Nucleotide excision repair (NER) and ataxia telangiectasia mutated (ATM)/ATR (ATM- and RAD3-related) NA damage checkpoints are among the major pathways that affect the chemotherapeutic efficiency of the anticancer rug cisplatin. Xeroderma pigmentosum group A (XPA) protein plays a crucial role in NER including both global enome repair (GG-NER) and transcription-coupled repair (TC-NER) subpathways, and has been a potential target for mproving cisplatin therapeutic effects. We report here that XPA translocates from the cytosol into the nucleus after NA damage induced by UV irradiation and cisplatin, a mimetic of UV damage, in human cells with or without p53 deficiency. However, the damage-induced response of XPA nuclear import was significantly slower in p53-deficient cells than in p53-proficient cells. We also found that while XPA is imported into the nucleus upon cisplatin or UV damage in an ATR-dependent manner in p53-proficient A549 lung cancer cells, the ATR checkpoint pathway has no effect on the XPA nuclear import in p53-deficient H1299 lung cancer cells. Similarly, the XPA nuclear translocation is not regulated by ATM checkpoint or by p38MAPK/MK2 either. Our findings suggest that NER is independent on the major DNA damage checkpoint pathways in H1299 (p53-/-) cells and that DNA damage responses are mechanistically different between p53-proficient and p53-deficient cells. Our results also highlight the possibility of selectively targeting XPA nuclear import as a way to sensitize cisplatin anticancer activity, but targeting ATR/ATM-dependent checkpoints may not be helpful in killing p53-deficient cancer cells.

A dor é um evento estressante para crianças e adolescentes e pode ter consequências negativas fisiológicas, psicológicas e comportamentais ainda mais quando é acompanhada por uma doença crônica, sem possibilidades de cura. Nesse sentido, o Cuidado Paliativo Pediátrico é uma filosofia de cuidado que deve ser instituída desde o diagnóstico da doença até que esta não responda mais às intervenções curativas. Assim, o foco do cuidado passa a ser a maximização da qualidade de vida que a criança e o adolescente e seus familiares necessitam, enquanto o sofrimento e a dor são minimizados. Considerando-se o caráter único da experiência de dor da criança e do adolescente, em cuidados paliativos, optou-se por desenvolver um estudo com abordagem qualitativa. Utilizamos como referencial teórico a Teoria de Desenvolvimento Cognitivo de Piaget e, como referencial metodológico, a História Oral. Tais referenciais são fundamentais para ancorar os resultados encontrados neste estudo e responder ao objetivo geral de conhecer a experiência da criança e do adolescente em cuidados paliativos no manejo diário da dor e aos objetivos específicos de conhecer como a criança e o adolescente em cuidados paliativos descrevem a intensidade, a qualidade e a localização da dor e de conhecer como a criança e o adolescente em cuidados paliativos manejam a dor em seu cotidiano. Permitem, igualmente, que crianças e adolescentes, de 6 a 17 anos 11 meses e 29 dias, portadores de uma doença crônica que causava dor e que estavam em cuidados paliativos e matriculados em um Ambulatório de Dor e Cuidados Paliativos de um Hospital Escola Pediátrico de caráter público de nível terciário tenham voz. Crianças em idade escolar descreveram sua dor a partir de componentes sensoriais e avaliativos. Os adolescentes, por outro lado, expressaram sua dor utilizando componentes sensoriais, avaliativos, afetivos e de miscelânea. Dos seis colaboradores deste estudo, cinco ainda frequentam a escola e relacionam-se com crianças e adolescentes da mesma faixa etária. Todos os colaboradores fazem uso de medicamentos e de alternativas não farmacológicas para o alívio da dor, como massagem, hidroterapia, acupuntura e crioterapia, constatando melhora em sua dor. Alguns colaboradores precisam lidar com sua aparência física prejudicada pela doença. Apesar da dificuldade de se entrevistar crianças e adolescentes, percebemos que eles têm muito a dizer e a nos ensinar, principalmente como eles lidam com a dor em seu cotidiano. Este trabalho é importante para que os profissionais de saúde compreendam que, com um adequado manejo da dor, crianças e adolescentes conseguem ter uma vida mais próxima da normalidade, reduzindo seu sofrimento. / Pain is a stressful event for children and adolescents and can have negative consequences - physiological, psychological and behavioral ones even more when it is accompanied by a chronic disease with no possibility of cure. In this context, the Pediatric Palliative Care is a philosophy of care that must be instituted from the diagnosis until the illness no longer responds to curative interventions. Therefore, the focus of care is to provide the highest quality of life possible to children and adolescents and their families while minimizing suffering and pain. Considering the uniqueness of the experience of pain in children and adolescents in palliative care, we chose to develop a qualitative study. We used the Theory of Cognitive Development Piaget as theoretical framework and the Oral History as the methodological one. Such references are essential to support the results found in this study and to address the overall objective of knowing the experience of the child and adolescent in palliative care for the daily management of pain as well as the specific goals of knowing how the children and adolescents in palliative care describe the intensity, quality and location of pain and of knowing how children and adolescents in palliative manage pain in their daily lives. Moreover, these frameworks allow that children and adolescents (from 6 to 17 years 11 months and 29 days), suffering from a chronic disease that caused pain and in palliative care and who were enrolled in an Outpatient Pain and Palliative Care of a public tertiary Pediatric Teaching Hospital character, have a voice. School children described their pain using sensory and evaluative components. Teenagers, on the other hand, expressed their pain using sensory, evaluative, affective and miscellaneous ones. Of the six collaborators to this study, five are still in school and relate to children and adolescents of the same age. All collaborators use drugs and non-pharmacological alternatives for pain relief such as massage, hydrotherapy, acupuncture and cryotherapy, reporting improvement in their pain. Some collaborators need to deal with their physical appearance which is affected by the disease. Despite the difficulty of interviewing children and teenagers, we have realized that they have a lot to say and to teach us, especially with regard to how they deal with pain in their daily lives. The present work is important for health professionals to understand that, with adequate pain management, children and adolescents can live a life as normal as possible, thus reducing their suffering.

Apesar de altamente estável, o DNA sofre milhares de alterações em sua estrutura diariamente, sejam essas espontâneas ou pela exposição a agentes mutagênicos. A maior parte dessas alterações é prontamente removida por um conjunto de eventos de reparo de DNA. A via de reparo por excisão de nucleotídeos (NER) é a mais versátil e flexível lidando com uma variedade de lesões que podem gerar distorções das hélices do DNA. Esses danos resultam em alterações características que, caso não reparadas, podem gerar mutações ou morte celular e, consequentemente, câncer e envelhecimento. Algumas síndromes, nas quais os pacientes são sensíveis à luz solar, estão relacionadas à deficiência no processo de NER, como a Xeroderma Pigmentosum (XP), síndrome de Cockayne (CS) e Tricotiodistrofia (TTD). Indivíduos brasileiros, incluindo pacientes com diagnóstico clínico de XP e membros das famílias, passaram por um processo in silico para a identificação variantes em genes relacionados aos processos de reparo do DNA após o sequenciamento do DNA por plataformas de nova geração (NGS: plataforma ABI 5500XL SOLiD e MiSeq Illumina) e análises de Bioinformática. Para cada paciente, foram selecionados os melhores valores de parâmetros para se realizar a busca por variantes considerando a qualidade de alinhamento e a taxa de cobertura das bases alvo. SNPs já depositados no banco de dados do projeto 1000genomes foram removidos de nossos dados. O restante das variantes foi analisado para encontrar potenciais candidatos que poderiam explicar o diagnóstico clínico do paciente. Em muitas amostras foi possível determinar pelo menos uma variante (mutação) com uma elevada possibilidade de ser responsável pelos sintomas XP. Para alguns pacientes, a má qualidade do sequenciamento ou eventos não esclarecidos durante este, dificultou a identificação de candidatos à mutação patogênica. Potenciais mutações não sinônimas foram analisadas com os programas SIFT e PROVEAN, que identificaram a potencial capacidade deletéria da alteração de aminoácido na proteína. Finalmente, foi desenvolvida uma interface de domínio público amigável, a Human Variantes do Finder Interface (http://www.varfinderhg.com.br), que visa facilitar a identificação de variantes em dados gerados por NGS. / Although highly stable, DNA molecule undergoes thousands of damage in its structure every day, due to spontaneous lesions or exposure to various mutagens. Most of these lesions are readily removed by a number of cellular DNA repair processes. The process of nucleotide excision repair (NER) is the most versatile and flexible dealing with a variety of lesions that can lead to distortions of the DNA strands. Ultraviolet irradiation induced DNA damage are the main substrates for NER. These DNA damage, if not repaired, can generate mutations or cell death causing several diseases, including cancer and aging. Some syndromes, sensitive to sunlight, are related to deficiencies in the NER process, such as Xeroderma Pigmentosum (XP), Cockayne syndrome (CS) and Trichothiodystrophy (TTD). Brazilian individuals, including patients with clinical diagnosis of XP and family members, went through in silico process for the identification of variants in genes related to DNA repair processes after DNA sequencing by next generation sequencing (NGS in the platforms ABI 5500XL SOLiD and MiSeq Illumina) and dedicated Bioinformatics pipelines. For each patient the best search pattern of variant calling was used considering the alignment quality and coverage rate of bases in target. SNPs already deposited at the 1000genomes project database were removed from the data. The remaining variants were analyzed to find potential candidates that could explain the clinical diagnosis. In many samples, it was possible to determine at least one variant (mutation) with a high possibility of being responsible for the clinical XP. For some patients, the poor quality of the sequencing or unclear events during sequencing hampered the identification of clear mutation candidates. Potential nonsynonymous mutations were analyzed with SIFT and PROVEAN softwares, which identified the potential deleterious capacity of the amino acid change in the protein. Finally, we developed a user-friendly public domain interface, the Human Variants Finder Interface (http://www.varfinderhg.com.br), which, we expect, will facilitate the identification of variants in data generated by NGS.

Apesar de altamente estável, o DNA sofre milhares de alterações em sua estrutura diariamente, sejam essas espontâneas ou pela exposição a agentes mutagênicos. A maior parte dessas alterações é prontamente removida por um conjunto de eventos de reparo de DNA. A via de reparo por excisão de nucleotídeos (NER) é a mais versátil e flexível lidando com uma variedade de lesões que podem gerar distorções das hélices do DNA. Esses danos resultam em alterações características que, caso não reparadas, podem gerar mutações ou morte celular e, consequentemente, câncer e envelhecimento. Algumas síndromes, nas quais os pacientes são sensíveis à luz solar, estão relacionadas à deficiência no processo de NER, como a Xeroderma Pigmentosum (XP), síndrome de Cockayne (CS) e Tricotiodistrofia (TTD). Indivíduos brasileiros, incluindo pacientes com diagnóstico clínico de XP e membros das famílias, passaram por um processo in silico para a identificação variantes em genes relacionados aos processos de reparo do DNA após o sequenciamento do DNA por plataformas de nova geração (NGS: plataforma ABI 5500XL SOLiD e MiSeq Illumina) e análises de Bioinformática. Para cada paciente, foram selecionados os melhores valores de parâmetros para se realizar a busca por variantes considerando a qualidade de alinhamento e a taxa de cobertura das bases alvo. SNPs já depositados no banco de dados do projeto 1000genomes foram removidos de nossos dados. O restante das variantes foi analisado para encontrar potenciais candidatos que poderiam explicar o diagnóstico clínico do paciente. Em muitas amostras foi possível determinar pelo menos uma variante (mutação) com uma elevada possibilidade de ser responsável pelos sintomas XP. Para alguns pacientes, a má qualidade do sequenciamento ou eventos não esclarecidos durante este, dificultou a identificação de candidatos à mutação patogênica. Potenciais mutações não sinônimas foram analisadas com os programas SIFT e PROVEAN, que identificaram a potencial capacidade deletéria da alteração de aminoácido na proteína. Finalmente, foi desenvolvida uma interface de domínio público amigável, a Human Variantes do Finder Interface (http://www.varfinderhg.com.br), que visa facilitar a identificação de variantes em dados gerados por NGS. / Although highly stable, DNA molecule undergoes thousands of damage in its structure every day, due to spontaneous lesions or exposure to various mutagens. Most of these lesions are readily removed by a number of cellular DNA repair processes. The process of nucleotide excision repair (NER) is the most versatile and flexible dealing with a variety of lesions that can lead to distortions of the DNA strands. Ultraviolet irradiation induced DNA damage are the main substrates for NER. These DNA damage, if not repaired, can generate mutations or cell death causing several diseases, including cancer and aging. Some syndromes, sensitive to sunlight, are related to deficiencies in the NER process, such as Xeroderma Pigmentosum (XP), Cockayne syndrome (CS) and Trichothiodystrophy (TTD). Brazilian individuals, including patients with clinical diagnosis of XP and family members, went through in silico process for the identification of variants in genes related to DNA repair processes after DNA sequencing by next generation sequencing (NGS in the platforms ABI 5500XL SOLiD and MiSeq Illumina) and dedicated Bioinformatics pipelines. For each patient the best search pattern of variant calling was used considering the alignment quality and coverage rate of bases in target. SNPs already deposited at the 1000genomes project database were removed from the data. The remaining variants were analyzed to find potential candidates that could explain the clinical diagnosis. In many samples, it was possible to determine at least one variant (mutation) with a high possibility of being responsible for the clinical XP. For some patients, the poor quality of the sequencing or unclear events during sequencing hampered the identification of clear mutation candidates. Potential nonsynonymous mutations were analyzed with SIFT and PROVEAN softwares, which identified the potential deleterious capacity of the amino acid change in the protein. Finally, we developed a user-friendly public domain interface, the Human Variants Finder Interface (http://www.varfinderhg.com.br), which, we expect, will facilitate the identification of variants in data generated by NGS.

A dor é um evento estressante para crianças e adolescentes e pode ter consequências negativas fisiológicas, psicológicas e comportamentais ainda mais quando é acompanhada por uma doença crônica, sem possibilidades de cura. Nesse sentido, o Cuidado Paliativo Pediátrico é uma filosofia de cuidado que deve ser instituída desde o diagnóstico da doença até que esta não responda mais às intervenções curativas. Assim, o foco do cuidado passa a ser a maximização da qualidade de vida que a criança e o adolescente e seus familiares necessitam, enquanto o sofrimento e a dor são minimizados. Considerando-se o caráter único da experiência de dor da criança e do adolescente, em cuidados paliativos, optou-se por desenvolver um estudo com abordagem qualitativa. Utilizamos como referencial teórico a Teoria de Desenvolvimento Cognitivo de Piaget e, como referencial metodológico, a História Oral. Tais referenciais são fundamentais para ancorar os resultados encontrados neste estudo e responder ao objetivo geral de conhecer a experiência da criança e do adolescente em cuidados paliativos no manejo diário da dor e aos objetivos específicos de conhecer como a criança e o adolescente em cuidados paliativos descrevem a intensidade, a qualidade e a localização da dor e de conhecer como a criança e o adolescente em cuidados paliativos manejam a dor em seu cotidiano. Permitem, igualmente, que crianças e adolescentes, de 6 a 17 anos 11 meses e 29 dias, portadores de uma doença crônica que causava dor e que estavam em cuidados paliativos e matriculados em um Ambulatório de Dor e Cuidados Paliativos de um Hospital Escola Pediátrico de caráter público de nível terciário tenham voz. Crianças em idade escolar descreveram sua dor a partir de componentes sensoriais e avaliativos. Os adolescentes, por outro lado, expressaram sua dor utilizando componentes sensoriais, avaliativos, afetivos e de miscelânea. Dos seis colaboradores deste estudo, cinco ainda frequentam a escola e relacionam-se com crianças e adolescentes da mesma faixa etária. Todos os colaboradores fazem uso de medicamentos e de alternativas não farmacológicas para o alívio da dor, como massagem, hidroterapia, acupuntura e crioterapia, constatando melhora em sua dor. Alguns colaboradores precisam lidar com sua aparência física prejudicada pela doença. Apesar da dificuldade de se entrevistar crianças e adolescentes, percebemos que eles têm muito a dizer e a nos ensinar, principalmente como eles lidam com a dor em seu cotidiano. Este trabalho é importante para que os profissionais de saúde compreendam que, com um adequado manejo da dor, crianças e adolescentes conseguem ter uma vida mais próxima da normalidade, reduzindo seu sofrimento. / Pain is a stressful event for children and adolescents and can have negative consequences - physiological, psychological and behavioral ones even more when it is accompanied by a chronic disease with no possibility of cure. In this context, the Pediatric Palliative Care is a philosophy of care that must be instituted from the diagnosis until the illness no longer responds to curative interventions. Therefore, the focus of care is to provide the highest quality of life possible to children and adolescents and their families while minimizing suffering and pain. Considering the uniqueness of the experience of pain in children and adolescents in palliative care, we chose to develop a qualitative study. We used the Theory of Cognitive Development Piaget as theoretical framework and the Oral History as the methodological one. Such references are essential to support the results found in this study and to address the overall objective of knowing the experience of the child and adolescent in palliative care for the daily management of pain as well as the specific goals of knowing how the children and adolescents in palliative care describe the intensity, quality and location of pain and of knowing how children and adolescents in palliative manage pain in their daily lives. Moreover, these frameworks allow that children and adolescents (from 6 to 17 years 11 months and 29 days), suffering from a chronic disease that caused pain and in palliative care and who were enrolled in an Outpatient Pain and Palliative Care of a public tertiary Pediatric Teaching Hospital character, have a voice. School children described their pain using sensory and evaluative components. Teenagers, on the other hand, expressed their pain using sensory, evaluative, affective and miscellaneous ones. Of the six collaborators to this study, five are still in school and relate to children and adolescents of the same age. All collaborators use drugs and non-pharmacological alternatives for pain relief such as massage, hydrotherapy, acupuncture and cryotherapy, reporting improvement in their pain. Some collaborators need to deal with their physical appearance which is affected by the disease. Despite the difficulty of interviewing children and teenagers, we have realized that they have a lot to say and to teach us, especially with regard to how they deal with pain in their daily lives. The present work is important for health professionals to understand that, with adequate pain management, children and adolescents can live a life as normal as possible, thus reducing their suffering.

No description available.

L'ADN subit en permanence des agressions modifiant l'information pour laquelle il code. Plusieurs mécanismes, dont la réparation par excision de bases (BER) et la réparation par excision de nucléotides (NER), permettent à la cellule de restaurer la séquence de l'ADN. Le Xeroderma pigmentosum est une maladie caractérisée par une déficience pour la réparation par la voie NER. L'objectif de ce travail était de proposer un test fiable et rapide pour le diagnostic de cette maladie comme alternative au test existant, l'UDS. Les activités de réparation de l'ADN de lignées XP ont été quantifiées à l'aide de tests in vitro miniaturisés et multiparamétriques afin d'établir les phénotypes de réparation de l'ADN de cellules déficientes pour la protéine XPA ou XPC. L'avantage des tests utilisés dans cette étude réside dans la mesure conjointe soit de l'excision soit de l'excision-resynthèse (ER) de plusieurs lésions à partir d'un seul lysat cellulaire. <br />Nous montrons que l'importance relative de l'ES des différentes lésions dépend fortement de la concentration protéique du lysat nucléaire testé. Ainsi, lorsque la concentration protéique augmente, il devient possible de discriminer le phénotype XP du phénotype témoin, ce qui est impossible en dessous d'une concentration seuil. D'autre part, alors que l'irradiation des cellules témoins aux UVB stimule leurs activités de réparation, cet effet n'est pas observé pour les cellules XP.<br />Cette étude apporte donc de nouvelles informations quant aux rôles des protéines XPA et XPC lors des mécanismes de réparation BER et NER et souligne la complexité des régulations mises en jeu.

Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2003. / Vita. Bibliography: References located after each study.

No description available.

A common feature of progeria syndromes is a premature aging phenotype and an enhanced accumulation of DNA damage arising from a compromised repair system. HGPS (Hutchinson-Gilford progeria syndrome) is a severe form of progeria in which patients accumulate progerin, a mutant lamin A protein derived from a splicing variant of the lamin A/C gene (LMNA). Progerin causes chromatin perturbations which result in the formation of DSBs (double-strand breaks) and abnormal DDR (DNA-damage response). In the present article, we review recent findings which resolve some mechanistic details of how progerin may disrupt DDR pathways in HGPS cells. We propose that progerin accumulation results in disruption of functions of some replication and repair factors, causing the mislocalization of XPA (xeroderma pigmentosum group A) protein to the replication forks, replication fork stalling and, subsequently, DNA DSBs. The binding of XPA to the stalled forks excludes normal binding by repair proteins, leading to DSB accumulation, which activates ATM (ataxia telangiectasia mutated) and ATR (ATM- and Rad3-related) checkpoints, and arresting cell-cycle progression.