No presente estudo, foi inicialmente padronizada uma PCR para detecção do DNA viral da semente de Parvovírus Canino utilizado na vacina brasileira Imunovet® (VR-953TM), tendo como alvo o gene VP2. O produto de PCR foi submetido ao seqüenciamento a fim de caracterizar geneticamente a semente vacinal. A seguir, foi padronizada uma reação de PCR em tempo real (RT-PCR) para detecção de um fragmento de 119 pb do gene VP2, a qual foi empregada para avaliar a cinética de replicação da amostra vacinal do CPV em diferentes métodos e tempos de cultivo celular. A correlação entre os resultados do título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi avaliado pelo Coeficiente de Correlação de Pearson. A PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 457 DICC50/mL. O seqüenciamento do produto de PCR revelou que a amostra vacinal é do tipo CPV-2. A RT-PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 1030 cópias de DNA/mL e uma boa especificidade analítica, pois não detectou o DNA de Adenovírus canino tipos 1 e 2 e Herpesvírus Equino tipo 1. A RT-PCR exibiu Coeficientes de Variação de triplicatas intra-ensaio de 0,43% e inter-ensaio de 0,29%. O Coeficiente de Correlação de Pearson entre o título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi de 0,55, considerado moderadamente positivo. Considerando que a região alvo da RT-PCR padronizada apresentou 100% de identidade com 93,52% (159/170) das amostras pesquisadas no GenBank pelo BLAST, a RT-PCR padronizada sugere ter um potencial uso no diagnóstico. / In this study, was originally a standard PCR for detection of viral DNA from the canine parvovirus vaccine seed used in Brazilian Imunovet® (VR-953TM), targeting the VP2 gene. The PCR product was subjected to sequencing to genetically characterized the vaccine seed. Then, a reaction was standardized real-time PCR (RT-PCR) to detect a fragment of 119 bp VP2 gene, which was used to evaluate the growth kinetics of the CPV vaccine sample in different methods and cell culture times. The correlation between results of the infectious titre and the number of copies obtained in RT-PCR was evaluated by Pearsons correlation coefficient. The standardized PCR showed an analytical sensitivity of 457 TCID50/mL. The sequencing of the PCR product showed that the vaccine sample is CPV type 2. The standardized RT-PCR showed an analytical sensitivity of 1030 DNA copies/mL and a good analytical specificity, it does not detect the DNA of canine adenovirus type 1 and 2 and equine herpesvirus type 1. The RT-PCR showed coefficients of variation intra-assay triplicates of 0,43% and inter-assay of 0,29%. The Pearsons correlation coefficient between the titre of infectious viral samples and the number of copies obtained in RT-PCR was 0,55, considered moderately positive. Whereas the target region of the standardized RT-PCR showed 100% identity with 93,52% (159/170) of samples surveyed in Genbank by BLAST, the standard RT-PCR suggests a potential diagnostic use.

Micro-organismos persistentes que permanecem viáveis e em níveis elevados nos canais radiculares após os procedimentos endodônticos podem influenciar no sucesso do tratamento endodôntico. O objetivo deste estudo foi avaliar a quantidade e a atividade metabólica de bactérias persistentes utilizando métodos moleculares baseados em rDNA e rRNA. Foram selecionados 15 pacientes com infecções endodônticas primárias assintomáticas. Amostras microbiológicas foram coletadas dos canais radiculares após a cirurgia de acesso (S1), após o preparo químico-cirúrgico realizado com Sistema Reciproc e NaOCl 2.5% (S2) e após medicação intracanal com Ca(OH)2 por 14 dias (S3). As amostras dos canais radiculares foram submetidas à extração de DNA e RNA. O RNA foi submetido à reação de transcrição reversa para confecção de DNA complementar (cDNA). O efeito dos procedimentos endodônticos na redução bacteriana foi determinado por qPCR baseada em rDNA, utilizando iniciadores universais para a região 16S rRNA do domínio Bacteria e iniciadores espécie-específicos para Bacteroidaceae [G-1] sp oral taxon 272. A atividade metabólica de bactérias totais e Bacteroidaceae [G-1] sp oral taxon 272 foi calculada pela razão rRNA/rDNA baseados nos dados dos ensaios de qPCR. Os dados foram analisados pelo teste de Wilcoxon para análise quantitativa e teste de McNemar para comparação da taxa de detecção dos métodos, com nível de significância de 5%. Todas as amostras S1 foram positivas para bactérias totais, com uma mediana de 1,87 x 105 cópias de rDNA por amostra. Após o preparo químico-cirúrgico houve uma redução significativa de rDNA de bactérias totais (mediana 7,86 x 104, P = 0,01). Entretanto, não houve redução de rDNA bacteriano após a medicação intracanal quando comparada à etapa anterior (mediana 7,97 x 104, P > 0,05). Os resultados da razão rRNA/rDNA revelaram que houve uma redução do metabolismo de bactérias totais em S2 (mediana 1, P = 0,04) e um aumento do metabolismo bacteriano em S3 (mediana 2, P = 0,04). Na análise de Bacteroidaceae [G-1] sp oral taxon 272, o tratamento endodôntico não influenciou na redução nem no metabolismo bacteriano. Concluiu-se que o número total de bactérias foi drasticamente reduzido após o preparo químico-cirúrgico, assim como seu metabolismo. Entretanto, o metabolismo bacteriano aumentou após o uso da medicação intracanal com Ca(OH)2. Bacteroidaceae [G-1] sp. oral taxon 272 permaneceu metabolicamente ativo após o preparo químico-cirúrgico e medicação intracanal, participando, assim, da composição da microbiota persistente. / High levels of microorganisms that persist viable in root canals after endodontic procedures may influence endodontic treatment outcome. This study aimed to evaluate the amount and the metabolic activity of persistent bacteria using rRNA- and rDNA-based molecular methods. Fifteen patients with primary endodontic infections were selected. Microbiological samples were taken from root canals after access cavity (S1), after chemomechanical preparation with Reciproc System and 2.5% NaOCl (S2) and after intracanal medication with calcium hydroxide for 14 days (S3). DNA and RNA were extracted from root canal samples, and cDNA was synthetized using reverse transcription reaction. The effect of endodontic procedures on bacterial reduction was determined by rDNA-based qPCR using universal primers for 16S rRNA Bacteria domain and species-specific primers to Bacteroidaceae [G-1] sp oral taxon 272. The metabolic activity of total bacteria and Bacteroidaceae [G-1] sp oral taxon 272 was calculated by rRNA/ rDNA ratio estimated by qPCR. The data was analyzed by the Wilcoxon test for quantitative analysis and McNemar test for comparison of the detection rate of the methods, with 5% significance level. All S1 samples were positive for total bacteria, with a median value of 1.87 x 105 bacterial cells. After chemomechanical preparation a significant reduction of bacterial rDNA was observed (median 7.86 x 104, P = 0.01). Nevertheless, there was no bacterial rDNA reduction after intracanal medication when compared to S2 samples (median 7.97 x 104, P > 0.05). The rRNA/ rDNA ratio showed a reduction of total bacteria metabolism in S2 (median 1, P = 0,04), and an increase of bacterial metabolism in S3 (median 2, P = 0,04). Bacteroidaceae [G-1] sp oral taxon 272 analysis showed that endodontic treatment did not impact the amount and the metabolic activity of this taxon. In conclusion, the number and metabolism of total bacteria were severely reduced after chemomechanical preparation. On the other hand, the bacterial metabolism increased after intracanal dressing with Ca(OH)2. Bacteroidaceae [G-1] sp. oral taxon 272 remained metabolically active after chemomechanical preparation and intracanal dressing thus participating in the composition of the persistent microbiota.

Submitted by FERNANDA DA SILVA VON PORSTER (fdsvporster@univates.br) on 2014-09-29T17:42:22Z No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014LuisAlbertoPereiraMachado.pdf: 1981082 bytes, checksum: 5d67114fb9c3571e082ce983723758e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Lisboa Monteiro (monteiro@univates.br) on 2014-10-06T14:03:17Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014LuisAlbertoPereiraMachado.pdf: 1981082 bytes, checksum: 5d67114fb9c3571e082ce983723758e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-06T14:03:17Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014LuisAlbertoPereiraMachado.pdf: 1981082 bytes, checksum: 5d67114fb9c3571e082ce983723758e1 (MD5) / A carne suína representa importante fonte de proteína animal para o mundo, porém vem sendo associada a surtos de toxinfecção alimentar. Uma das causas destes surtos é a contaminação por Escherichia coli (E. coli), encontrada no trato intestinal e ambiente dos suínos abatidos para produção de carnes in natura e industrializadas. No contexto de segurança alimentar, os surtos por Escherichia coli produtoras de toxina Shiga (STEC) são os melhores documentados. No mundo, diversos surtos causados por ingestão de alimentos de origem animal já foram documentados, porem no Brasil, existem poucos dados sobre a ocorrência de STEC em eventos de toxinfecção alimentar, bem como a presença nos animais e, consequentemente, na carne suína. O objetivo deste trabalho foi quantificar a contaminação por E. coli de carcaças suínas abatidos em frigoríficos comerciais localizados nos estados da Região Sul do Brasil, e identificar por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) a presença de E. coli produtora das toxinas stx1 e eaeA. Foram realizados swabs de 272 carcaças suínas em abatedouros frigoríficos localizados nos estados do RS, SC e PR. As contaminações por E. coli foram identificadas em 25 carcaças, sendo 20 estabelecimento do Rio Grande do Sul, cinco no do Paraná e nenhuma amostra positiva na coleta em Santa Catarina. Das amostras positivas foram extraídos DNA para genotipagem por PCR. Nenhuma amostra apresentou o gene stx1, porém o gene eaeA foi identificado em 13 amostras, nas diferentes regiões da carcaça. A identificação da incidência dos genes eaeA e stx1 nas carcaças pela técnica de PCR pode ser uma ferramenta útil no rastreamento da contaminação bacteriana ao longo dos processos do abatedouro, podendo auxiliar na redução de casos de toxinfecções alimentares causadas por E. coli e outros microrganismos.

Objectives To report the incidence, epidemiology, and clinical features of Bordetella pertussis in Peruvian infants under 1 year old. Patients and methods A prospective cross-sectional study was conducted in five hospitals in Peru from January 2010 to July 2012. A total of 392 infants under 1 year old were admitted with a clinical diagnosis of whooping cough and tested for B. pertussis by PCR. Results The pertussis toxin and IS481 genes were detected in 39.54% (155/392) of the cases. Infants aged less than 3 months were the most affected, with a prevalence of 73.55% (114/155). The most common household contact was the mother, identified in 20% (31/155) of cases. Paroxysm of coughing (89.03%, 138/155), cyanosis (68.39%, 106/155), respiratory distress (67.09%, 104/155), and breastfeeding difficulties (39.35%, 61/155) were the most frequent symptoms reported. Conclusion An increase in pertussis cases has been reported in recent years in Peru, despite national immunization efforts. Surveillance with PCR for B. pertussis is essential, especially in infants less than 1 year old, in whom a higher rate of disease-related complications and higher mortality have been reported. / This 312 work was supported by Sanofi Aventis del Peru. Conflict 313 of interest: On behalf of all authors, the corresponding author 314 states that there are no conflicts of interest or funding related 315 to this study

Submitted by GUSTAVO FELIPPELLI null (gusvetfelippelli@gmail.com) on 2017-03-15T14:33:58Z No. of bitstreams: 1 TESE_GUSTAVO_FELIPPELLI_Repositório.pdf: 2645589 bytes, checksum: 3a8e871dd6537ad45d24dd55468d41f9 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-03-15T16:55:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 felippelli_g_dr_jabo.pdf: 2645589 bytes, checksum: 3a8e871dd6537ad45d24dd55468d41f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-15T16:55:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 felippelli_g_dr_jabo.pdf: 2645589 bytes, checksum: 3a8e871dd6537ad45d24dd55468d41f9 (MD5) Previous issue date: 2017-02-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A toxoplasmose é uma zoonose cosmopolita, importante em medicina veterinária e humana por ocasionar abortos e doenças congênitas em diversas espécies. A viabilidade da transmissão sexual do Toxoplasma gondii em vacas, sorologicamente negativas para a infecção por T. gondii, submetidas à inseminação artificial em tempo fixo (IATF) com sêmen criopreservado e contaminado com taquizoítos de T. gondii, por meio das técnicas (RIFI, bioprova e nested PCR). Inicialmente, utilizou-se a bioprova (em inoculação camundongos) objetivando avaliar a sobrevivência de taquizoítos de T. gondii em sêmen, criopreservado em DMSO (2,5%, 5,0%, 7,5%, 8,0% e 10,0%) e congelado em nitrogênio líquido (-196°C). Foram selecionadas 10 vacas em idade reprodutiva, soronegativas: Brucella abortus, Neospora caninum, Toxoplasma gondii. Os animais foram submetidos ao protocolo de inseminação artificial em tempo fixo (IATF) e tratados com dose única de estreptomicina (25mg/Kg) contra leptospirose. Das 10 vacas, cinco foram inseminadas com sêmen convencional (Glicerol 3%) e mantidas como grupo controle. As outras cinco foram inseminadas com sêmen criopreservado com DMSO (8%), contendo 1x106 taquizoítos de T. gondii. Nas datas experimentais 1, 3, 5, 7, 12, 14, 21, 28, 35, 42, 50, 56, 63, 70, 77 e 100 dias pós-inoculação (IATF), exames clínicos, hematológicos e sorológicos e moleculares (nested PCR) foram realizados. A soroconversão ocorreu em quatro fêmeas bovinas, pertencentes ao grupo que receberam sêmen infectado com taquizoítos de T. gondii (Amostra RH). Decorridos 21 dias pós-inseminação artificial foi possível diagnosticar em uma vaca (nº 1008), deste mesmo grupo, recíproca crescente de títulos sorológicos variando de 64 até 256 (28º, 35º, 42º DPIA). A partir do 49º até o 100º DPIA, os títulos foram decrescendo de 128 a 64, caracterizando um processo de cronificação (títulos IgG anti-T. gondii ≥64). Outras três fêmeas bovinas (nº 1108, nº 2018 e nº 3462) apresentaram títulos sorológicos (64) a partir do 56º até 100º DPIA, Apenas uma fêmea do grupo infectado não apresentou soroconversão durante todo estudo. Nenhum animal pertencente ao grupo controle apresentou anticorpos (IgG) contra T. gondii ao longo de todo experimento. No 100º DPIA, sete vacas que não estavam gestantes pelo exame ultrassonográfico, de ambos os grupos foram eutanasiadas e necropsiadas. Foram colhidos tecidos (cérebro, retina, pulmão, fígado, baço, linfonodos mesentéricos, musculatura – Longissimus dorsi, ovário e útero). Foi possível diagnosticar a presença do parasito por meio do bioensaio e nested PCR. O parasitismo tissular por T. gondii (bioensaio e nested PCR) foi diagnosticado em retina, musculatura, cérebro e fígado pertencentes às vacas nº 1008, nº 2018, nº 0813, nº 1108 e nº 3462. Em síntese, estes resultados sugerem a viabilidade da transmissão, via IATF Toxoplasma gondii em bovinos. / FAPESP: 2013/16040-1

Submitted by KARLA ALVARENGA NASCIMENTO null (karlanascimentovet@yahoo.com.br) on 2017-03-21T13:16:57Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Karla.pdf: 1655729 bytes, checksum: 6cdf4bfec3aad9e315d583cdf42d5d1a (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-03-21T21:32:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 nascimento_ka_me_jabo.pdf: 1655729 bytes, checksum: 6cdf4bfec3aad9e315d583cdf42d5d1a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T21:32:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nascimento_ka_me_jabo.pdf: 1655729 bytes, checksum: 6cdf4bfec3aad9e315d583cdf42d5d1a (MD5) Previous issue date: 2017-02-09 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os pestivírus possuem importância significativa na suinocultura, sendo que os suínos podem ser infectados pelo Vírus da Diarreia Viral Bovina (BVDV) em condições naturais. O presente estudo teve como objetivo induzir a infecção experimental do BVDV-1 em leitões desmamados e avaliar a excreção e possível transmissão do vírus pelas vias lâmina d’água e naso-nasal. Foram conduzidos dois experimentos e uma repetição para cada via de transmissão avaliada. No total foram selecionados 24 leitões, sendo utilizados seis por experimento, divididos em grupos controle (n=2), sentinela (n=2) e infectado (n=2), utilizando isoladores, projetados para estabelecer o contato entre os animais apenas pela via de transmissão em estudo. O grupo infectado recebeu um inóculo contendo BVDV-1, estirpe Singer, enquanto que os grupos controle e sentinela foram inoculados com meio E-MEM. Os animais permaneceram nos isoladores por 25 dias, período em que foram coletadas amostras de suabe nasal diariamente e sangue a cada sete dias. Ao final, os animais foram eutanasiados e necropsiados, sendo realizada coleta de fragmentos de órgãos para histopatologia, imunohistoquímica e RT-PCR. Quando avaliada a via de transmissão lâmina d’água, apenas um animal infectado apresentou excreção de material genômico a partir do 6o dia pós-infecção (dpi), e um animal sentinela apresentou excreção no 20o dpi. Nestes animais, a soroconversão ocorreu no 25o dia apresentando título de anticorpos igual a 20. Um animal infectado não apresentou soroconversão durante o período amostrado, porém houve excreção a partir do 5o dpi. Na repetição do experimento, apenas um animal infectado soroconverteu ao 25o dia, com título de anticorpos de 20, cuja excreção do material genômico foi detectada ao 21o dpi. Nos animais sentinelas, apenas um apresentou excreção no 13o dpi. Em relação ao experimento naso-nasal, os animais infectados apresentaram excreção de material genético a partir do 17o dpi, porém a soroconversão não foi observada em todos os animais. Na repetição do experimento naso-nasal a soroconversão foi detectada em apenas um dos leitões infectados no último dia de experimento, com título de anticorpos de 20. A excreção do material genômico ocorreu nos dois animais infectados, sendo que um animal apresentou excreção a partir do dia 10 e o outro a partir do 18o dpi. Em relação à macroscopia e microscopia, os animais de todos os experimentos não apresentaram lesões significativas. O presente estudo demonstra que os suínos são susceptíveis ao BVDV, possibilitando a excreção e servir como fonte de infecção. Evidenciou-se que a lâmina d’agua pode veicular o BVDV de um suíno infectado para outro, ressaltando a importância e o risco de transmissão. A possibilidade de transmissão do BVDV pela via naso-nasal em leitões não foi provada dentro do período avaliado. / Pestiviruses have significant importance in swine breeding, and pigs can be infected by Bovine Viral Diarrhea Virus (BVDV) under natural conditions. The present study aimed to induce the experimental infection of BVDV-1 in weaned piglets and to evaluate the excretion and possible transmission of the virus through the water and naso-nasal routes. Two experiments and one replicate were conducted for each evaluated route of transmission. In total, 24 piglets were selected, and six were used per experiment, divided into control (n = 2), sentinel (n = 2) and infected (n = 2) groups using isolators, designed to establish contact between animals only by Route of study. The infected group received an inoculum containing BVDV-1, Singer strain, while the control and sentinel groups were inoculated with E-MEM medium. The animals remained in the isolators for 25 days, during which samples of nasal swab and blood were collected every seven days. At the end, the animals were euthanized and necropsied, and organ fragments were collected for histopathology, immunohistochemistry and RT-PCR. When the water-borne transmission pathway was evaluated, only one infected animal showed excretion of genomic material from day 6 post-infection (dpi), and one sentinel animal showed excretion at the 20th dpi. In these animals, seroconversion occurred on day 25 with an antibody titer equal to 20. An infected animal did not present seroconversion during the sampled period, but there was excretion from the 5th dpi. In the repeat of the experiment, only one infected animal was seroconverted at day 25, with antibody titer of 20, whose excretion of the genomic material was detected at 21o dpi. In sentinel animals, only one had excretion at the 13th dpi. In relation to the naso-nasal experiment, the infected animals presented excretion of genetic material from the 17th dpi, but seroconversion was not observed in all the animals. In the repetition of the nasonasal experiment, seroconversion was detected in only one of the infected piglets on the last day of the experiment, with an antibody titre of 20. Excretion of the genomic material occurred in the two infected animals, and one animal had excretion from the Day 10 and the other from the 18th dpi. Regarding macroscopy and microscopy, the animals of all experiments did not present significant lesions. The present study demonstrates that pigs are susceptible to BVDV, allowing excretion and serve as a source of infection. It has been shown that the water table can transport BVDV from one infected pig to another, emphasizing the importance and risk of transmission. The possibility of BVDV transmission by the nasal nasal route in piglets has not been proven within the evaluated period. / FAPESP: 2014/13590-3 / FAPESP: 2015/07098-1

O interesse da Medicina Veterinária nas espécies silvestres tem aumentado gradativamente, principalmente no estudo dos contextos ecológicos de saúde. Dentro desse contexto, autores realizaram estudos com o objetivo de conhecer a importância de Salmonella sp. na saúde das aves silvestres e seu potencial de transmissão para humanos e outros animais. Informações sobre a prevalência e distribuição dos sorovares de salmonelas na população de animais silvestres e domésticos são essenciais para relacionar os possíveis reservatórios que possam ser responsáveis pela transmissão dessa zoonose. Este trabalho teve como objetivo a detecção de Salmonella sp. em psitacídeos clinicamente sadios por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Foram coletados suabes cloacais de 280 psitacídeos mantidos em cativeiro no Estado do Rio Grande do Sul, pertencentes a treze espécies, provenientes de um zoológico, um criadouro conservacionista e um criadouro comercial. O DNA das amostras foi extraído pelo método de fenol-clorofórmio e examinados pela PCR com a utilização de um par de iniciadores que amplifica um fragmento de 284 pb do gene invA pertencente ao gênero Salmonella, resultando em 37 amostras positivas. Não houve diferença na prevalência de salmonela entre os três plantéis nem entre as 13 espécies analizadas. Não foi possível a detecção desse patógeno pela PCR com iniciadores para a identificação de S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Pullorum e S. Gallinarum, nem através da Técnica Microbiológica Convencional nas amostras detectadas pela PCR genérica, provavelmente devido a maior sensibilidade e especificidade da PCR genérica. De acordo com a revisão bibliográfica realizada, este foi o primeiro trabalho de detecção direta de Salmonella em psitacídeos utilizando a PCR. Os resultados indicaram que aproximadamente 13,2% dos psitacídeos mantidos em cativeiro eram portadores assintomáticos ou eram transientemente infectados pelo gênero Salmonella.

Vector borne-diseases make up a significant portion of morbidity and mortality worldwide, being responsible for around 700,000 deaths annually according to the World Health Organization. Neglected, tropical diseases such as Chagas disease have a significant impact on people in Latin America, affecting millions, and especially those residing in rural areas. Chagas disease is the number one cause for heart disease in Latin America, and is caused by the Trypanosoma cruzi parasite, carried by Triatominae insect vectors. The intricate life cycle of the parasite, ecology and behavior of the vector, and lack of disease treatment options, make Chagas disease challenging to control. Prevention measures are highly sought after, and implementation science approaches such as Ecohealth management engage affected communities in disease prevention. Knowing what insect vectors are feeding on sheds light on vector ecology and behavior, aiding in vector management which is pivotal in disease prevention. While DNA-based methods have traditionally been used to study vector blood meals, they come with limitations and challenges, such as the need for fresh, high abundance blood meals. Therefore, the goal of this research was to evaluate Chagas vector blood meal sources using an innovative protein mass spectrometry-based approach. We demonstrate first the ability to utilize liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) to correctly identify hemoglobin protein peptides from mouse blood and subsequently identify Chagas vector blood meal sources from field-collected insect vectors where blood meal identification is compared with traditional DNA-based methods as a control. An experimental feeding study allowed us to then demonstrate the longevity of hemoglobin protein peptides for blood meal detection, showing LC-MS/MS-based blood meal identification outperforms DNA-based polymerase chain reaction (PCR) at least 4 weeks post-feeding and 12 weeks post-molting. This allowed us to test the limits of our innovative detection method experimentally and comparatively. Finally, we evaluated blood meals in field-caught insect vectors collected as part of a large collaborative Ecohealth project in Central America. LC-MS/MS identified two times as many blood meals in insect vectors, including those that did not have blood meals detected with DNA-based PCR. As single vectors often feed on multiple sources, we also validated our ability to decipher multiple blood meals from an individual vector and showed the ability to quantify a blood meal using synthetic AQUA (Absolute QUAntification) peptides, a first step in using quantification data for identifying blood meals not currently in our underlying database. Furthermore, we show that lower resolution mass spectrometers are able to identify blood meals from taxa correctly, an important and strong attribute of our LC-MS/MS-based method, opening the door to using proteomics in countries where Chagas disease is endemic and resources are limited. Even though expertise and resources of research labs differ in locations across the globe, herein is described how LC-MS/MS is a valuable additional tool for fighting neglected tropical diseases. Ultimately, hemoglobin-based LC-MS/MS vector blood meal identification is a complementary technique to available molecular methods and can confidently identify Chagas vector blood meal sources to aid in understanding vector biology and ecology, and aid in developing appropriate Ecohealth vector control measures.

The diagnosis of porcine circovirus-associated disease (PCVAD) in pigs requires the detection of characteristic clinical signs and pathological changes, and the detection of virus in tissues of affected pigs. To increase Australia’s capacity to independently diagnose PCVAD in Australia, techniques for the detection of Porcine circovirus type 2 (PCV2) infection in pigs were developed and are reported in this thesis. These techniques were applied to samples obtained from normal pigs and pigs with disease and confirmed the presence of PCV2 and PCVAD in the Australian pig herd. Viral DNA was detected in tissues of infected pigs by both standard PCR and real-time PCR techniques. The real-time PCR was more sensitive. While the conventional PCR was able to detect approximately 100 copies of the viral genome, the real-time PCR was able to detect 20 copies of the genome. An immunohistochemical (IHC) technique which was also developed enabled the visualisation of PCV2 antigen in fixed tissues of pigs with PCVAD. The techniques that were developed were applied to an examination of tissues from pigs affected by illthrift and increased weaner mortality in herds in South Australia, New South Wales and Western Australia. Lesions suggestive of the PCVAD postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) were detected and virus antigen was detected in association with lesions. The nature of the clinical signs and histopathological lesions detected, coupled with the presence of PCV2 antigen, suggested that PCVAD was present in some Australian pig herds. Phylogenetic analysis of the strains of PCV2-associated with these disease outbreaks demonstrated they were of a type not previously detected in Australia and similar to strains associated with PMWS in North America. To further assist in investigation of PCV2 infections in the Australian pig herd, an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was developed that specifically detected antibody to PCV2 and not the related and non-pathogenic Porcine circovirus type 1. The development of this assay required the production of a virus capsid protein antigen using a prokaryotic protein production system. The ELISA was used to test serum samples form the Australian national pig serum bank. A high prevalence of PCV2 infection was detected in most pig herds examined in all Australian states. International trade in pig meat has resulted in many countries placing restrictions on the importation of pig meat, requiring imported pig meats to be cooked to destroy viral agents. This study investigated the in vitro resistance of an Australian strain of PCV2 to heat treatment at temperatures between 56°C and 85°C. The viability of the virus was determined by a combination of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), and IHC to visualise viral capsid antigen within infected cells. This study indicated that PCV2 retained its infectivity following heating up to and including 75°C for 15 mins, but was inactivated following heating to 80°C and above. The investigations reported make a significant contribution to PCV2 research in Australia and ensure Australia’s capacity to independently investigate PCVAD in the Australian pig herd.

<p>Nitrification is a natural occurring, oxidative process which is essential for plants´ ability to take up nitrogen in the form of nitrate. The oxidation is divided into two steps. First ammonia is oxidized to nitrite by ammonia-oxidizing bacteria (AOB) or archaea (AOA) and then the nitrite is further oxidized to nitrate by nitrite-oxidizing bacteria (NOB). The enzyme used by NOB for the oxidation is nitrite oxidoreductase (nxr). One of few bacteria that catalyze this reaction is Nitrobacter sp.</p><p>The purpose of this study has been to optimize the detection of Nitrobacter in samples of activated sludge from municipal wastewater treatment plants (WWTPs) in Eskilstuna and Västerås (Sweden). This was done by PCR, cloning and sequencing. Primers used were nor F/nor R that are specific for the functional gene encoding nxr. This optimization has been compared to a different PCR-system where nor F/nor R were exchanged for another primerpair consisting of a 16S rDNA-primer (NIT3), which was specific for Nitrobacter and a universal 16S-primer (U2, Rit388). In addition to this, a semi quantitative analyze has also been conducted.</p><p>The result of the study was two PCR-programmes, one optimized for each set of sludge samples. The quantitative analysis showed that the concentration Nitrobacter in the sludge samples was approximately the same as a pure culture, which was used as a positive control and contained ~10⁴ CFU/ml.</p><p>Cloning and sequencing revealed the presence of 3 different Nitrobacter. Surprisingly half of the clones from one of the Västerås samples, taken in December, were most likely Methylibium petroleiphilum. The matter of fact that we were able to detect this bacterium with primers specifically designed for Nitrobacter made this discovery even more interesting. With NIT3/U2 Methylocella sp. was also detected in samples from Västerås, which confirmed the presence of methylotrophic bacteria in the Västerås samples.</p><p> </p> / Activated sludge process optimization