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Zur Bildungssituation der Proletarierkinder im 19. Jahrhundert : Kinderarbeit und Armenschulwesen in der sächsischen Elbestadt Pirna /

Lange, Siegfried, January 1978 (has links)
Teilw. zugl.: Dresden, Techn. Universiẗat, Diss., 1971.
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Functional studies of the RNA helicases Vasa and Tdrd9 in the piRNA pathway / Analyses fonctionnelles de les ARN hélicases Vasa et TDRD9 dans la voie des piRNA

Spinelli, Pietro 01 December 2015 (has links)
Les protéines Piwi sont exprimées dans les gonades (testicules et ovaires) des animaux où elles s'associent à des petits ARN nommés piRNAs (Piwi-interaction RNAs) et répriment les éléments transposables, défendant ainsi de l'intégrité du génome. En effet, les animaux knock-out pour les protéines Piwi montrent une perte de piRNAs et une activation des éléments transposables avec des conséquences catastrophiques: l'arrêt du développement des cellules germinales, due potentiellement à des dommages du génome qui entraîne l'infertilité. Le « Silencing » est réalisé soit par l'activité endonucléase guidée par les piRNAs de la protéine Piwi cytosolique ou par le recrutement de la machinerie de répression transcriptionelle sur les loci génomiques des cibles par Piwi nucléaire. La biogenèse des piRNAs peut être divisée en deux voies, une primaire et une secondaire. De longs ARN précurseurs simple-brin sont transformés en piRNAs matures de 25-30 nt qui sont chargés dans les protéines Piwi. Une fois chargée avec le piRNA, Piwi se lie aux transcrits de transposons ayant la séquence complémentaire et les clive en générant deux ARN, dont l'un peut être chargé dans une nouvelle protéine Piwi, produisant un piRNA secondaire. Des études génétiques ont identifié plusieurs facteurs protéiques essentiels à ce processus. Certain de ces facteurs sont des hélicases à ARN dont le rôle spécifique reste inconnu, principalement parce que ce sont des enzymes dynamiques et l'identification de leurs cibles et leurs partenaires protéiques avec des approches biochimiques standards est difficile.Dans la première partie de cette thèse nous décrivons comment l'introduction d'une mutation ponctuelle dans la boîte DEAD de l'hélicase à ARN Vasa (DEAD à DQAD) peut bloquer son activité in vivo et figer le complexe transitoire de biogenèse qui contient VASA et les deux protéines Piwi responsables de la biogenèse secondaire.La résolution de la structure de VASADQ en complexe avec l'ATP ou l'AMPPNP a révélé les détails moléculaires de cette inhibition et a expliqué le phénotype observé in vivo. VASADQ a un taux d'hydrolyse de l'ATP réduit, car après hydrolyse, le phosphate libre est bloqué à l'intérieur du site actif en raison d'une liaison hydrogène supplémentaire formée avec la Gln mutée. La réduction de l'hydrolyse de l'ATP se traduit par une faible liaison à l'ARN mesurée par des expériences biophysiques. L'introduction de la même mutation chez l'homologue murin de VASA (MVH) produit un phénotype de dominant négatif où MVHDQ est agglutinée sur le complexe RNP contenant les protéines Piwi et les piRNAs.Dans la deuxième partie de cette thèse, nous avons introduit la même mutation dans TDRD9, une autre hélicase à ARN impliquée dans la voie des piRNAs mais dont la fonction est inconnue. Nous avons d'abord exprimé, purifié TDRD9 et montré que la mutation dans son domaine hélicase DEVH à DQVH abolit complètement son activité ATPase sans impacter sur sa stabilité. Par la suite, nous avons généré une souris Knock-in et analysé son phénotype. Les souris Knock-in mâles sont stériles et présentent un blocage au début de la spermatogenèse qui est probablement une conséquence des dommages de l'ADN générés par l'activation des éléments transposables. Ces éléments, comme Line-1, présentent un défaut de méthylation à leur loci génomiques, mais qui ne semble pas être contrôlé par la voie piRNA dans le mutant, étant donné que les protéines Piwis sont correctement chargées avec les piRNAs dérivés de Line-1.Dans l'ensemble, nous avons étudié le rôle moléculaire de deux hélicases à ARN dans la voie des piRNAs, nous avons élucidé le rôle de VASA et nous montrons que l'activité ATPase de TDRD9 est essentielle pour la régulation des transposons au cours de la spermatogenèse de la souris. / PIWI proteins are expressed in the gonads (testis and ovary) of animals where they associate with PIWI-interacting RNAs (piRNAs) and silence transposable elements, defending the integrity of the genome. Indeed, animal knock-outs of Piwi proteins display a loss of piRNAs and activation of transposon sequences with catastrophic consequences: block in germ cell development potentially due to genome damage, resulting in infertility. Silencing is achieved either by piRNA-guided endonuclease activity of cytosolic Piwi protein or by recruitment of transcriptional repression machinery on target genomic loci by nuclear Piwi. Biogenesis of piRNAs can be divided in primary and secondary pathway. Primary pathway describes how long single-stranded RNA precursors are processed into mature 25-30 nt piRNAs and loaded into Piwi proteins. Piwi-loaded piRNAs bind and cleave complementary transposon transcripts generating two RNA products, one of which can be loaded into a new Piwi protein, generating a secondary piRNA. Different protein factors are essential in this process as identified by genetic studies. Few of these factors are putative RNA helicases but their specific role is unknown, mainly because RNA helicase are dynamic enzymes and identification of their targets and protein partners with standard biochemical approaches is challenging.In the first part of this thesis I describe how the introduction of a point mutation in the DEAD box of the RNA helicase Vasa (DEAD to DQAD) can block its activity in vivo and freeze a transient biogenesis complex that contains Vasa and the two Piwi proteins responsible for secondary biogenesis.Crystal structure of VASADQ in complex with ATP or AMPPNP revealed the molecular details of this inhibition and explained the phenotype observed in vivo. VasaDQ has a reduced ATP hydrolysis rate because after hydrolysis the free phosphate is blocked inside the active site due to an additional hydrogen bond formed with the mutated Gln. The reduction in ATP hydrolysis is mirrored by an impaired RNA binding activity as measured with biophysical experiments. Introduction of the same mutation in the mouse homologue of Vasa (MVH) has a dominant-negative phenotype where MVHDQ is clump on an ribonucleoprotein (RNP) complex containing piRNAs and mouse Piwi proteins.In the second part of this thesis I introduce the same mutation in TDRD9, another RNA helicase involved in piRNA pathway with an unknown function. First I expressed and purified TDRD9 and showed that DEVH to DQVH mutation in its helicase domain completely abolishes its ATPase activity but do not affects its stability. Next I created a knock-in mutation in the mouse genomic locus for Tdrd9 and analysed the resulting phenotype in the mutant. Knock-in mice are male sterile with an early block in spermatogenesis that is probably a consequence of uncontrolled DNA damages generated by de-repressed transposon elements. These elements, like Line-1, fail to be correctly methylated at their genomic loci in the Tdrd9 mutant. Although Tdrd9 is important for Line-1 transposon silencing, it is likely not via a role in piRNA biogenesis since Piwi proteins are correctly loaded with Line-1 derived piRNAs. Interestingly a drop in piRNAs that derives from SINE elements is observed in the mutant, probably reflecting a role for Tdrd9 in sorting primary transcripts into MILI and MIWI2 during DNA de novo methylation.Overall I investigated the molecular role of two RNA helicases in the piRNA pathway, elucidating the role of Vasa and show that the ATPase activity of Tdrd9 is essential for transposon regulation in mouse spermatogenesis.
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Alphabetischer Katalog des historischen Buchbestands der Ev.-Luth. Kirchgemeinde Pirna in der Stadtkirche St. Marien: Erstellt im Rahmen der Masterarbeit „Der historische Buchbestand der Ev.-Luth. Kirchgemeinde Pirna in der Stadtkirche St. Marien“

Jansky, Caroline Viola Charlotte 28 September 2017 (has links)
Der vorliegende Katalog stellt die bibliothekarische Formalerschließung des historischen Buchbestands der Kirchenbibliothek der Ev.-Luth. Kirchgemeinde Pirna in der Stadtkirche St. Marien dar. Basierend auf der geleisteten Erschließungsarbeit, deren Ergebnis der alphabetische Katalog darstellt, wird in der zugehörigen Masterarbeit an der HTWK Leipzig der genannte Bestand hinsichtlich seiner Entwicklung, Geschichte und Herkunft untersucht. Historisch lässt sich der Buchbestand in drei Schichten gliedern: 1. der bis 1714 in der Sakristei der Marienkirche aufbewahrte ursprüngliche Bestand der Kirchenbibliothek, 2. die im Jahr 1714 gestifteten Bücher der Sammlung Johann Heinrich Großmanns und 3. vereinzelte Schenkungen und Anschaffungen nach 1715.:Abteilung 1: Vollständige Druckschriften Abteilung 2: Fragmentarische, nicht identifizierbare Druckschriften Abteilung 3: Selbständige und beigebundene Handschriften Standortkonkordanz
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Analýza krátkých izoforem proteinů Argonaut z myších oocytů / Analysis of short Argonaute isoforms from mouse oocytes

Jankele, Radek January 2015 (has links)
AnalysisofshortArgonauteisoformsfrommouseoocytes Abstract: Argonaute proteins carrying small RNAs form the conserved core of RNA silencing mechanisms, which repress viruses, mobile genetic elements, and genes in a sequence specific manner. The microRNA (miRNA) pathway is a dominant mammalian RNA silencing mechanism in somatic cells, which post-transcriptionally regulates large fraction of genes and thereby adjusts protein levels. miRNA-guided Argonautes inhibit translation and induce deadenylation of complementary mRNAs, ultimately resulting in their decay. In contrast to RNA interference (RNAi), which employs Argonaute slicer activity to directly cleave perfectly complementary RNAs, an effective miRNA-mediated mRNA repression requires multiple Argonaute-associated protein factors and enzymes. The miRNA pathway has been implicated in many complex biological processes ranging from organogenesis, stress-response to haematopoiesis or cancer. Surprisingly, canonical miRNAs are not essential for oocytes and early embryonic development in mice. Even the most abundant miRNAs present in mouse oocytes are unable to effectively repress target genes. However, RNAi, which shares key enzymes with the miRNA pathway, is highly active in oocytes and early embryos. The cause of miRNA inactivity in mouse oocytes remains...
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A discrete population of ciliated cells express the piRNA binding protein MIWI2 to regulate lung inflammation

Wasserman, Gregory Alexander 15 June 2016 (has links)
Control of retrotransposon expression in the mammalian germline is regulated by Argonaute family PIWI proteins and their associated small non-coding RNAs known as PIWI-interacting RNAs (piRNAs). To date, no study has demonstrated clear PIWI protein expression nor identified a cellular function(s) for PIWI proteins in the mammalian soma. In contrast to the germline-restricted expression of piRNA associated proteins, we observed that Miwi2 mRNA was induced specifically in epithelial cells during pneumococcal pneumonia. Further investigation showed that similar to its mRNA, MIWI2 protein was indeed expressed outside of the mammalian germline, and was localized to the cytoplasm of a discrete population of multiciliated lung epithelial cells. Immunoprecipitation of MIWI2 from whole lung lysates indicated that it was bound to a small RNA that was longer than a traditional piRNA. Microarray analysis revealed that depletion of MIWI2 in a murine epithelial cell line or in a whole animal model had no effect on retrotransposon expression, further suggesting that lung MIWI2 is independent of nuclear piRNA silencing pathways. Under basal conditions, MIWI2 was required for the normal maintenance of airway epithelial cell fate. In fact, Miwi2 deficiency resulted in an increase in club cells and decrease in ciliated cells indicating that MIWI2 could play a primary role in mucociliary homeostasis or clearance. Similarly, as MIWI2 is induced during lung infection we sought to determine if it participated in host innate immune responses to bacterial infection. Using a clinically relevant model of community acquired pneumonia, Miwi2 deficient mice exhibited an increased expression of inflammatory mediators and immune cell recruitment thus leading to enhanced bacterial clearance. Taken together, these data support the notion that MIWI2 exerts piRNA-independent functions outside of the germline in the ciliated lung epithelium to regulate innate immunity during pneumonia. More broadly, these studies shed light on new areas in PIWI protein and lung ciliated cell biology, and may have implications for multiple diseases including cancer, inflammatory disorders, and infectious diseases.
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Caractérisation de NEF-sp : une exoribonucléase 3'→ 5' spécifique du testicule / Characterization of mammalian NEF-sp a testis-specific 3′→5′ exoribonuclease

Moreira Da Silva, Sara 29 June 2017 (has links)
Caractérisation de NEF-sp: une exoribonucléase 3'→ 5' spécifique du testicule. Les études biochimiques et génétiques ont révélé que de nombreuses protéines jouent un rôle important dans la voie des ARNpi (ARN interagissant avec Piwi). Néanmoins, certaines caractéristiques mécanistes ne sont pas encore complètement comprises. D’autre part, certaines protéines impliquées dans la voie des ARNpi pourraient ne pas encore être caractérisées. Lorsque ce projet a commencé, le traitement 3’ des ARNpi n'avait pas été complètement identifié. Par contre la directionnalité 3’ à 5’ avait été observée avec une dépendance au Mg2+. Toutefois, la protéine responsable du raccourcissement des ARNpi à leur longueur mature n'était toujours pas connue.NEF-sp devrait être une exo nucléase d'ARN avec une directionnalité de 3' à 5'. Sa prédiction de domaine a révélé que cela se compose d'un domaine de nucléase N-terminal et de deux motifs de reconnaissance d'ARN (RRM). NEF-sp est également prévue comme une nucléase spécifique aux testicules, mais son rôle biologique n'a pas été caractérisé auparavant. Ce projet s'est concentré sur une hypothèse initiale selon laquelle NEF-sp pourrait potentiellement agir comme une nucléase impliquée dans la voie des ARNpi.Globalement, nous avons démontré que NEF-sp humaine est une exoribonucléase avec une directionnalité 3'→ 5'qui est active sur les substrats de l'ARN simple brin. Cette protéine est exprimée exclusivement dans les testicules des souris. En plus, NEF-sp pourrait fonctionner dans le compartiment nucléaire. Notre analyse de la souris Nef-sp mutante n'a révélé aucun phénotype évident. Nous avons observé que les homozygotes des deux sexes sont viables et présentent une fertilité normale. De plus, NEF-sp ne semble pas jouer un rôle dans la voie des ARNpi. Il est possible que le recadrage du/des substrat(s) inconnu(s) ne soit pas important pour la viabilité et fertilité en raison de la compensation potentielle par d'autres nucléases. Néanmoins, notre étude fournit une caractérisation biochimique et génétique de l'exoribonucléase NEF-sp des mammifères. / Genetic and biochemical studies have identified more than twenty different proteins involved in the piRNA pathway. However, some mechanistic features are still not fully understood. When this project started, piRNAs 3' end trimming was not completely characterized. Trimming was observed before in BmN4 cells and an Mg2+-dependent 3′ to 5′ exonuclease was implicated in this process. However, the protein responsible for shortening piRNAs to their mature length was still not known.NEF-sp is predicted to be an RNA exonuclease with 3′ to 5′ directionality. This protein is composed by three domains: a nuclease domain at N-terminal and two RNA binding motifs at C-terminal. NEF-sp is also predicted to be a testis-specific nuclease, however its biological role was not previously characterized. This project was based on the hypothesis that NEF-sp could potentially act as a nuclease involved in the piRNA maturation.We examined the biochemical properties of the uncharacterized mammalian nuclease family member NEF-sp. We show that Nef-sp transcripts are detected exclusively in mouse testes. We demonstrate that hNEF-sp is a 3ʹ→5ʹ exoribonuclease that is active on ssRNA substrates and likely functions in the nucleolar compartment. Our own analysis of the Nef-sp mouse knock-out mutant revealed no obvious phenotype. We observed that homozygous animals of both sexes are viability and display normal fertility. NEF-sp does not seem to play a role in piRNA pathway. It is possible that precise trimming of the unknown substrate(s) may not be important for viability/fertility due to potential complementation by other nucleases. Nevertheless, our study provides a biochemical and genetic characterization of the mammalian NEF-sp exoribonuclease.
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Functionnal studies of the Tdrd12-Exd1 complex in the piRNA pathway / Etudes fonctionnelles du complexe Tdrd12-Exd1 dans la voie piRNA

Yang, Zhaolin 09 December 2014 (has links)
Les piARN (Piwi-interacting RNAs) sont des petits ARN spécifiques des cellules germinales qui fonctionnent en tant que gardiens de l'intégrité du génome. La biogenèse des piARN est relativement mal comprise comparée à celle des miARN et des siARN. Des études approfondies conduites chez la souris et la drosophile ont conduits à la proposition de deux modèles de biogenèse des piARN: la voie primaire et la voie secondaire. Un grand nombre de facteurs protéiques ont été identifiés pour être impliqués dans ces deux voies. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur les études fonctionnelles de deux facteurs protéiques nouvellement identifiés, Tdrd12 et Exd1, dans les voies piARN. Les protéines à domaine « Tudor » constituent la plus grande famille de protéines impliquées dans la voie des piARN. Au cours de cette étude, nous avons identifié une nouvelle protéine contenant un domaine « Tudor », Tdrd12, qui est essentielle pour la biogenèse secondaire des piARN chez la souris. Tdrd12 interagit avec MILI et Tdrd1 pour former un complexe. La perte de fonction de Tdrd12 provoque une stérilité spécifique des mâle et conduit à l'activation des transposons, en raison de l'altération de la production de piARN chez la souris. MIWI2 dépourvue de piARN est ensuite délocalisée du noyau vers le cytoplasme, ce qui induit une réduction de la méthylation de l'ADN.Dans l'étude de la fonction moléculaire de Tdrd12 dans la lignée cellulaire BmN4 qui est dérivée des ovaires de Bomby mori (ver à soie), nous avons identifié un facteur associé à Tdrd12 contenant un domaine exonucléase, Exd1 (Exonulcease domain-containing 1), comme un nouveau facteur dans la voie piRNA. Tdrd12 interagit avec Exd1 et Siwi via son domaine hélicase à ARN et le 2ème domaine « Tudor » respectivement. Exd1 forme un homodimère via son hélice C-terminale. Les expériences biochimiques ont révélées que Exd1 est une nucléase inactive et qu'elle possède une activité de liaison de l'ARN. Fait intéressant, Exd1 est un gène qui a évolué rapidement avec des longueurs différentes de la partie C-terminale dans différentes espèces. En particulier, l'orthologue de Exd1 chez Drosophilid est dépourvu du domaine LSM dans son l'extrémité N-terminale, ce qui aboli son interaction avec Tdrd12. L'inactivation du gène CG11263 chez la mouche n'a pas d'effet sur l'expression du transposon et la fertilité. L'étude génétique chez la souris serait utile pour révéler le rôle biologique de Exd1 dans la voie des piARN. / Piwi-interacting RNAs (piRNAs) are germline specific small RNAs that function as guardians of genomic integrity. piRNA biogenesis is poorly understood relative to miRNA and siRNA biogenesis. Extensive studies of piRNA pathway in mice and Drosophila have led to the proposal of two piRNA biogenesis models: primary and secondary piRNA biogenesis pathways. A large number of protein factors have been identified to be involved in the piRNA pathways. In this thesis study, we focus on the functional studies of two newly identified protein factors, Tdrd12 and Exd1, in the piRNA pathways. Tudor domain containing proteins constitute the largest protein family in the piRNA pathway. Here we found a new Tudor domain protein, Tdrd12, which is essential for secondary piRNA biogenesis in mice. Tdrd12 interacts with MILI and Tdrd1 to form a complex. Loss-of-function of Tdrd12 leads to the male specific sterility and transposon activation, due to the impaired piRNA production in mice. MIWI2 depleted of piRNAs is mislocalized in the cytoplasm from the nucleus, and results in the reduced DNA methylation.In the molecular function study of Tdrd12 in Bomby mori (silkworm) ovary derived cell line-BmN4, we identified Tdrd12 associated factor, Exonulcease domain-containing 1 (Exd1), as a new factor in the piRNA pathway. Tdrd12 interacts with Exd1 and Siwi via its RNA helicase domain and 2nd Tudor domain respectively. Exd1 form homodimer via its C-terminal helix. Biochemical assay revealed that Exd1 is an inactive nuclease and possess RNA binding activity. Interestingly, Exd1 is a fast evolving gene with various C-term lengths from different species. Particularly, Exd1 ortholog in Drosophilid lacks Lsm domain at the N-termini, which abolish its interaction with Tdrd12. Disruption of CG11263 gene in flies has no effect on transposon expression and fertility. Genetic study in mice would be helpful to reveal the biological role of Exd1 in piRNA pathway.
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Piwi function and piRNA cluster regulation : Drosophila melanogaster / Fonction de Piwi et régulation de clusters piRNAs : Drosophila melanogaster

Le Thomas, Adrien 11 September 2014 (has links)
Les piRNAs sont une population de petit ARNs très diverse, que l'on retrouve dqns la lignée germinales des animaux pour réprimer les éléments génétiques mobiles : agissant de pair avec les protéines Piwi, ils guident le clivage des transposons actif. Chez la Drosophile, 3 protéines Piwi sont présentes, dont deux d'entre elles, AUB et AGO3, sont cytoplasmique et la dernière, PIWI, est nucléaire cependant son mécanisme d'action reste inconnu. La source principale de piRNAs sont des régions du génome bien particulière, appelé cluster de piRNAs. Cependant, il n'est pas encore connu a ce jour qu'est ce qui différentie ces région du reste du génome. Durant mon doctorant mon travail s'est focalisé sur ces deux questions centrales :Quel est le rôle de PIWI dans le noyau? Nous avons montré que PIWI était responsable de répression transcriptionnelle des transposons par l'intermédiaire de la déposition de marques chromatiniennes répressive, H3K9me3, grâce à la spécificité des piRNAs.Comment sont définit les régions générant des piRNA et comment sont régules leur expression ?Nous avons trouvé que les piRNAs qui sont transmis par la mère aux progénitures sont responsables de l'identification des régions génomiques donnant naissances à de nouveau piRNAs, grâce à la déposition de H3K9me3 dans le noyau et par l'initiation du cycle ping-pong dans le cytoplasme.Nous avons aussi mis en évidence les régions promoteurs des clusters de piRNAs, et trouve qu'elles sont nécessaires pour la production de piRNAs. / PiRNAs are a diverse population of small RNA found in the animal germline to silence mobile genetic elements: loaded into Piwi proteins, they guide homology-dependent cleavage of active transposon mRNAs. In Drosophila, three Piwi proteins are expressed, from which two, AUB and AGO3, are known to destroy transposon transcripts in the cytoplasm. The third one, Piwi itself, is nuclear and the molecular mechanism of its function remains unknown. The main sources of piRNAs are discrete genomic loci called piRNA clusters, however it is not known what differentiate them from non-piRNA producing loci. During my PhD, I focused my work on two central questions:1) What is the role of Piwi in the nucleus? We showed that Piwi is responsible for transcriptional silencing by mediating installment of repressive marks, especially H3K9me3, over active transposons copies in a piRNA dependent manner.2) How are piRNA clusters defined, and what regulates their expression? Analyzing what features differentiate a piRNA producing loci from any non-producing loci in the genome, we were able to single out some specific characteristics: . We showed that maternally inherited piRNAs are responsible to define germline clusters at the next generation through two mechanisms: in the nucleus, by deposition of H3K9me3 onto complementary genomic sequence, and, in the cytoplasm, by initiating the ping-pong cycle using cluster transcripts as substrates, leading to their processing into mature piRNAs.. We found that cluster promoters are essential to mediate full cluster transcription, which is allowed thanks to a very specific chromatin signature necessary to ensure piRNA production.
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Understanding Nuage-mitochondrial Coupling in Drosophila piRNA Biogenesis

Ge, Tianfang 15 August 2018 (has links)
In the Drosophilaovary, PIWI-interacting RNAs (piRNAs) suppress transposon expression, ensuring female fertility. PIWI proteins Aub and Ago3, loaded with ping-pong piRNAs and reside in perinuclear nuage granules, engage in reciprocal transposon transcript cleavage termed the ping-pong cycle. The other PIWI protein Piwi, loaded with phased piRNAs and resides in the nucleus, silences transposon transcriptionally. Ping-pong piRNAs are made through the ping-pong amplification loop by Aub and Ago3, whereas phased piRNAs are made through consecutive endonucleolytic cleavages that spread in 5′-to-3′ direction, presumably by Zucchini (Zuc), an endonuclease resides on the surface of mitochondria. The ping-pong and phasing biogenesis pathways are coupled genetically and molecularly. However, it is not known how such coupling is achieved at the mechanistic level. We found that nuage and mitochondria are physically separate under the confocal and electron microscopy. Zuc interacts with other known phasing factors on the mitochondrial surface, including an RNA-binding ATPase Armitage (Armi). Relying on its ATPase activity, Armi avoids binding to genic mRNAs, instead binds to piRNA precursors engaged in ping-pong or phasing, and localizes to both nuage and mitochondria. Armi localization is dynamically regulated by the ping-pong and phasing pathways. In armiloss-of-function mutants, ping-pong still operates, but phasing is disrupted. Therefore, the coupling between ping-pong and phasing pathways can be explained by Armi shuttling between nuage and mitochondria. An Armi ATPase mutant retains the interactions with piRNA biogenesis factors and piRNA precursors, but is insufficient to support phasing, suggesting an additional role of the Armi ATPase activity in ribonucleoprotein complex (RNP) remodeling. Our study suggests that the dynamic distribution of an RNA-binding ATPase serves to transfer piRNA precursors between distinct subcellular compartments. It furthers our understanding of the complex coordination between piRNA biogenesis pathways and may serve to guide future studies on the mitochondrial phase of piRNA biogenesis. A few important questions remain to be answered: what interactions or conformational changes need to happen on Armi for it to anchor at nuage or mitochondria? How does Armi remodel the phasing RNP? Why are ping-pong and phasing machineries separated, and why does phasing happen on mitochondria?
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RNA interference v myších oocytech a tělních buňkách / RNA interference in mouse oocytes and somatic cells

Táborská, Eliška January 2021 (has links)
RNA interference (RNAi) is a pathway, which employs Dicer to process long double stranded RNAs (dsRNA) from endogenous or exogenous sources into short interfering RNAs (siRNA). siRNAs are loaded onto Argonaute proteins to mediate sequence-specific post-transcriptional RNA targeting resulting in regulation of protein-coding genes and retrotransposons or antiviral immune response. Another small RNA pathway - PIWI-associated RNA (piRNA) pathway is suppressing retrotransposons in the germline. In mice, canonical RNAi pathway activity is negligible in somatic cells where a full-length Dicer produces gene-regulatory microRNAs (miRNA) but RNAi is highly active in oocytes, which express a truncated oocyte-specific Dicer isoform (DicerO ). DicerO lacks an N-terminal DExD helicase domain and has higher cleavage activity of long dsRNAs. Deletion of oocyte specific DicerO promoter leads to transcriptome aberrations, which include upregulation of putative RNAi targets and MT retrotransposons and, consequently, to meiotic spindle defects and female sterility. In contrast, the piRNA pathway is non-essential in mouse oocytes, potentially because of overlapping functions of RNAi. The PhD thesis aims to understand biological significance of mammalian endogenous RNAi and to explore consequences of re-activated RNAi...

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