with RLEP primers, in lymph samples stored in filter paper, was similar to bacilloscopy and serology amongst MB patients. Hence, we encourage its use in fieldwork as a practical and easy method for acquiring samples that can be shipped for further processing in referral centers.