A variação no número de cópias gênicas (CNVs) é a alteração estrutural mais prevalente no genoma humano. Estas alterações estão presentes em alta proporção nos subtelômeros, quando comparados com o resto do genoma. Isso ocorre principalmente porque essas regiões são ricas em genes e porque apresentam sequências repetitivas que as tornam suscetíveis a rearranjos genômicos. Na literatura os rearranjos subteloméricos, como deleções, duplicações e translocações estão associados à etiologia da deficiência intelectual (DI), do atraso no desenvolvimento neuropsicomotor (ADNPM) e das malformações congênitas (MC). Estudos prévios com pacientes com DI revelaram taxas de CNVs patogênicas em regiões subteloméricas variando de 2,4% a 4,8%. Os objetivos desse trabalho foram: investigar a presença das CNVs subteloméricas nos pacientes portadores de malformações congênitas e deficiência intelectual, caracteriza-las quanto a extensão e patogenicidade e sugerir os mecanismos produtores dessas alterações. Foram analisadas 105 amostras de DNA de pacientes com DI/ADNPM associada a MC. Utilizamos a técnica de MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) com kits específicos para regiões subteloméricas (P036 e P070). Dentre os pacientes que apresentaram alterações pela técnica de MLPA, 7 pacientes foram submetidos à técnica de array, utilizando as plataformas Agilent SurePrint G3 Genoma Humano microarray 180 K e HumanCytoSNP-12 BeadChip Illumina®. O MLPA permitiu identificar alterações subteloméricas em 14,28% dos casos, sendo 7 pacientes com uma deleção isolada, 7 pacientes apresentaram uma deleção concomitante a uma duplicação e um paciente apresentou duas duplicações. A análise por array confirmou as alterações encontradas por MLPA e permitiu a delimitação acurada dos pontos de quebra genômicos. A análise combinada utilizando bioinformática com diferentes ferramentas: DGV (Database of Genomic Variants), DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources), UCSC Genome Bioinformatics e DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery), revelou um total de 8 genes sugestivos de serem responsáveis por fenótipos clínicos distintos. Dentre eles, o gene DIAPH1 foi relacionado à microcefalia, o gene CTNND2 à DI e o gene OTOS à surdez. O array revelou elementos repetitivos, sequências teloméricas e/ou STRs nas regiões próximas aos pontos de quebra estudados. Também nos permitiu inferir que os pontos de quebra com deleção simples são sugestivos de NHEJ ou MMEJ e os casos que apresentaram rearranjos complexos: FoSTeS ou MMBIR. A estratégia teve sucesso em identificar CNVs subteloméricas e associá-las ao fenótipo dos pacientes e, adicionalmente, possibilitou a sugestão dos mecanismos que as produziram / Copy number variation (CNV) is the most prevalent structural changes in the human genome. These changes are present in a high rate in subtelomere compared with the rest of the genome. This is primarily because these regions are gene rich and because of the presence of repetitive sequences that make them susceptible to genomic rearrangements. Subtelomeric rearrangements, such as deletions, duplications and translocations are associated with the etiology of intellectual disability (ID), the developmental delay (DD) and congenital malformations (CM). Previous studies with patients with ID have revealed rates of pathogenic CNVs in subtelomeric regions ranging from 2.4% to 4.8%. The objectives of this study were to investigate the presence of subtelomeric CNVs in patients with congenital malformations and intellectual disability, characterized them as the extent and pathogenicity and suggest mechanisms of formation. DNA samples from 105 patients with ID/DD associated with CM were analysed. We use the MLPA (Multiplex Ligationdependent Probe Amplification) technique with specific subtelomeric regions (P036 and P070) kits. Among patients with CNVs changes by MLPA, seven were submitted to array technique, using Agilent SurePrint G3 Human Genome microarray HumanCytoSNP or 180 K-12 BeadChip Illumina® platforms. The subtelomeric MLPA analysis identified alterations in 14.28% of cases, 7 patients presented an isolated deletion, 7 patients presented a concomitant deletion and duplication and 1 patient presented two duplications. The array analysis confirmed the alterations found by MLPA and allowed the accurate delineation of the genomic break points. The analysis combined with bioinformatics using different tools: DGV (Database of Genomic Variants), Decipher (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources), UCSC Genome Bioinformatics and DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery), revealed a total of eight genes that are suggestible responsible for distinct clinical phenotypes. Among them, DIAPH1 gene was related to microcephaly, CTNND2 gene to ID and OTOS gene to deafness. Array revealed repetitive elements, telomeric sequences and / or STR close to breakpoints regions. We propose that the breakpoints with single deletions are suggestive of NHEJ or MMEJ and cases with complex rearrangements: FoSTeS or MMBIR. This strategy could identify subtelomeric CNVs, improve the genotype-phenotype association and also allowed the investigation of mechanisms for formation

Hepatite C tem evolução progressiva, persiste na maioria dos pacientes (85%) e leva a uma doença crônica assintomática.A maioria dos pacientes apresenta nível de ALT elevada e aproximadamente 25% normal. Estes geralmente são mulheres e não há associação entre genótipo e severidade da lesão hepática. Histologicamente apresentam lesão mínima e leve fibrose, embora cirrose tenha sido relatado.Visando estimar a prevalência, características demográficas, genotípicas e anatomopatológicas em pacientes com ALT normal, realizamos um estudo de série de 68 casos entre janeiro de 1997 a abril de 2000. A prevalência foi de 13,82%, 45,6% do gênero masculino e 54,4% feminino, média de idade 38 +/- 13 anos. Genótipo 1 em 84,75%, 2 em 6,78% e o 3 em 8,47%. Em 52,9% dos casos biópsia hepática revelou fígado reacional, porém uma importante proporção (29%) dos nossos pacientes com transaminases normais mostrou sinais de fibrose. Estes resultados sugerem a necessidade de revisar os algoritimos da prática de biópsia hepática nessa população / Hepatitis C evolves progressively persisting in the majority of patients (85%) resulting in na asymptomatic chronic disease.Most patients have high ALT levels and approximately 25% normal ALT.The latter are usually female and there is no association between genotype and severity hepatic lesion.Histology shows small lesion and low amount of fibrosis, despite cirrhosis having been reported.Aiming at assessing prevalence, demographic, genotypical and anatomopathological characteristics in patients with normal ALT levels, we studied a series of 68 cases between January 1997 and April 2000.There was a prevalence of 13,82%, 45,6% of which were male and 54,4% female, average age of 38+/-13 years.Genotype 1 in 84,75%, 2 in 6,78% and 3 in 8,47%.In 52,9% of the cases revealed liver reaction, however, an important proportion of patients showed histologic signs of fibrosis (29%).Theses results suggest the need to revisit the algorithm for liver biopsy practice

Hepatite C tem evolução progressiva, persiste na maioria dos pacientes (85%) e leva a uma doença crônica assintomática.A maioria dos pacientes apresenta nível de ALT elevada e aproximadamente 25% normal. Estes geralmente são mulheres e não há associação entre genótipo e severidade da lesão hepática. Histologicamente apresentam lesão mínima e leve fibrose, embora cirrose tenha sido relatado.Visando estimar a prevalência, características demográficas, genotípicas e anatomopatológicas em pacientes com ALT normal, realizamos um estudo de série de 68 casos entre janeiro de 1997 a abril de 2000. A prevalência foi de 13,82%, 45,6% do gênero masculino e 54,4% feminino, média de idade 38 +/- 13 anos. Genótipo 1 em 84,75%, 2 em 6,78% e o 3 em 8,47%. Em 52,9% dos casos biópsia hepática revelou fígado reacional, porém uma importante proporção (29%) dos nossos pacientes com transaminases normais mostrou sinais de fibrose. Estes resultados sugerem a necessidade de revisar os algoritimos da prática de biópsia hepática nessa população / Hepatitis C evolves progressively persisting in the majority of patients (85%) resulting in na asymptomatic chronic disease.Most patients have high ALT levels and approximately 25% normal ALT.The latter are usually female and there is no association between genotype and severity hepatic lesion.Histology shows small lesion and low amount of fibrosis, despite cirrhosis having been reported.Aiming at assessing prevalence, demographic, genotypical and anatomopathological characteristics in patients with normal ALT levels, we studied a series of 68 cases between January 1997 and April 2000.There was a prevalence of 13,82%, 45,6% of which were male and 54,4% female, average age of 38+/-13 years.Genotype 1 in 84,75%, 2 in 6,78% and 3 in 8,47%.In 52,9% of the cases revealed liver reaction, however, an important proportion of patients showed histologic signs of fibrosis (29%).Theses results suggest the need to revisit the algorithm for liver biopsy practice

A variação no número de cópias gênicas (CNVs) é a alteração estrutural mais prevalente no genoma humano. Estas alterações estão presentes em alta proporção nos subtelômeros, quando comparados com o resto do genoma. Isso ocorre principalmente porque essas regiões são ricas em genes e porque apresentam sequências repetitivas que as tornam suscetíveis a rearranjos genômicos. Na literatura os rearranjos subteloméricos, como deleções, duplicações e translocações estão associados à etiologia da deficiência intelectual (DI), do atraso no desenvolvimento neuropsicomotor (ADNPM) e das malformações congênitas (MC). Estudos prévios com pacientes com DI revelaram taxas de CNVs patogênicas em regiões subteloméricas variando de 2,4% a 4,8%. Os objetivos desse trabalho foram: investigar a presença das CNVs subteloméricas nos pacientes portadores de malformações congênitas e deficiência intelectual, caracteriza-las quanto a extensão e patogenicidade e sugerir os mecanismos produtores dessas alterações. Foram analisadas 105 amostras de DNA de pacientes com DI/ADNPM associada a MC. Utilizamos a técnica de MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) com kits específicos para regiões subteloméricas (P036 e P070). Dentre os pacientes que apresentaram alterações pela técnica de MLPA, 7 pacientes foram submetidos à técnica de array, utilizando as plataformas Agilent SurePrint G3 Genoma Humano microarray 180 K e HumanCytoSNP-12 BeadChip Illumina®. O MLPA permitiu identificar alterações subteloméricas em 14,28% dos casos, sendo 7 pacientes com uma deleção isolada, 7 pacientes apresentaram uma deleção concomitante a uma duplicação e um paciente apresentou duas duplicações. A análise por array confirmou as alterações encontradas por MLPA e permitiu a delimitação acurada dos pontos de quebra genômicos. A análise combinada utilizando bioinformática com diferentes ferramentas: DGV (Database of Genomic Variants), DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources), UCSC Genome Bioinformatics e DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery), revelou um total de 8 genes sugestivos de serem responsáveis por fenótipos clínicos distintos. Dentre eles, o gene DIAPH1 foi relacionado à microcefalia, o gene CTNND2 à DI e o gene OTOS à surdez. O array revelou elementos repetitivos, sequências teloméricas e/ou STRs nas regiões próximas aos pontos de quebra estudados. Também nos permitiu inferir que os pontos de quebra com deleção simples são sugestivos de NHEJ ou MMEJ e os casos que apresentaram rearranjos complexos: FoSTeS ou MMBIR. A estratégia teve sucesso em identificar CNVs subteloméricas e associá-las ao fenótipo dos pacientes e, adicionalmente, possibilitou a sugestão dos mecanismos que as produziram / Copy number variation (CNV) is the most prevalent structural changes in the human genome. These changes are present in a high rate in subtelomere compared with the rest of the genome. This is primarily because these regions are gene rich and because of the presence of repetitive sequences that make them susceptible to genomic rearrangements. Subtelomeric rearrangements, such as deletions, duplications and translocations are associated with the etiology of intellectual disability (ID), the developmental delay (DD) and congenital malformations (CM). Previous studies with patients with ID have revealed rates of pathogenic CNVs in subtelomeric regions ranging from 2.4% to 4.8%. The objectives of this study were to investigate the presence of subtelomeric CNVs in patients with congenital malformations and intellectual disability, characterized them as the extent and pathogenicity and suggest mechanisms of formation. DNA samples from 105 patients with ID/DD associated with CM were analysed. We use the MLPA (Multiplex Ligationdependent Probe Amplification) technique with specific subtelomeric regions (P036 and P070) kits. Among patients with CNVs changes by MLPA, seven were submitted to array technique, using Agilent SurePrint G3 Human Genome microarray HumanCytoSNP or 180 K-12 BeadChip Illumina® platforms. The subtelomeric MLPA analysis identified alterations in 14.28% of cases, 7 patients presented an isolated deletion, 7 patients presented a concomitant deletion and duplication and 1 patient presented two duplications. The array analysis confirmed the alterations found by MLPA and allowed the accurate delineation of the genomic break points. The analysis combined with bioinformatics using different tools: DGV (Database of Genomic Variants), Decipher (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources), UCSC Genome Bioinformatics and DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery), revealed a total of eight genes that are suggestible responsible for distinct clinical phenotypes. Among them, DIAPH1 gene was related to microcephaly, CTNND2 gene to ID and OTOS gene to deafness. Array revealed repetitive elements, telomeric sequences and / or STR close to breakpoints regions. We propose that the breakpoints with single deletions are suggestive of NHEJ or MMEJ and cases with complex rearrangements: FoSTeS or MMBIR. This strategy could identify subtelomeric CNVs, improve the genotype-phenotype association and also allowed the investigation of mechanisms for formation

A Glutamina (Gln) melhora a regeneração hepática em ratos nutridos. Para avaliar o efeito molecular da Gln endovenosa no remanescente hepático, 52 ratos foram classificados em: 1. Nutridos com hepatectomia parcial (HP) e Gln (N-Gln=10) ou prolina (N-Pro=10); 2. Desnutridos com HP: (D-Gln=10) ou (D-Pro=10); 3. Nutridos e Desnutridos sem HP (N-Controle=6) e (D-Controle=6). Após 96 horas da HP os resultados foram: DNA = (D-Gln, D-Pro e D-Controle < N-Gln, N-Pro e N-controle), (N-Gln, N-Pro, D-Gln e D-Pro < N e D-Controle), (N-Gln > D-Gln); RNA= (N-Gln, N-Pro, D-Gln e D-Pro < N e D-Controle), (N-Gln > D-Gln e N-Pro). Não houve diferença nos genes transcritos (GT) para HGF, TGF-a e timidina kinase. Concluímos que: A desnutrição e HP reduzem DNA e RNA; A Gln não altera os GT estudados em ratos desnutridos 96 horas após HP / Glutamine dipeptide (Gln) improve hepatic regeneration of nourished rats. To evaluate molecular effect of Gln on liver remnant 52 rats was classified into: 1. Nourished with partial hepatectomy (PH) and Gln (N-Gln=10) or proline (N-Pro=10); 2. Malnourished (MN) with PH: (MN-Gln=10) or (MN-Pro=10); 3. Nourished and Malnourished rat without PH (N-Control=6) and (MN-Control=6). Results: DNA = (MN-Gln, MN-Pro and MN-Control < N-Gln, N-Pro and N-control), (N-Gln, N-Pro, MN-Gln and MN-Pro < N and MN-Control), (N-Gln > MN-Gln); RNA= (N-Gln, N-Pro, MN-Gln and MN-Pro < N and MN-Control), (N-Gln > MN-Gln and N-Pro). There was no difference on transcript genes (TG) for HGF, TGF-a and thymidine kinase. Conclusions: Malnutrition and PH decrease hepatic DNA and RNA; Gln does not modify TG studied 96 hours after PH in MN rats

Introdução: A meningite tuberculosa (MTB) é a forma mais grave e fatal de tuberculose. O diagnóstico oportuno e o tratamento adequado e precoce são os principais fatores associados com o bom prognóstico. Os métodos utilizados na prática médica diária - achados clínicos, exames de imagem e análise de líquido cefalorraquidiano (LCR) - têm baixa acurácia. A pesquisa do DNA do Mycobacterium tuberculosis no LCR através da reação em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polimerase chain reaction) com a metodologia nested é promissora, especialmente quando associada à praticidade da amplificação do DNA em tempo real. Objetivo: Avaliar o valor diagnóstico da nested PCR em tempo real (nRT-PCR, do inglês nested real-time PCR) na investigação de pacientes com MTB. Métodos: Estudo observacional realizado em duas fases: uma prospectiva e outra retrospectiva. Na fase prospectiva, foram incluídos pacientes com suspeita de MTB internados no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER). Informações clínicas, laboratoriais e radiológicas foram coletadas, assim como amostra de LCR de todos os pacientes. A partir de critérios internacionais padronizados, os pacientes foram categorizados como \"MTB Definitiva\", \"MTB Provável\", \"MTB Possível\" e \"Não MTB\". A nRT-PCR, utilizando o gene alvo mpt64, foi realizada em todas as amostras de LCR no Laboratório de Meningites Bacterianas do Instituto Adolfo Lutz. Sensibilidade, especificidade e intervalos de confiança (IC 95%) da nRT-PCR foram calculados com base no padrão-ouro (cultura positiva para M. tuberculosis ou isolamento de BAAR no sistema nervoso central) e nos pacientes com outros diagnósticos estabelecidos (Não MTB). Também foi calculada a proporção de pacientes com a nRT-PCR positiva em cada categoria clínica. Na fase retrospectiva, foi realizada uma revisão de prontuários de pacientes que tiveram a nRT-PCR solicitada no IIER e no Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS. Os mesmos procedimentos de categorização diagnóstica, cálculos de sensibilidade e especificidade foram adotados. Resultados: Na fase prospectiva, foram incluídos 102 pacientes, sendo 92 deles infectados por HIV. Nove deles tiveram o padrão-ouro positivo e foram classificados como \"MTB Definitiva\" e 81 deles tiveram outros diagnósticos estabelecidos (\"Não MTB\"). A sensibilidade e a especificidade da nRT-PCR foi 100% (IC95%:70-100 e 95-100, respectivamente). A positividade da nRT-PCR na categoria \"MTB Provável\" foi 50% (4/8 pacientes) e 25% na \"MTB Possível\" (1/4). Na fase retrospectiva, 56 pacientes foram incluídos, sendo 48 infectados por HIV. A nRT-PCR teve sensibilidade de 83% (5/6) e especificidade de 100% (0/45). A positividade na categoria \"MTB Provável\" foi 60% (3/5) e não houve pacientes classificados como \"MTB Possível\". Conclusão: A nRT-PCR apresentou boa sensibilidade e ótima especificidade, demonstrando seu valor diagnóstico na identificação oportuna de casos de MTB / Background: Tuberculous meningitis (TBM) is the most serious and lethal presentation of tuberculosis. Timely diagnosis and appropriated treatment are the main factors associated with good outcome. Methods used in the daily medical practice - clinical, radiological and cerebrospinal fluid (CSF) findings - have low accuracy. Search for Mycobacterium tuberculosis DNA in the CSF by polymerase chain reaction (PCR) using the nested methodology is promising, especially when combined with the practical approach of the real time DNA amplification. Objective: To evaluate the diagnostic value of a nested real-time PCR (nRT-PCR) in the investigation of patients with TBM. Methods: A two-phase observational study was carried out: prospective and retrospective. In the prospective phase, patients with suspected TBM hospitalized at \"Instituto de Infectologia Emílio Ribas\" (IIER) were included. Clinical, laboratory and radiological data were collected, as well as CSF samples of all patients. According to international standard criteria, patients were categorized as \"TBM Definite\", \"TBM Probable\", \"TBM Possible\" and \"Not TBM\". The nRT-PCR, using the mpt64 gene, was performed on all CSF sample in the Laboratory of Bacterial Meningitis, Adolfo Lutz Institute. Sensitivity, specificity and confidence intervals (95% CI) of the nRT-PCR were calculated based on the gold standard (culture positive for M. tuberculosis or AFB isolation on the central nervous system) and on patients with other established diagnoses (\"Not TBM\"). The proportion of patients with a positive nRT-PCR in each clinical category was also calculated. In the retrospective phase, medical chart review was performed in those patients who had the nRT-PCR requested in IIER and in the \"Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS\". The same diagnostic categorization and calculations of sensitivity and specificity were adopted. Results: 102 patients were included in the prospective phase, 92 of them HIV-infected. Nine of them had the gold standard positive and were classified as \"TBM Definite\" and 81 of them had other diagnoses established (\"Not TBM\"). The sensitivity and specificity of the nRT-PCR were 100% (95%CI: 70-100 and 95-100, respectively). The nRT-PCR positivity in category \"TBM Probable\" was 50% (4/8 patients) and 25% in \"TBM Possible\" (1/4). In retrospective phase, the nRT-PCR had a sensitivity of 83% (5/6) and specificity of 100% (0/45), among the 56 included patients (48 of them HIV infected). Positivity in \"TBM Probable\" category was 60% (3/5) and no patients were classified as \"TBM Possible\". Conclusion: The nRT-PCR showed good sensitivity and excellent specificity, showing its diagnostic value in the timely identification of TBM

A identificação de espécie de Leishmania é crucial no diagnóstico de leishmaniose cutânea (LC), para terapia e prognóstico, em áreas com diferentes espécies endêmicas. A reação em cadeia de polimerase (PCR) foi usada em amostras de biópsias estocadas em parafina e formol de pacientes com LC, do Espírito Santo, Brasil. Usando sequências de mini-exon do gênero Leishmania, 63,2% (36/57) das amostras em parafina e 46,1% (6/13) das amostras em formol foram positivas. Numa abordagem usando sequências de kDNA e RFLP, 100% (58/58) das amostras de parafina testadas foram identificadas como Leishmania (V.) braziliensis. Estas reações podem ser usadas tanto para diagnóstico como para definição da espécie infectante / The identification of Leishmania species, a crucial step in cutaneous leishmaniasis, had therapeutics and prognostics implications, specially at when several agent species are endemic. Polymerase chain reaction (PCR) was used for analysis of paraffin-embedded and formalin stored skin biopsies from patients with parasitologic confirmed cutaneous formalin stored skin biopsies from patients with parasitologic confirmed cutaneous leishmaniasis, from the Espirito Santo State, Brazil. Tested by PCR targeted to mini-exon genus specific primer, 63,2% (36/57) of parafin and 46,1% (6/13) of formalin stored samples were positive, but using a PCR for kDNA primer followed by RFLP analysis, only Leishamnia (V.) braziliensis was identified in 100% (58/58) of parafin biopsies studied. Those reactions allow either diagnosis or species identification in cutaneous leismaniasis

Introdução: A meningite tuberculosa (MTB) é a forma mais grave e fatal de tuberculose. O diagnóstico oportuno e o tratamento adequado e precoce são os principais fatores associados com o bom prognóstico. Os métodos utilizados na prática médica diária - achados clínicos, exames de imagem e análise de líquido cefalorraquidiano (LCR) - têm baixa acurácia. A pesquisa do DNA do Mycobacterium tuberculosis no LCR através da reação em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polimerase chain reaction) com a metodologia nested é promissora, especialmente quando associada à praticidade da amplificação do DNA em tempo real. Objetivo: Avaliar o valor diagnóstico da nested PCR em tempo real (nRT-PCR, do inglês nested real-time PCR) na investigação de pacientes com MTB. Métodos: Estudo observacional realizado em duas fases: uma prospectiva e outra retrospectiva. Na fase prospectiva, foram incluídos pacientes com suspeita de MTB internados no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER). Informações clínicas, laboratoriais e radiológicas foram coletadas, assim como amostra de LCR de todos os pacientes. A partir de critérios internacionais padronizados, os pacientes foram categorizados como \"MTB Definitiva\", \"MTB Provável\", \"MTB Possível\" e \"Não MTB\". A nRT-PCR, utilizando o gene alvo mpt64, foi realizada em todas as amostras de LCR no Laboratório de Meningites Bacterianas do Instituto Adolfo Lutz. Sensibilidade, especificidade e intervalos de confiança (IC 95%) da nRT-PCR foram calculados com base no padrão-ouro (cultura positiva para M. tuberculosis ou isolamento de BAAR no sistema nervoso central) e nos pacientes com outros diagnósticos estabelecidos (Não MTB). Também foi calculada a proporção de pacientes com a nRT-PCR positiva em cada categoria clínica. Na fase retrospectiva, foi realizada uma revisão de prontuários de pacientes que tiveram a nRT-PCR solicitada no IIER e no Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS. Os mesmos procedimentos de categorização diagnóstica, cálculos de sensibilidade e especificidade foram adotados. Resultados: Na fase prospectiva, foram incluídos 102 pacientes, sendo 92 deles infectados por HIV. Nove deles tiveram o padrão-ouro positivo e foram classificados como \"MTB Definitiva\" e 81 deles tiveram outros diagnósticos estabelecidos (\"Não MTB\"). A sensibilidade e a especificidade da nRT-PCR foi 100% (IC95%:70-100 e 95-100, respectivamente). A positividade da nRT-PCR na categoria \"MTB Provável\" foi 50% (4/8 pacientes) e 25% na \"MTB Possível\" (1/4). Na fase retrospectiva, 56 pacientes foram incluídos, sendo 48 infectados por HIV. A nRT-PCR teve sensibilidade de 83% (5/6) e especificidade de 100% (0/45). A positividade na categoria \"MTB Provável\" foi 60% (3/5) e não houve pacientes classificados como \"MTB Possível\". Conclusão: A nRT-PCR apresentou boa sensibilidade e ótima especificidade, demonstrando seu valor diagnóstico na identificação oportuna de casos de MTB / Background: Tuberculous meningitis (TBM) is the most serious and lethal presentation of tuberculosis. Timely diagnosis and appropriated treatment are the main factors associated with good outcome. Methods used in the daily medical practice - clinical, radiological and cerebrospinal fluid (CSF) findings - have low accuracy. Search for Mycobacterium tuberculosis DNA in the CSF by polymerase chain reaction (PCR) using the nested methodology is promising, especially when combined with the practical approach of the real time DNA amplification. Objective: To evaluate the diagnostic value of a nested real-time PCR (nRT-PCR) in the investigation of patients with TBM. Methods: A two-phase observational study was carried out: prospective and retrospective. In the prospective phase, patients with suspected TBM hospitalized at \"Instituto de Infectologia Emílio Ribas\" (IIER) were included. Clinical, laboratory and radiological data were collected, as well as CSF samples of all patients. According to international standard criteria, patients were categorized as \"TBM Definite\", \"TBM Probable\", \"TBM Possible\" and \"Not TBM\". The nRT-PCR, using the mpt64 gene, was performed on all CSF sample in the Laboratory of Bacterial Meningitis, Adolfo Lutz Institute. Sensitivity, specificity and confidence intervals (95% CI) of the nRT-PCR were calculated based on the gold standard (culture positive for M. tuberculosis or AFB isolation on the central nervous system) and on patients with other established diagnoses (\"Not TBM\"). The proportion of patients with a positive nRT-PCR in each clinical category was also calculated. In the retrospective phase, medical chart review was performed in those patients who had the nRT-PCR requested in IIER and in the \"Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS\". The same diagnostic categorization and calculations of sensitivity and specificity were adopted. Results: 102 patients were included in the prospective phase, 92 of them HIV-infected. Nine of them had the gold standard positive and were classified as \"TBM Definite\" and 81 of them had other diagnoses established (\"Not TBM\"). The sensitivity and specificity of the nRT-PCR were 100% (95%CI: 70-100 and 95-100, respectively). The nRT-PCR positivity in category \"TBM Probable\" was 50% (4/8 patients) and 25% in \"TBM Possible\" (1/4). In retrospective phase, the nRT-PCR had a sensitivity of 83% (5/6) and specificity of 100% (0/45), among the 56 included patients (48 of them HIV infected). Positivity in \"TBM Probable\" category was 60% (3/5) and no patients were classified as \"TBM Possible\". Conclusion: The nRT-PCR showed good sensitivity and excellent specificity, showing its diagnostic value in the timely identification of TBM

A identificação de espécie de Leishmania é crucial no diagnóstico de leishmaniose cutânea (LC), para terapia e prognóstico, em áreas com diferentes espécies endêmicas. A reação em cadeia de polimerase (PCR) foi usada em amostras de biópsias estocadas em parafina e formol de pacientes com LC, do Espírito Santo, Brasil. Usando sequências de mini-exon do gênero Leishmania, 63,2% (36/57) das amostras em parafina e 46,1% (6/13) das amostras em formol foram positivas. Numa abordagem usando sequências de kDNA e RFLP, 100% (58/58) das amostras de parafina testadas foram identificadas como Leishmania (V.) braziliensis. Estas reações podem ser usadas tanto para diagnóstico como para definição da espécie infectante / The identification of Leishmania species, a crucial step in cutaneous leishmaniasis, had therapeutics and prognostics implications, specially at when several agent species are endemic. Polymerase chain reaction (PCR) was used for analysis of paraffin-embedded and formalin stored skin biopsies from patients with parasitologic confirmed cutaneous formalin stored skin biopsies from patients with parasitologic confirmed cutaneous leishmaniasis, from the Espirito Santo State, Brazil. Tested by PCR targeted to mini-exon genus specific primer, 63,2% (36/57) of parafin and 46,1% (6/13) of formalin stored samples were positive, but using a PCR for kDNA primer followed by RFLP analysis, only Leishamnia (V.) braziliensis was identified in 100% (58/58) of parafin biopsies studied. Those reactions allow either diagnosis or species identification in cutaneous leismaniasis

A neoplasia endócrina múltipla tipo 2 (NEM-2) é uma síndrome tumoral herdada por mutações germinativas no proto-oncogene RET (RET) e transmitida por herança autossômica dominante. Atualmente, a indicação de tireoidectomia total preventiva é recomendada a indivíduos portadores de mutações no RET. Analisamos a aplicação do método Eletroforese em Gel Sensível à Conformação (CSGE) no rastreamento de mutações hot-spots do RET. Sete famílias com NEM-2 foram rastreadas pelo CSGE, seqüenciamento gênico e análise do Polimorfismo Conformacional de Cadeia Simples (SSCP). Usando o CSGE e SSCP, identificamos cinco das seis (83,3%) mutações verificadas pelo seqüenciamento: Cys620Arg, Cys634Arg, Cys634Tyr, Val648Ile e Met918Thr. Foram analisados 128 amplicons englobando mutações hot-spots do RET e 116 dentre 128 (90.6%) concordaram com o seqüenciamento genético. Os polimorfismos 691 e 769 também foram documentados pelo CSGE e SSCP. Os dados obtidos por CSGE e SSCP foram totalmente (100%) concordantes. O CSGE revelou ser metodologia sensível, rápida, fácil de ser executada e de baixo custo na detecção de mutações nos códons 620, 634, 648, e 918, as quais constituem grande maioria (~95%) dos pacientes com NEM-2. Quanto à mutação Val804Met (prevalência na população inferior a 3%), o método necessita ser otimizado. Concluímos que o CSGE é uma metodologia efetiva para o rastreamento de mutações que mais freqüentemente ocorrem no RET como causadora de NEM-2. / Multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN2) is an autosomal dominant inherited tumor syndrome caused by activating germline mutations in RET proto-oncogene (RET). Presently, the prophylactic total thyroidectomy is recommended to all RET mutations carriers. Here we tested the Conformation Sensitive Gel Electrophoresis (CSGE) as a screening method for the RET hot-spot mutations. Seven MEN2 families were studied by CSGE, as well as by Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) and direct sequencing analysis. Using CSGE and SSCP, we were able to detect five out of the six (83.3%) RET mutations verified by direct sequencing analysis: Cys620Arg, Cys634Arg, Cys634Tyr, Val648Ile and Met918Thr. RET polymorphisms 691 and 769 were verified by CSGE and SSCP. In our sample, data obtained using CSGE were fully concordant (100%) with SSCP findings. Thus, CSGE showed to be a sensitive, fast, low-cost, and ease procedure to detect RET mutations in codons 620, 634, 648, and 918 which are reported as the most prevalent RET variants (~95%) in large MEN2 series. As to the Val804Met mutation (prevalence in the population lower than 3%), this method still needs to be optimized. We concluded that CSGE is an effective screening method for the most frequent RET hot-spot disease-causing mutations.