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Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Craniofacial growth results from both environmental and genetic factors over time. It would be exciting to isolate genetic factors that influence treatment responses from patients undergoing orthodontic treatment. Genetic genotyping and analysis of orthodontic patients is a new technologic advancement. The aim of this retrospective study is to examine the relationship of a specific single nucleotide polymorphism (SNP), rs6180, of the Growth Hormone Receptor (GHR) gene with various craniofacial length parameters in patients who have received Herbst appliance therapy as part of orthodontic treatment. An initial lateral cephalometric radiograph was taken along with two buccal cheek swabs. The cells obtained have undergone DNA isolation with the Puregene method in microcentrifuge tubes (Gentra Systems, Minneapolis, MN). Upon termination of functional appliance therapy (post-Herbst), a final lateral cephalometric radiograph was taken. To analyze the genetic polymorphism and determine genotype, polymerase chain reaction (PCR) and allelic discrimination were done using the 7000 Sequence Detection System (Applied Biosystems). Lateral cephalometric radiographs (initial, post-Herbst) of 25 patients were digitized and measured using the Dolphin Imaging program. Cephalometric measurements (S-N, S-A, Co-Go, Go-Gn, Ar-Gn, Go-Gn) were used to identify mandibular and craniofacial morphologic changes. Changes in Z-scores based on standards from the Michigan Growth Study were then converted to slow or normal growth status by slow being when the Z-score difference between the initial and final measurements is less than zero. The number of subjects with a slow versus normal growth status was compared to GHR polymorphism genotype. Statistical analysis of Hardy-Weinberg equilibrium and the changes in craniofacial length Z-scores in relation to a patient's genotype were performed using chi-square analysis. Results: The genotype frequencies were in Hardy-Weinberg equilibrium. Z-score differences for the S-A measurement was the only one found to be significant (p=0.005).

Orientador: Celso Luís Marino / Coorientador: Marcio Luis Acencio / Banca: Douglas Silva Domingues / Banca: Iraê Amaral Guerrini / Banca: Esteban Roberto Gonzales / Banca: Edson Luiz Furtado / Resumo: Espécies de Eucalyptus têm sido utilizadas com sucesso para plantios florestais devido ao seu rápido crescimento, sua capacidade de adaptação às diversas condições climáticas e pelo seu potencial econômico na produção de energia, fibra e madeira sólida, reduzindo assim a pressão sobre as florestas tropicais e a biodiversidade associada. Investimentos em pesquisas e desenvolvimento estão sendo realizados pelo setor florestal, no intuito de aumentar os ganhos de produtividade através da pesquisa na área da biologia molecular. Visto que características anômalas nas progênies podem gerar perdas na produtividade, a identificação e caracterização dos genes relacionados a anomalias são muito importantes no auxílio em programas de melhoramento genético. Ao realizar um cruzamento controlado de Eucalyptus grandis, a empresa Suzano Papel e Celulose detectou uma anomalia com segregação mendeliana 3:1 (normais:anômalas) na progênie. As características eram bem significativas se comparadas com as plantas normais, tais como diferenças na altura, diâmetro da base do caule, tamanho das folhas e morte em poucos meses. Estudos anteriores identificaram uma marca molecular ligada à anomalia, e análises de comparação da sequência contra o banco de dados de eucalipto demonstrou identidade com proteínas da família Bet v1 PR10 (Pathogenesis-related protein 10), embora não estivesse claro o envolvimento deste gene no desenvolvimento da anomalia. Outros estudos traçaram o perfil transcricional dos fenótipos contrastantes pela técnica de RNAseq. Dentre os genes diferencialmente expressos, através do enriquecimento funcional, destacaram-se os pertencentes as famílias Bet v1, quitinase classe I e taumatina, todos relacionados à resposta contra patógenos, sugerindo que a anomalia seja causada pela ativação do sistema imune da planta (resposta autoimune). Com o intuito de se obter mais informações sobre à patogênese da... / Abstract: Eucalyptus species have been successfully used for forest plantations. Some intrinsic features such as rapid growth, adaptability to various weather conditions and economic potential in energy production, fiber and solid wood, help to reduce pressure on tropical forests and associated biodiversity. Investments in research and development on molecular biology arebeing carried out by forestry sector in order to increase productivity gains. Since anomalous characteristics of progeny may generate productivity loss, gene identification linked to abnormalities are crucial for breeding programs. During a controlled crossing with Eucalyptus grandis, the Suzano Papel e Celulose enterprise detected an atypical Mendelian segregation 3: 1 (normal: abnormal). Significant phenotypic differences concerning height, stem base diameter, and leaf size appeared, as well as an unusual early death, when compared to normal plants. Previous studies identified a molecular tag attached to this anomaly. Sequence comparison analysis of eucalyptus database showed identity with Bet v1 PR10 protein family (Pathogenesis-related protein 10). However, gene involvement in developing such aberration is undetermined. Other studies found a transcriptional profile of contrasting phenotypes by RNAseq technique. Among differentially expressed genes by functional enrichment highlighted those belonging to Bet v1 families, chitinases class I, and thaumatin, all related to pathogenic response. This fact suggests that aberration is caused by the plant immune system activation (autoimmune response). To investigate the pathogenesis of such genetic disorder, three approaches were adopted: (i) SNPs identification among the differentially expressed genes of Bet v1 families, chitinase, and thaumatin, (ii) miRNAs identification with potential binding to mRNAs differentially expressed genes, and (iii) check of possible influence of differentially expressed gene products on ... / Doutor

INTRODUÇÃO: O câncer de próstata (CaP) é a neoplasia mais comum no homem depois do câncer de pele não-melanoma. É uma doença de comportamento heterogêneo e a hereditariedade é um dos principais fatores de risco. Recentes estudos do genoma humano revelaram numerosas regiões de susceptibilidade associada com a doença. Os Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) são variantes de risco genéticos associados com uma série de doenças incluindo o câncer. Considerando que a história familiar constitui fator de risco para o desenvolvimento do CaP, acredita-se que a identificação de polimorfismos envolvidos nesse processo possa ter um papel relevante para auxiliar no desenvolvimento de ferramentas alternativas para a detecção precoce e para a definição do prognóstico desta neoplasia. OBJETIVOS: Análise dos polimorfismos genéticos relacionados ao desenvolvimento do câncer de próstata em indivíduos com história familiar para a doença. Além disso, correlacionar a frequência dos polimorfismos e os fatores prognósticos, tais como: nível do antígeno prostático específico (PSA), escore de Gleason, estadiamento patológico e recidiva bioquímica. MÉTODOS: Neste estudo foi analisado a frequência de 20 SNPs em 255 pacientes, sendo 185 pacientes portadores de câncer de próstata e 70 grupo controle. No grupo diagnosticado com CaP, tinham 97 casos esporádicos e 72 com histórico familiar (dois parentes de primeiro grau). O grupo controle foi composto por homens sem diagnóstico de CaP que estavam em prevenção com parâmetros como psa e toque retal normais. Todos foram submetidos a extração do DNA e o genótipo avaliado através da técnica de reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real. A análise estatística foi realizada comparando a genotipagem e a frequência alélica entre os grupos, utilizando o teste de qui-quadrado com valor de significância menor ou igual a 0,05. RESULTADOS: Dois dos 20 polimorfismos apresentaram associação significativa com o CaP hereditário, o SNP rs7931342 (11q13.2) onde o genótipo homozigoto foi cinco vezes mais frequente (p=0,01) e o rs10090154 (8q24) onde o alelo polimórfico aumenta duas vezes e meia a chance de CaP hereditário (OR=2,67; p=0,04). O rs2660753 (3p12.1) mostrou relevância para o CaP esporádico onde a presença do alelo polimórfico tem um efeito protetor para o desenvolvimento da doença (OR=0,50; p=0,01). Com relação a associação dos fatores prognósticos, foram encontrados achados significativos para o SNP rs620861 (8q24) onde o genótipo homozigoto selvagem está associado com menor escore de Gleason (p=0,04). O polimorfismo rs1447295 (8q24) está relacionado a um melhor prognóstico, pois foi mais frequente nos pacientes com estadiamento localizado, sem recidiva bioquímica e com sobrevida livre de recidiva mais longa. CONCLUSÃO: Nosso estudo evidenciou dois SNP (rs7931342 e rs10090154) como fator de risco para o desenvolvimento de CaP hereditário. Com relação o CaP esporádico, a presença do alelo polimórfico do rs2660753 demonstra um efeito protetor. Por último, comparando os fatores prognósticos, tanto o genótipo homozigoto selvagem do rs620861 como o homozigoto polimórfico do rs1447295 conferem um bom prognóstico / INTRODUCTION: Prostate cancer (PCa) is the most common non-cutaneous malignancy among men. It is a heterogeneous disease and heredity is one of the strongest risk factors. Recent studies of the human genome revealed numerous susceptibility regions associated with the disease. Several single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been implicated in the risk of developing the prostate cancer. Considering that the family history is a risk factor for PCa development, we believe that identification of polymorphisms involved in these processes may have an important role to help in the development of alternative tools for early detection and to define the prognosis of this neoplasm. OBJECTIVES: Analysis of genetic polymorphisms associated with the development of prostate cancer in patients with family history of prostate cancer. Moreover, correlate the frequency of polymorphisms and prognostic factors such as PSA level, Gleason score, pathological stage and biochemical recurrence. METHODS: In this study, the frequency of 20 genetic single nucleotide polymorphisms were analyzed in 255 patients, 185 patients with prostate cancer and 70 control. In the group diagnosed with PCa, they had 97 sporadic cases and 72 had a family history (two first-degree relatives). The control group consisted of men with no diagnosis of PCa who were on prevention with parameters such as normal psa and digital rectal exam. All were subjected to DNA extraction and genotype assessed by real-time polymerase chain reaction technique. Statistical analysis was performed by comparing the genotype and allele frequency between the groups using the chi-square test with significance or equal to 0.05. RESULTS: Two of the 20 polymorphisms were significantly associated with hereditary CaP, the rs7931342 (11q13.2) that the homozygote genotype was five times more common (p=0.01) and rs10090154 (8q24) that the polymorphic allele increase two times and a half the risk of hereditary PCa (OR = 0.5; p = 0.04). The rs2660753 (3p12.1) showed association with sporadic PCa where the presence of polymorphic allele has a protective effect on the PCa development (OR = 2,67, p = 0.01). Regarding the association of prognostic factors, we found significant findings to the SNP rs620861 (8q24) that the wild homozygote genotype is associated with lower Gleason score (p = 0.04). The rs1447295 polymorphism (8q24) is related to a better prognosis because it was more frequent in patients with localized stage, without biochemical recurrence and longer recurrence-free survival. CONCLUSIONS: Our study showed two SNPs (rs7931342 and rs10090154) as a risk factor for hereditary PCa development. Regarding the sporadic PCa, the polymorphic allele presence of rs2660753 demonstrated a protective effect. Finally, comparing the prognostic factors, both wild homozygote genotype of rs620861 and polymorphic homozygote of rs1447295 offer a good prognosis

Melanoma, a forma mais agressiva de câncer de pele, é um tumor maligno dos melanócitos. Além dos riscos ambientais tais como a radiação UV e fenótipo de pele do indivíduo, a genética também tem sido descrita como um fator de risco para o desenvolvimento de melanoma. Recentemente foi relatado que a malignidade do melanoma está diretamente relacionada com a secreção constitutiva da citocina inflamatória IL-1? em melanócitos transformados, sugerindo o envolvimento do inflamassoma na progressão tumoral. Com a finalidade de avaliar se a genética do inflamassoma poderia contribuir para a susceptibilidade ao desenvolvimento do melanoma maligno esporádico no presente trabalho analisamos 10 polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em cinco genes do inflamassoma (NLRP1, NLRP3, CARD8, IL1B, IL18) numa coorte brasileira caso/controle de melanoma. Além disso, a expressão de genes do inflamassoma foi avaliada em biópsias de tumores de melanomas e nevos benignos. Para tanto recrutamos 198 pacientes de melanoma e 142 doadores saudáveis. As biópsias de tumores/nevos foram obtidas de 15 dos 198 pacientes de melanoma e de cinco dos 142 controles saudáveis, respectivamente. Utilizamos a técnica de PCR em tempo real com alelo e sondas específicas em ensaios com TaqMan® para os ensaios de genotipagem de amostras de DNA dos casos/controles de melanoma e para estudos de expressão de genes específicos do inflamassoma, em amostras de biopsias de tumores e nevos, respectivamente. Verificamos que o SNP rs6509365 em CARD8 foi significativamente mais comum em controles saudáveis do que em pacientes de melanoma, sugerindo um efeito protetivo da variante para o desenvolvimento de melanoma. Corroborando com este achado, a expressão de CARD8 foi encontrada aumentada em biópsias de melanoma em comparação com a expressão em nevo. Além disso, a estratificação dos dados mostrou que a variante rs11651270 em NLRP1 associada com melanoma nodular; rs1143643 em IL1B, amplificado em níveis baixos, foi associado com invasividade (índice de Breslow) e rs5744256 em IL18 foi associado com desenvolvimento de melanoma em pessoas sensíveis ao sol. A análise em biópsias dos tumores ainda mostrou que a expressão de IL-1beta foi regulada positivamente, especialmente em amostras de indivíduos que apresentaram metástases, enquanto que IL-18 foi negativamente regulada comparada com a expressão em nevos. Em conjunto nossos resultados demonstram, pela primeira vez, a contribuição dos genes do inflamassoma CARD8, IL1B e IL18 ao melanoma / Melanoma, the most aggressive form of skin cancer, is a malignant melanocyte tumor. In addition to environmental risks such as UV radiations, individual\'s skin phenotype and genetics has also been described as potential risk factors for the development of melanoma. It has recently been reported that malignant melanoma is directly related to the constitutive secretion of the inflammatory cytokine, IL-1?, in transformed melanocytes suggesting the involvement of the inflammasome in tumor progression. In order to evaluate if the genetics of the inflammasome could contribute to the susceptibility to the development of malignant melanoma, we analyzed 10 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in five inflammation related genes (NLRP1, NLRP3, CARD8, IL1B, IL18) in a case/control Brazilian cohort of melanoma. In addition, the expression of inflammatory genes was evaluated in biopsies of melanoma and nevus tumors. We recruited 198 melanoma patients and 142 healthy donors. Tumor/nevus biopsies were obtained from 15 of 198 melanoma patients and five of 142 healthy controls, respectively. We used the real-time PCR technique for specific allele with specific probes using TaqMan ® assays for genotyping of DNA samples from melanoma cases/controls and for studies of expression of specific genes of inflammasome from RNA samples of tumor biopsy and nevus, respectively. We have found that SNP rs6509365 in CARD8 was significantly more common in healthy controls than in melanoma patients, suggesting a protective effect of this variant for the development of melanoma. Corroborating this finding, CARD8 expression was found to be increased in melanoma biopsies compared to nevus expression. In addition, stratification of the data showed that variant rs11651270 in NLRP1 was associated with nodular melanoma; rs1143643 in IL1B at low levels was associated with invasiveness (Breslow score) and rs5744256 in IL18 was associated with melanoma development in sun sensitive individuals. Biopsy analysis of tumors further showed that IL-1? expression was up-regulated, especially in samples from individuals who had metastases, whereas IL-18 was down-regulated compared to expression in nevus. Together our results demonstrated for the first time the contribution of the inflammation related genes CARD8, IL1B and IL18 to melanoma

Melanoma, a forma mais agressiva de câncer de pele, é um tumor maligno dos melanócitos. Além dos riscos ambientais tais como a radiação UV e fenótipo de pele do indivíduo, a genética também tem sido descrita como um fator de risco para o desenvolvimento de melanoma. Recentemente foi relatado que a malignidade do melanoma está diretamente relacionada com a secreção constitutiva da citocina inflamatória IL-1? em melanócitos transformados, sugerindo o envolvimento do inflamassoma na progressão tumoral. Com a finalidade de avaliar se a genética do inflamassoma poderia contribuir para a susceptibilidade ao desenvolvimento do melanoma maligno esporádico no presente trabalho analisamos 10 polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em cinco genes do inflamassoma (NLRP1, NLRP3, CARD8, IL1B, IL18) numa coorte brasileira caso/controle de melanoma. Além disso, a expressão de genes do inflamassoma foi avaliada em biópsias de tumores de melanomas e nevos benignos. Para tanto recrutamos 198 pacientes de melanoma e 142 doadores saudáveis. As biópsias de tumores/nevos foram obtidas de 15 dos 198 pacientes de melanoma e de cinco dos 142 controles saudáveis, respectivamente. Utilizamos a técnica de PCR em tempo real com alelo e sondas específicas em ensaios com TaqMan® para os ensaios de genotipagem de amostras de DNA dos casos/controles de melanoma e para estudos de expressão de genes específicos do inflamassoma, em amostras de biopsias de tumores e nevos, respectivamente. Verificamos que o SNP rs6509365 em CARD8 foi significativamente mais comum em controles saudáveis do que em pacientes de melanoma, sugerindo um efeito protetivo da variante para o desenvolvimento de melanoma. Corroborando com este achado, a expressão de CARD8 foi encontrada aumentada em biópsias de melanoma em comparação com a expressão em nevo. Além disso, a estratificação dos dados mostrou que a variante rs11651270 em NLRP1 associada com melanoma nodular; rs1143643 em IL1B, amplificado em níveis baixos, foi associado com invasividade (índice de Breslow) e rs5744256 em IL18 foi associado com desenvolvimento de melanoma em pessoas sensíveis ao sol. A análise em biópsias dos tumores ainda mostrou que a expressão de IL-1beta foi regulada positivamente, especialmente em amostras de indivíduos que apresentaram metástases, enquanto que IL-18 foi negativamente regulada comparada com a expressão em nevos. Em conjunto nossos resultados demonstram, pela primeira vez, a contribuição dos genes do inflamassoma CARD8, IL1B e IL18 ao melanoma / Melanoma, the most aggressive form of skin cancer, is a malignant melanocyte tumor. In addition to environmental risks such as UV radiations, individual\'s skin phenotype and genetics has also been described as potential risk factors for the development of melanoma. It has recently been reported that malignant melanoma is directly related to the constitutive secretion of the inflammatory cytokine, IL-1?, in transformed melanocytes suggesting the involvement of the inflammasome in tumor progression. In order to evaluate if the genetics of the inflammasome could contribute to the susceptibility to the development of malignant melanoma, we analyzed 10 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in five inflammation related genes (NLRP1, NLRP3, CARD8, IL1B, IL18) in a case/control Brazilian cohort of melanoma. In addition, the expression of inflammatory genes was evaluated in biopsies of melanoma and nevus tumors. We recruited 198 melanoma patients and 142 healthy donors. Tumor/nevus biopsies were obtained from 15 of 198 melanoma patients and five of 142 healthy controls, respectively. We used the real-time PCR technique for specific allele with specific probes using TaqMan ® assays for genotyping of DNA samples from melanoma cases/controls and for studies of expression of specific genes of inflammasome from RNA samples of tumor biopsy and nevus, respectively. We have found that SNP rs6509365 in CARD8 was significantly more common in healthy controls than in melanoma patients, suggesting a protective effect of this variant for the development of melanoma. Corroborating this finding, CARD8 expression was found to be increased in melanoma biopsies compared to nevus expression. In addition, stratification of the data showed that variant rs11651270 in NLRP1 was associated with nodular melanoma; rs1143643 in IL1B at low levels was associated with invasiveness (Breslow score) and rs5744256 in IL18 was associated with melanoma development in sun sensitive individuals. Biopsy analysis of tumors further showed that IL-1? expression was up-regulated, especially in samples from individuals who had metastases, whereas IL-18 was down-regulated compared to expression in nevus. Together our results demonstrated for the first time the contribution of the inflammation related genes CARD8, IL1B and IL18 to melanoma

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Thesis (M.Sc.). / Written for the Institute of Parasitology. Title from title page of PDF (viewed 2008/07/29). Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2007. / Vita. Includes bibliographical references (p. 121-126).

Thesis (M.S.)--University of Texas Health Science Center at Houston, School of Public Health, 2007. / Source: Masters Abstracts International, Volume: 46-01, page: 0238. Adviser: Marsha Frazier. Includes bibliographical references.