Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:47Z : No. of bitstreams: 1 000864281.pdf: 2841286 bytes, checksum: e1b59c63f77c2d49bd85b14c3d63dde2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, foram analisadas dezoito espécies de peixes do gênero Characidium, C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, DNA telomérico (TTAGGG)n e 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10), e pintura cromossômica através da microdissecção e amplificação do cromossomo sexual W de C. gomesi (sonda chamada de CgW). Além disso, foi realizado o sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição pela enzima SbfI (RAD-tags) através do sistema Illumina Genome Analyzer em machos e fêmeas de C. gomesi. Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em Characidium sp. aff. C. vidali e um par cromossômico acrocêntrico exclusivo detectado em C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ/ZW de cromossomos sexuais em distintos estágios de diferenciação em todas as espécies, com exceção de Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. A análise da heterocromatina constitutiva por bandamento C revelou a presença de heterocromatina nos cromossomos sexuais, principalmente no cromossomo W e em blocos intersticiais e/ou teloméricos nos braços longos do cromossomo Z e nos cromossomos Bs de Characidium sp. aff. C. vidali. Sequências de DNAr 5S foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies,... / In the present study, eighteen species from the genus Characidium collected at different river basins were analyzed, including C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, telomeric, microsatellite motifs and U2 snDNA probes, whole chromosome painting using W-specific probe obtained from C. gomesi-CgW). Besides that, DNA sequencing of restriction-associated DNA (RAD) was carried out in males and females of C. gomesi. All species showed diploid chromosome numbers of 2n=50, with karyotypes mainly composed of meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supernumerary chromosomes in Characidium sp. aff. C. vidali and one acrocentric pair in C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Also, almost all the analyzed species showed a ZZ/ZW sex chromosome system in distinct evolutionary stages, except Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. The constitutive heterochromatin was located differentially on the W chromosomes and in interstitial and telomeric position on the Z chromosomes, as well as in the B chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali. 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with variations on the number of clusters per genome and position in the karyotype, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. Conversely, the U2 snDNA distribution was conserved in a single homologous chromosome pair in all species, except in Characidium sp. aff. C. vidali and Characidium sp2. Telomeric probes revealed species with several interstitial... / FAPESP: 10/19971-8

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:13:45Z : No. of bitstreams: 1 000866048.pdf: 1772468 bytes, checksum: a3e7a4ffd79b2967e014506e0bde4ccb (MD5) / Comisión Nacional de Investigación Ciencia y Técnologia (CONICYT) / No presente trabalho, foram analisadas seis espécies/citótipos de peixes do gênero Eigenmannia, sendo E. microstoma, E. limbata, E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1 e Eigenmannia sp2, de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas envolvendo a coloração com Giemsa e bandamento C e também técnicas de citogenética molecular, com a aplicação de hibridação in situ fluorescente (FISH) envolvendo o uso de sondas de DNAr 18S e 5S, DNA histônico H3/H4 e de RNAsn U2. Também foi estudado o comportamento meiótico e o nível de diferenciação do sistema múltiplo de cromossomos sexuais de Eigenmannia sp2 por imunodetecção de proteínas do complexo sinaptonêmico (SYCP3), proteínas relacionadas com a atividade da cromatina (H3K9me) e marcadores do tipo proteína γH2AX envolvida no reparo das quebras do DNA e associadas ao nível de pareamento dos bivalentes nos cromossomos meióticos. Finalmente, os dados da caracterização citogenética foram comparados com análises de DNA barcode para permitir uma melhor delimitação das espécies/citótipos analisados neste estudo. Os representantes analisados deste grupo confirmara a apresentação de expressiva variação no número diplóide, tendo sido observados deste cariótipos compostos por 28 cromossomos em Eigenmannia sp1 até o número diplóide de 38 cromossomos em E. microstoma, E. limbata e E. virescens. Em E. aff trilineata foi descrita pela primeira vez a ocorrência de um polimorfismo cromossômico do tipo ZZ/Z0 associado ao sexo, em que os machos apresentam cariótipos compostos por 32 cromossomos enquanto as fêmeas possuem cariótipos constituídos por 31 cromossomos. Sequências de DNAr 5S e RNAsn U2 foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies, enquanto o DNAr 18S apresentou-se conservado em relação ao número de cromossomos portadores, porém variando na... / In the present study, six species/cytotypes from de genus Eigenmannia collected at different Brazilian hydrographic basins were analyzed, including E. microstoma, E. limbata and E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1, and Eigenmannia sp2 using classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3/H4 histone genes and U2 snDNA probes). Besides that, it was studied the meiotic behavior and the differentiation level of multiple sex chromosome system in Eigenmannia sp2 by immunodetection for synaptonemal complex proteins (SYCP3), proteins related to chromatin activity (H3K9me) and associated markers with the bivalent level pairing of the meiotic chromosomes (γH2AX). Finally, the cytogenetics results were analyzed in conjunction with the barcode DNA analysis for a better delineation of species/cytotypes studied. The analyzed species/cytotypes showed diploid number variation, with diploid numbers ranging from 28 chromosomes in Eigenmannia sp1 to 38 chromosomes in E. microstoma, E. limbata and E. virescens. In E. aff trilineata, for the first time, showed a ZZ/Z0 sex chromosome system, where males have karyotypes with 32 chromosomes to 31 chromosomes to females. 5S rDNA and U2 snDNA were located on different chromosomes, with variations on the number of clusters in the different species, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. The meiotic analysis in the sex chromosomes of Eigenmannia sp2 showed a completely synaptic sexual trivalent X1X2Y formation without unsynaptics presence and inactive chromatin regions throughout its structure. These results suggest that this sex chromosomes system would be a recent rearrangement or simply it is a sex-linked character in this population. All the six species/cytotypes of Eigenmannia analyzed were easily ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:07Z : No. of bitstreams: 1 000869177.pdf: 1065595 bytes, checksum: 37bc4618eb2db5eb22e11d17faf92e0d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Atualmente, a função das depressões que machos de muitas espécies de ciclídeos escavam no substrato é para atração de fêmeas para a reprodução. Assim, tais depressões têm sido consideradas um fenótipo estendido dos machos, ou seja, representam um caracter a mais, pelo qual a fêmea pode escolher o melhor macho. Assim, é esperado que somente os machos escavem e, sobretudo, em contextos reprodutivos. No entanto, em nosso estudo 1 vimos que tanto machos quanto fêmeas sexualmente imaturos já escavam essas depressões e que esse comportamento surge também na ausência da interação com coespecíficos e num período restrito da ontogenia. Isso ocorreu tanto para a domesticada tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) quanto para o selvagem cará (Geophagus brasiliensis). Isso sugere que o comportamento de escavar tenha uma forte determinação genética e outra função biológica relevante além da reprodução. No estudo 2, investigamos na tilápía-do-Nilo se essa outra função poderia ser a busca por alimento, uma vez que os padrões motores na escavação e no forrageamento do substrato são semelhantes. Contudo, vimos que a resposta de peixes com fome não satisfez as predições dessa hipótese. A fome do peixe não influenciou a frequência com que machos e fêmeas escavaram e nem o tamanho de suas escavações. Finalmente, no estudo 3 mostramos que as escavações de machos e fêmeas servem como refúgio, pois suas características permitem que os peixes se escondam dentro delas, a presença de uma toca no aquário reduz drasticamente a frequência de escavação, as escavações são posicionadas mais distantes de áreas abertas (perigo) e os peixes ficam dentro das escavações durante período de inatividade noturna. Isso indica que as escavações podem ter função de abrigo para evitar perigos potenciais

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:38Z : No. of bitstreams: 1 000224730.pdf: 549508 bytes, checksum: 7a91f508f5a084483c62c5a08f3ec1bd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este trabalho apresenta os problemas relacionados à implantação de um programa de melhoramento genético das tilápias-do-Nilo (Oreochromis niloticus) a partir de linhagens importadas para o Brasil, e uma contribuição no sentido de superá-los. Uma revisão de literatura é apresentada, onde são discutidos aspectos genéticos da formação dos estoques nacionais e as dificuldades que este processos geram para o melhoramento genético, as possibilidades oferecidas pela genética molecular para superá-las, os princípios de funcionamento da seleção assistida por marcadores moleculares (MAS) de DNA e do uso dos marcadores RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), para subsidiar uma recomendação de procedimentos gerais para a formação de banco genético da espécie e condução de programas de MAS com a espécie . Os dois capítulos seguintes apresentam contribuições para este objetivo, na forma de artigo científico. A primeira delas tem objetivo de investigar o potencial genético de quatro linhagens comerciais provenientes de diferentes estoques cultivados no país, para fins de formação de plantel híbrido intraespecífico a ser utilizado em programa de melhoramento genético. O objetivo da segunda é investigar a viabilidade técnica da utilização de dois índices de forma do corpo, como fenótipos correlacionados ao rendimento de filé para programa de melhoramento genético / This work presents the main problems related to the implantation of a genetic improvement program of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) based on imported strains to Brazil and a contribution in order to overcome them. An overview is provided on the formation of national lineages, the difficulties brought by this process to genetic improvement, the possibilities offered by molecular genetic to overcome them, the DNA markers assisted selection (MAS), and the use of RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers in this process. A series of recommendation of general procedures for the formation of genetic bank and conduction of the MAS program for such species. The two following chapters present contributions of these objectives in a scientific paper form. The first one intends to investigate the genetic potential of four commercial strains proceeding from different stocks in Brazil in order to form an intra-specific hybrid plantel used in a genetic improvement program. The second one investigates the technical viability in the application of two body form indexes as correlated phenotypes to the fillet and carcass yield in a genetic improvement program

Orientador: Fábio Porto Foresti / Coorientador: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Rosicleire Veríssimo Silveira / Resumo: Espécies invasoras são altamente eficientes na competição por recursos, tem alta capacidade reprodutiva e de dispersão, o gênero Cichla é exemplo dessas características. Os espécimes desse gênero são amplamente utilizados no controle de espécies exóticas com alta prolificidade, além de sua indiscutível importância na alimentação humana e na pesca esportiva. No presente trabalho foi estudada a diferenciação cromossômica e genética entre as espécies Cichla kelberi e Cichla piquiti e seus prováveis híbridos naturais. Foram utilizadas técnicas citogenéticas e moleculares de PCR multiplex e PCR-­‐RFLP com genes nucleares e mitocondriais e, posteriormente, tais marcadores foram aplicados em exemplares coletados em reservatórios dos rios Paraná e Tietê, SP. As técnicas citogenéticas foram realizadas para exemplares coletados no rio Tietê, município de Uru, enquanto que para o estabelecimento e aplicação dos marcadores moleculares foram utilizadas amostras de ambas localidades, rio Paraná (Uru) e rio Tietê (Rubineia, Pauliceia e Ilha Solteira). Os resultados citogenéticos indicam uma conservação cariotípica entre as espécies Cichla kelberi e Cichla piquiti, tais espécies apresentam numero diploide de 2n=48 cromossomos do tipo acrocêntrico, região organizadora de nucléolo localizado no par 2 e heterocromática constitutiva em regiões centroméricas. Além disso, os genes ribossomais estão localizados nos mesmos pares cromossômicos para ambas as espécies, sendo o 5S DNAr localizado no terceiro par cromossômico, em posição intersticial, e 18S DNAr corroborando com as marcações da NOR. Já nas análises moleculares, foram estabelecidas diferenças genômicas entre as espécies C. kelberi e C. piquiti, que permitiram o estabelecimento de marcadores de eficiente aplicabilidade para diferenciação das duas espécie, fato confirmado pela aplicação dos mesmos em exemplares de quatro localidades do ... / Abstract: Some invasive species are highly efficient in resource competition, have high reproductive capacity and dispersal, the genus Cichla exemplifies these characteristics. The specimens of this genus are widely used to control exotic species with high prolificacy, beyond its undeniable importance in food and sport fishing. In the present study, the chromosomal and genetic differentiation between species Cichla kelberi and Cichla piquiti and its likely natural hybrids. We used cytogenetic techniques and molecular markers PCR multiplex and PCR-­‐RFLP with nuclear and mitochondrial genes and, subsequently, the markers were applied to specimens collected in rivers Parana and Tiete in São Paulo. The cytogenetic techniques were performed for samples collected from the river Tiete, Uru city, while for the establishment and application of molecular markers were used samples of both cities, river Parana (Uru) and river Tiete (Rubineia, Pauliceia e Ilha Solteira). The cytogenetic results indicate a karyotype conservation between species Cichla piquiti and Cichla kelberi such species have diploid number of 2n=48 chromosomes acrocentric type, located nucleolus organizer regions in the pair 2 and constitutive heterochromatic centromeric regions. Furthermore, ribosomal genes are located on the same chromosome pairs for both species, but the 5S rDNA located on the third chromosome pair in interstitial position, and 18S rDNA corroborating markings NOR. Already in the molecular analysis, genomic differences were established between the species C. kelberi and C. piquiti, which allowed the establishment of efficient applicability markers for differentiation of the two species and in different populations, a fact confirmed by applying the same samples from four locations in the state of São Paulo. Furthermore, such genetic markers indicate that the samples identified as hybrid individuals of the species C. kelberi and C. piquiti are actually ... / Mestre

Orientador: Fausto Viterbo / Banca: Roberto Antoni / Banca: Luiz Bertollo / Resumo: As raias da família Potamotrygonidae são importantes componentes da ictiofauna Neotropical, sendo este grupo de organismos completamente restrito aos sistemas fluviais da América do Sul. Três gêneros são relacionados nessa família: Plesiotrygon, Paratrygon e Potamotrygon e são encontrados nos principais sistemas fluviais na região Neotropical. No presente projeto, foi realizada a análise citogenética em representantes de duas espécies de raias, Potamotrygon motam e P. falkneri, que apresentaram números diplóide de 2n=65 nos machos e NF= 66 nas temeas, caracterizando a ocorrencia de heteromorfismo cromoss6mico sexual do tipo X1X1X2X2/X1X2Y. Em P. motam a populagao de Porto Rico apresentou numero fundamental de 116 (22m+8sm+20st+16a) nas femeas, e 114 (21m+9sm+19st+16a) nos machos. A populagao de Ilha solteira apresentou numero fundamental 122 (20m+1 Osm+26st+1 Oa) nas fêmeas e 120 (19m+11 sm+25st+1 Oa) nos machos. Em P. falkneri, a população de Porto Rico apresentou numero fundamental 110 (20m+10sm+14st+22a) nas fêmeas e 108 (19m+10sm+14st+22a) nos machos. A população de Ilha Solteira apresentou número fundamental de 114 (20m+10sm+18st+18a) as fêmeas e 112 (19m+10sm+18st+18a) os machos. A heterocromatina constitutiva (Banda C) foi identificada na forma de blocos heterocromáticos nas regiões centroméricas de quase todos os cromossomos do complemento. As regiões organizadoras de nucléolos (RONs) caracterizadas nesta impregnação com nitrato de Prata , se apresentaram em marcações múltiplas e em posição terminal nos cromossomos das duas espécies. 0 emprego do fluorocromo CMA3 evidenciou, além das Ag-RONs, marcações adicionais nas duas espécies em estudo, caracterizando outras regiões no genoma também ricas em GC. Foram identificados também cístrons ribossômicos através da hibridação in situ fluorescente (FISH) com a sonda de DNAr 18S, que coincidiu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Stingrays of the family Potamotrygonidae are important components of the Neotropical ichthyofauna, being the only group of elasmobranchs completely restricted to fluvial systems of South America. Three genera are recognized within the family: Paratrygon, Plesiotrygon, and Potamotrygon. In this project, the cytogenetic analysis was performed in representatives of two species of rays, Potamotrygon motoro and P. falkneri, who had diploid numbers of 2n = 65 in males and 66 in females, characterizing the occurrence of heteromorphic sex chromosome type X1X1X2X2/X1X2Y. In P. motoro the population of Porto Rico presented fundamental number of 116 (22m+8sm+20st+16a) females and 114 (21m+9sm+19st+16a) in males. The population of Solteira Island presents fundamental number 122 (20m+10sm+26st+10a) in females and 120 (19m+11 sm+25st+1 Oa) in males. In P. falkneri, the population of Porto Rico presents fundamental number 110 (20m+10sm+14st+22a) in females and 108 (19m+10sm+14st+22a) in males. The population of Solteira Island presents fundamental number of 114 (20m+10sm+18st+18a) in females and 112 (19m+10sm+18st+18a) in males. Constitutive heterochromatin (C Band) revealed heterochromatic blocks in the centromeric regions of almost all the chromosomes of the complement. The nucleolar organizer regions (NORs) by impregnation with silver nitrate, presented multiple and terminals NORs in the two species. The use of fluorochrome CMA3 showed, in addition to Ag-NORs, additional marks in the two studied species, characterizing other regions in the genome rich in GC. Were also identified cistrons ribosomic by fluorescent in situ hybridization (FISH) with the probe 18S rDNA, which coincided with the same markings evidenced by the impregnation of silver in the two species, and one additional site was found for the species P. falkneri, population of Solteira Island. The probe of 5S rDNA revealed... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Este trabalho apresenta os problemas relacionados à implantação de um programa de melhoramento genético das tilápias-do-Nilo (Oreochromis niloticus) a partir de linhagens importadas para o Brasil, e uma contribuição no sentido de superá-los. Uma revisão de literatura é apresentada, onde são discutidos aspectos genéticos da formação dos estoques nacionais e as dificuldades que este processos geram para o melhoramento genético, as possibilidades oferecidas pela genética molecular para superá-las, os princípios de funcionamento da seleção assistida por marcadores moleculares (MAS) de DNA e do uso dos marcadores RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), para subsidiar uma recomendação de procedimentos gerais para a formação de banco genético da espécie e condução de programas de MAS com a espécie . Os dois capítulos seguintes apresentam contribuições para este objetivo, na forma de artigo científico. A primeira delas tem objetivo de investigar o potencial genético de quatro linhagens comerciais provenientes de diferentes estoques cultivados no país, para fins de formação de plantel híbrido intraespecífico a ser utilizado em programa de melhoramento genético. O objetivo da segunda é investigar a viabilidade técnica da utilização de dois índices de forma do corpo, como fenótipos correlacionados ao rendimento de filé para programa de melhoramento genético / Abstract: This work presents the main problems related to the implantation of a genetic improvement program of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) based on imported strains to Brazil and a contribution in order to overcome them. An overview is provided on the formation of national lineages, the difficulties brought by this process to genetic improvement, the possibilities offered by molecular genetic to overcome them, the DNA markers assisted selection (MAS), and the use of RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers in this process. A series of recommendation of general procedures for the formation of genetic bank and conduction of the MAS program for such species. The two following chapters present contributions of these objectives in a scientific paper form. The first one intends to investigate the genetic potential of four commercial strains proceeding from different stocks in Brazil in order to form an intra-specific hybrid plantel used in a genetic improvement program. The second one investigates the technical viability in the application of two body form indexes as correlated phenotypes to the fillet and carcass yield in a genetic improvement program / Doutor

Orientador: Danillo Pinhal / Banca: Alexandre Rossi Paschoal / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Resumo: MicroRNAs são pequenas moléculas de RNA que regulam pós-transcricionalmente a expressão gênica em diversas vias celulares específicas. Recentemente, alguns miRNAs de ação músculo-específica, especialmente aqueles expressos no músculo estriado esquelético, têm sido associados à regulação da biologia muscular, com papel fundamental no controle de eventos como miogênese e crescimento muscular hipertrófico e hiperplásico, além de constituírem vias metabólicas extremamente conservadas entre os vertebrados. A tilápia do Nilo é considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido à sua importância econômica e por apresentar o genoma completo sequenciado. Contudo, pouco é conhecido a respeito da dinâmica evolutiva de miRNAs e sua potencial atuação na regulação dos mecanismos moleculares promotores do desenvolvimento do tecido muscular na espécie. Assim, foram realizados dois estudos direcionados para a (i) avaliação do perfil de expressão de miRNAs músculo-específicos e seus alvos no tecido muscular de adultos da tilápia do Nilo, e para (ii) analisar o padrão de organização genômica desses miRNAs em diferentes espécies de peixes e estabelecer comparações com outros grupos de vertebrados. Os principais resultados obtidos na análise do perfil de expressão no tecido muscular esquelético de cinco miRNAs músculo-específicos (miR-1, -133a, -133b, -206 e -499) evidenciaram um alto nível de expressão do miR-499 no músculo vermelho em comparação aos níveis observados no músculo branco. Esses dados, corroborados pela hibridação in situ e análise da expressão de genes alvo do miR-499, sugerem sua participação como elemento central na regulação de vias metabólicas particularmente ativas no músculo de contração lenta (vermelho) na tilápia do Nilo. De modo geral, as análises genômicas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: MicroRNAs are small RNA molecules that post-transcriptionally regulate gene expression in various specific cell pathways. Recently, some miRNAs have been described to have a muscle-specific action and has been associated with regulation of muscle biology with fundamental roles in myogenesis. The Nile tilapia is considered an excellent biological model for the study of miRNAs in vertebrates due to their economic importance and to present the complete genome sequenced. However, little is known about the evolutionary dynamics of miRNAs and their potential role in regulating the molecular mechanisms that promote the muscle development on Nile tilapia. Thus, two studies were conducted: (i) a study to evaluate the expression pattern of muscle-specific miRNAs and their targets in different skeletal muscle types in adults of Nile tilapia, and (ii) a study to analyze the comparative evolutionary dynamics and genomic organization of these miRNAs in fish genomes. Our expression analysis by qPCR and in situ hybridization, carried out on five muscle-specific miRNAs (miR-1, -133a, -133b, -206 and -499), revealed a highly differential expression of miR-499 in red skeletal muscle (slow-twitch). These data evidenced the key role played by the miR-499 in the maintenance of the slow-twitch muscle type in Nile tilapia. The comparative genomic analysis performed on six species of fish showed a conserved dynamism for the muscle-specific miRNAs analyzed (miR-1-1/-133a-2, miR-1-2/133a-1, miR-206/133b, miR-214 e miR-499). However, a copy of miR-214 was detected in the genome of five species belonging to the superorder Acanthopterygii. Interestingly, this copy also has a high level of synteny over the species when it was detected. Thus, the obtained data may assist in the understanding of the role of muscle-specific miRNAs in muscle biological pathways... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fábio Porto-Foresti / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Resumo: A pirarara (Phractocephalus hemioliopterus) é um bagre nativo das bacias do rio Amazonas e Tocantins-Araguaia que pode atingir na sua fase adulta cerca de 60 kg. A pirarara é comercializada como peixe ornamental e é um peixe atrativo para a pesca esportiva. A espécie pertence à família Pimelodidae e tem sido ameaçada em seu habitat devido à crescente interferência antrópica nas últimas décadas. O acesso aos dados sobre a situação destas populações constitui um importante meio para o delineamento de projetos de manejo, a fim de conservar a espécie e manter os estoques de reprodutores para piscicultura. Para este fim, os marcadores microssatélites são interessantes para estudos genéticos devido a sua natureza codominante e multialélica, características ideais para serem utilizados em estudos de mapeamento genético, identificação e elucidação de questões sobre a genética de populações de diferentes organismos. Neste contexto, o presente projeto teve por objetivo a identificação e seleção de marcadores moleculares tipo microssatélites para indivíduos da espécie Phractocephalus hemioliopterus, coletados nos Rios Araguaia e Rio das Mortes,e avaliar a estrutura e os níveis de diversidade genética nessas duas localidades. Inicialmente, foram seqüenciadas 67 colônias recombinantes, dos quais apenas 32 continham sequências repetitivas do tipo microssatélite. Destas, 62,5% eram repetições dinucleotídicas e o restante composto por trinucleotídeos e tetranucelotídeos repetidos de forma imperfeita. Deste total, foi possível desenhar primers para 26 loci. Após a amplificação por PCR, 9 loci se mostraram polimórficos e informativos, e foram testados em seis espécies próximas, para a investigação de regiões no DNA altamente conservadas, com sucesso de amplificação de 81,4%. A heterozigosidade observada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The catfish pirarara (Phractocephalus hemioliopterus) is a native Amazonas and Tocantins-Araguaia basin fish, which can weigh up to about 60 kg in its adult form. The pirarara is marketed as an ornamental fish and it is an attraction for sport fishing. The species belongs to the family Pimelodidae and it has been threatened in its habitat due to increasing human interference in recent decades. Access to data on the situation of these populations is an important means for the design of management projects in order to conserve the species and maintaining the stocks of fish breeding. The microsatellite markers for genetic studies are interesting because of their codominant and multiallelic nature, ideal characteristics for use in studies of gene mapping, identification and elucidation of questions about population's genetics of different organisms. In this context, this project aimed to identify and select microsatellite markers on Phractocephalus hemioliopterus individuals, collected in the Araguaia and das Mortes Rivers, and to evaluate the structure and levels of genetic diversity. Initially, 67 recombinat colonies were sequenced, of which only 32 contained repetitive sequences of the microsatellite type. Of these, 62.5% were dinucleotide repeats, and the remainder consisted of trinucelotide and tetranucleotide imperfect repeats. Of this total, it was possible to design primers for 26 loci. After PCR amplification, nine loci showed to be polymorphic and informative, and were tested on six related species for the investigation of highly conserved DNA regions, with a successful amplification of 81.4%. The observed heterozygosity ranged from 0.421 to 0.947. The two sites showed significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) (p<0.01) for some loci, which may be due to the presence of null alleles or even problems... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fábio Porto Foresti / Banca: José Augusto Senhorini / Banca: Celso Benites / Resumo: A hibridação artificial interespecífica de peixes é utilizada em diversos estabelecimentos voltados à piscicultura no país, com a finalidade de produzir indivíduos mais vantajosos e favoráveis para o cultivo. Porém, devido principalmente às dificuldades encontradas na identificação dos híbridos, esta prática pode determinar o surgimento de sérios problemas como a contaminação genética dos estoques de cultivo, a comercialização de produtos híbridos como espécies puras, a introdução de espécies exóticas e escapes de produtos de piscicultura para o ambiente natural e até eventos de introgressão genética e extinção das espécies nativas. Neste contexto, o presente trabalho teve por objetivo analisar geneticamente exemplares das linhagens parentais de Pseudoplatystoma corruscans (pintado) e Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) e seus híbridos interespecíficos "pintachara" (macho de pintado x fêmea de cachara) e "cachapinta" (fêmea de cachara x macho de pintado), provenientes dos estoques de cultivo do CEPTAlICMBio, Pirassununga, SP, a fim de identificar e estabelecer marcadores genéticos para possibilitar sua identificação e diferenciação. Também foram analisadas geneticamente amostras de P. corruscans e P. reticulatum coletadas no Rio Paraguai, MS (bacia do Paraguai) e de P. corruscans capturados do rio Mogi- Guaçu, SP (bacia do Alto Paraná), a fim de identificar a possível ocorrência de híbridos entre estas espécies na natureza. As análises citogenéticas revelaram um número diploide de 2n=56 cromossomos para ambas as espécies parentais, com cariótipos caracterizados por cromossomos dos tipos 20m+12am+12st+12a e número fundamental (NF) igual a 100, indicando uma fórmula cariotípica conservada entre estas espécies. A análise dos padrões de heterocromatina pelo bandamento C revelou blocos heterocromáticos localizados nas porções... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Artificial interspecific hybridization of fish is used in various establishments linked to fish farming in the country, in order to produce individuais more advantageous and favorable for cultivation. However, due mainly to difficulties in the hybrid products identification, this practice may determine the onset of serious problems such as genetic contamination of the breeder stocks, marketing of hybrids as pure species, introduction of exotic species and escapes of farmed products to the natural environment and sometimes leading to events of genetic introgression and extinction of native species. In such context, the present study aimed to analyze genetically copies of the parental lines of Pseudoplatystoma corruscans (pintado) and Pseudoplatystoma reticulatum (cachara) and their interspecific hybrids "pintachara" (female of pintado x male of cachara) and "cachapinta" (female of cachara x male of pintado), from the stocks manteined in CEPTAlICMBio, Pirassununga, SP, in order to characterize and establish genetic markers to allow their identification and differentiation. Samples of P. corruscans and P. reticulatum collected in the Paraguay river, MS (Paraguay basin) and P. corruscans captured in Mogi-Guaçu river, SP (Alto Paraná basin), also were genetically analyzed in order to identify the possible occurrence of hybrids between these species in nature. The cytogenetic analysis revealed a diploid number of 2n = 56 chromosomes for both parental species with karyotypes characterized by the formula 20m+12am+12st+12a and fundamental number (NF) of 100, indicating a karyotypic formula conserved among these species. The analysis of the heterochromatin C-banding patterns revealed heterochromatic blocks located in the pericentromeric and terminal portions of some chromosomes, the NOR was sim pie and located in one chromosome pai r and 5S ribosomal genes located on two different subtelocentric... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre