A Fissura oral (FO) é uma malformação craniofacial comum na espécie humana. Tem uma prevalência mundial de 1 a cada 600 nascidos vivos, sendo que esses dados variam segundo a região geográfica. Ocorrem devido à formação incompleta do lábio e/ou palato no processo da embriogênese facial. Crianças afetadas precisam de cuidados multidisciplinares. Clinicamente, os pacientes têm dificuldades na alimentação, fala, audição, deglutição, respiração e problemas odontológicos, além de sequelas sociais e psicológicas durante a vida adulta. A etiologia dessa malformação facial não está ainda totalmente esclarecida, em parte pela complexidade e diversidade dos mecanismos moleculares envolvidos durante o processo de embriogênese, além da influência dos fatores ambientais. Desde a década de 80 estudos moleculares têm sido realizados para testar o envolvimento de genes no crescimento dos processos faciais. Acredita-se que há interação, pelo menos parcial, dos seguintes genes: TGFA, TGFB 2 e 3 MSX1 e 2, BCL3, RARA, MTHFR, IFR6, BARX1, DLX SHH e TP63. TGFA foi um dos primeiros genes estudados, sendo que os resultados demonstraram associação entre dois RFLP do gene TGFA (alelo C2 no sítio de restrição da Taq I e o alelo A2 no sítio da BamHI). Sua relevância biológica como candidato para FO é amparada por seu padrão de expressão em tecidos palatinos, especialmente na junção mediana e mesênquima subjacente palatino, principalmente no momento da fusão dos tecidos, pois promove a síntese de matriz extracelular e migração de células mesenquimais. O gene TGFA parece ter um papel importante em alguns grupos, principalmente quando associado a fatores ambientais, principalmente uso de álcool e fumo durante idade gestacional. Este estudo teve como objetivo avaliar o papel do polimorfismo TGFA/ Taq I e fatores ambientais em fissuras orais não sindrômicas. Foram incluídos neste estudo 175 núcleos familiares sendo que 96 trios completos. Dos propósitos 52% eram homens. As Fissuras de lábio e/ou palato (FL/P) foram mais frequentes em homens (56,5%) enquanto que fissura de palato isolado (FPI) foi mais frequente em mulheres. Conforme dados observados na literatura. Foi também observada maior proporção de FL/P (147 casos) comparado com FPI (28 casos). Neste estudo nós não encontramos associação do polimorfismo TGFA/TaqI com fissuras orais, pois o TDT não foi estatisticamente significativo (p=0,335). Quando comparado os fatores ambientais (exposição ao álcool e ao fumo durante o período gestacional) com o genótipo e o fenótipo do propósito, nós também não encontramos diferença significativa entre os grupos de propósitos expostos e não expostos. A identificação de outros fatores genéticos envolvidos no desenvolvimento craniofacial poderá ajudar a entender os fatores genéticos envolvidos em fissuras orais. Nós também não encontramos evidência da exposição ao álcool e ao fumo em fissuras, entretanto a baixa prevalência desses fatores na nossa população poderia ter contribuído para este achado.

A doença de Machado-Joseph (DMJ/SCA3) é uma doença neurodegenerativa causada pela expansão de poliglutaminas na proteína ataxina-3. O número de repetições CAG presentes no gene ATXN3 é inversamente correlacionado com a idade de início da doença, mas é responsável por somente 45-60% desta variação. O objetivo deste trabalho foi testar o efeito da metilação no promotor do gene ATXN3, de polimorfismos em genes candidatos e do alelo normal ATXN3 como modificadores do fenótipo da doença. A análise do padrão de metilação em seis sítios CpG através de um ensaio de amplificação multiplex dependente de sondas – específico para metilação foi realizada em amostras de 123 pacientes de 62 famílias. Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes BAX, CRYAB, GRIK2, IL1B, ITPR1, NEDD8, NEDD9 e CHIP foram analisados em 273 pacientes de 119 famílias. Os volumes cerebrais foram medidos através de ressonância magnética em 30 pacientes não relacionados. A gravidade foi medida pela Escala de Exame Neurológico para Ataxia Espinocerebelar (NESSCA) dividida pelo tempo de duração da doença. Uma correlação inversa significativa foi encontrada entre a idade de início e tamanho da repetição (r=-0,76, r2=0,58, p<0,001). Houve uma tendência de correlação direta entre o grau de metilação e a idade de início para um sítio CpG (p=0,055). Uma correlação significativa foi encontrada entre a gravidade e o tamanho da repetição CAG (r=0,48, r2=0,23, p=0,001). O SNP no gene IL1B (rs16944) apresentou um efeito significativo na idade de início de pacientes com SCA3 (p=0,042). Associação significativa foi observada entre o SNP no gene NEDD9 (rs760678) e a gravidade (p=0,003). SNPs nos genes GRIK2 (rs2227281) e NEDD8 (rs2144487) se relacionaram à medida do volume do cerebelo (p=0,006) e à medida do volume da ponte (p=0,023), respectivamente. Estes resultados sugerem que o controle epigenético no sítio CpG no promotor ATXN3 e que os SNPs nos genes GRIK2, IL1B, NEDD8 e NEDD9 podem contribuir para a variação fenotípica na SCA3. Ademais, os genótipos protetores dos genes GRIK2, IL1B e NEDD8 mostraram ter um efeito aditivo no adiamento do início da doença. O mecanismo exato pelo qual a mutação no gene ATXN3 causa a SCA3 ainda não foi determinado. A expansão da repetição CAG pode conferir uma função tóxica para a proteína, como acontece em outras doenças neurodegenerativas causadas por expansões de poliglutaminas. Considerando esta hipótese, uma maior metilação do promotor do gene ATXN3 pode se relacionar a sua menor expressão e a um menor acúmulo de poliglutaminas no neurônio. Ainda considerando esta hipótese, GRIK2, IL1B, NEDD8 e NEDD9 podem desempenhar um papel protetor, possivelmente por promover a sobrevivência de células neuronais em pacientes com SCA3. SNPs nestes genes poderiam modificar a expressão das proteínas, afetando a agregação de poliglutaminas no cérebro de tal forma que os indivíduos portadores de um genótipo de risco teriam significativamente maior perda gradual de neurônios e um início mais precoce dos sintomas. / Machado-Joseph disease (MJD/SCA3) is a neurodegenerative disease caused by expansion of a polyglutamine tract in ataxin-3. The CAG repeat number of ATXN3 gene is inversely correlated with disease age at onset (AO) but is responsible for only 45-60% of this variation in SCA3. In this study, we investigate if DNA methylation status of the ATXN3 promoter, if polymorphisms in candidate genes, and if normal ATXN3 allele are related to disease phenotype. We designed a methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) assay for quantitative analysis of methylation status at 6 CpG sites, located within the promoter region of the ATXN3 gene. We have applied this MSMLPA to 123 SCA3 Brazilian patients from 62 families. We investigated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes BAX, CRYAB, GRIK2, IL1B, ITPR1, NEDD8, NEDD9, and CHIP in 273 Brazilian SCA3 patients from 119 families. The brain volumetries were obtained from magnetic resonance imaging’s from 30 unrelated patients. The SCA3 severity degree was measured by Neurological Examination Score for Spinocerebellar Ataxia (NESSCA) divided by duration of disease. A significant inverse correlation was found between AO and repeat length (r=-0.76, r2=0.58, p<0.001). There was a trend toward direct correlation between methylation degree and AO for one CpG site in the SCA3 sample (p=0.055). A significant correlation was found between severity and CAG repeat length (r=0.483, r2=0.233, p=0.001). We have found significant associations between a GRIK2 SNP (rs2227281) and cerebellum volume (p=0.006), an IL1B SNP (rs16944) and AO (p=0.042), a NEDD8 SNP (rs2144487) and pons volume (p=0.023), and a NEDD9 SNP (rs760678) and disease severity (p=0.003). These results suggest that epigenetic control at ATXN3 CpG-site and that the SNPs in GRIK2, IL1B, NEDD8, and NEDD9 genes may contribute to the phenotypic expression of SCA3. Moreover, protective genotypes of GRIK2, IL1B, and NEDD8 genes shown to have an additive effect in delaying the onset of disease.The exact mechanism by which the mutation in the ATXN3 gene causes SCA3 has not been determined. The CAG repeat expansion may confer a novel toxic function onto the protein, as it does in other polyglutamine neurodegenerative disorders. Considering this hypothesis, increased methylation of ATXN3 gene promoter can relate to its lower expression and a smaller accumulation of polyglutamine in the neuron. Still considering this hypothesis, GRIK2, IL1B, NEDD8, and NEDD9 might play a protective role, possibly a survival promoting effect, for neuronal cells in SCA3 patients. These four SNPs could affect the protein expression and polyglutamine aggregation in the brain such that risk genotype carriers have a significantly higher gradual loss of neurons and an earlier onset of symptoms.

Orientador: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Silvana Regina Perez Orrico / Banca: Andrea Marcia Marcaccini / Resumo: A Doença Periodontal (DP), desencadeada pela infecção de microrganismos periodontopatogênicos tem sua progressão e morbidade grandemente influenciada pela suscetibilidade genética do hospedeiro. Dentre as várias citocinas produzidas pelo periodonto inflamado está a Interleucina 4 (IL-4). Estudos recentes realizados por este grupo demonstraram que os polimorfismos -590(T/A), +33(T/G) e VNTR (Inserção/Deleção) no gene IL4, bem como haplótipos formados por eles, estavam associados à periodontite crônica, mesmo após ajustes para idade, gênero, cor da pele e hábito de fumar. O objetivo do presente estudo foi testar a hipótese de que há diferença nos índices clínicos periodontais e nos níveis de IL-4 no fluido sulcular gengival de pacientes suscetíveis e protegidos, e como segundo objetivo foi avaliar a resposta ao tratamento periodontal não-cirúrgico, em função da referida carga genética. Foram selecionados 62 pacientes que carregavam um haplótipo no gene IL4 que confere suscetibilidade genética à periodontite crônica ou que confere proteção contra o desenvolvimento desta, tendo sido subdivididos quanto à presença ou ausência da periodontite crônica. Cada paciente foi submetido a exame clínico periodontal e coleta de fluido sulcular (FS) antes 18 (baseline), 45 e 90 dias após finalizado o tratamento periodontal não-cirúrgico. A citocina IL-4 foi quantificada por meio de teste imunoenzimático (ELISA). Como resultado verificou-se que, comparando indivíduos geneticamente suscetíveis à DP com os geneticamente protegidos, no período baseline, houve diferença estatisticamente significante dos índices de placa visível, sangramento marginal e sangramento à sondagem considerando tais parâmetros clínicos de boca toda. Não houve diferença significante quanto à resposta... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Periodontal disease (PD) is an encompasses multifactorial disease. Genes belonging to the immune response have been investigated as a potential factor influencing the susceptibility to PD. Among the various cytokines produced by the inflamed periodontium is interleukin 4 (IL-4), which is a potent downregulator of macrophage function that inhibits the secretion of proinflammatory cytokines Previously, we identified a haplotype formed by - 590(T/A), +33(T/G) and VNTR (variable number of tandem repeats; I/D) polymorphisms in the IL4 gene that conferred susceptibility to or protection against PD. The aim of this study was to investigate whether subjects with genetic susceptibility [S] to PD compared to genetically protected [P] individuals would present both differences in the clinical parameters and levels of IL-4 in sulcular fluid, and if these were different 45 and 90 days after non-surgical periodontal treatment. Those patients were subdivided in: genetically susceptible without PD (healthy) (SH, n=16), genetically susceptible with PD (SPD, n=16), genetically protected without PD (PH, n=20), and genetically protected with PD (PPD, n=10). Periodontal clinical examination and collection of periodontal sulcular fluid were performed for each patient at baseline, 45 and 90 days after finishing the non-surgical periodontal treatment. The cytokine IL-4 was measured by the use of Enzyme Immunoassay (ELISA). The results 22 showed that comparing the genetically susceptible with the genetically protected individuals to PD, there were significant differences in clinical parameters: plaque index (p=0.013), bleeding index (p=0.005), bleeding on probing (p=0.015) at baseline. There were no significant differences in clinical parameters 45 and 90 days after completion of the periodontal treatment. The total amount and... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-09Bitstream added on 2014-06-13T18:48:15Z : No. of bitstreams: 1 anovazzi_g_me_arafo.pdf: 598647 bytes, checksum: 43129017bc8de5cb3d60bd0dae7606b9 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Doença Periodontal (DP), desencadeada pela infecção de microrganismos periodontopatogênicos tem sua progressão e morbidade grandemente influenciada pela suscetibilidade genética do hospedeiro. Dentre as várias citocinas produzidas pelo periodonto inflamado está a Interleucina 4 (IL-4). Estudos recentes realizados por este grupo demonstraram que os polimorfismos -590(T/A), +33(T/G) e VNTR (Inserção/Deleção) no gene IL4, bem como haplótipos formados por eles, estavam associados à periodontite crônica, mesmo após ajustes para idade, gênero, cor da pele e hábito de fumar. O objetivo do presente estudo foi testar a hipótese de que há diferença nos índices clínicos periodontais e nos níveis de IL-4 no fluido sulcular gengival de pacientes suscetíveis e protegidos, e como segundo objetivo foi avaliar a resposta ao tratamento periodontal não-cirúrgico, em função da referida carga genética. Foram selecionados 62 pacientes que carregavam um haplótipo no gene IL4 que confere suscetibilidade genética à periodontite crônica ou que confere proteção contra o desenvolvimento desta, tendo sido subdivididos quanto à presença ou ausência da periodontite crônica. Cada paciente foi submetido a exame clínico periodontal e coleta de fluido sulcular (FS) antes 18 (baseline), 45 e 90 dias após finalizado o tratamento periodontal não-cirúrgico. A citocina IL-4 foi quantificada por meio de teste imunoenzimático (ELISA). Como resultado verificou-se que, comparando indivíduos geneticamente suscetíveis à DP com os geneticamente protegidos, no período baseline, houve diferença estatisticamente significante dos índices de placa visível, sangramento marginal e sangramento à sondagem considerando tais parâmetros clínicos de boca toda. Não houve diferença significante quanto à resposta... / Periodontal disease (PD) is an encompasses multifactorial disease. Genes belonging to the immune response have been investigated as a potential factor influencing the susceptibility to PD. Among the various cytokines produced by the inflamed periodontium is interleukin 4 (IL-4), which is a potent downregulator of macrophage function that inhibits the secretion of proinflammatory cytokines Previously, we identified a haplotype formed by - 590(T/A), +33(T/G) and VNTR (variable number of tandem repeats; I/D) polymorphisms in the IL4 gene that conferred susceptibility to or protection against PD. The aim of this study was to investigate whether subjects with genetic susceptibility [S] to PD compared to genetically protected [P] individuals would present both differences in the clinical parameters and levels of IL-4 in sulcular fluid, and if these were different 45 and 90 days after non-surgical periodontal treatment. Those patients were subdivided in: genetically susceptible without PD (healthy) (SH, n=16), genetically susceptible with PD (SPD, n=16), genetically protected without PD (PH, n=20), and genetically protected with PD (PPD, n=10). Periodontal clinical examination and collection of periodontal sulcular fluid were performed for each patient at baseline, 45 and 90 days after finishing the non-surgical periodontal treatment. The cytokine IL-4 was measured by the use of Enzyme Immunoassay (ELISA). The results 22 showed that comparing the genetically susceptible with the genetically protected individuals to PD, there were significant differences in clinical parameters: plaque index (p=0.013), bleeding index (p=0.005), bleeding on probing (p=0.015) at baseline. There were no significant differences in clinical parameters 45 and 90 days after completion of the periodontal treatment. The total amount and... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Regina Maria Barreto Cicarelli / Coorientador: Ángel Carracedo Alvarez / Banca: Greiciane Gaburro Paneto / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Celso Teixeira Mendes Júnior / Banca: Raquel Mantuanelli Scarel Caminaga / Resumo: Os marcadores polimórficos short tandem repeats do cromossomo X (X.STR) são de utilização recente na prática forense, sendo aplicados, principalmente, com a finalidade de complementar os dados obtidos com marcadores genéticos autossômicos. Tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados da população brasileira em relação aos X.STRs, este projeto teve o objetivo de determinar as frequências alélicas e os parâmetros estatísticos de interesse forense para 10 X.STRs na população de São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Sudeste do Brasil). Posteriormente, os X.STRs foram genotipados em casos deficientes de relação biológica e, com o objetivo de compilar os dados genéticos populacionais brasileiros publicados para X.STRs, este projeto desenvolveu o Banco Genético Brasileiro do Cromossomo X (BGBX). Para isso, foram analisados 1001 indivíduos não relacionados e residentes nas cidades descritas acima e 3 casos deficientes de relação biológica. Os marcadores X.STRs foram amplificados em sistema decaplex e submetidos à eletroforese em analisador genético ABI377 e ABI3500. Os programas GeneScan e GeneMapper ID.X foram utilizados para a determinação alélica e, a planilha Excel e o programa Arlequin, para a determinação das frequências alélicas, parâmetros estatísticos e análise de distância genética entre diferentes populações. Em relação aos X.STRs analisados, os marcadores DXS6809 e GATA172D05 foram os mais discriminativos, enquanto os marcadores DXS8378, DXS7133 e DXS7423 apresentaram os menores poder de discriminação. Diferenças significativas de frequências alélicas foram obtidas dentre as populações brasileiras e entre estas e demais populações estrangeiras, sendo que uma maior distância genética foi obtida em relação à população africana de Uganda... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The short tandem repeat polymorphic markers of X chromosome (X.STR) are of recent use in forensic practice, been applied mainly in order to complement the data obtained with autosomal genetic markers. Given the needs of expansion of the Brazilian population data in relation to X.STRs, this project aimed to determine the allele frequencies and the statistical parameters of forensic interest to 10 X.STRs in the population from São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Southeast of Brazil). Subsequently, the X.STRs were genotyped in deficient kinship cases and, with the aim of compiling the Brazilian genetic population data published for X.STRs, this project developed the Brazilian Genetic Database of Chromosome X (BGBX). For this, we have analyzed 1001 unrelated individuals, residents in the cities previously described, and three deficient kinship cases. The X.STR markers were amplified in decaplex system and submitted to electrophoresis on ABI377 and ABI3500 genetic analyzers. GeneScan and GeneMapper ID.X softwares were used to determine the allele and, Excel spreadsheet and Arlequin software, for the determination of allele frequencies, statistical parameters and genetic distance analysis between different populations. Regarding the X.STRs analyzed, markers DXS6809 and GATA172D05 were the most discriminative, while the markers DXS8378, DXS7133 and DXS7423 showed the lowest discrimination power. Significant differences in allele frequencies were obtained within Brazilian populations and between these and other foreign populations, and a greater genetic distance was... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

A aneuploidia é o distúrbio cromossômico mais comum em humanos e ocorre em pelo menos 5% de todas as gestações clinicamente reconhecidas. A trissomia é o tipo de aneuploidia mais frequente, sendo a trissomia do 21 a mais comum entre os nascidos vivos. A não-disjunção meiótica é a principal causa da trissomia livre do 21, sendo responsável por 95% dos indivíduos afetados. Apesar de poder ocorrer em qualquer um dos genitores, em 90% dos casos a não-disjunção meiótica é de origem materna. A idade materna é o único fator comprovadamente ligado à aneuploidia em humanos. Estudos recentes indicam que a família gênica p53 exerce importante função como reguladora de processos de reprodução e desenvolvimento, limitando a propagação de células aneuplóides. Sua disfunção ou desequilíbrio pode levar a anomalias patológicas em humanos. Este estudo teve como objetivo avaliar polimorfismos nos genes da família p53 e sua via regulatória como fatores de risco para Síndrome de Down (SD) em um estudo caso-controle. Foram analisados os polimorfismos c.215G>C do gene TP53, c.43-4742T>G do gene TP63, c.-30G>A e c.-20C>T do gene TP73, c.14+309T>G do gene MDM2, c.753+572C>T do gene MDM4 e c.2719-234G>A do gene USP7 em 263 mães de portadores da SD e 196 mães de crianças sem malformações. As frequências dos polimorfismos foram determinadas pelo método TaqMan de discriminação alélica através de PCR real-time. A distribuição alélica e genotípica dos polimorfismos testados foi similar entre os grupos caso e controle, e não apresentou diferença estatisticamente significativa quando avaliada individualmente, mesmo quando controlado para idade materna. Entretanto, quando testada a interação gene-gene, a combinação dos alelos TP53 C e MDM2 G, e TP53 C e USP7 A foi associada a um aumento no risco de ter filho com SD (OR = 1,84 e 1,77; 95% IC; P < 0,007 e 0,018, respectivamente). Nossos resultados sugerem que, embora os polimorfismos estudados não estejam associados com o aumento no risco de trissomia do 21, seus alelos combinados podem ter um efeito sinergístico de maneira multifatorial. Neste trabalho, buscamos por diferentes fatores de susceptibilidade que poderiam predispor a nascimentos aneuplóides. Este é o primeiro trabalho a estabelecer uma relação entre polimorfismos na família gênica p53 e sua via regulatória como fator de risco para aneuploidia do 21. / The aneuploidy is the most common chromosomal disorder in humans, and occurs in at least 5% of all clinically recognized pregnancies. Trisomy is the most frequent type of aneuploidy, trisomy being 21 the most common among newborns. The meiotic nondisjunction is the leading cause of free trisomy 21, accounting for 95% of affected individuals. Although it can occur in any one parent, in 90% of cases the meiotic nondisjunction has maternal origin. Maternal age is the only factor demonstrably linked to aneuploidy in humans. Recent studies indicate that the p53 gene family plays an important role as a regulator of reproduction and development, limiting the spread of aneuploidy cells. Its dysfunction or imbalance can lead to pathological abnormalities in humans. This study aimed to evaluate polymorphisms in genes of the p53 family, and its regulatory pathway as risk factors for Down syndrome (DS) in a case-control study. We analyzed the polymorphisms TP53 c.215G>C (P72R), TP63 c.43-4742T>G, TP73 4 c.-30G>A and 14 c.-20C>T, MDM2 c.14+309T>G (SNP309), MDM4 c.753+572C>T and USP7 c.2719-234G>A in 263 mothers with DS and 196 mothers of children without malformations. The frequencies of polymorphisms were determined using the TaqMan allelic discrimination by real-time PCR. The allelic and genotypic distribution of these polymorphisms tested was similar between case and control groups, and did not differ statistically when evaluated individually, even when controlling for maternal age. However, when assessed the gene-gene interactions, the combination of the alleles TP53 C and MDM2 G, and TP53 C and USP7 A was associated with an increased risk of having a child with Down Syndrome (OR = 1.84 and 1.77, 95% CI, P <0.007 and 0.018 respectively). Our results suggest that, although the evaluated polymorphisms are not associated with the risk of risk of 21 trisomy, the combined alleles may have a synergistic effect in a multifactorial way. In this study, we search by different susceptibility factors that could predispose to aneuploid births. This is the first study to establish a relationship between polymorphisms in the p53 gene family and its regulatory pathway as a risk factor for aneuploidy of 21.

Esta Tese possui dois enfoques como objetivo geral. Primeiramente, nossos dados contribuem para o conhecimento do padrão de evolução do elemento de transposição micropia dentro do gênero Drosophila, também verificando a atuação desses elementos como fonte de variabilidade genética. Em segundo lugar geramos dados citogenéticos e moleculares inéditos a respeito de espécies do grupo cardini de Drosophila, bastante freqüente nas assembléias de Drosophilidae na região Neotropical e que havia sido muito pouco estudado do ponto de vista genético até então. Com isso, no Capítulo II verificamos a presença e a alta similaridade de sequências deste retroelemento em diferentes populações de D. cardinoides, D. neocardini e D. polymorpha. Ainda, quando comparadas com a sequência presente em uma espécie do grupo repleta, D. hydei, as sequências daquelas três espécies também apresentaram alta similaridade (97%). O grupo repleta e o grupo cardini do gênero Drosophila parecem ter divergido há 45 milhões de anos atrás. Portanto, para explicar os dados obtidos sugerimos a atuação de transmissão horizontal entre as espécies analisadas. Ampliando as análises, no Capítulo III a presença de micropia foi identificada nas demais espécies do grupo cardini com exceção das espécies do grupo que apresentam distribuição geográfica restrita às ilhas caribenhas. As comparações com sequências presentes em outras espécies do grupo repleta, assim como nos 12 genomas de espécies do gênero Drosophila disponíveis em bancos de dados públicos, verificamos que a história evolutiva do elemento micropia provavelmente inclui polimorfismo ancestral e transmissão tanto vertical quanto horizontal com mecanismos de introgressão entre as espécies potencialmente atuando na geração desses padrões. 11 Com a finalidade de estudar a possível atuação deste retroelemento como fonte de variabilidade genética através da geração de inversões nas espécies do grupo cardini, o primeiro passo foi a identificação de potenciais sítios de inserção nos cromossomos politênicos dessas espécies. No Capítulo IV estimamos o número de cópias de micropia no genoma de seis espécies do grupo cardini (D. cardini, D. cardinoides, D. neocardini, D. neomorpha, D. parthenogenetica e D. polymorpha) verificando que varia entre seis e 18 cópias. Ainda, observamos a presença de potenciais cópias em pontos de quebra para inversões cromossômicas em três espécies. No Capítulo IV discutimos o significado desses dados com base nos dados já obtidos para outras espécies. O polimorfismo cromossômico dos cromossomos politênicos e a análise comparada dessas estruturas para as seis espécies do grupo cardini previamente citadas, foi estudado no Capítulo V. Neste capítulo identificamos a presença de uma inversão nas populações estudadas de D. cardini e D. neocardini, duas inversões nas populações de D. cardinoides e D. parthenogenetica e quatro inversões nas populações de D. polymorpha. Das 10 inversões identificadas, sete são descritas pela primeira vez neste capítulo. Nenhuma inversão heterozigota foi encontrada na população de D. neomorpha aqui analisada, portanto apresentando um padrão homocariotípico. Ainda no Capítulo V apresentamos os primeiros fotomapas para as espécies D. cardini e D. parthenogenetica, assim como a reconstrução dos fotomapas das espécies D. cardinoides, D. neocardini e D. polymorpha. Também foi realizada a comparação par a par de cada cromossomo politênico entre todas as espécies com a finalidade de encontrar regiões similares úteis no estabelecimento de relações de parentesco através deste marcador. No Capítulo V esses dados são discutidos baseados no enfoque evolutivo para o grupo cardini. / This Thesis possesses two approaches as mainly objectives. First, our data contribute for the knowledge of the evolutionary pattern of the transposable element micropia in the Drosophila genus, and also to the role of these elements as source of genetic variability. Second, we generate cytogenetic and molecular new data regarding the cardini group species of Drosophila genus; these species are frequent in the Neotropical assemblies of Drosophilidae, and they had been very little studied of the genetic point of view until then. In Chapter II we verify the presence and the high sequence similarity of this retroelement in different populations of D. cardinoides, D. neocardini and D. polymorpha. Furthermore, when these sequences are compared with the sequence present in the genome of a repleta group species, D. hydei, they show also a high similarity (97%) among them. The repleta group and the cardini group of the Drosophila genus seem to have diverged 45 million years ago. Therefore, to explain the obtained data we suggest the action of horizontal transmission events between the species. Extending this analysis, in Chapter III the presence of micropia was identified in other species of the cardini group, with exception of the group species with geographic distribution restricted to the Caribbean islands. The comparisons with sequences present in other species of the repleta group as well as in the 12 Drosophila genomes available in public data bases, we verify that the evolutionary history of the micropia element probably includes ancestral polymorphism, vertical and horizontal transmission with introgression mechanisms among species potentially acting in the generation of this evolutionary pattern. 13 Aiming the analysis of micropia as source of genetic variability through the inversions generation in the cardini group species, the first step was the identification of potential insertion sites in the polytene chromosomes of these species. In Chapter IV we estimate the micropia copies number in the genome of six cardini group species (D. cardini, D. cardinoides, D. neocardini, D. neomorpha, D. parthenogenetica and D. polymorpha) verifying that it varies between six and 18 copies. Furthermore, we observed the presence of copies in the break points of chromosomal inversions for three species. In Chapter IV we argue the meaning of these data on the basis of the data already obtained for other species. The chromosomal polymorphism observed in the polytene chromosomes and the comparative analysis of these structures for the six species of the cardini group previously cited were studied in Chapter V. In this chapter we identified the presence of only one chromosomal inversion in the analyzed populations of D. cardini and D. neocardini, two inversions in the D. cardinoides and D. parthenogenetica populations, and four inversions in the D. polymorpha. From these 10 identified inversions, seven are described for the first time in this chapter. No heterozygous inversion was found in the D. neomorpha population analyzed here, therefore presenting a homokaryotipic pattern. Besides this, in Chapter V we also present the first reference photomaps for Drosophila cardini and D. parthenogenetica, as well as the photomaps reconstruction of D. cardinoides, D. neocardini and D. polymorpha. We also performed a pairwise analysis of the polytene chromosomes between the species aiming to find useful regions for the establishment of evolutionary relationships based in this marker. In Chapter V these data are argued based on evolutionary approaches for the cardini group.

A definição para abortamento é o término da gravidez antes de 24 semanas de gestação ou com peso fetal inferior a 500g. A incidência exata dos abortamentos não é conhecida devido à dificuldade em reconhecer concepções e perdas no início da gravidez. Abortamento Recorrente (AR) é definido por dois ou mais abortamentos consecutivos, sendo considerada uma enfermidade e não estando incluída entre os diferentes tipos de infertilidade. De todas as gestações reconhecidas, 25% resultam em abortamento sendo que, 5% dessas mulheres terão a experiência de ter dois abortamentos consecutivos e 1% terão três ou mais perdas. Em aproximadamente 50% dos casos de AR não é encontrada uma causa explicável, sendo então classificada como idiopática. Trombofilias consistem em desordens hemostáticas as quais levam a uma maior tendência a processos tromboembólicos, podendo também estar relacionadas a AR. O objetivo geral do presente trabalho é investigar mutações em genes relacionados a fenômenos de trombofilia em mulheres com duas ou mais perdas gestacionais. Nosso número amostral foi de 145 mulheres com no mínimo dois abortamentos consecutivos e 135 sem histórico de perdas gestacionais, oriundas do Hospital de Clínicas de Porto Alegre e do Hospital Fêmina. O DNA genômico foi obtido de amostra de sangue e de saliva. Os genótipos foram determinados através de real time PCR. As frequências encontradas dos alelos investigados no grupo de casos foram: 29,3% para o polimorfismo 677T do gene MTHFR (metilenotetrahidrofolato redutase), 1,0% para FVL (Fator V de Leiden) do gene FV, 0,4% para 20210A do gene FII (protrombina), 31,4% para -786C e 23,8% para 894T do gene eNOS (óxido nítrico sintase endotelial), as quais estão relacionados a trombofilias e têm sido associados a AR. Não encontramos diferenças estatisticamente significativas nas frequências genotípicas e alélicas dos polimorfismos estudados entre mulheres com AR e grupo controle. Também o hábito de fumar combinado à presença dos alelos de risco para as variantes aqui estudadas não parece ser determinante na enfermidade, mas o número de mulheres que relataram consumir álcool sugere que a substância pode estar relacionada à AR. Nossos dados não concordam com a proposição de que esses polimorfismos estejam relacionados com AR em nossa população. / The definition for abortion is the termination of pregnancy before 24 weeks of pregnancy or fetal weight less than 500g. The exact incidence of miscarriages is not known due to the difficulty in recognizing conceptions and losses at the beginning of the pregnancy. Recurrent Miscarriage (RM) is defined by two or more consecutive miscarriages, being considered an illness and is not included among the different types of infertility. Of all recognized pregnancies, 25% result in abortions and 5% of these women will have the experience of having two consecutive miscarriages and 1% has three or more losses. In approximately 50% of cases of RM is not found a cause that can be explained, and is then classified as idiopathic. Thrombophilias consist of haemostatic disorders which lead to a greater tendency to thromboembolic processes, and may also be related to the RM. The general objective of this study is to investigate mutations in genes related to the phenomena of thrombophilia in women with two or more miscarriages. Our sample size was 145 women with at least two consecutive miscarriages and 135 without a history of miscarriages, from the Hospital de Clínicas de Porto Alegre and the Hospital Fêmina. Genomic DNA was obtained from a sample of blood and saliva. The genotypes were determined by real time PCR. The observed frequencies of the polymorphisms investigated were: 29,3% to 677T MTHFR gene (methylenetetrahydrofolate reductase), 1,0% to FVL (Factor V Leiden) FV gene, 0,4% to 20210A FII gene (prothrombin), 31,4% to -786T and 23,8% to 894T eNOS gene (endothelial nitric oxide synthase), all of which are related to the thrombophilias and have been associated with RM. We found no statistically significant differences on genotypic and allelic frequencies studied polymorphisms between women with RM and control group. Also the habit of smoking combined with the presence of alleles of risk for the variants studied here does not seem to be the decisive factor in illness, but the number of women who reported consuming alcohol suggests that the substance is related to the RA. Our data do 7 not agree with the proposition that these polymorphisms are related with RM in our population.

A malária é uma das doenças infecciosas mais graves que afligem a espécie humana, sendo endêmica na maioria das regiões tropicais e subtropicais do mundo. Em humanos, essa doença é causada pelos protozoários Plasmodium falciparum, Plasmodium malariae, Plasmodium ovale, Plasmodium vivax e Plasmodium knowlesi, que são transmitidos ao hospedeiro pela picada dos mosquitos do gênero Anopheles. No Brasil, 87% dos casos de malária ocorrem pela infecção por P. vivax e as infecções por P. falciparum e infecções mistas representam o restante. As infecções por P. vivax foram tradicionalmente relacionadas com casos mais brandos de malária e pesquisas sobre essas infecções foram por muito tempo negligenciadas pela comunidade científica e indústrias farmacêuticas. Atualmente, casos severos e mortes por essas infecções são cada vez mais frequentes, tornando essa espécie de Plasmodium um importante alvo para os programas de controle e erradicação da malária. Apesar das evidências mostrarem que há variabilidade entre os indivíduos na suscetibilidade e resposta ao tratamento da malária, estudos relacionados com a influência genética da resposta imunológica na suscetibilidade ou resistência nas infecções por P. vivax são escassos, e pesquisas sobre a variabilidade genética da resposta ao tratamento com os fármacos utilizados no tratamento dessas infecções são inexistentes. No presente trabalho, foram investigados a influência de 33 polimorfismos nos genes IL1B, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL8, IL10, IL12A, IL12B, IL12RB1, SP110, TNF, TNFRSF1A, IFNG, IFNGR1, VDR, PTPN22 e P2X7 na suscetibilidade à malária e na evolução clínica dessa doença. Também foram investigados 30 polimorfismos nos genes CYP1A2, CYP2C8, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3 e SLCO2B1 na resposta ao tratamento da malária. Entre os anos de 2002 e 2009, 216 pacientes naturais do estado do Pará diagnosticados com malária causada por P. vivax aceitaram participar do estudo. Todos os pacientes fizeram o tratamento padrão com cloroquina associada à primaquina. Desse grupo de pacientes, 167 foram avaliados clinicamente durante o período do tratamento e os níveis de parasitemia e gametocitemia foram estimados diariamente. Além dos genes em estudos, os pacientes também foram genotipados para a enzima G6PD. A ancestralidade genética desses pacientes foi estimada por um conjunto de 48 marcadores de ancestralidade. 10 O presente trabalho descreve a associação de polimorfismos nos genes IL1B, IL4R, IL12RB1 e TNF com a suscetibilidade à malária, e dos polimorfismos nos genes IL6, IL12B e VDR aos níveis de parasitemia e gametocitemia. Já as variantes nos genes IL6 e IL10 foram associadas à severidade dos sintomas nas infecções por P. vivax. Esse trabalho, também demonstra que alelos dos genes CYP2C8, ABCB1, SLCO1B1 e SLCO2B1 influenciam a resposta ao tratamento da malária. Variantes nesses genes estão associadas a uma resposta mais rápida à medicação fazendo com que seus portadores eliminem os parasitos e gametócitos em menor tempo. Esses resultados contribuem para a compreensão da malária e podem ajudar na obtenção de métodos de controle e esquemas terapêuticos mais eficientes para o controle dessa doença. / Malaria is a major infection disease that affects human species, and is spread in tropical and sub-tropical regions in different continents. This disease is caused by Plasmodium falciparum, Plasmodium malariae, Plasmodium ovale, Plasmodium vivax and Plasmodium knowlesi protozoan which are transmitted to humans by Anopheles mosquito bites. In Brazil, 87% of malaria infections result from P. vivax infections, P. falciparum and mixed infections represent all other cases. P. vivax infections were traditionally related to malaria milder symptoms therefore research in such infections was neglected by the scientific community and pharmaceutical industries. At present severe cases and deaths by these infections are more frequent and P. vivax become an important target for malaria control and elimination program. Despite evidences showing malaria susceptibility and treatment response variability, studies in immune system response related to P. vivax malaria susceptibility are scarce. In the present study 33 polymorphisms in IL1B, IL2, IL4, IL4R, IL6, IL8, IL10, IL12A, IL12B, IL12RB1, SP110, TNF, TNFRSF1A, IFNG, IFNGR1, VDR, PTPN22 and P2X7 genes were investigated for association with malaria susceptibility, and its clinical aspects. Thirty polymorphisms in CYP1A2, CYP2C8, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3 and SLCO2B1 genes were investigated in relation to malaria treatment outcomes. Two hundred and sixteen (216) patients diagnosed with P. vivax malaria recruited during the period 2002-2009, who were born in Pará state, Brazil were enrolled in the study. All patients received chloroquine and primaquine standard treatment regimens. From these group of patients, 167 were clinically evaluated during treatment and have parasitemia and gametocytemia levels estimated daily. Besides the investigated genes, the patients were genotyped for G6PD. Genetic ancestry was estimated by a set of 48 ancestry markers. The present work reports that IL1B, IL4R, IL12RB1 and TNF gene polymorphisms were associated with malaria susceptibility, whereas IL6, IL12B and VDR gene polymorphisms were associated with parasitemia and gametocytemia levels. IL6 and IL10 genetic variants were associated with malaria symptoms intensity in P. vivax infections. The present work also reports the influence of CYP2C8, ABCB1, SLCO1B1 and SLCO2B1 alleles on malaria treatment response. Genetic variants in these genes were associated with a faster drug response and patients with these variants present parasites and gametocytes clearance in a shorter time. These results have a great value for malaria understanding and could help to improve disease control and therapeutic regimen to more efficient methods to control this disease.

A Nefropatia Diabética (ND) é uma complicação crônica do Diabetes Mellitus (DM) que atinge em torno de 30% destes indivíduos, sendo responsável por mais de um terço dos novos casos de insuficiência renal em indivíduos no início do programa de diálise. Esta complicação é também associada a um aumento significativo da mortalidade nesses pacientes. Estudos epidemiológicos e de agregação familial têm demonstrado que além dos conhecidos fatores ambientais, ND é uma doença multifatorial com um componente genético. Grandes esforços têm sido feitos para identificar estes genes, mas os resultados ainda são inconsistentes com diferentes genes associados a um efeito pequeno em populações específicas. A identificação de tais genes que permitem a detecção de indivíduos de alto risco para desenvolver ND pode permitir-nos ter uma melhor compreensão da sua fisiopatologia. A ENPP1 (ecto-nucleotide pyrophosphatase / phosphodiesterase 1) é uma proteína expressa na membrana celular de vários tecidos, incluindo os rins. Constatouse que níveis aumentados de expressão da ENPP1 inibem a atividade tirosina-quinase do receptor da insulina em vários tipos celulares, causando resistência à insulina. A expressão aumentada de ENPP1 inibe a sinalização da insulina em vários tipos celulares in vitro, parecendo estar fortemente associada ao receptor da insulina na superfície celular. O polimorfismo K121Q (A/C) do gene ENNP1 está associado com resistência à insulina e com o desenvolvimento da ND em diferentes populações. Apesar do papel da proteína ENPP1 na patogênese de DN ser de importância vital, ainda são desconhecidos os efeitos do polimorfismo K121Q na expressão deste gene em tecido de rim humano. No presente estudo, analisamos a expressão gênica e protéica da ENPP1 em biópsias de tecido renal humano de acordo com os diferentes genótipos do polimorfismo K121Q. Foram incluídos 107 pacientes submetidos à nefrectomia terapêutica para se obter a amostra esperada em cada grupo. Após os critérios de exclusão, 57 amostras (9 Q/Q, 27 Q/K, 20 K/K) foram elegíveis para o estudo e técnica de imunohistoquímica a fim de analisar a expressão protéica da ENPP1. Posteriormente foram selecionadas 34 amostras (9 Q/Q, 12 Q/K, 13 K/K) para investigar a expressão do gene ENPP1, através da técnica de PCR em tempo real. A expressão gênica da ENPP1 no rim não diferiu significativamente entre os portadores do alelo Q vs. K/K (QQ/KQ vs. K/K; 1.0 (0.1 – 1.6) vs. 0.72 (0.1 – 2.1) AU (unidades arbitrárias), respectivamente; P = 0.483). Da mesma forma, a expressão protéica da ENPP1 não diferiu em portadores (K/Q + Q/Q) quando comparados a não portadores (K/K) do genótipo de risco (2.86 ± 0.32 vs. 2.78 ± 0.35 AU; P = 0.417). Em conclusão, nosso resultado sugere que o polimorfismo K121Q não está associado a mudanças de expressão gênica ou protéica no rim humano.