O avanço agrícola é uma das maiores causas da fragmentação de habitats, levando à diminuição e ao isolamento de áreas naturais. Assim, torna-se importante compreender qual papel da estrutura e dinâmica da paisagem na manutenção da biodiversidade local. Este estudo teve como objetivo descrever a estrutura de uma comunidade de mamíferos de médio e grande porte em paisagem fragmentada agrícola, considerando a estrutura e dinâmica da paisagem. O estudo foi realizado em unidades de paisagem (16 Km2) com matriz predominante de pasto (n = 2) e cana-de-açúcar (n = 3) (bacia do rio Corumbataí, São Paulo) de maio a outubro de 2010. O levantamento da comunidade de mamíferos foi realizado através de busca ativa por pegadas, em 15 transectos alocados nas margens de riachos, com distância percorrida padronizada em 200 m. No entorno de cada transecto foram gerados buffers (250, 500, 1000 e 2000 m de raio), para o cálculo de índices de estrutura (porcentagens dos usos do solo, densidade de drenagem, densidade de estradas e proximidade entre fragmentos) e de dinâmica (taxa anual de mudança e perfil da curva de mudança florestal) para cinco anos (1962, 1978, 1995, 2000 e 2008). A relação entre os índices de paisagem e a riqueza de espécies foi analisada através de um teste PCA (Análise de Componentes Principais), gerando um gráfico Biplot. Posteriormente, foi realizada regressão linear múltipla, para análise da influência da estrutura e dinâmica da paisagem sobre a riqueza de espécies e frequência de registros. Foram registradas 19 espécies, sendo 17 em unidades de cana-de-açúcar e 13 em unidades de pasto. A comunidade de mamíferos de médio e grande porte, presente nestas matrizes da bacia do rio Corumbataí, é representada, em grande parte, por espécies tolerantes a alterações ambientais da região. A espécie com maior frequência de registros foi Procyon cancrivorus, de hábito generalista, como a maior parte dos animais registrados. Pelo gráfico Biplot, o buffer de 1000 m foi o que melhor distinguiu os sítios amostrais em relação às matrizes de cana-de-açúcar e pasto. A riqueza apresentou relação positiva com a porcentagem de áreas florestais e densidade de drenagem. Em contrapartida, a riqueza mostrou relação negativa com a porcentagem de pasto. A riqueza e a frequência de registros não apresentaram diferença estatística significativa entre as matrizes e também não houve relação significativa entre os índices de paisagem e as variáveis dependentes. A similaridade entre a composição de espécies das comunidades amostradas nas matrizes foi de 57%. As relações entre a estrutura desta comunidade e a paisagem necessitam de mais esforços para serem melhor compreendidas, já que o método de levantamento utilizado neste estudo, assim como a escala espaço-temporal, não permitiram descrever tais relações. / Agricultural expansion is a major cause of habitat fragmentation, leading to a reduction and isolation of natural areas. It is therefore important to understand the role of agricultural landscape structure and dynamics in maintaining local biodiversity. We aimed to describe how the structure and dynamics of an agricultural landscape influenced the community of mid and large bodied mammals in the south of Brazil. From May to October 2010 we studied the mammal community in five 16 km2 landscape units located within the Corumbatai river basin, São Paulo. Landscape units contained a matrix of predominantly pasture (n = 2) and cane sugar (n = 3). We used track surveys along 15 transects (200m each) to sample the mammal community along river banks. To calculate indices of habitat structure and dynamics we generated buffers (250, 500, 1000 and 2000 m radius) around each of the transects. Within each of these distance buffers we calculated habitat structure indices (percentage of land use, drainage density, road density and proximity of fragments) and indices of habitat dynamics (annual rate of change and profile of the forest change curve) for five years (1962, 1978, 1995, 2000 and 2008). The relationship between landscape indices and species richness was analyzed through a PCA (Principal Component Analysis) and associated Biplot. Subsequently, multiple linear regression was performed to analyze the influence of landscape structure and dynamics on species richness and frequency of records. We recorded 19 species, 17 in cane sugar units and 13 in pasture units. The community of mid and large bodied mammals present in the habitat matrices of the Corumbataí river basin was represented mostly by generalist species tolerant of environmental changes. The most frequently recorded species was Procyon cancrivorus, a habit generalist. The PCA Biplot showed that the 1000m buffer was the one that best distinguished the sampling sites in relation to the sugar cane and pasture matrices. Species richness was positively related with the percentage of forested areas and drainage density. In contrast, richness was negatively related with the percentage of pasture. The richness and frequency of records showed no statistically significant difference between the two matrix types and there was no significant relationship between landscape indices and the dependent variables. The similarity between the species composition of the sampled communities in the matrices was 57%. Understanding the relationships between the composition of this community and the landscape structure and dynamics requires more efforts, as the survey method used in this study, and the spatiotemporal scale, do not permit the description of these relationships.

Novos marcadores genéticos foram caracterizados para jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris) pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. Um microssatélite foi desenvolvido a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (ACC/TGG)n e 12 a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (AC/TG)n. Esses marcadores foram testados em indivíduos da espécie Caiman latirostris e resultaram em sete novos microssatélites polimórficos. Adicionalmente quatro marcadores microssatélites de Alligator mississipiensis previamente transferidos para Caiman latirostris foram utilizados. Amostras de sangue jacarés-de-papo-amarelo originárias de várzeas associadas ao Rio Piracicaba e alguns de seus tributários no estado de São Paulo, Brasil, foram avaliadas quanto à variação genética entre populações e o parentesco entre indivíduos. Foi detectada variabilidade entre indivíduos originários de sitos diferentes, mesmo entre aqueles com pequena distância geográfica. Os resultados sugerem que os grupos amostrados em cada sítio são compostos predominantemente por indivíduos aparentados. Uma possível combinação de alta taxa de mortalidade e baixa taxa de natalidade pode ser a explicação do baixo número de indivíduos dispersos com sucesso por geração entre os sítios estudados. Esses marcadores podem auxiliar na compreensão dos processos metapopulacionais que aparentemente ocorrem na espécie. / New genetic markers were characterized for the broad-snouted caiman (Caiman latirostris) by constructing libraries enriched for microsatellite DNA. One microsatellite was developed from a (ACC/TGG)n enriched microsatellite DNA library and 12 from a (AC/TG)n enriched microsatellite DNA library. These markers were tested in Caiman latirostris individuals and resulted in seven new polymorphic microsatellites for the specie. Additionally four Alligator mississipiensis microsatellite markers previously transferred for Caiman latirostris were used. Samples from broad-snouted caimans from small wetlands associated with the Piracicaba River and some of its tributaries in the state of São Paulo, Brazil were used to study the genetic variation between populations and parentage between individuals. Genetic variability was detected among individuals from different sites, even those within a small geographic distance. The results suggest that the groups sampled at each site are composed predominantly of related individuals. A possible combination of high mortality and low natality rates in the fragmented Caiman latirostris populations may explain the low number of successfully dispersed individuals per generation observed between the sites studied. These markers might help to understand the metapopulation processes that are occurring within this species.

A Bacia do Corumbataí é usada como principal fonte de abastecimento de água para os municípios de Piracicaba e Rio Claro, sendo o Rio Passa-Cinco seu principal tributário. A Bacia do Passa-Cinco pode ser considerada um modelo conveniente para o estudo de conservação de biodiversidade por conter os principais agroecossistemas existentes no estado de São Paulo. Para que sejam estabelecidas estratégias conservacionistas, são necessárias informações de como a biodiversidade é afetada e quais estratégias as populações de espécie silvestres lançam mão para se manter em remanescentes florestais alterados. Pequenos mamíferos tais como roedores e marsupiais, podem ser considerados um bom grupo para ajudar a responder essas questões, pois esse grupo desenvolve um importante papel ecológico em ambientes florestais, através da predação e dispersão de sementes. De agosto de 2003 a janeiro de 2005 foram realizados levantamentos de pequenos mamíferos utilizando 160 armadilhas do tipo Sherman distribuídas em linhas, em 16 sítios amostrais, sendo 4 em cada tipo de ambiente predominante na paisagem: floresta nativa, plantações de Eucalyptus, plantações de cana-de-açúcar e pastagens. Durante esse período, foram capturados 177 indivíduos de roedores e marsupiais distribuídos em oito espécies, com um sucesso de captura de 0.77%. Houve diferença significativa entre os ambientes estudados em termos de abundância, mas não em termos de riqueza de espécies, podendo-se observar uma clara separação entre habitats florestais e não-florestais. Os remanescentes florestais nativos da região, aparentemente, perderam as espécies mais exigentes com relação à qualidade do habitat, de forma que a comunidade atual é formada basicamente de espécies generalistas e características de áreas degradadas. A perda de espécies florestais não somente altera a comunidade de pequenos mamíferos, como favorece o aparecimento de espécies de áreas não-florestais que podem trazer, entre outras coisas, problemas de saúde pública. Ainda assim, a comunidade de pequenos mamíferos da bacia do Rio Passa-Cinco é meritória de esforços conservacionistas, que devem priorizar estudos relacionando o cumprimento das leis ambientais com as alterações que isto possa gerar na comunidade de pequenos mamíferos. / The Corumbataí Basin is used as the main source of water supply for the municipal districts of Piracicaba and Rio Claro, being the Passa-Cinco River its main tributary. The Passa-Cinco river basin can be considered as a convenient model for the study of the conservation of biodiversity for it contains the main existing agroecosystems in the state of São Paulo. So that conservationist strategies can be established, some information is required, such as how biodiversity is affected, and which strategies the population of wild species use to keep themselves in the altered forest remainings. Small mammals, such as rodends and marsupials can be considered a good group to help answer these questions, for this group develops an important ecological role in forest environments, through the predation and dispersion of seeds. From August 2003 to January 2005 surveys on small mammals were carried out using 160 Sherman type traps distributed in lines, in 16 sample country properties, being 4 in each type of environment that is predominant in the landscape: native forest, Eucalyptus plantation, sugar-cane plantation and pastures. In this period, 177 rodend and marsupial individuals were captured, which were distributed in 8 species, with a 0,77% rate of success in capture. There was significative difference among the studied environments in terms of abundance, but not in terms of the richness of the species. Also, we could observe a clear distinction between forest and non-forest habitats. Apparently, the native forest remainings in the region lost their species which are the most demanding in relation to the quality of habitat, in such a way that the current community is basically formed of generalists, which are a characteristic of degraded areas. The loss of forest species not only alters the community of small mammals, but also favors the occurrence of species from non-forest areas which can bring, among other things, problems related to public health. Eventhough, the small mammal community from the Passa-Cinco river basin is worth conservationist efforts which must give priority to studies relating the environmental law enforcement to the changes this might generate to the community of small mammals.

A jaguatirica (Leopardus pardalis), assim como a maioria dos felídeos neotropicais, é um animal discreto e de difícil observação na natureza. Usando a técnica de armadilhas fotográficas, os objetivos deste estudo foram identificar possíveis variações na taxa de foto-captura e na distância máxima percorrida da jaguatirica entre períodos sazonais e estimar seu tamanho populacional, através do método de captura-recaptura, na porção norte do Parque Estadual Ilha do Cardoso. A área de vida mínima da jaguatirica e o número de foto-capturas de outras espécies de felídeos também foram documentados. Ao longo do ano, foram identificados oito indivíduos (um macho, cinco fêmeas e dois com sexo não identificado). Observou-se um aumento da taxa de foto-captura da jaguatirica e uma maior distância máxima percorrida na estação seca, sugerindo uma maior movimentação e aumento do tamanho da área de vida da jaguatirica neste período, embora estas variações entre os períodos sazonais tenham sido observadas mais para o macho do que para as fêmeas. Durante um período de 45 noites (13 sítios amostrais) foram foto capturados seis indivíduos, resultando numa estimativa de densidade (± erro padrão) de 0,21 (± 0,03) e 0,4 (± 0,05) indivíduos/km² (dependendo do método usado para calcular a área efetiva amostrada) em uma área de floresta na porção norte da ilha. Estes valores estão dentro da faixa de outras estimativas de densidade no continente. A área de vida mínima estimada para indivíduos foto-capturados em pelo menos três sítios de armadilhas fotográficas foi de 10 km² para o macho e variou de 0,2 a 3,5 km² para quatro fêmeas. Com um esforço total de 1475 armadilhas-noite, a jaguatirica teve o maior número de foto-capturas (91), seguido da onça-parda (22) e do gato-do-mato-pequeno (1). Este foi o primeiro trabalho a levantar informações do tamanho populacional da jaguatirica em uma área de Mata Atlântica insular, confirmando também a presença do gato-do-mato-pequeno nesta ilha. Implicações para o monitoramento e conservação da jaguatirica na Ilha do Cardoso foram discutidas. / The ocelot (Leopardus pardalis), as most neotropical felids, is elusive and difficult to observe in the wild. Using camera trapping, the objectives of this study were to identify variations in the photo capture rate and in the maximum distance moved of ocelots between seasons, and to estimate their abundance by capture-recapture method in the northern part of the Cardoso Island State Park. Minimum home range of the ocelot and the number of photographs of other felids were also recorded. I identified eight individuals (one male, five females and two individuals of sex not confirmed). It was observed an increase of the ocelot photo capture rate and the maximum distance moved in the dry season, suggesting an increase in the movement pattern and in home range use in the drier period, although these variations between seasons had been more observed for the male than the females. In a period of 45 nights (13 trap stations), six individuals were identified and the density estimated (± SE) was 0,21 (± 0,03) and 0,4 (± 0,05) ocelots/km² (depending of the method used to calculate the effective survey area). Those values are within the range of density estimates reported for the species in mainland areas. Minimum home ranges of individuals photographed in at least three trap stations was 10 km² for the male and ranged between 0,2 and 3,5 km² for four females. For a total of 1475 traps night, ocelots had the greatest number of photo capture (91), followed by the puma (22), and the little spotted cat (1). This was the first work to collect data of population size of ocelot in an island area of Coastal Atlantic Forest, also confirming the presence of little spotted cat on this island. Implications for the monitoring and conservation of the ocelots in the Cardoso Island were discussed.

Os objetivos foram definidos com base no cromossomo 5: 1) caracterizar genotipicamente as populações CTCT e TCTC, 2) construir o mapa consenso e 3) mapear simultaneamente QTLs associados às características de desempenho e carcaça. Foram obtidos dados fenotípicos para vinte e quatro características de desempenho e carcaça em 906 animais F2 (356 CTCT e 550 TCTC) oriundos de cruzamentos recíprocos entre uma linhagem de postura (CC) e outra de corte (TT). As quatro famílias CTCT e as seis famílias TCTC, que apresentaram maior grau de informatividade, tiveram seus F2 genotipados para 11 e sete marcadores microssatélites, respectivamente. A caracterização das gerações parentais, F1 e F2 foi realizada através da estimação dos parâmetros genotípicos conteúdo de informação polimórfica (PIC), heterozigosidades observada (Hetobs) e esperada (Hetesp) e número de alelos por loco (A) empregando o programa Cervus 3.0. Os cruzamentos recíprocos entre as duas linhagens (PIC = 0,07-0,78; Hetobs = 0,07-0,79; A = 2,0-7,0) possibilitaram um incremento no nível de informatividade dos locos tanto nas gerações F1 (PIC = 0,43- 0,76; Hetobs = 0,52-1,00; A = 3,0-6,0) quanto nas F2 (PIC = 0,44-0,71; Hetobs = 0,48-1,00; A = 3,0-6,0). Portanto, as populações CTCT e TCTC são apropriadas para a construção do mapa de ligação e mapeamento de QTLs. Mapas de ligação para cada população e o consenso (CTCT/TCTC) foram obtidos através da estimação das ordens e distâncias entre os locos pelo programa CRI-MAP. Os mapas apresentaram (intervalo médio entre marcadores, em cM) 148,0 cM (24,6) em TCTC, 174,7 cM (17,4) em CTCT e 163,8 cM (16,3) no consenso. Os mapas CTCT e o consenso foram mais semelhantes devido ao maior número de locos avaliados na região alvo e não foram constatadas inversões. O mapeamento simultâneo de QTLs empregou o mapeamento por intervalo combinado à modelagem fenotípica através de modelo misto (efeito de incubação aleatório) e as análises foram implementadas pelos programas SAS, QTL Express e R. Foram mapeados 12 QTLs (11 sugestivos e 1 significativo), dos quais seis ainda não foram descritos (peso dos pés, asas, fígado, peso vivo 42 dias, eficiência alimentar 35-41 dias e colesterol). Foi constatado efeito da interação QTL x população para o peso da gordura abdominal, cujos alelos para incremento dessa característica tiveram origem em fêmeas da linhagem de corte da população CTCT. Quatro possíveis genes candidatos (FGF4, FGF19, ALX4 e FMN1) foram selecionados através do mapeamento de QTLs. Futuramente, polimorfismos associados a estes genes poderão ser identificados e validados em populações comerciais. Dessa forma, a seleção assistida por marcadores em associação com a seleção fenotípica em programas de melhoramento genético poderá ser efetivamente implementada na galinha doméstica. / The aims were defined based on the chromosome 5: 1) to describe genotypically CTCT and TCTC populations, 2) to construct consensus linkage map and 3) to map jointly QTL associated with performance and carcass traits. Phenotypic data were obtained for twenty-four performance and carcass traits from 906 F2 animals (356 CTCT and 550 TCTC) generated from reciprocal crosses between a layer line (CC) and a broiler line (TT). The four families CTCT and the six families TCTC, which showed the highest degree of informativeness, had their F2 offsprings genotyped using 11 and seven microsatellite markers, respectively. Parental, F1 and F2 generations were genotypically characterized by estimation of the genotypic parameters polymorphic information content (PIC), observed heterozygosity (Hetobs) and expected heterozygosity (Hetesp) and number of alleles per locus (A) using Cervus 3.0 software. Reciprocal crosses between two lines (PIC = 0.07 to 0.78; Hetobs = 0.07 to 0.79, A = 2.0 to 7.0) increased the level of informativeness of the loci in both generations F1 (PIC = 0.43 to 0.76; Hetobs = 0.52 to 1.00, A = 3.0 to 6.0) and F2 (PIC = 0.44 to 0.71; Hetobs = 0.48 to 1.00, A = 3.0 to 6.0). Therefore, CTCT and TCTC populations are suitable for constructing the linkage map and QTL mapping. Linkage maps for each population and the consensus (CTCT / TCTC) were obtained by estimation of orders and distances between loci using CRI-MAP software. The maps presented (average interval between markers in cM) 148.0 cM (24.6) in TCTC, 174.7 cM (17.4) in CTCT and 163.8 cM (16.3) in consensus. CTCT and consensus maps were more similar due to high number of loci evaluated in the target region. No inversion was detected. Joint mapping of QTL was accomplished using interval mapping combined with phenotypic modeling via mixed model (random effect of hatch) and analyses were implemented in SAS, QTL Express and R softwares. Twelve QTL were mapped (11 suggestive and one significant). Out of these, six were not previously described (weights of legs, wings and liver, body weight at 42 days, feed efficiency 35-41 days and cholesterol). QTL x population interaction was evidenced for abdominal fat weight, indicating that the alleles that increased this trait came from the female broiler line of the population CTCT. Four putative candidate genes (FGF4, FGF19, ALX4 and FMN1) were selected by QTL mapping. In future, polymorphisms associated with these genes can be identified and validated in commercial populations. Thus, marker-assisted selection in combination with phenotypic selection in breeding programs will be effectively implemented in poultry.

Os objetivos foram definidos com base no cromossomo 5: 1) caracterizar genotipicamente as populações CTCT e TCTC, 2) construir o mapa consenso e 3) mapear simultaneamente QTLs associados às características de desempenho e carcaça. Foram obtidos dados fenotípicos para vinte e quatro características de desempenho e carcaça em 906 animais F2 (356 CTCT e 550 TCTC) oriundos de cruzamentos recíprocos entre uma linhagem de postura (CC) e outra de corte (TT). As quatro famílias CTCT e as seis famílias TCTC, que apresentaram maior grau de informatividade, tiveram seus F2 genotipados para 11 e sete marcadores microssatélites, respectivamente. A caracterização das gerações parentais, F1 e F2 foi realizada através da estimação dos parâmetros genotípicos conteúdo de informação polimórfica (PIC), heterozigosidades observada (Hetobs) e esperada (Hetesp) e número de alelos por loco (A) empregando o programa Cervus 3.0. Os cruzamentos recíprocos entre as duas linhagens (PIC = 0,07-0,78; Hetobs = 0,07-0,79; A = 2,0-7,0) possibilitaram um incremento no nível de informatividade dos locos tanto nas gerações F1 (PIC = 0,43- 0,76; Hetobs = 0,52-1,00; A = 3,0-6,0) quanto nas F2 (PIC = 0,44-0,71; Hetobs = 0,48-1,00; A = 3,0-6,0). Portanto, as populações CTCT e TCTC são apropriadas para a construção do mapa de ligação e mapeamento de QTLs. Mapas de ligação para cada população e o consenso (CTCT/TCTC) foram obtidos através da estimação das ordens e distâncias entre os locos pelo programa CRI-MAP. Os mapas apresentaram (intervalo médio entre marcadores, em cM) 148,0 cM (24,6) em TCTC, 174,7 cM (17,4) em CTCT e 163,8 cM (16,3) no consenso. Os mapas CTCT e o consenso foram mais semelhantes devido ao maior número de locos avaliados na região alvo e não foram constatadas inversões. O mapeamento simultâneo de QTLs empregou o mapeamento por intervalo combinado à modelagem fenotípica através de modelo misto (efeito de incubação aleatório) e as análises foram implementadas pelos programas SAS, QTL Express e R. Foram mapeados 12 QTLs (11 sugestivos e 1 significativo), dos quais seis ainda não foram descritos (peso dos pés, asas, fígado, peso vivo 42 dias, eficiência alimentar 35-41 dias e colesterol). Foi constatado efeito da interação QTL x população para o peso da gordura abdominal, cujos alelos para incremento dessa característica tiveram origem em fêmeas da linhagem de corte da população CTCT. Quatro possíveis genes candidatos (FGF4, FGF19, ALX4 e FMN1) foram selecionados através do mapeamento de QTLs. Futuramente, polimorfismos associados a estes genes poderão ser identificados e validados em populações comerciais. Dessa forma, a seleção assistida por marcadores em associação com a seleção fenotípica em programas de melhoramento genético poderá ser efetivamente implementada na galinha doméstica. / The aims were defined based on the chromosome 5: 1) to describe genotypically CTCT and TCTC populations, 2) to construct consensus linkage map and 3) to map jointly QTL associated with performance and carcass traits. Phenotypic data were obtained for twenty-four performance and carcass traits from 906 F2 animals (356 CTCT and 550 TCTC) generated from reciprocal crosses between a layer line (CC) and a broiler line (TT). The four families CTCT and the six families TCTC, which showed the highest degree of informativeness, had their F2 offsprings genotyped using 11 and seven microsatellite markers, respectively. Parental, F1 and F2 generations were genotypically characterized by estimation of the genotypic parameters polymorphic information content (PIC), observed heterozygosity (Hetobs) and expected heterozygosity (Hetesp) and number of alleles per locus (A) using Cervus 3.0 software. Reciprocal crosses between two lines (PIC = 0.07 to 0.78; Hetobs = 0.07 to 0.79, A = 2.0 to 7.0) increased the level of informativeness of the loci in both generations F1 (PIC = 0.43 to 0.76; Hetobs = 0.52 to 1.00, A = 3.0 to 6.0) and F2 (PIC = 0.44 to 0.71; Hetobs = 0.48 to 1.00, A = 3.0 to 6.0). Therefore, CTCT and TCTC populations are suitable for constructing the linkage map and QTL mapping. Linkage maps for each population and the consensus (CTCT / TCTC) were obtained by estimation of orders and distances between loci using CRI-MAP software. The maps presented (average interval between markers in cM) 148.0 cM (24.6) in TCTC, 174.7 cM (17.4) in CTCT and 163.8 cM (16.3) in consensus. CTCT and consensus maps were more similar due to high number of loci evaluated in the target region. No inversion was detected. Joint mapping of QTL was accomplished using interval mapping combined with phenotypic modeling via mixed model (random effect of hatch) and analyses were implemented in SAS, QTL Express and R softwares. Twelve QTL were mapped (11 suggestive and one significant). Out of these, six were not previously described (weights of legs, wings and liver, body weight at 42 days, feed efficiency 35-41 days and cholesterol). QTL x population interaction was evidenced for abdominal fat weight, indicating that the alleles that increased this trait came from the female broiler line of the population CTCT. Four putative candidate genes (FGF4, FGF19, ALX4 and FMN1) were selected by QTL mapping. In future, polymorphisms associated with these genes can be identified and validated in commercial populations. Thus, marker-assisted selection in combination with phenotypic selection in breeding programs will be effectively implemented in poultry.

Novos marcadores genéticos foram caracterizados para jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris) pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. Um microssatélite foi desenvolvido a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (ACC/TGG)n e 12 a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (AC/TG)n. Esses marcadores foram testados em indivíduos da espécie Caiman latirostris e resultaram em sete novos microssatélites polimórficos. Adicionalmente quatro marcadores microssatélites de Alligator mississipiensis previamente transferidos para Caiman latirostris foram utilizados. Amostras de sangue jacarés-de-papo-amarelo originárias de várzeas associadas ao Rio Piracicaba e alguns de seus tributários no estado de São Paulo, Brasil, foram avaliadas quanto à variação genética entre populações e o parentesco entre indivíduos. Foi detectada variabilidade entre indivíduos originários de sitos diferentes, mesmo entre aqueles com pequena distância geográfica. Os resultados sugerem que os grupos amostrados em cada sítio são compostos predominantemente por indivíduos aparentados. Uma possível combinação de alta taxa de mortalidade e baixa taxa de natalidade pode ser a explicação do baixo número de indivíduos dispersos com sucesso por geração entre os sítios estudados. Esses marcadores podem auxiliar na compreensão dos processos metapopulacionais que aparentemente ocorrem na espécie. / New genetic markers were characterized for the broad-snouted caiman (Caiman latirostris) by constructing libraries enriched for microsatellite DNA. One microsatellite was developed from a (ACC/TGG)n enriched microsatellite DNA library and 12 from a (AC/TG)n enriched microsatellite DNA library. These markers were tested in Caiman latirostris individuals and resulted in seven new polymorphic microsatellites for the specie. Additionally four Alligator mississipiensis microsatellite markers previously transferred for Caiman latirostris were used. Samples from broad-snouted caimans from small wetlands associated with the Piracicaba River and some of its tributaries in the state of São Paulo, Brazil were used to study the genetic variation between populations and parentage between individuals. Genetic variability was detected among individuals from different sites, even those within a small geographic distance. The results suggest that the groups sampled at each site are composed predominantly of related individuals. A possible combination of high mortality and low natality rates in the fragmented Caiman latirostris populations may explain the low number of successfully dispersed individuals per generation observed between the sites studied. These markers might help to understand the metapopulation processes that are occurring within this species.

A jaguatirica (Leopardus pardalis), assim como a maioria dos felídeos neotropicais, é um animal discreto e de difícil observação na natureza. Usando a técnica de armadilhas fotográficas, os objetivos deste estudo foram identificar possíveis variações na taxa de foto-captura e na distância máxima percorrida da jaguatirica entre períodos sazonais e estimar seu tamanho populacional, através do método de captura-recaptura, na porção norte do Parque Estadual Ilha do Cardoso. A área de vida mínima da jaguatirica e o número de foto-capturas de outras espécies de felídeos também foram documentados. Ao longo do ano, foram identificados oito indivíduos (um macho, cinco fêmeas e dois com sexo não identificado). Observou-se um aumento da taxa de foto-captura da jaguatirica e uma maior distância máxima percorrida na estação seca, sugerindo uma maior movimentação e aumento do tamanho da área de vida da jaguatirica neste período, embora estas variações entre os períodos sazonais tenham sido observadas mais para o macho do que para as fêmeas. Durante um período de 45 noites (13 sítios amostrais) foram foto capturados seis indivíduos, resultando numa estimativa de densidade (± erro padrão) de 0,21 (± 0,03) e 0,4 (± 0,05) indivíduos/km² (dependendo do método usado para calcular a área efetiva amostrada) em uma área de floresta na porção norte da ilha. Estes valores estão dentro da faixa de outras estimativas de densidade no continente. A área de vida mínima estimada para indivíduos foto-capturados em pelo menos três sítios de armadilhas fotográficas foi de 10 km² para o macho e variou de 0,2 a 3,5 km² para quatro fêmeas. Com um esforço total de 1475 armadilhas-noite, a jaguatirica teve o maior número de foto-capturas (91), seguido da onça-parda (22) e do gato-do-mato-pequeno (1). Este foi o primeiro trabalho a levantar informações do tamanho populacional da jaguatirica em uma área de Mata Atlântica insular, confirmando também a presença do gato-do-mato-pequeno nesta ilha. Implicações para o monitoramento e conservação da jaguatirica na Ilha do Cardoso foram discutidas. / The ocelot (Leopardus pardalis), as most neotropical felids, is elusive and difficult to observe in the wild. Using camera trapping, the objectives of this study were to identify variations in the photo capture rate and in the maximum distance moved of ocelots between seasons, and to estimate their abundance by capture-recapture method in the northern part of the Cardoso Island State Park. Minimum home range of the ocelot and the number of photographs of other felids were also recorded. I identified eight individuals (one male, five females and two individuals of sex not confirmed). It was observed an increase of the ocelot photo capture rate and the maximum distance moved in the dry season, suggesting an increase in the movement pattern and in home range use in the drier period, although these variations between seasons had been more observed for the male than the females. In a period of 45 nights (13 trap stations), six individuals were identified and the density estimated (± SE) was 0,21 (± 0,03) and 0,4 (± 0,05) ocelots/km² (depending of the method used to calculate the effective survey area). Those values are within the range of density estimates reported for the species in mainland areas. Minimum home ranges of individuals photographed in at least three trap stations was 10 km² for the male and ranged between 0,2 and 3,5 km² for four females. For a total of 1475 traps night, ocelots had the greatest number of photo capture (91), followed by the puma (22), and the little spotted cat (1). This was the first work to collect data of population size of ocelot in an island area of Coastal Atlantic Forest, also confirming the presence of little spotted cat on this island. Implications for the monitoring and conservation of the ocelots in the Cardoso Island were discussed.

A Bacia do Corumbataí é usada como principal fonte de abastecimento de água para os municípios de Piracicaba e Rio Claro, sendo o Rio Passa-Cinco seu principal tributário. A Bacia do Passa-Cinco pode ser considerada um modelo conveniente para o estudo de conservação de biodiversidade por conter os principais agroecossistemas existentes no estado de São Paulo. Para que sejam estabelecidas estratégias conservacionistas, são necessárias informações de como a biodiversidade é afetada e quais estratégias as populações de espécie silvestres lançam mão para se manter em remanescentes florestais alterados. Pequenos mamíferos tais como roedores e marsupiais, podem ser considerados um bom grupo para ajudar a responder essas questões, pois esse grupo desenvolve um importante papel ecológico em ambientes florestais, através da predação e dispersão de sementes. De agosto de 2003 a janeiro de 2005 foram realizados levantamentos de pequenos mamíferos utilizando 160 armadilhas do tipo Sherman distribuídas em linhas, em 16 sítios amostrais, sendo 4 em cada tipo de ambiente predominante na paisagem: floresta nativa, plantações de Eucalyptus, plantações de cana-de-açúcar e pastagens. Durante esse período, foram capturados 177 indivíduos de roedores e marsupiais distribuídos em oito espécies, com um sucesso de captura de 0.77%. Houve diferença significativa entre os ambientes estudados em termos de abundância, mas não em termos de riqueza de espécies, podendo-se observar uma clara separação entre habitats florestais e não-florestais. Os remanescentes florestais nativos da região, aparentemente, perderam as espécies mais exigentes com relação à qualidade do habitat, de forma que a comunidade atual é formada basicamente de espécies generalistas e características de áreas degradadas. A perda de espécies florestais não somente altera a comunidade de pequenos mamíferos, como favorece o aparecimento de espécies de áreas não-florestais que podem trazer, entre outras coisas, problemas de saúde pública. Ainda assim, a comunidade de pequenos mamíferos da bacia do Rio Passa-Cinco é meritória de esforços conservacionistas, que devem priorizar estudos relacionando o cumprimento das leis ambientais com as alterações que isto possa gerar na comunidade de pequenos mamíferos. / The Corumbataí Basin is used as the main source of water supply for the municipal districts of Piracicaba and Rio Claro, being the Passa-Cinco River its main tributary. The Passa-Cinco river basin can be considered as a convenient model for the study of the conservation of biodiversity for it contains the main existing agroecosystems in the state of São Paulo. So that conservationist strategies can be established, some information is required, such as how biodiversity is affected, and which strategies the population of wild species use to keep themselves in the altered forest remainings. Small mammals, such as rodends and marsupials can be considered a good group to help answer these questions, for this group develops an important ecological role in forest environments, through the predation and dispersion of seeds. From August 2003 to January 2005 surveys on small mammals were carried out using 160 Sherman type traps distributed in lines, in 16 sample country properties, being 4 in each type of environment that is predominant in the landscape: native forest, Eucalyptus plantation, sugar-cane plantation and pastures. In this period, 177 rodend and marsupial individuals were captured, which were distributed in 8 species, with a 0,77% rate of success in capture. There was significative difference among the studied environments in terms of abundance, but not in terms of the richness of the species. Also, we could observe a clear distinction between forest and non-forest habitats. Apparently, the native forest remainings in the region lost their species which are the most demanding in relation to the quality of habitat, in such a way that the current community is basically formed of generalists, which are a characteristic of degraded areas. The loss of forest species not only alters the community of small mammals, but also favors the occurrence of species from non-forest areas which can bring, among other things, problems related to public health. Eventhough, the small mammal community from the Passa-Cinco river basin is worth conservationist efforts which must give priority to studies relating the environmental law enforcement to the changes this might generate to the community of small mammals.

O avanço agrícola é uma das maiores causas da fragmentação de habitats, levando à diminuição e ao isolamento de áreas naturais. Assim, torna-se importante compreender qual papel da estrutura e dinâmica da paisagem na manutenção da biodiversidade local. Este estudo teve como objetivo descrever a estrutura de uma comunidade de mamíferos de médio e grande porte em paisagem fragmentada agrícola, considerando a estrutura e dinâmica da paisagem. O estudo foi realizado em unidades de paisagem (16 Km2) com matriz predominante de pasto (n = 2) e cana-de-açúcar (n = 3) (bacia do rio Corumbataí, São Paulo) de maio a outubro de 2010. O levantamento da comunidade de mamíferos foi realizado através de busca ativa por pegadas, em 15 transectos alocados nas margens de riachos, com distância percorrida padronizada em 200 m. No entorno de cada transecto foram gerados buffers (250, 500, 1000 e 2000 m de raio), para o cálculo de índices de estrutura (porcentagens dos usos do solo, densidade de drenagem, densidade de estradas e proximidade entre fragmentos) e de dinâmica (taxa anual de mudança e perfil da curva de mudança florestal) para cinco anos (1962, 1978, 1995, 2000 e 2008). A relação entre os índices de paisagem e a riqueza de espécies foi analisada através de um teste PCA (Análise de Componentes Principais), gerando um gráfico Biplot. Posteriormente, foi realizada regressão linear múltipla, para análise da influência da estrutura e dinâmica da paisagem sobre a riqueza de espécies e frequência de registros. Foram registradas 19 espécies, sendo 17 em unidades de cana-de-açúcar e 13 em unidades de pasto. A comunidade de mamíferos de médio e grande porte, presente nestas matrizes da bacia do rio Corumbataí, é representada, em grande parte, por espécies tolerantes a alterações ambientais da região. A espécie com maior frequência de registros foi Procyon cancrivorus, de hábito generalista, como a maior parte dos animais registrados. Pelo gráfico Biplot, o buffer de 1000 m foi o que melhor distinguiu os sítios amostrais em relação às matrizes de cana-de-açúcar e pasto. A riqueza apresentou relação positiva com a porcentagem de áreas florestais e densidade de drenagem. Em contrapartida, a riqueza mostrou relação negativa com a porcentagem de pasto. A riqueza e a frequência de registros não apresentaram diferença estatística significativa entre as matrizes e também não houve relação significativa entre os índices de paisagem e as variáveis dependentes. A similaridade entre a composição de espécies das comunidades amostradas nas matrizes foi de 57%. As relações entre a estrutura desta comunidade e a paisagem necessitam de mais esforços para serem melhor compreendidas, já que o método de levantamento utilizado neste estudo, assim como a escala espaço-temporal, não permitiram descrever tais relações. / Agricultural expansion is a major cause of habitat fragmentation, leading to a reduction and isolation of natural areas. It is therefore important to understand the role of agricultural landscape structure and dynamics in maintaining local biodiversity. We aimed to describe how the structure and dynamics of an agricultural landscape influenced the community of mid and large bodied mammals in the south of Brazil. From May to October 2010 we studied the mammal community in five 16 km2 landscape units located within the Corumbatai river basin, São Paulo. Landscape units contained a matrix of predominantly pasture (n = 2) and cane sugar (n = 3). We used track surveys along 15 transects (200m each) to sample the mammal community along river banks. To calculate indices of habitat structure and dynamics we generated buffers (250, 500, 1000 and 2000 m radius) around each of the transects. Within each of these distance buffers we calculated habitat structure indices (percentage of land use, drainage density, road density and proximity of fragments) and indices of habitat dynamics (annual rate of change and profile of the forest change curve) for five years (1962, 1978, 1995, 2000 and 2008). The relationship between landscape indices and species richness was analyzed through a PCA (Principal Component Analysis) and associated Biplot. Subsequently, multiple linear regression was performed to analyze the influence of landscape structure and dynamics on species richness and frequency of records. We recorded 19 species, 17 in cane sugar units and 13 in pasture units. The community of mid and large bodied mammals present in the habitat matrices of the Corumbataí river basin was represented mostly by generalist species tolerant of environmental changes. The most frequently recorded species was Procyon cancrivorus, a habit generalist. The PCA Biplot showed that the 1000m buffer was the one that best distinguished the sampling sites in relation to the sugar cane and pasture matrices. Species richness was positively related with the percentage of forested areas and drainage density. In contrast, richness was negatively related with the percentage of pasture. The richness and frequency of records showed no statistically significant difference between the two matrix types and there was no significant relationship between landscape indices and the dependent variables. The similarity between the species composition of the sampled communities in the matrices was 57%. Understanding the relationships between the composition of this community and the landscape structure and dynamics requires more efforts, as the survey method used in this study, and the spatiotemporal scale, do not permit the description of these relationships.