Thesis (D.P.H.)--University of Michigan.

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Thesis (doctoral)--Nijmegen, 1984.

Pneumocystis jiroveci, Mycoplasma pneumoniae and Mycobacterium tuberculosis are respiratory pathogens associated with pneumonia, with increasing prevalence of Pneumocystis pneumonia (PcP) and tuberculosis (TB) in AIDS patients. Increased resistance of M. tuberculosis has emphasized the need for rapid susceptibility testing, such as flow cytometry. Sputum specimens (102) were assessed by PCR employing primers directed at the following genes: P. jiroveci: mitochondrial large subunit ribosomal RNA (mtLSUrRNA), dihydropteroate synthase (DHPS) and dihydrofolate reductase (DHFR), and for M. pneumoniae: 16S rRNA and P1 adhesin. Positive P. jiroveci samples were genotyped by PCR-SSCP (single-strand conformation polymorphism) targeting the: internal transcribed spacer region (ITS), intron of the nuclear 26S rRNA gene (26S), variable region of the mitochondrial 26S rRNA gene (mt26S) and β-tubulin gene (β-tub). Multi-drug resistant (MDR-TB) cultures grown in the presence and absence of four antibiotics (rifampicin, isoniazid, ethambutol and ofloxacin) were heat killed, stained with SYTO16 and Propidium Iodide and analysed using flow cytometry. Rifampicin resistance gene mutations were screened by PCR and DNA sequencing. Details of patient’s gender, age, HIV and M. tuberculosis status were provided by the hospitals. Women were seen to be at high risk for community-acquired P. jiroveci colonisation. Overall, prevalence of P. jiroveci was 55.1 percent (54/102 patients). P. jiroveci was mainly associated with HIV (25/102 P. jiroveci positive patients for which clinical data was available) and co-colonisation with M. tuberculosis was observed in 11 cases. Sequence analysis of DHPS and DHFR products found no resistance associated mutations. M. pneumoniae was detected in one patient. Four simple SSCP patterns were identified and there were no co-infections with other P. jiroveci strains. Nine M. tuberculosis samples [8 MDR-TB isolates (NHLS) and M. tuberculosis ATCC® 27294TM] were tested. There was a 53 percent (19 out of 36 tests) agreement of flow cytometry with the BACTEC MGIT 960. Mutations (at two specific codons, namely 516 and 531) in the rifampicin resistance-determining region (RRDR) of the rpoB gene were observed in eight M. tuberculosis isolates. Evaluation of methods for genotyping and drug susceptibility testing of PcP and TB are imperative for epidemiology and drug resistance studies, and impact on treatment protocols.

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Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2007. / Härtill 5 uppsatser.

Introdução. A colonização pelo Pneumocystis jirovecii foi demonstrada em diversos grupos, como pacientes imunossuprimidos pela infecção do Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV), pacientes com doenças pulmonares crônicas e gestantes. Alguns estudos têm sugerido que os profissionais de saúde podem tornar-se colonizados após contato com pacientes com a pneumonia por Pneumocystis (PcP). Objetivos. Identificar a colonização pelo P. jirovecii, através de técnicas moleculares, em profissionais de saúde que apresentam contato ocupacional com pacientes com PcP no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Verificar a duração desta colonização. Analisar as variáveis clínico-demográficas dos pacientes com PcP que podem estar relacionadas à transmissão do P. jirovecii ao profissional de saúde. Métodos. Foi realizada uma nested-PCR para a detecção do P. jirovecii no lavado de orofaringe de 27 profissionais expostos a pacientes com PcP (médico; enfermeiro; técnico/auxiliar de enfermagem) e de 36 profissionais administrativos, no período de janeiro a agosto de 2008. As amostras de lavado da orofaringe foram obtidas na primeira, segunda e oitava semana após o contato com um paciente para avaliar o início e a duração da colonização pelo P. jirovecii. A nested-PCR utilizou os primers pAZ-102-A e pAZ-H no primeiro round e pAZ 102-X e pAZ 102-Y no segundo, para a amplificação da grande subunidade do RNA ribossômico mitocondrial (mtLSUrRNA) do microorganismo. Foram coletados os dados clínicos e demográficos dos pacientes com PcP através da revisão dos prontuários médicos. Resultados. A colonização pelo P. jirovecii foi observada em 33,3% (9/27) dos profissionais expostos, com uma duração que variou entre uma a duas semanas após o contato inicial com o paciente. Entre os profissionais não-expostos, foram identificados somente dois colonizados entre 36 indivíduos (p <0,05). Não foi identificada associação entre as características clínicas e demográficas dos pacientes com PcP e a colonização dos profissionais de saúde. Conclusões: Os profissionais de saúde em contato com os pacientes com PcP apresentaram uma taxa de colonização superior aos indivíduos não expostos. Este achado é sugestivo de uma transmissão nosocomial do microorganismo. Os profissionais de saúde podem constituir importante reservatório e fonte de infecção do fungo a outros pacientes.

Pneumocystis é um importante patógeno oportunista que pode causar um quadro de pneumonia intersticial fatal em animais infectados por alguma doença imunodepressora. Pneumocystis sp. tem sido identificado em suínos domésticos e selvagens coinfectados com o circovírus suíno tipo 2 (PCV2) que desenvolvem a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS). O presente trabalho analisou 78 javalis (Sus scrofa) com histórico de SMDS procedentes de 6 diferentes propriedades com sistema de confinamento intensivo no Rio Grande do Sul no período de março de 2006 a junho de 2008. Amostras de tecido pulmonar de seis javalis que não desenvolveram clinicamente a SMDS, assim como, amostras de suínos procedentes de abatedouros dos Estados do Rio Grande do Sul e Mato Grosso foram incluídas nas análises molecular e filogenética do trabalho. O teste de imunohistoquímica (IHQ) para a detecção de Pneumocystis sp. foi positivo em 50% dos pulmões analisados. A IHQ para a detecção de PCV2 foi positiva em 37% dos animais, sendo que o linfonodo mesentérico foi o órgão que apresentou maior grau de marcação positiva. Coinfecção entre Pneumocystis sp. e PCV2 foi confirmada pela IHQ em 20,5% dos javalis. O teste de nested-PCR dos genes mtLSU rRNA e mtSSU rRNA identificou a presença de material genético de Pneumocystis sp. em pulmões de javalis que desenvolveram a SMDS e em pulmões de javalis que não apresentaram clinicamente a doença, sugerindo que somente a presença de Pneumocystis sp. não se caracteriza como causa suficiente para o desenvolvimento de pneumonia intersticial. Identificou-se pela análise filogenética que javalis e suínos no Brasil são afetados pela mesma espécie de Pneumocystis sp. e que esta subdividese em dois grupos distintos. / Pneumocystis is an important opportunistic pathogen that may cause lethal interstitial pneumonia in infected animals due to some immunosuppressive disease. Pneumocystis sp. has been found in domestic and feral swine co infected with porcine circovirus type 2 (PCV2) that developed the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS). This study analyzed 78 wild boars (Sus scrofa) with PMWS background from 6 different farms with intensive confinement system in Rio Grande do Sul from March 2006 to June 2008. The lung tissue samples of six wild boars that did not develop PMWS, as well as the swine samples from slaughterhouses in Rio Grande do Sul and Mato Grosso were included in the molecular and phylogenetic analyses of this study. The immunohistochemistry test (IHC) for detection of Pneumocystis sp. was positive in 50% of the analyzed lungs. The IHC for PCV2 detection was positive in 37% of the animals and the mesenteric lymph node was the organ with the highest degree of positive staining. Co infection in Pneumocystis sp. and PCV2 was confirmed by IHC in 20.5% of wild boars. The nested-PCR test of the mtLSU rRNA and mtSSU rRNA genes identified the presence of genetic material of Pneumocystis sp. in lungs of wild boars that developed the PWMS and in wild boars that did not presented clinical disease, which may mean that only the presence of Pneumocystis sp. was not characterized as sufficient cause to interstitial pneumonia development. Through phylogenetic analysis it has been identified that wild boars and swine in Brazil are affected by the same specie of Pneumocystis sp. and its subdivision in two different groups.