Essen, Universiẗat, Diss., 2005--Duisburg.

Thesis (Ph.D.)--Duquesne University, 2006. / Title from document title page. Abstract included in electronic submission form. Includes bibliographical references (p.157-190) and index.

Proefschrift Rijksuniversiteit Groningen. / Met lit.opg. - Met samenvatting in het Nederlands.

Proefschrift Rijksuniversiteit Limburg. Proefschrift (Med.) Maastricht. / Ten dele eerder verschenen art. Met samenv. i.h. Nederlands.

Thesis (M.S.)--Duquesne University, 2009. / Title from document title page. Abstract included in electronic submission form. Includes bibliographical references (p. 113-138) and index.

Made available in DSpace on 2015-12-06T22:54:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O presente estudo teve como objetivo determinar as β)lactamases envolvidas na resistência às cefalosporinas de amplo espectro em uma coleção de Pseudomonas aeruginosa isoladas de hemoculturas de pacientes internados em um complexo hospitalar universitário na cidade de São Paulo durante o ano de 2005. No primeiro trabalho descrevemos a produção de CTX)M)2 em um isolado que apresentava o estranho fenótipo de sensibilidade à ceftazidima e resistência à cefepima. O gene que codificava esta enzima estava localizado no cromossomo bacteriano, em um contexto genético idêntico àquele encontrado em plasmídeos que carregam blaCTX)M)2, que encontram)se disseminados entre enterobactérias. No segundo trabalho, descrevemos as β)lactamases envolvidas na resistência à ceftazidima em 43 isolados de P. aeruginosa da referida coleção, assim como o contexto e suporte no qual estavam inseridos os genes que codificavam as enzimas identificadas. Além disso, realizamos a tipagem molecular dos isolados estudados e pesquisamos os prontuários médicos dos pacientes infectados pelas amostras estudadas. A hiperprodução de AmpC foi considerada a única β)lactamase relacionada à resistência a ceftazidima em quatro isolados (9,3 por cento). Nove isolados (20,9 por cento) apresentaram a produção de β)lactamase de espectro estendido (ESBL), sendo que sete (16,3 por cento) apresentavam a enzima GES)1 e dois isolados (4,6 por cento) apresentavam a enzima CTX)M)2. A atividade hidrolítica contra os carbapenens foi detectada em trinta isolados (69,7 por cento), nos quais as enzimas IMP)1, GES) 5 e SPM)1 foram identificadas em 1, 2 e 27 isolados, respectivamente. Nenhum isolado apresentou produção simultânea de metalo)β)lactamase e ESBL. Os genes blaSPM)1 e blaCTX)M)2 estavam associados às seqüências de inserção ISCR4 e ISCR1, respectivamente, enquanto que os genes blaGES)1, blaGES)5 e blaIMP)1 estavam localizados em integrons da classe 1. Todos os genes codificadores de β)lactamases identificados apresentavam localização cromossomal. A tipagem molecular dos isolados estudados evidenciou a existência de sete genótipos distintos; porém, isolados produtores de uma mesma enzima freqüentemente apresentavam relação clonal. A análise dos prontuários médicos revelou que metade dos pacientes que apresentaram infecção da corrente sanguínea pelos isolados de P. aeruginosa estudados receberam terapia inadequada. Este estudo permitiu identificar a diversidade de genes codificadores de β)lactamases de amplo espectro hidrolítico que foram adquiridos por isolados clínicos de P. aeruginosa. Estes genes foram inseridos no DNA cromossomal destes isolados e, posteriormente, disseminados por transmissão cruzada.. / The aim of this study was to identify the β-lactamases involved in broad-spectrum cephalosporin resistance in P. aeruginosa isolates recovered from blood culture of patients hospitalized at a Brazilian teaching hospital located in São Paulo, between January and December 2005. In the first manuscript we have described the production of CTX-M-2 causing ceftazidime susceptibility and cefepime resistance in a P. aeruginosa clinical isolate. The CTX-M-2-encoding gene was located at the bacterial chromosome, and its vicinities were identical to those observed in blaCTX-M-2-carrying plasmids from enterobacterial isolates. In the second manuscript we have evaluated 43 ceftazidime-resistant P. aeruginosa isolates from the referred collection. We have described the β-lactamases involved in ceftazdidme resistance, as well as the genetic context and support of β-lactamaseencoding genes and we have performed molecular typing of isolates. The medical records of patients infected with isolates studied were also analyzed. AmpC overproduction was found to be the only β-lactamase-mediated mechanism responsible for ceftazidime resistance in four isolates (9.3%). Nine isolates (20.9%) produced an extended-spectrum β-lactamase (ESBL), either GES-1 (n = 7, 16.3%) or CTX-M-2 (n = 2, 4.6%). Carbapenemase activity was detected in 30 (69,7%) isolates, in which two (4.6%) produced the ESBL GES-5, a single isolate (2.3%) produced the metallo-β-lactamase (MBL) IMP-1; and 27 isolates produced the MBL SPM-1 (62.8%). None of the isolates coproduced both ESBL and MBL. Insertion sequence elements ISCR4 and ISCR1 were associated with blaSPM-1 and blaCTX-M-2 genes, respectively, whereas the blaGES and blaIMP-1 genes were part of class 1 integron structures. All β- lactamase-encoding genes identified were chromosomally located. Molecular typing showed the existence of seven distinct genotypes, in which producers of the same β- lactamase often belonged to a single clone. Clinical data revealed that half of the patients infected with isolates studied have received inadequate therapy, suggesting that empirical treatment protocols should be updated in the hospital studied. In this study we have identified a variety of broad-spectrum β-lactamase-encoding genes that have been initially acquired by P. aeruginosa clinical isolates, inserted on its chromosomal DNA and then spread between patients by cross-transmition. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-25T19:08:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 298275.pdf: 1289245 bytes, checksum: 547a991388b4d22250541d4f0e7b3fcf (MD5) / O alginato é um exopolissacarídeo constituído de quantidades variáveis de ácidos ?-D-manurônico e seu epímero C-5 ácido ?-L-gulorônico, unidos por ligações ?-1,4 glicosídicas. É extensamente utilizado na indústria de alimentos e biotecnológica. Atualmente a demanda do alginato para estas aplicações é suprida a partir da sua extração de algas marinhas, entretanto vários estudos reportam a produção de alginato por micro-organismos do gênero Pseudomonas e Azotobacter. A produção bacteriana de alginato apresenta-se como uma alternativa interessante e sua produção por micro-organismos, além de possibilitar a produção de biopolímeros de alta qualidade com características específicas e pré-determinadas, irá diminuir o impacto ambiental nas regiões em que as algas marinhas das quais é extraído são coletadas. Nos últimos anos, vários estudos relacionados à produção de alginato por micro-organismos foram realizados com o objetivo de avaliar sua produção e rota metabólica de biossíntese, para caracterizar o material produzido e para determinar as potencialidades de aplicação deste novo material. O conhecimento sobre a via metabólica de um organismo permite a compreensão da fisiologia celular e regulação de seu metabolismo, sendo a quantificação de fluxos metabólicos um importante objetivo, principalmente no que diz respeito à obtenção de produtos úteis comercialmente ou cientificamente. Neste estudo foi avaliado o efeito da relação C:N na produção de alginato. Foram realizados experimentos em frascos agitados a 240 rpm e 30°C, em meios contendo glicerol como fonte de carbono nas concentrações iniciais de 20 a 40 g.L-1 e (NH4)2SO4 como fonte de nitrogênio em concentrações de 0,5 a 2,0g.L-1. Fluxos extracelulares, medidos experimentalmente, foram utilizados para estimar fluxos intracelulares no metabolismo do glicerol em Pseudomonas mendocina na biossíntese de alginato. Foram utilizados modelos estequiométricos e técnicas de balanço de massa, conhecidas como Análise de Fluxo Metabólico (MFA). Para avaliação foi considerado o Estado Pseudo-estacionário (PSS). O objetivo foi avaliar o efeito das concentrações da fonte de carbono e da fonte de nitrogênio no fluxo de carbono. Os resultados indicaram um maior rendimento de bioconversão de substrato em alginato em concentrações menores de nitrogênio, sugerindo que nessas condições P. mendocina utiliza a fonte de carbono principalmente para produção de alginato. Assim, o aumento da relação C:N favorece a produção de alginato, diminuindo o fluxo de carbono na via Entner-Dourdoroff e o crescimento celular. / Alginate is an exopolysaccharide consisting of variable amounts of ?-D-mannuronic acid and its C5-epimer ?-L -guluronic acid linked via ?-1,4-glycosidic bonds. It is widely used in applications in the food and biotechnology industries. Currently the demand for these applications of alginate is supplied from the extraction of seaweed, however several studies report the production of alginate by micro-organisms of the genus Pseudomonas and Azotobacter. The bacterial production of alginate appears to be an interesting alternative and its production by micro-organisms, besides enabled the production of high quality polymers with specific characteristics and pre-determined, will reduce the environmental impact in areas where the seaweed is collected. In recent years, several studies relating the production of alginate by micro-organisms were carried out to evaluate their production and metabolic pathway of biosynthesis, to characterize the material produced and to determine the potential application of this new material. The knowledge about the metabolic pathway of an organism allows the understanding of cell physiology and regulation of their metabolism. The quantification of metabolic fluxes is an important goal, specially with regard to obtaining commercially or scientifically useful products. This study assessed the effect of C: N ratio in the production of alginate. Experiments were performed in shaken flasks at 240rpm and 30°C in medium containing glycerol as carbon source at initial concentrations of 20, 30 and 40 g.L-1 and (NH4)2SO4 as a nitrogen source at initial concentrations of 0,5; 1,0; 1,5 and 2,0 g.L-1. Extracellular fluxes, measured experimentally, were used to estimate intracellular fluxes of glycerol metabolism in Pseudomonas mendocina in the biosynthesis of alginate. It was used stoichiometric models and mass balance techniques, known as metabolic flux analysis (MFA). For evaluation was considered the pseudo-steady state (PSS). The objective was to evaluate the effect of concentrations of carbon and nitrogen sources in the flow of carbon. The results indicated a higher yield of bioconversion of substrate in alginate in lower concentrations of nitrogen, suggesting that in these conditions P. mendocina uses the carbon source mainly for alginate production. Thus, increased C:N ratio favors the production of alginate, decreasing the flow of carbon into the Entner-Dourdoroff pathway and cell growth.

Uma substância antimicrobiana produzida por Pseudomonas aeruginosa foi caracterizada. O microrganismo produtor foi isolado de um lago de tratamento de efluentes em um frigorífico localizado na região do vale do Rio Pardo, no Rio Grande do Sul. O isolado foi caracterizado por análise bioquímica e seqüenciamento do 16S rDNA. As condições de maior produção ocorreram a 30°C, sob agitação contínua, com o maior pico de produção a partir de 108 horas. A substância antimicrobiana foi parcialmente purificada através de precipitação com sulfato de amônio 70%, cromatografia de gel filtração (Sephadex G-100) e de troca iônica (DEAE Sepharose). A substância antimicrobiana foi caracterizada com as duas alíquotas coletadas a partir do eluato da coluna de gel filtração. Os dados da caracterização indicam que ambas as alíquotas são a mesma substância. A atividade antimicrobiana foi analisada sobre o gel de poliacrilamida. Uma banda majoritária no gel de poliacrilamida sugere que o peptídeo apresente uma massa molecular de aproximadamente 30 kDa. A substância apresentou uma ampla atividade antimicrobiana sobre cepas indicadoras, tais como S. aureus, L. monocytogenes, B. cereus e importantes bactérias patogênicas e deteriorantes. A atividade antimicrobiana foi constante na faixa de 10 a 100°C, por até 60 minutos, iniciando um declínio a 120°C. O peptídeo antimicrobiano resistiu a todas as proteases testadas e teve sua atividade diminuída com DMSO, Tween 20 e 80, TCA e uréia. A substância parcialmente purificada foi utilizada no combate de S. aureus artificialmente inoculados em hambúrgueres crus de carne bovina e não inibiu seu crescimento nas condições do experimento. / An antimicrobial substance produced by Pseudomonas aeruginosa was characterized. The producer microorganism was isolated from an effluents treatment lake from an abattoir localized in Rio Pardo valley area, Rio Grande do Sul, Brazil. The strain was characterized by chemical profiling and 16S sequencing. It has reached its maximum of production under the following conditions: 86ºF, continuous agitation and aeration, 108 h. The antimicrobial substance was partially purified by ammonium sulfate precipitation 70%, gel filtration (Sephadex G-100) and ion exchange chromatography (DEAE Sepharose). The antimicrobial substance was characterized into two fractions collected from gel filtration’s eluate. The characterization data indicates that both fractions are the same substance. Direct activity on sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) was observed. A major band on SDS-PAGE suggested that the peptide had a molecular mass of about 30 kDa. The substance was inhibitory to a broad range of indicator strains such as S. aureus, L. monocytogenes B. cereus, and important pathogenic and spoilage bacterias. The activity was constant from 50 to 212ºF, for 60 minutes, beginning to decline at 248ºF. The antimicrobial peptide resisted to all proteolitic enzymes tested and only reduced its activity with dimethyl sulfoxide, polysorbate 20, polysorbate 80, trichloroacetic acid and urea. The partially purified substance was used to combat S. aureus in meat hamburgers and didn’t inhibit its growth at the experiment conditions.

Uma substância antimicrobiana produzida por Pseudomonas aeruginosa foi caracterizada. O microrganismo produtor foi isolado de um lago de tratamento de efluentes em um frigorífico localizado na região do vale do Rio Pardo, no Rio Grande do Sul. O isolado foi caracterizado por análise bioquímica e seqüenciamento do 16S rDNA. As condições de maior produção ocorreram a 30°C, sob agitação contínua, com o maior pico de produção a partir de 108 horas. A substância antimicrobiana foi parcialmente purificada através de precipitação com sulfato de amônio 70%, cromatografia de gel filtração (Sephadex G-100) e de troca iônica (DEAE Sepharose). A substância antimicrobiana foi caracterizada com as duas alíquotas coletadas a partir do eluato da coluna de gel filtração. Os dados da caracterização indicam que ambas as alíquotas são a mesma substância. A atividade antimicrobiana foi analisada sobre o gel de poliacrilamida. Uma banda majoritária no gel de poliacrilamida sugere que o peptídeo apresente uma massa molecular de aproximadamente 30 kDa. A substância apresentou uma ampla atividade antimicrobiana sobre cepas indicadoras, tais como S. aureus, L. monocytogenes, B. cereus e importantes bactérias patogênicas e deteriorantes. A atividade antimicrobiana foi constante na faixa de 10 a 100°C, por até 60 minutos, iniciando um declínio a 120°C. O peptídeo antimicrobiano resistiu a todas as proteases testadas e teve sua atividade diminuída com DMSO, Tween 20 e 80, TCA e uréia. A substância parcialmente purificada foi utilizada no combate de S. aureus artificialmente inoculados em hambúrgueres crus de carne bovina e não inibiu seu crescimento nas condições do experimento. / An antimicrobial substance produced by Pseudomonas aeruginosa was characterized. The producer microorganism was isolated from an effluents treatment lake from an abattoir localized in Rio Pardo valley area, Rio Grande do Sul, Brazil. The strain was characterized by chemical profiling and 16S sequencing. It has reached its maximum of production under the following conditions: 86ºF, continuous agitation and aeration, 108 h. The antimicrobial substance was partially purified by ammonium sulfate precipitation 70%, gel filtration (Sephadex G-100) and ion exchange chromatography (DEAE Sepharose). The antimicrobial substance was characterized into two fractions collected from gel filtration’s eluate. The characterization data indicates that both fractions are the same substance. Direct activity on sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) was observed. A major band on SDS-PAGE suggested that the peptide had a molecular mass of about 30 kDa. The substance was inhibitory to a broad range of indicator strains such as S. aureus, L. monocytogenes B. cereus, and important pathogenic and spoilage bacterias. The activity was constant from 50 to 212ºF, for 60 minutes, beginning to decline at 248ºF. The antimicrobial peptide resisted to all proteolitic enzymes tested and only reduced its activity with dimethyl sulfoxide, polysorbate 20, polysorbate 80, trichloroacetic acid and urea. The partially purified substance was used to combat S. aureus in meat hamburgers and didn’t inhibit its growth at the experiment conditions.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2017-01-30T14:11:00Z No. of bitstreams: 1 2016_CristianeUrcinaJoannaOliveiraLima.pdf: 1643918 bytes, checksum: 5525da7babb7a34414f4d9eaf56084a3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-13T18:43:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CristianeUrcinaJoannaOliveiraLima.pdf: 1643918 bytes, checksum: 5525da7babb7a34414f4d9eaf56084a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T18:43:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CristianeUrcinaJoannaOliveiraLima.pdf: 1643918 bytes, checksum: 5525da7babb7a34414f4d9eaf56084a3 (MD5) / Introdução: Evidências científicas veem demonstrando que Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) destaca-se dentre os demais patógenos por promover elevadas taxas de morbidade, mortalidade e aumento de custos hospitalares em âmbito mundial. Este microrganismo é intrinsicamente resistente à ampla diversidade de fármacos e capaz de se tornar resistente a diversos agentes antimicrobianos. Atualmente, verifica-se uma significativa limitação do arsenal terapêutico que pode ser empregado para o tratamento de infecções causadas por esta bactéria multirresistente. Estudos têm demonstrado que o cogumelo Agaricus blazei Murrill (AbM) apresenta atividade antimicrobiana. Objetivo: Avaliar a ação antimicrobiana dos extratos do Agaricus blazei Murrill sobre Pseudomonas aeruginosa multirresistente. Métodos: As cepas de Pseudomonas aeruginosa multirresistente foram obtidas de pacientes internados no Hospital Regional da Asa Norte do Distrito Federal. A multirresistência antimicrobiana foi determinada segundo os critérios do National Committee for Clinical Labocamundongory Standasrds. Os extratos, aquoso e metanólico, foram preparados a partir do basidiocarpo bruto do AbM e parte de sua composição química foi determinada, assim como os compostos fenólicos (polifenóis totais, polimerizados e não polimerizados; ésteres tartáricos e flavonóis) e ação antioxidante pelos métodos de DPPH e ABTS. Os testes in vitro contemplaram as avaliações da concentração inibitória mínima, do potencial hemolítico dos extratos, da viabilidade celular e quantificação de citocinas (TNF-α, IL-10, IL-12) em células RAW 264.7. No ensaio in vivo, os animais foram infectados com a Pseudomonas aeruginosa multirresistente para avaliação da ação antimicrobiana dos extratos do cogumelo na sobrevida de camundongos. Resultados: Os dados da composição química do AbM demonstraram uma elevada quantidade de carboidratos, proteínas e fibras, associado a baixo teor de gorduras. O extrato metanólico apresentou uma maior quantidade de compostos fenólicos em relação ao aquoso, e ambos os extratos evidenciaram elevada atividade antioxidante pelo método ABTS. Os demais estudos in vitro demostraram que o extrato metanólico apresentou atividade inibitória no crescimento de P. aeruginosa, ambos os extratos de AbM não promoveram atividade hemolítica e não estimularam a secreção de citocinas. Além disso, os extratos diminuíram a viabilidade celular. Nos experimentos in vivo, o extrato aquoso aumentou a sobrevida de camundongos com infecção em 60%, quando comparados com animais controle. Conclusão: Estes dados sugerem que o extrato aquoso do cogumelo AbM pode ser uma alternativa terapêutica para o tratamento de infecções bacterianas multirresistentes. / Introduction: Scientific evidence demonstrating see that Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) stands out among the other pathogens by promoting high rates of morbidity, mortality and increased hospital costs worldwide. This microorganism is intrinsically resistant to wide range of drugs and able to become resistant to many antimicrobial agents. Currently, there is a significant limitation in the therapeutic arsenal that can be used for the treatment of infections caused by multidrug this bacterium. Studies have shown that Agaricus blazei Murrill (AbM) has antimicrobial activity. Objective: To evaluate the antimicrobial action of Agaricus blazei Murrill extracts on multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa. Methods: multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa strains were obtained from patients admitted to the Regional Hospital of the North Wing of the Federal District. The multidrug resistance was determined according to the criteria of the National Committee for Clinical Labocamundongory Standasrds. The extracts and aqueous methanol have been prepared from crude basidiocarp AbM and part of their chemical composition was determined, as well as phenolic compounds (total polyphenols polymerized and unpolymerized; Tartaric acid esters, flavonoids) and antioxidant activity by DPPH methods and ABTS. In vitro testing contemplated reviews the minimum inhibitory concentration, hemolytic potential of the extracts, the cellular viability and quantification of cytokines (TNF-α, IL-10, IL-12) in RAW 264.7 cells. In the in vivo test, the animals were infected with Pseudomonas aeruginosa multiresistant to evaluate the antimicrobial activity of mushroom extracts on the survival of mice. Results: The data on the chemical composition AbM showed a high amount of carbohydrates, protein and fiber, associated with low fat content. The methanol extract showed a greater amount of phenolic compounds in relation to the aqueous, and both extracts showed high antioxidant activity by ABTS method. Other in vitro studies showed that the methanol extract showed inhibitory activity on the growth of P. aeruginosa, both AbM extracts did not promote hemolytic activity and did not stimulate the secretion of cytokines. Moreover, the extracts decreased cell viability. In in vivo experiments, the aqueous extract increased the survival of mice infected by 60% when compared to control animals. Conclusion: These data suggest that the aqueous extract of the mushroom AbM may be a therapeutic alternative for the treatment of multidrug-resistant bacterial infections.