Le petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros autrefois largement répandu dans le nord-ouest de l'Europe a connu une réduction drastique de ces effectifs au cours de la seconde moitié du XXème siècle. La destruction et la fragmentation des habitats favorables à cette espèce font parties des principales causes de ce déclin. Par conséquent nous supposons que la connectivité de ces habitats influence la distribution spatiale des gîtes de maternité. Dans un premier temps nous avons caractérisé la connectivité fonctionnelle de l'habitat de l'espèce et modélisé la distribution des colonies de maternité en Franche-Comté. La méthode des graphes paysagers a été appliquée afin d'extraire plusieurs métriques spatiales représentant la connectivité fonctionnelle paysagère à différentes échelles spatiales. Les résultats montrent à l'échelle locale que la présence de gîte dépend de la disponibilité en forêt à proximité de petites surfaces de bâti. A large échelle, la présence de gîte dépend de leur intégration à un réseau de connectivité à large échelle permettant les échanges d'individus entre gîte. La réduction des flux de gènes entre colonies due à la distribution hétérogène des gîtes peut conduire à la différentiation génétique des colonies distantes. Dans un second temps, à partir de l'échantillonnage de guano nous avons analysé à l'aide de huit microsatellites la différentiation et la structure génétique des colonies de maternité à l'échelle de la région en fonction de la structure paysagère. Malgré l'importante philopatrie des femelles, nos résultats révèlent une faible structure génétique entre les colonies. Cette structure génétique n'est ni expliquée par un isolement par la distance ni corrélée aux distances paysagères. Nous pouvons donc conclure que l'habitat du petit rhinolophe est bien connecté en Franche-Comté. Nos résultats suggèrent également que les échanges génétiques se produisent entre colonies proches probablement via la dispersion des mâles. Ces flux de gènes interviennent probablement en automne juste avant que les mâles et femelles se rejoignent dans le gîte d'hivernage.

Cette thèse porte sur deux espèces de grands requins, le requin bouledogue Carcharhinus leucas et le requin tigre Galeocerdo cuvier. Les objectifs sont d'étudier la structure génétique de leurs populations, la taille efficace des populations identifiées et les modes de reproduction de ces deux espèces. Une différenciation génétique importante a été identifiée entre les populations de requin bouledogue de l'Ouest de l'océan Indien et de l'Ouest du Pacifique, reflétant soit une absence de flux de gènes contemporains, soit des flux de gènes uniquement assurés par les mâles. À l'inverse, les populations de requin tigre de ces deux régions sont homogènes génétiquement. Une plus faible diversité génétique a été identifiée chez le requin tigre que chez le requin bouledogue, peut-être liée à une diminution forte des effectifs datant de moins de 3 000 ans. Autour de La Réunion, les populations des requins bouledogue et tigre suivent des dynamiques différentes, liées à leurs modes de reproduction. Chez le requin bouledogue, les individus semblent fidèles à des zones côtières particulières (philopatrie) pour s'accoupler et/ou mettre bas, et les portées sont fréquemment issues de plusieurs pères (polyandrie). À l'inverse, les zones d'accouplement et de mise bas du requin tigre restent mal connues, et cette espèce semble exclusivement monoandre, caractéristiques liées à sa nature semi-océanique. Ces travaux montrent les capacités de dispersion importantes de ces deux espèces. Leurs populations présentent des dynamiques différentes induisant une vulnérabilité différente aux pressions anthropiques. / This PhD thesis focuses on two large shark species, the bull shark Carcharhinus leucas and the tiger shark Galeocerdo cuvier. The aims are to study the genetic structuring of their populations, the effective population size of the delimited populations and the reproductive modes of both species. A strong genetic differentiation was highlighted between bull shark populations from the Western Indian Ocean and the Western Pacific, due to either an absence of contemporary gene flow or to an absence of female gene flow only. On the opposite, tiger shark populations seem genetically homogenous, with important genetic connectivity between both regions. Within each region, no genetic differentiation among localities was highlighted for both species. A weaker genetic diversity was identified for the tiger shark, probably linked to the occurrence of a recent bottleneck occurring less than 3,000 years ago. Around Reunion Island, bull and tiger shark populations present different dynamics, linked to their reproductive modes. Bull shark individuals from both sexes seem to exhibit some fidelity to specific coastal sites (philopatry) to mate and/or deliver embryos, and litters are frequently issued from several fathers (polyandry). On the opposite, mating and pupping areas of the tiger shark remain poorly known, and this species seems exclusively monoandrous, probably linked to its semi-oceanic nature.This work highlights the high dispersal abilities of both species. Their populations present different dynamics, leading to different sensitivities to anthropogenic pressures. These results point out the need to adopt management plans specific to each species

Le petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros autrefois largement répandu dans le nord-ouest de l’Europe a connu une réduction drastique de ses effectifs au cours de la seconde moitié du XX ème siècle. La destruction et la fragmentation des habitats favorables à cette espèce font partie des principales causes de ce déclin. Une des hypothèses testées ici est que la connectivité de ces habitats influencerait la distribution spatiale des gîtes de maternité. Dans un premier temps nous avons estimé la connectivité fonctionnelle de l’habitat de l’espèce et modélisé la distribution des colonies de maternité en Franche-Comté. La méthode des graphes paysagers a été appliquée afin d’extraire plusieurs métriques représentant la connectivité fonctionnelle paysagère à différentes échelles spatiales. Ces métriques ont été retenues dans un modèle prédictif de la présence de gîte de maternité en fonction du contexte paysager, ce qui confirme l’hypothèse du rôle de la connectivité dans la distribution de l’espèce. Les résultats montrent qu’à l’échelle locale de la colonie, la présence de gîte dépend de la disponibilité en forêt à proximité de petites surfaces de bâti. À un niveau régional, la présence de gîte dépend de leur intégration à un réseau de connectivité à large échelle permettant les échanges d’individus entre gîtes. La deuxième hypothèse testée est que la réduction des flux de gènes entre colonies due à des variations de connectivité fonctionnelle entre gites pourrait conduire à la différentiation génétique des colonies distantes. Pour la tester, nous avons analysé à partir de l’échantillonnage de guano et à l’aide de huit microsatellites la différentiation et la structure génétique des colonies de maternité en relation avec la structure paysagère dans l’ensemble de la région. Malgré l’importante philo patrie des femelles, nos résultats révèlent une faible différentiation génétique entre les colonies cependant structurée. Cette structure génétique n’est ni expliquée par un isolement par la distance ni corrélée aux distances paysagères. Nous pouvons donc conclure que l’habitat du petit rhinolophe est bien connecté en Franche-Comté. Nos résultats suggèrent également que les échanges génétiques se produisent entre colonies proches possiblement via la dispersion des mâles. Ces flux de gènes interviendraient alors en automne juste avant que les mâles et femelles se rejoignent dans le gîte d’hivernage. / The lesser horseshoe bat, Rhinolophus hipposideros was formerly widespread and quite common in north-westernEurope, but has undergone a dramatic decline from the 1960s. Habitat reduction and fragmentation have beensuggested as main factors explaining the decline of this species. Following this assumption, we expected habitatconnectivity to influence the spatial distribution of the maternity roosts. We firstly estimated the functionalconnectivity of the bat’s habitat and modeled the distribution of its colonies in Franche-Comté region (France). Weapplied a landscape graph-based approach to extract several patch-level metrics representing the functionalconnectivity of the landscape at different spatial scales. Those metrics were integrated in a predictive model of thematernity roosts presence according to the landscape context which confirms the role of landscape connectivity in thespecies distribution. Results showed that, at the colony local scale, roost’s presence depends on the availability ofwooded elements near small built areas. At the regional scale, roost’s presence depends on their spatial integration intoa connected network allowing exchanges of individuals among them. The second assumption is that restricted geneflows among colonies due to variations of functional connectivity among maternity roosts may lead to geneticdifferentiation between distant colonies. Based on bat droppings sampling and using eight microsatellite loci, wetested this hypothesis by examining the genetic differentiation of maternity colony at regional scale according tolandscape structure. Despite strong female philopatry our results emphasized a weak but structured geneticdifferentiation within maternity colonies. This genetic structure was neither related to isolation by distance nor tolandscape measures. We could conclude that the Franche-Comté region presents a good overall connectivity for thelesser horseshoe bat. Our results also suggest that genetic exchanges occurred between geographically closed colonies,probably due to male dispersal events. Inter-colony gene flows might occur during mating in the fall, just before malesand females gathering in winter roosts.

La perchaude (Perca flavescens) constitue une ressource socioéconomique de grande importance dans le Lac Saint-Pierre (Québec, Canada). Bien que ce lac fluvial soit désigné réserve de la biosphère par l’UNESCO, le statut de la perchaude est préoccupant. Afin de permettre à l’espèce de persister en fonction des diverses pressions anthropiques, il est important de comprendre sa dynamique populationnelle et les mécanismes qui en sont responsables. La perchaude est connue pour sa philopatrie ; le fait de toujours se reproduire à son site de naissance peut entraîner la subdivision d’une espèce en de multiples populations, où chacune pourra être pourvue d’adaptations locales distinctes. Il est possible d’étudier ces processus à l’aide des signaux génétiques associés à la reproduction des individus. Toutefois, une faible différentiation génétique entre les populations du Lac Saint-Pierre est envisagée en raison de la colonisation récente du système (moins de 8000 ans). L’objectif de cette étude est de déterminer s’il existe plusieurs populations de perchaude dans le Lac Saint-Pierre. Les simulations réalisées ont révélé que l’utilisation de marqueurs AFLP (amplified fragment length polymorphism), permettant une analyse globale du génome, affiche une meilleure détection de la différentiation des populations que celle des marqueurs microsatellites. Afin d’associer les individus à leur site de naissance, la méthode d’AFLP et des microsatellites ont été utilisées sur des larves capturées suite à l’éclosion des oeufs. Trois analyses distinctes d’AFLP ont indiqué une corrélation entre la composition génétique des individus et des sites géographiques, confirmant ainsi la présence de plusieurs populations sympatriques dans le Lac Saint-Pierre, découlant vraisemblablement de la philopatrie de l’espèce. L’absence de différentiation génétique relatée par les marqueurs microsatellites vient confirmer l’importance du choix des marqueurs génétiques. Bien que la différentiation génétique observée soit relativement faible, la gestion de la perchaude devrait tenir compte de la dynamique des populations distinctes dans ce système. / Yellow perch (Perca flavescens) is a commercially-exploited freshwater fish species in Lake Saint-Pierre (Quebec, Canada). Even if this fluvial lake is designated as a biosphere reserve by UNESCO, the yellow perch status is of concern. To ensure the persistence of species facing to anthropogenic pressures, understanding dynamics and mechanism that structure populations are of major importance. Because the habitat characteristics are spatially structured and this species is known to display natal site fidelity, a subdivision of the species in multiple populations and local adaptations may occur. It is possible to detect these processes according to genetic signal associated with individuals’ reproduction. However, low genetic differentiation is hypothesised due to the recent colonization of the system (< 8 K years). This study aims at determining if there are multiple populations of yellow perch in Lake Saint-Pierre. Simulations was first performed to confirm that population differentiation is better depicted by amplified fragment length polymorphism (AFLP) than microsatellite markers. In order to associate individuals to their site of birth, larvae captured after hatching were used. A survey of the variation throughout the entire genome was then performed by using the AFLP approach and variations at microsatellite loci were used to further investigate the organization of these populations. Three distinct AFLP analyses indicated a correlation between genetic composition of individuals and spawning sites, and thus confirmed the presence of multiple sympatric populations in Lake Saint-Pierre, resulting likely from natal site fidelity. At the opposite, the lack of genetic differentiation reported by microsatellites markers confirms the importance of the choice of genetic markers. While the genetic differentiation is very low, the management of this species should take into account the existence of distinct population structures in this system.

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La perchaude (Perca flavescens) constitue une ressource socioéconomique de grande importance dans le Lac Saint-Pierre (Québec, Canada). Bien que ce lac fluvial soit désigné réserve de la biosphère par l’UNESCO, le statut de la perchaude est préoccupant. Afin de permettre à l’espèce de persister en fonction des diverses pressions anthropiques, il est important de comprendre sa dynamique populationnelle et les mécanismes qui en sont responsables. La perchaude est connue pour sa philopatrie ; le fait de toujours se reproduire à son site de naissance peut entraîner la subdivision d’une espèce en de multiples populations, où chacune pourra être pourvue d’adaptations locales distinctes. Il est possible d’étudier ces processus à l’aide des signaux génétiques associés à la reproduction des individus. Toutefois, une faible différentiation génétique entre les populations du Lac Saint-Pierre est envisagée en raison de la colonisation récente du système (moins de 8000 ans). L’objectif de cette étude est de déterminer s’il existe plusieurs populations de perchaude dans le Lac Saint-Pierre. Les simulations réalisées ont révélé que l’utilisation de marqueurs AFLP (amplified fragment length polymorphism), permettant une analyse globale du génome, affiche une meilleure détection de la différentiation des populations que celle des marqueurs microsatellites. Afin d’associer les individus à leur site de naissance, la méthode d’AFLP et des microsatellites ont été utilisées sur des larves capturées suite à l’éclosion des oeufs. Trois analyses distinctes d’AFLP ont indiqué une corrélation entre la composition génétique des individus et des sites géographiques, confirmant ainsi la présence de plusieurs populations sympatriques dans le Lac Saint-Pierre, découlant vraisemblablement de la philopatrie de l’espèce. L’absence de différentiation génétique relatée par les marqueurs microsatellites vient confirmer l’importance du choix des marqueurs génétiques. Bien que la différentiation génétique observée soit relativement faible, la gestion de la perchaude devrait tenir compte de la dynamique des populations distinctes dans ce système. / Yellow perch (Perca flavescens) is a commercially-exploited freshwater fish species in Lake Saint-Pierre (Quebec, Canada). Even if this fluvial lake is designated as a biosphere reserve by UNESCO, the yellow perch status is of concern. To ensure the persistence of species facing to anthropogenic pressures, understanding dynamics and mechanism that structure populations are of major importance. Because the habitat characteristics are spatially structured and this species is known to display natal site fidelity, a subdivision of the species in multiple populations and local adaptations may occur. It is possible to detect these processes according to genetic signal associated with individuals’ reproduction. However, low genetic differentiation is hypothesised due to the recent colonization of the system (< 8 K years). This study aims at determining if there are multiple populations of yellow perch in Lake Saint-Pierre. Simulations was first performed to confirm that population differentiation is better depicted by amplified fragment length polymorphism (AFLP) than microsatellite markers. In order to associate individuals to their site of birth, larvae captured after hatching were used. A survey of the variation throughout the entire genome was then performed by using the AFLP approach and variations at microsatellite loci were used to further investigate the organization of these populations. Three distinct AFLP analyses indicated a correlation between genetic composition of individuals and spawning sites, and thus confirmed the presence of multiple sympatric populations in Lake Saint-Pierre, resulting likely from natal site fidelity. At the opposite, the lack of genetic differentiation reported by microsatellites markers confirms the importance of the choice of genetic markers. While the genetic differentiation is very low, the management of this species should take into account the existence of distinct population structures in this system.