Le homard d’Amérique, Homarus americanus, supporte la pêche commerciale la plus importante dans l’Est du Canada et est donc devenue une espèce prioritaire en terme de gestion et de conservation. Cette thèse vise à acquérir des connaissances importantes sur la reproduction et l’adaptation locale des populations de H. americanus à l’aide d’une approche pluridisplinaire alliant génomique des populations et écologie marine. Dans un premier temps, nous avons cherché à définir des unités génétiques et évaluer leur correspondance avec les 41 unités de gestion actuelles. Nos résultats ont révélé la présence de deux entités régionales (nord/sud) composées de 11 populations génétiquement distinctes à plus fine échelle. Nous avons aussi démontré qu’il était possible d’obtenir de fort succès d’assignation à l’échelle régionale, ce qui permet d’envisager un outil de traçabilité. Ensuite, nous avons évalué l’impact des facteurs environnementaux tels que la distribution spatiale, la circulation océanique et la température de surface de la mer sur la distribution des unités génétiques précédemment définies. Nous avons alors démontré que les courants océaniques avaient une plus forte influence sur la divergence neutre des populations que la distribution spatiale. D’autre part, nous avons découvert que la température minimale annuelle avait une influence significative sur la divergence adaptative, et que ce signal persistait même après avoir soustrait l’influence de la distribution spatiale à cette relation. Finalement, nous avons exploré l’influence du sexe ratio et des marqueurs sexuels sur les analyses de structuration génétique d’une espèce marine faiblement structurée, ici le homard d’Amérique. Grâce aux 12 marqueurs sexuels identifiés, nous avons pu révéler le système de détermination sexuelle présent chez cette espèce et caractériser les bases moléculaires de ce déterminisme. Dans l’ensemble, les résultats de cette thèse illustrent le potentiel des outils génomiques dans la mise en place d’une gestion durable du homard d’Amérique dans les eaux canadiennes. / The American lobster, Homarus americanus, supports the largest commercial fishery in Eastern Canada and has therefore become a priority species in terms of conservation and management. This thesis aimed to gain important knowledge about the genetic structure and adaptive potential of H. americanus using a multidisciplinary approach, combining population genomics and marine ecology. Our first goal was to identify genetic units and assess their correspondence to the 41 management units presently in use. Our results revealed the presence of two regional entities (north/south), with at a finer scale, 11 genetically distinguishable populations. We also demonstrated that it was possible to identify the origin of individuals blindly, with an average of 90% individuals correctly reassigned to the regional genetic unit where they were sampled. This high assignment success, unexpected for a marine species, could be used as a relevant traceability tool. Next, we assessed the impacts of environmental factors such as spatial distribution, ocean circulation and sea surface temperature on the previously identified genetic structure. We showed that ocean currents had a greater effect on the putatively neutral genetic structure than spatial distribution. On the other hand, annual minimum temperature appeared to explain a significant portion of the putatively adaptive genetic variation, and this signal persisted even after subtracting the influence of the spatial distribution. Finally, we explored the influence of sex ratio and sex-linked markers on the analyses of genetic structure of high gene flow species, here the American lobster. We found 12 sex-linked markers from which we inferred a probable genetic mechanism of sex determination of the American lobster and characterized its molecular basis. Overall, the results of this thesis illustrate the potential of a genomic approach as a new tool for the sustainable management of American lobster in Canadian waters.

Les pêcheries d’anguilles ont été une activité emblématique de l’évolution de la culture de la région du Kamouraska et une source identité pour ses pêcheurs. Son apparence rappelant celle du serpent et les mystères entourant sa vie dans les fonds marins font de ce poisson l’objet de multiples interprétations dans les croyances de plusieurs peuples. De son essor à son déclin, la géographie historique de la pêche à l’anguille est un moyen d’explorer la relation plus large entretenue par les habitants du Kamouraska avec leur environnement. D’abord une partie intégrale de la transhumance des Amérindiens, elle était, avec l’agriculture, tout aussi essentiel à la subsistance des colons français de la région et est devenu économiquement importante pour les marchés qui émergent dans les XIXe et XXe siècles. Le déclin des pêcheries d’anguilles dans les années 1970 témoigne des effets à long terme de la dégradation de la santé du Saint-Laurent. Mots-clés : Anguilles, pêche à anguille, géographie historique, Nature et Culture, gestion écosystémique, identité, développement socioéconomique, Kamouraska, Maoris. / The history of the eel fishery has been an activity emblematic of the evolving culture of the Kamouraska region and a source of identity for the region’s fishing population. The snake-like appearance of the eel and its mysterious life underwater made it a fish subject to multiple interpretations in the belief systems of several peoples. From its rise to its decline, the historical geography of the eel fishery is a medium for exploring the larger relationship of the peoples of Kamouraska with their environment. An integral part of the transhumance of First Nations peoples, it was equally an essential part of the fishing and agricultural subsistence activities of the French colonists of the region and became an economically important market activity in the 19th and 20th centuries.. The decline of the eel fishery in the 1970’s provides testimony to the long-term effects of environmental degradation of the St. Lawrence River. Keywords: Eel, Eel fishery, historical geography, Nature and culture, ecosystem management, identity, social and economical development, Kamouraska, Maoris.

L’identification de l’origine des captures dans une pêcherie mixte, de façon à prendre en considération le statut démographique des populations exploitées dans les mesures de gestion, est un défi majeur. L’objectif du projet était d’identifier l’origine de 2835 saumons pêchés au Groenland sur une période de 11 ans (1995-2006) et à trois localités le long de la côte ouest, à l’aide de 13 microsatellites. L’étude incluait 52 populations de référence, regroupées en neuf régions génétiquement distinctes. Notre habileté à identifier la rivière d’origine des saumons a aussi été testée à l’intérieur de deux régions. Les contributions régionales moyennes ont varié de moins de 1% à près de 40%. Des variations temporelles dans les contributions régionales ont aussi été observées, notamment une diminution de contribution pour les régions du sud du Québec (-22.0% de 2002 à 2005) et du Nouveau-Brunswick (-17.4% de 1995 à 2006) et une augmentation pour la région du Labrador (+14.9% de 2002 à 2006). Les fortes corrélations entre le nombre de rédibermarins produits régionalement et les niveaux de capture obtenues pour 2002 (r = 0.79) et 2004 (r =0.92) pourraient expliquer ces variations temporelles. Au niveau spatial, aucune différence de contribution entre les régions n’a été observée, suggérant que les différentes populations se distribuent de façon homogène le long de la côte. Finalement, les taux de mortalité étaient grandement variables entre les régions d’Amérique du Nord, avec l’Ungava et le sud du Québec montrant des taux de mortalité plus élevés, variant de 12,10 à 18,08%, pour les deux années testées. Toutefois, de façon générale, aucun groupement régional n’était clairement surreprésenté par rapport à sa productivité. Malgré cela, le principe de précaution devrait être appliqué concernant les décisions de gestion qui seront prises pour la pêche au Groenland. Cette pêcherie sélectionne fortement des femelles rédibermarins, ce qui peut engendrer des impacts évolutifs importants à long terme sur les populations exploitées, comme une diminution de la proportion des saumons rédibermarins par rapport aux madeleinaux, par exemple. / Identifying the origin of catches in a mixed-stock fishery, to consider the demographic status of distinct populations, is a major challenge. Here, we identified the North American origin of 2835 salmon collected at the Greenland fishery for seven years spanning an eleven-year period (1995-2006) at three localities using 13 microsatellites. The study included 52 baseline populations representing nine genetically distinct regional groups. Our ability to identify the origin of salmon at the river level was also tested in two regions. The average level of contribution associated with each genetic region ranged from less than 1% for Maine to nearly 40% for Southern Québec. Temporal variation in regional contributions was observed, indicating a decreasing contribution of Southern Québec (-22.0% from 2002 to 2005) and New-Brunswick (-17.4% from 1995 to 2006) and an increasing contribution of Labrador salmon (+14.9% from 2002 to 2006). There was a strong association between the number of multi-sea-winter salmon regionally produced and the estimated regional contribution to Greenland fishery for 2002 (r = 0.79) and 2004 (r =0.92), which could explain these temporal trends. No difference was found between the three Greenland sampling localities, suggesting a random distribution of the different salmon groups along the coast. Multi-sea-winter mortality rate due to Greenland fishery was highly variable among groups, with Ungava and Southern Québec showing the highest values, ranging from 12.10 to 18.08%, for both years tested. Overall, no regional group was clearly overrepresented in landings compared to their respective productivity. Yet, management precautions should still be taken as the fishery strongly selects large females, which could have evolutionary impacts on populations over the long term, such as a decrease in the proportion of multi-sea-winter salmon compared to grilse.

Cette étude traite des ramifications socio-environnementales apportées par les changements dans les pratiques qui ont eu lieu dans le secteur de la pêche côtière, en particulier dans la pêche au homard de la région sud de la Gaspésie, au tournant des années 1990 et depuis. Elle vise plus précisément à mieux comprendre les impacts des transformations physiques et sociales, telles celles découlant des nouvelles politiques de conservation des ressources, des réglementations dans la pêche au homard et des initiatives locales, entre autres, sur les pratiques et les savoirs locaux des pêcheurs. La diminution de stock, les difficultés d'accès à la ressource, les marchés mondiaux, les difficultés d'assurer une relève, les changements climatiques et leurs impacts sur les écosystèmes sont autant d'enjeux ayant des impacts pour l'avenir de la pêche côtière de homard au Québec. Les sous-champs de l'anthropologie maritime et de l'écologie politique guident cette analyse. Ce mémoire emprunte aussi des éléments qui étudient le savoir écologique où une attention est portée, spécifiquement, au concept de savoir local. / This study deals with the socio-environmental ramifications of the changes in practices that have taken place in the coastal fishing industry, particularly the lobster fishery, of the southern Gaspé Peninsula since the 1990s. Its specific aim is to better understand the impacts of the physical and social transformations resulting from the new policies on the conservation of resources, the regulations governing the lobster fishing industry, and local initiatives, among others, on the practices and local knowledge of the fishermen. The decrease in the lobster stock, the difficulties in accessing the resource, the uncertainty of the global markets, the difficulties in ensuring the emergence of a new generation of fishermen, as well as climate change and its effects on ecosystems are all issues that will have an impact on the future of the inshore lobster fishery. This study has been guided by approaches borrowed from the fields of maritime anthropology and political ecology as well as by certain elements from the study of ecological knowledge, which focuses more specifically on the concept of local knowledge.

Entre 1760 et 1858, les Mi'gmaq de Sainte-Anne-de-Restigouche font face à une redéfinition du mode d'occupation et d'exploitation du territoire gaspésien et de ses ressources naturelles. Le peuplement, le développement de la pêche commerciale au saumon, la diminution des stocks et l'ingérence accrue de l'État dans la gestion de cette ressource génèrent un phénomène de concurrence autour de la rivière Ristigouche. Le présent mémoire a pour objectif d'étudier la réaction des Mi'gmaq à la remise en question d'une manière éprouvée de subvenir à leurs besoins collectifs. La pêche au saumon constitue une part importante du mode de vie traditionnel des Mi'gmaq et un apport alimentaire majeur pour la communauté. Le saumon est aussi, par le troc ou la vente, une source de revenus permettant de pallier la diminution du gibier et de combler par l'achat de denrées les périodes de disette. La réaction des Mi'gmaq à la compétition entourant l'exploitation des pêcheries de saumon est symptomatique des heurts qui surviennent en Gaspésie. Deux cultures, deux conceptions divergentes de l'exploitation des ressources naturelles s'affrontent: la logique de subsistance des Mi'gmaq reposant sur la consommation des ressources disponibles au fil des saisons sur un vaste territoire cohabite difficilement avec une exploitation intensive réalisée dans un objectif de rentabilité commerciale. Le saumon est utilisé ici comme enjeu révélateur des tensions qui s'installent autour de la rivière Ristigouche. Il nous permet d'éclairer sous un nouveau jour la réaction des Mi'gmaq de Sainte-Anne-de-Restigouche aux transformations rapides de leur environnement. Nous soutenons que dans un contexte défavorable au maintien de leur mode de subsistance, les Mi'gmaq ne sont pas restés passifs. Cette étude met en évidence les réactions des Mi'gmaq aux changements et les formes prises par leur résistance. Nous considérons que cette résistance s'articule essentiellement en trois phases. Les réactions les plus courantes des Mi'gmaq au cours de la période que nous qualifions d'affirmation (1760-1786) sont l'envoi de pétitions, de plaintes et de requêtes aux autorités, ainsi que l'affirmation des limites du territoire de chasse et de pêche qu'ils revendiquent. Ces actions se poursuivent de 1787 à 1826, cependant, nous assistons à une montée de l'exaspération et de l'agressivité, à l'endroit des pêcheurs eurocanadiens rivaux, perceptible par des gestes de grabuge et d'intimidation. De 1827 à 1858, les Mi'gmaq doivent diversifier leurs sources de subsistance. Nous constatons pourtant que bon nombre des emplois choisis, tels ceux de guide ou de bûcheron, s'inscrivent aisément dans un mode de vie nomade. Il y a visiblement persistance de certaines pratiques traditionnelles, du nomadisme et de la pêche au saumon. Enfin, la résistance se poursuit par l'envoi de pétitions, par l'utilisation des outils légaux coloniaux, par l'occurrence de gestes de grabuge et par l'envoi d'une délégation à Londres. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Mi'gmaq, Mi'kmaq, Micmac, Ristigouche, Restigouche, Listuguj, Saumon, Pêche, Résistance, Histoire amérindienne, Gaspésie, Baie des Chaleurs.