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1	OriC vektorių kūrimas Mycoplasma gallinarum / Development of oric vectors for mycoplasma gallinarum Rimavičiūtė, Reda 23 December 2014 (has links) Mikoplazmų tyrimus apsunkina genetinių įrankių trūkumas. Ne išimtis ir Mycoplasma gallinarum – platų šeimininkų ratą turinti silpno patogeniškumo bakterija. Šiame darbe aprašomas pirmųjų M. gallinarum skirtų vektorių, į kurių sudėtį įeina chromosominė replikacijos pradžios sritis (oriC), kūrimas. Be to, šio tyrimo metu pirmą kartą pademonstruota sėkminga šios mikoplazmų rūšies transformacija. Iš šešių sukonstruotų vektorių penki replikavosi M. gallinarum ląstelėse, o šeštasis nebuvo funkcionalus dėl AT turtingoje srityje pasroviui nuo antrosios DnaA dėžutės atsiradusios mutacijos. Kai kurie vektoriai, kultivuojant transformantus in vitro, integravosi į chromosomą. Homologinės rekombinacijos dažnis dar labiau padidėjo po transformacijos ilgą laiką gaivinant ląsteles augimo terpėje be antibiotiko. Sukurti oriC vektoriai galėtų būti naudojami genetiniams M. gallinarum tyrimams, ypač genams inaktyvuoti ir ekspresuoti, bei suteiktų daugiau žinių apie molekulines šios bakterijos savybes. / Genetic studies of mycoplasmas are limited by the lack of a replicable vector system. Mycoplasma gallinarum, an opportunistic pathogen having a wide range of hosts, is not the exception. This study describes the identification and cloning of the M. gallinarum origin of replication (oriC) in order to construct the first vectors for this species. Additionally, this report provides the first evidence of the successful transformation of M. gallinarum. Five out of six developed vectors have been functional. The replication of the sixth vector has not been supported due to the mutation in the AT rich region downstream the second DnaA box. During in vitro passages, some vectors have been integrated into the chromosome. The rate of chromosomal integration has been even further increased by the lack of antimicrobial selection pressure during cultivation. Hence developed oriC plasmids are useful for genetic studies, including inactivation or expression of selected genes, in M. gallinarum, and lead to a better understanding of its molecular biology. Mycoplasma gallinarum OriC Vektoriai Homologinė rekombinacija
2	開始タンパク質の濃度を介した複製開始制御小川, 徹 03 1900 (has links) 科学研究費補助金研究種目:基盤研究(C) 課題番号:16570143 研究代表者:小川徹研究期間:2004-2005年度 DNA replication DNA複製 DnaA IHF datA initiation of replication oriC 複製開始
3	Construção de vetor oriC de Mycoplasma hyopneumoniae uma ferramenta para estudos genéticos do agente da pneumonia enzoótica suína. Lopes, Beatriz Machado Terra January 2007 (has links) Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica, enfermidade distribuída mundialmente em rebanhos suínos nas fases de crescimento e terminação. A pneumonia enzoótica tem sido considerada uma das mais importantes causas de perdas econômicas na suinocultura mundial. Tendo em vista a disponibilidade dos genomas completos de três linhagens diferentes de M. pneumoniae, sendo duas patogênicas (linhagens 7448 e 232) e outra não patogênica (linhagem J) e a ausência de sistemas genéticos adequados para o estudo destes genomas, é necessidade emergente o desenvolvimento de ferramentas genéticas funcionais neste organismo. Atualmente, cinco espécies de micoplasmas possuem vetores replicativos disponíveis para transformação. No entanto nenhum deles possui a oriC de M. hyopneumoniae, e estudos sugerem que estes vetores são espécie-específicos e não seriam replicados em M. hyopneumoniae. Este trabalho teve como objetivos a construção de um vetor replicativo e o desenvolvimento de um sistema para transformação de M. hyopneumoniae. Os resultados alcançados constituem uma etapa prévia e imprescindível para o estudo de supostas regiões promotoras nesta espécie. O plasmídio replicativo pOSTM construído neste trabalho foi obtido a partir do vetor pUC18, adicionando-se a origem de replicação de M. hyopneumoniae e o cassete de expressão do gene de resistência à tetraciclina (tetM), controlado pelo promotor do gene da espiralina de Spiroplasma citri. A transformação foi realizada através de eletroporação e as células transformantes foram selecionadas pelo fenótipo de resistência à tetraciclina. Os transformantes resistentes à tetraciclina foram confirmados através da amplificação por PCR de porção do vetor inserido nas células. Tal comprovação permite concluir que o M. hyopneumoniae é um organismo susceptível à transformação e que o determinante tetM heterólogo é funcional neste patógeno. / Mycoplasma hyopneumoniae is the etiological agent of enzootic pneumonia of pigs.The disease has a worldwide distribution in growing and finishing pigs. The enzootic pneumonia has been considered one of the most important causes of economic losses in the worldwide swine breeding. The now available complete sequences of the genomes of two pathogenic (7448 and 232) and one non-pathogenic strain (J) of M. hyopneumoniae and the lack of suitable genetic systems to study these genomes points to the emergent need for the development of functional genetic tools for this organism. Currently, there are replicating vectors available for five species of mycoplasmas. However none of them posses oriC of M. hyopneumoniae, and studies suggest that these vectors are species-specific and they would not be functional in M. hyopneumoniae. The aim of the present study was to construct a replicating vector and the development of a system for transformation of M. hyopneumoniae. These constitute a previous and essential stage for the study of putative promoter regions in this species. To construct the replicating plasmid pOSTM the oriC of M. hyopneumoniae and the expression cassette containing the gene for tetracycline resistance (tetM), controlled by spiralin gene promoter of Spiroplasma citri, were introduced into the vector pUC18. The transformation was achieved by electroporation and transformants were selected for tetracycline resistance. Tetracycline resistance transformants were confirmed through PCR amplification of portion of the inserted vector. Such evidence allows the conclusion that M. hyopneumoniae is amenable to transformation and heterologous tetM determinant is functional in this pathogen. Mycoplasma hyopneumoniae Pneumonia por mycoplasma Pneumonia enzoótica suína Mycoplasma hyopneumoniae Electroporation OriC vector Tetracycline resistance
4	Construção de vetor oriC de Mycoplasma hyopneumoniae uma ferramenta para estudos genéticos do agente da pneumonia enzoótica suína. Lopes, Beatriz Machado Terra January 2007 (has links) Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica, enfermidade distribuída mundialmente em rebanhos suínos nas fases de crescimento e terminação. A pneumonia enzoótica tem sido considerada uma das mais importantes causas de perdas econômicas na suinocultura mundial. Tendo em vista a disponibilidade dos genomas completos de três linhagens diferentes de M. pneumoniae, sendo duas patogênicas (linhagens 7448 e 232) e outra não patogênica (linhagem J) e a ausência de sistemas genéticos adequados para o estudo destes genomas, é necessidade emergente o desenvolvimento de ferramentas genéticas funcionais neste organismo. Atualmente, cinco espécies de micoplasmas possuem vetores replicativos disponíveis para transformação. No entanto nenhum deles possui a oriC de M. hyopneumoniae, e estudos sugerem que estes vetores são espécie-específicos e não seriam replicados em M. hyopneumoniae. Este trabalho teve como objetivos a construção de um vetor replicativo e o desenvolvimento de um sistema para transformação de M. hyopneumoniae. Os resultados alcançados constituem uma etapa prévia e imprescindível para o estudo de supostas regiões promotoras nesta espécie. O plasmídio replicativo pOSTM construído neste trabalho foi obtido a partir do vetor pUC18, adicionando-se a origem de replicação de M. hyopneumoniae e o cassete de expressão do gene de resistência à tetraciclina (tetM), controlado pelo promotor do gene da espiralina de Spiroplasma citri. A transformação foi realizada através de eletroporação e as células transformantes foram selecionadas pelo fenótipo de resistência à tetraciclina. Os transformantes resistentes à tetraciclina foram confirmados através da amplificação por PCR de porção do vetor inserido nas células. Tal comprovação permite concluir que o M. hyopneumoniae é um organismo susceptível à transformação e que o determinante tetM heterólogo é funcional neste patógeno. / Mycoplasma hyopneumoniae is the etiological agent of enzootic pneumonia of pigs.The disease has a worldwide distribution in growing and finishing pigs. The enzootic pneumonia has been considered one of the most important causes of economic losses in the worldwide swine breeding. The now available complete sequences of the genomes of two pathogenic (7448 and 232) and one non-pathogenic strain (J) of M. hyopneumoniae and the lack of suitable genetic systems to study these genomes points to the emergent need for the development of functional genetic tools for this organism. Currently, there are replicating vectors available for five species of mycoplasmas. However none of them posses oriC of M. hyopneumoniae, and studies suggest that these vectors are species-specific and they would not be functional in M. hyopneumoniae. The aim of the present study was to construct a replicating vector and the development of a system for transformation of M. hyopneumoniae. These constitute a previous and essential stage for the study of putative promoter regions in this species. To construct the replicating plasmid pOSTM the oriC of M. hyopneumoniae and the expression cassette containing the gene for tetracycline resistance (tetM), controlled by spiralin gene promoter of Spiroplasma citri, were introduced into the vector pUC18. The transformation was achieved by electroporation and transformants were selected for tetracycline resistance. Tetracycline resistance transformants were confirmed through PCR amplification of portion of the inserted vector. Such evidence allows the conclusion that M. hyopneumoniae is amenable to transformation and heterologous tetM determinant is functional in this pathogen. Mycoplasma hyopneumoniae Pneumonia por mycoplasma Pneumonia enzoótica suína Mycoplasma hyopneumoniae Electroporation OriC vector Tetracycline resistance
5	Construção de vetor oriC de Mycoplasma hyopneumoniae uma ferramenta para estudos genéticos do agente da pneumonia enzoótica suína. Lopes, Beatriz Machado Terra January 2007 (has links) Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica, enfermidade distribuída mundialmente em rebanhos suínos nas fases de crescimento e terminação. A pneumonia enzoótica tem sido considerada uma das mais importantes causas de perdas econômicas na suinocultura mundial. Tendo em vista a disponibilidade dos genomas completos de três linhagens diferentes de M. pneumoniae, sendo duas patogênicas (linhagens 7448 e 232) e outra não patogênica (linhagem J) e a ausência de sistemas genéticos adequados para o estudo destes genomas, é necessidade emergente o desenvolvimento de ferramentas genéticas funcionais neste organismo. Atualmente, cinco espécies de micoplasmas possuem vetores replicativos disponíveis para transformação. No entanto nenhum deles possui a oriC de M. hyopneumoniae, e estudos sugerem que estes vetores são espécie-específicos e não seriam replicados em M. hyopneumoniae. Este trabalho teve como objetivos a construção de um vetor replicativo e o desenvolvimento de um sistema para transformação de M. hyopneumoniae. Os resultados alcançados constituem uma etapa prévia e imprescindível para o estudo de supostas regiões promotoras nesta espécie. O plasmídio replicativo pOSTM construído neste trabalho foi obtido a partir do vetor pUC18, adicionando-se a origem de replicação de M. hyopneumoniae e o cassete de expressão do gene de resistência à tetraciclina (tetM), controlado pelo promotor do gene da espiralina de Spiroplasma citri. A transformação foi realizada através de eletroporação e as células transformantes foram selecionadas pelo fenótipo de resistência à tetraciclina. Os transformantes resistentes à tetraciclina foram confirmados através da amplificação por PCR de porção do vetor inserido nas células. Tal comprovação permite concluir que o M. hyopneumoniae é um organismo susceptível à transformação e que o determinante tetM heterólogo é funcional neste patógeno. / Mycoplasma hyopneumoniae is the etiological agent of enzootic pneumonia of pigs.The disease has a worldwide distribution in growing and finishing pigs. The enzootic pneumonia has been considered one of the most important causes of economic losses in the worldwide swine breeding. The now available complete sequences of the genomes of two pathogenic (7448 and 232) and one non-pathogenic strain (J) of M. hyopneumoniae and the lack of suitable genetic systems to study these genomes points to the emergent need for the development of functional genetic tools for this organism. Currently, there are replicating vectors available for five species of mycoplasmas. However none of them posses oriC of M. hyopneumoniae, and studies suggest that these vectors are species-specific and they would not be functional in M. hyopneumoniae. The aim of the present study was to construct a replicating vector and the development of a system for transformation of M. hyopneumoniae. These constitute a previous and essential stage for the study of putative promoter regions in this species. To construct the replicating plasmid pOSTM the oriC of M. hyopneumoniae and the expression cassette containing the gene for tetracycline resistance (tetM), controlled by spiralin gene promoter of Spiroplasma citri, were introduced into the vector pUC18. The transformation was achieved by electroporation and transformants were selected for tetracycline resistance. Tetracycline resistance transformants were confirmed through PCR amplification of portion of the inserted vector. Such evidence allows the conclusion that M. hyopneumoniae is amenable to transformation and heterologous tetM determinant is functional in this pathogen. Mycoplasma hyopneumoniae Pneumonia por mycoplasma Pneumonia enzoótica suína Mycoplasma hyopneumoniae Electroporation OriC vector Tetracycline resistance
6	Muntliga redovisningar på mellanstadiet : Elevers upplevelser och läraresundervisning och anpassningar. / Students' experiences about, teachers' teachings of and adjustments to oral presentations in grades 4-6. Hagel Almér, Amanda January 2018 (has links) In my study I will examine how students in grades 4-6 experience oral presentations, howteachers understand the students´ experiences and which factors they think affect these experiences.Finally I will look at how teachers teach about oral presentation and what adjustmentsthey make in relation to the studens´needs.I have used questionnaire forms that includes both multiple choice answers and open questions.These questionnaire forms have been given out to 36 students in grades 4, 5 and 6 attwo different schools. I have also had one on one interviews with three teachers who teachSwedish in grades 4-6.The results shows that the majority of the participating students experience negative feelingsconnected to oral presentations. The other participating students felt positive or neural aboutoral presentations. The factors that affects the experience of oral presentations for students´according to my study is: students´ earlier experiences, the class climate, how the audience actduring the presentation and how much time and teaching time is being directed towards thetools that students need to make a good presentation. The teachers teach in different ways buthave some elements in common. They all use examples to show good and bad presentations,then let the students practice different presentation skills and they try to give all the studentspractice in talking in front of the class as often as possible. The teachers make adjustments bytelling the students that many people find oral presentations challenging but with practice youcan feel better about this. They also make adjustments in how many and which people someof the students have to make the presentations in front of. The teachers worked with the wholeclass about how you are a good audience. / Min studie har som syfte att undersöka hur elever upplever muntliga redovisningar. Hur lärare uppfattar elevers upplevelser av muntliga redovisningar, vilka faktorer som påverkar deras upplevelser samt hur lärarna undervisar och anpassar sin undervisning till elevernas behov. Jag har använt mig av enkäter med flervalsfrågor där deltagarna hade möjlighet att ge egna kommentarer. Dessa enkäter har jag delat ut till 36 elever i årskurserna 4-6 på två olika skolor. Jag har också haft enskilda intervjuer med tre lärare. Resultaten från studien visar att majoriteten av eleverna upplever negativa känslor kopplade till muntliga redovisningar. Resterande upplever dem som positiva eller okej. Lärarna bekräf- tar detta genom sina iakttagelser. De faktorer som lärarna anser påverka eleverna upplevelser är elevernas tidigare erfarenheter, klassklimatet, hur åhörarna beter sig under redovisningarna samt hur mycket tid och undervisning som läggs på verktygen som behövs för att genomföra en bra redovisning. Lärarna arbetar olika, men några gemensamma nämnare är att visa visu- ella exempel på bra och mindre bra redovisningar, att träna olika delar och att stegvis bygga upp elevernas kunskaper. Anpassningarna som görs är bland annat att medvetandegöra elever om att många tycker att detta är jobbigt, anpassa gruppen som lyssnar eller låta eleven göra redovisningen för bara läraren. Vidare arbetar lärarna mycket med hela klassen om hur man är en bra och respektfull publik. Sammanfattningsvis görs vissa anpassningar för hela gruppen och andra görs på individnivå. Oral presentation adjustments student experiences teaching methods about rhet- oric. Muntlig framställning talängslan anpassningar undervisning om retorik Humanities and the Arts Humaniora och konst
7	Stabil och antibiotikafri läkemedelsproduktion i rekombinant Escherichia coli Benevides, Kristina, Broström, Oscar, Elison Kalman, Grim, Swenson, Hugo, Vlassov, Andrei, Ågren, Josefin January 2017 (has links) Den här rapporten presenterar ett antibiotikafritt, stabilt och kromosombaserat expressionssystem för läkemedelsproduktion i Escherichia coli på beställning av företaget Affibody AB. E. coli-stammen BL21(DE3) valdes som värdorganism för expressionssystemet. Systemet består av en genkassett som innehåller en T7-promotor, en 5′-UTR från genen ompA och en terminatorsekvens från RNA-operonet rrnB. Fyra kopior av genkassetten ska integreras i pseudogenerna caiB, yjjM, hsdS och yjiV. En datormodell som modellerar det egentliga kopietalet i cellerna har skapats i mjukvaran MATLAB, vilket visar att det uppskattas vara maximalt 32 kopior av genkassetten per cell på grund av replikation av kromosomen. Ett högt pH i fermentorn; att använda fed-batch och blandade kolhydratkällor; och att använda stammen BL21(DE3) minskar acetatproduktionen i cellen. En lägre acetatproduktion kan leda till en högre produkthalt. En proteinutbytesmodell för mjukvaran MATLAB har konstruerats för att uppskatta koncentrationen av Affibody®-molekylen i en E. coli cell. copynumber copy-number copy number origin of replication rekombinant proteinexpression läkemedel E. coli antibiotikafri antibiotika expressionssystem expression system escherichia coli kromosom kromosombaserad kromosomal plasmidfri plasmid T7-promotor T7 promotor ompA rrnB autoinduktion auto induktion matlab kopietalmodell utbytemodell stabil pH pseudogen pseudo gen caiB yjjM hsdS yjiV fermentor batch fed-batch kontinuerlig fed batch fermentation Affibody affibody-molekyl affibody-molekyler affibodymolekyl affibodymolekyler bioreaktor acetat acetatbildning acetatproduktion acetatreduktion acetatreducering peptidläkemedel peptider peptid T7-system operator lac-operator operon 5'-UTR 3'-UTR sekundärstruktur mRNA T1 T2 terminator termineringssekvens optimering lac-operon repressor inducering BL21(DE3) BL21 B-stam B stam modell kopietal kopie tal OriC Pharmaceutical Biotechnology Läkemedelsbioteknik

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