Thesis (M.Sc.). / Written for the Institute of Parasitology. Title from title page of PDF (viewed 2008/07/29). Includes bibliographical references.

Source: Dissertation Abstracts International, Volume: 69-09, Section: B, page: 5301. Adviser: Eric Boerwinkle. Includes bibliographical references.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:24:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:30:40Z : No. of bitstreams: 1 000851181.pdf: 995768 bytes, checksum: 291b7a6204ae963d850eb7c3b74f4c19 (MD5) / Espécies de Eucalyptus têm sido utilizadas com sucesso para plantios florestais devido ao seu rápido crescimento, sua capacidade de adaptação às diversas condições climáticas e pelo seu potencial econômico na produção de energia, fibra e madeira sólida, reduzindo assim a pressão sobre as florestas tropicais e a biodiversidade associada. Investimentos em pesquisas e desenvolvimento estão sendo realizados pelo setor florestal, no intuito de aumentar os ganhos de produtividade através da pesquisa na área da biologia molecular. Visto que características anômalas nas progênies podem gerar perdas na produtividade, a identificação e caracterização dos genes relacionados a anomalias são muito importantes no auxílio em programas de melhoramento genético. Ao realizar um cruzamento controlado de Eucalyptus grandis, a empresa Suzano Papel e Celulose detectou uma anomalia com segregação mendeliana 3:1 (normais:anômalas) na progênie. As características eram bem significativas se comparadas com as plantas normais, tais como diferenças na altura, diâmetro da base do caule, tamanho das folhas e morte em poucos meses. Estudos anteriores identificaram uma marca molecular ligada à anomalia, e análises de comparação da sequência contra o banco de dados de eucalipto demonstrou identidade com proteínas da família Bet v1 PR10 (Pathogenesis-related protein 10), embora não estivesse claro o envolvimento deste gene no desenvolvimento da anomalia. Outros estudos traçaram o perfil transcricional dos fenótipos contrastantes pela técnica de RNAseq. Dentre os genes diferencialmente expressos, através do enriquecimento funcional, destacaram-se os pertencentes as famílias Bet v1, quitinase classe I e taumatina, todos relacionados à resposta contra patógenos, sugerindo que a anomalia seja causada pela ativação do sistema imune da planta (resposta autoimune). Com o intuito de se obter mais informações sobre à patogênese da... / Eucalyptus species have been successfully used for forest plantations. Some intrinsic features such as rapid growth, adaptability to various weather conditions and economic potential in energy production, fiber and solid wood, help to reduce pressure on tropical forests and associated biodiversity. Investments in research and development on molecular biology arebeing carried out by forestry sector in order to increase productivity gains. Since anomalous characteristics of progeny may generate productivity loss, gene identification linked to abnormalities are crucial for breeding programs. During a controlled crossing with Eucalyptus grandis, the Suzano Papel e Celulose enterprise detected an atypical Mendelian segregation 3: 1 (normal: abnormal). Significant phenotypic differences concerning height, stem base diameter, and leaf size appeared, as well as an unusual early death, when compared to normal plants. Previous studies identified a molecular tag attached to this anomaly. Sequence comparison analysis of eucalyptus database showed identity with Bet v1 PR10 protein family (Pathogenesis-related protein 10). However, gene involvement in developing such aberration is undetermined. Other studies found a transcriptional profile of contrasting phenotypes by RNAseq technique. Among differentially expressed genes by functional enrichment highlighted those belonging to Bet v1 families, chitinases class I, and thaumatin, all related to pathogenic response. This fact suggests that aberration is caused by the plant immune system activation (autoimmune response). To investigate the pathogenesis of such genetic disorder, three approaches were adopted: (i) SNPs identification among the differentially expressed genes of Bet v1 families, chitinase, and thaumatin, (ii) miRNAs identification with potential binding to mRNAs differentially expressed genes, and (iii) check of possible influence of differentially expressed gene products on ...

Orientadores: José Paulo Cabral de Vasconcellos, Mônica Barbosa de Melo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T22:51:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_BibianaAmeliaCosimdos_M.pdf: 2658658 bytes, checksum: ff5d14370ccba56de1fdd33e8d363ac9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O glaucoma primário de ângulo aberto (GPAA) é uma doença neurodegenerativa. Suas características clínicas incluem lesão progressiva do disco óptico com perda de campo visual correspondente. Vários fatores de risco estão associados para sua instalação e desenvolvimento¸ o principal é o aumento da pressão intra-ocular (PIO). Apesar de ser uma doença de herança complexa, foi possível, através da biologia molecular, identificar quatro genes associados a esta forma de glaucoma por meio de estudos de ligação em famílias com esta afecção. O primeiro foi o gene MYOC, descrito em 1997, seguido pelos genes OPTN, WDR36 e NTF4, identificados em 2002, 2005 e 2009, respectivamente. Existem outros 14 loci já descritos em famílias com GPAA com padrão de herança autossômico dominante, cujos genes associados ao glaucoma não foram ainda identificados. Desta forma, através de marcadores do tipo microssatélites - escolhidos a partir do mapa genético humano Généthon serão avaliados os loci candidatos (GLC1A e GLC1J - GLC1N) associados ao glaucoma primário de ângulo aberto em duas famílias informativas portadoras de GPAA. Simultaneamente, será realizada a análise de ligação nestas mesmas famílias por meio de lâminas ou microarrrays de single nucleotide polymorphisms (SNPs) utilizando-se o GeneChip® Mapping 10K 2.0. Na primeira abordagem por meio de microssatélites foram avaliados 33 indivíduos da família 1 e 18 indivíduos da família 2 enquanto que na análise por meio das lâminas de SNPs foram investigados 19 membros da família 1 e 11 membros da família 2. Não houve ligação dos loci investigados: GLC1A, GLC1J - GLC1N em ambas as famílias com o GPAA. Entretanto, na análise de ligação por meio de lâminas de SNPs sugeriu possíveis regiões candidatas associadas ao GPAA (lod score maior do que 2) nos cromossomos 5q31.2 - 31.3 e 2p22.3 - 23.1 / Abstract: Primary open-angle glaucoma is a neurodegenerative disease. Clinical features include progressive damage of the optic disc with corresponding visual field loss. Several risk factors are associated with installation and development, the main is a increased of intraocular pressure (IOP). Although a disease of complex inheritance, it was possible, through molecular biology, identify four genes associated with this form of glaucoma through linkage studies in families with this disease. The first was the MYOC gene, described in 1997, followed by the OPTN genes, WDR36 and NTF4, identified in 2002, 2005 and 2009, respectively. There are 14 other loci already described in POAG families with autosomal dominant, whose genes associated with glaucoma have not yet been identified. Thus, through microsatellite markers - chosen from the human genetic map Généthon will evaluate candidate loci (GLC1A and GLC1J - GLC1N) associated with primary open-angle glaucoma in two informative families carriers from POAG. Simultaneously, will be performed a linkage analysis in these same families through "microarrrays" of "single nucleotide polymorphisms" (SNPs) using the GeneChip Mapping 10K 2.0 ®. In the first approach through microsatellites were evaluated 33 individuals of Family 1 and 18 individuals of Family 2 while the analysis through SNPs were investigated in 19 member of family 1 and 11 members of family 2. There was no linkage of investigated loci: GLC1A, GLC1J - GLC1N in both families with POAG. However, in linkage analysis through SNPs suggested possible candidate regions associated with POAG (lod score greater than two) in the chromosome 5q31.2 - 2p22.3 and 31.3 - 23.1 / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestra em Clínica Médica

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T06:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marconi_ThiagoGibbin_D.pdf: 16468359 bytes, checksum: 01e191ac164eff1d269733328f5be31e (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A utilização dos marcadores moleculares em estudos de mapeamento genético e de QTLs (Quantitative Trait Loci) tem proporcionado um importante progresso no conhecimento da genética e da estrutura genômica da cana-de-açúcar. O projeto de sequenciamento de ESTs (Expressed Sequence Tags) do programa Genoma da FAPESP (SUCEST) identificou aproximadamente 43 mil clusters que representam os genes de cana-de-açúcar. Sabe-se que os ESTs apresentam grande potencial para serem utilizados no desenvolvimento de marcadores genético-moleculares. Tendo em vista os avanços possíveis no melhoramento genético da cana-de-açúcar com a construção de um mapa genético funcional a partir de ESTs de interesse, este trabalho teve como objetivos o mapeamento genético em uma população F1 de cana-de-açúcar utilizando marcadores moleculares do tipo EST-SSRs (Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats) e SNP (Single Nucleotide Polymorphism), desenvolvidos a partir de seqüências ESTs homólogas a genes de interesse. Os SNPs desenvolvidos e mapeados demonstraram novos tipos de segregações possíveis de serem incorporadas ao mapeamento genético em cana-de-açúcar, representando avanços para a análise genética de poliplóides e possibilitando a saturação do mapa genético com marcadores completamente informativos. Os marcadores moleculares EST-SSRs e SNPs desenvolvidos e integrados ao mapa genético da cana-de-açúcar aumentaram sua resolução e também as possibilidades de mapeamento dos QTLs com maior precisão / Abstract: The use of molecular markers in genetic mapping studies and QTL (Quantitative Trait Loci) has provided an important advance in knowledge of genetics and genomic structure of sugarcane. The sequencing project of ESTs (Expressed Sequence Tags) form FAPESP's Genome Program (SUCEST) identified approximately 43 000 clusters representing the sugarcane genes. It is known that the ESTs have great potential for use in the development of genetic molecular markers. Given the possible advances in genetic breeding of sugarcane with the construction of a functional genetic map from ESTs of interest, the aim of this study was the construction of a genetic map in a F1 population of sugarcane using molecular markers EST-SSR (Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) derived from ESTs sequences homologous to genes of interest. The developed and mapped SNPs demonstrated new types of segregation ratio that could be incorporated in the genetic mapping of sugarcane, representing advances for the genetic analysis of polyploid and allowing the saturation of the genetic map with fully informative markers. The EST-SSR markers and SNPs developed and integrated into the genetic map of sugarcane increased the resolution, coverage of the genome and also the possibilities of mapping QTLs with greater precision / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Marcelo Mollinari / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:08:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_EstelaAraujo_D.pdf: 11739408 bytes, checksum: 278f864d2e779d0170b184a660242954 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A grande importância da cana-de-açúcar e seus derivados tem resultado em grande investimento financeiro e científico. Esse fato se deve, principalmente, à complexidade do genoma da cana e às dificuldades encontradas na obtenção de novas cultivares mais produtivas, através dos métodos tradicionais de seleção. A construção de mapas genéticos de ligação permite associar locos mapeados com características de interesse econômico, podendo acelerar o processo de melhoramento da espécie. Logo, a utilização dos marcadores em estudos de mapeamento genético e de QTL¿s (Quantitative Trait Loci) tem proporcionado um importante progresso no conhecimento da estrutura genética e genômica da cana-de-açúcar. Utilizando uma população segregante derivada do cruzamento entre as variedades comerciais IACSP95-3018 e IACSP93-3046, contendo 187 indivíduos F1, esta tese teve como objetivo realizar o mapeamento genético funcional e o mapeamento de QTLs de características de importância econômica. Para tanto, as características avaliadas foram diâmetro, peso, altura, porcentagem de fibra, conteúdo de sacarose (Pol) e conteúdo de sólido solúvel (Brix), em dois locais, por três anos (2012, 2013 e 2014) que se juntaram a dois outros anos, previamente coletados. O mapa se originou de 421 marcas (SSRs, AFLP e SNPs em dose única) ligadas, e resultou em 118 grupos de ligação e 16 grupos de homologia, com cobertura de 4512,6 cM. Utilizando mapeamento por intervalo composto (CIM), os QTLs foram mapeados, gerando um total de 25 QTLs, sendo seis QTLs para diâmetro, cinco para peso, quatro para altura, cinco para fibra, dois para Pol e três para Brix. A proporção da variação fenotípica explicada por QTL variou de 0,069% a 3,87%. Em paralelo, realizou-se o desenvolvimento de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) em genes envolvidos em duas vias metabólicas de extrema importância para a cana-de-açúcar, a via de Fotossintética C4 e a via de Metabolismo de Sacarose. No total, 130 locos SNPs foram desenvolvidos, analisados e caracterizados pelo programa SuperMASSA. Estimando a ploidia e a dosagem alélica de cada loco SNP, um alto número de locos SNPs com ploidias elevadas foi detectada, resultando na identificação de aproximadamente 80% dos locos estudados com evidências de, ao menos, duplicação no genoma de parentes próximos a cana-de-açúcar (sorgo, milho ou arroz). Os resultados desta tese podem auxiliar programas de melhoramento da espécie pela identificação de marcadores SNPs em genes relacionados a características de interesse econômico e o mapeamento de QTLs para também características de mesmo interesse / Abstract: The importance of sugarcane crop has resulting in a high financial and cientific support. Because, mainly, the genetic complexity of sugarcane genome and the difficult to create new varieties, using traditional breeding methods.The genetic linkage map allow find molecular markers associated with important economic traits, helping to accelerate the breeding process. In this way, molecular markers associated with genetic mapping and QTLs (Quantitative Trait Loci) mapping are important tools to improve the knowledge about the genetic and genomic organization of sugarcane genome. The segregating population of sugarcane consisted of 187 F1 individuals derived from a cross between IACSP95-3018 and IACSP93-3046, this thesis aimed perform a functional genetic mapping and QTLs mapping of economic importance. Thus, yield components evaluated were stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), stalk number (SN), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol), and soluble solid content (Brix) in two places for three harvest years (2012, 2013 and 2014), adding with two previously collected. The genetic linkage map had a total of 421 markers (SSRs, AFLP and SNPs in single dose) linked, resulting in 118 linkage groups and 16 putative homology groups, with a total length of 4512,6 cM. Using Composite Interval Mapping (CIM), a total of 25 QTL were detected for SD (six QTLs), SW (five QTLs), SH (four QTLs), Fiber (five QTLs), Pol (two QTLs) and Brix (three QTLs). The proportion of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069% to 3.87%. Adding this thesis, the development of SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) markers was performed, using genes involved in two important metabolic pathways for sugarcane, the C4 Photosynthesis and the Sucrose Metabolism, in total 130 locus SNPs were developed, analyzed and characterized using SuperMASSA software. Ploidy level and allelic dosage were estimated in each SNP loco and a high number of high ploidy level was detected, this result induced to search for evidence for gene duplication on the sugarcane genome, resulting in 80% of studied loci showing duplication regions in at least one relative genome from sugarcane (sorghum, maize or rice). Our results can help sugarcane breeding programs, by SNPs markers identification in genes of economic interesting traits and the QTL mapping for also interesting economic traits / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

A incompetência istmo cervical é uma importante causa de prematuridade. Atualmente, o componente genético está relacionado ao parto prematuro, dentre os quais os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de alguns genes candidatos estão associados. Os SNPs nos genes do colágeno, da matrix extracelular e das de interleucinas têm relação direta com o comprimento do colo uterino podendo relacionar-se com o encurtamento do colo uterino, como também ocorre na incompetência cervical. Este estudo tem o objetivo de associar a frequência dos SNPs dos genes do COL1 A1, COL 4A3, TGF-B e TIMP2 à história de incompetência cervical. Foi realizado estudo de caso controle com grupo de pacientes, que realizaram cerclagem do colo uterino na última gestação e o grupo de pacientes com antecedente de gestação a termo (controle). Em sangue periférico, foi extraído DNA, realizadas reações de PCR com primers específicos para os SNPs de interesse em 62 amostras preparadas para sequenciamento de última geração pelo Ion Torrent. Houve leitura satisfatória em 57 amostras, sendo 28 casos e 29 controles. A frequência do SNPS do COL1A1 no grupo caso foi de 70,4% versus 33,3% no grupo controle (p=0,03). Os SNPs do COL4A3 e do TIMP2 apresentaram associação com o antecedente de abortos totais (p=0,02 e p=0,023) e abortos tardios (p=0,001 e p=0,034); para os demais SNPs não houve diferença em frequência entre os grupos caso e controle. Foram identificados SNPs exônicos ainda não descritos na literatura. O presente estudo observou uma maior taxa de homozigoze T/T para o SNP COL1A1 no grupo caso, que é um gene associado ao metabolismo do colágeno, além de identificar SNPs ainda não descritos na literatura, que poderão ser objeto de estudo no futuro para conhecimento da sua repercussão na composição do colágeno / Cervical incompetence is one of the most important causes of prematurity. It has already been suggested that genetic factors plays a significant hole in determining the risk of preterm birth and the single nucleotide polimofisms (SNPS) from candidate genes are associated. Polymorfisms in several genes such as the collagen, the extracelular matrix and the interleucins, are related to abnormal cervical length, as it occurs in cervical incompetence. The aim of this study, was to associate the frequency of the SNPs in the COL1A1, COL4A3, TGF-B and TIMP2 genes to the cervical incompetence. We conduced a case control study with patients submitted to cervical cerclage and a control group with women who delivery at term. DNA was isolated from blood samples and amplifications of the genomic DNA were performed by PCR protocol with specific primers for the SNPs. DNA sequencing of 62 samples, was obtained from next generation sequencing on the Ion Torrent. A total of 57 samples, including 28 cases and 29 controls had results available. The frequency of the SNP in COL1A1 in the case group was 70,4% versus 33% in the control group (p=0,03). The SNPS in COL4A3 and TIMP2 were significant related to the history of miscarriages (p=0,2 and p=0,023) and fetal losses (p=0,001 and p=0,034) No significant differences were observed in the frequencies for the others SNPs in the two groups. In the present study, non described exonic SNPs were discovered. Higher frequencies of the homozygous T/T genotype in COL1A1 were observed in the case group involving the collagen metabolism and the non described exonic SNPs might be associated to collagen abnormalities in future studies

A síndrome dos ovários policísticos (SOP) é um distúrbio endócrino complexo e heterogêneo, caracterizado por hiperandrogenismo e anovulação crônica. Dentre as manifestações clínicas do hiperandrogenismo, o hirsutismo é o mais frequente e pode estar presente em cerca de 70% das pacientes com SOP. Sabe-se que o crescimento e diferenciação do pelo são regulados por fatores locais, endócrinos, parácrinos e genéticos. No entanto, a fisiopatologia do hirsutismo ainda é pouco conhecida. O gene BMP4 (que codifica a Proteína Morfogenética Óssea-4) relaciona-se ao controle do crescimento e diferenciação do pelo, porém não há estudos sobre seu papel no hirsutismo em mulheres com síndrome dos ovários policísticos. Foram estudadas 245 mulheres, 142 SOP e 103 controles em que analisaram-se os polimorfismos rs4898820 e 538 T/C, para verificar frequências genotípicas e alélicas. Nas pacientes com SOP foi investigada a existência de associação entre esses polimorfismos e hirsutismo e parâmetros laboratoriais e clínicos. Não houve diferença significante na frequência dos polimorfismos entre os grupos. Não houve associação dos polimorfismos com hirsutismo. Quando analisados os exames laboratoriais das mulheres com SOP, houve associação do genótipo mutado do polimorfismo 538 T/C (CC) com níveis mais altos de SHBG, menores de glicemia e maior sensibilidade à insulina. Houve também associação entre os alelos mutados (CC ou TC), com menores níveis de testosterona livre. Encontrou-se diferença significante para o FSH nas portadoras do genótipo mutado para o polimorfismo rs4898820 (TT). Não houve associação dos polimorfismos com hirsutismo / Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a complex and heterogeneous endocrine disorder characterized by chronic anovulation and hiperandrogesnism. Among the clinical manifestations of hyperandrogenism, hirsutism is the most frequent and may be present in approximately 70% of patients with PCOS. It is known that the hair growth and differentiation are coordinated by local, endocrine, paracrine and genetic factors. However, the pathophysiology of hirsutism is poorly understood. BMP-4 (Bone Morphogenetic Protein-4) is a gene involved in the hair growth and differentiation, but there are no studies about its action in hirsutism in women with polycystic ovary syndrome. A total of 245 women, 142 with PCOS diagnostic and 103 control women were studied to investigate the the allelic frequency of the single nucleotide polymorfisms rs4898820 and 538 T/C in PCOS in comparison with the control group. In PCOS group, we sought to investigate a possible association between the genetic variations and the hirsutism. There were no differences for the polymorphisms between groups. There was no association between the genotypes and the presence of hirsutism in PCOS women. When the polymorphisms were analyzed in the PCOS group, those who had homozygous genotype for 538 T/C (CC) had lower levels of SHBG, lower levels of glucose and better insulin sensitivity. Mutated allele (CC or TC), were associated with lower levels of free testosterone. Those who had the mutated genotype for the polymorphism rs4898820 (TT) had higher levels of FSH

Introdução: A progressão da hepatite C crônica para fibrose hepática envolve diversos fatores, entre os fatores metabólicos destaca-se a esteatose hepática. A esteatose hepática na infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é complexa e envolve fatores virais e do hospedeiro. Alguns polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) parecem influenciar as concentrações dos lipídeos plasmáticos e o desenvolvimento da esteatose hepática em pacientes com HCV. Objetivo: Detectar e avaliar a influência dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q no gene da proteína de transferência de triglicerídeo microssomal (MTTP) na esteatose hepática e nos níveis de lipídeos plasmáticos em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Os SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q foram genotipados em 236 pacientes com hepatite C crônica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. A genotipagem foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase seguida de análise de polimorfismo de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP), na qual após a amplificação de um fragmento específico do DNA foi realizada a digestão por enzimas de restrição e as bandas referentes a cada genótipo foram visualizadas em gel de agarose. Foi avaliada a associação de características com os genótipos de cada SNP em diferentes modelos genéticos (codominante, dominante e recessivo). Foram realizadas análises estatísticas bivariadas e multivariadas com o auxílio do programa IBM-SPSS. Resultados: No presente estudo, 56,4% dos participantes eram mulheres e a média de idade foi 55,5 anos (29-83 anos). O genótipo mais prevalente do SNP -164T/C foi o homozigoto selvagem (TT) e dos SNPs -400A/T e H297Q foram os heterozigotos (AT e HQ, respectivamente). As frequências dos alelos mutados dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q foram de 0,30, 0,41 e 0,50, respectivamente. As distribuições genotípicas dos três SNPs no gene MTTP estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. O alelo mutado do SNP -164T/C foi associado com idade avançada, presença de hipertensão arterial, níveis elevados de ferro, ferritina e insulina (p < 0,05). Sendo que o nível elevado de insulina foi associado com o SNP -164T/C nos três modelos genéticos estudados. O alelo mutado do SNP -400A/T foi associado com diabetes (p=0,005) e o alelo selvagem com siderose (p=0,030) nos modelos genéticos co-dominante e dominante. O alelo mutado do SNP H297Q foi associado com o genótipo 3 do HCV (modelo co-dominante), presença de hipertensão arterial (modelos co-dominante e dominante) e nível elevado de insulina (modelo dominante) (p < 0,05). Nenhum dos SNPs foi associado com alterações nos níveis de lipídeos e com os diferentes graus de esteatose hepática. A presença do alelo mutado do SNP -164T/C em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, foi associada na análise multivariada com a esteatose (p=0,004). Ainda em relação ao SNP-164T/C, o nível elevado de GGT em conjunto com a presença do alelo mutado foi associado com a esteatose (p=0,006). A presença do alelo mutado do SNP -400A/T em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, também foi associada com a esteatose (p=0,032). A análise do SNP H297Q em conjunto com as características avaliadas não apresentou associação com a esteatose (p > 0,05). Conclusões: Foi detectada a presença de todos os genótipos dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q no gene MTTP e não foram associados com alterações nos níveis de lipídeos. A esteatose hepática em pacientes com hepatite C crônica foi associada com os SNPs -164T/C e -400A/T em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, e com o SNP -164T/C em conjunto com elevação no nível de GGT. Portanto, em pacientes com hepatite C crônica, as características do hospedeiro e do vírus podem ser investigadas em conjunto / Introduction: The chronic hepatitis C progression to liver fibrosis involves several factors; among the metabolic factors, hepatic steatosis is observed. Hepatic steatosis in hepatitis C virus (HCV) infection is complex, involves both viral and host factors. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) seem to influence the plasma lipid concentrations and the development of hepatic steatosis in HCV patients. Objective: Detect and evaluate the influence of the -164T/C, -400A/T, and H297Q SNPs in the microsomal triglyceride transfer protein (MTTP) gene on hepatic steatosis and plasma lipid levels in patients with chronic hepatitis C. Methods: The -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs were genotyped in 236 patients with chronic hepatitis C of the Clinical Hospital of the School of Medicine, University of Sao Paulo. Genotyping was performed by the polymerase chain reaction assay followed by restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis, in which after the amplification of a specific DNA fragment, digestion was performed by restriction enzymes and each genotype bands were visualized on agarose gel. Several characteristics were evaluated with the genotypes of each SNP in different genetic models (codominant, dominant and recessive). Bivariate and multivariate statistical analyzes were performed using the software IBM-SPSS. Results: In the present study, 56.4% of the participants were women and the mean age was 55.5 years (29-83 years). The most prevalent genotype of the -164T/C SNP was the wild-type homozygous (TT) and the -400A/T and H297Q SNPs were the heterozygous (AT and HQ, respectively). The frequencies of mutated alleles in the -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs were 0.30, 0.41 and 0.50, respectively. The genotype distributions of three SNPs in the MTTP gene were in Hardy-Weinberg equilibrium. The mutated allele of the -164T/C SNP was associated with advanced age, presence of arterial hypertension, elevated levels of iron, ferritin and insulin (p < 0.05). The elevated insulin level was associated with the SNP -164T/C in the three genetic models studied. The mutated allele of the -400A/T SNP was associated with diabetes (p=0.005) and the wild-type allele with siderosis (p=0.030) in co-dominant and dominant genetic models. The mutated allele of H297Q SNP was associated with HCV genotype 3 (co-dominant model), presence of arterial hypertension (codominant and dominant models) and elevated insulin level (dominant model) (p < 0.05). None of the SNPs were associated with alterations in lipid levels and with hepatic steatosis distinct degrees. The presence of mutated allele of the -164T/C SNP combined with HCV genotype 3 infection was associated in the multivariate analysis with steatosis (p=0.004). Also with regard to -164T/C SNP, elevated levels of GGT combined with the presence of the mutated allele were associated with steatosis (p=0.006). The presence of the mutated allele of the -400A/T SNP combined with HCV genotype 3 infection was also associated with steatosis (p=0.032). The analysis of the H297Q SNP combined with the characteristics evaluated was not associated with steatosis (p > 0.05). Conclusions: The presence of all genotypes of the -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs in the MTTP gene was detected and was not associated with alterations in lipid levels. Hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C was associated with the -164T/C and -400A/T SNPs combined with HCV genotype 3 infection, and with the -164T/C SNP combined with elevated GGT level. Therefore, in patients with chronic hepatitis C, host and virus characteristics can be investigated in combination

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2016-10-07T13:26:52Z No. of bitstreams: 1 SIMONE SOUZA FAGUNDES.pdf: 1864838 bytes, checksum: 28db816101558781ede4b2fb42be7695 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-07T13:26:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SIMONE SOUZA FAGUNDES.pdf: 1864838 bytes, checksum: 28db816101558781ede4b2fb42be7695 (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / Breast cancer is the most frequent in the world and Brazilian women, except for cases of skin cancer nonmelanoma. It is a complex disease that has no single cause, results from the interaction of multiple risk factors (environmental, hormonal, lifestyle) with an individual genome (Pruthi et al., 2007). Polymorphism of codon 72 of TP53 gene is well studied because of the impact on the coding sequence of the gene is also associated with increased risk for the development of some cancers. The TP53 polymorphism in exon 4 of the 72 codon results in the substitution of arginine (Arg) or proline (Pro), which may encode an arginine (p53Arg) or a proline (p53Pro). This is a job that made the update meta-analysis on the association between the R72P polymorphism of the TP53 gene in patients with breast cancer considering a broad sample obtained from studies with conflicting data, making a statistical method that combines results of relevant studies to answer a question, search available evidence and points out the areas where there is need for more research. After search of the articles surveyed in multiple databases were selected for performing the metaanalysis a total of 47 articles totaling 27,068 cases and 28,065 controls. The organization of the articles was according to the year of publication, covering studies from 2002 to 2015. The results found worldwide about codon 72 polymorphism in p53 are quite conflicting, suggesting that it is due to ethnic and geographic factors that impact each continent evident. Although several studies show the wide variety can occur between genotypes and codon 72 alleles, identifying significant results for Arg / Arg genotype and allele arginine suggesting that this meta-analysis corroborates for therapies, diagnostics and more studies in this area. / O câncer de mama é o mais incidente na população feminina mundial e brasileira, excetuando-se os casos de câncer de pele não melanoma. É uma doença complexa que não tem causa única, resulta da interação de múltiplos fatores de risco (ambientais, hormonais, estilo de vida) com um genoma individual (Pruthi et al., 2007). O polimorfismo do códon 72 do gene TP53 é bastante estudado devido ao impacto na sequência codificadora do gene, além de estar associado ao maior risco para o desenvolvimento de alguns tipos de câncer. O polimorfismo do gene TP53 no éxon 4 do códon 72, resulta na substituição de Arginina (Arg) ou Prolina (Pro), que pode codificar um aminoácido arginina (p53Arg) ou uma prolina (p53Pro). Este é um trabalho que fez a atualização de metanálise sobre associação entre o polimorfismo R72P do gene TP53 em pacientes com câncer de mama considerando uma ampla amostragem obtidos de estudos com dados conflitantes, fazendo uma abordagem estatística que combina resultados de estudos relevantes para responder a uma questão, busca evidências disponíveis e aponta as áreas onde há necessidade de mais pesquisas. Após busca dos artigos pesquisados em várias bases de dados foram selecionados para a realização da metanálise um total de 47 artigos somando 27.068 casos e 28.065 controles. A organização dos artigos foi de acordo com o ano de publicação, contemplando estudos de 2002 a 2015. Os resultados encontrados mundialmente a respeito do polimorfismo do códon 72 na p53 são bastantes conflitantes, sugerindo que seja devido a fatores étnicos e geográficos que impactam em cada continente de forma evidente. Apesar de vários estudos mostrarem a grande variedade pode ocorrer entre os genótipos e alelos do códon 72, identificando resultados significativos para o genótipo Arg/Arg e o alelo arginina sugerindo que esta metanálise corrobora para terapias, diagnósticos e mais estudos nesta área.