La paratuberculose est une maladie entérique incurable causée par la bactérie Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) endémique dans la plupart des régions du monde. Cette affection ciblant les ruminants est responsable d’importantes pertes économiques dans les productions animales et son contrôle est particulièrement difficile. L’ingestion de matières contaminées (fèces, lait et colostrum) est considérée comme la voie principale de transmission. La situation épidémiologique de la paratuberculose dans les troupeaux ovins du Québec demeure inconnue. Ce projet visait à évaluer la prévalence de MAP et à caractériser les facteurs de risque associés aux statuts positifs des ovins du Québec. Au total, 2942 brebis provenant de 70 fermes ovines, dont 10 productions laitières et 60 productions de boucherie, ont été échantillonnées dans le cadre de ce projet entre février 2020 et mars 2022. La prévalence réelle des moutons positifs dans la province a été estimée à 8.3% (IC 95% 4.7-14.1%) alors que la prévalence apparente de troupeaux positifs a été estimée à 29.9% (IC 95% 25.7-34.1%). L’analyse multivariée des facteurs de risque a permis d’identifier la présence de signes cliniques comme facteur de risque à un statut positif individuel (RC = 3.0; IC 95% 1.3-7.4) et l’utilisation d’un logiciel de régie pour les données de santé des animaux comme un facteur protecteur à un statut de troupeau positif (RC = 0.1; IC 95% 0.0-0.6). Les résultats de cette étude permettront l’exploration de mesures de contrôle de l’infection dans les troupeaux ovins de la province. / Paratuberculosis is an incurable enteric disease caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), which is endemic in most parts of the world. This disease affecting ruminants is responsible for significant economic losses in livestock production and is particularly difficult to control. Ingestion of contaminated material (e.g., faeces, milk, colostrum) is considered the main route of transmission of MAP. The epidemiological situation of paratuberculosis in Quebec sheep flocks remains unknown. Hence, the purpose of this project was to evaluate the prevalence of MAP as well as to characterize the risk factors associated with positive status within Quebec sheep. A total of 2942 ewes from 70 sheep farms, including 10 dairy and 60 meat farms, were sampled between March 2020 and March 2022. The true prevalence of positive sheep in the province was estimated at 8.3% (IC 95% 4.7-14.1%) while the apparent prevalence of positive flocks was estimated at 29.9% (95% IC 25.7-34.1%). Multivariable analysis of risk factors identified the presence of clinical signs as risk factor for a positive ewe status (OR = 3.0; 95% CI 1.3-7.4) and the use of animal health data management software as a protective factor for positive flock status (OR = 0.1; 95% CI 0.0-0.6). The results of this study will enable the implementation of MAP-tailored infection control measures in the province's sheep flocks.

Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map), agent étiologique de la paratuberculose, a évolué en deuxtypes dénommés, S pour« Sheep » et C pour « Cattle ». L’intestin grêle est le site primaire de l’infection à Map mais les mécanismes moléculaires impliqués dans l’implantation du bacille restent largement méconnus. L’objectif de mon projet de thèse visait à identifier et caractériser les adhésines exprimées par Map par des approches génétiques et biochimiques. J’ai ainsi purifié la HBHA et la LBP par chromatographie d’affinité puis les ai identifiés en spectrométrie de masse. L’originalité de ce travail repose sur le polymorphisme de ces adhésines observé entre les souches de type C et S. Cette variabilité a été mise en évidence sur le domaine d’interaction avec les sucres sulfatés de la cellule hôte influençant l’affinité des adhésines pour l’héparine. Ce travail de thèse a permis de caractériser pour la première fois ces deux adhésines produites par Map. Le polymorphisme de la HBHA et de la LBP, discriminant les types C et S, ouvre de nombreuses perspectives sur l’évolution de l’espèce M. avium et le rôle de ces adhésines sur le tropisme intestinal, la préférence d’hôte de Map ou encore leur potentiel diagnostic. / Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map), the etiological agent of paratuberculosis, has evolved into two types called, S for "Sheep" and C for "Cattle." The small intestine is the primary site of Map infection but the molecular mechanisms involved in the establishment of bacilli are still unknown. The aim of my thesis was to identify and characterize the adhesins expressed by Map by genetic and biochemical approaches. I purified HBHA and LBP by affinity chromatography then identified them by mass spectrometry. The originality of this work is based on the polymorphism of these adhesins observed between strains of type C and S. This variability has been demonstrated in the binding domain involved in interaction with sulfated sugars of host cell influences adhesins affinity for heparin. This thesis has characterized for the first time these two adhesins produced by Map. Specific polymorphism highlighted related to the evolution of the species avium, opens large number questions on their role on the pathogenesis of Map including the cellular tropism, host preference or interest of these antigens to improve diagnostic.

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