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Seleção de genitores para cruzamentos com base em distâncias genéticas moleculares e perspectivas para o melhoramento de soja / Parental selection for crossings based on molecular genetic distances and perspectives for soybean breeding

Colombari Filho, José Manoel 14 April 2009 (has links)
A seleção de genitores para cruzamentos constitui-se em uma das etapas mais importantes em programas de melhoramento genético, pois com isso evita-se o desenvolvimento de populações pouco promissoras. Com o advento dos marcadores moleculares surgiu a possibilidade de predizer o desempenho das populações com base nas distâncias genéticas entre os genitores, mas os resultados disponíveis são contraditórios. O objetivo deste trabalho foi avaliar a possibilidade de predizer a variabilidade de cruzamentos de soja a partir de medidas de distâncias genéticas obtidas com marcadores moleculares AFLP. Foram realizados seis cruzamentos biparentais, entre cultivares recomendados para o Estado de São Paulo, com diferentes graus de distâncias genéticas (DG): baixo (DG£ 0,20), médio (DG@ 0,44) e alto (DG@ 0,65). Para cada cruzamento foram obtidas 100 progênies F2:3, que foram avaliadas em delineamentos em látice simples e parcelas lineares de 2 m espaçadas de 0,5 m, contendo 30 plantas após o desbaste, no ano agrícola de 2007/08. Foram avaliados os caracteres: número de dias para florescimento (DF), altura das plantas no florescimento (AF), número de dias para maturação (DM), altura das plantas na maturação (AM), acamamento (AC) e produção de grãos (PG). Para cada cruzamento foi estimada a variância genética entre progênies ( 2 p ), o coeficiente de herdabilidade entre médias de progênies ( 2 X h ), e a amplitude das médias individuais das progênies ( 3 : 2 F ) para todos os caracteres. Para a produção de grãos (PG) foi estimada ainda a proporção esperada de linhagens superiores (PS) e a heterose (h). Observou-se um aumento na magnitude da variância genética ( 2 p ), do coeficiente de herdabilidade ( 2 X h ) e da amplitude das médias das progênies ( 3 : 2 F ) com o aumento da distância genética (DG), principalmente para PG, DM e AF, evidenciado pelas correlações entre estas estimativas e DG ( = r 0,60 a 1,00). Para os demais caracteres as correlações foram ligeiramente inferiores. Além disso, para PG observou-se também uma correlação alta com a proporção esperada de linhagens superiores ( = r 0,77) e com a heterose ( = r 0,83). Estes resultados indicam claramente um aumento da variabilidade genética com o aumento da distância genética entre os genitores, sendo possível uma seleção prévia de genitores, da ordem de 50%, com base nas distâncias genéticas obtidas com marcadores moleculares AFLP, com o intuito de reduzir o número de populações a ser avaliado. / The selection of parents for crossings is one of the most important steps in plant breeding programs, in order to avoid the development of unfavorable populations. The population performance can be predicted by using genetics distances based on molecular markers, but the reported results are not consistent. Thus, the objective of this work was to investigate the possibility of predicting genetic variability of soybean crosses, based on genetic distances between parents derived from AFLP molecular markers. Six two-way crosses of soybean were performed between cultivars adapted to the state of São Paulo, Brazil, with different levels of molecular genetic distances (DG): low (DG£ 0,20); intermediate (DG@ 0.44) and high (DG@ 0.65). For each cross 100 F2:3 progenies were evaluated in a simple lattice design and plots 2 meter long spaced by 0.5 meter, containing 30 plants after thinning, in the 2007/08 growing season. The following traits were evaluated: days to flowering (DF), plant height at flowering (AF), days to maturity (DM), plant height at maturity (AM), lodging (AC) and grain yield (PG). For each cross the following parameters were estimated: genetic variance among progenies ( 2 p ), heritability among progeny means ( 2 X h ) and amplitude of the individual progeny means ( 3 : 2 F ) for all traits. For grain yield the expected proportion of superior inbred lines (PS) and heterosis (h) were also estimated. It was observed an increasing of genetic variance ( 2 p ), heritability ( 2 X h ) and amplitude of the progeny means ( 3 : 2 F ), with the genetic distance (DG) increasing, mainly for PG, DM and AF, as can be seen by the correlation coefficients between those estimates and DG ( = r 0.60 to 1.00). For the other traits, the correlation coefficients were smaller. Besides, a correlation of DG with the proportion of superior inbred lines ( = r 0.77) and with heterosis ( = r 0.83) were also observed for PG. General results indicate clearly an increasing of genetic variability following the increasing of genetic distances between the parents, and thus, a previous selection of parents of around 50%, based on AFLP genetic distances, is possible, in order to reduce the number of populations to be evaluated.
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Regeneração in vitro de embriões de Cocos nicífera L. / In vitro regeneration of Cocos nucífera l. embryos.

Silva, Vanda dos Santos 01 July 2002 (has links)
O setor de produção de coco é atingido por vários problemas que afetam sua produtividade especialmente o uso difundido de plantas sem seleção devido a características intrínsecas da cultura que dificultam a seleção de cultivares com características superiores. O uso eficiente dos recursos genéticos do coco tem encontrado dificuldades na coleta e troca de germoplasma. A cultura de tecidos tem por finalidade viabilizar a troca segura de germoplasma e facilitar o desenvolvimento de variedades produtivas em um programa de melhoramento genético, porém a regeneração de plantas através de técnicas in vitro tem apresentado dificuldades adicionais no estabelecimento de protocolos viáveis. O presente trabalho teve por objetivo estabelecer um protocolo viável para a regeneração de embriões zigóticos para ser utilizado em programas de melhoramento genético e para o transporte seguro de germoplasma, testando diferentes meios básicos de cultura, presença de reguladores vegetais, concentração de sacarose e fontes de aminoácidos. A regeneração de embriões foi mais efetiva em meio de cultura Y3 (Eeuwens, 1976) com concentração de Fe2SO4 41,7 mg.L -1 e Na2EDTA 55,8 mg.L -1 na presença de glicina e ausência de mio-inositol, contendo carvão ativado. A presença de reguladores vegetais e a caseína hidrolisada foram limitantes inclusive inibindo a germinação. A presença de altas concentrações de sacarose (60 g/L) mostrou melhores resultados. / The sector of coconut production is reached by several problems that affect his productivity especially the spread use of plants without selection due to intrinsic characteristics of the culture that difficult the selections for cultivars whit superiors characteristics. The efficient use of the genetic resources of the coconut has been having difficulties in collecting and germplasm exchange. The tissue culture has for purpose to make possible the safety change of germplasm and to facilitate the development of productive varieties in a program of genetic improvement; however the regeneration of plants through in vitro techniques has been presenting additional difficulties in the establishment of viable protocols. The present work had for objective to establish a viable protocol for the regeneration of coconut zigotic embryos to be used in programs of genetic improvement and for the safe movement of germplasm, testing different basic media of tissue culture, presence of growth regulators, sucrose concentration and sources of amino acids. The regeneration of embryos was more effective in Y3 (Eeuwens, 1976) media with concentration of Fe2SO4 41,7 mg.L -1 and Na2EDTA 55,8 mg.L -1 whit presence of glycine and absence of meso-inositol, containing activated charcoal. The growth regulators and hydrolysate casein presence even inhibited germination. The presence of high sucrose concentrations (60 g/L) showed better results.
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The expression and analysis of a lysine-rich wound-response protein in tomato plants.

Unknown Date (has links)
Understanding the genetic regulation of the response to wounding and wound healing in fruiting plants is imperative to maintaining agricultural sustainability, preserving the quality of food supplies, and ensuring the economic viability of agriculture. Many genes are known to be induced by wounding, providing both structural repair and defense. The KED gene in tobacco (Nicotiana tabacum) has been shown to be induced by wounding. We have identified its homologue gene in tomato (Solanum lycopersicum) that we named SlKED. We have analyzed gene expression pattern of SlKED through tomato growth and development and in response to wounding as well as hormonal and inhibitor treatments. We found that the plant hormone ethylene played a major role in the expression of SlKED. To further identify evidence for physiological and transductional functions of KED and SlKED, the tobacco KED gene was introduced to tomato and overexpressed by the fruit tissue-active PUN1 promoter from pepper (Capsicum annuum,). The expression of this gene was compared to the expression of the native SlKED gene and other known wound response genes in both the wild-type and transgenic tomato plants. The upregulation of the native SlKED gene by wounding was significantly muted in the tobacco KED-expressing transgenic plants. The expression of other genes known to be associated with wound response transduction pathways was also altered. Our studies implicate the KED gene in defense mechanisms for mechanical stress in tomato plants. / Includes bibliography. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2016. / FAU Electronic Theses and Dissertations Collection
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Desempenho agron?mico e rea??o de gen?tipos quanto a viroses do meloeiro

Costa, Jacqueline da Aleluia 22 March 2016 (has links)
Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-10-25T22:35:33Z No. of bitstreams: 1 DESEMPENHO AGRON?MICO E REA??O DE GEN?TIPOS QUANTO A VIROSES DO MELOEIRO.pdf: 1692172 bytes, checksum: e8b64597d2500108ef071bf181d32a3f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-25T22:35:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DESEMPENHO AGRON?MICO E REA??O DE GEN?TIPOS QUANTO A VIROSES DO MELOEIRO.pdf: 1692172 bytes, checksum: e8b64597d2500108ef071bf181d32a3f (MD5) Previous issue date: 2016-03-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / In Brazil, the viruses are among the main phytosanitary problems affecting species of this family, causing reduction in fruit quality and significant loss in production. The aim of this study was to obtain and evaluate melon genotypes regarding their resistance to virus, but with emphasis on the Melon Yellowing (MYaV), their production capacity and their fruit quality. In the second half of 2014, two experiments were conducted in Bebedouro (Embrapa Semi?rido?s experimental field located in the city of Petrolina ? PE, Brazil), in the design of randomized blocks, constituted as follows: Experiment I, three replications and 24 treatments; Experiment II, six replications and seven treatments. In 2015, the Experiment III was conducted with three replications and 21 treatments. It was adopted the spacing 2.0 m x 0.5 m (Experiment I and II) and 2.0 m x 0.3 m (Experiment III). The sow was in polystyrene trays containing commercial substrate, which was kept in a greenhouse until the appearance of the first leaf stage, following what the transplanting was conducted. The incidence and severity of Melon Yellowing (MYaV) was evaluated with a rating scale of 0 to 4 (where 0 = no visual symptoms; 4 = severe yellowing in 75 up to 100% of the leaf area. In Experiment III (2015), was also made the estimation of total chlorophyll on the leaves and serological identification of the virus: Melon yellowing associated virus (MYaV) was by DAS-Elisa, Papaya ringspot virus - type watermelon (PRSV-W), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Watermelon mosaic virus (WMV) and Cucumber mosaic virus (CMV ) by dot ? Elisa. After harvest, the fruits were evaluated regarding fruit mass (FM); fruit length (FL); fruit diameter (FD); aspect ratio (AR); pulp thickness (PT) and soluble solids. The lowest average for melon yellowing severity was shown by the Line 5 genotype (T4), the derivatives of Lineage 1 (Experiment I), BGMEL 160 (Experiment II) and BGMEL 109 (Experiment II and III). Among the genotypes, there are differences in the reaction to MYaV, ranging from highly resistant to highly susceptible. It's possible to select resistant genotypes to MYaV in BGMEL 109, GoldF2 Lineage, BGMEL 001, Lineage 8 and Lineage 1. Most of the genotypes analyzed came from the inodorus group, the yellow type, with yellow skin, but the skin color intensity ranged from medium to dark.The virus more often found was the MYaV, which justifies the concern of the productive sector with this virus. The severity of the Melon Yellowing is negatively correlated with the total chlorophyll on the leaves. For the breeding program, the note scale used in this study based on symptoms, associated with total chlorophyll measurements and serologic evaluation, are efficient tools for discriminating resistant and susceptible genotypes, making it possible to advance the breeding program for resistance to MYaV. / No Brasil, as viroses est?o entre os principais problemas fitossanit?rios que afetam esp?cies desta fam?lia, causando redu??o na qualidade dos frutos e perda significativa na produ??o. O objetivo deste trabalho foi obter e avaliar gen?tipos de mel?o quanto ?s caracter?sticas resist?ncia a viroses, mas com ?nfase no Amarel?o do meloeiro (MYaV), capacidade produtiva e qualidade de fruto. No segundo semestre de 2014, foram conduzidos dois experimentos no Campo Experimental de Bebedouro da Embrapa Semi?rido, localizado no munic?pio de Petrolina-PE, sob o delineamento de blocos ao acaso, assim constitu?dos: Experimento I, tr?s repeti??es e 24 tratamentos; Experimento II, seis repeti??es e sete tratamentos. Em 2015, foi conduzido o Experimento III, com tr?s repeti??es e 21 tratamentos. Adotou-se o espa?amento 2,0 m x 0,5 m (Experimento I e II) e 2,0 m x 0,3 m (Experimento III). O semeio foi em bandeja de poliestireno, contendo substrato comercial, mantidos em casa de vegeta??o at? o surgimento da primeira folha definitiva, quando foi realizado o transplantio. Avaliou-se a incid?ncia e a severidade do amarel?o (AMA), com uma escala de nota de 0 a 4 (onde, 0= aus?ncia de sintomas visuais; 4= amarelecimento acentuado em 75 a 100% da ?rea foliar). No Experimento III (2015), tamb?m foram determinados a clorofila total e foi realizada a identifica??o sorol?gica de Melon yellowing associated virus (MYaV), por DAS-Elisa, Papaya ringspot virus ? type Watermelon (PRSV-W), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Watermelon mosaic virus (WMV) e Cucumber mosaic virus (CMV), por dot ? Elisa. Ap?s a colheita, os frutos foram avaliados quanto ? massa do fruto (MF); comprimento do fruto (CF); di?metro do fruto (DF); rela??o de forma (RF); espessura da polpa (EP) e s?lidos sol?veis. Apresentaram as menores m?dias para severidade de amarel?o o gen?tipo da Linhagem 5, os derivados da Linhagem 1 (Experimento I), BGMEL 160 (Experimento II) e BGMEL 109 (Experimento II e III). Entre os gen?tipos avaliados, h? diferen?as quanto ? rea??o ao MYaV, variando de altamente resistente a altamente suscet?vel. ? poss?vel selecionar gen?tipos que com resist?ncia a esse v?rus em BGMEL 109, na Linhagem Gold F2, em BGMEL 001, na Linhagem 8 e na Linhagem 1. A maioria dos gen?tipos avaliados ? do grupo inodorus, do tipo Amarelo, com casca amarela, intensidade m?dia e escura. O v?rus encontrado como maior frequ?ncia foi o MYaV, o que justifica a preocupa??o do setor produtivo com este v?rus. A severidade do amarel?o est? correlacionada negativamente com a clorofila total das folhas. Para o programa de melhoramento, a escala de notas adotada no presente trabalho baseada nos sintomas, associada ?s medidas de clorofila total e ? avalia??o sorol?gica, s?o ferramentas eficientes para descriminar gen?tipos resistentes e suscet?veis, tornando poss?vel avan?ar no programa de melhoramento visando ? resist?ncia ao MYaV.
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Transferência do gene atacina A para plantas de maracujá amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) por biobalística. / Attacin a gene transference to plants of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) by biolistics.

Takahashi, Elizabete Keiko 29 August 2002 (has links)
O Brasil é o principal produtor de maracujá amarelo. Entretanto, a produtividade é baixa, cerca de 1 0.000 t por hectare. A produção de frutos varia com o cultivar, condições climáticas, manejo e outros fatores, principalmente doenças causadas por bactérias e vírus. Metodologias de transformação genética são alternativas modernas para obter plantas resistentes. A proteína derivada de inseto, atacina A atua como bactericida, e tem sido utilizada para conferir resistência a espécies vegetais. Os objetivos do presente estudo foram (i) obter a regeneração de brotos in vitro, (ii) testar a eficiência de agentes seletivos durante o processo organogênico, (iii) construir o cassete contendo o gene atacína A, e (iv) determinar as condições físicas e biológicas para a transformação genética de plantas de maracujá amarelo utilizando o método de biobaiística. Em relação a estudos in vitro, três recipientes de cultura foram avaliados como também diferentes concentrações de benzylaminopurina (BA) e água de coco que foram adicionadas ao meio basal. Phytagei e agar também foram testados como agentes solidificantes. As culturas foram avaliadas quanto à resposta morfogênica dos discos foliares. O gene atacina A foi sequenciado e clonado para receber o promotor CAMV 35S com um enhancer duplicado e o terminador 35S. Este vetor foi denominado pFFatacina. O cassete de expressão foi cionado nos vetores pcambia 1300 e pcambia 2300 que contêm os genes higromicina (hpt) e canamicina (nptll), respectivamente. Discos foliares, assim como segmentos entrenodais e hipocotiledonares que induzem calos, foram usados nos experimentos de biobaiística. A expressão do gene uida foi avaliada para testar os parâmetros de bombardeamento, pressão de gás Hélio (psi) e a distância da tela de retenção até o tecido alvo (cm). A resposta organogênica dos discos foliares não diferiu quando placas de petrí, tubos ou frascos foram usados, embora os tubos (2,4 x 8,5 cm, 30 mi) mostraram uma resposta ligeiramente melhor. O meio MS (Murashige & Skoog, Physiologia Plantarum, 15, 1962) solidificado com agar (0,6%) e suplementado com 0,5 mg/L BA e 5% de água de coco (w/v) provou ser eficiente na indução de organgênese. Brotos foram obtidos após 30 dias. Segmentos entrenodais e hipocotiledonares produziram 300 estruturas semelhantes a gemas por explante. Microscopia de varredura e análises histológicas demonstraram ser estruturas foliares, as quais evoluíram em brotos após 50 dias em Y2 MS. Higromicina a 5 mg/L provou ser um agente seletivo apropdado, inibindo organogênese em 60% dos explantes. Canamicina a 50 mg/L foi também efetiva. Calos morfogênicos de até 10 dias e discos foliares de 3 dias de cultivo mostraram elevados níveis de expressão transiente sob 80016,5 ou 100019,5 (psi de gás Héliolcm de distância de võo dos microprojéteis). Foram realizados experimentos de co-transformação com pB[426 (8,7 kb) que contém o gene npdi e pFFatacina (5,25 kb), como também utilizando-se um único vetor (pcatacina 1300), Freqüência de transformação estável de 0,85% foi obtida. A integração do transgene foi confirmada por PCR para o gene atacina A. Este é o primeiro trabalho que relata a transferência de um gene de interesse para plantas de maracujá amarelo por biobalística. / Brazil is the leading producer of the yellow passion fruit. However, the productivity is fairly low, about 10,000 t per hectare. Fruit yields vary with cultivars, climatic conditions, management and other factors, namely bacterial and virus díseases. Genetic transformation methodologies are modern alternatives to obtain plant resistance. The insectderived protein, attacin A acts as bacterícide, and it has been used to confer resistance to plant species. The objectives of the present study were (i) to obtain in vitro shoot regeneration, (ii) to test the efficiency of certain selective agents during the organogenesis process, (iií) to construct the cassette containing the attacin A gene, and (iv) to determine the physical and biological conditions for genetic transformation of passion fruit plants by using the biolistic approach. Regarding the ín vítro studies, three culture recipients were evaluated as well as different concentrations of benzylaminopurine (BA) and coconut water that suppiemented the basal medium. Phytagei and agar were aiso tested as solidifying agents. Cultures were evaluated with respect to leaf dises morphogenic responses. The attacín A gene was sequenced, and cioned to receive the CAMV 35S promoter with a duplicated enhancer sequence, and the 35S terminator. This vector was denoted pFFatacina. The cassette was cioned in pcambia 1300 and pcambia 2300 vectors that contain the hygromícin (hpt) and kanamycin (nptil) genes, respectively. Leaf discs, as well as internodal segments and hypocotyl-derived sections chosen to índuce calii, were used in the biolistic experiments. The uida gene expression was evaluated for testing bombardment parameters, namely the helium pressure (psi) and the distance from the stopping screen to the target tissue (cm). The organogenic response of the leaf discs did not differ when petri dishes, tubes or culture vesseis were used although the tubes (2,4 x 8,5 cm, 30 ml capacity) showed to be slightly better. The agar (0.6%)-solidifíed MS (Murashige & Skoog, Physíología Plantarum, 15, 1962) medium suppiemented with 0.5 mg/L BA and 5% (wlv) coconut water proved to be efficient to induce organogenesis. Shoots were obtained after 30 days. Internada[ and hypocotyl-derived segments produced 300 bud-like structures per explant. Scanning microscopy and histologícal anaiyses provided evidences that they were leaf structures, which last 50 days in 1/2 MS to evolve into shoots. Hygromicin at 5 mg/L proved to be proper as selective agent, inhibiting organogenesis in 60% of the explants. Kanamycin at 50 mg/L was also effective. Morphogenic calli up to 10 days old and 3 d-leaf discs showed high levels of transient uida gene expression under 80016.5 or 1000/9.5 helium pressureldistance from the stopping screen to the target tissue. Cotransformation experiments with pBI426 (8.7 kb) that contain the nptil gene and pFFatacina (5.25 kb) were carried on as well singre vector transformation tríals (pcatacina 1300). Stable transformation frequency of 0.85% was obtained. Transgene integration was confirmei by PCR for the attacin A gene. This is the first report on agronomicaily useful-gene transfer to yeilow passion fruit plants by biolistics.
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Effects of yeast cell cycle gene expression in transgenic Nicotiana tabacum

Webb, Penelope,1967- January 2001 (has links)
Abstract not available
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Identification, cloning, expression analysis and functional characterization of genes expressed early in Loblolly pine embryogenesis

Ciavatta, Vincent Thomas 19 February 2002 (has links)
No description available.
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Model Medicago species for studies of low temperature signaling and cold acclimation

Khalil, Hala. January 2000 (has links)
To identify a model legume experimental system for studying low temperature signaling and cold acclimation, cold-induced expression and regulation of homologues of alfalfa (Medicago sativa) cold acclimation-specific genes cas15 and cas30 were examined in M. arborea (relatively frost tolerant) and M. truncatula (relatively frost sensitive). Both cas15 and cas30 genes are present in the genomes of both species but whereas both genes are cold-induced in M. arborea, only cas15 is induced in M. truncatula. Cold-induced expression of these genes is inhibited by calcium chelators and channel blockers and by the membrane fluidizer benzyl alcohol. Treatment of leaves with dimethylsulfoxide, a membrane rigidifier, induced both genes at 25°C. A cold-activated MAP kinase activity was expressed in both species. These results suggest that M. truncatula, an annual, self-pollinated species may be successfully used as model experimental systems in studies of cold signaling and role of cas genes in cold acclimation in legumes.
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Caracterização fisiológica e genética de bactérias potencialmente diazotróficas associadas a capim braquiária / Genetic and physiological characterization of diazotrophic bacteria potentially associated with Brachiaria grasses

OLIVEIRA, João Tiago Correia 31 July 2012 (has links)
Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-12-13T15:12:46Z No. of bitstreams: 1 Joao Tiago Correia Oliveira.pdf: 2100029 bytes, checksum: 18f980542ee8d080c1ef8dc66665d64f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-13T15:12:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joao Tiago Correia Oliveira.pdf: 2100029 bytes, checksum: 18f980542ee8d080c1ef8dc66665d64f (MD5) Previous issue date: 2012-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The genus Brachiaria grasses are widely used throughout Brazil, enduring a series of restrictive limits and conditions of use, which corrobora para that is widely cultivated throughout the country. The changes in agricultural systems, mostly aiming at the improvement of environmental quality, in order to know the microbial diversity associated with these systems has been useful for ecosystem sustainability and improvement of production, where the combination of grasses with diazotrophs can provide plant growth and represents a promising alternative for the better development and plant performance. Given the above, the objective of this study was to isolate diazotrophic bacteria potentially associated grasses B. decumbens and B. humidicola cultivated in Agreste region of Pernambuco State, niches in the rhizosphere and endophytic root, evaluating functional and genetic variability. After isolation on semi selective fixation of atmospheric nitrogen (NFB semisolid medium) and in a non-functional selection was the selection of bacterial isolates for characteristics involved with the promotion of plant growth and genetic variability, using the technique of BOX-PCR and PCR-DGGE of nifH. The phenotypic characteristics were analyzed: biological nitrogen fixation (BNF), production of indole acetic acid (IAA) by different biochemical pathways, inorganic phosphate solubilization, production of extracellular enzymes and the quorum sensing molecule. The results obtained evidenced the high and variable functionality of the bacteria associated with these grasses in both media (especially the ones from the middle NFB, with the highest frequency of positive isolates for the evaluated tests), plant species and niches evaluated. In bacteria associated with the grass was observed fixation of atmospheric nitrogen in different salt concentrations in the culture medium, producing different biochemical pathways by EIA with and without the presence of precursor L-tryptophan, solubilization of inorganic phosphate in the presence of different sources of carbon production of extracellular enzymes (cellulase, pectinase and amylase) and quorum sensing molecule. Regardless of the technique used to study the genetic variability was observed high genetic diversity for isolates from both the root and the rhizoplane of grasses B. decumbens and B. humidicola. Thus we conclude that this association bacteria-plant-soil can provide several benefits to the plant, not just the biological nitrogen fixation. Therefore, investments in research using the association grasses/bacteria are essential for the high value they represent in animal feed. / As gramíneas do gênero Brachiaria são largamente utilizadas por todo o Brasil, tolerando uma série de limites e condições restritivas de utilização, o que corrobora para que seja largamente cultivada em todo território nacional. As mudanças ocorridas nos sistemas agrícolas, em sua maioria, têm por finalidade a melhoria da qualidade ambiental, neste sentido conhecer a diversidade microbiana associada a estes sistemas tem sido útil para sustentabilidade dos ecossistemas e o aperfeiçoamento da produção, onde a associação de gramíneas com bactérias diazotróficas pode proporcionar crescimento vegetal e representa uma alternativa promissora para o melhor desenvolvimento e desempenho vegetal. Diante do exposto, o objetivo deste trabalho foi isolar bactérias potencialmente diazotróficas associadas as gramíneas B. decumbens e B. humidicola cultivadas na Região Agreste do Estado de Pernambuco, nos nichos rizosfera e endofítico de raiz, avaliando-se características funcionais e variabilidade genética. Após o isolamento em meio semi seletivo para fixação de nitrogênio atmosférico (meio NFb semi-sólido) e em meio não seletivo ocorreu a seleção funcional dos isolados bacterianos quanto a características envolvidas com a promoção de crescimento vegetal, e a variabilidade genética, através da técnica de BOX-PCR e PCR-DGGE do gene nifH. As características fenotípicas analisadas foram: fixação biológica de nitrogênio (FBN), produção de ácido indol acético (AIA) por diferentes rotas bioquímicas, solubilização de fosfato inorgânico, produção de enzimas extracelulares e da molécula quorum sensing. Nos resultados obtidos ficou evidente a elevada e variável funcionalidade das bactérias associadas a estas gramíneas em ambos os meios (com destaque para os isolados provenientes do meio NFb, que apresentou maior frequência de isolados positivos para os testes avaliados), espécies vegetais e nichos avaliados. Nas bactérias associadas as gramíneas se observou fixação de nitrogênio atmosférico em diferentes concentrações de sal no meio de cultura, produção de AIA por diferentes rotas bioquímicas com e sem a presença do precursor L-triptofano, solubilização de fosfato inorgânico com a presença de diferentes fontes de carbono, produção de enzimas extracelulares (celulase, pectinase e amilase) e molécula quorum sensing. Independente da técnica utilizada para o estudo da variabilidade genética foi observado elevada diversidade genética para os isolados tanto da raiz como do rizoplano das gramíneas B. decumbens e B. humidicola. Desta forma é possível concluir que tal associação bactéria-planta-solo pode proporcionar vários benefícios à planta, não apenas a fixação biológica do nitrogênio. Portanto, investimentos em pesquisas utilizando a associação gramíneas forrageiras/bactérias são de fundamental importância pelo elevado valor que estas representam na alimentação animal.
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Caracterização molecular de acessos de bananeira do banco de germoplasma da Embrapa / Molecular characterization of banana accessions from the Embrapa germplasm collection

Onildo Nunes de Jesus 16 April 2010 (has links)
Os marcadores microssatélites por serem de natureza codominante e multialélica tornam-se ideais para a caracterização, mapeamento e seleção assistida. Os locos microssatélites disponíveis têm sido utilizados efetivamente na caracterização de acessos de bananeira (Musa), porém muitos deles têm se mostrado com baixa eficiência de amplificação. Neste sentido, os objetivos deste trabalho foram: desenvolver novos locos de microssatélites, caracterizar 224 acessos de bananeira do banco de germoplasma da Embrapa em relação à ploidia e constituição genômica empregando abordagens moleculares e estabelecer relações genéticas entre eles. Foram desenvolvidos 50 novos locos de microssatélites dos quais 44 foram polimórficos entre os acessos analisados. Para a caracterização da ploidia dos acessos foi utilizado a citometria de fluxo, e para a definição da composição genômica foram empregados polimorfismo nos genes ribossomiais nucleares (rDNA) e 16 locos microssatélites, que também serviram para estabelecer as relações genéticas entre os acessos. Além disso, foram sequenciados regiões do rDNA de 17 acessos de bananeira para identificação de polimorfismo de base única (SNP) associados ao genoma A e B. A constituição genômica e/ou ploidia determinada por abordagens moleculares confirmou a classificação previamente estabelecida por descritores morfológicos, com exceção dos acessos Marmelo, Pitogo e Pisang Nangka. As regiões do rDNA sequenciadas permitiram identificar 17 SNPs específicos para M. balbisiana, que poderão ser utilizados para classificar acessos quanto a constituição genômica. A análise de agrupamento derivada da genotipagem dos acessos com 16 locos de microssatélites subdividiu os genótipos de acordo com a ploidia, constituição genômica e subgrupos de bananeira, enquanto que a abordagem empregando o modelo bayesiano corroborou de forma geral com essa categorização. Foi detectada uma ampla heterogeneidade nos acessos diplóides, onde poucos acessos triplóides tiveram sua ancestralidade definida nos grupos dos acessos diplóides. / Microsatellite markers are co-dominant and multiallelic, and the method of choice for genetic characterization, mapping, and assisted selection breeeding. Microsatellite loci have been effectively used to characterize banana (Musa) accessions, but in some cases they have shown low amplification efficiency. Thus, the objectives of this work were to develop new microsatellite loci; to characterize 224 accessions from the Embrapa germplasm collection of banana for ploidy and genomic constitution, as well as to establish genetic relationships among the accessions. Fifty new microsatellite loci were developed, from which 44 were polimorphic. Flow citometry was employed to characterize ploidy, while genomic constitution was determined by polymorphism at the nuclear ribosomal gene (rDNA) and 16 microsatellite loci, also used to establish the genetic relationship among the accessions. Additionally, rDNA regions were sequenced from 17 banana accessions to identify specific single nucleotide polymorphism (SNP) associated with the A or B genome. The genomic constitution and/or ploidy determined by various molecular approaches confirmed the previous classification established by morphological descriptors, except for Marmelo, Pitogo and Pisang Nangka. The sequenced rDNA regions allowed to identify 17 SNPs specific for M. balbisiana, which could be used to classify accessions according to genomic composition. Clustering analysis derived from accession genotyping using 16 microsatellite loci subdivided genotypes according to ploidy, genomic composition and banana subgroups, while the approach using a Bayesian model corroborated in general terms this categorization. A large heterogeneity of the diploid accessions was detected, which restrict the definition of ancestrality of triploid accessions in the diploid accession groups.

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