À l'heure actuelle, il existe de nombreuses machines de la vie quotidienne instrumentées avec des capteurs responsables de récolter des données. Plusieurs de ces capteurs sont installés dans le but d'exploiter les données à des fins de diagnostic. Dans la plupart des cas, les données abondantes et complexes ne peuvent être analysées facilement par un être humain. Ces données ne sont souvent que très partiellement exploitées. Ceci est également le cas dans le domaine de l'aéronautique. Le fonctionnement moderne des avions commerciaux génère de vastes quantités de données issues non seulement des capteurs à bord de l'avion, mais aussi des données obtenues à partir des procédures de maintenance. Comme pour des machines de la vie quotidienne, ces données ne sont pas exploitées de manière suffisamment efficace. Le pronostic par exploitation de données, basé sur des algorithmes d'apprentissage, est depuis peu envisagé dans le traitement des données. Ce projet présente son application dans le domaine de l'aéronautique pour la prédiction de la durée de vie résiduelle des structures en composite faisant partie d'un avion suite à un endommagement par impact. Ce mémoire par articles est divisé en cinq parties. Les principaux sujets traités concernent les matériaux composites, la propagation d'ondes, la surveillance embarquée des structures ainsi que la méthode de pronostic. La première partie expose l'état de l'art. La seconde partie présente une étude de la propagation des ondes guidées dans une structure transparente et isotrope contenant un ou plusieurs défauts. Cette étude est menée à l'aide d'un système de surveillance piézocéramique qui peut lui aussi être affecté d'un défaut. Les résultats obtenus démontrent que la couche adhésive sous les capteurs piézocéramiques se dégrade avec la présence d'impact. Des courbes de calibration expérimentales peuvent être construites pour compenser la dégradation de la couche adhésive suite à un impact. En détectant et en compensant une dégradation du système de surveillance piezocéramique ceci permet une amélioration de la robustesse du pronostic. Le troisième chapitre présente une étude des ondes guidées dans une structure isotrope et opaque. Plutôt que d'utiliser des courbes de calibration expérimentales, un modèle numérique est développé. Ce modèle rend possible la compensation de défauts dans les systèmes de surveillance piézocéramiques installés sur des métaux et sur des matériaux composites. Les quatrième et cinquième parties dérivent l'étape de pronostic. Dans un premier temps le traitement des données d'un système de surveillance piézocéramique monté sur des échantillons en composite est présenté. Suit la transformation des informations brutes mesurées par les transducteurs en paramètres permettant d'identifier des tendances lors d'un dommage important sur l'échantillon. Ces paramètres sont alors entrés dans les modèles basés sur des algorithmes d'apprentissage génériques. La cinquième partie détaille la méthode de compensation d'une dégradation du système de surveillance piézocéramique en exploitant les données récoltées identifiées dans les deux premières études (chapitre deux et trois).

Ce travail a analysé l’expression du facteur de croissance angiogénique, le VEGF-A, et de son récepteur VEGFR-1, dans le cancer prostatique localisé. Dans la première partie, nous avons mesuré le taux plasmatique de VEGF-A chez 100 patients opérés d’un cancer prostatique localisé. Nous avons également mesuré l’expression tissulaire du VEGF-A sur les pièces opératoires. Il n’y avait pas d’association entre le VEGF-A plasmatique et les facteurs pronostiques du cancer prostatique. Cependant, l’expression du VEGF-A était corrélée au score de Gleason (p=0,01). Dans la deuxième partie, la même cohorte de patients a été utilisée. L’expression tissulaire du VEGFR-1 a également été mesurée. Les patients ont été suivis avec des dosages réguliers du PSA. Durant le suivi, 14 patients ont eu une récidive biologique. Ni le taux plasmatique de VEGF-A (p=0,25), ni l’expression tissulaire du VEGF-A (p=0,38), ni l’expression tissulaire du VEGFR-1 (p=0,34) n’étaient associés au risque de récidive biologique. Dans la troisième partie, nous avons mesuré l’expression tissulaire du VEGF-A et du VEGFR-1 sur les pièces opératoires de 40 patients opérés d’un cancer prostatique localisé. L’expression tissulaire du VEGF-A était significativement plus importante chez les patients ayant eu une progression tumorale après l’intervention que chez les patients n’ayant pas récidivé (p=0,046). En revanche, celle du VEGFR-1 était identique dans les deux groupes. L’expression tissulaire du VEGF-A était le facteur prédictif de progression tumorale le plus significatif. / This study analysed the expression of angiogenic growth factor, VEGF-A and its receptor, VEGFR-1 in localized prostate cancer. In the first part, we measured the plasma levels of VEGF-A in 100 patients operated with radical prostatectomy for clinically localized prostate cancer. We also measured the tissue expression of VEGF-A using ELISA on the surgical specimen. There were no associations between plasma levels of VEGF-A and the usual prognostic factors of prostate cancer. However, the tissue expression of VEGF-A correlated with Gleason score (P = 0.01). In the second part, we used the same patients group. Patients were prospectively followed with regular PSA determinations.14 patients had a biochemical recurrence. Neither plasma level of VEGF-A (P =0.25) nor tissue expression of VEGF–A (P=0.38) and its receptor VEGFR–1 (p=0,34) were associated with the risk of biochemical recurrence after radical prostatectomy. Finally, we measured the tissue expression of VEGF-A and VEGFR-1 on the surgical specimens of 40 patients who underwent radical prostatectomy for clinically localized prostate cancer. The tissue expression of VEGF-A in patients who experienced progression was significantly higher than in those who remained free of recurrence (P=0.046). However, the expression of VEGFR-1 was similar in both groups. In logistic analysis, the expression of VEGF-A was the most significant predictor of tumor progression. These results suggest that the tissue expression of VEGF-A has a prognostic impact in clinically localized prostate cancer.

Les leucémies aiguës lymphoblastiques T (LAL-T) sont caractérisées par la prolifération maligneincontrôlée de précurseurs lymphoïdes T bloqués dans la différenciation. Les stades d’arrêt dematuration observés dans les LAL-T reproduisent fidèlement les différentes étapes de la maturationthymique humaine. Ainsi nous avons montré que le facteur de transcription myéloïde CEBPA, expriméuniquement dans les précurseurs thymiques les plus immatures (ETP), est réprimé par un mécanismed’hyperméthylation dans les LAL-T à l’exception des formes les plus immatures. Il est aujourd’huicommunément admis que les LAL-T constituent une pathologie dite « multi-hits » où les oncogènesde type A affectent la différenciation tandis les oncogènes de type B sont impliqués dans la régulationdu cycle cellulaire, l’auto-renouvellement et/ou l’engagement dans la lignée T. La voie de signalisationde NOTCH, cruciale pour le développement lymphoïde T, est constitutivement activée par la survenuede mutations des gènes NOTCH1 et/ou FBXW7 (N/F) dans environ 60% des LAL-T. La valeurpronostique de ces mutations est controversée. Dans notre travail, nous avons montré que lesmutations de N/F sont plus fréquentes dans les LAL-T arrêtées à un stade de maturation cortical etconfèrent un bon pronostic qui semble toutefois dépendre de la chimiothérapie administrée. Grâce àl’étude de cette large cohorte de LAL-T nous avons pu également établir la fréquence de l’anomalieoncogénique CALM-AF10. Cette dernière est très fréquente dans les LAL-T qui se développent àpartir des ETP dites de mauvais pronostic. Nous avons montré que c’est la présence de l’anomalieCALM-AF10 qui confère le pronostic défavorable à ce sous-type de LAL-T. Contrairement à lalittérature nous n’avons pas retrouvé de valeur pronostique liée à la surexpression des gènes ERG etBAALC. L’étude des anomalies génétiques des LAL-T permet de mieux comprendre l’oncogénèse etd’identifier les anomalies avec une valeur pronostique. L’intérêt de ces travaux est d’apporter une aideaux cliniciens pour une stratification thérapeutique adaptée afin de donner les meilleures chances desurvie aux patients. / T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) are lymphoid neoplasms characterized by theproliferation of malignant T lymphoblasts arrested at early stages of maturation. Maturation arrest in TALLmirrors normal lymphopoiesis. Thus we have shown that the myeloid transcription factor CEBPA,expressed only in the most immature thymic precursors (ETP), is commonly repressed byhypermethylation in T-ALL with the exception of the most immature subset. It is now widely acceptedthat T-ALL is a “multi-hits” disease where the type A oncogenes affect the differentiation while type Boncogenes are involved in cell cycle regulation, self-renewal and T-cell commitment. The Notchsignaling pathway, crucial for T cell development, is constitutively activated by the occurrence ofmutations in NOTCH1 and /or FBXW7 (N / F) genes in approximately 60% of T-ALL. The prognosticvalue of these mutations is controversial. In our study, we showed that N/F mutations are morefrequently observed in T-ALL arrested at a cortical stage of maturation and confer a good prognosiswhich seems to be influenced by the therapeutic regimen. In this large cohort of T-ALL we could alsodetermine the frequency of the CALM-AF10 oncogenic abnormality. The latter is very common in TALLdeveloped from ETP wich are of very poor prognosis. We have shown that this is the presence ofCALM-AF10 which confers the poor prognosis in this subtype of T-ALL. Contrary to the litterature wedid not find any prognostic value associated with the overexpression of ERG and BAALC genes. Thestudy of genetic abnormalities in T-ALL provides a better understanding of oncogenesis and identifyabnormalities with prognostic value. The interest of this work is to assist clinicians for an efficienttherapeutic stratification to overcome the poor outcome of T-ALL patients.

L’immunothérapie se présente aujourd’hui comme une alternative de choix dans le traitement des cancers. Son objectif est d’amplifier la réponse immunitaire contre les cellules tumorales tout en préservant les cellules normales. Les travaux antérieurs de mon équipe ont démontré qu'une réponse immunitaire antitumorale a lieu dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules (CBNPC) et que des lymphocytes T cytotoxiques (CTL) spécifiques peuvent contribuer à la régression de la tumeur. Les travaux de mon équipe ont démontré aussi que l’interaction de l’intégrine CD103, souvent exprimée sur les lymphocytes infiltrant la tumeur (TIL), avec son ligand, le marqueur des cellules épithéliales E-Cadhérine, à la surface des cellules tumorales, est nécessaire à la polarisation des granules cytotoxiques et leur exocytose pour déclencher la lyse de la cellule cible. L’objectif principal de mon projet de thèse est de déterminer la contribution réelle des lymphocytes T CD8+/CD103+ infiltrant les tumeurs épithéliales dans la réponse CTL antitumorale et le rôle de CD103 dans la régulation de leurs fonctions effectrices in situ. Dans un premier temps, j’ai caractérisé, sur le plan transcriptionel et phénotypique, les TIL de CBNPC humains. Mes résultats ont montré que les lymphocytes T CD8+/CD103+ présentent une signature moléculaire caractéristique des cellules T mémoires résidentes dans les tissues (TRM), avec une expression des récepteurs CD69 et CD45RO. Mes résultats ont montré aussi que cette population lymphocytaire co-Exprime les récepteurs inhibiteurs PD-1 et Tim-3. Dans un deuxième temps, j’ai étudié la fonctionnalité des TIL CD8+/CD103+ et le rôle de CD103 dans leur activité cytotoxique anti-Tumorale. Mes résultats ont d’abord indiqué que les lymphocytes T CD103+ sont plus sensibles à la mort cellulaire induite par activation (AICD) que les TIL CD103-, et qu’ils expriment le granzyme B et CD107a suite à une activation spécifique. De plus, ils sont capables d’exercer une activité cytotoxique spécifique à l’encontre des cellules tumorales autologues suite à la neutralisation de l’interaction de PD-1 avec son PD-L1, et que des anticorps anti-CD103 bloquants inhibe cette fonction. Ensuite, j’ai analysé l’impact de l’expression de CD103 à la surface des TIL sur la survie de patients atteints de CBNPC de stade 1. Mes résultats ont révélé que cette intégrine favorise l’infiltration des TIL dans les régions tumorales épithéliales et qu’une forte expression de CD103 sur les TIL corrèle avec une amélioration de la survie des patients. Enfin, J’ai examiné le rôle de CD103 dans cette fonction et dans la réponse immunitaire antitumorale in vivo. Mes résultats préliminaires ont montré une croissance tumorale retardée des tumeurs LL2 transfectées avec l’E-Cadhérine et CCL5 greffées dans les souris CD103-WT. De plus l’inhibition de cette croissance corrèle avec une infiltration plus importante des tumeurs avec des lymphocytes T CD8+/CD103+. Ces résultats suggèrent un rôle important de la coexpression de CCL5 et d’E-Cadhérine par la tumeur dans le recrutement et la rétention des CTL au site tumoral. L’ensemble de ces travaux est en faveur du rôle important de CD103 dans la régulation de l’immunité T CD8 dans les tumeurs épithéliales et de l’utilité des anticorps neutralisants anti-PD-1 et anti-Tim-3 pour inverser l'épuisement de cette population lymphocytaires CD8+/CD103+. / Today Immunotherapy is clearly an alternative choice in the treatment of cancers. Its main objective is to enhance the cytotoxic immune response against tumor cells while preserving normal cells. We have previously demonstrated that there is an antitumor immune response in the Non-Small-Cell lung carcinoma (NSCLC) and cytotoxic T lymphocytes (CTL) contribute to NSCLC tumor regression. We further showed that the CD103 integrin interaction (oftenly expressed on tumor infiltrating lymphocytes (TIL)) with its ligand, the epithelial cell marker E-Cadherin, expressed at the surface of tumor cells, is necessary for the polarization and exocytosis of TIL cytotoxic granules and to trigger the lysis of the tumor target cells. The main purpose of my thesis project is to determine the actual role/ contribution of CD8+/CD103+ T lymphocytes (infiltrating the epithelial tumors) in the regulation of antitumor CTL response and to study the role of CD103 in the regulation of their in situ effector functions. Firstly, TIL infiltrating human NSCLC were characterized at transcriptional and phenotypic level. My results show that CD8+/CD103+ T lymphocytes have a molecular signature characteristic of memory T cells resident in tissues (MRT), with expression of CD69 receptors and CD45RO. My results also showed that this cell population co-Expresses the inhibitory receptors, PD-1 and Tim-3.In a second step, I studied the functionality of CD8+/CD103+ TIL and the role of CD103 in the regulation of anti-Tumor cytotoxic activity. My results have first indicated that CD103+ TIL are more sensitive to activation induced cell death (AICD) than TIL-CD103- and CD103+ TIL express granzyme B and CD107a after specific activation. Furthermore, CD103+ TIL are able to exert a specific cytotoxic activity against autologous tumor cells following the neutralization of PD-1- PD-L1 interaction, and that of anti-CD103 antibody inhibits this blocking function. After, I analyzed the impact of the expression of CD103 on the surface of TIL on the survival of patients with NSCLC stage 1. My results revealed that this integrin promotes the infiltration of TIL in epithelial tumor regions and a strong expression of CD103 on TIL correlates with improved patient survival. Finally, I examined the role of CD103 in this function and the antitumor immune response in vivo. My preliminary results showed a tumor growth delay of LL2 tumors transfected with E-Cadherin and CCL5 grafted in CD103-WT mice. Furthermore inhibition of growth correlates with a higher tumor infiltrating with CD8+/CD103+ T lymphocytes. These results suggest an important role of the coexpression of CCL5 and E-Cadherin by the tumor in the recruitment and retention of CTL at the tumor site. The whole work supports the role of CD103 in regulating the CD8 T cells-Mediated immune response in epithelial tumors and the usefulness of anti-PD-1 neutralizing and anti-Tim-3 for reversing the depletion of this lymphocyte population CD8+ / CD103+.

Les cancers des voies aérodigestives supérieures (VADS) sont le 5ème cancer le plus commun dans le monde et représentent 780'000 cas nouveaux par an. Malgré des recherches de nouveaux protocoles thérapeutiques la survie à 5 ans des patients n'a pas été significativement améliorée lors des trois dernières décennies. L'utilisation de marqueurs pronostiques individuels est insuffisante à ce jour et les grade histopronostique de la tumeur (TNM, index de différenciation) est à ce jour le seul indicateur pronostique avancé. De manière à générer une collection aussi exhaustive que possible de gènes différentiellement exprimés dans les tumeurs VADS, nous avons analysé le transcriptome de tumeurs hypopharyngées de stade précoce et de stade plus avancé, présentant ou non une propension à la métastase. Nous avons comparé l'expression des gènes pour les tissus tumoraux ainsi que les tissus normaux issus du même patient. La technique du Differential Display (DD), entreprise à grande échelle (56 amorces arbitraires) nous a permis d'isoler une collection de 1'200 gènes potentiellement différentiellement exprimés dans les tumeurs. Un sous-groupe de 70 gènes a été mise en évidence comme différentiellement exprimé avec une sonde complexe (Lemaire et al., 2003). L'étude de la valeur pronostique de l'ensemble de notre collection DD est en cours sur une cinquantaine de patients. La technique du DD a été utilisée de manière à isoler des gènes indépendamment de leur niveau absolu d'expression, afin d'isoler des gènes inconnus ou des gènes-clés, régulateurs exprimés à faible niveau. La technique des puces à ADN Affymetrix (Cromer et al., 2003) a été utilisée de manière à effectuer un criblage supplémentaire essentiellement orienté sur le criblage des gènes connus, pouvant posséder une valeur pronostique. ExonHit Therapeutics SA a mis en oeuvre la technique brevetée DATAS de façon à isoler les transcrits de l'épissage alternatif exprimés dans les tumeurs de différents types tumoraux. La caractérisation de l'expression de 4 gènes favoris (1 sous exprimé et 3 surexprimés dans les tumeurs) a été entreprise par diverses techniques (Virtual Northern blot, Northern blot, PCR, immunocytochimie, hybridation in situ et immunohistochimie). Les séquences codantes de ces gènes ont été clonées dans des vecteurs d'expression pour une caractérisation fonctionnelle par transfection en orientation sens et antisens avec les techniques de FACS, des tests de clonogénicité, et de Western blot. L'étude de ces gènes est poursuivie dans le but d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.

Les plus fréquentes tumeurs cérébrales primitives chez l'adulte sont les gliomes. Depuis qu'il est établi que la néo-angiogenèse est liée fortement au mécanisme de croissance des gliomes, plusieurs drogues à visée anti-angiogénique ont étés développées et testés comme un traitement complémentaire en plus de radio- et chimiothérapie. De nouvelles approches par IRM ont été développées pour estimer non-invasivement la néo-angiogenèse tumorale in vivo et étudier son retentissement sur la vascularisation du tissu peritumoral. La première partie de cette thèse a permis d'évaluer la valeur pronostique de la mesure du volume sanguin cérébral (VSC) par l'IRM de perfusion pour la survie des patients qui portent un oligodendrogliome ou une tumeur mixte oligoastrocytaire. Les résultats montraient que le relatif VSC mesuré en IRM de perfusion de premier passage apparaissant comme un facteur pronostique pour la suive des patients. La deuxième partie de cette thèse vise à estimer la perfusion basale peri-tumorale par la technique de premier passage ainsi que la vasoréactivité peri-tumorale par la technique de l'IRMf lors d'inhalation de carbogène, pour évaluer les mécanismes pathophysiologique des altérations du signal BOLD à proximité des tumeurs cérébrales primitives. Les résultats indiquent que l'altération de perfusion basale ne peut pas expliquer le déficit de l'activation motrice au niveau du cortex moteur primaire. La réponse BOLD au carbogène était le meilleur facteur pour expliquer l'asymétrie de l'activation motrice.

Introduction: Les données des analyses génomiques des tumeurs de vessie ont défini des sous-groupes qui présentent une agressivité et une réponse à la chimiothérapie différents. Notre but était d’identifier des marqueurs moléculaires prédictifs de l'évolution tumorale.Matériels et méthodes: Les ADNs de 54 tumeur solides et de 50 échantillons d’ urines de patients avec une tumeur de vessie ont été hybridés sur la puce CGH (Comparative Genomic Hybridization) BCA-oligo. Des TMAs (Tissue Micro Array) de 140 tissus paraffinés de tumeurs primitives et métastatiques, ont été analysés en immunohistochimie pour les marqueurs impliqués dans: stabilité de l’ADN, prolifération cellulaire et définition de sous-groupe basal ou luminal. Des corrélations avec les données cliniques ont été recherchées à tous les niveaux d’analyse.Résultats: Le nombre d'altérations chromosomiques augmentait significativement avec le stade tumoral. La distribution de ces altérations était cohérente entre les ADNs extraits de tissu tumoral et de prélèvements urinaires. Si aucun marqueur immunohistochimique ne permettait de différencier les patients métastatiques ou non, des profils de marquage similaires ont été observés entre tumeurs primitives et métastases. La présence d'emboles tumoraux lymphatiques était prédictive du statut métastatique. Conclusion: l’utilisation dans la pratique clinique de la puce BCA-oligo pour prédire une évolution d'une tumeur de vessie vers un stade ou un grade plus élevé peut être envisagée, et réalisée sur un simple prélèvement urinaire. La recherche systématique d’emboles lymphatiques sur tumeurs primitives peut être utilisée pour prédire une évolution métastatique. / Introduction: Recent data from genomic analysis of bladder tumors have identified subgroups with different aggressiveness patterns and chemotherapy response profiles. The aim of our study was to identify molecular markers that can be used in clinical practice, to predict the evolution of these tumors in order to personalize their management.Materials and Methods: DNAs extracted from 54 solid tumors and 50 urine samples from patients with bladder cancer were hybridized on the BCA-oligo CGH (Comparative Genome Hybridization) chip. TMAs (Tissue Micro Array) from 140 paraffine-embedded tissues of primary and metastatic tumors, were analyzed in immunohistochemistry with antibodies directed against proteins involved in DNA stability, cell proliferation and the definition of basal or luminal subgroup. Correlations with clinical data were sought at all levels of analysis.Results: The number of chromosomal alterations increased significantly with the tumor stage. In addition, the distribution of these alterations was consistent between the DNAs extracted from tumor tissue and those from urinary samples. If no immunohistochemical marker differentiated between metastatic and non-metastatic patients, similar labeling patterns were observed between primary tumors and metastases. Notably, the presence of lymphatic emboli was predictive of metastatic status.Conclusion: The use in clinical practice of the BCA-oligo chip to predict a progression of a bladder tumor to a higher stage or grade may be considered. This analysis is feasible on urine sample. The systematic search for lymphatic emboli on primary tumors can be used in clinical practice to predict a metastatic evolution.

Les lymphoproliférations survenant après transplantation sont une situation rare mais préoccupante car mettant en jeu la survie des patients. Ces hémopathies ont des caractéristiques épidémiologiques et physio-pathologiques qui les distinguent des lymphomes du sujet immunocompétent. Nous nous sommes intéressé à l’analyse des facteurs de risque associés aux lymphomes post-greffe et à la recherche de facteurs pronostiques de survie des patients par l’analyse détaillée des registres américain et français de patients transplantés rénaux. Le Registre Français des lymphomes survenant après transplantation rénale a permis de recenser tous les cas de syndromes lymphoprolifératifs se développant chez des patients adultes survenant entre le 1er janvier 1998 et le 31 décembre 2007. Tous les centres français de Transplantation rénale ont participé. Nous avons recensé 500 cas de lymphomes sur une période de 10 ans. Les différentes analyses de cette base de données ont donné lieu à la publication d’une analyse intermédiaire sur les 230 premiers cas, à une publication consacrée à l’incidence et aux facteurs de risque de développement des lymphomes surla cohorte complète et à une publication concernant les facteurs pronostiques de décès des patients porteurs d’une lymphoprolifération avec établissement d’un score de risque spécifique de cette population. D’autre part, cette base de données unique au monde représente un support intéressant pour le développement de travaux de recherche: étude de l’origine des cellules tumorales, étude des facteurs de susceptibilité pharmacogénétique au développement des lymphoprolifération post-greffe, étude des microRNA de l’EBV dans les lymphomes post-greffe. / Post transplant lymphoproliferative disorders (PTLD) are a rare but serious complication occurring after kidney transplantation. Features of PTLD are specific and different of those of immunocompetent patients. We studied incidence, risk factors for development of PTLD and prognostic factors of patients with PTLD using two databases: American and French. The French Registry of PTLD enrolled all adult patients with PTLD occurring between the 1st January 1998 and the 31st December 2007 from all transplant centers in France. Five hundred patients were included in the Registry. This enables us to analyse first the incidence and risk factors of PTLD and second the risk factors of kidney recipients’ survival. We constructed a new prognostic score specific of transplant patients. Finally, the French Registry gave us the opportunity to support others research projects: determination of the origin of tumoral cells, analysis of pharmacogenetic factors associated with the risk of developing PTLD, study of EBV microRNA in lymphoproliferations.

Les petits ARN nucléolaires (snoARN) sont d'abondants petits ARN non codants impliqués dans la modification post-transcriptionnelle des ARN ribosomiques. Plus récemment, ils ont été associés à de nouvelles fonctions et des dérégulations dans les cancers. La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est l'hémopathie maligne la plus courante dans les pays occidentaux. Cette pathologie, bien qu'indolente, est toujours incurable et est très hétérogène en termes d'évolution et de réponse au traitement. Il est ainsi nécessaire de découvrir de nouveaux marqueurs permettant de stratifier le risque d'évolution de la LLC afin d'améliorer la prise en charge thérapeutique des patients. Le but de mon projet a été d'étudier les profils d'expression des snoARN dans la LLC et de les corréler aux données cliniques et biologiques. Par des expériences de PCR quantitative à grande échelle (Fluidigm), j'ai mis en évidence la dérégulation des snoARN dans la LLC. De plus, j'ai pu montrer qu'une signature spécifique était capable de définir un nouveau sous-groupe de mauvais pronostic au sein des patients IGHV-mutés, initialement classés dans un groupe de bon pronostic. La surexpression de la signature est corrélée à un temps de survie sans traitement plus court et semble être principalement activée par les signaux de prolifération. Ainsi, cette étude démontre l'intérêt d'étudier la valeur pronostique des snoARN dans la LLC et plus largement dans les hémopathies malignes. / Small nucleolar RNAs (snoRNAs) are an abundant class of small non-coding RNAs responsible for the post-transcriptional modifications of ribosomal RNAs. They have been recently associated with new functions and described as deregulated in many cancers. Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most frequent leukemia in the western world. This disease has a slow progression rate but is still incurable and is also very heterogeneous in terms of clinical course and response to therapy. Thus, it is essential to find new molecular markers allowing improvement of patient therapeutic care. This study aimed at establishing the expression profiles of snoRNAs in a CLL cohort and to correlate them to the clinico-biological parameters. By means of high-throughput quantitative PCR, I showed that snoRNAs were deregulated in CLL. Moreover, a specific signature was able to define a new adverse prognostic subgroup among IGHV-mutated patients, initially classified as good prognosis cases. The overexpression of the signature is correlated to a shorter treatment-free survival and seems to be mainly activated by proliferation signals. All in all, this study demonstrates the prognostic value of snoRNAs in CLL and prompts us to further explore their deregulation in hematological malignancies.

Le cancer épithélial de l'ovaire (CEO) est une cause majeure de mortalité parcancer gynécologique. Il est associé à un mauvais pronostic car il est souventdécouvert à un stade tardif. Mieux comprendre les causes et les mécanismesmoléculaires et cellulaires associés à la progression de ce cancer représente unenjeu majeur.Les deux chimiokines CXCL12/SDF-1 et fractalkine (FKN)/CX3CL1 ont étéimpliquées dans diverses tumeurs. La chimiokine SDF-1, a un effetimmunosuppresseur dans le CEO. Elle est aussi impliquée dans l'angiogenèsetumorale. L'effet de SDF-1 médié par CXCR4 est également impliqué dans larégulation de la prolifération, la survie, la migration et l'invasion des cellulescancéreuses. La FKN, a largement été mise en évidence dans les tissusépithéliaux et dans divers cancers où elle peut avoir soit un rôle anti-tumoral soitun rôle pro-tumoral. Jusqu'à présent la FKN n'a pas été étudié dans le CEO.Dans notre étude, nous avons démontré l'expression de SDF-1 et de la FKNdans l'épithélium de surface de l'ovaire sain et dans les tumeurs bénignes etmalignes. Ces résultats montrent que l'expression de SDF-1 et de la FKNpréexiste à la tumorigenèse. Nous avons démontré une expression hétérogènedes deux chimiokines dans les cellules du CEO. Les niveaux d'expression deSDF-1 dans les cellules tumorales sur une cohorte de 183 patientes n'ont aucunevaleur pronostique sur la survie globale et sur la survie sans progressiontumorale des patientes atteintes par le CEO. L'étude de la corrélation del'expression de la FKN avec les deux marqueurs de prolifération, Ki-67 etGILZ, sur une autre cohorte de 54 patientes, complétée par des expériences invitro, a montré que GILZ augmente l'expression de la FKN et d'autre part que laFKN elle-même augmente la prolifération. Cette étude contribue à élucider lerôle de SDF-1 et de la FKN dans le CEO.