A cotton PATE cDNA clone has a 1.7-kb insert with an coding region for 410 amino acids, lacking codons for the three N-terminal amino acids. The predicted amino acid sequence of the PATE preprotein has a characteristic stromal-targeting domain and a 63% identity to the Arabidopsis FatB1 thioesterase sequence. A cotton genomic clone containing a 17.4-kb DNA segment was found to encompass a palmitoyl-ACP thioesterase (FatB1) gene. The gene spans 3.6 kb with six exons and five introns. The six exons are identical in nucleotide sequence to the open reading frame of the corresponding cDNA, and would encode a preprotein of 413 amino acids. The preprotein is identified as a FatB thioesterase from its deduced amino acid sequence similarity to those of other FatB thioesterase preproteins. A 5'-flanking region of 914 bp was sequenced, with the potential promoter/enhancer elements including basic helix-loop-helix elements (E box). Alkaline blot hybridization of cotton genomic DNA suggests the presence at least two FatB1 thioesterase genes in cotton. Four plasmid constructs for both constitutive and seed-specific anti-sense RNA suppression and gene-transgene co- suppression of PATE gene expression were successfully generated. Two overlapping cotton genomic clones were found to encompass a Δ-12 fatty acid desaturase (FAD2-3) gene. The continuous FAD2-3 coding region is 1,155 bp and would encode a protein of 384 amino acids. The FAD2-3 gene has one large intron of 2,967 bp entirely within its 5'-untranslated region. Several potential promoter/enhancer elements, including several light responsive motifs occur in the 5'-flanking region. Yeast cells transformed with a plasmid construct containing the cotton FAD2-3 coding region accumulate an appreciable amount of linoleic acid (18:2), not normally present in wild-type yeast cells, indicating that the gene encodes a functional FAD2 enzyme.

The topic of this thesis is sensory evaluation of a selected type of meat product, depending on a manufacturing technology. This work deals with findings on consumers' attitudes pates and evaluating the quality of selected assortment of pates selected by sensory analysis. The theoretical part is focused on the characteristics of meat products, history of pates, its types and an offer on a current market. The thesis describes different raw materials used in the manufacture of pates and production itself. The next part deals with the definition of sensory analysis, conditions and used methods. The practical part includes a questionnaire that is focused on different age group that are compared with each other, depending on the attitude of consumers towards pates. Than selected sensory methods have been tested for the selected types of pates. Finally it was involved research for the company Mauz, s.r.o., which concerned an attractiveness and cost of packing pates.

La pourriture bleue causée par Penicillium expansum est l'une des maladies les plus dommageables des fruits pomaceae (pommes et poires). Outre des dégâts directs, cette maladie pose un problème de santé publique car l'agent pathogène produit des mycotoxines nocives pour l'homme et les animaux dont la plus sérieuse est la patuline. La croissance du champignon pathogène et la production de patuline requièrent des conditions physico-chimiques particulières. Les informations existantes à ce propos demeurent cependant modestes et insuffisantes pour envisager de développer des moyens de lutte contre l'apparition du champignon. Par ailleurs, la patuline reste avec l'ochratoxine A, les seules toxines dont la voie de biosynthèse n'a pas encore été complètement établie, tant sur le plan chimique que moléculaire. Cette étude apporte dans un premier temps des données complémentaires sur les facteurs physico-chimiques (température, pH….) qui conditionnent la croissance de P. expansum de même que sa capacité à produire la patuline. La connaissance de ces besoins et de ces conditions conduit en pratique à lutter et contrôler la contamination par la patuline tout le long de la chaine alimentaire. Dans un deuxième temps, cette thèse apporte des améliorations spectaculaires sur le plan fondamental, en termes d'élucidation de la voie de biosynthèse de la patuline. Le cluster des gènes impliqués dans la biosynthèse de cette mycotoxine chez l'espèce la plus préoccupante P. expansum a été entièrement identifié et caractérisé. Pour lever encore plus le voile sur la biosynthèse de cette mycotoxine, la caractérisation du facteur de régulation spécifique de cette voie (patL) a été également établie. Une perturbation de ce gène a provoqué une incapacité de production de patuline et une sévère diminution de l'expression des gènes Pat. De même, grâce à ce mutant déficient, il a été montré que la patuline pourrait agir comme facteur de virulence lors du développement de la moisissure dans les pommes. La caractérisation de la dernière étape de la voie de biosynthèse de la patuline a ensuite été entreprise par mutagenèse dirigée du gène patE du cluster de la patuline, chez la même espèce. Ce dernier code pour une Glucose méthanol Choline (GMC) oxydoréductase responsable de la conversion de l'ascladiol en patuline. L'ascladiol est également une molécule clé de la dégradation de la patuline par diverses espèces bactériennes ou de levures et plus particulièrement lors de la fermentation alcoolique. La non-toxicité de l'ascladiol accumulé chez le mutant ∆patE a été démontrée sur une lignée cellulaire intestinale humaine (Caco-2), suggérant que la patuline perd sa toxicité avec l'ouverture du deuxième cycle. Finalement, un système de détection et de quantification de P. expansum par PCR en temps réel a été développé en ciblant un gène hautement spécifique de la voie de biosynthèse de la patuline, patF. Cette approche préventive nous a ainsi permis d'avoir une estimation rapide de la contamination en patuline dans les pommes à partir de la quantification d'ADN de P. expansum. En conclusion, l'ensemble de ces travaux qui s'inscrivent dans le cadre de la gestion du risque « patuline » dans la filière fruit a permis d'amener des réponses tant sur le plan fondamental que sur le plan appliqué avec le séquençage du cluster, le développement d'un outil de diagnostic et la démonstration que l'ascladiol ne présentait aucune cytotoxicité. / Among diseases affecting apples, blue mold caused by Penicillium expansum is a major concern causing yield and quality losses due to the production of mycotoxins, of which patulin is the most alarming one. This mycotoxin was proven to be harmful for humans and animals. The pathogen growth and the patulin production occur under specific physico-chemical conditions (temperature, pH…). However, the description of these conditions in literature remains largely insufficient for the development of strategies to fight the development of the fungus. Furthermore, patulin remains, along with ochratoxin A, the only toxins for which the biosynthetic pathway is not fully established yet at both chemical and molecular levels. Firstly, this study provides supplementary data on the physico-chemical factors that modulate P. expansum growth and its ability to produce patulin. The acquaintance of these conditions leads, in practice, to the control of the patulin contamination along the food chain. Secondly, significant improvements were brought on the fundamental level, especially by elucidating the patulin biosynthetic pathway. The cluster of genes involved in the biosynthesis of this mycotoxin was fully identified and characterized in the species of greatest concern P. expansum. In order to reveal additional info on the biosynthesis of this mycotoxin, the specific factor of the pathway (patL) was characterized. The disruption of this gene has led to failure in patulin production and an important decrease in Pat genes expression. Furthermore, pathogenesis studies, using this same deficient strain showed that patulin potentially acts as a virulence factor during P. expansum development on apples. The last step of the patulin biosynthetic pathway was later characterized by site-directed mutagenesis of the patE gene in the same species. This gene encodes a Glucose Methanol Choline (GMC) oxidoreductase that is responsible for the conversion of ascladiol to patulin. Ascladiol is not only the last intermediate in the patulin pathway but also the main product of patulin degradation during the alcoholic fermentation of apple juice. The non-toxicity of ascladiol accumulated by the ΔpatE strain was proved against the human Caco-2 cell line. Finally a Real time PCR assay was developed to specifically detect and quantify P. expansum. This was done by targeting a highly specific gene from the patulin gene cluster in P. expansum, patF. This predictive approach allowed the quick estimation of the patulin content via the quantification of the P. expansum DNA in apples. To conclude, this thesis is part of the patulin's risk management study in the fruit sector; it provides significant improvements on both fundamental and practical levels. These advances are mainly characterized by the sequencing of the patulin gene cluster, the development of a molecular diagnostic tool and the demonstration of the non-cytotoxicity of ascladiol.

The relatively high level of palmitic acid (22 mol%) in cottonseeds may be due in part to the activity of a palmitoyl-acyl carrier protein (ACP) thioesterase (PATE). In embryo extracts, PATE activity was highest at the maximum rate of reserve accumulation (oil and protein). The cotton FatB mRNA transcript abundance also peaked during this developmental stage, paralleling the profiles of PATE enzyme activity and seed oil accumulation. A cotton FatB cDNA clone was isolated by screening a cDNA library with a heterologous Arabidopsis FatB probe (Pirtle et al., 1999, Plant and Cell Physiology 40: 155-163). The predicted amino acid sequence of the cotton PATE preprotein had 63% identity to the Arabidopsis FatB thioesterase sequence, suggesting that the cotton cDNA clone probably encoded a FatB-type thioesterase. When acyl-CoA synthetase-minus E. coli mutants expressed the cotton cDNA, an increase in 16:0 free fatty acid content was measured in the culture medium. In addition, acyl-ACP thioesterase activity assays in E. coli lysates revealed that there was a preference for palmitoyl-ACP over oleoyl-ACP in vitro, indicating that the cotton putative FatB cDNA encoded a functional thioesterase with a preference for saturated acyl-ACPs over unsaturated acyl-ACPs (FatA). Overexpression of the FatB cDNA in transgenic cotton resulted in elevated levels of palmitic acid in transgenic somatic embryos compared to control embryos. Expression of the anti-sense FatB cDNA in transgenic cotton plants produced some plants with a dwarf phenotype. These plants had significantly smaller mature leaves, all with smaller cells, suggesting that these plants may have less palmitic acid available for incorporation into extraplastidial membrane lipids during cell expansion. Thus manipulation of FatB expression in cotton directly influenced palmitic acid levels. Collectively, data presented in this dissertation support the hypothesis that there indeed is a palmitoyl-ACP thioesterase in cotton, encoded by the isolated FatB cDNA, which plays a major role in regulating palmitic acid content of extraplastidial complex glycerolipids. This work forms the basis for future studies of the influence of palmitic acid content on plant membrane function and provides a key target for the metabolic engineering of palmitic acid levels in storage oils of developing cottonseeds.

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Une " boue " est constituée de particules submillimétriques immergées dans un fluide. Nous étudions des boues concentrées (ou " pâtes granulaires "), où la concentration en particules est proche du maximum réalisable. Les particules peuvent être plus denses que le fluide, et sédimenter, ou être équilibrées en densité. Ces deux cas sont examinés, à l'aide d'une boue modèle. Nous étudions les écoulements de ces boues dans une cellule de Couette. Les expériences utilisent des méthodes innovantes, permettant de mesurer les vitesses des grains individuellement et collectivement, et les profils de concentration sous cisaillement. Les expériences apportent des informations nouvelles sur les écoulements, comme l'existence de courants de re-circulation. Les résultats sur les vitesses azimutales et concentrations sont en accord avec la théorie de Morris et Boulay d'équilibre des forces normales, pour un rapport convenable des coefficients viscométriques des forces tangentielle et normales.

Une « boue » est constituée de particules submillimétriques immergées dans un fluide. Nous étudions des boues concentrées (ou « pâtes granulaires »), où la concentration en particules est proche du maximum réalisable. Les particules peuvent être plus denses que le fluide, et sédimenter, ou être équilibrées en densité. Ces deux cas sont examinés, à l’aide d’une boue modèle. Nous étudions les écoulements de ces boues dans une cellule de Couette. Les expériences utilisent des méthodes innovantes, permettant de mesurer les vitesses des grains individuellement et collectivement, et les profils de concentration sous cisaillement. Les expériences apportent des informations nouvelles sur les écoulements, comme l’existence de courants de re-circulation. Les résultats sur les vitesses azimutales et concentrations sont en accord avec la théorie de Morris et Boulay d’équilibre des forces normales, pour un rapport convenable des coefficients viscométriques des forces tangentielle et normales. / Wet granular materials are made of solid particles in high concentration, immersed in a viscous fluid. We investigated particle dynamics in a model granular suspension in Couette geometry, at low Reynolds/Taylor numbers for density and non density matched suspension. We used innovated techniques such as: Single Particle Tracking (SPT), Multi Particles Video Trajectography (MPVT) and Concentration Photometry (CP). These experiments allow us to provide information about single and collective motion of grains as well as particle repartition (local volume fraction). We investigated fully 3D velocity profiles in concentrated suspensions, diffusion coefficients, particle fluctuations and recirculation motion, also differential flows. We observe that the flow of non density matched suspensions is localized near the inner cylinder in the low shear rate regime, resulting in a sheared layer only a few particle diameters in thickness, in a way very similar to sheared dry granular materials. At high enough angular velocity, the initially localized flow crosses over to full fluidization: in this regime the granular suspension nearly behaves as a density-matched suspension. Dependence between particles’ velocity and associated fluctuation amplitude is evidenced. Experiments as velocity and concentration profiles were compared with theoretical prediction based on the force balance model and different viscometric laws were investigated for normal and shear forces.

Surgie en 1996, "La main à la pâte" suggérait que l’école ne pouvait se suffire du lire écrire et compter sans un « raisonner » qui en constituerait son épine dorsale à travers l'enseignement des sciences. Ce projet innovant souhaitait concilier une formation intellectuelle par la construction de connaissances et de compétences, une formation morale par les valeurs construites et transmises, une formation sociale ou politique par l’éducation du sens critique.La recherche présentée se demande si cette opération peut et à quelles conditions être transférée au système scolaire ? Question complexe affaire de finalités, de contenu, d’organisation, de gouvernance. Question complexe car La main à la pâte n’est pas à l’heure actuelle à distance du système éducatif : un tiers des écoles primaires a pu être concerné par l’enseignement des sciences fondé sur l’investigation qu’elle encourage et accompagne.Dans un premier temps, est analysée La main à la pâte. On en retient l'importance de l’investigation raisonnée et des conditions socio-historiques de l'émergence des savoirs.Dans un second temps sont clarifiées les stratégies d’acteurs qui s’y déploient, illustrant une constante articulation entre des dimensions de co-formation et une visée éthique empreinte d’humanisme revendiquée par ses fondateurs.Ensuite est abordée La main à la pâte d’un point de vue politique en montrant comment plus globalement a été traité le lien science et société. Enfin, est questionné le possible transfert de ce modèle dans le système de l’ Education Nationale, tant du point de vue des enjeux de l’enseignement scientifique et de l’éducation citoyenne que La main à la pâte promeut, que sur le plan de la conception de l’organisation qu’elle incarne. / Born in 1996, La main à la pâte (Lamap) suggested that teaching could not limit itself to reading, writing and counting without some “coherent reasoning” which would constitute its backbone through the teaching of sciences. This innovating project hoped to reconcile an intellectual education: the construction of knowledge and competences, a moral education: the construction and transmission of values and a social/political education by enhancing critical thinking.This research thesis questions whether this operation can be transferred to the school system, and in which conditions. It is indeed a complex question, in terms of finalities, contents, organization and governance. It is a complex question because Lamap is not remote from the education system: one third of the elementary schools has already been concerned with inquiry based science education, which Lamap encourages and accompanies.First, we start with the analysis of Lamap, underlying the importance of the thought process and of the social/historical conditions for the emergence of knowledge.Secondly, the actors’ developing strategies are clarified, illustrating a constant articulation between dimensions of mutual training and the strong humanistic ethical philosophy asserted by its founders.Then Lamap is studied through the link between science and society, in a general political perspective. Lastly, we question the possible transfer of this model to the Education Nationale system, both in terms of the stakes of science education and citizenship education which Lamap promotes, and as far as the respective organization of these two systems.

La durabilité des assemblages collés du génie civil est abordée à travers deux approches complémentaires aux échelles micro et macroscopiques. La zone interfaciale pâte de ciment / adhésif époxy est d'abord caractérisée par micro-analyse thermique (µTA) et microscopie électronique, ce qui a permis de révéler l'existence d'une interphase polymère (gradient de TG dans l'adhésif à proximité du substrat) et d'une zone de transition (pénétration du polymère dans le substrat). Par ailleurs, l'effet du vieillissement hygrothermique se traduit par la plastification du réseau époxy à court terme et par une reprise du processus de réticulation à plus long terme. La résistance mécanique des assemblages collés est ensuite étudiée au moyen d'un test de clivage. Avant vieillissement, la rupture des assemblages est généralement cohésive dans le support cimentaire. Le vieillissement hygrothermique engendre un affaiblissement de l'interface et déplace le lieu de fissuration vers la zone de transition