Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-24. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:06Z : No. of bitstreams: 1 000866307.pdf: 3768056 bytes, checksum: 8490480d72a7d7bf0de5818b9bc07d6a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Characidae é a mais especiosa entre os peixes da ordem Characiformes. Um desses especiosos gêneros, com muitos conflitos taxonômicos é Astyanax, o qual é composto por, atualmente, 142 espécies, das quais 52 foram descritas nos últimos dez anos. Nesse estudo apresentamos um extenso trabalho de amostragem geográfica do gênero Astyanax, com exemplares provenientes da América do Sul e Central, cobrindo em sua maioria a distribuição do gênero. Neste contexto foram analisados espécimes do gênero em duas abordagens, uma acerca da diversidade de espécies e outra com foco nas relações filogenéticas do grupo. O estudo de diversidade foi baseado em sequencias barcode, do qual a porção 5' do gene Citocromo Oxidase subunidade I, proposta como capaz de separar espécies em nível molecular, auxiliando assim os estudos taxonômicos e a descoberta de novas espécies. O uso de diferentes abordagens para a clusterização de sequências (análises ABGD, GMYC e BIN) mostram uma consistência dos resultados obtidos com o valor inicial de corte de 2%, mas GMYC tende a identificar um número maior de grupos do que as demais análises. Os resultados apontam para a existência de quatro grandes grupos no gênero, totalizando 122 grupos de espécies, mas, em muitos casos, diversas espécies estão agrupadas em único cluster, tornando a identificação por DNA barcode praticamente impossível. Para a filogenia do gênero a análise baseada em dados moleculares multilocus apontam que Astyanax é polifilético e com pelo menos quatro linhagens, as quais são formadas pelos complexos de espécies A. scabripinnis e A. fasciatus, outro pelo complexo A. bimaculatus, uma linhagem com os exemplares da América Central e outra com espécies de regiões costeiras do leste do Brasil. Além disso, algumas espécies de Astyanax estão relacionadas com gêneros como Moenkhausia e Jupiaba, conhecidamente similares ao gênero em estudo. Todos os Astyanax... / The Characidae family is the most species rich between the order Characiformes. One such species rich genera, with many taxonomic conflicts is Astyanax, which comprises currently 142 species, of which 52 were described in the last ten years. In this study we present an extensive geographic sampling of the genus Astyanax with specimens from South and Central America, covering almost the entire distribution of the genus. In this context, the genus was examined by two approaches, one about the diversity of species and another focusing on the phylogenetic relationships of the group. The diversity study was based on barcode sequences, of which the 5' portion of Cytochrome Oxidase subunit I gene, proposed as standard tool to separate species at the molecular level, thus helping the taxonomic studies and the discovery of new species. The use of different approaches to clustering sequences (ABGD, GMYC and BIN analysis) show a consistency of results obtained with the initial cutoff value of 2%, but GMYC tends to identify a larger number of groups than other analyzes. The results point to the existence of four major groups in the genus, comprising 122 species groups, but in many cases, several species are grouped into a single cluster, making identification by DNA barcode virtually impossible. For the phylogeny analysis of the genus based on multilocus molecular, data shows that Astyanax is polyphyletic and at least four lineages, which are formed by the species complexes A. scabripinnis and A. fasciatus, other by complex A. bimaculatus, a lineage with specimens from Central America and other with species from coastal regions of South America. In addition, some species of Astyanax are related with genera such as Moenkhausia and Jupiaba, known to be morpholgical similar. All Astyanax are present in Clade C, with only exception of A. festae, who was in Clade A, and then we propose its review. Final data from this study point to a very complex ... / FAPESP: 11/00264-2

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-21. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:13Z : No. of bitstreams: 1 000869206.pdf: 1021410 bytes, checksum: f183acbdffb2ad0ddb24e51f8eabd122 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Tubarões e raias estão atualmente entre os vertebrados mais ameaçados de extinção. Tal fato se deve principalmente à exploração pesqueira que permanece sem medidas eficientes de controle em quase todo o planeta, inclusive no Brasil. Considerando-se que cada espécie responde de forma independente às pressões ambientais e principalmente às ações humanas, é de fundamental importância para o desenvolvimento de planos de manejo adequado das suas populações e o ordenamento da exploração sustentável destes recursos que se proceda à caracterização da biodiversidade local, a avaliação das espécies mais capturadas e identificação dos táxons e populações mais suscetíveis à pesca. Contudo, especialmente para os elasmobrânquios, tais parâmetros são de difícil acesso, sobretudo devido às similaridades morfológicas entre as espécies e ainda, devido à prática pesqueira de remoção de partes dos animais como a cabeça e nadadeiras antes dos desembarques, inviabilizando a identificação da maioria das espécies. Segundo os registros de captura de elasmobrânquios elaborados pelo IBAMA nos últimos anos, apenas cerca de 20% dos indivíduos recebem alguma menção quanto à espécie, muitas vezes um nome popular que pode estar relacionado a mais de uma espécie biológica em diversos casos, sendo o restante do produto classificado apenas como cações. A utilização de ferramentas moleculares nos estudos da composição da biodiversidade tem proporcionado sua aplicação em diversas áreas, incluindo na identificação das espécies, no estudo de suas relações evolutivas e no auxílio de programas para a sua conservação. A identificação molecular com a utilização de técnicas do tipo PCR-multiplex e sequências barcode, que identificam características genéticas particulares de cada táxon estão atualmente sendo desenvolvidos e utilizados no reconhecimento das espécies, possibilitando a identificação... / Sharks and rays are currently among the most threatened vertebrate to extinction. This is due mainly to the fact that overfishing remains without effective control measures in almost the entire planet, including Brazil. Considering that each species responds independently to environmental pressures, and mainly to human actions, it is of fundamental importance for the development of appropriate management plans and programming the sustainable exploitation of these resources, to proceed to the characterization of local biodiversity, in the assessment of the species caught, in the correct identification of taxa and the most susceptible populations to fishing activities. However, especially for elasmobranches, such parameters are difficult to access, especially due to morphological similarities between species and also because of the fishing practice of removing parts such as the head and fins before landings, making it impossible to identify the most species. According elasmobranches capture records prepared by IBAMA in recent years, only about 20% of individuals receiving some identification indication, often only a popular name that can be related to more than one biological species, with the remainder fishing product classified just as sharks. The use of molecular tools in studies of the composition of biodiversity has provided its application in various areas, including in the identification of the species, in the study of their evolutionary relationships, and in assisting programs for their conservation. The use of molecular identification techniques as the PCR-multiplex type, and barcode sequences using part of the mitochondrial gene sequence Cytochrome Oxidase subunit I that permit to identify particular genetic characteristics of each taxon, are currently being used in the species recognition allowing simultaneous identification of different samples. In the present work, the objective of the study was to identify the species occurring...

Orientador: Fábio Porto Foresti / Coorientador: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Rosicleire Veríssimo Silveira / Resumo: Espécies invasoras são altamente eficientes na competição por recursos, tem alta capacidade reprodutiva e de dispersão, o gênero Cichla é exemplo dessas características. Os espécimes desse gênero são amplamente utilizados no controle de espécies exóticas com alta prolificidade, além de sua indiscutível importância na alimentação humana e na pesca esportiva. No presente trabalho foi estudada a diferenciação cromossômica e genética entre as espécies Cichla kelberi e Cichla piquiti e seus prováveis híbridos naturais. Foram utilizadas técnicas citogenéticas e moleculares de PCR multiplex e PCR-­‐RFLP com genes nucleares e mitocondriais e, posteriormente, tais marcadores foram aplicados em exemplares coletados em reservatórios dos rios Paraná e Tietê, SP. As técnicas citogenéticas foram realizadas para exemplares coletados no rio Tietê, município de Uru, enquanto que para o estabelecimento e aplicação dos marcadores moleculares foram utilizadas amostras de ambas localidades, rio Paraná (Uru) e rio Tietê (Rubineia, Pauliceia e Ilha Solteira). Os resultados citogenéticos indicam uma conservação cariotípica entre as espécies Cichla kelberi e Cichla piquiti, tais espécies apresentam numero diploide de 2n=48 cromossomos do tipo acrocêntrico, região organizadora de nucléolo localizado no par 2 e heterocromática constitutiva em regiões centroméricas. Além disso, os genes ribossomais estão localizados nos mesmos pares cromossômicos para ambas as espécies, sendo o 5S DNAr localizado no terceiro par cromossômico, em posição intersticial, e 18S DNAr corroborando com as marcações da NOR. Já nas análises moleculares, foram estabelecidas diferenças genômicas entre as espécies C. kelberi e C. piquiti, que permitiram o estabelecimento de marcadores de eficiente aplicabilidade para diferenciação das duas espécie, fato confirmado pela aplicação dos mesmos em exemplares de quatro localidades do ... / Abstract: Some invasive species are highly efficient in resource competition, have high reproductive capacity and dispersal, the genus Cichla exemplifies these characteristics. The specimens of this genus are widely used to control exotic species with high prolificacy, beyond its undeniable importance in food and sport fishing. In the present study, the chromosomal and genetic differentiation between species Cichla kelberi and Cichla piquiti and its likely natural hybrids. We used cytogenetic techniques and molecular markers PCR multiplex and PCR-­‐RFLP with nuclear and mitochondrial genes and, subsequently, the markers were applied to specimens collected in rivers Parana and Tiete in São Paulo. The cytogenetic techniques were performed for samples collected from the river Tiete, Uru city, while for the establishment and application of molecular markers were used samples of both cities, river Parana (Uru) and river Tiete (Rubineia, Pauliceia e Ilha Solteira). The cytogenetic results indicate a karyotype conservation between species Cichla piquiti and Cichla kelberi such species have diploid number of 2n=48 chromosomes acrocentric type, located nucleolus organizer regions in the pair 2 and constitutive heterochromatic centromeric regions. Furthermore, ribosomal genes are located on the same chromosome pairs for both species, but the 5S rDNA located on the third chromosome pair in interstitial position, and 18S rDNA corroborating markings NOR. Already in the molecular analysis, genomic differences were established between the species C. kelberi and C. piquiti, which allowed the establishment of efficient applicability markers for differentiation of the two species and in different populations, a fact confirmed by applying the same samples from four locations in the state of São Paulo. Furthermore, such genetic markers indicate that the samples identified as hybrid individuals of the species C. kelberi and C. piquiti are actually ... / Mestre

Orientador: Francisco Langeani Neto / Banca: Roberto Goitein / Banca: Gianmarco Silva David / Resumo: Pimelodus maculatus e P. platicirris são espécies simpátricas e a primeira a mais abundante do gênero Pimelodus no alto rio Paraná. Por apresentarem padrões morfológicos parecidos, P. platicirris tem sido erroneamente identificada como P. maculatus. Nós as comparamos morfologicamente e descrevemos suas diferenças. Pimelodus platicirris carece de informações básicas sobre sua biologia. Diante disso, descrevemos a dieta e reprodução das duas espécies e as comparamos. As espécies diferem pelos padrões de coloração e alguns aspectos morfológicos como a altura da nadadeira adiposa, altura e comprimento da cabeça e altura do corpo. Suas dietas foram compostas basicamente dos mesmos itens alimentares, diferindo apenas na frequência dos itens consumidos. Ambas são onívoras, com alta plasticidade alimentar. A ausência de gônadas em estádio avançado de maturação não nos permitiu determinar o período de reprodução, nem afirmar que o trecho amostrado é utilizado como sitio de reprodução / Abstract: Pimelodus maculatus e P. platicirris are sympatric species and the first the most abundant specie of the genus in the upper Paraná river. They have similar morphological patterns and P. platicirris has been wrongly identified as P. maculatus. In this study we compared them morphologically and describe their differences. Pimelodus platicirris lacks basic information about their biology. Therefore, we describe the diet and reproduction of both species and compared them. They differ by color patterns and some morphological features as the height of adipose fin, height and length of the head and body height. Their diets were composed basically of the same food items, but differed in frequency of items consumed. Both are omnivorous with high plasticity of feeding habitats. The absence of gonads in advanced maturation stage did not allow us to determine the reproduction period, nor to affirm if the sampled stretch is used as a site of reproduction / Mestre

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Anderson Luis Alves / Banca: Luis Henrique Garcia Pereira / Banca: Cristiane Kioko Shimabukuru Diaz / Banca: Alexandre Hisdorlf / Resumo: Os atuns, bonitos e cavalas são peixes marinhos pelágicos distribuidos em todos os oceanos tropicais e subtropicais do mundo. São frequentemente capturados e comercializados ao longo de toda sua área de distribuição sendo as oito espécies do gênero Thunnus as de maior valor comercial. A correta identificação das espécies, assim como a delimitação de suas populações são de muita importância na pesca, permitindo a tomada de melhores decisões sobre políticas pesqueiras e conservação. Os resultados são discutidos em dois capítulos, o primeiro baseado na identificação das espécies dentro da família Scombridae e o segundo testando análises populacionais em duas espécies de atuns Thunnus obesus e Katsuwonus pelamis, frequentemente capturados no Brasil e Peru. Para isto testamos a eficiência da metodologia do DNA barcode e a amplificação da região controle na identificação das espécies pertencentes à familia Scombride, com ênfase no gênero Thunnus, e a identificação e separação das populações dos dois atuns. Vinte espécies foram analisadas com o COI (648 espécimes) e dezoito com o D-loop (313 espécimes). Para a primeira parte do estudo, o gene COI discriminou 66% das espécies analisadas, mas as pertencentes ao gênero Thunnus não puderam ser separadas, diferente dos resultados encontrados no D-loop onde todas as espécies foram adequadamente separadas, sendo uma ferramenta eficiente para a identificação das espécies da família Scombridae, incluindo o gênero Thunnus. Nas análises populacionais (segundo capítulo) com o uso do D-loop foi possível identificar duas populações de T. obesus (Pacífico e Atlântico), com um valor alto de Fst, fortemente estruturado e estatisticamente significativo e também de duas populações de Katsuwomus pelamis (clado I e clado II) mas nesse segundo caso não foi verificada um isolamento geogrático das populações / Abstract: Tunas, bonitos and mackerels are marine pelagic fishes distributed in the tropical and subtropical oceans of the world. They are highly captured and traded throughout their distribution area being the eight species of the genus Thunnus those with higher commercial value. Correct species identification in fisheries is needed to take better conservation measures and efficient fisheries management. The results are discussed in two chapters, the first based on the identification of the species within the family Scombridae and the second testing population analysis in two species of tuna Katsuwonus pelamis and Thunnus obesus, offen captured in Brazil and Peru. For this, test the efficiency of the DNA barcode methology and amplification of the control region of species of the Scombridae family, with emphasis in the genus Thunnus, and the identification and separation of the populations of two tuna. Twenty species were analyzed with the COI (648 specimens) and eighteen with the D-loop (313 specimens). For the first part of the study, the COI gene discriminated 66% of the analyzed species, but those belonging to the genus Thunnus could not be separated, unlike the results found in the D-loop in which all species were properly separated and powerful tool for species identification of the Scombridae family, including genus Thunnus. In the population analysis (second chapter) using the D-loop was possible to identify two populations of T. obesus (Pacific and Atlantic), with a high value of Fst, highly structured and statistically significant and also of two populations of K.pelamis (clade I and clade II), but in this second case has not been verified a geographical isolation of populations / Doutor

Orientador: Fábio Porto-Foresti / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Resumo: A pirarara (Phractocephalus hemioliopterus) é um bagre nativo das bacias do rio Amazonas e Tocantins-Araguaia que pode atingir na sua fase adulta cerca de 60 kg. A pirarara é comercializada como peixe ornamental e é um peixe atrativo para a pesca esportiva. A espécie pertence à família Pimelodidae e tem sido ameaçada em seu habitat devido à crescente interferência antrópica nas últimas décadas. O acesso aos dados sobre a situação destas populações constitui um importante meio para o delineamento de projetos de manejo, a fim de conservar a espécie e manter os estoques de reprodutores para piscicultura. Para este fim, os marcadores microssatélites são interessantes para estudos genéticos devido a sua natureza codominante e multialélica, características ideais para serem utilizados em estudos de mapeamento genético, identificação e elucidação de questões sobre a genética de populações de diferentes organismos. Neste contexto, o presente projeto teve por objetivo a identificação e seleção de marcadores moleculares tipo microssatélites para indivíduos da espécie Phractocephalus hemioliopterus, coletados nos Rios Araguaia e Rio das Mortes,e avaliar a estrutura e os níveis de diversidade genética nessas duas localidades. Inicialmente, foram seqüenciadas 67 colônias recombinantes, dos quais apenas 32 continham sequências repetitivas do tipo microssatélite. Destas, 62,5% eram repetições dinucleotídicas e o restante composto por trinucleotídeos e tetranucelotídeos repetidos de forma imperfeita. Deste total, foi possível desenhar primers para 26 loci. Após a amplificação por PCR, 9 loci se mostraram polimórficos e informativos, e foram testados em seis espécies próximas, para a investigação de regiões no DNA altamente conservadas, com sucesso de amplificação de 81,4%. A heterozigosidade observada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The catfish pirarara (Phractocephalus hemioliopterus) is a native Amazonas and Tocantins-Araguaia basin fish, which can weigh up to about 60 kg in its adult form. The pirarara is marketed as an ornamental fish and it is an attraction for sport fishing. The species belongs to the family Pimelodidae and it has been threatened in its habitat due to increasing human interference in recent decades. Access to data on the situation of these populations is an important means for the design of management projects in order to conserve the species and maintaining the stocks of fish breeding. The microsatellite markers for genetic studies are interesting because of their codominant and multiallelic nature, ideal characteristics for use in studies of gene mapping, identification and elucidation of questions about population's genetics of different organisms. In this context, this project aimed to identify and select microsatellite markers on Phractocephalus hemioliopterus individuals, collected in the Araguaia and das Mortes Rivers, and to evaluate the structure and levels of genetic diversity. Initially, 67 recombinat colonies were sequenced, of which only 32 contained repetitive sequences of the microsatellite type. Of these, 62.5% were dinucleotide repeats, and the remainder consisted of trinucelotide and tetranucleotide imperfect repeats. Of this total, it was possible to design primers for 26 loci. After PCR amplification, nine loci showed to be polymorphic and informative, and were tested on six related species for the investigation of highly conserved DNA regions, with a successful amplification of 81.4%. The observed heterozygosity ranged from 0.421 to 0.947. The two sites showed significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) (p<0.01) for some loci, which may be due to the presence of null alleles or even problems... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre