Thèse d'exercice : Pharmacie : Université de Nantes : 2003. / Bibliogr. f. 122-124 [35 réf.].

Thèse de doctorat : Sciences du vivant. Aspects Molécullaires et Cellulaires de la Biologie : Strasbourg : 2009. / 142 p. Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 26 p.

Dissertation--Bonn, 2003. / Bibliogr. p. 185-189.

Th.--Biochim. et biol. appl.--Toulouse--I.N.P., 1983. N°: 74.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Penicillium expansum est un contaminant commun des pomaceae (pommes et poires) causant la pourriture bleue. Ce champignon est le principal responsable de la présence de patuline dans les pommes et ses produits dérivés. Actuellement, la voie de biosynthèse de la patuline n’est que partiellement élucidée et le cluster de gènes correspondant n’est décrit que chez Aspergillus clavatus, champignon tellurique incapable de se développer dans les pommes. La caractérisation moléculaire de la voie de biosynthèse de la patuline est la condition sine qua none à toute étude visant à comprendre la régulation de la biosynthèse de la patuline, mais également à toute action permettant de limiter sa synthèse. C’est pourquoi le premier objectif de cette thèse a été de caractériser le cluster de gènes spécifique de la voie de biosynthèse chez Penicillium expansum. Celui-ci est caractérisé par une taille de 40 kb et contient les 15 mêmes gènes qu’Aspergillus clavatus, les seules différences résidant dans l’organisation et l’orientation des gènes. La caractérisation de la seconde étape de la voie de biosynthèse de la patuline a été ensuite entreprise chez Aspergillus clavatus, organisme modèle. Le gène patG code pour l’acide 6-méthylsalicylique décarboxylase responsable de la conversion de l’acide 6-méthylsalicylique en m-crésol. Pour faire suite au premier objectif, la régulation de la voie de biosynthèse de la patuline a été étudiée. Pour cela, une souche mutante pour le facteur de régulation spécifique à la patuline patL a été généré puis la production de patuline ainsi que l’expression des gènes du cluster analysés. Les résultats de cette étude ont montré que le gène patL joue le rôle d’interrupteur au sein du cluster. L’absence de patL conduit à une extinction totale de l’expression des gènes du cluster et à une abscence de production de patuline par Penicillium expansum. Dans cette même étude, des tests de pathogénicité ont été entrepris sur des pommes de différentes variétés démontrant ainsi que la patuline peut être un facteur de virulence facilitant l’infection de certaines variétés de pommes telles que la Golden Delicious ou la Pink Lady. Enfin, l’influence de la lumière a été évaluée en analysant l’impact de différentes longueurs d’ondes sur la croissance et la production de patuline de Penicillium expansum. Que ce soit in-vitro ou in-vivo, la croissance et la production de patuline sont très affectés par les lumières blanche, bleue et rouge. Favoriser le stockage des pommes sous les lumières blanche, bleue ou rouge plutôt qu’à l’obscurité pourrait devenir un moyen de prévention contre la contamination par Penicillium expansum. En conclusion, cette thèse présente un aspect fondamental avec la caractérisation du cluster de gènes chez Penicillium expansum et la caractérisation de la seconde étape de la voie de biosynthèse de la patuline ; mais aussi un aspect appliqué avec l’utilisation des lumières de différentes couleurs comme méthode de prévention contre Penicillium expansum durant le stockage des pommes. / Penicillium expansum is the common contaminant of apples and the causal agent of blue mold rot. This fungus is the main patulin producer in apple based products. Actually, the patulin biosynthesis is partially elucidates and the gene cluster has been elucidated in Aspergillus clavatus, a telluric fungi unable to grow on apples. The molecular characterization of the patulin biosynthetic pathway is the key step for a better understanding of the mechanisms leading to patulin production and will help to define strategies to reduce its presence in apple products. The first objective of this thesis was the characterization of the patulin gene cluster in Penicillium expansum. The latter includes the same 15 genes as in Aspergillus clavatus but in a different order and orientation. Then, the second step of this biosynthetic pathway has been characterized and the patG gene encode for the 6-methylsalicylic decarboxylase involved in the 6- methylsalicylic acid conversion into m-cresol. The second objective consists of the study of the patulin regulation. For that, a patL mutated strain was generated and the patulin production and the patulin gene cluster expression were assessed. The mutation of this gene results in a down-regulation of the rest of the genes in the cluster associated with a lack of patulin production. Pathogenicity tests on apples revealed that patulin could act as a virulence factor in some apple varieties, like Golden Delicious or Pink Lady. In the last part of this thesis, the influence of different wavelength lights on the growth and the patulin production by Penicillium expansum were assessed in vitro and in vivo. In both cases, growth and patulin production were significantly affected under white, blue and red lights. Consequently, the apple storage under these lights could be a good alternative to the storage in the dark. In conclusion, this thesis presents a fundamental aspect that consist in the characterization of the patulin gene cluster in Penicillium expansum and the characterization of the second step of this pathway. An applied aspect is also provided by the use of the different wavelength lights to prevent the Penicillium expansum contamination during apple storage.

Une suspension de particules concentrées est un milieu biphasique constitué d'une phase continue et d'une phase dispersée, dont les particules peuvent être de taille, de forme, de rigidité, de rugosité et de concentration diverses. Deux objectifs ont guidé notre travail. Le premier a été d'étudier et de comprendre l'influence d'un certain nombre de facteurs de structure sur la rhéologie et la perception sensorielle des suspensions de particules molles. Le deuxième a été de proposer des mesures instrumentales simples et rapides à mettre en oeuvre dans le but de prédire la perception de la texture de ces milieux. La stratégie s'est déroulée en trois étapes principales : décrire un espace de produits réels, constitué de 49 purées de pommes et poires du commerce et dont la structure était imposée, puis maîtriser la variation de différents facteurs de structure (la taille et la concentration des particules, ainsi que la viscosité de la phase continue) grâce à la reconstitution des purées, et enfin créer et d'étudier des milieux modèles, fabriqués à partir de particules de gel d'alginate broyé dans du jus de pommes et permettant de faire varier, en plus des variables précédentes, la rigidité des particules. Les facteurs de structure étudiés possèdent des niveaux d'influence différents sur le comportement rhéologique et la perception sensorielle. Certains facteurs ont un effet de premier ordre et d'autres plutôt de second ordre. Des interactions entre facteurs ont également été mises en évidence. Parmi les effets de premier ordre, on trouve l'influence de la quantité de particules et celle de la viscosité de la phase continue sur les propriétés rhéologiques des suspensions. On trouve également l'influence de la nature des particules, et plus particulièrement celle de leur rigidité, sur les propriétés viscoélastiques. D'autre part, la taille des particules influence la perception du granuleux, le pourcentage de cellules pierreuses influence la perception du pierreux, la quantité de particules, la viscosité du sérum ainsi que la fermeté des particules influencent la perception de la consistance et de l'humidité. En termes de prédictions, ces effets de premier ordre sont déterminants. Une mesure de viscosité apparente à 64 s-¹ permet ainsi de prédire la perception de la consistance, une mesure de taille de particules la perception du granuleux, une mesure de quantité de cellules pierreuses la perception du pierreux et une mesure de viscosité et de module élastique le caractère humide.

Les purées de fruits sont considérées ici comme des dispersions concentrées de particules végétales déformables et insolubles dans une phase continue aqueuse ou sérum riche en sucre et contenant des pectines solubles. La phase dispersée est constituée de cellules ou d'amas de cellules de parenchyme dont les parois insolubles ne représentent qu'une très faible masse (un peu plus de 1 % p/p) dispersées dans un sérum dont elle sont remplies. La constitution et les propriétés rhéologiques des purées vont dépendre de plusieurs facteurs internes tels que la variété de fruit et l'état de maturité et de facteurs externes tels que les paramètres liées au procédé de transformation (traitement mécanique et thermique). Par ailleurs, la texture est l'un des principaux attributs de qualité des purées et constitue à ce titre une source potentielle importante dans le développement de produits nouveaux. L'objectif général de ce travail a été de mieux comprendre les relations entre les propriétés rhéologiques, structurales et sensorielles des purées de pomme dans la perspective d'identifier des leviers d'action pour le pilotage " à façon " de la texture des produits. La stratégie de recherche a consisté à réaliser l'ensemble de l'étude à partir d'une même lot d'une purée issue d'une seule variété de pomme : Golden Delicious et à identifier les axes majeurs permettant de créer des structures et textures variées. Les trois paramètres structuraux qui ont été modifiés sont : la concentration en parois cellulaires (liée à la quantité de particules de pulpe), la taille des particules et la viscosité de la phase continue. Une technique de séparation - reconstitution couplée à un traitement de broyage ainsi que l'augmentation de la viscosité du sérum ont permis d'obtenir une large gamme de textures et de structures. La construction de deux plans expérimentaux a permis de maîtriser la préparation des produits pour l'étude des relations entre la structure, la rhéologie et la texture des purées. La caractérisation physique et sensorielle a mis en évidence l'importance des paramètres structuraux sur le comportement rhéologique et la perception de la texture des purées. Ainsi la concentration en particules a un effet de premier ordre, suivi par la granulométrie et la viscosité du sérum. L'augmentation de la teneur en particules se traduit directement au niveau de l'état d'encombrement du milieu qui dépend de leur taille. Un traitement mécanique entraîne la séparation des amas des cellules de parenchyme en cellules individualisées, ce changement de structure implique des modifications marquées de propriétés. La caractérisation rhéologique et structurale a permis d'établir des modèles rhéologiques et de mieux comprendre le comportement, l'état et le rôle des particules (molles et déformables) sur la structuration du milieu ainsi que le volume occupé par celles-ci. Cette approche a été complétée et validée par l'observation des dispersions par différentes techniques microscopiques. Les différents régimes de concentration, du régime dilué à l'état d'encombrement et de compaction du régime concentrée des purées ont pu être mis en évidence. Les deux axes principaux qui suffisent à décrire la texture sensorielle d'une purée sont la " consistance " et la " granulosité ". La viscosité de la phase continue a un impact sur la perception de la " granulosité " comme sur la cohésion du réseau particulaire. Les résultats montrent que la texture des dispersions végétales peut être " pilotée " à partir de la maîtrise de quelques grandeurs clés : la concentration en parois cellulaires (pulpe) et la granulométrie des particules complété par la viscosité de la phase continue. De grandes possibilités d'innovation sont ouvertes en jouant sur ces leviers notamment à partir des possibilités offertes au niveau des paramètres du procédé de fabrication.

Ce travail de thèse aborde les préférences de consommateurs de pommes qui n'ont été étudié jusqu'à présent que de manière partielle notamment sur des échantillons (variétés) non représentatifs de toute la diversité sensorielle et sans prise en compte de toute la complexité aromatiques de ces produits. La première partie de cette thèse consiste à la description de la quasi-totalité de l'" espace pomme " et à la sélection d'un ensemble de produits représentatif de la diversité sensorielle du produit. La seconde partie a pour but d'étudier de manière fine les préférences des consommateurs de pommes sur cet espace représentatif. Les préférences de l'ensemble des segments de consommateurs sont globalement expliquées par le caractère sucré et l'intensité globale aromatique. Les segments se distinguent néanmoins par l'appréciation de différentes textures et notes aromatiques. La troisième partie consiste en un travail méthodologique sur l'impact des caractéristiques sensorielles des produits présentés sur les résultats d'une étude de préférence à savoir la segmentation des consommateurs et les déterminants sensoriels des préférences. Le choix des produits dans une étude de préférence est essentiel mais n'a encore jamais été étudié spécifiquement. Les partitions issues des trois ensembles de produits testés ne concordent pas complètement. Différents modèles de préférences sont mis en avant suivant l'ensemble de produits considéré à l'exception d'un modèle de préférence commun expliqué par l'intensité globale aromatique et le sucré. Mieux comprendre les phénomènes de perception et leurs interactions sont des clefs pour améliorer les préférences des consommateurs. L'étude de certaines interactions sensorielles est l'objet de la dernière partie de ce travail. La couleur est un critère important lors de la consommation d'un aliment et notamment de la pomme. Ainsi, l'influence de la couleur sur les préférences des consommateurs, d'une part et sur les perceptions d'un panel entrainé, d'autre part, a été étudiée. La couleur modifie la réponse sensorielle dans certains cas soulignant l'existence d'interactions cognitives entre perception visuelle et perception en bouche. Un autre volet de l'étude des interactions entre systèmes sensoriels est également exploré. Il porte sur l'étude de l'influence d'une odeur sur les perceptions de l'arôme, la saveur et la texture. Cette odeur avait la particularité d'être représentative d'un arôme perçu en bouche. L'étude de ces interactions est appréhendée par l'utilisation d'un système innovant appelé " Mouth to Nose Merging System " qui utilise simultanément un simulateur de mastication et un panel entrainé en analyse sensorielle. Ce système offre l'avantage d'utiliser des produits naturels complexes pour étudier les interactions sensorielles. Ce système a permis d'identifier des interactions cognitives entre les perceptions d'odeur et de texture.

Metric collection process and Project Management activities cannot be performed in an integrated fashion on most of the software projects. In software engineering world, there are Project Management Tools that has embedded project metrics and there are various Metric Collection Tools that collect specific metrics for satisfying requirements of different software life cycle phase activities (Configuration Management, Requirements Management, Application Development tools etc.). These tools however are not communicating with each other with any interface or any common database. This thesis focuses on the development of a tool to define, export, collect and use metrics for software project planning, tracking and oversight processes. To satisfy these objectives, POMMES with functionalities of Generic Metric Definition, Collection, Analysis, and Import, Update and Export of Project Metrics from 3rd Party Project Management Tools is developed and implemented in a software organization during this thesis work.