Um grande número de pacientes em tratamento para tuberculose desenvolve algum tipo de reação adversa. A mais grave destas, hepatotoxicidade, é, muitas vezes, atribuída aos metabólitos tóxicos gerados durante a metabolização da isoniazida (INH), principal fármaco do tratamento. A INH é metabolizada pelas enzimas N-acetiltransferase 2 (NAT2), citocromo P450 2E1 (CYP2E1) e glutationa S-transferase (GSTM1 e GSTT1). Polimorfismos nos genes que codificam estas enzimas parecem influenciar na sua atividade e toxicidade, além de estarem distribuídos de forma variável entre as populações. Este estudo foi elaborado com o objetivo de estimar a frequência dos polimorfismos nos genes CYP2E1, GSTM1 e GSTT1, e avaliar a relação destes genes e de fatores de risco com o desenvolvimento de hepatotoxicidade. Foram incluídos no estudo 245 pacientes que fizeram tratamento para tuberculose no ambulatório do Hospital Sanatório Partenon (Porto Alegre, RS) com rifampicina, isoniazida e pirazinamida (esquema RHZ). Esses pacientes forneceram termo de consentimento livre e esclarecido, entrevista para coleta de dados clínicos e epidemiológicos e amostra de sangue para exames de provas de função hepática e perfil genético. A identificação dos genótipos foi realizada através das técnicas de PCR para os genes GSTM1 e GSTT (presença ou ausência) e PCR-RFLP para CYP2E1 (SNPs nas posições -1053C>T,-1293G>C e 7632T>A). Através da montagem de um banco de dados com as informações epidemiológicas e genéticas foram testadas possíveis relações entre as características. As frequências dos alelos variantes no gene CYP2E1 foram 8% (-1053), 8,5% (-1293) e 12% (7632). Os genes GSTM1 e GSTT1 estavam ausentes em 42.9% e 12.4% da população, respectivamente. Quinze (6,1%) pacientes desenvolveram hepatotoxicidade. Pacientes com genótipo selvagem em CYP2E1, sendo acetiladores lentos para NAT2, estão sob maior risco de desenvolver hepatotoxicidade. O genótipo nulo para GSTM1 e GSTT1 não teve influência na resposta ao tratamento para essa população. Os fatores de risco associados à hepatite induzida por tuberculostáticos foram: HIV positivo, tuberculose extrapumonar e níveis elevados de transaminases basais. / Patients under treatment for tuberculosis (TB) frequently suffer adverse drug reactions. The most severe, hepatotoxicity is often related to toxic metabolites produced during the main drug metabolism, isoniazid (INH). INH is metabolized by N-acetyltransferase 2 (NAT2), cytochrome P450 2E1 (CYP2E1) and glutathione S-transferase (GSTM1 and GSTT1) enzymes. Polymorphisms in coding genes can modulate enzyme activity and toxicity, and are distributed in a variable way among populations. This study was designed to determine the frequency of CYP2E1, GSTM1 e GSTT polymorphisms, and to evaluate whether clinical risk factors and polymorphism are related to drug-induced hepatotoxicity. A total of 245 TB outpatients from Hospital Sanatorio Partenon (Porto Alegre, RS) using INH, RMP and PZA were included in the study. Patients provided a written informed consent, clinical records through an interview and blood sample for liver enzymes tests and genotyping. Individuals were genotyped using polymerase chain reaction (GSTM1 and GSTT) and restriction fragment length polymorphism (CYP2E1) methods. Using a database containing genetic and clinical information, possible relations were tested. The frequencies for the CYP2E1 polymorphic alelles RsaI, PstI and DraI are 8%, 8,5% and 12%, respectively. GSTM1 and GSTT1 genes are deleted in 42.9% and 12.4% of the population. Fifteen patients (6.1%) developed hepatotoxicity. Patients without polymorphisms in CYP2E1, having NAT2 slow acetylator profile, are at higher risk for drug-induced hepatotoxicity. Null genotype for GSTM1 and GSTT1 showed no influence in drug response. HIV, extrapulmonary TB and high baseline levels of transaminases are independent risk factors for hepatotoxicity in this population.

A doença de Machado-Joseph (DMJ/SCA3) é uma doença neurodegenerativa causada pela expansão de poliglutaminas na proteína ataxina-3. O número de repetições CAG presentes no gene ATXN3 é inversamente correlacionado com a idade de início da doença, mas é responsável por somente 45-60% desta variação. O objetivo deste trabalho foi testar o efeito da metilação no promotor do gene ATXN3, de polimorfismos em genes candidatos e do alelo normal ATXN3 como modificadores do fenótipo da doença. A análise do padrão de metilação em seis sítios CpG através de um ensaio de amplificação multiplex dependente de sondas – específico para metilação foi realizada em amostras de 123 pacientes de 62 famílias. Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes BAX, CRYAB, GRIK2, IL1B, ITPR1, NEDD8, NEDD9 e CHIP foram analisados em 273 pacientes de 119 famílias. Os volumes cerebrais foram medidos através de ressonância magnética em 30 pacientes não relacionados. A gravidade foi medida pela Escala de Exame Neurológico para Ataxia Espinocerebelar (NESSCA) dividida pelo tempo de duração da doença. Uma correlação inversa significativa foi encontrada entre a idade de início e tamanho da repetição (r=-0,76, r2=0,58, p<0,001). Houve uma tendência de correlação direta entre o grau de metilação e a idade de início para um sítio CpG (p=0,055). Uma correlação significativa foi encontrada entre a gravidade e o tamanho da repetição CAG (r=0,48, r2=0,23, p=0,001). O SNP no gene IL1B (rs16944) apresentou um efeito significativo na idade de início de pacientes com SCA3 (p=0,042). Associação significativa foi observada entre o SNP no gene NEDD9 (rs760678) e a gravidade (p=0,003). SNPs nos genes GRIK2 (rs2227281) e NEDD8 (rs2144487) se relacionaram à medida do volume do cerebelo (p=0,006) e à medida do volume da ponte (p=0,023), respectivamente. Estes resultados sugerem que o controle epigenético no sítio CpG no promotor ATXN3 e que os SNPs nos genes GRIK2, IL1B, NEDD8 e NEDD9 podem contribuir para a variação fenotípica na SCA3. Ademais, os genótipos protetores dos genes GRIK2, IL1B e NEDD8 mostraram ter um efeito aditivo no adiamento do início da doença. O mecanismo exato pelo qual a mutação no gene ATXN3 causa a SCA3 ainda não foi determinado. A expansão da repetição CAG pode conferir uma função tóxica para a proteína, como acontece em outras doenças neurodegenerativas causadas por expansões de poliglutaminas. Considerando esta hipótese, uma maior metilação do promotor do gene ATXN3 pode se relacionar a sua menor expressão e a um menor acúmulo de poliglutaminas no neurônio. Ainda considerando esta hipótese, GRIK2, IL1B, NEDD8 e NEDD9 podem desempenhar um papel protetor, possivelmente por promover a sobrevivência de células neuronais em pacientes com SCA3. SNPs nestes genes poderiam modificar a expressão das proteínas, afetando a agregação de poliglutaminas no cérebro de tal forma que os indivíduos portadores de um genótipo de risco teriam significativamente maior perda gradual de neurônios e um início mais precoce dos sintomas. / Machado-Joseph disease (MJD/SCA3) is a neurodegenerative disease caused by expansion of a polyglutamine tract in ataxin-3. The CAG repeat number of ATXN3 gene is inversely correlated with disease age at onset (AO) but is responsible for only 45-60% of this variation in SCA3. In this study, we investigate if DNA methylation status of the ATXN3 promoter, if polymorphisms in candidate genes, and if normal ATXN3 allele are related to disease phenotype. We designed a methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) assay for quantitative analysis of methylation status at 6 CpG sites, located within the promoter region of the ATXN3 gene. We have applied this MSMLPA to 123 SCA3 Brazilian patients from 62 families. We investigated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes BAX, CRYAB, GRIK2, IL1B, ITPR1, NEDD8, NEDD9, and CHIP in 273 Brazilian SCA3 patients from 119 families. The brain volumetries were obtained from magnetic resonance imaging’s from 30 unrelated patients. The SCA3 severity degree was measured by Neurological Examination Score for Spinocerebellar Ataxia (NESSCA) divided by duration of disease. A significant inverse correlation was found between AO and repeat length (r=-0.76, r2=0.58, p<0.001). There was a trend toward direct correlation between methylation degree and AO for one CpG site in the SCA3 sample (p=0.055). A significant correlation was found between severity and CAG repeat length (r=0.483, r2=0.233, p=0.001). We have found significant associations between a GRIK2 SNP (rs2227281) and cerebellum volume (p=0.006), an IL1B SNP (rs16944) and AO (p=0.042), a NEDD8 SNP (rs2144487) and pons volume (p=0.023), and a NEDD9 SNP (rs760678) and disease severity (p=0.003). These results suggest that epigenetic control at ATXN3 CpG-site and that the SNPs in GRIK2, IL1B, NEDD8, and NEDD9 genes may contribute to the phenotypic expression of SCA3. Moreover, protective genotypes of GRIK2, IL1B, and NEDD8 genes shown to have an additive effect in delaying the onset of disease.The exact mechanism by which the mutation in the ATXN3 gene causes SCA3 has not been determined. The CAG repeat expansion may confer a novel toxic function onto the protein, as it does in other polyglutamine neurodegenerative disorders. Considering this hypothesis, increased methylation of ATXN3 gene promoter can relate to its lower expression and a smaller accumulation of polyglutamine in the neuron. Still considering this hypothesis, GRIK2, IL1B, NEDD8, and NEDD9 might play a protective role, possibly a survival promoting effect, for neuronal cells in SCA3 patients. These four SNPs could affect the protein expression and polyglutamine aggregation in the brain such that risk genotype carriers have a significantly higher gradual loss of neurons and an earlier onset of symptoms.

Um grande número de pacientes em tratamento para tuberculose desenvolve algum tipo de reação adversa. A mais grave destas, hepatotoxicidade, é, muitas vezes, atribuída aos metabólitos tóxicos gerados durante a metabolização da isoniazida (INH), principal fármaco do tratamento. A INH é metabolizada pelas enzimas N-acetiltransferase 2 (NAT2), citocromo P450 2E1 (CYP2E1) e glutationa S-transferase (GSTM1 e GSTT1). Polimorfismos nos genes que codificam estas enzimas parecem influenciar na sua atividade e toxicidade, além de estarem distribuídos de forma variável entre as populações. Este estudo foi elaborado com o objetivo de estimar a frequência dos polimorfismos nos genes CYP2E1, GSTM1 e GSTT1, e avaliar a relação destes genes e de fatores de risco com o desenvolvimento de hepatotoxicidade. Foram incluídos no estudo 245 pacientes que fizeram tratamento para tuberculose no ambulatório do Hospital Sanatório Partenon (Porto Alegre, RS) com rifampicina, isoniazida e pirazinamida (esquema RHZ). Esses pacientes forneceram termo de consentimento livre e esclarecido, entrevista para coleta de dados clínicos e epidemiológicos e amostra de sangue para exames de provas de função hepática e perfil genético. A identificação dos genótipos foi realizada através das técnicas de PCR para os genes GSTM1 e GSTT (presença ou ausência) e PCR-RFLP para CYP2E1 (SNPs nas posições -1053C>T,-1293G>C e 7632T>A). Através da montagem de um banco de dados com as informações epidemiológicas e genéticas foram testadas possíveis relações entre as características. As frequências dos alelos variantes no gene CYP2E1 foram 8% (-1053), 8,5% (-1293) e 12% (7632). Os genes GSTM1 e GSTT1 estavam ausentes em 42.9% e 12.4% da população, respectivamente. Quinze (6,1%) pacientes desenvolveram hepatotoxicidade. Pacientes com genótipo selvagem em CYP2E1, sendo acetiladores lentos para NAT2, estão sob maior risco de desenvolver hepatotoxicidade. O genótipo nulo para GSTM1 e GSTT1 não teve influência na resposta ao tratamento para essa população. Os fatores de risco associados à hepatite induzida por tuberculostáticos foram: HIV positivo, tuberculose extrapumonar e níveis elevados de transaminases basais. / Patients under treatment for tuberculosis (TB) frequently suffer adverse drug reactions. The most severe, hepatotoxicity is often related to toxic metabolites produced during the main drug metabolism, isoniazid (INH). INH is metabolized by N-acetyltransferase 2 (NAT2), cytochrome P450 2E1 (CYP2E1) and glutathione S-transferase (GSTM1 and GSTT1) enzymes. Polymorphisms in coding genes can modulate enzyme activity and toxicity, and are distributed in a variable way among populations. This study was designed to determine the frequency of CYP2E1, GSTM1 e GSTT polymorphisms, and to evaluate whether clinical risk factors and polymorphism are related to drug-induced hepatotoxicity. A total of 245 TB outpatients from Hospital Sanatorio Partenon (Porto Alegre, RS) using INH, RMP and PZA were included in the study. Patients provided a written informed consent, clinical records through an interview and blood sample for liver enzymes tests and genotyping. Individuals were genotyped using polymerase chain reaction (GSTM1 and GSTT) and restriction fragment length polymorphism (CYP2E1) methods. Using a database containing genetic and clinical information, possible relations were tested. The frequencies for the CYP2E1 polymorphic alelles RsaI, PstI and DraI are 8%, 8,5% and 12%, respectively. GSTM1 and GSTT1 genes are deleted in 42.9% and 12.4% of the population. Fifteen patients (6.1%) developed hepatotoxicity. Patients without polymorphisms in CYP2E1, having NAT2 slow acetylator profile, are at higher risk for drug-induced hepatotoxicity. Null genotype for GSTM1 and GSTT1 showed no influence in drug response. HIV, extrapulmonary TB and high baseline levels of transaminases are independent risk factors for hepatotoxicity in this population.

A prevenção das doenças cardiovasculares é, atualmente, uma das principais metas para o cuidado com a saúde nos países ocidentais. Os inibidores da HMG CoA redutase (estatinas) são os fármacos mais utilizados para a prevenção das doenças cardiovasculares devido a sua eficácia em reduzir os níveis de colesterol e por serem bem tolerados durante o tratamento. Apesar de serem eficazes, existe uma grande variabilidade interindividual à resposta ao tratamento com estatinas. Parte dessa variação pode ser explicada por fatores genéticos, que podem afetar tanto a farmacocinética quanto a farmacodinâmica desses fármacos. Na presente dissertação foram avaliados polimorfismos funcionais nos genes SLCO1B1 e SLCO1B3, que codificam os polipeptídeos transportadores de ânions orgânicos (OATPs) 1B1 e 1B3 respectivamente, e sua possível influência sobre a eficácia e segurança do tratamento com 20 mg diárias de sinvastatina em uma amostra de 161 indivíduos de ancestralidade européia da região metropolitana de Porto Alegre. Os genótipos dos polimorfismos 388A>G, 521T>C e 463C>A do gene SLCO1B1 e 334T>G e 699G>A do gene SLCO1B3 foram determinados por discriminação alélica com ensaios Taqman 5 -nuclease em PCR em tempo real. Polimorfismos do gene SLCO1B1 foram associados significativamente com a resposta ao tratamento com sinvastatina. A variante 388A>G foi significativamente associada com uma maior redução nos níveis de colesterol total e LDL colesterol nos pacientes tratados com sinvastatina (P = 0,011 e P = 0,013 respectivamente). Os haplótipos SLCO1B1*1b e SLCO1B1*14 foram associados significativamente com a redução dos níveis de LDL colesterol após 6 meses de tratamento (P = 0,016 e P = 0,019 respectivamente). As variantes do gene SLCO1B3 estudadas não parecem influenciar a resposta ao tratamento com sinvastatina. Os polimorfismos dos genes SLCO1B1 e SLCO1B3 não estão relacionados com o aparecimento de efeitos adversos devido ao uso de sinvastatina na amostra estudada. Os resultados relatados na presente dissertação demonstram a importância das variantes dos genes que codificam os OATPs para a farmacogenética dos inibidores de HMG CoA redutase. Entretanto, estudos em diferentes populações com as diferentes estatinas devem ser realizados futuramente para avaliar a influência dos polimorfismos dos OATPs na resposta às diferentes estatinas. / At present, cardiovascular disease prevention is the major goal of health care in western countries. HMG-CoA reductase inhibitors (statins) were the most utilized drugs in cardiovascular disease prevention due the high lipid-lowering efficacy and tolerance of treatment. Although a large interindividual variation in statin treatment response is frequently observed. Part of this variability could be explained by genetic factors that affect drug pharmacokinetics and pharmacodynamics. In the present study, we evaluated the influence of functional polymorphisms in SLCO1B1 and SLCO1B3 genes, those codifying organic anions transporters polypeptides (OATPs) 1B1 and 1B3 respectively, on simvastatin 20 mg per day treatment efficacy and tolerance in 161 subjects of European ancestry from Porto Alegre metropolitan region. The 388A>G, 521T>C and 463C>A SLCO1B1 gene polymorphisms and 334T>G and 699G>A SLCO1B3 gene polymorphisms were determined by allele discrimination with Taqman 5 -nuclease assays in real time PCR. SLCO1B1 gene polymorphisms were significantly associated with simvastatin treatment response. The 388A>G SNP was significantly associated with total cholesterol and LDL cholesterol reduction in patients treated with simvastatin (P = 0.011 e P = 0.013 respectively). SLCO1B1*1b and SLCO1B1*14 haplotypes were significantly associated with LDL cholesterol reduction 6 month treatment (P = 0.016 e P = 0.019 respectively). SLCO1B3 gene variants did not seem to influence the simvastatin treatment response. SLCO1B1 and SLCO1B3 gene polymorphisms were not related to the occurrence of adverse effects due to the use of simvastatin in the sample studied. The reported results in the present study demonstrated the OATPs variants are important to the HMG-CoA reductase inhibitor pharmacogenetics. However, future studies in populations and with different statins should be made to assess the OATP polymorphisms influence in response to statins.

As doenças cardiovasculares são responsáveis por um grande número de mortes no mundo, sendo a doença coronariana arterial (coronary artery disease, CAD) responsável por aproximadamente 7 milhões de mortes por ano. Durante o desenvolvimento e progressão da lesão há a expressão de citocinas e moléculas do sistema imune que sinalizam para que ocorra um aumento da permeabilidade subendotelial, migração leucocitária e adesão celular. Dentre as diversas moléculas expressas durante a progressão da lesão estão as moléculas de adesão celular do tipo 1 ICAM -1 e moléculas de adesão plaquetária do tipo 1 PECAM – 1. A molécula PECAM-1 (ou CD31) é um membro da família das imunoglobulinas e é constitutivamente expressa pelas células endoteliais, plaquetas e leucócitos circulantes. Está envolvida na integridade endotelial e extravasamento celular, possuindo papel importante na adesão e migração leucocitárias. A molécula ICAM-1 (ou CD54) também é um membro da superfamília das imunoglobulinas e é expressa constitutivamente por diversas células do organismo. O presente trabalho tem como objetivo analisar as freqüências alélicas e genotípicas de três polimorfismos em genes que codificam moléculas de adesão – dois no gene de PECAM-1 e um no gene de ICAM-1 em uma amostra de pacientes com doença coronariana arterial, com o intuito de identificar possíveis associações destas variantes e o desenvolvimento da mesma; bem como relacionar o genótipo de cada paciente com seu quadro clínico. A população é composta por euro-descendentes com faixa etária variando entre 31 e 84 anos, e 62.5% dos indivíduos são do sexo masculino. A análise é feita por PCRRFLP. Foram obtidas as seguintes freqüências genotípicas e alélicas: PECAM-I 373C/G – CG: 0.63; CC: 0.21; GG: 0.16 e C: 0.523; G: 0.477 – PECAM-I 53G/A – GG: 0.844; AG: 0.130; AA: 0.026 e A: 0.091; G: 0.909 - ICAM-I 1548A/G – AA: 0.482; AG: 0.352; GG: 0.168 e A: 0.656; G: 0.344. As análises estatísticas demonstraram uma associação do genótipo CC do polimorfismo PECAM-I 373C/G a um aumento no risco de desenvolvimento de DAC (p<0.001). Para os demais polimorfismos não foi encontrada associação.

Nos parasitos do gênero Echinococcus observam-se grandes diferenças genéticas entre as espécies. Mais ainda, a espécie E. granulosus apresenta uma grande variação intraespecífica. Diversas variantes com características biológicas e epidemiológicas particulares, e adaptadas a hospedeiros intermediários diferentes, foram classificadas como linhagens. De fato, estas linhagens são muitas vezes tão divergentes geneticamente quanto as demais espécies do gênero. Isto tem gerado diversas discussões quanto seu status taxonômico. Os genes do antígeno B (AgB) de Echinococcus compõem uma família multigênica. A proteína secretada, um oligômero formado a partir de subunidades de 8 kDa, tem um papel importante no estabelecimento da infecção, modulando a resposta imune do hospedeiro. Estudos demonstraram que alguns genes desta família devem estar sob seleção positiva ou diversificadora. Inclusive, a quantidade de variantes encontradas é alta em um único parasito. Este trabalho analisa amostras de E. granulosus coletadas no Rio Grande do Sul e as compara a amostras de outra populações geográficas (Argentina, Argélia e Romênia) usando um marcador mitocondrial (cox1-391 pb) e duas seqüências nucleares. Uma delas corresponde a um fragmento que inclui majoritariamente o segundo íntron do gene de cópia única codificador da malato desidrogenase citosólica (mdh - 214 pb) e a outra trata-se da seqüência parcial do gene que codifica a subunidade 4 do AgB (AgB4 - 329-355 pb), incluindo aproximadamente 80 pb da região promotora do gene até em torno de 60 pb à montante do códon de parada da tradução. A análise do fragmento de mdh utilizou a técnica de PCR-SSCP, seguida de seqüenciamento, para discriminar os alelos das amostras de cada população, totalizando 259 indivíduos (isolados). Os achados confirmam a homogeneidade das populações geográficas de E. granulosus e a divergência dos parasitos das linhagens ovina e bovina (freqüentemente denominada E. ortleppi). Apesar da divergência entre as linhagens, são encontrados em baixa freqüência alelos característicos da linhagem bovina (haplótipo G5) em parasitos com haplótipo mitocondrial ovino (G1) e vice-versa. Tal situação poderia ser conseqüência do cruzamento entre parasitos destas linhagens quando em simpatria. A abordagem adotada na análise do gene AgB4 foi a amplificação por PCR seguida do seqüenciamento direto de 151 isolados. Os dados indicam a presença de mais de duas cópias do AgB4 no genoma, e que, dada a conservação na região codificante, seria provável que estes genes estejam evoluindo em concerto. Também encontramos alta divergência entre as seqüências dos isolados com haplótipos mitocondriais G1 (AgB4 tipo 1) e G5 (AgB4 tipo 2). A divergência é tão grande que acreditamos que na linhagem bovina o gene AgB4 tenha recombinado com AgB2. Uma seqüência idêntica a nossa depositada no GeneBank foi previamente sugerida como sendo uma variante não-funcional do AgB2. Assim como no caso do mdh alguns parasitos com haplótipos mitocondriais G5 (linhagem bovina) apresentaram em baixa freqüência seqüências de AgB4 do tipo 1 características da linhagem ovina. Este achado reforça a hipótese de fluxo gênico entre as linhagens de E. granulosus. / In the parasites belonging to the genus Echinococcus large differences between species are observed. Furthermore, the E. granulosus species shows a high intraspecific variability. Different variants with particular biologic and epidemiologic features, adapted to distinct intermediate hosts, were classified as strains. Indeed, the strains are frequently as genetically divergent as the other species within the genus. This has generated several discussions about their taxonomic status. The Echinococcus antigen B (AgB) genes belong to a multigene family. The secreted protein, an oligomer built by subunits of 8kDa, has an important role in the infection establishment, modulating the host immune response. Studies have demonstrated that some genes in this family might be under positive or diversifying selection. Moreover, the quantity of variants found is high, even in a single parasite. This study analyzes samples of E. granulosus collected in Rio Grande do Sul, and compares them to samples from other geographic regions (Argentina, Algeria and Romania) using a mitochondrial marker (cox1 – 391bp) and two nuclear sequences. One corresponds to a fragment including mostly the second intron of the cytosolic malate dehydrogenase single copy gene (mdh – 214bp) and the other is a partial gene sequence encoding the fourth subunit of AgB (AgB4 – 329-355bp), which includes approximately 80bp of the promoter region until around 60bp upstream to the stop codon. The analysis of the mdh fragment was based on the PCR-SSCP technique, followed by sequencing, to discriminate among alleles within samples of each population, totalizing 259 individuals (isolates). Our findings confirm the homogeneity within E. granulosus geographic populations and a high divergence between parasites from the ovine and bovine (frequently named E. ortleppi) strains. Despite the divergence between strains, bovine strain (haplotype G5) characteristic alleles are found in low frequency in parasites with the ovine mitochondrial haplotype (G1) and vice-versa. This situation could be a consequence of interbreeding between parasites from the different strains, when in simpatry. The approach used for the AgB4 gene analysis was the PCR amplification followed by direct sequencing of 151 isolates. The data indicate the presence of more than two AgB4 gene copies inside the genome; and that, considering the conservation of the coding region, it would be probable that these genes are evolving in concert. We also found a high divergence in AgB4 sequences between isolates with haplotypes G1 (AgB4 type 1) and G5 (AgB4 type 2). The divergence is so large, that we believe that in the bovine strain the AgB4 gene might have recombined with AgB2. As well as for the mdh gene, some parasites with the G5 mitochondrial haplotype (bovine strain) showed in low frequencies AgB4 type 1 sequences, characteristic of the ovine strain. This finding reinforces the hypothesis of gene flow between strains of E. granulosus.

Resumo não disponível

O câncer de mama (CM) é o segundo tipo de câncer mais freqüente no mundo e o mais comum entre as mulheres. É uma doença multifatorial causada pela combinação de fatores de risco genéticos e não genéticos (ambientais). Polimorfismos genéticos de baixa penetrância têm sido associados ao CM em diversas populações. No presente estudo, determinamos a freqüência alélica e genotípica dos polimorfismos nulos de GSTM1, GSTT1 e do polimorfismo Ile105Val em GSTP1, e correlacionamos estas freqüências com fatores de risco para CM. A amostra estudada foi constituída de 750 mulheres (40-69 anos) sem câncer de mama recrutadas na Coorte Núcleo Mama Porto Alegre (NMPOA). As freqüências genotípicas e alélicas encontradas não diferem de outros estudos nacionais, mas diferem significativamente de algumas descritas em outras populações, reforçando a necessidade de estudos de populações específicas. A amostra como um todo não apresentou fatores de risco reprodutivos significativos para CM. O risco vital médio de desenvolver CM de acordo com o modelo de Gail na amostra foi de 7.8% e a grande maioria das pacientes (n= 731, 97.5%), como esperado para uma amostra de mulheres submetida a rastreamento mamográfico, apresentou achados mamográficos benignos (BIRADS 1 ou 2). A distribuição das mulheres de acordo com a densidade mamográfica demonstrou que apesar de 56% já estarem na pósmenopausa, a maioria (n= 682, 91.0%) ainda apresentava mamas moderadamente densas. Observou-se que 77.6% das mulheres incluídas no estudo tinham um IMC correspondente a sobrepeso ou obesidade. A análise da relação entre os polimorfismos GSTM1, GSTT1 e GSTP1 A/G e fatores de risco previamente estabelecidos para CM, demonstrou, em mulheres pré-menopáusicas, uma associação entre os genótipos GSTM1 e GSTT1 nulos e imagens mamográficas com classificação BIRADS 3 e 4 e, em mulheres pós-menopáusicas, uma associação com mamas moderadamente densas e densas. Isoladamente, o genótipo GSTT1 nulo também se mostrou associado a maior densidade mamográfica em mulheres pós-menopáusicas. Não houve associação entre os alelos e genótipos de GSTP1 e fatores de risco estabelecidos. Nossos dados sugerem que os genótipo nulos de GSTM1 e especialmente de GSTT1 podem estar fortemente associados a densidade mamográfica em mulheres pós-menopáusicas. A inclusão de análises genotípicas e fatores de risco especialmente prevalentes em uma determinada população poderia ser considerada para aprimorar a estimativa de risco de câncer de mama em populações específicas. No entanto, estudos adicionais do tipo caso-controle devem ser realizados para melhor determinar a relação de risco entre polimorfismos em genes de baixa penetrância, fatores de risco para câncer de mama e ocorrência de CM em si. / Breast cancer (BC) is the second most frequent malignant tumor in the world and the most frequent in women. It is a multifactorial disease caused by a combination of genetic and non-genetic risk factors. Polymorphisms in low penetrance genes have been associated to breast cancer risk in several populations. In the present study, we determine the allelic and genotypic frequencies of the GSTM1 and GSTT1 null polymorphisms and the GSTP1 Ile105Val polymorphism, and correlate these frequencies to breast cancer risk factors. The sample studied included 750 women (40-69 years) without cancer who participed in the mammographic screening program from the Núcleo Mama Porto Alegre Cohort (NMPOA). The allelic and genotypic frequencies observed did not differ from those reported in other studies with Brazilian samples, but differed significantly from those described in other countries, reinforcing the need for population-specific investigations of polymorphisms in low penetrance genes and their associations with cancer risk. Overall, the women included did not have significant reproductive risk factors for BC. The average lifetime risk of BC estimated according to the Gail model was 7.8% and most patients (n= 731, 97.5%), as expected for women submitted to routine mammographic screening, had benign mammographic findings (BIRADS 1 ou 2). Regarding breast density, although 56% of the women studied were postmenopausal, most (n= 682, 91.0%) still presented moderately dense breasts. We observed that 77.6% of the women included in the study had a body mass index (BMI) corresponding to overweight or obesity. Furthermore, an association between the combined GSTM1 and GSTT1 null genotypes and mammographic images classified as BIRADS 3 e 4 was observed in pre-menopausal women and an association between these genotypes and moderately dense or dense breasts was observed in post- menopausal women. When each genotype was analysed individually, GSTT1 null was also associated to increased mammographic density in post-menopausal women. There was no association between the alleles and/or genotypes GSTP1 and BC risk factors in this study. Our data suggest that the GSTM1 and especially GSTT1 null genotypes may be strongly related to mammographic density in post-menopausal women. The inclusion of genotypic analyses and frequent breast cancer risk factors for specific populations in risk models could be considered to improve breast cancer risk estimates in such populations. However, aditional case-control studies should be performed to better establish the relationship of the polymorphisms studied here with breast cancer risk factors and breast cancer itself.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-02-26T19:06:42Z No. of bitstreams: 1 Ana Paula Almaieda de Sousa Pacheco.Polimorfismo....pdf: 1010282 bytes, checksum: f4a4e5b7a1d104836ad86d4461a78dd5 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-26T19:06:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Paula Almaieda de Sousa Pacheco.Polimorfismo....pdf: 1010282 bytes, checksum: f4a4e5b7a1d104836ad86d4461a78dd5 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / A variabilidade clínica descrita na doença falciforme (DF) tem sido associada ao efeito epistático de vários genes, a exemplo do gene Klotho (Kl), cujos polimorfismos interferem na regulação de canais de potássio (K+), cálcio (Ca2+) e fósforo, na expressão de vitamina D (VitD) e paratormônio (PTH), e na supressão do estresse oxidativo. Com isto, o presente estudo teve por objetivos investigar a frequência de SNPs no Kl em indivíduos com hemoglobinopatia SC (HbSC), associando-os a marcadores de gravidade e subfenótipos da doença e investigar associações entre os níveis de K+, Ca2+, fósforo, VitD e PTH com tais marcadores de gravidade. Foi desenvolvido um estudo de corte transversal com 113 indivíduos com HbSC provenientes da Fundação HEMOBA, Salvador-Ba. As análises hematológicas foram realizadas em contador eletrônico de células; o perfil de hemoglobinas foi confirmado pela cromatografia líquida de alto desempenho; os marcadores lipídicos, de hemólise, de função hepática e renal, Ca2+ e fósforo foram avaliados por método colorimétrico, assim como o K+, por eletrodo de íon seletivo; as concentrações de VitD e PTH foram investigadas por quimioluminescência e de anti-estreptolisina-O (ASLO) e proteína C reativa (PCRe) por nefelometria; os SNPs no Kl (rs1207568, rs9527025, rs564481 e rs648202) foram genotipados pelo ensaio de discriminação alélica pelo sistema TaqMan; os haplótipos dos genes da globina beta foram investigados pela reação da polimerase em cadeia - com restrição dos fragmentos com endonucleases de restrição (PCR-RFLP). Os dados clínicos foram coletados em prontuários médicos. O SNP rs1207568 foi associado à ocorrência de infecções (P=0,0170) e a níveis séricos elevados de albumina (P=0,0370), o SNP rs648202 foi associado ao uso de medicações (P=0,0208) e o SNP rs9527025 a níveis elevados de fósforo e bilirrubina direta (BD) (P=0,0044 e P=0,0092, respectivamente). O K+ foi positivamente correlacionado com os leucócitos (r=0,2916, P=0,0034), linfócitos típicos (r=0,2644, P=0,0082), monócitos (r=0,2370, P=0,0182), plaquetas (r=0,4889, P<0,0001), colesterol total (r=0,2521, P=0,0118), colesterol LDL (Col-LDL) (r=0,2953, P=0,0030), fósforo (r=0,2447, P=0,0277), proteínas totais (PTs) (r=0,2415, P=0,0160), ferritina (r=0,2263, P=0,0283), PCRe (r=0,2369, P=0,0222) e HbS (r=0,2474, P=0,0135). O K+ teve correlação negativa com hemácias (r=-0,2076, P=0,0392) e Hb fetal (r=-0,2328, P=0,0204). O Ca2+ apresentou correlação positiva com PTs (r=0,2991, P=0,0028) e albumina (r=0,3242, P=0,0011) e negativa com o ASLO (r=-0,2216, P=0,0309). O fósforo foi negativamente correlacionado com Hb (r=-0,3083, P=0,0051), hematócrito (r=-0,2610, P=0,0186), bilirrubina indireta (r=-0,2685, P=0,0154) e creatinina (r=-0,3844, P=0,0004). Houve correlação positiva entre fósforo e eosinófilos (r=0,4383, P<0,0001), linfócitos típicos (r=0,2560, P=0,0211), plaquetas (r=0,3598, P=0,0010), as transaminases AST (r=0,3088, P=0,0050) e ALT (r=0,2203, P=0,0481) e com a fosfatase alcalina (r=0,5185, P<0,0001). A VitD foi correlacionada negativamente com ferro (r=-0,3459, P=0,0006), volume corpuscular médio (r=-0,2071, P=0,0441), BD (r=-0,2629, P=0,0101) e PTH (r=-0,3689, P=0,0004), e positivamente com reticulócitos (r=0,2361, P=0,0220), linfócitos típicos (r=0,2306, P=0,0245) e PCRe (r=0,2113, P=0,0420). O PTH teve correlação negativa com leucócitos (r=-0,2618, P=0,0143), linfócitos típicos (r=-0,2966, P=0,0053), monócitos (r=-0,2723, P=0,0107), colesterol total (r=-0,2282, P=0,0335), Col-LDL (r=-0,2470, P=0,0211), BD (r=- 0,2462, P=0,0443) e AST (r=-0,2274, P=0,0342). Neste estudo, o K+, fósforo, VitD, PTH e 8 os SNPs no Kl se mostraram úteis para a avaliação da gravidade clínica em indivíduos com HbSC. / The clinical variability described in sickle cell disease (SCD) has been linked to epistatic effect of various genes, such as Klotho (Kl), whose polymorphisms affect the potassium (K+), calcium (Ca2+) and phosphorus channels regulation, the vitamin D (VitD) and parathyroid hormone (PTH) expression, and oxidative stress suppression. With this, the present study aims to investigate the Kl SNPs frequency in hemoglobinopathy SC (HbSC) individuals, associating them with markers of severity and disease sub-phenotypes, and to investigate associations between K+, Ca2+, phosphorus, VitD and PTH levels with such gravity markers. We developed a cross-sectional study of 113 individuals with HbSC from HEMOBA Foundation, Salvador - Ba. The hematological values were determined in electronic cell counter; the hemoglobin (Hb) profile were confirmed by high performance liquid chromatography; the lipid, hemolysis, liver and kidney markers, Ca2+ and phosphorus were evaluated by colorimetric method, as well as the K+ by ion selective electrode; the VitD and PTH concentrations were investigated by chemiluminescence and the anti-streptolysin O (ASO) and C-reactive protein (PCRe) by nephelometry; the Kl SNPs (rs1207568, rs9527025, rs564481 and rs648202) were genotyped by allelic discrimination assay by TaqMan system for genotyping; the beta globin genes haplotypes were investigated by polymerase chain reaction - restriction fragment length polimorphism (PCR-RFLP). Clinical data were collected from medical records. The SNP rs1207568 was associated with the infection occurrence (P=0.0170) and raised serum albumin levels (P=0.0370), the SNP rs648202 was associated with the medications use (P=0.0208) and the SNP rs9527025 with raised direct bilirubin (BD) and phosphorus levels (P=0.0044 and P=0.0092, respectively). The K+ was positively correlated with leukocytes (r=0.2916, P=0.0034), typical lymphocytes (r=0.2644, P=0.0082), monocytes (r=0.2370, P=0,0182), platelets (r=0.4889, P<0.0001), total cholesterol (r=0.2521, P=0.0118), LDL cholesterol (Col-LDL) (r=0.2953, P=0.0030), phosphorus (r=0.2447, P=0.0277), total proteins (PTs) (r=0.2415, P=0.0160), ferritin (r=0.2263, P=0.0283), PCRe (r=0.2369, P=0.0222) and Hb (r=0.2474, P=0.0135). The K+ had a negative correlation with red blood cells (r=-0.2076, P=0.0392) and fetal Hb (r=-0.2328, P=0.0204). The Ca2+ was positively correlated with PTs (r=0.2991, P=0.0028) and albumin (r=0.3242, P=0.0011) and negatively with the ASO (r=-0.2216, P=0,0309). The phosphorus was negatively correlated with Hb (r=-0.3083, P=0.0051), hematocrit (r=-0.2610, P=0.0186), indirect bilirubin (r=- 0.2685, P=0.0154) and creatinine (r=-0.3844, P=0.0004). There was a positive correlation between phosphorus and eosinophils (r=0.4383, P<0.0001), typical lymphocytes (r=0.2560, P=0.0211), platelet count (r=0.3598, P=0.0010), the transaminases AST (r=0.3088, P=0.0050) and ALT (r=0.2203, P=0.0481) and with the alkaline phosphatase (r=0.5185, P<0.0001). The VitD was negatively correlated with iron (r=-0.3459, P=0.0006), mean corpuscular volume (r=-0.2071, P=0.0441), BD (r=-0.2629, P=0.0101) and PTH (r=-0.3689, P=0.0004), and positively with reticulocytes (r=0.2361, P=0.0220), typical lymphocytes (r=0.2306, P=0.0245) and PCRe (r=0.2113, P=0.0420). The PTH had a negative correlation with leukocytes (r=-0.2618, P=0.0143), typical lymphocytes (r=-0.2966, P=0.0053), monocytes (r=-0.2723, P=0.0107) and total cholesterol (r=-0.2282, P=0.0335), Col-LDL (r=- 0.2470, P=0.0211), BD (r=-0.2462, P=0.0443) and AST (r=-0.2274, P=0.0342). In this study, 10 the K+, phosphorus, VitD, PTH and the Kl SNPs evaluated proved useful parameter for evaluating the clinical severity in individuals with HbSC.

LOBO, Ana Maria Bezerra Oliveira.Estudo genético de características de importância econômica em uma população multirracial de ovinos de corte: uma abordagem quantitativa e molecular.2008.97f. Dissertação(Mestrado em Zootecnia)- Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-11-18T23:22:28Z No. of bitstreams: 1 2008-dis-ambolobo.pdf: 1204564 bytes, checksum: dc36d3ffe77ad96312a8e401acd336da (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-11-21T11:26:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008-dis-ambolobo.pdf: 1204564 bytes, checksum: dc36d3ffe77ad96312a8e401acd336da (MD5) / Made available in DSpace on 2011-11-21T11:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008-dis-ambolobo.pdf: 1204564 bytes, checksum: dc36d3ffe77ad96312a8e401acd336da (MD5) Previous issue date: 2008-02-15 / Nowadays, there is great possibility of association between quantitative and molecular genetics. An important impact would be expected in the sheep selection, with the establishment of efficient criteria for meat production selection. The aims of this work were to verify polymorphisms in GDF9, Calpastatine and Aromatase (CYP19) genes; to verify the frequencies of SNP allelic variants in these genes; to verify the effects of these variants on productive and reproductive traits in a multiracial sheep population; to estimate genetic parameters and breeding values of these traits in this population; to verify the effect of genotype of these genes on models to estimate the genetic parameters and to verify the effect of genotype for these genes on estimated breeding values. GDF9 gene is a candidate related to phenotype of high prolificacy. The calpastatine gene has importance on production of meat animals, as it is related to growth and meat quality. Aromatase gene is a candidate affecting the productive and reproductive performance, by its important role in the steroid hormone metabolism. SNP polymorphism of CYP19 gene was investigated by PCR-RFLP technique in a sample of 133 animals from several breed groups of meat sheep. Allelic and genotypic frequencies were estimated for this polymorphism and the effect of these variants on growth,reproductive and maternal traits were investigated, using GLM procedure of SAS software. The studied traits were birth weight (PN), weaning weight (PD), slaughter weight (PA), yearling weight (P1), weight gain from birth to weaning (Gn_d), weight gain from weaning to slaughter (Gdes_abat), weight gain from weaning to yearling (Gdes_ano), age at first lambing (IPP), lambing interval (IP), gestation length (PG), lambing date (DP), total weight of lambs born for female for lambing (PTCN) and total weight of weaned lambs for female for lambing (PTCD). Genetic parameters and breeding values were estimated by Derivative Free Restricted Maximum Likelihood (DFREML) method. The effect of genotype inclusion in analysis models for estimation of genetic parameters was evaluated. The effect of genotype on estimated breeding value was verified. It was not possible to verify the genotype of the animals for GDF9 and Calpastatine genes due the difficulties on the reactions standardizations. So the animals were genotyped only for aromatase gene. In studied sample, it is not observed animals with AA genotype. The frequencies for AB and BB were 0.65 and 0.35,respectively. The allelic frequency did differ among studied breed groups. The aromatase gene presented influence on most studied traits, with difference in this influence according to breed group. The direct heritabilities were 0.21, 0.25, 0.52, 0.39, 0.24, 0.20, 0.21, respectively, for PN, PD, PA, P1, Gn_d, Gdes_abat and Gdes_ano, and 0.01, 0.06, 0.14, 0.06, 0.20 and 0.11, respectively, for IPP, IP, PG, DP, PTCN and PTCD. Positive genetic correlations were estimated among corporal weights. Genetic correlation between Gn_d and Gdes_abat was 0.37 and between Gn_d and Gdes_ano was 0.55. Negative genetic correlations were estimated between IPP with IP and PG. PTCN presented genetic correlation of 0.52 with PTCD. The use of information of genotype of aromatase gene increased the efficiency of models for genetic analyses by BLUP methodology. The animals with AB genotype presented genetic superiority for most studied traits in relation to those with BB genotype. It is possible conclude that the use of marked assisted selection will permit increase the efficiency of selection today in practice with the use of traditional quantitative genetic methodologies / Atualmente, existe uma grande possibilidade de associação entre as áreas de genética quantitativa e de genética molecular. Isto pode causar importante impacto na seleção de ovinos, com o estabelecimento de eficientes critérios de seleção para produção de carne. Com isso, os objetivos deste trabalho foram: verificar polimorfismos nos genes GDF9, Calpastatina e Aromatase (CYP19); verificar a freqüência de variantes alélicas do tipo SNP nestes genes; verificar os efeitos destas variantes sobre características produtivas e reprodutivas de ovinos de uma população multirracial; estimar os parâmetros genéticos e os valores genéticos destas características, nesta população; verificar o efeito da inclusão do genótipo para estes genes nos modelos para estimativas de parâmetros genéticos e verificar o efeito do genótipo para estes genes sobre os valores genéticos estimados. O gene GDF9 é um gene candidato relacionado com o fenótipo de alta prolificidade. O gene da Calpastatina possui importância na produção de animais de corte, por está relacionado ao crescimento e a qualidade da carne. O gene da aromatase é um candidato afetando o desempenho produtivo e reprodutivo, pelo seu importante papel no metabolismo dos hormônios esteróides. O polimorfismo do tipo (SNP) do gene CYP19 foi investigado pela técnica PCR-RFLP em uma amostra de 133 animais de diversos grupos genéticos de ovinos de corte. Foram estimadas as freqüências alélicas e genotípicas de polimorfismos deste gene e investigado o efeito destas variantes sobre características de crescimento, reprodutivas e de habilidade materna, utilizando o procedimento GLM do software SAS. As características estudadas foram peso ao nascer (PN), peso ao desmame (PD), peso ao abate (PA), peso a um ano de idade (P1), ganho de peso médio diário do nascimento ao desmame (Gn_d), ganho de peso médio diário do desmame ao abate (Gdes_abat), ganho de peso médio diário do desmame a um ano de idade (Gdes_ano), idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos (IP), período de gestação (PG), dias para o parto (DP), peso total de crias nascidas por matriz por parto (PTCN) e peso total de crias desmamadas por matriz por parto (PTCD). Parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados utilizando o método da Máxima Verossimilhança Restrita Livre de Derivadas (DFREML). Foi avaliado o efeito da inclusão do genótipo para o gene da aromatase nos modelos para estimativas de parâmetros genéticos. Foi verificado o efeito do genótipo sobre os valores genéticos estimados. Não foi possível genotipar os animais para os genes GDF9 e Calpastatina, devido a dificuldades de padronizar as reações. Assim, os animais foram genotipados apenas para o gene da aromatase. Na amostra estudada para o gene da aromatase, não foram observados indivíduos com genótipo AA. As freqüências para os genótipos AB e BB foram 0,65 e 0,35, respectivamente. A freqüência alélica diferiu entre os grupos genéticos estudados. O gene da aromatase apresentou influência sobre a maioria das características estudadas, havendo diferenças no padrão desta influência, de acordo com o grupo genético considerado. As herdabilidades diretas estimadas foram 0,21, 0,25, 0,52, 0,39, 0,24, 0,20, 0,21, respectivamente, para PN, PD, PA, P1, Gn_d, Gdes_abat e Gdes_ano, e 0,01, 0,06, 0,14, 0,06, 0,20 e 0,11, respectivamente, para IPP, IP, PG, DP, PTCN e PTCD. Correlações genéticas positivas foram estimadas entre os pesos corporais. A correlação genética entre Gn_d e Gdes_abat foi de 0,37 e entre Gn_d e Gdes_ano foi de 0,55. Correlações genéticas negativas foram estimadas entre IPP com IP e PG. PTCN apresentou correlação genética de 0,52 com PTCD. O uso da informação do genótipo dos animais para o gene da aromatase melhorou o ajuste dos modelos de análises genética sob metodologia BLUP. Os indivíduos com genótipo AB apresentaram superioridade genética em relação àqueles de genótipo BB para a maioria das características estudadas. Pode se concluir que o uso da seleção assistida por marcadores permitirá o aumento da eficiência da seleção atualmente em prática com o uso das metodologias tradicionais de genética quantitativa