Resumo: O rio Ribeira de Iguape e os rios litorâneos drenam uma importante faixa de terras da região leste de São Paulo e sua ictiofauna de água doce tem algumas semelhanças e muitas diferenças em relação às drenagens continentais. Os levantamentos ictiofaunísticos realizados nesses rios, como nas outras grandes bacias hidrográficas brasileiras, são ainda incompletos. Além disso, não existe consenso acerca do status taxonâmico de muitas espécies listadas nesses levantamentos. As estimativas disponíveis sugerem que existam cerca de 100 espécies de água doce na bacia do Ribeira de Iguape e 50 nos rios litorâneos. Estudos recentes têm proposto o uso do gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (Cox 1) como um sistema global de identificação para as plantas e animais. Essas sequências têm sido interpretadas como um código de barras (barcode), com as espécies sendo delimitadas por uma sequência particular ou por um conjunto de sequências muito similares. Foram obtidas e analisadas 400 sequências do gene Citocromo Oxidase subunidade I (Cox1) de 68 espécies para a bacia do Ribeira de Iguape e 315 sequências de 58 espécies pertencentes aos rios costeiros do estado de São Paulo. A distância K2P média encontrada entre indivíduos dentro das espécies do Ribeira de Iguape foi de 0,41 %, e 6,32% entre espécies dentro de um mesmo gênero, similar ao encontrado nos rios costeiros onde a distância K2P foi de 0,77% dentro de espécies, em comparação à 6,16% entre espécies dentro de um mesmo gênero. Todas as espécies puderam ser diferenciadas por sua sequência Cox1, embora alguns indivíduos isolados de espécies distintas apresentaram haplótipos característicos de uma espécie do mesmo gênero. O presente estudo evidenciou que as espécies de peixes analisadas puderam ser identificadas de forma eficiente através da utilização do barcode, e pode ser usada para aplicações / Abstract: The Ribeira Iguape river and coastal rivers drain a large range of land east of São Paulo and its freshwater fishes has some similarities and many differences frem the continental drainage. Surveys conducted ichthyofauna in these rivers, as in other large river basins in Brazil, is still incomplete. Moreover, there is no consensus on the taxonomic status of many species Iisted in these surveys. Available estimates suggest that there are about 100 freshwater fishes species in the Ribeira Iguape basin and 50 in coastal rivers. Recent studies have proposed the use of mitochondrial gene cytochrome oxidase subunit I (Cox 1) as a global system of identification for plants and animais. These sequences have been interpreted as a barcodes, with species being bounded by a particular sequence or a set of very similar sequences. Were obtained and analyzed 400 sequences of the gene cytochreme oxidase subunit I (Cox1) from 68 species of Ribeira de Iguape basin and 315 sequences of 58 species of coastal rivers from Sao Paulo state. The average K2P distance between individuais within species of Ribeira Iguape basin was 0.41 % and 6.32% between species within a genus, similar to that found in coastal rivers where the K2P distance was 0.77% within species, compared to 6.16% between species within the same genus. Ali species were differentiated by their sequence Cox1, although some isolated individuais of different species had haplotypes of species of the same gender. The present study showed that fish species analyzed could be identified efficiently using barcode, and can be used for subsequent applications in ecology and systematics / Orientador: Claudio de Oliveira / Coorientador: Oswaldo Takeshi Oyakawa / Banca: Cristina Yumi Miyaki / Banca: Anderson Luís Alves / Banca: Fábio Porto-Foresti / Banca: Ricardo Cardoso Benine / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Otto Bismarck Gadig / Banca: Paulo Guilherme Vasconcelos de Oliveira / Banca: Claudio Oliveira / Resumo: O tubarão azul, Prionace glauca, é considerado a espécie de elasmobrânquio encontrada em maior abundância, com ampla distribuição geográfica, alta taxa de natalidade e de rápido crescimento. Entretanto, também é a espécie mais explorada na pesca oceânica em nível mundial, o que tem levado a desequilíbrios estruturais das populações e aumentado as possibilidades de risco para a espécie. Em avaliações sobre o estado de conservação da espécie, realizadas no Brasil e também de maneira global, P. glauca foi classificada como "quase ameaçada". Para o setor pesqueiro, a identificação de estoques diferenciados constitui informação fundamental pela sua relação direta com a produtividade total e uso sustentável dos recursos. A diferença nas freqüências de haplótipos de DNA entre amostras geográficas pode ser usada para estimar indiretamente padrões de diferenciação e de fluxo gênico e, portanto, a estrutura genética das amostras. Este trabalho utilizou amostras de tecidos musculares e epiteliais de tubarões azuis capturados pela frota pesqueira brasileira no Rio Grande do Sul (n = 38), São Paulo (n = 28) e Rio Grande do Norte (n = 31). Os níveis de variabilidade e estruturação genética nas regiões amostradas foram determinados a partir do sequenciamento da região controle do DNA mitocondrial (D-loop). Para P. glauca, este marcador apresentou 16 sítios polimórficos e 32 haplótipos. Os valores encontrados para diversidade haplotípica e nucleotídica foram, respectivamente, Hd =0,89±0,020 e π=0,00258±0,00013. O teste AMOVA detectou uma moderada estruturação populacional entre as regiões amostradas, com o maior valor de Fst = 0,103. Assim, considera-se para os efeitos de manejo pesqueiro, um único estoque da espécie na costa brasileira. Os níveis de estruturação genética demonstrados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The blue shark, Prionace glauca, is the most abundant elasmobranch, with widest distribution, high birth rates and faster growth. However, it is also the most exploited species in the ocean fisheries worldwide, which has led to structural imbalances of their population and increased potential risk to the specie. In assessments of the state of conservation of the species, carried out in Brazil and globally, P. glauca was classified as "near threatened" according to IUCN categories. In fisheries, the stock identification are considered very important information due the direct relation with the total productivity and sustainable use of resources. The difference in the frequencies of haplotypes of DNA among geographic samples can be used to indirectly estimate patterns of differentiation and gene flow and thus the genetic structure of stocks. In the present study samples of muscle and epithelial tissues of blue sharks caught by the fishing fleet in Rio Grande do Sul (n = 38), São Paulo (n = 28) and Rio Grande do Norte (n = 31) estates were used. The levels of variability and genetic structure of the sampled regions were determined from the sequencing of mitochondrial DNA control region (D-loop). The use of this marker in P. glauca resulted in 16 polymorphic sites and 32 haplotypes. The nucleotide and haplotype diversity was, respectively, Hd = 0.89 ± 0.020 and π = 0.00258 ± 0.00013. The AMOVA test detected a moderate population subdivision among the sampled regions, with highest value of Fst = 0,103. Similarly, it is considered for the effects of fisheries management, a single stock in the Brazilian coast. The levels of genetic structure demonstrated in the present study, combined with data from fisheries exploitation of the blue shark, indicate the need for greater attention to the preservation of the species in Brazil... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Cristiane Kioko Shimabukuro Dias / Banca: Orlando Moreira Filho / Resumo: Foi realizada a análise citogenética de duas espécies do Gênero Piabina, P. anhembi e P. argentea, utilzando-se técnicas de coloração cromossômica convencional com Giemsa, localização das Ag-RONs, coloração com CMA3, hibridação in situ com as sondas de DNAr 18S e 5S e bandamento C. Todas as quatro amostras de P. argentea apresentaram 2n=52 cromossomos e números fundamentais diferentes, com exceção de duas amostras populacionais coletadas na bacia do rio Paranapanema. Três apresentaram Ag-RONs múltiplas (Avaré, Botucatu e Bauru) e a amostra da população coletada na localidade Itatinga apresentou Ag- RONs simples e um polimorfismo de tamanho das mesmas. A hibridação in situ com o uso de sondas de DNAr 5S mostrou diferenças entre as amostras das populações. O bandamento C marcou em sua maioria as regiões terminais e centroméricas dos cromossomos. As análises evidenciaram a existência de diferenças citogenéticas entre as amostras de P. argentea coletadas, sugerindo a existência de diferenciação populacional. As diferenças citogenéticas encontradas podem ocorrer devido ao fato de que P. argentea habite apenas riachos, o que poderia levar ao isolamento destas populações. Também foi analisada a amostra de uma população de P. anhembi coletada no município de Salesópolis, que também apresentou 2n=52 cromossomos, Ag-RONs simples e polimorfismos de tamanho das Ag-RONs. A hibridação in situ com a utilização da sonda de DNAr 18S mostrou três cromossomos marcados e com a sonda de DNAr 5S mostrou dois cromossomos marcados. O Bandamento C mostrou bandas nas regiões pericentromérica de dois pares cromossômicos nos exemplares desta espécie. Considerando-se o fato deste grupo habitar geralmente regiões específicas dos ambientes de cabeceira dos riachos, isto pode constituir um fator... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Two species of the genus Piabina have been analyzed, P. argentea and P. anhembi using cytogenetic techniques (Staining of Giemsa, staining of Ag-NORs, fluorescent staining CMA3, hybridization in situ using probe of rDNA 18S and 5S and C-band). All samples of P. argentea presented 2n=52 chromosome and different fundamental numbers, with exception of the individuals of two population collected in the Paranapanema river basin. Three samples analyzed from Avaré, Botucatu and Bauru presented multiple NORs and individuals from Itatinga presented the single NOR and the polymorphic NOR. The in situ hybridization technique using the DNAr 5S probe showed differences between samples of all the populations. The technique C-banding showed marks in most of terminals and centromeric regions of the chromosomes. The existence of cytogenetic differences between the individuals of different samples collected of P. argentea, suggests a possible population differentiation. The occurrence of cytogenetic differences happened by the fact that P. argentea live only in upper stream rivers, and this can determine a process of population isolation. A sample of P.anhembi collected in the Salesópolis city was also analyzed and presented 2n=52 chromosomes, simple Ag-NORs and polymorphism of the NORs. The use of in situ hybridization technique with DNAr 18S probe revealed three labellad chromosomes, and with the rDNA 5S probe showed two labellad chromosomes. The technique of C-banding revealed the presence of heterochromatin in the pericentromeric regions of two chromosome pairs. The species Piabina argentea most of the time live in a specific environment in upper stream rivers. This possible isolation can fix spot modifications in the chromosome if it occurs. However this fact don't change the macro structure of the chromosome in different generations. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-09-30Bitstream added on 2014-06-13T20:00:08Z : No. of bitstreams: 1 pazian_mf_me_botib.pdf: 586728 bytes, checksum: ee9c1b3e254811f66a8a7cf904e2114b (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Foi realizada a análise citogenética de duas espécies do Gênero Piabina, P. anhembi e P. argentea, utilzando-se técnicas de coloração cromossômica convencional com Giemsa, localização das Ag-RONs, coloração com CMA3, hibridação in situ com as sondas de DNAr 18S e 5S e bandamento C. Todas as quatro amostras de P. argentea apresentaram 2n=52 cromossomos e números fundamentais diferentes, com exceção de duas amostras populacionais coletadas na bacia do rio Paranapanema. Três apresentaram Ag-RONs múltiplas (Avaré, Botucatu e Bauru) e a amostra da população coletada na localidade Itatinga apresentou Ag- RONs simples e um polimorfismo de tamanho das mesmas. A hibridação in situ com o uso de sondas de DNAr 5S mostrou diferenças entre as amostras das populações. O bandamento C marcou em sua maioria as regiões terminais e centroméricas dos cromossomos. As análises evidenciaram a existência de diferenças citogenéticas entre as amostras de P. argentea coletadas, sugerindo a existência de diferenciação populacional. As diferenças citogenéticas encontradas podem ocorrer devido ao fato de que P. argentea habite apenas riachos, o que poderia levar ao isolamento destas populações. Também foi analisada a amostra de uma população de P. anhembi coletada no município de Salesópolis, que também apresentou 2n=52 cromossomos, Ag-RONs simples e polimorfismos de tamanho das Ag-RONs. A hibridação in situ com a utilização da sonda de DNAr 18S mostrou três cromossomos marcados e com a sonda de DNAr 5S mostrou dois cromossomos marcados. O Bandamento C mostrou bandas nas regiões pericentromérica de dois pares cromossômicos nos exemplares desta espécie. Considerando-se o fato deste grupo habitar geralmente regiões específicas dos ambientes de cabeceira dos riachos, isto pode constituir um fator... / Two species of the genus Piabina have been analyzed, P. argentea and P. anhembi using cytogenetic techniques (Staining of Giemsa, staining of Ag-NORs, fluorescent staining CMA3, hybridization in situ using probe of rDNA 18S and 5S and C-band). All samples of P. argentea presented 2n=52 chromosome and different fundamental numbers, with exception of the individuals of two population collected in the Paranapanema river basin. Three samples analyzed from Avaré, Botucatu and Bauru presented multiple NORs and individuals from Itatinga presented the single NOR and the polymorphic NOR. The in situ hybridization technique using the DNAr 5S probe showed differences between samples of all the populations. The technique C-banding showed marks in most of terminals and centromeric regions of the chromosomes. The existence of cytogenetic differences between the individuals of different samples collected of P. argentea, suggests a possible population differentiation. The occurrence of cytogenetic differences happened by the fact that P. argentea live only in upper stream rivers, and this can determine a process of population isolation. A sample of P.anhembi collected in the Salesópolis city was also analyzed and presented 2n=52 chromosomes, simple Ag-NORs and polymorphism of the NORs. The use of in situ hybridization technique with DNAr 18S probe revealed three labellad chromosomes, and with the rDNA 5S probe showed two labellad chromosomes. The technique of C-banding revealed the presence of heterochromatin in the pericentromeric regions of two chromosome pairs. The species Piabina argentea most of the time live in a specific environment in upper stream rivers. This possible isolation can fix spot modifications in the chromosome if it occurs. However this fact don`t change the macro structure of the chromosome in different generations.

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Orlando Moreira Filho / Resumo: Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / Abstract: B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ... / Mestre

Orientador: Gilson Luiz Volpato / Banca: Eliane Gonçalves-de-Freitas / Banca: Mário Luis Orsi / Banca: Leonardo José Gil Barcellos / Banca: Percília Caedoso Giaquinto / Resumo: Atualmente, a função das depressões que machos de muitas espécies de ciclídeos escavam no substrato é para atração de fêmeas para a reprodução. Assim, tais depressões têm sido consideradas um fenótipo estendido dos machos, ou seja, representam um caracter a mais, pelo qual a fêmea pode escolher o melhor macho. Assim, é esperado que somente os machos escavem e, sobretudo, em contextos reprodutivos. No entanto, em nosso estudo 1 vimos que tanto machos quanto fêmeas sexualmente imaturos já escavam essas depressões e que esse comportamento surge também na ausência da interação com coespecíficos e num período restrito da ontogenia. Isso ocorreu tanto para a domesticada tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) quanto para o selvagem cará (Geophagus brasiliensis). Isso sugere que o comportamento de escavar tenha uma forte determinação genética e outra função biológica relevante além da reprodução. No estudo 2, investigamos na tilápía-do-Nilo se essa outra função poderia ser a busca por alimento, uma vez que os padrões motores na escavação e no forrageamento do substrato são semelhantes. Contudo, vimos que a resposta de peixes com fome não satisfez as predições dessa hipótese. A fome do peixe não influenciou a frequência com que machos e fêmeas escavaram e nem o tamanho de suas escavações. Finalmente, no estudo 3 mostramos que as escavações de machos e fêmeas servem como refúgio, pois suas características permitem que os peixes se escondam dentro delas, a presença de uma toca no aquário reduz drasticamente a frequência de escavação, as escavações são posicionadas mais distantes de áreas abertas (perigo) e os peixes ficam dentro das escavações durante período de inatividade noturna. Isso indica que as escavações podem ter função de abrigo para evitar perigos potenciais / Abstract: Not available / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-11-04Bitstream added on 2014-06-13T21:01:18Z : No. of bitstreams: 1 suganuma_ch_dr_jabo.pdf: 2851427 bytes, checksum: 03ed93e6b51f4af5d916613162e4b58b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho teve como objetivo principal ampliar o conhecimento sobre a estrutura genética e obter informações para a conservação de pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), provenientes de populações selvagens dos rios da Bacia do Alto Paraguai. Esta espécie possui grande valor comercial e imenso potencial para exploração em pisciculturas. Os marcadores moleculares do tipo microssatélite utilizados neste estudo, resultaram em muitas informações sobre a estrutura populacional desta espécie, permitindo uma possível caracterização dos bancos genéticos para esta espécie. Exemplares provenientes de nove sub-bacias do Pantanal Matogrossense foram coletados para a realização da extração de DNA visando à análise do material genômico. Para isto, foram retirados pequenos fragmentos de nadadeira de cada indivíduo. A amplificação dos locos microssatélites foi realizada num termociclador de PCR utilizando oligonucleotídeos marcados com fluorescência, conforme descrito na literatura. A genotipagem foi realizada no seqüenciador automático MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), pertencente ao Centro de Estudos do Genoma Humano da Universidade de São Paulo. Os tamanhos dos alelos obtidos foram organizados para a montagem das matrizes de dados que foram submetidas aos programas computacionais para verificar a variabilidade genética nas populações. Os parâmetros que permitiram a determinação da diversidade genética intra e interpopulacional foram o número de alelos por loco, riqueza alélica, heterozigosidade observada e esperada, equilíbrio de Hardy Weinberg, índices Fst e Rst, análise de variância molecular (AMOVA), índice de fixação, desequilíbrio de ligacão e o número de migrantes. Também foi feita uma análise bayesiana para verificar a estrutura populacional e um dendrograma foi gerado a partir da matriz de distância baseada... / This work aimed to obtain information about the genetic structure of pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), from wild populations of Alto Paraguai Basin Rivers. This specie has a greatly commercial importance, with huge potential for hatcheries. The pacu has a wide distribution in the Prata Basin, formed by Paraguay, Paraná and Uruguay rivers and their tributaries Microsatellites markers offer relevant information about this specie, allowing the characterization of genetic stocks. Individuals from nine sampling sites in the Pantanal Matogrossense were analysed in this study. DNA extraction methods did not required killing the samples, we used fin clippings from each individual. The amplification of microsatellites loci was carried out via polymerase chain reaction (PCR) using oligonucleotide marked with fluorescent labels. The amplified fragments were analysed on the automatic DNA sequencer MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), belonged to Centro de Estudos do Genoma Humano from Universidade de São Paulo. Allele sizes were organized in an input file that was submitted statistical analysis to verify the genetic variability of populations. The parameters used to estimate the genetic diversity intra and interpoulation were number of allele per locus, allele richness, observed and expected heterozygosities, Hardy Weinberg equilibrium, molecular variance analyses (AMOVA), fixation index, linkage disequilibrium and gene flow. Bayesian estimates were used to verify the populacional structure and a dendogram was calculated by the distances matrix based on chord distances values. The results showed no population structuring and intense gene flow. The most probable causes are the hight migratory capacityof this fish and the climatic and geographic characteristics of the Pantanal Matogrossense.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T18:35:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2172966 bytes, checksum: 0eb6762ecc7c34a948c26db12b8331bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T18:35:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2172966 bytes, checksum: 0eb6762ecc7c34a948c26db12b8331bf (MD5) Previous issue date: 2005-05-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A traíra Hoplias malabaricus é um caraciforme de ampla distribuição, ocorrendo em todas as grandes bacias hidrográficas brasileiras, com pequena diferenciação morfológica, comportamento sedentário e grande variabilidade cariotípica, apresentando populações com pelo menos dois diferentes cariótipos nas drenagens da costa leste do Brasil. Dados seus hábitos sedentários e ampla distribuição, esta espécie representa um ótimo modelo para compreensão da relação histórica entre as bacias hidrográficas na região neotropical, particularmente da idade e do tipo de fatores que determinaram os padrões observados. A universalidade das hipóteses geradas pode ser testada com os padrões de distribuição de outras espécies não aparentadas. Com o objetivo de determinar a divergência genômica entre populações de traíras Hoplias malabaricus na costa leste brasileira, estimativas temporais de vicariância, bem como de formular uma hipótese biogeográfica preliminar de relação entre estas populações, foram realizadas estimativas de divergência molecular baseadas em haplótipos de mtDNA e a partir de três primers RAPD- PCR. As divergências moleculares mostraram-se consistentes com os dados citogenéticos conhecidos para H. malabaricus, sendo reconhecidos dois grupos denominados São Francisco (SF) e Leste (LE), a partir da variabilidade em alelos RAPD. A acidentada topografia e a inferência de um paleoclima árido no Banco Abrolhos sugerem que esta extensão da plataforma continental atua como barreira às trocas gênicas entre populações de traíras em SF e LE. Este padrão é ainda corroborado pela distribuição das espécies de peixes das bacias costeiras que, salvo raras exceções, ocorrem em apenas uma das regiões separadas por Abrolhos. As seqüências de mtDNA subdividem o grupo LE em três clados, enquanto as bacias do grupo SF apresentaram suas populações em um único clado, com valto suporte estatístico. Uma bacia contígua às do Leste brasileiro, a bacia do rio Uruguai, apresentou três clados, sendo a única bacia estudada com simpatria de haplótipos. Estimativas baseadas em taxas de mutação sugerem uma diferenciação miocênica entre os clados costeiros, enquanto eventos pleistocênicos explicariam as diferenças observadas dentro de cada clado. A concordância entre dados moleculares, cariotípicos e de distribuição de espécies sugere que fatores históricos compartilhados por diferentes linhagens tiveram um importante papel na distribuição contemporânea da diversidade ictiofaunística da costa leste brasileira. / The common trahira, H. malabaricus is a widespread characin in the Neotropical region. It is a nonmigratory species characterized by complex patterns of morphological variation and high levels of karyotypic differentiation, with seven karyotypes (cytotypes) described in South America. Its sedentary habits makes this species a particularly informative model for phylogeographic studies. This study characterized the genomic divergence of this species along the eastern Brazilian coast and proposed a temporal frame for vicariant events in this region. Data were obtained from RAPD-PCR markers and mitochondrial DNA divergence. The molecular patterns were congruent with known diploid numbers. RAPD-PCR alleles showed two well-defined São Francisco and Eastern groups. Further resolution was obtained with mitochondrial DNA. According to maximum parsimony and maximum likelihood cladograms, the Eastern group is subdivided in three clades, whereas the São Francisco group remained undivided. A major vicariant event berween the São Francisco and Eastern groups was interpreted as a result of arid and hipersaline environmental conditions favored by a projection of the Abrolhos platform on the continent that was particularly active during glacial periods. All eastern basins were characterized by allopatric cytotypes, in contrast with neighboring basins such as the Paraná and the Uruguay drainages, where 2n= 40 and 2n= 42 cytotypes are sympatric. A molecular clock-based hypothesis suggests a Miocenic age for lineage splitting between the São Francisco and Eastern coastal clades whereas Pleistocenic events would explain more shallow divergences observed within each clade.

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Vanessa Paes da Cruz / Resumo: No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / Abstract: In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ... / Mestre

Orientador: Fauto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diego Teruo Hashimoto / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Claudio de Oliveira / Resumo: No presente estudo, foram analisadas dezoito espécies de peixes do gênero Characidium, C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, DNA telomérico (TTAGGG)n e 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10), e pintura cromossômica através da microdissecção e amplificação do cromossomo sexual W de C. gomesi (sonda chamada de CgW). Além disso, foi realizado o sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição pela enzima SbfI (RAD-tags) através do sistema Illumina Genome Analyzer em machos e fêmeas de C. gomesi. Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em Characidium sp. aff. C. vidali e um par cromossômico acrocêntrico exclusivo detectado em C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ/ZW de cromossomos sexuais em distintos estágios de diferenciação em todas as espécies, com exceção de Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. A análise da heterocromatina constitutiva por bandamento C revelou a presença de heterocromatina nos cromossomos sexuais, principalmente no cromossomo W e em blocos intersticiais e/ou teloméricos nos braços longos do cromossomo Z e nos cromossomos Bs de Characidium sp. aff. C. vidali. Sequências de DNAr 5S foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies,... / Abstract: In the present study, eighteen species from the genus Characidium collected at different river basins were analyzed, including C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, telomeric, microsatellite motifs and U2 snDNA probes, whole chromosome painting using W-specific probe obtained from C. gomesi-CgW). Besides that, DNA sequencing of restriction-associated DNA (RAD) was carried out in males and females of C. gomesi. All species showed diploid chromosome numbers of 2n=50, with karyotypes mainly composed of meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supernumerary chromosomes in Characidium sp. aff. C. vidali and one acrocentric pair in C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Also, almost all the analyzed species showed a ZZ/ZW sex chromosome system in distinct evolutionary stages, except Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. The constitutive heterochromatin was located differentially on the W chromosomes and in interstitial and telomeric position on the Z chromosomes, as well as in the B chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali. 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with variations on the number of clusters per genome and position in the karyotype, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. Conversely, the U2 snDNA distribution was conserved in a single homologous chromosome pair in all species, except in Characidium sp. aff. C. vidali and Characidium sp2. Telomeric probes revealed species with several interstitial... / Doutor