Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-17T13:11:21Z No. of bitstreams: 1 Indira del Carmen Molo Alvarado.pdf: 1069235 bytes, checksum: 54d92e63acb53f101863e46dc0721313 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-17T13:11:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Indira del Carmen Molo Alvarado.pdf: 1069235 bytes, checksum: 54d92e63acb53f101863e46dc0721313 (MD5) Previous issue date: 2006-07-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Yield of Chinese cabbage (Brassica pekinnensis) may be limited by the occurrence of soft rot caused by pectinolytic bacteria. In this study 39 isolates of bacteria causing soft rot in Chinese cabbage obtained from planting areas of Camocim de São Félix, in Pernambuco State, were identified and characterized as Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Pcc) based upon biochemical tests confirmed by PCR. The variability of these isolates was evaluated through disease epidemiological components, sensitivity to antibiotics and molecular markers. The isolates were distributed in similarity groups considering 50% of the total linkage distance by the UPGMA method. Based on epidemiological components incubation period (PI), initial severity (SEVI), final severity (SEVF) and area under the disease curve progress the 39 isolates were distributed in six similarity groups. Among the epidemiological components significant Piersoncorrelation (P≤0.05) was only found for PI and SEVI (r = -0.57). Based on sensitivity to 12 antibiotics, the Pcc were distributed in 14 groups. There were significant correlations between sensitivity to gentamicin and PI (r = -0.41), as well as between sensitivity to clindamicin and SEVF (r = -0.45). The molecular markers REP, ERIC and BOX used in Rep-PCR revealed high genetic variability among the 39 isolates since 32 similarity groups were formed. No significant correlations were found among the linkage distances registered by molecular markers and the disease epidemiological components. In a second study it was evaluated soil influence on Pcc rifampicin resistant mutant (Pcc127Rif). The extinction rate of population was calculated (TEP) and ranged from 0.0547 to 0.6327 log (CFU)/d. Six soils showed suppressiveness to Pcc127Rif while five presented conducivity. The soil groupsbased on the TEP of Pcc127Rif did not correlate with municipalities, types of vegetation cover at the sampling time or soil textural classes. Considering all soils there were no significant correlations (P≤0,05) among TEP of Pcc127Rif and chemical, physical and microbiological characteristics of soils. Considering the six more suppressive soils the TEP of Pcc127Rif significantly correlated with soil apparent density (r = 0.76), total bacterium population (r = 0.82) and Bacillus spp. (r = 0.80). The Bacillus spp. population correlated with apparent density, but not with total bacterium population. Considering the five more conducive soils there was correlation between TEP of Pcc127Rif and Bacillus spp. population (r = -0.86). The high variability among Pcc isolates points out to the necessity of great attention in studies covering identification, detection, epidemiology and control of soft rot in Pernambuco. The elevated correlation between suppressiveness of some soils to P. carotovorum subsp. carotovorum and total bacteria and Bacillus spp. populations is relevant to effective implementation of soft rot management strategies / A produção de couve-chinesa (Brassica pekinensis) pode ser limitada pela ocorrência da podridão-mole causada por bactérias pectinolíticas. No presente estudo, 39 isolados de bactérias causadoras de podridão-mole em couve-chinesa, oriundos de áreas de plantio de Camocim de São Félix, em Pernambuco, foram identificados e caracterizados como Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Pcc) por testes bioquímicos confirmados por PCR. A variabilidade desses isolados foi avaliada com base em componentes epidemiológicos da doença, sensibilidade a antibióticos e marcadores moleculares. Os isolados foram distribuídos em grupos de similaridade, considerando-se 50% da distância total de ligação pelo método UPGMA. Com base nos componentes epidemiológicos período de incubação (PI), severidade inicial (SEVI), severidade final (SEVF) eárea abaixo da curva de progresso da doença, os 39 isolados foram distribuídos em seis grupos de similaridade. Entre os componentes epidemiológicos, foi constatada correlação significativa (P≤0,05) somente de PI com SEVI (r = -0,57). Baseado na sensibilidade aos 12 antibióticos, os isolados de Pcc foram distribuídos em 14 grupos. Foram constatadas correlações significativas entre sensibilidade a gentamicina e PI (r = -0,41), bem como entre sensibilidade a clindamicina e SEVF (r = -0,45). A utilização dos marcadores moleculares REP, ERIC e BOX no Rep-PCR revelou grande variabilidade genética entre os 39 isolados, pois foram formados 32 grupos de similaridade. Não foram constatadas correlações significativas entre as distâncias de ligação registradas pelos marcadoresmoleculares e os componentes epidemiológicos da doença. Em outro estudo foi avaliada a influência dos solos na população de Pcc, utilizando-se mutanteresistente a rifampicina (Pcc127Rif). A taxa de extinção relativa da população (TEP) variou de 0,0547 a 0,6327 log (UFC)/dia. Seis solos mostraram-se supressivos a Pcc127Rif enquanto cinco evidenciaram conducividade. Os grupos de solos baseados na TEP de Pcc127Rif não apresentaram relação com os municípios de coleta, tipos de coberturas do solo na época da coleta ou classes texturais dos solos. Considerando-se todos os solos, não foram constatadas correlações significativas (P≤0,05) entre a TEP de Pcc127Rif e as características químicas, físicas e microbiológicas dos solos. Nos seis solos mais supressivos, a TEP de Pcc127Rif se correlacionou significativamente com a densidade aparente do solo (r = 0,76), populações de bactérias totais (r = 0,82) e Bacillus spp. (r = 0,80). A população de Bacillus spp. se correlacionou com a densidade aparente, mas não com a população de bactérias totais. Nos cinco solos mais conducivos houve correlação entre a TEP de Pcc127Rif e a população de Bacillus spp. (r = -0,86). A elevada variabilidadeverificada entre os isolados de Pcc aponta para a necessidade de maior atenção em estudos de identificação, detecção, epidemiologia e controle da podridão-mole em Pernambuco. A alta correlação observada entre a supressividade de alguns solos a Pcc e as populações de bactérias totais e Bacillus spp. é relevante para implementação efetiva de estratégias de manejo da doença.

Les bactéries Pectobacterium sont classées parmi les agents pathogènes les plus importants économiquement pour la culture de la pomme de terre. Au cours des dernières années, une augmentation des maladies dues à ces bactéries a pu être observée. Le but de ce travail de thèse était d'analyser certains aspects de la diversité liés aux Pectobacterium sp à savoir : (i) la diversité génétique liée aux régulateurs du pouvoir pathogène de la bactérie (ii) la diversité de virulence et d'agressivité des souches de Pectobacterium vis-à-vis de leurs hôtes et (iii). Le rôle et la diversité des effets induits par le lipopolysaccharides (LPS), composants de la surface bactérienne de bactéries phytopathogène ou non phytopathogène. Ce travail de thèse souligne également le rôle potentiel que pourrait jouer ces molécules LPS dans le biocontrôledes Pectobacterium sp. Différentes expérimentations cellulaires et moléculaires allant de l'identification de la bactérie à la compréhension des voies de signalisation ont été utilisées. Les résultats obtenus nous ont permis de montré, en premier lieu que, le séquençage du gène pmrA, gène connu pour être impliqué dans la régulation du pouvoir pathogène desPectobacterium, est un outil moléculaire complémentaire d'identification de sous espèces de Pcc et pourrait être aussi un moyen efficace d'évaluation de la diversité génétique intraspécifique. Dans un second temps, nous avons montré que les cultures cellulaires d'Arabidopsis thaliana pourraient être un modèle végétal d'évaluation de l'agressivité des Pectobacterium. Ceci a été obtenu par quantification des cinétiques de trois paramètres associés à la pathogénie de ces bactéries à savoir : l'activité des pectate-lyases, déterminant majeur du pouvoir pathogène des Pcc, la fuite des électrolytes, considérée comme un marqueur précoce de la mort cellulaire, et la mort cellulaire des cultures elle-même. Enfin nous avons également montré que les effets induits par les LPS chez les cellules d'Arabidopsis thaliana sont dépendant du type bactérien. En effet Les résultats obtenus nous ont permis de mettre en évidence trois types de réponses différentes aux LPS en fonction de leur origine: les réponses identiques (régulation des flux d'ions), des réponses communes mais présentant des intensités et de cinétiques différentes (production de ROS, induction de gènes de défense) et des réponses spécifiques (induction d'une PCD, alcalinisation du milieu). Ces résultats indiquent que différentes voies de signalisation pourraient être activées chez Arabidopsis thaliana. Ils nous ont permis également de mieux comprendre l'implication des LPS dans le biocontrôle contre les Pectobacterium sp.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-24T11:51:36Z No. of bitstreams: 1 Marcelo Rodrigues Figueira de Mello.pdf: 590787 bytes, checksum: 0b21179fd04d627436888523d18d7338 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T11:51:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelo Rodrigues Figueira de Mello.pdf: 590787 bytes, checksum: 0b21179fd04d627436888523d18d7338 (MD5) Previous issue date: 2009-02-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The production of Chinese cabbage (Brassica pekinensis) may be limited by occurrence of diseases, among which the soft rot caused by Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Pcc). The effect of inducers and antibiotics on the disease control was studied in laboratory, greenhouse and field. In the first paper acibenzolar-S-metil (ASM) (0.025 g L-1), Ecolife® (2 mL L-1), Agro-Mos® (2 mL L-1) and calcium oxide (0.22 g L-1) were evaluated for in vitro bacterial growth inhibition; epidemiological components, incidence (INC), incubation period (PI), disease final severity (SEVF), diasease index (IDO) and area under disease curve progress (AUPDC); enzymatic activity of peroxidase and polyphenoloxidase and physiological cost of induction. Under greenhouse and field conditions inducers were sprayed seven days after transplant, and seven days after induction strain Pcc120 was inoculated by pricking, except for enzymatic activity and physiological cost experiments. In vitro Pcc120 was not inhibited by any tested product. The INC was not reduced in any experiment. In greenhouse SEVF was reduced by 47.5% by Agro-Mos® and ASM which also reduced IDO by 35.1 and 45.3% respectively and AUDCP. Induced resistance was confirmed by negative antibiosisagainst pathogen and increase of peroxidase and polyphenoloxidase activities in treated plants. In field only ASM confirmed greenhouse results by reducing disease intensity. There was no physiological cost for plants sprayed with ASM or Agro-Mos®. In the second paper it was evaluated the in vitro sensibility of Pcc to bactericides, and the effect of Mycoshield® (oxitetracycline 20%) at 3.0 and 1.5 g L-1, and yeasts (Rh1 and Rh2 - Rhodotorula spp. and Sc1 - Saccharomyces cerevisae at 108 cel mL-1) to control the disease in greenhouse and field. Plants were sprayed with Mycoshield® and yeasts seven days after transplant and inoculated seven days and 12 h after treatment, respectively. In all experiments INC, PI, SEVF, IDO and AUDPC were evaluated. In vitro 40 Pcc isolates were resistant to copper sulfate and sensitive to oxitetracycline, streptomycin, oxitetracycline+ streptomycin and oxitetracycline + copper sulfate all at 0.2 g L-1. Six Pcc isolates were significantly more inhibited by MycoshieldÒ than by Agri-Micina® (oxitetracycline 1.5% + streptomycin 15%), but there was no inhibition by Kasumin® (kasugamicin 2%). In greenhouse MycoshieldÒ at 3.0 g L-1 reduced SEVF and IDO until 47.4 and 19.0%. The yeast Sc1 reduced SEVF and AUDCP till 27.6 and 39.3% respectively, while Rh1 reduced AUDCP until 33.5%. In field MycoshieldÒ reduced IDO, SEVF and AUDCP by 14.4; 15.5 and 28.9% respectively; while Rh1 reduced IDO by 8.8% and Sc1diminished the AUDCP by 15.7%. The reduction of disease intensity and low physiological cost of induction indicate the potentiality of ASM in an integrate management program of Chinese cabbage soft rot. On the other hand MycoshieldÒ and yeasts showed low efficiency for controlling disease in field. / A produção de couve-chinesa (Brassica pekinensis) pode ser limitada pela ocorrência de doenças, dentre as quais se destaca a podridão-mole causada por Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Pcc). O efeito de indutores e antibióticos no controle desta doença foi estudado em laboratório, casa de vegetação e campo. No primeiro trabalho, foram testados acibenzolar-S-metil (ASM) (0,025 g/L), Ecolife® (2 mL/L), Agro-Mos® (2 mL/L) e óxido de cálcio (0,22 g/L). Foram avaliados, a inibição do crescimento bacteriano “in vitro”; os componentes epidemiológicos, incidência (INC), período de incubação (PI), severidade final da doença (SEVF), índice de doença (IDO) e área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD); a atividade das enzimas peroxidase e polifenoloxidase e o custo fisiológico da indução. Em casa de vegetação e campo os indutores foram pulverizados sete dias após o transplante e sete dias após a indução, o isolado Pcc120 foi inoculado por picada, exceto nos experimentos de atividade enzimática e custo fisiológico. Pcc120 não foi inibido “in vitro” por nenhum dos produtos testados. Não houve redução da INC em nenhum dos experimentos. Em casa de vegetação, a SEVF da doença foi reduzida em 47,5% pelos tratamentos Agro-Mos® e ASM, os quais também, respectivamente, reduziram o IDO em 35,1% e 45,3% e propiciaram as menores AACPD. A resistência induzida foi evidenciada pela ausência de antibiose dos dois produtos contra Pcc e pelo aumento das atividades da peroxidase e polifenoloxidase. Em campo, apenas o ASM confirmou os resultados de casa de vegetação reduzindo a intensidade da doença. Não houve custo fisiológico para as plantas com aplicação do ASM ou Agro-Mos®. No segundo trabalho avaliou-se a sensibilidade “in vitro” de Pcc a bactericidas, o efeito de Mycoshield® (oxitetraciclina 20%) nas dosagens de 3,0 e 1,5 g/L, e das leveduras (Rh1 e Rh2 - Rhodotorula spp. e Sc1 - Saccharomyces cerevisae a 108 cel/mL) no controle da doença em casa de vegetação e em campo. As plantas foram pulverizadas com Mycoshield® e leveduras sete dias após o transplante, e inoculadas sete dias e 12 h após o tratamento, respectivamente. Foram avaliados INC, PI, SEVF,IDO e AACPD. In vitro, 40 isolados de Pcc testados apresentaram resistência ao sulfato de cobre e sensibilidade a oxitetraciclina, estreptomicina, oxitetraciclina+estreptomicina e oxitetraciclina+sulfato de cobre, todos na concentração de 0,2 g/L. Seis isolados de Pcc foram significativamente mais inibidos por MycoshieldÒ do que por Agri-Micina® (oxitetraciclina 1,5% + estreptomicina 15%), não sendo inibidos por Kasumin® (casugamicina 2%). Em casa de vegetação, o MycoshieldÒ na dosagem 3,0 g/L reduziu a SEVF e o IDO em até 47,4 e 19%; já a levedura Sc1 reduziu a SEVF e a AACPD em até 27,6 e 39,3%, respectivamente, enquanto Rh1 reduziu a AACPD em até 33,5. Em campo, o MycoshieldÒ reduziu o IDO, a SEVF e a AACPD em respectivamente 14,4; 15,5 e 28,9%; enquanto que Rh1 reduziu o IDO em 8,8% e Sc1 reduziu a AACPD em 15,7%. A redução da intensidade da doença e o baixo custo fisiológico da indução indicam a potencialidade do uso do ASM em um programa de manejo integrado da podridão-mole em couve-chinesa. No entanto,o MycoshieldÒ e as leveduras apresentaram baixa eficiência para o controle da doença em campo.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The pepper (Capsicum annuum L.) has commercial importance, by having sources of vitamins, minerals and fiber. However, a post-harvest problem, excessive softening which reduces the life and favors action pathogens such as Pectobacterium caratovorum subsp. caratovorum- Pcc, causal agent of soft rot, a major disease of post-harvest chili that is favored by the reduction of firmness. One technique that has recently been used for firmly maintaining the application is pectin methyl esterase (PME) with the addition of a calcium solution prologando thus reducing its lifetime and pathogen attack. The objective of this study was to use methyl pectin esterase (PME) exogenous associated with calcium chloride in maintaining firmness and control of Pectobacterium caratovorum subsp. caratovorum about pepper. The first experiment was conducted in a completely randomized design in a 4x5 factorial scheme with three replications for 12 days, evaluated every three days. In the second experiment, the test was conducted in a completely randomized design in a factorial 5x5 with three replications. In the first study the fruits of pepper were subjected to vacuum infusion method with pressure of 200 mmHg for 5 minutes, and following evaluated the loss of weight (PMF), fruit firmness (FF), skin color ( CC), soluble solids (SS), pH, total acidity (TA) and activity of SMEs. In the second test the fruits of pepper were subjected to vacuum infusion method with pressure of 200 mmHg for five minutes, then the fruits were inoculated with the PCC then held the fruit firmness analysis (FF), SME activity and the severity of the disease in chili (SD). The fruits obtained in general a reduction of over time firmly in all treatments but was found significant effect in maintaining the fruit firmness when treated in vacuum infusion with calcium chloride, without altering the physicochemical characteristics, as soluble solids content, total acidity and activity of SMEs, slowing the fruit ripening process. The fruits when treated with vacuum infusion with calcium chloride associated with pectin methyl esterase was not favorable because it altered the physicochemical properties chili, highlighting the decline of firmness, thus deteriorating the quality of the fruit. Regarding inoculation Pcc in the fruit was observed inhibition of growth of this pathogen, prolongation of fruit and better firmness treated fruits infusion over calcium inoculation Pcc chloride. / O pimentão (Capsicum annuum L.) tem grande importância comercial, por possuir fontes de vitaminas, minerais e fibras. Contudo, possui problema pós-colheita, o amolecimento excessivo que reduz a vida útil e favorece ação de patógenos como a Pectobacterium caratovorum subsp. caratovorum- Pcc, agente causal da podridão-mole, uma das principais doenças da pós-colheita do pimentão que é favorecida pela redução da firmeza. Uma técnica que vem sendo utilizada recentemente para a manutenção da firmeza é aplicação da pectina metil esterase (PME) com a adição de solução de cálcio prologando, assim, a sua vida útil e diminuindo o ataque do patógeno. Assim, o objetivo do trabalho foi utilizar a pectina metil esterase (PME) exógena associada ao cloreto de cálcio na manutenção da firmeza e no controle da Pectobacterium caratovorum subsp. caratovorum sobre o pimentão. O primeiro experimento foi realizado em delineamento inteiramente casualizado em esquema fatorial 4x5 com três repetições, durante 12 dias, avaliados a cada 3 dias. No segundo experimento, o ensaio foi realizado em delineamento inteiramente casualizado no esquema fatorial 5x5 com três repetições. No primeiro trabalho os frutos de pimentão foram submetidos ao método de infusão a vácuo com pressão de 200 mmHg por 5 minutos, e por seguinte avaliou-se a perda de massa fresca (PMF), firmeza do fruto (FF), cor da casca (CC), teor de sólidos solúveis (SS), pH, acidez total, (AT) e atividade de PME. No segundo ensaio os frutos de pimentão foram submetidos ao método de infusão a vácuo com pressão de 200 mmHg por cinco minutos, posteriormente os frutos foram inoculados com a Pcc em seguida realizou-se as análises de firmeza do fruto (FF), atividade de PME e a severidade da doença no pimentão (SD). Os frutos obtiveram de forma geral uma redução da firmeza ao longo do tempo em todos os tratamentos, porém foi verificado o efeito significativo na manutenção da firmeza dos frutos quando tratados em infusão a vácuo com cloreto de cálcio, não alterando as características físico-químicas, como o teor de sólidos solúveis, acidez total e atividade de PME, retardando o processo de amadurecimento do fruto. Os frutos quando tratados com infusão a vácuo com cloreto de cálcio associado à pectina metil esterase não foi favorável, pois alterou as propriedades físico-químicas do pimentão, com destaque para o declínio da firmeza, deteriorando assim a qualidade do fruto. Em relação à inoculação da Pcc no fruto, observou-se uma inibição do crescimento desse patógeno, prolongamento do fruto e uma melhor firmeza nos frutos tratados com infusão de cloreto de cálcio mais a inoculação da Pcc.