Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:52Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10946.pdf: 1159536 bytes, checksum: 3fa6155c4873a9d999570d4ce7ec1207 (MD5) / Introdução: A infecção pelo HGV/GBV-C é comum em humanos e pode persistir por anos sem apresentar sintomas clínicos evidentes. O HGV/GBV-C é um membro da família Flaviviridae, que possui RNA de fita simples com polaridade positiva, e é fortemente relacionado ao vírus da Hepatite C (HCV). Estudos recentes sugerem que a infecção pelo HGV/GBV-C em pessoas HIV-positivas está associada com uma progressão mais lenta para a AIDS, indicando uma menor carga viral do HIV e uma maior contagem de células T CD4+ nesses indivíduos, embora muitos estudos tenham falhado em demonstrar tais efeitos benéficos. Objetivos: Padronização da técnica de PCR em Tempo Real para estimar a prevalência e a carga viral do HGV/GBV-C entre os pacientes infectados pelo HIV, comparando os pacientes que apresentam infecção somente pelo HIV e os co-infectados pelo HGV/GBV-C em termos de carga viral do HIV e contagem de células T CD4+. Métodos: A região genômica do HGV/GBV-C escolhida para o desenvolvimento do estudo foi a 5’UTR. Foi necessária a realização de uma clonagem molecular para obtenção de um plasmídeo recombinante e produção de grande quantidade deste por meio de uma transformação bacteriana em cepa DH10B. O plasmídeo recombinante foi linearizado e submetido à transcrição in vitro para obtenção e quantificação de RNA sintético para a construção da curva de quantidicação absoluta do sistema da PCR em Tempo Real. Os pacientes foram submetidos ao ensaio e seus resultados comparados à curva padrão para obtenção das cargas virais. Resultados: Uma diluição seriada em fator 10 do RNA sintético produziu uma curva de quantificação com 9 ordens de magnitude, numa faixa de 102 a 1010 genômas equivalentes/ul. Para o ensaio, a inclinação da reta foi de -3,56, o intercepto foi de 45,56, o coeficiente de correlação de Pearson foi de r2 = 0,99 e a eficiência da reação foi de 90,9%. A reprodutibilidade do teste foi avaliada com base numa reação em quadruplicata da curva de quantificação com média de coeficiente de variação de 1,2%. Foram incluídos 102 pacientes no estudo, onde 57,8% do sexo masculino e com média de idade de 42±9 anos. Do total, 21% dos pacientes eram positivos para a presença de RNA de HGV/GBV-C no plasma com média de carga viral de 300.455 cópias/mL, e para o anticorpo anti-E2, 26,4% eram positivos. Não houve diferença estatística quanto às médias de carga viral do HIV-1 e contagem de células T CD4+ quando comparados pacientes infectados somente pelo HIV, co-infectados pelo HGV/GBV-C ou com presença de anticorpos anti-E2. Houve fraca correlação negativa quando comparadas as cargas virais do HIV e do HGV/GBV-C. Conclusões: A padronização da técnica de PCR em Tempo Real pôde ser realizada e está de acordo com dados de outros trabalhos realizados na mesma área. Assim como descrito na literatura, existe alta prevalência de infecção pelo HGV/GBV-C entre os indivíduos infectados pelo HIV (21%). A fraca correlação negativa entre as cargas virais do HIV e do HGV/GBV-C confere com dados da literatura podendo sugerir efeito benéfico em relação à progressão para a AIDS, entretanto, outros fatores também podem estar relacionados e mais estudos nessa área são necessários para melhor entendimento dessa interação viral. / Introduction: The HGV/GBV-C infection is frequent in humans and could last for years without evident clinical symptoms. HGV/GBV-C is a member of the Flaviviridae family strongly associated with the hepatitis C virus and composed by a single positive RNA strain. Recent studies suggest that HGV/GBV-C infection in HIV seropositive patients is associated with a delayed progression to AIDS, lower HIV viral load and a higher CD4 T-cell count, however, some studies failed to demonstrate such beneficial effects in these patients. Objectives: The aim of this study was to standardize a real time PCR to estimate the prevalence and HGV/GBV-C viral load among the HIV seropositive patients, comparing HIV monoinfected and co-infected in terms of T CD4 cell count and HIV viral load. Methods: To achieve this purpose, the 5’UTR genomic region of HGV/GBV-C was selected. A molecular cloning was needed in order to obtain a recombinant plasmid and a high production of this plasmid through a bacterial cloning in DH10B strain. The recombinant plasmid was linearized and submitted to in vitro transcription to obtain and to quantify synthetic RNA to construct the absolute quantification curve of the real time PCR system. The patient samples were submitted to the assay and the results were compared to the standard curve in order to obtain the HGV/GBV-C viral load. Results: A serial dilution of the synthetic RNA in factor 10 produced a quantification curve with 9 orders of magnitude, varying from 102 to 1010 genome equivalent/ìL. To the assay, the inclination of the straight line was -3.56, the intercept was 45.56, the Pearson correlation coefficient was r2=0.99 and the efficiency of the reaction was of 90.9%. The reproducibility of the assay was evaluated based on a quadruplicate reaction of the quantification curve with a mean coefficient of variation of 1.2%. 102 patients were included in the study, mean age of 42±9 years and 57.8% of them were man. From the total cohort, 21% were positive to HGV/GBV-C RNA in the plasma, with a mean viral load of 300.455 copies/mL and 26.4% were positive to anti-E2 antibodies. There were no statistical significance in regard to the CD4 T-cell count and HIV viral load when comparing HIV monoinfected patients with that co-infected with HGV/GBV-C (p=0,297)and a weak negative correlation was observed between HIV and HGV/GBV-C viral loads (Spearman’s= -0,237). Conclusions: The standardization of the real time PCR could be done and is in agreement with other published studies. According to the literature data, there is a high prevalence of the HGV/GBV-C infection among HIV seropositive patients. The weak negative correlation between HIV and HGV/GBV-C viral load is in agreement with previous publications, suggesting a beneficial effect regarding to AIDS progression, however, other factors can be associated and future studies are needed to better understand this viral interaction. / TEDE

Submitted by MARA REGINA MOITINHO null (maramoitinho@gmail.com) on 2017-04-03T04:30:19Z No. of bitstreams: 1 Tese_Mara_Regina_Moitinho.pdf: 2751972 bytes, checksum: 5bdd069c3c0ef070c2adc12badeea314 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-11T19:26:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moitinho_mr_dr_jabo.pdf: 2751972 bytes, checksum: 5bdd069c3c0ef070c2adc12badeea314 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T19:26:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moitinho_mr_dr_jabo.pdf: 2751972 bytes, checksum: 5bdd069c3c0ef070c2adc12badeea314 (MD5) Previous issue date: 2017-03-02 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Embora a agricultura seja uma importante fonte emissora de CO2 para a atmosfera, o tipo de uso e manejo do solo que vai coordenar o potencial de emissão em áreas agrícolas. Neste contexto, o presente estudo foi realizado em áreas destinadas à produção de cana-de-açúcar e conduzido sob duas condições experimentais de campo. Na primeira condição, o objetivo foi caracterizar o processo de emissão de CO2 do solo (FCO2) em áreas de cana-de-açúcar, nos sistemas de colheita mecanizada crua e manual com queima, bem como investigar a relação entre a emissão de CO2 e os atributos do solo em ambos os sistemas. Foram utilizadas duas áreas adjacentes, apresentando diferentes sistemas de manejo de colheita da cana-de-açúcar: cana crua (CC) com grande quantidade de resíduos da cultura deixados sobre a superfície do solo após a colheita mecanizada, e cana queimada (CQ) com queima do canavial e colheita manual sem resíduo sob a superfície do solo. A FCO2, a temperatura e a umidade do solo foram avaliadas em 20 pontos amostrais em cada área, sendo determinadas em 9 dias de avaliações, compreendidos em um período total de 28 dias. Posteriormente, foram coletadas amostras de solo, na profundidade de 0-0,20 m para a determinação dos atributos físicos, químicos e microbiológicos do solo. A FCO2 na área de cana queimada (2,63 µmol m-2 s-1) foi, em média, 37% superior à emissão na área de cana crua (1,92 µmol m-2 s-1). As variações temporais da FCO2 e da umidade do solo foram correlacionadas nos manejos de cana crua (R2adj=0,64; p<0,05) e cana queimada (R2adj=0,66; p<0,05). O estoque de carbono, a temperatura, a umidade, a porosidade livre de água, a soma de bases e a abundância dos genes funcionais relacionados ao ciclo do carbono (pmoA) e nitrogênio (nifH) foram os atributos do solo mais representativos que ajudaram a caracterizar o processo de emissão de CO2 em solos manejados com cana-de-açúcar sob sistema de colheita da cana crua e queimada. Na segunda condição experimental, o objetivo foi caracterizar os padrões da variabilidade espacial da FCO2 e dos atributos físicos, químicos e microbiológicos do solo em área de cana-de-açúcar após as atividades de reforma. Foram conduzidas 10 avaliações da FCO2, temperatura e umidade do solo, em um gradeado regular de 90 × 90 m contendo 100 pontos amostrais inseridos na área após a reforma do canavial. Foram realizadas análises geoestatísticas para a avaliação da variação espacial e mapeamento dos atributos avaliados. Após o mapeamento da FCO2, foram identificadas duas regiões (R1 e R2) na área em estudo com diferentes valores de emissão, nas quais foram determinadas a abundância dos genes 16S rRNA de Bacteria, pmoA e nifH por PCR quantitativo em tempo real (qPCR), e demais análises da atividade enzimática do solo. Os padrões espaciais da FCO2 foram similares aos dos atributos: macroporos, porosidade livre de água, teor de silte, matéria orgânica e constante de decaimento do carbono do solo. Os resultados também indicaram que o padrão espacial da FCO2 nas regiões R1 e R2 pode não estar relacionado diretamente com a quantidade total da comunidade microbiana (16S rRNA) presente no solo, mas sim, com a função específica que esses microrganismos desempenham em relação a degradação do carbono no solo (pmoA). / Although agriculture is an important emission source of CO2 to the atmosphere, soil use and management will coordinate the emission potential in agricultural areas. In this context, this study was carried out in sugarcane production areas and under two experimental field conditions. In the first condition, the aim was to characterize soil CO2 emission (FCO2) process in areas under mechanized unburned and manual burned sugarcane harvesting systems, as well as investigate the relationship between emission and soil attributes in both systems. Two neighboring areas with different harvest management systems were used: an unburned sugarcane (US) area, with large amounts of crop residues left on the soil surface after mechanical harvest, and a burned sugarcane (BS) area, with manual harvest after burning the sugarcane field and without crop residue on the soil surface. FCO2, soil temperature (Ts), and soil moisture (Ms) were assessed at 20 sampling points in each area with nine assessments over a period of 28 days. Subsequently, soil samples were collected at each point at a depth of 0–0.20 m to determine soil physical, chemical, and microbiological attributes. FCO2 in BS area (2.63 µmol m−2 s −1) was, on average, 37% higher than the emission measured in US area (1.92 µmol m−2 s −1). Temporal variations of FCO2 and Ms was correlated in US (R2 adj = 0.64; p<0.05) and BS (R2 adj = 0.66; p<0.05). Carbon stock, temperature, moisture, air-filled pore space, sum of bases, and abundance of functional genes related to carbon (pmoA) and nitrogen (nifH) cycles are the most representative soil attributes that helped to characterize CO2 emission process in soils under US and BS systems. In the second experimental condition, the aim was to characterize the spatial variability patterns of FCO2 and soil physical, chemical, and microbiological attributes in a sugarcane area after field reform activities. In this area, 10 measurements of FCO2, Ts, and Ms were performed in a regular 90 × 90-m grid containing 100 sampling points inserted in the area after field reform. Geostatistical analyses were performed for assessing the spatial variation and mapping soil attributes. After FCO2 mapping, two regions (R1 and R2) with different emission values were identified in the study area, in which was determined the abundance of 16S rRNA genes of Bacteria, pmoA, and nifH by quantitative real-time PCR (qPCR), in addition to other soil enzymatic activity analyses. The spatial patterns of FCO2 were similar to those of macropores, air-filled pore space, silt content, organic matter, and soil carbon decay constant. The results also indicated that the spatial pattern of FCO2 in the regions R1 and R2 may not be directly related to the total amount of microbial community (16S rRNA) in the soil, but to the specific function that these microorganisms play in relation to soil carbon degradation (pmoA). / FAPESP: 2014/03634-3

Submitted by JYAN LUCAS BENEVENUTE null (jyanbenevenutte@gmail.com) on 2017-04-18T12:52:17Z No. of bitstreams: 1 Jyan Lucas Benevenute DISSERTAÇÃO.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto completo porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o texto completo deverá ser disponibilizado apenas 12 meses após a defesa. Caso opte pela disponibilização do texto completo apenas 12 meses após a defesa selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto parcial”. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, por exemplo e fará com que apenas as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Se optar por disponibilizar o texto completo de seu trabalho imediatamente selecione no campo “Data para a disponibilização do texto completo” a opção “Não se aplica (texto completo)”. Isso fará com que seu trabalho seja disponibilizado na íntegra no Repositório Institucional UNESP. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2017-04-18T12:59:21Z (GMT) / Submitted by JYAN LUCAS BENEVENUTE null (jyanbenevenutte@gmail.com) on 2017-04-18T13:10:19Z No. of bitstreams: 1 Jyan Lucas Benevenute DISSERTAÇÃO.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-18T13:12:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 benevenute_jl_me_jabo.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:12:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 benevenute_jl_me_jabo.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Embora novos genótipos de agentes Anaplasmataceae vêm sendo detectados em carnívoros selvagens, aves selvagens e cervídeos no Brasil, poucos são os estudos acerca da circulação destes patógenos em pequenos mamíferos em nosso território. O presente trabalho teve como objetivo investigar a presença de DNA de Ehrlichia e Anaplasma em roedores amostrados no Brasil. Entre 2000 e 2011, diferentes espécies de roedores [n = 60] foram capturadas em cinco biomas brasileiros. As amostras de baço de roedores foram submetidas a extração de DNA utilizando um kit comercial. A presença de DNA de Ehrlichia e Anaplasma foi investigada utilizando ensaios de PCR em tempo real e convencionais dirigidos a vários genes. Dentre as 458 amostras de baço de roedores testadas, 0,44% (2/458) mostraram-se positivas para Ehrlichia spp. e 2,40% (11/458) para Anaplasma spp., pelos ensaios de PCR em Tempo Real multiplex baseados no gene groESL. A quantificação média do número de cópias de um fragmento do gene groESL por microlitro variou de 1,071 x 102 a 2,808 x 102 cópias para Ehrlichia spp. e 1,123 x 100 a 1,310 x 102 para Anaplasma spp. Pelos ensaios de PCR convencional baseados no gene 16S rRNA, 1,09% (5/458) das amostras mostraram-se positivas para Ehrlichia sp. e 1,97% (9/458) para Anaplasma sp. Análises filogenéticas de máxima verossimilhança baseada em um fragmento de 546 pb do gene 16S rRNA posicionaram os genótipos de Anaplasma detectados em roedores próximos a A. phagocytophilum ou isolados de A. marginale e A. odocoilei. Por outro lado, os genótipos de Ehrlichia detectados em roedores amostrados mostraram-se intimamente relacionados com E. canis com base na análises filogenéticas de um fragmento de 358 pb do gene 16S rRNA. O presente estudo mostrou baixa ocorrência de Anaplasma e Ehrlichia em roedores no Brasil. / Although new genotypes of Anaplasmataceae agents have been detected in wild carnivores, wild birds and deer in Brazil, few reports have been done in order to assess the circulation of these pathogens in small mammals in our territory. The present work aimed to investigate the presence of Ehrlichia and Anaplasma in rodents sampled in Brazil. Between 2000 and 2011, different rodent species [n=60] were trapped in five Brazilian biomes. Rodents' spleen samples were submitted to DNA extraction using a commercial kit. The presence of Ehrlichia and Anaplasma DNA was investigated using real time and conventional PCR assays targeting several genes. Among 458 rodent tested spleen samples, 0.44% (2/458) were positive for Ehrlichia spp. and 2.40% (11/458) for Anaplasma spp., by a multiplex qPCR assay based on groESL gene. The mean quantification of the number of copies of 83pb groESL gene fragment per microliter ranged from 1,071 x 102 to 2,808 x 102 copies for Ehrlichia spp., and 1,123 x 100 to 1,310 x 102 for Anaplasma spp. Out of 458 samples tested, 1.09% (5/458) were positive for Ehrlichia sp. and 1.97% (9/458) for Anaplasma sp. by cPCR assays based on 16S rRNA gene. Maximum Likelihood phylogenetic analyse based on 546pb fragment of 16S rRNA gene positioned the Anaplasma genotypes detected in rodents near to A. phagocytophilum or A. marginale and A. odocoilei isolates. On the other hand, the Ehrlichia genotypes detected in sampled rodents were closely related to E. canis, according to the phylogenetic analyses based on 358pb 16S rRNA gene fragment. The present study showed a low occurrence of Anaplasma and Ehrlichia in rodents in Brazil. / CNPq: 133907/2015-5

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-08-10T11:14:59Z No. of bitstreams: 1 JoaoFelipeBezerra_TESE.pdf: 746132 bytes, checksum: eaa5510288612768dad80b3efbef567c (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-08-10T13:50:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JoaoFelipeBezerra_TESE.pdf: 746132 bytes, checksum: eaa5510288612768dad80b3efbef567c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-10T13:50:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoaoFelipeBezerra_TESE.pdf: 746132 bytes, checksum: eaa5510288612768dad80b3efbef567c (MD5) Previous issue date: 2017-04-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / As fendas orais constituem um problema de sa?de publica atingindo cerca de 15% de todas as malforma??es, caracterizando-se pela forma??o incompleta das estruturas que separam a cavidade nasal e a cavidade oral com fatores gen?ticos e ambientais que contribuem para sua etiologia. Atualmente, estudos de microarray, utilizando pacientes fissurados identificaram diversas regi?es de susceptibilidade para o desenvolvimento das fendas orais n?o-sindr?micas, dentre essas alguns estudos demonstraram a regi?o do gene Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) associado ao aumento de risco para o desenvolvimento das fendas. O objetivo do presente trabalho ? pesquisar polimorfismos do gene IRF6 e as poss?veis associa??es com o desenvolvimento das fendas orais n?o-sindr?micas. Para isso, um total de 368 individuos (186 pacientes FL/P e 182 controles) foram selecionados no Servi?o de Atendimento ao Paciente Fissurado - HUOL/UFRN. Amostras de sangue foram coletadas para extra??o do DNA e an?lise dos polimorfismos do gene IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, e rs1044516) por PCR em tempo real. Os pacientes foram classificados nos grupos Fenda L?bio-palatina (CLP), Fenda labial (CL) e Fenda Palatina (CP) e foi observada uma associa??o significativa de rs2235371 (OR: 11,24, 95% CI: 1.97-64.22, p = 0,016) no grupo com a fendas palatinas isoladas (CP). Al?m disso, a an?lise da combina??o al?lica mostrou um aumento do risco de fendas associado aos polimorfismos rs1044516 e rs2236907, uma vez que estavam presentes em todas as combina??es significativas. Assim, a associa??o do rs2235371 com pacientes do grupo CP mostra-se como um fator de risco para CP em nossa popula??o. A an?lise das combina??es al?licas mostram a influ?ncia de polimorfismos do IRF6 combinadas, principalmente (rs1044516 e rs2236907) sugerem que cada polimorfismo pode contribuir minimamente para aumentar o risco de desenvolver fendas orais n?o-sindr?micas em uma popula??o brasileira de Rio Grande do Norte. / Orofacial clefts are a public health problem accounting for approximately 15% of all malformations, characterized by the incomplete formation of structures that separate the nasal cavity and oral cavity with genetic and environmental factors that contribute to its etiology. Currently, microarray studies using fissured patients have identified several regions of susceptibility to the development of non-syndromic orofacial clefts among which some studies have demonstrated the region of the Interferon Regulatory Factor 6 (IRF6) gene associated with increased risk for non-syndromic orofacial clefts development. The aim of the present study is to investigate polymorphisms of the IRF6 gene and the possible correlations with the development of non-syndromic orofacial clefts. For this, a total of 368 individuals (186 FL / P patients and 182 controls) were selected in the Service of the Fissured Patient - HUOL / UFRN. Blood samples were collected for DNA extraction and analysis of the polymorphisms of the IRF6 gene (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516) by real-time PCR. Patients were classified into the CLP, CL and CP groups and a significant association of rs2235371 (OR: 11.24, 95% CI: 1.97-64.22, p = 0.016) was observed in the group with isolated palate clefts (CP). In addition, the analysis of the allelic combination showed an increased risk orofacial clefts associated with the polymorphisms rs1044516 and rs2236907, since they were present in all significant combinations. Thus, the association of rs2235371 with patients in the CP group is shown as a risk factor for CP in our population. The analysis of allelic combinations show the influence of combined IRF6 polymorphisms mainly (rs1044516 and rs2236907) suggest that each polymorphism may contribute minimally to increase the risk of developing non-syndromic orofacial clefts in a Brazilian population of Rio Grande do Norte.

Fusobacterium nucleatum é uma espécie bacteriana Gram-negativa, anaeróbia estrita e uma das espécies frequentemente encontradas nas infecções primárias do sistema de canais radiculares. Esta espécie tem grande importância na formação de biofilmes por ser uma ponte de união entre espécies que não são capazes de interagir. Os micro-organismos constituintes de biofilmes trocam material genético, aumentando a tolerancia dos mesmos e é quase impossível um isolado clínico ter os genes totalmente iguais à cepa padrão de coleções de cultura como da ATCC (American Type Culture Colection). O presente estudo investigou a espécie bacteriana anaeróbia Fusobacterium nucleatum isolada de canais radiculares, comparando-a com sua cepa de referência. Foi feito a comparação da suscetibilidade microbiana in vitro por meio de cultura microbiológica pelo método do E-test, com as cepas em crescimento planctônico e em biofilme. Também foi definido um protocolo de Purificação de RNA para esta espécie em ambas as condições de crescimento. As cepas clínicas de F. nucelatum foram isoladas por meio da cultura microbiológica de 23 pacientes que apresentavam dentes com infecção primária e periodontite apical visível em radiografia. Foi feito isolamento e identificação da espécie por série bioquímica com testes comerciais (Sistema Api, Bio-Meriéux, França) e PCR convencional, sendo no total 4 isolados clínicos investigados. Foi verificada a suscetibilidade antimicrobiana dos seguintes antibióticos: Amoxicilina, Amoxicilina + ácido clavulânico, Ampicilina, Azitromicina, Clindamicina, Eritromicina e Metronidazol. O protocolo para purificação de RNA foi feito com microesferas de zircônia, dispositivo bead beater, kit comercial RNeasy (Qiagen) e transcrição para DNA complementar (cDNA). A qualidade da purificação foi testada quanto a sua capacidade de amplificação pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) utilizando primer para o gene 16s RNA específico para F. nucelatum. Todas as cepas testadas foram 100% suscetíveis a Amoxicilina + ácido clavulânico, Ampicilina, Azitromicina, Clindamicina e Metronidazol. Ambos os tipos de crescimento bacteriano demonstraram resistência somente à eritromicina. O protocolo proposto para a purificação do RNA de F. nucelatum dos isolados em crescimento planctônico e em biofilme foi eficaz. A média do rendimento do RNA das amostras para as bactérias em crescimento planctônico foi de 514,2 ng/&#x3BC;L (DP ± 397,7) e para as amostras em biofilme foi de 377,1 ng/&#x3BC;L (DP± 144,1). Os valores encontrados sugerem uma boa qualidade de RNA, livre de contaminação por proteínas. Todas as cepas de Fusobacterium nucleatum isoladas de canais radiculares, assim como a cepa ATCC foram suscetíveis aos antibióticos testados, com exceção do antibiótico eritromicina em ambos os tipos de crescimento bacteriano. As bactérias em biofilme apresentaram aumento na tolerância frente aos agentes antimicrobianos, com diferença estatística. O protocolo estabelecido para a purificação do RNA de cepas de Fusobacterium nucleatum cultivadas em fase planctônica e em biofilmes teve êxito com amplificação por qPCR. / Fusobacterium nucleatum is a Gram-negative bacterial species, strict anaerobic and one of the species often found in primary infection of the root canal system. This species has great importance in biofilm formation to be a union bridge between species which are not able to act alone. The constituent microorganisms of the biofilm exchange each tother genetic material, increasing the strength of them. It is almost impossible for a clinical isolate have genes totally equal to a standard strain, such as strains of culture collections like ATCC (American Type Culture Collection). The present study investigated anaerobic bacterial species Fusobacterium nucleatum isolated from root canals, comparing them to the ATCC strain. The microbial in vitro susceptibility of biofilm and planktonic growth of the strains was compared by means of microbiological culture and the E-test method, with the antibiotics Amoxicillin, Amoxicillin + clavulanic acid, Ampicillin, Azithromycin, Clindamycin, Eritromycin and Metronidazole.. Also, a RNA Purification protocol for the strains under the same growth conditions was defined. Clinical isolates were obtained by microbiological samples of patients with teeth with pulp necrosis and apical periodontitis visible on radiographs. The species isolation and identification were performed using commercial biochemical tests (Sistema Api, Bio-Meriéux, France) and conventional PCR, obtaining four clinical isolates. The protocol for RNA purification was done with zirconia beads, bead beater device and commercial kit RNeasy (Qiagen) and transcribed into complementary DNA (cDNA). The quality of purification was tested for its ability of amplification by real time polymerase chain reaction (qPCR) using primer for the gene 16s RNA specific for F. nucleatum. All tested trains were 100% susceptible to amoxicillin + clavulanic acid, ampicillin, azithromycin, clindamycin and metronidazole. Both types of bacterial growth showed resistance to Erythromycin. Bacteria in biofilm showed a decrease in susceptibility to all antibiotics, but without statistical difference. The protocol proposed for the purification of RNA of F. nucleatum was effective, in the planktonic and the biofilm growth. The average yield of RNA samples for bacteria in planktonic growth was 514.2 ng /&#x3BC;L (SD ± 397.7) and the samples in biofilm was 377.1 ng / &#x3BC;L (SD ± 144.1). These found values suggest a good quality of RNA, free of protein contamination. The established protocol for the purification of the RNA of the Fusobacterium nucleatum strains, grown in biofilm and planktonic phase, had successfully amplified by qPCR.

INTRODUÇÃO: Em grandes cidades, como São Paulo, a pequena porcentagem de matas existentes é representada pelos parques municipais. Estas áreas, além de representarem ambientes de lazer para as pessoas, albergam uma enorme diversidade biológica, desde mosquitos até aves e mamíferos. A interação destas espécies favorece a circulação de Flavivirus, causadores de importantes doenças humanas, que têm nas aves um importante reservatório. Atribui-se às aves migratórias o papel de carreadoras dos vírus, já que as mesmas percorrem longas distâncias para completar seu ciclo biológico. A chegada de aves do Hemisfério Norte ocorre em alguns Parques, o que favoreceria a dispersão de alguns vírus, como o Vírus do Nilo Ocidental, já que nestas áreas estão presentes mosquitos potencialmente vetores. OBJETIVOS: identificar infecção por Flavivírus nas aves dos parques municipais de São Paulo. MÉTODOS: De Março de 2012 a Janeiro de 2013, foram coletadas amostras de swab de cloaca, orofaringe e sangue de aves capturadas em redes de neblina de duas áreas do município de São Paulo: Parque Anhanguera e Fazenda Castanheiras/APA Bororé Colônia. As aves foram anilhadas e liberadas após a coleta do material. Foi realizada técnica de RT-PCR em tempo real, utilizando iniciadores genéricos que amplificam fragmento do gene NS5 de Flavivirus. Amostras positivas foram encaminhadas para sequenciamento. RESULTADOS: Foi capturado um total de 231 aves, em sua maioria da Ordem Passeriformes. De um total de 463 amostras, nenhuma amostra apresentou presença de RNA viral. DISCUSSÃO: Em se tratando de alguns Flavivírus, os passeriformes são considerados os reservatórios mais competentes no ciclo de transmissão, pois atingem altos níveis de viremia. Cabe ressaltar que algumas espécies desta ordem, de ocorrência na cidade de São Paulo, já foram identificadas como portadoras dos vírus Rocio e Ilhéus. A ausência de positividade é esperada, pois embora altamente sensível, a técnica de PCR depende do estado de viremia das aves, que é curta. CONCLUSÃO: Os parques municipais são áreas que aproximam aves, mosquitos e humanos, pelo papel ambiental e de lazer que os mesmos representam. Este fato classifica estas áreas como locais com potencial de transmissão de Flavivirus, o que torna importante a continuação este estudo, aumentando as áreas de abrangência, para conhecer os Flavivírus circulantes e realizar vigilância para vírus que podem ocasionar problemas de Saúde Pública / INTRODUCTION: In big cities, as São Paulo, the little percentage of existing forests is represented by the municipal parks. These áreas, besides acting as entertainment environments to the users, promote a huge biodiversity, including mosquitoes, birds and mammals. These species interaction promotes Flavivirus circulation, viruses responsible for important human diseases. The avian species are important reservoirs for these viruses, specially the migrating birds that can fly for long distances, carrying these viruses to several areas. In some parks, the arrival of migrating birds from the North Hemisphere is documented, fact that can support some viruses dispersion, for example, the West Nile Vírus, considering that in these areas potencial vector for this virus can be found. OBJECTIVES: detect Flavivirus infection in birds captured in municipal parks of São Paulo city. METHODS: from March, 2012 to January, 2013, oropharyngeal and cloacal swabs, and blood samples were collected from birds captured in mist-net webs located in two municipal areas: Anhanguera Park and Castanheiras Farm/APA Bororé Colônia. The birds were ringed and released after samples collection. The real time RT-PCR was performed, using generic primers which amplify NS5 gene fragment. Positive samples were forwarded to sequence analysis. RESULTS: a total of 231 birds were capture, in which the majority belongs to Passeriforms order. Of 463 samples collected, all samples were negative for the viral RNA presence. DISCUSSION: when talking about Flaviviruses, the passeriforms are considered the most competent reservoirs in the transmission cycle, because they can achieve great viremia levels. Some passeriforms species, endemic in São Paulo city, were identified as Rocio and Ilhéus viruses carriers in previous studies. The negativity is expected, once the Real Time RT-PCR, although highly sensitive, depends on the viremia duration, which is short in avian species. CONCLUSION: the public parks are areas which encloses birds, mosquitoes and the human being, for the environmental and entertainment role they play. This fact classifies these parks as areas with great potencial of Flavivirus transmission, ressalting the great importance to continue this study, increasing the number of areas, to detect the circulating Flavivirus and to perform surveillance for viruses which can cause public health problems

O gênero Hantavírus está incluído na família Bunyaviridae que são vírus emergentes associados a roedores que podem infectar o homem causando graves doenças. Nas Américas, os Hantavírus causam uma síndrome pulmonar e cardiovascular (SPCVH) com alta letalidade. Cerca de 1600 casos de SPCVH já foram notificados no Brasil causando mais de 600 óbitos. Sete espécies de Hantavírus são conhecidas no Brasil incluindo o vírus Araraquara que circula nas regiões de cerrado do país associado ao roedor Necromys lasiurus. Para o desenvolvimento de uma RT-PCR em tempo real para detecção e quantificação de Hantavírus, mostramos as etapas para o desenvolvimento de uma one-step RT-PCR em tempo real SYBR Green I para Hantavírus Araraquara que se mostrou específica para o gênero e capaz de detectar até 10 cópias por mL de RNA viral na amostra. Além disso, realizamos um estudo filogenético utilizando algoritmos bayesianos, com 190 sequências completas do gene da nucleoproteína, oriundas de 30 países durante um período de 25 anos (1985-2010) que encontravam-se disponíveis no GenBank (NCBI). Baseando-se em uma taxa média de 6.8 x 10-4 (2.5 x 10-4 - 1 x 10-3) substituições nucleotídicas por sítio/ano, foi possível inferir que os Hantavírus teriam aproximadamente 1917 anos. O processo de dispersão dos Hantavírus pelo mundo teria ocorrido há aproximadamente 500 anos, e a introdução destes vírus nas Américas teria ocorrido há 549 anos (95% HPD 1555-341 anos), via América Central ou México, originando os Hantavírus adaptados aos roedores da subfamília Neotominae, e pelo Brasil surgindo há 406 anos (95% HPD 1150-250 anos) os Hantavírus associados a roedores da subfamília Sigmodontinae, e posteriormente dispersaram para todo o continente sul-americano. O trabalho contribui de forma relevante para o diagnóstico das infecções por Hantavírus com a one-step RT-PCR em tempo real SYBR Green I e também, contribui para o entendimento da filogenia e história destes vírus, oferecendo subsídios ao entendimento sobre como teria ocorrido o espalhamento dos Hantavírus pelo mundo. / The genus Hantavirus is included in the family Bunyaviridae are viruses emerging carried by rodents, which can infect humans causing serious illness. In the Americas, the Hantavirus causing a pulmonary syndrome (HPS) with high lethality. About 1,600 cases of HPS have been reported in Brazil, cause over 1600 deaths. Seven species of Hantavirus are known in Brazil, including Araraquara virus circulating in Cerrado regions (or Savannah regions) of the related in rodents Necromys lasiurus. The development of a real-time RT-PCR for detection and quantitation of Araraquara virus, here we show the steps for developing a one-step SYBR Green real-time RT-PCR for virus Araraquara which proved to be specific for the genus and capable of detecting up to 10 copies of viral RNA per ml in the sample. Furthemore, we performed a phylogenetic analysis using Bayesian algorithms, with 190 complete sequences of the nucleoprotein gene, originating from 30 countries over a 25 year period (1985-2010) that were available in GenBank (NCBI). Based on an average rate of 6.8 x 10-4 (2.5 x 10-4 - 1 x 10-3) nucleotide substitutions per site/year, it was possible to infer that the Hantavirus would be about 1917 years old. The Hantavirus spreading in the world have occurred for nearly 500 years, and the introduction of these viruses have occurred in the Americas 549 years ago (95 years% HPD 1555-341) bye Central America or Mexico, causing the Hantavirus adapted to rodents subfamily Neotominae, and Brazil emerged 406 years ago (95% HPD 1150-250 years) the Hantavirus associated with rodents subfamily Sigmodontinae, and subsequently disseminated to South America. The work contributes significantly to the diagnosis of Hantavirus infections with one-step SYBR Green real-time RT-PCR and also contributes to an understanding of the phylogeny and evolutionary history of these viruses, offering subsidies have occurred understanding of how the Hantavirus spread of the worldwide.

Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-13T19:12:41Z No. of bitstreams: 2 Daniel_Tese - Fevereiro 2012.pdf: 2496504 bytes, checksum: 0a41c4b620d4bc11a409448f39581a21 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T19:12:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Daniel_Tese - Fevereiro 2012.pdf: 2496504 bytes, checksum: 0a41c4b620d4bc11a409448f39581a21 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02 / A murcha de fusário, causada por Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol), é uma importante doença para a cultura do tomate, sendo a utilização de cultivares resistentes a melhor estratégia para o controle desse patógeno. A transformação genética de plantas constitui instrumento biotecnológico essencial para o melhoramento, pela introdução de genes exógenos, manutenção das características originais da variedade e encurtamento do tempo para obtenção de uma nova cultivar. Um dos maiores obstáculos para a manutenção dessa resistência reside na busca de genes alvos envolvidos na defesa em plantas e monitoramento da variabilidade dos fitopatógenos. Assim, este estudo foi conduzido com o objetivo de determinar a variabilidade genética de diferentes isolados das três raças de Fol, mediante marcadores moleculares, caracterizar um gene diferencialmente expresso isolado de um genótipo resistente não comercial submetido ao ataque de fusário e de transferir, via transformação genética, esse gene para uma cultivar comercial sensível ao fungo. Analisando a variabilidade genética de isolados pertencentes às três raças de Fol utilizando marcadores moleculares RAPD e IGS, foi demonstrado que a raça 3 é distinta das demais raças, estabelecendo um agrupamento das raças 1 e 2. Devido ao fato das cultivares comerciais com resistência às raças 2 e 3 de Fol, ainda não estarem amplamente disponíveis, com o objetivo de identificar genes envolvidos em defesa, foi construída uma biblioteca de cDNA usando hibridização subtrativa supressiva (Suppresive Subtractive Hybridization, SSH) a partir de um genótipo resistente (genótipo BRH) desafiado com a raça 2 de Fol. Dentre os genes identificados, uma quitinase (SolChi) foi selecionada para verificar respostas no nível da expressão gênica das plantas BRH submetidas à inoculação com a raça 2 de Fol, utilizando a técnica de PCR em tempo real (qRT-PCR), em que a normalização da expressão desse gene foi feita a partir da expressão do fator de elongação α1 (EF-1α) de tomate, classificado como gene housekeeping. Observou-se o aumento da expressão do gene SolChi após 24 horas da inoculação do fitopatógeno em tecido radicular quando comparado com as plantas controles. O gene SolChi foi transferido para a cultivar comercial Santa Clara, sensível à murcha de fusário, por transformação genética via Agrobacterium tumefaciens, estirpe EHA 105, sob o controle do promotor 35S de CaMV duplicado, superexpressando esse gene. Mudas transgênicas (T0) foram confirmadas por PCR, usando primers específicos, para o transgene e a frequência de transformação obtida foi de 7%. A transformação e transcrição dos transgenes foram confirmadas em T1 por PCR e transcrição reversa- PCR (RT-PCR) respectivamente. A resistência ao patógeno será, posteriormente, avaliada pela inoculação de isolado da raça 2 de Fol em plantas mantidas in vivo. Isolado da raça 2 de Fol induz a expressão diferenciada do gene de SolChi em raízes de tomateiro genótipo BRH, sugerindo uma possível participação no mecanismo de defesa do tomateiro contra o fusário, indicando um importante alvo para programas de melhoramento, em que também faz-se necessário o estudo constante da variabilidade genética do patógeno.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T15:03:50Z No. of bitstreams: 2 Doutorado Carolina_Tese_Final_Pós_banca.pdf: 3244753 bytes, checksum: 877af436492eccb5711942aa55bd53f6 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T15:03:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Doutorado Carolina_Tese_Final_Pós_banca.pdf: 3244753 bytes, checksum: 877af436492eccb5711942aa55bd53f6 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-02-05 / CAPES; CNPq / A leishmaniose tegumentar americana (LTA) é uma doença negligenciada com distribuição mundial, acometendo principalmente àquele com menor status socioeconômico. No Brasil, a LTA já foi visualizada em todos os Estados, sendo endêmica em Pernambuco. A LTA pode apresentar variadas formas clínicas, e a forma cutânea é a manifestação mais comum. A resposta imunológica desempenha um importante papel na cura clínica da doença ou na sua progressão, e os linfócitos T são fundamentais. Células T CD4+ e CD8+ são fontes produtoras de citocinas, atuando nos mecanismos de cura e patogênese da doença. A resposta linfocitária é caracterizada principalmente pelo aumento de células T CD4+. Os subtipos Th1 e Th2, seu direcionamento e papel, são ao mais bem descritos na susceptibilidade e resistência a LTA. Recentemente células T regulatórias e células Th17 também vêm se destacando. Dessa maneira, os objetivos desse estudo foram avaliar a participação de linfócitos T (CD4+, CD8+, Th1, Th2, Th17 e Treg) e de suas citocinas (IFN-, TNF, IL-4, IL-6, IL-10, IL-17, IL-21, IL-22 e IL-23) em indivíduos com LTA ativa e naqueles após a cura clínica (espontânea ou após tratamento). A imunofenotipagem e avaliação de citocinas foram feitas por citometria de fluxo, CBA, e através da quantificação relativa do mRNA das citocinas por qPCR. Os resultados desse trabalho, apresentados em três artigos, mostraram que o balanço na proporção de células T CD4+ e CD8+ é importante para cicatrização das lesões na LTA, e que o tratamento com antimonial não induz nenhum mudança deletéria na proporção de linfócitos T na corrente sanguínea. Além disso, foi visto que as frações antigênicas solúvel e insolúvel de L. (V.) braziliensis são capazes de induzir uma resposta imune específica por parte dos pacientes com LTA. Transcritos para TNF e IFN- foram encontrados significativamente aumentadas após 24h de cultura quando comparado aos controles; no entanto, não foi possível identificar sua população secretora. O desenvolvimento da doença parece estar relacionado a uma desregulação imunológica temporária no início da infecção, caracterizada por um predomínio do perfil Th2 nos pacientes com lesão ativa, e a cura ao desenvolvimento de uma resposta do tipo 1. Essa resposta aparenta ser balanceada/coordenada por mecanismos que envolvem a citocina IL-10, e células Treg e suas subpopulações expressando marcadores de imunossupressão e migração tecidual foram observadas nos indivíduos com LTA ativa. Foi visto ainda a presença significativa de citocinas Th17, sugerindo a sua associação com a patogênese da doença. O estudo mostrou que a resposta imunológica desenvolvida pelo hospedeiro na LTA é dinâmica, e contribui em futuros estudos para desenho apropriado de intervenções imunológicas em pacientes e de vacinas.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-06T16:49:28Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-tese-YvanaMariaMaiaAlbuquerque.pdf: 1555304 bytes, checksum: ce271c42fa04e7796e60750e627bc8d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T16:49:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-tese-YvanaMariaMaiaAlbuquerque.pdf: 1555304 bytes, checksum: ce271c42fa04e7796e60750e627bc8d8 (MD5) Previous issue date: 2012-05-25 / O diagnóstico da tuberculose apresenta dificuldades em pacientes soropositivos para o vírus da imunodeficiência humana (HIV). Os doentes coinfectados HIV/M.tuberculosis(MTB)nos estágios mais avançados de imunocomprometimento apresentam manifestações clínicas atípicas e o exame direto, rotineiramente utilizado, tem baixa sensibilidade. A cultura apesar de ter maior sensibilidade fornece resultados tardios. Evidencia-se nesta população a necessidade de testes diagnósticos mais eficientes. A tese será apresentada no formato de dois artigos científicos. No primeiro, estudou-se a utilidade da Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real quantitativa (qPCR) para diagnóstico da tuberculose pulmonar em escarro de pacientes com HIV/aids. No segundo, descreveu-se as alterações radiográficas do tórax de pacientes com tuberculose pulmonar confirmado por cultura de escarro. Foram incluídos no estudo 140 pacientes com HIV/aids e suspeita clínica de tuberculose pulmonar, atendidos no período de agostode 2009 a janeiro de 2012, em dois hospitais de referência para atendimento de pacientes infectados pelo HIV em Recife-PE. Coletou-se uma amostra de escarro de cada paciente, e caso não houvesse escarro suficiente, realizou-se nebulização com solução salina para indução do escarro. O padrão ouro do estudo foi à cultura realizada em meios Löwenstein-Jensen e 7H9. A cultura e a qPCR para tuberculose foram realizadas em laboratório privado situado no Recife. Dos 140 pacientes em 47 (33,6%), diagnosticou-se tuberculose pulmonar pelo padrão ouro. A sensibilidade, especificidade e acurácia da qPCR foram respectivamente 87,2%, 98,9% e 95%. Foram realizados exames radiográficos do tórax em 42 pacientes coinfectados com cultura de escarro positiva, que foram avaliados por dois radiologistas experientes. A alteração radiológica isolada mais frequente observada foi a consolidação parenquimatosa, que acometeu seis (14,3%) dos pacientes, seguida pelo infiltrado intersticial e micronodular difuso, além da associação infiltrado e consolidação. Concluiu-se que a qPCR realizada no escarro de pacientes coinfectados HIV/MTB apresentou boa sensibilidade, especificidade e acurácia, sendo útil no diagnóstico de tuberculose pulmonar nesses pacientes. Com relação aos achados radiográficos de tórax, estes demonstraram ser de pouco auxílio no diagnóstico da tuberculose pulmonar nos coinfectados, exceto quando o padrão cavidade e infiltrado micronodular difuso estão presentes. / Tuberculosis’ diagnosis is difficult in HIV soropositivepatients. The patients co-infected HIV/M.tuberculosis(MTB) in severe immune deficiency stage present atypical clinical manifestation and direct sputum smear, usually used, shows low sensitivity.The culture, despite better sensitivity, obtains later results. The thesis will be presented in form of two articles. In the first, it has studied the utility of quantitative real time PCR for tuberculosis’ diagnosis among AIDS patients’ sputum smear. In the second, it has been described the major thoracic radiographic alterations among AIDS patients’ and pulmonary tuberculosis confirmed by sputum culture. A total of 140 HIV/AIDS patients were included in the study, with clinical suspicion of pulmonary tuberculosis, from August 2009 to January 2012, were attended at two referral hospitals for HIV/AIDS in Recife-PE. A sputum sample was collected from each patient, and if they were unable to produce spontaneous sputum, they were saline nebulized, for sputum induction. The culture, in Löwenstein-Jensen solid medium and 7H9, was the gold standard. The culture and qPCR for tuberculosis have been done in a private laboratory in Recife-PE. From all the 140 studied patients, 47 (33,6%) pulmonary tuberculosis was diagnosis by gold standard. The sensitivity, specificity and accuracy were 87,7%, 98,9% and 95% respectively. There were evaluated chest X-rays from 42 co-infected HIV/MTB patients with positive culture by two experienced radiologists, the most common radiological alteration was parenchymal consolidation, encountered in six (14,3%) patients, followed by interstitial infiltrate, difuse micronodular (military) pattern an association between interstitial infiltrate and parenchymal consolidation. It was concluded that qPCR, has given a good sensitivity, specificity and accuracy and it can be recommender for use in the management of HIV/AIDS patients. However, thoracic radiographic findings were not specific and thorax RX is not sufficient initself to establish a pulmonary tuberculosis diagnosis in co-infected HIV/MTB patients, except when cavity and micronodular pattern are presented.