La destruction d'une partie des habitats est souvent la cause principale de leur fragmentation. Or, depuis les années 1960-1970, l'anthropisation du littoral du golfe du Lion a engendré la création d'habitats fragmentés, non pas par une destruction, mais bien par un apport nouveau via l'installation massive d'enrochements côtiers artificiels. Cette étude a eu pour but principal de comprendre le rôle de ces structures en comparaison à des zones naturelles (lagunes, zone rocheuse) dans le maintien des populations de poissons de la côte rocheuse située plus au sud. Le sar commun, poisson caractéristique des zones rocheuses, a été utilisé comme modèle. Des comptages d'adultes et de juvéniles en plongée subaquatique, des marquages directs mais aussi l'utilisation de la microanalyse chimique des otolithes ont été utilisés afin de répondre à ces interrogations. Les aménagements littoraux jouent un rôle de nourricerie non négligeable. Selon les années, les densités de juvéniles sont de 30 à 109 fois supérieures à celles observées sur les habitats naturels, que ce soit sur la côte rocheuse ou dans la lagune. La présence de seulement deux groupes principaux de géniteurs sur la côte catalane française pourrait expliquer de telles différences. Un des deux alimenterait les enrochements côtiers artificiels, il serait situé au cap Leucate. Le second, dans la réserve de Cerbère-Banyuls exporterait des juvéniles vers la côte espagnole suivant un courant dominant nord-sud. De plus, la lagune aurait perdu son rôle de nourricerie au profit des aménagements littoraux. Nos résultats montrent aussi qu'il existe une connectivité lors de la phase adulte entre ces structures côtières et les zones rocheuses naturelles. Elle a lieu principalement au printemps et en automne. 20 % des sars ayant fait leur installation sur les aménagements littoraux les quittent pour la côte rocheuse. Sur cette côte un tiers des sars sont issus d'une installation sur des habitats artificiels de la côte sableuse. Cette étude souligne le rôle majeur que peuvent avoir ces habitats artificiels dans le maintien, voire l'extension des populations de sars communs au niveau de la côte catalane, mais aussi de l'ensemble du golfe du Lion. La fragmentation de l'habitat est dans ce cas positive. Elle pourrait être à l'origine de l'apparition de nouvelles espèces sur la côte du Languedoc-Roussillon comme le sar tambour, Diplodus cervinus et le denti, Dentex dentex

La destruction d'une partie des habitats est souvent la cause principale de leur fragmentation. Or, depuis les années 1960-1970, l'anthropisation du littoral du golfe du Lion a engendré la création d'habitats fragmentés, non pas par une destruction, mais bien par un apport nouveau via l'installation massive d'enrochements côtiers artificiels. Cette étude a eu pour but principal de comprendre le rôle de ces structures en comparaison à des zones naturelles (lagunes, zone rocheuse) dans le maintien des populations de poissons de la côte rocheuse située plus au sud. Le sar commun, poisson caractéristique des zones rocheuses, a été utilisé comme modèle. Des comptages d'adultes et de juvéniles en plongée subaquatique, des marquages directs mais aussi l'utilisation de la microanalyse chimique des otolithes ont été utilisés afin de répondre à ces interrogations.<br />Les aménagements littoraux jouent un rôle de nourricerie non négligeable. Selon les années, les densités de juvéniles sont de 30 à 109 fois supérieures à celles observées sur les habitats naturels, que ce soit sur la côte rocheuse ou dans la lagune. La présence de seulement deux groupes principaux de géniteurs sur la côte catalane française pourrait expliquer de telles différences. Un des deux alimenterait les enrochements côtiers artificiels, il serait situé au cap Leucate. Le second, dans la réserve de Cerbère-Banyuls exporterait des juvéniles vers la côte espagnole suivant un courant dominant nord-sud. De plus, la lagune aurait perdu son rôle de nourricerie au profit des aménagements littoraux.<br />Nos résultats montrent aussi qu'il existe une connectivité lors de la phase adulte entre ces structures côtières et les zones rocheuses naturelles. Elle a lieu principalement au printemps et en automne. 20 % des sars ayant fait leur installation sur les aménagements littoraux les quittent pour la côte rocheuse. Sur cette côte un tiers des sars sont issus d'une installation sur des habitats artificiels de la côte sableuse.<br />Cette étude souligne le rôle majeur que peuvent avoir ces habitats artificiels dans le maintien, voire l'extension des populations de sars communs au niveau de la côte catalane, mais aussi de l'ensemble du golfe du Lion. La fragmentation de l'habitat est dans ce cas positive. Elle pourrait être à l'origine de l'apparition de nouvelles espèces sur la côte du Languedoc-Roussillon comme le sar tambour, Diplodus cervinus et le denti, Dentex dentex.

Au cours de leur cycle de vie, la plupart des espèces de poissons marins côtiers passent par des nourriceries littorales dont la qualité influence largement le succès du recrutement et donc le maintien de l’abondance de leurs populations. Or, la construction de ports entrain irrémédiablement une perte de fonction pour les habitats côtiers impactés. Dans ce contexte,l’objectif général de cette thèse était de voir si les zones portuaires peuvent malgré tout servir de nourriceries alternatives pour les poissons marins côtiers. Pour cela, les abondances des juvéniles de quatre espèces de sars, du genre Diplodus, ont d’abord été suivies dans cinq ports méditerranéens. Ceci a permis de montrer que ces espèces côtières peuvent s’installer et grandir avec succès dans les ports. La complexification de la structure 3D de l’habitat augmente sensiblement les abondances de juvéniles. Dans un second temps, la croissance, la condition et les niveaux de contamination desjuvéniles de deux espèces de sars (D. sargus et D. vulgaris) ont été comparés entre différents ports et habitats naturels de la rade de Toulon. Ceci a montré que la croissance et la condition des juvéniles peut être équivalente dans certains ports et dans les zones naturelles adjacentes, avec des niveaux de contamination faibles, même dans les zones les plus polluées. Enfin, la composition multi- élémentaire des otolithes des juvéniles de D. sargus et D. vulgaris a été comparée entre trois ports et deux zones naturelles de la rade de Toulon. Aucun élément chimique lié aux activités portuaires n’aété retrouvé en plus forte concentration dans les otolithes des juvéniles issus des ports. Il n’existe donc pas une signature unique caractéristique de l’ensemble des ports. La composition chimique des otolithes peut néanmoins être utilisée pour étudier la contribution relative des ports aux stocks d’adultes à condition de caractériser la signature de l’ensemble des habitats juvéniles potentiels. L’ensemble des résultats acquis indiquent que les ports peuvent être utilisés comme nourriceries alternatives par plusieurs espèces de poissons marins côtiers. Les projets d’ingénierie écologiquevisant à augmenter la complexité structurale des habitats portuaires sont des pistes intéressantes pour maintenir la biodiversité côtières et les stocks de poissons. / During their life cycle, most of the marine coastal fish species use nursery grounds which quality influence their recruitment and then the conservation of their populations. However, the construction of ports impair irremediably fish nursery function of the coastal areas impacted. The ultimate aim of the PhD research was to assess if ports could provide suitable alternative nursery habitats for coastal fish species. Firstly, abundances of the juveniles of four Diplodus species were surveyed in five marinas located along the French Mediterranean coast. This showed that coastal fishes can successfully settle and grow inside these artificialized coastal areas. Moreover, increasing the complexity of port habitats can considerably enhance their suitability for juveniles, especially at the youngest stages. Secondly, body condition, growth rate and metal contamination in the juveniles of two Diplodus species (D. sargus and D. vulgaris) were compared between different ports and natural areas in the Bay of Toulon. Juvenile growth and condition can be equivalent between fish collected from ports and from adjacent natural areas. Contamination levels in fish were low, even in highly polluted areas. Finally, otolith composition in the juveniles of D. sargus and D. vulgaris was investigated in three ports and two natural areas in the Bay of Toulon. None of the port related had systematically higher concentrations in otoliths from Diplodus juveniles collected in ports. Therefore, otolith microchemistry cannot provide a unique and reliable fingerprint discriminating ports and natural areas. Nevertheless, otolith microchemistry could provide an effective natural tag to determine the contribution of ports to adult stocks provided that a library of all potential juvenile habitat fingerprints is established. All these results confirm that ports can be used as alternative nursery habitats by marine coastal fishes. Ecological engineering projects aiming at increasing structural complexity of port habitats seem promising for biodiversity and fish stock conservation.

Les zones intertidales jouent un rôle essentiel dans le renouvellement des ressources halieutiques. De nombreuses espèces marines, poissons comme macro-crustacés ont un cycle de vie qui leur impose de passer au cours de leur période juvénile par ces écosystèmes. De par sa position à l'interface terre-mer, la zone intertidale est soumise à d'importantes fluctuations des facteurs environnementaux. Cependant, la façon dont cet écosystème répond aux forçages environnementaux, notamment en ce qui concerne la composition et la structure des peuplements, leurs dynamiques et persistances saisonnières et interannuelles sont encore mal connues. En Manche Orientale, l'estran sableux représente plus de 70 % du littoral et constitue d'importantes zones de nourriceries pour les juvéniles de poissons. Dans ce contexte scientifique et régional, l'objectif global de cette thèse a été de décrire les assemblages des peuplements de poissons et de macro-crustacés de la zone intertidale et d'analyser l'influence de l'environnement sur les assemblages et la dynamique des espèces. Une telle étude a pour but de mieux comprendre le fonctionnement de cet écosystème et de préciser son importance dans le cycle biologique des espèces marines, notamment des espèces d'intérêt halieutique. Une première partie de ce travail a permis de déterminer la composition et la variabilité des assemblages de poissons et de macro-crustacés en relation avec les fluctuations environnementales et climatiques. A partir d'un suivi à long terme (11 années) mais aussi saisonnier, nous avons mis en évidence une stabilité des assemblages des peuplements de la macrofaune (poissons et crustacés). A l'inverse les abondances présentent des fluctuations interannuelles et saisonnières en relation avec des facteurs comme la NAO, la température, la salinité ou encore la turbidité. Dans la deuxième partie de la thèse, nous avons analysé si les variations des conditions environnementales de la zone intertidale pendant la période printanière sont d'ordre à affecter les performances physiologiques et la survie des juvéniles qui colonisent cet écosystème. Nous avons focalisé notre étude sur l'espèce de poisson dominante et la zone intertidale, la plie "Pleuronectes platessa". Différents indices qui reflètent les performances physiologiques des juvéniles (croissance et indices de conditions) ont été mesurés sur les juvéniles de plie tout au long de la période de colonisation. Les résultats montrent que la croissance récente, la condition K et l'état nutritionnel (ARN/ADN) des juvéniles de poissons sont élevés tout au long de la période de colonisation des juvéniles et présentent peu de variations intra- et interannuelles, indiquant que l'estran offre des conditions favorables au développement et à la survie des juvéniles de poisson et par conséquent à leur recrutement. Malgré l'importance du bloom de "Phaeocystis globosa" dans la région et de ses fortes variations interannuelles, nous n'avons pas constaté d'effets de ce bloom sur les assemblages, les abondances ou encore les performances physiologiques des poissons. / Intertidal areas provide an essential habitat to fish and macrocrustaceans. These systems are particularly used by juveniles of many fish and macrocrustacean species as nurseries because of the potential advantages they provide for the growth and survival of young fish, namely high prey availability, refuge from predators and good environmental conditions. These habitats are in permanence subject to strong environmental and human fluctuations.Therefore, the comprehension of the functioning and the conservation of the sandy beaches are necessary to maintain the biodiversity and to guarantee the renewal of the fisheries. It is in this framework that our study oriented us to determine the importance of the environmental factors on one hand on the dynamic of the ichtyofauna and on the other hand on physiological performances of the juveniles of fish on the intertidal zones of the English Channel. First, this work allowed us to determine the composition and variability of the fish and macrocrustaceans assemblages in relationship with the environmental and climatic fluctuations. According to our results, the importance of the role of the intertidal habitats of the English Channel in the renewal of the fisheries was proved. Standard qualitative community ecology metrics (species composition, richness, diversity, evenness and similarity) indicated notable inter-annual stability over the study period. Afterward, a 2nd part of this study was consecrated to the seasonal study of the assemblages and the impact of the environmental changes. Our results allowed us to demonstrate that abiotic and climatic factors (mainly temperature, salinity, suspended matter and the winter NAO) have a great influence on the structure of fish and macrocrustacean assemblages but also the impact of Phaeocystis globosa blooms on the population structure. To better understand the nursery functions, the study of physiological performances of juvenile common plaice Pleuronectes platessa during the spring period on the intertidal zone was discussed in order to understand if changes in the environment have an impact on their healthy development. For this, we analyzed various indices that reflect the physiological performance of juvenile common plaice (growth and condition indeces). The results show that the recent growth, the Fulton's K and nutritional ratio RNA/DNA juvenile fish are high throughout the juvenile period of colonization, indicating that nurseries are favorable to the development and survival of fish and therefore their recruitment. Finally, all the work presented shows that the environment of the intertidal areas of the Eastern English Channel is favorable to good life cycle course of marine fish fauna.

Les habitats côtiers à fonds meubles sont essentiels dans le cycle de vie de nombreuses espèces de poissons. Ces habitats ont pour caractéristique d’être peu étendus mais sont aussi très productifs et jouent à ce titre un rôle de nourricerie pour les juvéniles de poissons bentho-démersaux. Les fortes abondances de proies semblent être l’une des raisons principales de la présence des juvéniles au sein de ces habitats. Bien que déjà étudié, le caractère limitant de la nourriture disponible fait toujours l’objet de débats dans la communauté scientifique. Une des raisons principales est que l’étude des milieux côtiers est rendue complexe par la diversité des facteurs entrant en jeu dans le développement des jeunes stades de poissons. A partir du cas d’étude de la baie de Vilaine, une des nourriceries les plus productives du golfe de Gascogneles recherches menées dans cette thèse visent à définir le rôle du facteur alimentaire dans l’organisation de la nourricerie et dans sa capacité à soutenir le développement des juvéniles de poissons. Le fil conducteur de cette thèse est donc de déterminer si le facteur alimentaire limite la production de juvéniles. Les résultats montrent une forte exploitation de la production alimentaire ainsi qu'une superposition spatiale entre les densités de juvéniles de poissons et de leurs proies. La cohérence de ces résultats tend à soutenir l'hypothèse que la capacité d'accueil de la baie de Vilaine est atteinte et donc que le facteur alimentaire est limitant. Les implications de ce mécanisme de régulation sur la dynamique des populations nourricer / Soft sediment coastal habitats are essential in the life cycle of numerous fishes. These habitats are spatially-limited but very productive, and play a key role of nursery for the juveniles of benthic and demersal fishes. High abundance of prey seems to be one of the main reasons of the presence of juvenile fish within these habitats. Although widely studied, the limiting aspect of the feeding factor is still debated in the scientific community. One of the main reasons is that studying coastalhabitats is complex because numerous factors influence the development of the first life stages of fish. From the study case of the Bay of Vilaine, one of the most productive nurseries of the Bay of Biscay, research conducted in this thesis aims to define the role of the feeding factor in the organisation of the nursery and in its capacity to support the development of juvenile fish. The common thread of this thesis is thus to determine if the feeding factor limits the juvenile fish production. The results show a strong exploitation of the food production by the juvenile fish community and a spatial match between the densities of juvenile fish and their prey. The consistency of these results tends to support that the hypothesis that the carrying capacity of the Bay of Vilaine is reached, and that the feeding factor is limiting. The consequences of this regulation process on the dynamics of nursery-dependent fish populations are discussed.

Les changements philosophiques et techniques qui ont accompagné l’avènement de notre civilisation «moderne » laissent dans leurs sillages un cortège de bouleversements physiques, chimiques etbiologiques à l’échelle du globe. Aujourd’hui les preuves sont nombreuses pour affirmer que cechangement global modifie le fonctionnement de la « Nature ». La nécessité d’appréhender et decomprendre ce fonctionnement a conduit à interroger les processus de reconfiguration des diversescomposantes et fonctionnalités des éco-sociosystèmes sous l’influence des changements globaux.Concentrant aujourd’hui près de 75 % de la population humaine, les écosystèmes estuariens et côtierssont particulièrement vulnérables, de plus en plus exploités et contaminés et leur biodiversité estlargement impactée. L’estuaire de la Gironde, un des plus grands estuaires d’Europe de l’Ouest, montredepuis au moins trois décennies des signes de ce changement global. C’est dans ce contexte que cettethèse décrit la trajectoire fonctionnelle de l’écosystème estuarien au cours des trente dernières années.Trois aspects du fonctionnement y sont décrits, analysés et discutés. L’étude de la dynamiqueinterannuelle du cortège ichtyologique a permis, tout d’abord, de mettre en avant trois périodes defonctionnement distinctes dans les dernières décennies. L’exploration des rythmes saisonniers despoissons et de leurs proies zooplanctoniques dans chacune d’elle a ensuite permis de montrer desmodifications de la phénologie de ces espèces à même d’engendrer, pour certaines, desdésynchronisations temporelles entre proies et prédateurs questionnant, par conséquent, la stabilité desrelations trophique et la capacité trophique du milieu. Enfin, un modèle holistique du réseau trophique aété réalisé pour chacune des trois périodes. La comparaison des propriétés de chacun d’eux a permisde conclure à une augmentation du stress de l’estuaire de la Gironde et à remettre en question sacapacité à durablement jouer son rôle de nourricerie pour les stocks de poissons marins du Golfe deGascogne. Quatre scénarii d’évolutions prospectifs synthétisent les conclusions de cette étude etdonnent à voir des avenirs possibles de cet écosystème. / The philosophical and technical changes associated with the emergence of our "modern" civilizationcaused numbers of physical, chemical and biological changes those led to changes in the functioning of"Nature". The necessity to understand this functioning has led to question the reconfiguration process ofthe various eco-sociosystems’ components and features under the influence of Global Change. TheGironde estuary, one of the largest estuaries in Western Europe, has shown since three decades, signsof this Global Change. In this context, this study highlights the functional trajectory of this estuarineecosystem during the last thirty years. Three aspects of its functioning are described, analyzed anddiscussed. First, the study of the inter-annual fish community evolution highlighted three periods withdistinct functioning. The exploration of the seasonal patterns of the fish and zooplankton dynamicsduring each period shows phenological changes able to cause, in some cases, prey-predator mismatch.This leads to question the stability of trophic interactions and the trophic capacity of the ecosystem forfish. Finally, within each of these three periods, the estuarine food web was modeled within a holisticframework. The comparison of the functional properties of each model highlighted an increase in thestress of the Gironde estuary and questioned the sustainability of its nursery function for Bay of Biscaymarine stocks. Four forecasting scenarios summarize conclusions of this study and let see possiblefutures of this ecosystem.