Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlessandraMarques2009.pdf: 692808 bytes, checksum: 9a7b1bde8039039ba579f8e25c59ead5 (MD5) Previous issue date: 2009-12-03 / In recent years the number of infections caused by microbacteria non-tuberculous mycobacteria (NTM) has increased mainly due to opportunistic infections in individuals imunocompormetidos and improvement of farming techniques and identification of MTN. Mycobacterium massilienese is an emerging body associated with wound infections, abscesses and pneumonia. An outbreak of infection after videoscopy occurred between 2005 and 2007 in seven hospitals in Goiânia-GO, in central Brazil. The objective of this study was to identify NTM isolated from patients with infection after arthroscopy and lararoscopia by PCR followed by analysis of fragment length polymorphism restrção (PRA-hsp65), compared by gel electrophoresis pulsed-field gel (PFGE), sequencing of the partial rpoB gene and determination of antimicrobial susceptibility in vitro. NTM were recovered from samples (exudate abscess subcutâneio) of 18 patients involved in the outbreak. In the period leading up to this study there was no reported case of infection after videoscopy caused by MTN in Goiania. The 18 isolates were identified as M, massiliene and genotyped as a single clone, indicating that they had a common origin, suggesting a common source of infection for the patients involved in the outbreak. The epidemic isolates were susceptible to amikacin (MIC90 4 micrograms / ml) and clarithromycin (MIC90 <1 ug / ml), but resistance to ciprofloxacin (MIC90 <128g/ml), tobramycin (MIC90 32 micrograms / ml) and intermediate susceptibility to cefoxitin (MIC90 64 ug / ml). In conclusion this study demonstrated the clonality of strains of M. massiliense involved in infections after procedures videoscopes and that they are susceptible to drugs indicated for the treatment / Durante os últimosd anos o número de infecções causadas por microbactérias não-tuberculosas (MNT) tem aumentado principalmente devido às infecções oportunistas em indivíduos imunocompormetidos e ao aprimoramento das técnicas de cultura e identificação das MTN. Mycobacterium massilienese é um organismo emergente, associado a infecções de feridas, formação de abscessos e pneumonias. Um surto de infecção após videoscopias ocorreu entre 2005 e 2007 em sete hospitais privados de Goiânia-GO, na região central do Brasil. O objetivo deste estudo foi identificar MNT isoladas de amostras de pacientes com infecção após artroscopia e lararoscopia por PCR seguida de análise de polimorfismo de fragmentos de restrção (PRA-hsp65), comparação por eletroforese em gel em campo pulsado (PFGE), sequenciamento parcial do gene rpoB e determinação da suscetibilidade antimicrobiana in vitro. MNT foram recuperadas das amostras (exsudato de abscesso subcutâneio) de 18 pacientes envolvidos no surto. No período antecedente a esse estudo não houve nenhum relato de caso de infecção após videoscopias causada por MTN em Goiânia. Os 18 isolados foram identificados como M, massiliene e genotipados como um único clone, indicando que tiveram uma origem em comum, o que sugere uma fonte comum de infecção para os pacientes envolvidos no surto. Os isolados epidêmicos apresentaram sensibilidade a amicacina (CIM90 4 ug/ml) e claritromicina (CIM90 < 1 ug/ml), porém resistência a ciprofloxacina (CIM90 < 128g/ml), tobramicina (CIM90 32 ug/ml), e sensibilidade intermediária a cefoxitina (CIM90 64 ug/ml). Em conclusão este estudo evidenciou a clonalidade de cepas de M. massiliense envolvidas em infecções após procedimentos de videoscopia e que as mesmas são suscetíveis às drogas indicadas para o tratamento

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Com o objetivo de enfatizar a importÃncia do diagnÃstico laboratorial de micobactÃrias em sÃtios extrapulmonares, exceto renal, utilizou-se neste trabalho a reaÃÃo em cadeia da polimerase (PCR). Na PCR foram empregados iniciadores especÃficos para a detecÃÃo de micobactÃrias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTB) e nÃo pertencentes ao complexo Mycobacterium tuberculosis (MNTB). Foram comparados os resultados obtidos na PCR com os mÃtodos microbiolÃgicos convencionais. Foram analisadas 114 amostras clÃnicas (lÃquidos corporais) provenientes de pacientes internados ou em atendimento ambulatorial, com suspeita clÃnica de tuberculose extrapulmonar, exceto renal. As amostras foram coletadas no perÃodo de 2001 a 2003 e cedidas pelo LaboratÃrio de Microbiologia do LaboratÃrio Central do Hospital UniversitÃrio Walter CantÃdio (HUWC-UFC) e pelo LaboratÃrio Central de SaÃde PÃblica da Secretaria de SaÃde do Estado do Cearà (LACEN-CE). A baciloscopia e a cultura foram negativas em todas as amostras. A pesquisa molecular para o gÃnero Mycobacterium foi positiva em dez amostras e, para o complexo Mycobacterium tuberculosis, foi negativa em todas as amostras. / In order to focus on the importance of laboratorial diagnosis of extrapulmonary mycobacteria, except renal, we employed the polymerase chain reaction (PCR). Clinical samples (body fluids) were tested by PCR for the presence of Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) and nontuberculous mycobacteria (MNTB). We compared the results obtained through the PCR with the ones obtained through conventional microbiological methods. The 114 clinical samples were obtained from internal patients or from or in ambulatorial attendance with clinical suspicion of extrapulmonary tuberculosis, except renal. The samples were collected from 2001 to 2003, and ceded to this research by the LaboratÃrio de Microbiologia do LaboratÃrio Central do Hospital UniversitÃrio Walter CantÃdio (HUWC-UFC), and by the LaboratÃrio Central de SaÃde PÃblica da Secretaria de SaÃde do Estado do Cearà (LACEN-CE). The direct microscopy and culture were negative in all the samples. The molecular research, for the Mycobacterium genus was positive in 10 samples, and for the Mycobacterium tuberculosis complex was negative in all the samples.

Les amibes libres sont des microorganismes unicellulaires eucaryotes dont l'écologie au sein des réseaux d'eau potable est mal connue. Les amibes libres représentent un enjeu de santé publique, du fait de leur capacité à favoriser la présence de bactéries potentiellement pathogènes, parmi lesquelles des mycobactéries.Une campagne de prélèvement menée sur le réseau d'eau potable de Paris a permis d'évaluer la diversité des amibes libres et de leur microbiome bactérien, par pyroséquençage ciblant les gènes ribosomaux (16S et 18S). Ces analyses ont suggéré la prédominance des genres Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba et Protacanthamoeba. Le microbiome des amibes a révélé une grande diversité bactérienne, dominée par Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas et Pseudoxanthomonas. L'intégration des paramètres physicochimiques a permis de suggérer l'importance de l'origine de l'eau, la température, le pH et la concentration en chlore dans la dynamique des populations amibiennes. Une endosymbiose originale entre V. vermiformis et des bactéries du phylum TM6 a également été mise en évidence.Les amibes ont été fréquemment co-isolées avec des mycobactéries dans le réseau, principalement les espèces M. llatzerense et M. chelonae. Des expériences d'infection chez A. castellanii ont permis d'observer la capacité de ces mycobactéries à survivre et croitre en présence d'amibes. Par génomique comparative et analyses transcriptomiques, plusieurs facteurs de virulence, conservés entre M. llatzerense, M. chelonae et M. tuberculosis, ont été identifiés et sont surexprimés au cours de l'infection. Ces données suggérent leur implication dans la résistance à la prédation amibienne.L'ensemble de ces travaux a permis d'améliorer la connaissance des populations amibiennes et de leur microbiome au sein du réseau d'eau potable, apportant des éléments supplémentaires concernant leur implication dans la survie et la persistance des mycobactéries. / Free-living amoebae are unicellular eukaryotes whose ecology in drinking water networks remains poorly understood. They may represent a public health concern, because of their ability to favour the presence of potentially pathogenic bacteria, among which are mycobacteria.A sampling scheme based on Paris drinking water network allowed identifying the diversity of both freeliving amoebae and their bacterial microbiome, using ribosomal RNA targeted pyrosequencing. These analyses indicated the major presence of Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba and Protacanthamoeba genera. The microbiome was highly diverse and dominated by Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas and Pseudoxanthomonas. The coupling of physicochemical parameters to this analysis allowed underlining the importance of water origin, temperature, pH and chlorine concentration in shaping amoebal populations. Also an original endosymbiosis between V. vermiformis and a bacterium of the TM6 phylum was described. Free-living amoebae were frequently co-isolated with mycobacteria in the water network, mainly M. llatzerense and M. chelonae species. Infection experiments on A. castellanii illustrated the capacity of these species to resist and grow in presence of amoebae. Through genomics and transcriptomics approaches, several virulence factors, conserved between M. llatzerense, M. chelonae and M. tuberculosis were identified, and found to be upregulated during infection experiments. These results suggest their involvement in mycobacterial resistance to amoebal predation.Altogether, this work helped to better understand the ecology of free-living amoebae and their microbiome in drinking water networks, as well as the role of free-living amoebae in the survival and persistence of mycobacteria in such environments.

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Micobactérias não tuberculosas (MNT) são microrganismos ubíquos e reconhecidos como contaminantes de sistemas de água em estabelecimentos de assistência à saúde, bem como, dispositivos cirúrgicos e medicamentos injetáveis. Sua ocorrência representa uma emergência epidemiológica e sanitária, especialmente em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. Frente ao exposto, objetivou-se avaliar a produção do conhecimento científico acerca da ocorrência de infecções por MNT em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. A prática baseada em evidências representou o referencial teórico-metodológico e, como recurso para obtenção destas evidências utilizou-se a revisão integrativa da literatura nas bases de dados Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science e Biblioteca Cochrane. Totalizaram-se 24 publicações nos últimos trinta anos, com 15 (62,5%) no idioma inglês, os demais no português. No que se refere ao delineamento dos estudos, observou-se que os mais frequentes foram: 29,2% relatos de caso, 20,8% estudos transversais e 12,5% estudos metodológicos e quaseexperimentais. A análise dos estudos culminou em três categorias temáticas sendo 08 (33,3%) relacionadas aos tipos de cirurgias, 07 (29,2%) sobre identificação das espécies por métodos microbiológicos e/ou moleculares e 09 (37,5%) medidas de prevenção e controle. Ainda como subcategorias têm-se: a vigilância pós-alta, terapêutica com antibióticos e uso de glutaraldeído. Entre os microrganismos destacam-se com 37,5% Mycobacterium chelonae, 33,3%, M. abscessus e 25% M. fortuitum. Cirurgias oftalmológicas, estéticas, cardíacas e procedimentos laparoscópicos e artroscópicos foram as mais investigadas. Diante do contexto terapêutico, a indicação é realizada empiricamente ao longo prazo, podendo incluir desbridamento cirúrgico de tecidos infectados. Na panorâmica da identificação das espécies, a eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é considerada padrão-ouro devido seu alto poder discriminatório de algumas cepas bacterianas, porém com limitações. Com base nas publicações analisadas, conclui-se que não se tem um panorama nacional talvez pela inoperância do sistema de vigilância pós-alta, inexistência de critérios clínicos e bacteriológicos uniformizados em todo o território e, também pela falta de integração entre a clínica e o laboratório. Adiciona-se que aplicação de metodologias moleculares possibilitaria definir a diversidade das espécies de micobactérias que não puderam ser identificadas pelos métodos clássicos. Uma publicação sobre a situação nacional das MNTs em cirurgias é fundamental para a uma conduta correta no diagnóstico e tratamento de micobacterioses. / Nontuberculous mycobacteria (NTM) are ubiquitous microorganisms recognized as contaminants of water systems in health care services, as well as surgical devices and injectable medications. Its occurrence represents an epidemiological and sanitary emergency, especially in patients subject to surgical procedures. This study aimed to evaluate the production of scientific knowledge on the occurrence of infections caused by NTM in patients subject to surgical procedures. Evidence-based practice was the theoreticalmethodological framework used, and integrative literature review was used to obtain evidences in the following databases: Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science and Cochrane Library. In total, 24 publications were found in the last thirty years, being 15 (62.5%) in english and the others in portuguese. Regarding the design of the studies, most (29,2%) were case reports, (20,8%) cross-sectional studies and (12,5%) methodological and quasi-experimental studies. The analysis of the studies resulted in three thematic categories: 08 (33.3%) types of surgery, 07 (29.2%) identification of the species by microbiological and/or molecular methods and 09 (37.5%) prevention and control measures. The following subcategories were identified in prevention and control: vigilance after discharge, therapy with antibiotics and use of glutaral. The most researched surgeries were ophthalmologic, aesthetic, cardiac and laparoscopy and arthroscopy. The presence of the following microorganisms is highlighted: Mycobacterium chelonae (37.5%), M. abscessus (29.2%) and M. fortuitum (25%). Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is considered gold-standard in the identification of certain bacterial strains. The use of molecular techniques permits to define the diversity of the species of mycobacteria that cannot be identified by the classical methods. Regarding the therapy, in general the indication is empirically determined in long-term, and can include surgical debridement of infected tissues. Based on the analyzed publications, it is concluded that there is not a national panorama, either due to the failure of the surveillance system after discharge, the lack of clinical and bacteriological criteria uniform for the entire country or the lack of integration between clinics and laboratories.

Micobactérias não tuberculosas (MNT) são microrganismos ubíquos e reconhecidos como contaminantes de sistemas de água em estabelecimentos de assistência à saúde, bem como, dispositivos cirúrgicos e medicamentos injetáveis. Sua ocorrência representa uma emergência epidemiológica e sanitária, especialmente em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. Frente ao exposto, objetivou-se avaliar a produção do conhecimento científico acerca da ocorrência de infecções por MNT em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. A prática baseada em evidências representou o referencial teórico-metodológico e, como recurso para obtenção destas evidências utilizou-se a revisão integrativa da literatura nas bases de dados Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science e Biblioteca Cochrane. Totalizaram-se 24 publicações nos últimos trinta anos, com 15 (62,5%) no idioma inglês, os demais no português. No que se refere ao delineamento dos estudos, observou-se que os mais frequentes foram: 29,2% relatos de caso, 20,8% estudos transversais e 12,5% estudos metodológicos e quaseexperimentais. A análise dos estudos culminou em três categorias temáticas sendo 08 (33,3%) relacionadas aos tipos de cirurgias, 07 (29,2%) sobre identificação das espécies por métodos microbiológicos e/ou moleculares e 09 (37,5%) medidas de prevenção e controle. Ainda como subcategorias têm-se: a vigilância pós-alta, terapêutica com antibióticos e uso de glutaraldeído. Entre os microrganismos destacam-se com 37,5% Mycobacterium chelonae, 33,3%, M. abscessus e 25% M. fortuitum. Cirurgias oftalmológicas, estéticas, cardíacas e procedimentos laparoscópicos e artroscópicos foram as mais investigadas. Diante do contexto terapêutico, a indicação é realizada empiricamente ao longo prazo, podendo incluir desbridamento cirúrgico de tecidos infectados. Na panorâmica da identificação das espécies, a eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é considerada padrão-ouro devido seu alto poder discriminatório de algumas cepas bacterianas, porém com limitações. Com base nas publicações analisadas, conclui-se que não se tem um panorama nacional talvez pela inoperância do sistema de vigilância pós-alta, inexistência de critérios clínicos e bacteriológicos uniformizados em todo o território e, também pela falta de integração entre a clínica e o laboratório. Adiciona-se que aplicação de metodologias moleculares possibilitaria definir a diversidade das espécies de micobactérias que não puderam ser identificadas pelos métodos clássicos. Uma publicação sobre a situação nacional das MNTs em cirurgias é fundamental para a uma conduta correta no diagnóstico e tratamento de micobacterioses. / Nontuberculous mycobacteria (NTM) are ubiquitous microorganisms recognized as contaminants of water systems in health care services, as well as surgical devices and injectable medications. Its occurrence represents an epidemiological and sanitary emergency, especially in patients subject to surgical procedures. This study aimed to evaluate the production of scientific knowledge on the occurrence of infections caused by NTM in patients subject to surgical procedures. Evidence-based practice was the theoreticalmethodological framework used, and integrative literature review was used to obtain evidences in the following databases: Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science and Cochrane Library. In total, 24 publications were found in the last thirty years, being 15 (62.5%) in english and the others in portuguese. Regarding the design of the studies, most (29,2%) were case reports, (20,8%) cross-sectional studies and (12,5%) methodological and quasi-experimental studies. The analysis of the studies resulted in three thematic categories: 08 (33.3%) types of surgery, 07 (29.2%) identification of the species by microbiological and/or molecular methods and 09 (37.5%) prevention and control measures. The following subcategories were identified in prevention and control: vigilance after discharge, therapy with antibiotics and use of glutaral. The most researched surgeries were ophthalmologic, aesthetic, cardiac and laparoscopy and arthroscopy. The presence of the following microorganisms is highlighted: Mycobacterium chelonae (37.5%), M. abscessus (29.2%) and M. fortuitum (25%). Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is considered gold-standard in the identification of certain bacterial strains. The use of molecular techniques permits to define the diversity of the species of mycobacteria that cannot be identified by the classical methods. Regarding the therapy, in general the indication is empirically determined in long-term, and can include surgical debridement of infected tissues. Based on the analyzed publications, it is concluded that there is not a national panorama, either due to the failure of the surveillance system after discharge, the lack of clinical and bacteriological criteria uniform for the entire country or the lack of integration between clinics and laboratories.