O objetivo do presente estudo foi detectar Leishmania spp. pela PCR em tempo real (qPCR) em amostras de DNA extraído de sangue e suabe conjuntival de cães, gatos e equinos. E também, verificar a positividade dessas amostras pela PCR convencional (cPCR), utilizando oligonucleotídeos específicos para L. infantum (inf.cPCR). Para isso, amostras de sangue e suabe conjuntival de 204 cães, 108 gatos e 54 equinos saudáveis foram testadas pela qPCR para Leishmania spp. e os resultados comparados pelo índice kappa a resultados de cPCR para Leishmania spp. (ssp.cPCR) previamente obtidos. A qPCR de sangue não detectou nenhum animal positivo. Já os resultados da qPCR de suabe conjuntival (qPCR-SC), revelaram 0,98% (2/204) de cães positivos. Ao comparar os resultados obtidos pela qPCR-SC com os resultados obtidos pela cPCR de suabe conjuntival (ssp.cPCR-SC), observou-se uma concordância baixa entre os métodos, k=0,32. Em relação aos gatos, 1,85% (2/108) desses animais foram detectados positivos para Leishmania spp. pela qPCR-SC, esse resultado corroborou com o resultado obtidos pela ssp.cPCR-SC o que resultou em uma excelente concordância entre os métodos comparados, k=1. Em relação aos equinos, 12,96% (7/54) dos animais foram detectados positivos para o parasito pela qPCR-SC. Esses resultados não possuem concordância com os resultados obtidos pela ssp.cPCR-SC, uma vez que por esse método, 66,66% (36/54) foram detectados infectados pela Leishmania spp. Ao realizar a inf.cPCR, 11,11% (6/54) dos equinos foram positivos. Submetidas ao sequenciamento, dois fragmentos apresentaram 99% de similaridade com sequencias de L. infantum disponíveis no GenBank. Enquanto a qPCR-SG não foi capaz de detectar Leishmania spp. em cães, gatos e equinos, a qPCR-SC foi capaz de detectar o parasito nas três espécies avaliadas. A associação entre a qPCR e o uso de um método prático, fácil e não invasivo, como o suabe conjuntival, representa um grande avanço no diagnóstico da doença em cães, gatos e equinos uma vez que, a qPCR-SC, foi capaz de detectar um maior número de animais infectados pela Leishmania spp. em relação a qPCR-SG. Além disso, a detecção de Leishmania spp. nas diferentes espécies avaliadas reforça a possível atuação desses animais como reservatórios de agentes da leishmaniose cutânea e a confirmação de L. infantum em equinos, associado à inexistência de sinais clínicos nestes animais revela a possibilidade de equinos serem reservatórios desse parasito. / The aim of this study was to detect Leishmania spp. by real-time PCR (qPCR) on DNA extracted from blood samples and conjunctival swab dogs, cats and equines. Also, check the positivity of these samples by conventional PCR (cPCR) using specific oligonucleotídeos for L. infantum (inf.cPCR). For this, blood samples and conjunctival swab of 204 dogs, 108 cats and 54 horses healthy were tested by qPCR for Leishmania spp. and the results compared by kappa index to cPCR results for Leishmania spp (ssp.cPCR). previously obtained. The blood qPCR detected no positive animal. Already the qPCR results of conjunctival swab (CS-qPCR), revealed 0.98% (2/204) of positive dogs. Comparing the results obtained by CS-qPCR with the results obtained by conjunctival swab cPCR (ssp.CS-cPCR), there was a low correlation between the methods, k = 0.32. In relation to cats, 1.85% (2/108) of these animals were detected positive for Leishmania spp. by CS-qPCR, this results corroborated with the results obtained by ssp.CS-cPCR which resulted in excellent agreement between the methods compared, k = 1. Already in horses, 12.96% (7/54) of the animals were found positive for parasites by CS-qPCR. These results not have agreement with the results obtained by ssp.CS-cPCR, since by this method, 66.66% (36/54) were found to be infected by Leishmania spp. When performing inf.cPCR, 11.11% (6/54) of the horses were positive. Submitted to sequencing, two fragments showed 99% similarity to L. infantum sequences available in the GenBank. While blood qPCR was not able to detect Leishmania spp. in dogs, cats and horses, CS-qPCR was able to detect the parasite in the three species evaluated. The association between the use of qPCR and a practical, easy and non-invasive method, such as conjunctival swab, is a great advance in the diagnosis of disease in dogs, cats and horses since CS-qPCR was able to detect a greater number of animals infected with Leishmania spp. in respect of blood qPCR. Furthermore, the detection of Leishmania spp. the different species evaluated reinforces the possible role of these animals as reservoirs of cutaneous Leishmaniasis agents and confirmation of L. infantum in equines associated with the absence of clinical signs in these animals reveals the possibility of equines being reservoirs of this parasite.

Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-13T19:43:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Leite(2012)_Tese Doutorado.pdf: 1676156 bytes, checksum: a0b7f1a26ca74955f4df21cc6a466fe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T19:43:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Leite(2012)_Tese Doutorado.pdf: 1676156 bytes, checksum: a0b7f1a26ca74955f4df21cc6a466fe0 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / FACEPE / A levedura Dekkera bruxellensis tem sido identificada como principal contaminante do processo industrial de produção de álcool combustível e em vinícolas, mas estudos recentes mostraram que linhagens desta espécie podem apresentar rendimentos em etanol comparáveis aos mostrados por Saccharomyces cerevisiae, o principal microrganismo fermentador. Apesar de ter se mostrado um microrganismo bastante atrativo para aplicações industriais, poucos trabalhos têm sido dedicados ao estudo de sua fisiologia. Este trabalho teve por objetivo descrever a fisiologia da linhagem industrial da levedura D. bruxellensis GDB 248 quanto ao seu metabolismo de açúcares e o efeito repressor que a glicose exerce sobre o metabolismo do carbono. Foram realizados cultivos em frascos em diferentes fontes de carbono e em quimiostatos limitados em glicose ou sacarose. Nos experimentos em frascos com hexoses ou dissacarídeos, valores para taxas de crescimento e rendimentos em etanol e acetato foram calculados e nenhuma formação de piruvato, succinato ou glicerol foi observada. A análise elementar da biomassa de D. bruxellensis resultou na composição elementar CH1.754O0.583N0.149e o grau de redução (Nox) para esta biomassa se mostrou muito próximo ao descrito para a biomassa de S. cerevisiae. Nos experimentos em regime de quimiostato, o metabolismo desta levedura foi completamente respiratório e todo o açúcar consumido (glicose ou sacarose) foi convertido em apenas biomassa atingindo rendimento cerca de 25% maior que o observado para S. cerevisiae. Além disso, pulsos de glicose foram aplicados aos quimiostatos limitados em glicose ou sacarose e os resultados mostraram que as células de D. bruxellensis apresentam o efeito Crabtree observado pela rápida produção de etanol, mesmo em presença de oxigênio. No pulso de glicose aplicado ao quimiostato limitado em sacarose, foi observado o acúmulo de sacarose no reator, indicando a presença de mecanismo de repressão catabólica por glicose nestas células. Para avaliar o efeito repressor da glicose, a expressão relativa do gene DbFBP1 foi analisada por PCR em tempo real e foi observado que este gene está sujeito a uma forte regulação repressora exercida pela proteína quinase A em resposta a disponibilidade de glicose. Os dados deste trabalho possibilitaram uma melhor compreensão acerca da capacidade de conversão de diferentes açúcares a etanol, apesar da tendência ao metabolismo respiratório apresentado pelas células de D. bruxellensis e ainda foram gerados os primeiros dados a cerca do efeito repressor da glicose sobre o metabolismo destas fontes de carbono. Por fim, diante da escassez de dados genômicos para esta espécie, foi realizado um estudo para validar genes de referência para normalização de dados de ensaios de expressão gênica por PCR em tempo real. Os resultados mostraram que os genes DbEFA1, DbEFB1 e DbYNA1 são suficientemente estáveis para esta aplicação e que o método geNorm é, de fato, o mais adequado para esta análise.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3091_1.pdf: 1433589 bytes, checksum: cee30d09ca85980508dbf3f0ac6de0cd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Constituindo fontes ricas de compostos farmacologicamente ativos, com um amplo espectro de atividades biológicas, as toxinas e enzimas presentes nos venenos das famílias Crotalidae e Viperidae estão associadas a diversas atividades biológicas, como hemorrágica, fibrinolítica, inibidora da agregação plaquetária, proteolítica, neurotóxica e miotóxica. Dentre os constituintes de venenos de serpentes, merece destaque o grupo formado pelas metaloproteases, que compreende uma grande família de toxinas, com aproximadamente 200 membros catalogados, envolvendo uma marcante diversidade de estruturas e funções biológicas. Em meio a essa diversidade estrutural e funcional, um subgrupo de metaloproteses do tipo PIII, que apresenta atividade indutora de apoptose, vêm sendo alvo de inúmeras pesquisas. Ainda assim, muito pouco se conhece a respeito dessas proteínas. Em torno de doze exemplares dessas metaloproteases, como VAP1 e 2 de venenos de Crotalus atrox, foram identificadas. Desde o isolamento e purificação dessas proteínas, toxinas com alta similaridade às VAPs têm sido caracterizadas e purificadas do veneno de outras espécies de Viperídeos, que habitam diferentes lugares na Terra. Baseado no importante papel que essas metaloproteases indutoras de apoptose vascular podem desempenhar na angiogênese, através da inibição do crescimento de células neoplásicas, devido à indução da apoptose das células vasculares que nutrem o tumor, impedindo o crescimento acelerado e descontrolado das células tumorais, nós investigamos a expressão de metaloproteases VAP-like da glândula de venenos de três viperídeos, representantes do território brasileiro. Por clonagem molecular e reação em cadeia da polimerase em tempo real quantitativa, um gene calibrador de Crotalus durissus terrificus, homólogo a VAP1, nomeado crotastatin, e demais genes homólogos VAP1/crotastatin-like da glândula de veneno de Bothrops atrox, Crotalus durissus cascavella e Lachesis muta rhombeata foram expressos em diferentes níveis. O batroxstatin, o precursor crotastatin-like, de B. atrox, é expresso 87 vezes mais que crotastatin-1, de C. d. cascavella, e 7.5 vezes mais que lachestatins, de L. m. rhombeata. Além do mais, análises estruturais, in silico, das sequências de aminoácidos indicam que batroxstatin-2, crotastatin e lachestatin-1 e -2 apresentam domínios estruturais e sítio de ligação ao metal, iguais aos de VAP1, sendo dessa forma inclusos em um ramo filogenético que compreende as toxinas indutoras de apoptose

Os primeiros 30 dias pós-nascimento do bezerro, chamado período neonatal, é caracterizado por grande desenvolvimento imunológico. O sistema imune começa a se desenvolver ainda no início da gestação, porém, após o nascimento, mesmo que morfologicamente desenvolvido, não se apresenta totalmente funcional pela ausência de estímulos antigênicos. Ademais as particularidades anatômicas e fisiológicas da placentação dos bovinos são um impediente à transferência de imunidade durante a gestação, assim sendo o feto se desenvolve sem a influência das imunoglobulinas maternas, ficando altamente dependente ao início da vida extrauterina da transferência de imunidade passiva via colostro. As características do sistema imune do bezerro em seu período neonatal fazem com que este seja muito susceptível a doenças. Conhecer o comportamento imunitário dos bezerros recém-nascidos pode auxiliar a diminuir a incidência de doenças e o custo desse animal, além de aumentar o seu bem-estar. Deste modo, buscou-se avaliar o padrão de resposta imunitária do neonato nos primeiros 30 dias de vida, por meio de avaliações: da atividade fagocítica e do metabolismo oxidativo de neutrófilos circulantes e imunoenotipagem de linfócitos T (CD3+) e suas subpopulações (CD4+) e CD8+)) por citometria de fluxo e a expressão gênica das citocinas IL-4, IL-10, IL-12 e IFN-ϒ por PCR em Tempo Real. O exame físico, o hemograma e avaliação de transferência de imunidade passiva foram considerados como critério de inclusão para garantir a sanidade dos animais durante o período experimental. Com base nos resultados obtidos nesta pesquisa para pode se concluir que: a atividade de fagocitose dos granulócitos foi constante nos 30 dias avaliados; a produção de espécies reativas de oxigênio por granulócitos foi observada nos ensaios basal e estimulado; e com comportamento semelhante, apresentando os dois ensaios, maiores porcentagens nos dias 1, 25 e 30 p.n.; os linfócitos CD3+) e suas subpopulações:CD4+), CD8+), estes apresentaram porcentagens semelhantes àquelas encontradas nos bovinos adultos; e a relação CD4+) /CD8+) aumentou aos 30 dias de vida, pelo aumento de CD4+). Não foi possível mensurar a expressão gênica das citocinas IL-4 e IFN-ϒ em nenhum dos momentos avaliados; no entanto, foi verificada a expressão gênica de citocinas IL-10 e IL-12, com uma inclinação para o perfil Th2 induzido pela expressão mais frequente de IL-10, observando-se influência da expressão gênica das citocinas IL-10 e IL-12 no leucograma, na atividade dos granulócitos, e nas subpopulações de linfócitos T. / The first 30 days post-birth of the calf, called the neonatal period, is characterized by large immunological development. The immune system begins to develop even at the beginning of gestation, but after birth, even if morphologically developed, it is not fully functional due to the absence of antigenic stimuli. In addition, the anatomical and physiological characteristics of bovine placentation are an impediment to the transfer of immunity during gestation, so the fetus develops without the influence of maternal immunoglobulins, being highly dependent at the beginning of the extrauterine life of the transference of passive immunity via colostrum. The characteristics of the immune system of the calf in its neonatal period make it very susceptible to diseases. Knowing the immune behavior of newborn calves can help reduce the incidence of diseases and the cost of this animal, and increase their well-being. The aim of this study was to evaluate the immune response pattern of the neonate in the first 30 days of life through evaluations of phagocytic activity and oxidative metabolism of circulating neutrophils and T lymphocyte (CD3 +) immuno-typing and its subpopulations (CD4 + and CD8 +) by flow cytometry and the gene expression of the IL-4, IL-10, IL-12 and IFN-ϒ cytokines by Real-Time PCR. Physical examination, blood count and passive immunity assessment were considered as inclusion criteria to guarantee the health of the animals during the experimental period. Based on the results obtained in this research it can be concluded that: granulocyte phagocytosis activity was constant in the 30 days evaluated; the production of reactive oxygen species by granulocytes was observed in the basal and stimulated assays; and with similar behavior, presenting the two trials, highest percentages on days 1, 25 and 30 p.n .; the CD3 + lymphocytes and their subpopulations: CD4 +, CD8 +, these presented percentages similar to those found in adult bovines; and the CD4 + / CD8 + ratio increased at 30 days of life, due to the increase in CD4 +. It was not possible to measure the gene expression of IL-4 and IFN-ϒ cytokines in any of the evaluated moments; However, IL-10 and IL-12 cytokine gene expression was observed, with an inclination to the Th2 profile induced by the more frequent expression of IL-10, with the influence of the gene expression of the cytokines IL-10 and IL- 12 on leukogram, granulocyte activity, and T lymphocyte subpopulations.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-03T12:26:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Francielly Pinheiro da Silva Borges - 2016.pdf: 3852166 bytes, checksum: 70bbe6c9a7c6c0aa1e10b9e7e9d49843 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-03T12:29:55Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Francielly Pinheiro da Silva Borges - 2016.pdf: 3852166 bytes, checksum: 70bbe6c9a7c6c0aa1e10b9e7e9d49843 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T12:29:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Francielly Pinheiro da Silva Borges - 2016.pdf: 3852166 bytes, checksum: 70bbe6c9a7c6c0aa1e10b9e7e9d49843 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-15 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The Human Cytomegalovirus (HCMV) is an important cause of morbi-mortality in recipients of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (AloHSCT). However, there is not a consensus on which protocol to use for monitoring the infection by HCMV and, data on the frequency and clinical manifestations of the infection in this group population are quite variable among the distinct transplant centers in the world. Thus, the main objective of the present study was to proceed the monitoring of active HCMV infection in patients undergoing AloHSCT by three different methodologies: antigenemia (AGM), nested-PCR (nPCR) and real-time PCR (qPCR) and determine viral load, correlating active infection with the clinical manifestations and prognosis of patients. For this, 21 patients undergoing AloHSCT were monitored (from pre-transplant period -5 days prior to transplantation- until one year after transplantation). For HCMV detection three methodologies were used: AGM, nPCR and qPCR, and for molecular detection a comparison was made between detection of HCMV in DNA extracted from pellet (buffy coat) and serum, in a paired manner. The results showed that the active HCMV infection was detected by at least one of three methodologies in 95.2% (20/21) of patients and 45% (9/20) of these were positive in pre-transplantation period, having been observed good agreement between the results of AGM and qPCR (kappa = 0.65). Of the 20 patients positive for active HCMV infection, 85% (17/20) were positive for the three methods and only 15% (3/20) were positive for AGM and qPCR, and negative by nPCR. Regarding the type of clinical sample, molecular techniques showed higher sensitivity to the pellet over the serum. The main alteration of patients was pancytopenia and the main complication was graft-versus-host disease. Six patients died during the study period, however, it was not possible to confirm if HCMV active infection was directly associated with the cause of death. The obtained data reveal a high positivity index and the occurrence of HCMV syndrome in patients submitted to aloHSCT. We hope that the results may assist in the therapeutical measures, as well as in the methodology of choice and the type of clinical sample for detection of active HCMV infection, in order to contribute for the inclusion of HCMV monitoring is included in the routine testing of patients. / O Citomegalovírus Humano (HCMV) constitui importante causa de morbi-mortalidade em receptores de transplantes de células progenitoras hematopoiéticas do tipo alogênico (AloTCPH). Entretanto, não existe ainda um consenso sobre que protocolo utilizar para o monitoramento da infecção por HCMV e, dados sobre a frequência e manifestações clínicas da infecção neste grupo populacional são bastante variáveis entre os diferentes centros de transplante em todo o mundo. Dessa forma, o principal objetivo do presente estudo foi realizar o monitoramento da infecção ativa por HCMV em pacientes submetidos ao AloTCPH por três metodologias distintas: antigenemia (AGM), nested-PCR (nPCR) e PCR em tempo real (qPCR), bem como determinar a carga viral, correlacionando a infecção ativa ao quadro clínico e prognóstico dos pacientes. Para tanto, foram monitorados (desde o período pré-transplante -5 dias antes do transplante- até um ano após o transplante) 21 pacientes submetidos ao AloTCPH. A pesquisa de HCMV foi realizada utilizando as metodologias de AGM, nPCR e qPCR, sendo que para as técnicas moleculares, houve comparação da detecção do HCMV em DNA extraído de pellet (creme leucocitário) e soro, de forma pareada. Os resultados mostraram que a infecção ativa pelo HCMV foi detectada por pelo menos uma das três metodologias em 95,2% (20/21) dos pacientes e 45% (9/20) destes foram positivos no período pré-transplante, tendo sido observada um boa concordância entre os resultados de AGM e qPCR (kappa = 0,65). Dos 20 pacientes positivos para infecção ativa por HCMV, 85% (17/20) foram positivos pelas três metodologias e 15% (3/20) foram positivos apenas por AGM e qPCR e negativos por nPCR. Em relação ao tipo de amostra clínica, as técnicas moleculares apresentaram maior sensibilidade em amostras de pellet, em comparação ao soro. A principal alteração apresentada pelos pacientes foi a pancitopenia e a principal intercorrência, a doença do enxerto contra o hospedeiro. Seis pacientes foram a óbito durante o período de estudo, entretanto, não foi possível confirmar se a infecção ativa por HCMV estava diretamente associada à causa mortis. Os dados obtidos revelam um elevado índice de positividade e síndrome de HCMV em pacientes submetidos ao AloTCPH. Esperamos que os resultados possam auxiliar na tomada de medidas terapêuticas, bem como na escolha da melhor metodologia assim como o tipo de amostra clínica para detecção da infecção ativa por HCMV de forma a contribuir para que a pesquisa de HCMV seja incluída na rotina de exames desses pacientes.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-10-20T16:57:25Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rívia Aparecida Reinalda Arruda - 2016.pdf: 3000238 bytes, checksum: 221f622157672c4f34ee32f2aed12d0b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-10-21T19:20:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rívia Aparecida Reinalda Arruda - 2016.pdf: 3000238 bytes, checksum: 221f622157672c4f34ee32f2aed12d0b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-21T19:20:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rívia Aparecida Reinalda Arruda - 2016.pdf: 3000238 bytes, checksum: 221f622157672c4f34ee32f2aed12d0b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The main purpose of this study was to assess conformational changes in preselected aptamers A03 and C10 against untranslated regions present in the genome of the dengue virus (DENV), by means of molecular biology and physics assays. Aptamers are nucleic acid molecules with potential theranostic applications. In this context, dengue was the target chosen for study because is an important infectious viral disease presenting high rates of morbidity and mortality in the worldwide, especially in tropical and subtropical areas, where there are high incidences of the mosquito vector Aedes aegypti. These aptamers showed, by dot-blot and magnetic beads ligand capture and subsequent qPCR detection, similar affinities and specificities to binding to the DENV 5'UTR. Probably, the analogy of the motifs and secondary structures presented in these ligands, identified by in silico studies, are responsible for these similarities. Data obtained by using Fluorescence Resonance Energy Transfer Assays (FRET) confirmed the affinity of A03 as DENV ligand by conformational changes in the double labeled aptamer (5’-FAM, 3’-TAMRA). Aptamer conformacional changes resulting from its interaction with the target were detected by the modifications in the fluorescence intensities between FAM and TAMRA fluorophores. These conformational changes results in donor-acceptor distance modification that has an effect on FRET efficiency and on fluorescence intensity of these molecules. The ionic strength of the buffer used in the trials had significant influence on the conformation of the aptamer, allowing the detection of interactions between A03 and DENV. The ions in the buffer lead an effect in the conformation of the aptamer, increasing its thermal stability, and the Mg2+ ion has led to major conformational changes on A03 compared to Na+ ion. The data presented herein demonstrated the importance of the studies of oligonucleotides binding affinity and specificity to Dengue virus. It can be concluded that the A03 and C10 aptamers have potential in application for diagnostic and/or therapeutic purposes, considering the diluent buffer, since different salts have influence on the secondary and tertiary conformational structures of aptamers, and on bioavailability of interaction with the target. / O objetivo principal desse trabalho foi avaliar alterações conformacionais nos aptâmeros A03 e C10 previamente selecionados contra regiões não traduzidas presentes no genoma do vírus da dengue (DENV), por meio de testes de biologia e física molecular. Os aptâmeros são moléculas de ácidos nucleicos com potencial aplicação na teranóstica das mais diversas doenças. Nesse contexto, destaca-se a dengue, uma doença infecciosa viral com altos índices de morbi-mortalidade em um cenário mundial, principalmente em regiões tropicais e subtropicais, onde são altas as incidências do mosquito vetor Aedes aegypti. Esses aptâmeros demonstraram, por meio de dot blot e de captura de ligantes por beads magnéticos com detecção por PCR em Tempo Real, afinidades e especificidades semelhantes de ligação à 5’UTR do DENV. Provavelmente, essas semelhanças se deram em função dos motivos e das estruturas secundárias análogas apresentadas por esses ligantes, obtidas por ensaios in silico. Os ensaios de Transferência Ressonante de Energia de Fluorescência (FRET) permitiram a confirmação dessa afinidade de ligação entre A03:DENV, devido às alterações estruturais ocorridas no aptâmero duplamente marcado em sua sequência (5’-FAM; 3’-TAMRA). As alterações conformacionais no aptâmero resultantes de sua interação com o alvo foram detectadas pelas mudanças nas intensidades de fluorescência do FAM e do TAMRA, decorrentes de alterações nas distâncias entre o doador e o aceitador que afetam a eficiência FRET e por conseguinte as intensidades de fluorescência destas moléculas. A força iônica do tampão utilizado nos ensaios apresentou importante influência na conformação do aptâmero, permitindo a detecção das interações entre A03 e o DENV. Os íons presentes na solução tampão afetaram a conformação estrutural do aptâmero e aumentaram sua estabilidade térmica, sendo que o íon Mg2+ levou a maiores alterações estruturais sobre o A03 comparado ao íon Na+. Os dados aqui apresentados demostraram a importância dos estudos de afinidade e especificidade dos oligonucleotídeos ligantes ao vírus da dengue. É possível concluir que os aptâmeros A03 e C10 apresentam potencial de aplicação para fins diagnósticos e/ou terapêuticos, considerando o tampão diluente, uma vez que os diferentes sais presentes exercem influência sobre as estruturas conformacionais secundárias e terciárias dos aptâmeros, e em sua biodisponibilidade de interação com o alvo.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-10-21T16:50:44Z No. of bitstreams: 2 Tese - Dunya Mara Cardoso Moraes - 2014.pdf: 1962001 bytes, checksum: 0651e62e269992f431e635168bd6edf9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-11-08T17:37:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Dunya Mara Cardoso Moraes - 2014.pdf: 1962001 bytes, checksum: 0651e62e269992f431e635168bd6edf9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-08T17:37:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Dunya Mara Cardoso Moraes - 2014.pdf: 1962001 bytes, checksum: 0651e62e269992f431e635168bd6edf9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-04-11 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The purpose of this research was to investigate presence of Salmonella sp. by conventional bacterial identification and real-time PCR on eggshell, albumen, and yolk of washed and unwashed commercial white and brown eggs; in samples of flooring material from transport crates (meconium); raising environment (swab of cages and drinking fountains); cloacal swab; food and insects from growing, rearing and production phases in a commercial group of laying hens. Also, was examinated the susceptibility profile of Salmonella isolates to 14 antimicrobials: sulfamethoxazole (25μg), trimethoprim-sulfamethoxazole (25μg), enrofloxacin (5μg), tetracyclin (30μg) sulphonamides (300μg), ciprofloxacin (10μg), amoxicillin and clavulanic acid (3μg), ampicillin (20μg), ceftiofur (30μg), gentamicin (10μg), oxytetracycline (30μg), neomycin (30μg), doxycycline (30μg) and apramycin (15μg); and evaluated the presence of virulence gene spvC and resistence genes intl1, sul1 and blaTEM. A total of 68 dozens of white eggs and 61 dozens of brown eggs were randomly collected in poultry houses and 30 dozens and 34 dozens of white and brown eggs, respectively, were collected in egg-storage room (on the farm). Each collected dozen corresponded to three sample units: eggshell, albumen and yolk, totaling 387 samples. Salmonella spp. was detected by conventional bacteriology in 5.4% of analyzed samples and in 16% by qPCR. Salmonella Agona represented 18.2% of identified serovars, Salmonella enterica subs. enterica O:4.5 18.2%, Salmonella Schwarzengrund 18.2%, Salmonella Cerro 13.6%, Salmonella Anatum 13.6%, Salmonella Enteritidis 9.1%, Salmonella Johannesburg 4.5%, Salmonella Corvallis 4.5%, Salmonella Livingstone and Salmonella Senftenberg. From 864 samples collected (248 samples originated from growing, 392 from rearing and 224 from production phase), 2,8% where positives in bacteriologic technique and 15,3% in qPCR. Contamination was higher in growing and rearing phases and declined in production phase. Twenty four isolations of Salmonella where typified as Salmonella Agona (41,7%), Salmonella Livingstone (33,3%), Salmonella Cerro (16,7%), Salmonella Senftenberg (4,2%) and Salmonella Schwarzengrund (4,2%). The highest resistance percentage observed were to sulfamethoxazole (91,0%), sulphonamides (51%) and ceftiofur (28,9%) and 0% to ciprofloxacin. Only Salmonella Johannesburg and Salmonella Corvallis showed resistance to only one antibiotic and others serovars were resistant to at least two antimicrobials, noting that Salmonella Schwarzengrund presented resistance to 13 of them. The gene spvC was dectected only in serovar Enteritidis, while intl1 was present in six of ten analyzed serovars and the gene sul1 in three of them, always in association with intl1. The gene blaTEM was not identified. In conclusion, this research points numerous serovars circulating in commercial egg structures and phenotypic antimicrobials resistance investigation, along with antimicrobial resistance genes in isolates of Salmonella sp. are important investigation tools to determinate genetic profile of these bacteria. / Objetivou-se com esta pesquisa investigar a presença de Salmonella sp por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia por bacteriologia convencional convencionalconvencionalconvencionalconvencionalconvencional convencionalconvencional e PCR em tempo real em casca, albúmen e gema de ovos comerciais brancos e vermelhos, lavados e não lavados; em amostras de forros de caixa de transporte, amostras de ambientes de criação (suabes de gaiola e bebedouro), suabes de cloaca, ração e insetos oriundos das fases de cria, recria e produção de um lote de poedeiras comerciais e investigar o perfil de suscetibilidade de isolados de Salmonella frente 14 antimicrobianos sulfametoxazol (25μg), sulfametoxazol-trimetoprim (25μg), enrofloxacina (5μg), tetraciclina (30μg), sulfonamidas (300μg), ciprofloxacina (10μg), amoxilina ácido clavulânico (3μg), ampicilina (20μg), ceftiofur (30μg), gentamicina (10μg), oxitetraciclina (30μg), neomicina (30μg), doxiciclina (30μg) e apramicina (15μg) e avaliar a presença do gene de virulência spvC e dos genes de resistência intl1, sul1 e blaTEM. Foram colhidas, nos galpões, 68 dúzias de ovos brancos e 27 dúzias de vermelhos e nos entrepostos, após classificação e sanitização, 30 e 34 de dúzias de ovos brancos e vermelhos, respectivamente. Cada dúzia de ovos correspondeu a três amostras: uma amostra de pool casca, uma de pool de albúmen e uma de pool gema, totalizando 387 amostras. Obteve-se pela bacteriologia convencional 5,4% (21/387) e PCR em tempo real 16,0% (62/387) de amostras positivas para Salmonella. Os sorovares identificados foram Salmonella Agona, Salmonella enterica subs. enterica O:4,5, Salmonella Schwarzengrund, Salmonella Cerro, Salmonella Anatum, Salmonella Enteritidis, Salmonella Johannesburg e Salmonella Corvallis. Foram coletadas também 864 amostras no fluxo de produção de ovos e Salmonella sp. foi isolada pela bacteriologia convencional em 2,8% das amostras e pelo PCR em tempo real em 15,3%, sendo que 248 amostras foram originadas da cria, 392 na recria e 224 na produção. De acordo com a analise estatística a infecção evoluiu da fase de cria para a recria e ao chegar a fase de produção o nível de infecção declinou. Os 24 isolados de Salmonella foram tipificados e os sorovares identificados foram Salmonella Agona, Salmonella Livingstone, Salmonella Cerro, Salmonella Senftenberg e Salmonella Schwarzengrund. Foram analisadas também 45 isolados de Salmonella pertencentes aos sorovares Agona, Livingstone, Cerro, Schwarzengrund, Salmonella enterica subs. enterica O:4,5, Anatum, Enteritidis, Johannesburg, Corvallis e Senftenberg. Os maiores percentuais de resistência foram para sulfametoxazol (91,0%), sulfonamidas (51,0%) e ceftiofur (28,9%). O gene spvC foi detectado somente no sorovar Enteritidis, enquanto o gene intl1 esteve presente em seis dos dez sorovares analisados, o gene sul1 em três deles sempre em associação com intl1 e o gene blaTEM não foi identificado. Conclui-se com essa pesquisa que existe uma variedade de sorovares circulantes em granjas de postura e em ovos comerciais; a investigação fenotípica de resistência aos antimicrobianos aliada a pesquisa dos genes de virulência e de resistência aos antibióticos em isolados de Salmonella sp. circulantes em granjas de postura comercial são importante ferramenta de investigação para determinação do perfil genético dessas bactérias. Palavras

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-12-21T16:24:41Z No. of bitstreams: 2 Tese - Kelly Nobre Marra - 2012.pdf: 2565911 bytes, checksum: f0057800bcb5bba97865ae5ccc3e4507 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-12-26T14:21:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Kelly Nobre Marra - 2012.pdf: 2565911 bytes, checksum: f0057800bcb5bba97865ae5ccc3e4507 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-26T14:21:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Kelly Nobre Marra - 2012.pdf: 2565911 bytes, checksum: f0057800bcb5bba97865ae5ccc3e4507 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2012-05-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The involvement of Clostridium estertheticum as agents of deterioration of chilled beef packaged under vacuum from slaughterhouse brazilian, has been reported since 2007. Once detected, and presents the main sources of contamination in slaughter establishments, there was the need to advance the search for new knowledge about this Clostridia, however, the classical microbiological methods for their detection are considered difficult to implement because they require hard work and take a long time. PCR can be a quick and efficient detection of clostridia incriminated in the deterioration of beef chilled vacuum packaged and refrigerated environments slaughterhouses, without isolation of pure cultures. The objective of this study was to develop a test for realtime PCR for detection of Clostridium estertheticum in bovine meat and environments of slaughterhouse brazilian, as well as the molecular identification of isolates of Clostridium estertheticum by means of AFLP and RFLP techniques - PCR. The analytical results were compared with conventional PCR and confirmed by isolation. The Real-Time PCR assay for detection of Clostridium estertheticum in bovine meat and environments of slaughterhouse brazilian, was efficient. Evidence for the presence and distribution of C. estertheticum the sources studied and the technique of RT-PCR provided the highest percentage of positive samples from slaughterhouses that refrigerators Conventional PCR, and this is confirmed by isolation, which has become an important alternative for the detection of C. estertheticum in bovine meat and environments of slaughterhouse without isolation. The isolates used showed general similarity of 42.4%, suggesting high genetic diversity. In addition, the isolates obtained from samples of ambient and refrigerated meat tufted not show significant similarity, greater than 80%, used with any typical strain. The similarity found between the isolates may be indicative of possible similarity between those from meats and puffed from between those environments and equipment. The study revealed that additional steps necessary x for the characterization of Brazilian isolates, especially sequencing of other regions of the DNA so as to determine their taxonomic position. / O envolvimento de Clostridium estertheticum como agente de deterioração de carnes bovinas refrigeradas embaladas a vácuo provenientes de ambientes de frigoríficos no Brasil, vem sendo relatado desde 2007. Uma vez detectados, bem como apontadas as principais fontes de contaminação nos estabelecimentos de abate, surgiu à necessidade de avançar na busca de novos conhecimentos sobre esses clostrídios. No entanto, os métodos microbiológicos clássicos para sua detecção são considerados de difícil execução, pois exigem muito trabalho e demandam muito tempo. A PCR pode ser uma alternativa rápida e eficiente para detecção de clostrídios incriminados na deterioração de carnes bovinas refrigeradas embaladas a vácuo e ambientes de matadouros-frigoríficos, sem a necessidade de isolamento em culturas puras. Objetivou-se com o presente estudo desenvolver um ensaio de PCR em Tempo Real para detecção de Clostridium estertheticum em carnes bovinas e superfícies diversas de matadouros-frigoríficos brasileiros, assim como a identificação molecular de isolados de Clostridium estertheticum, por meio das técnicas RFLP e AFLP – PCR. Os resultados analíticos foram comparados com PCR Convencional e confirmados pelo isolamento. O ensaio PCR em Tempo Real desenvolvido para detecção de Clostridium estertheticum em carnes bovinas e superfícies diversas de matadouros-frigoríficos brasileiros, mostrou-se eficiente. Evidencia-se a presença e disseminação de C. estertheticum nas fontes estudadas e a técnica de PCR em Tempo Real proporcionou maior percentual de positividade para amostras de matadouros- frigoríficos que a técnica de PCR Convencional, sendo este confirmado pelo isolamento, o que demonstra ser uma alternativa importante na detecção de C. estertheticum de carnes bovinas e superfícies diversas de matadouros-frigoríficos sem a necessidade de isolamento. Os isolados utilizados revelaram similaridade geral de 42,4%, sugerindo alta diversidade genética. Além viii disso, os isolados obtidos a partir de amostras de ambientes frigoríficos e carnes tufadas não apresentaram similaridade significativa, maior que 80%, com nenhuma cepa padrão utilizada. A similaridade encontrada entre os isolados pode ser indicativa de possível semelhança entre aqueles provenientes de carnes tufadas e entre aqueles provenientes de ambientes e equipamentos. O estudo mostrou serem necessárias etapas complementares de caracterização dos isolados brasileiros, principalmente sequenciamento de outras regiões do DNA para assim determinar sua posição taxonômica.

A sequência de eventos bacterianos que ocorre durante a colonização do trato gastrointestinal pode afetar o futuro da saúde do hospedeiro, particularmente no que diz respeito à regulação do sistema imunológico. Um entendimento claro do processo de colonização do intestino humano neonatal nos países em desenvolvimento está faltando, porque os poucos estudos disponíveis foram, em sua maioria, realizados utilizando técnicas de cultura. O objetivo deste estudo foi detectar e quantificar as bactérias dos gêneros Bifidobacterium, Lactobacillus, Eubacterium e Lactococcus, importantes componentes anaeróbios da microbiota intestinal usando PCR em tempo real. O grupo de estudo foi composto por 10 crianças, acompanhadas durante o primeiro ano de vida, vivendo em baixas condições sócio-econômicas em São Paulo, Brasil. Amostras de fezes foram avaliadas em períodos de 24 horas, 7 dias, 30 dias, 3 meses, 6 meses e 1 ano. Durante o primeiro ano de vida, há um aumento da quantidade de Bifidobacterium spp., quando comparada com as outras bactérias anaeróbias estudadas, com médias variando de 8,27x1010 a 2,51x1012 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactobacillus spp. também foi encontrado em todos os pontos de tempo estudado, com médias variando de 4,03x108 a 1,46x1010 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactococcus spp. foi o gênero bacteriano encontrado em quantidades menores. As contagens máximas desses gêneros foram encontradas entre o terceiro e sexto mês de vida. Embora o gênero Eubacterium seja descrito como um dos principais membros da microbiota intestinal, este foi encontrado em amostras de apenas duas crianças. A inclusão de dieta sólida e a mudança do tipo de amamentação influenciam a composição da microbiota. No entanto, não se pode estabelecer um padrão para a presença destes micro-organismos ao longo dos meses, mostrando que a microbiota é única e está sujeita a interferências ambientais. / The sequence of bacterial events that occurs during the colonization of the gastrointestinal tract may affect the future health of the host, particularly with respect to the regulation of the naive immune system. A clear understanding of the colonization process of the human neonatal gut in developing countries is lacking because the few available studies were mostly performed using culture techniques. The aim of this study was to detect and quantify the bacterial genera Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus and Lactococcus, important anaerobic components of the intestinal microbiota using real-time PCR. The study group comprised 10 children followed during the first year of life, living in low socio-economic conditions in São Paulo, Brazil. Fecal samples were evaluated at times of 24 hours, 7 days, 30 days, 3 months, 6 months and 1 year. During the first year of life, there is an increased amount of Bifidobacterium spp. compared to others studied anaerobic bacteria, with averages ranging from 8,27x1010 to 2,51x1012 DNA copy number/g of feces. Lacotbacillus was also found in all studied time point, with averages ranging from 4,03x108 to 1,46x1010 DNA copy number/g of feces. Bacterial genus Lactococcus is found in smaller quantities. The maximum counts of these genera were found between the third to sixth month of life. Although the genus Eubacterium is described as one of the leading members of the intestinal microbiota, this was found in samples of only 2 children. The inclusion of solid diet and change of type of feeding influences the composition of the microbiota, however, could not set a standard for the presence of these micro-organisms over the months, showing that the microbiota is unique and is subject to environmental interference.

A leishmaniose visceral canina (LVC) é uma grave zoonose, causada pela Leishmania infantum (syn. chagasi). O ciclo deste parasito é heteroxeno e a transmissão acontece principalmente pela picada da fêmea do vetor, dípteros da espécie Lutzomyia longipapis. O cão doméstico é o principal alvo das campanhas de controle da doença por ser a principal fonte de infecção para o vetor no ambiente urbano. O Ministério da Saúde adota testes sorológicos para a detecção de animais positivos; no entanto a sensibilidade e especificidade desses testes são questionáveis. Além das falhas inerentes a qualquer teste diagnóstico, no caso da LVC existem alguns entraves, especialmente pela distribuição geográfica, comum a outras doenças causadas por tripanossomas, e pela similaridade genética com os outros parasitas da mesma família. Nessas áreas de sobreposição pode haver tanto reação cruzada quanto co-infecção, dificultando a interpretação dos testes. No presente estudo, foram coletadas amostras de suabe conjuntival e sangue de cães em inquérito soroepidemiológico realizado no município de Ilha Solteira - SP. A presença de Leishmania spp. e Leishmania infantum foram testadas por PCR convencional e PCR em tempo real com primers direcionados ao kDNA de Leishmania spp. A avaliação sorológica foi realizada através da RIFI, e a identificação e caracterização dos tripanossomatídeos foi realizada através da PCR com primers ITS1. A SC-qPCR foi o teste que detectou o maior número de animais. De 204 cães utilizados no estudo, 19,12% (30/204) foram positivos na SC-qPCR. Na SG-qPCR foram 12,74% (26/204) de animais positivos. O teste que detectou o menor número de animais foi a SC-cPCR, com 10,78% (22/204). Enquanto na SG-cPCR obtivemos 13,23% (27/204) animais positivos. De 28 amostras selecionadas para o sequenciamento do gene ITS1, 19 (67,85%) foram 100 ou 99% similares à L. infantum, sugerindo que a maioria dos cães positivos para LVC estavam realmente infectados com esta espécie. Entretanto, 2 cães (7,14%), que tiveram suas amostras sequenciadas para tal gene, revelaram 99% de similaridade com Crithidia fasciculata. Dos testes avaliados, esses cães foram positivos apenas na SG-cPCR para Leishmania spp. Os resultados indicam que a SC-qPCR foi o teste mais eficaz em detectar amostras realmente positivas para L. infantum, e que se deve atentar ao fato de existirem outros tripanossomatídeos infectando os cães em área endêmica de LVC, podendo dificultar o diagnóstico adequado dos animais infectados por L. infantum. / Canine visceral leishmaniasis (CVL) is a serious zoonosis caused by Leishmania infantum (syn. chagasi). The life cycle of this parasite is heteroxenous and the transmission occurs through the bite of the female sandfly, diptera species Lutzomyia longipalpis. The domestic dog is the main focus disease control campaigns, since it is the most important source of infection for the vector in urban environment. For positive dogs detection the health ministry uses serological tests, however the sensitivity and specificity of these tests are questionable. In addition to flaws inherent in any diagnostic test, in case of CVL there are some obstacles, especially by geographic distribution, common to other diseases caused by trypanosomes, and also by genetic similarity with other parasites of the same family. In areas of disease overlap, cross-reaction or co-infection may occur, making it difficult to interpret the results. In this study, conjunctival swab samples and whole blood of dogs were collected in seroepidemiological survey conducted in Ilha Solteira - SP. The presence of Leishmania spp. and Leishmania infantum were tested by conventional PCR and real-time PCR with Leishmania spp. kDNA-targeted primers. The serological evaluation was carried out by RIFI, and the identification and characterization of trypanosomatids was performed by PCR with ITS1 primers. SC-qPCR was the test that detected the largest number of animals. Of 204 dogs used in this study, 19.12% (30/204) were positive in SC-qPCR. In SG-qPCR 12.74% (26/204) animals were positive. The test that detected the lowest number of animals was SC-cPCR, with 10.78% (22/204). While in the SG-cPCR we obtained 13.23% (27/204) positive animals. From 28 samples selected for ITS1 gene sequencing, 19 (67.85%) were 100 or 99% similar to L. infantum, suggesting that most CVL positive dogs were infected with this species. However, two dogs (7.14%), which had their samples sequenced for the same gene, showed 99% similarity with Crithidia fasciculata. From the evaluated tests, these dogs were only positive in SG-cPCR for Leishmania spp. The results indicate that SC-qPCR was the most effective test to detect L. infantum positive samples , and it should be noted that there are other trypanosomatids infecting dogs in an endemic CVL area, which can difficult to diagnose animals properly infected by L. infantum.