MEDEIROS, Melissa Soares. Genotipagem e perfil de resistência aos antiretrovirais do vírus da imunodeficiência tipo 1 em população com falha terapêutica no Ceará, Brasil : 2002 a 2004. 2006. 192 f. Dissertação (Mestrado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2006. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-05-07T13:29:20Z No. of bitstreams: 1 2006_dis_msmedeiros.pdf: 2320693 bytes, checksum: e0ca832db9ac0a74bb96e8b202aefb31 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-05-08T16:54:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_dis_msmedeiros.pdf: 2320693 bytes, checksum: e0ca832db9ac0a74bb96e8b202aefb31 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-08T16:54:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_dis_msmedeiros.pdf: 2320693 bytes, checksum: e0ca832db9ac0a74bb96e8b202aefb31 (MD5) Previous issue date: 2006 / Genotypic testing for HIV-1 drug resistance is useful for selecting antiretroviral drugs for patients developing treatment failure. O melhor entendimento da sua interpretação facilitará sua utilização como ferramenta médica na terapêutica do HIV. The optimal understanding of its interpretation will give an important tool for HIV treatment. Objective: To identify common combinations of resistance mutations and antiretroviral resistance profile. Methods: Between April 2002 and March 2004, 101 protease and reverse transcriptase (RT) sequences were determined for HIV-1 isolates from patients who were failing antiretroviral therapy. Resistance profile was obtained by Stanford program. Results: male were 76.2%, median age 38 years, CD4 media was 279.21 cells/mm3 and Viral load 4.49 log. Total of 31 mutational patterns were detected to protease inhibitor (IP), 49 to nucleoside RT inhibitor (NRTI), and 17 to nonnucleoside RT inhibitor (NNRTI). K65R was detected in 5.9% isolates. The most frequent mutations were L90M, M184V and K103N to IP, NRTI and NNRTI respectively. The main mutational patterns accounted for 49% of mutant sequences to IP, 38.5% to ITRN accounted and 40,9% to NNRTI. Patients with three or more therapeutic failure had worst resistance profile to all IP except for Lopinavir, and NRTI except for Tenofovir. High resistance to Lamivudine and NNRTI were independent of failure quantity. Conclusion: The best susceptibility was found to Lopinavir at IP’s class and to Tenofovir at ITRN’s. The main mutational patterns to IP, ITRN and NNRTI represented almost half of all patterns found. / A Genotipagem está sendo usada como método para guiar a seleção de antiretrovirais em pacientes com falha terapêutica. O melhor entendimento da sua interpretação facilitará sua utilização como ferramenta médica na terapêutica do HIV. Objetivo: Avaliar o perfil de resistência aos antiretrovirais e identificar padrões mutacionais das seqüências de protease e TR do HIV-1. Métodos: Foram estudadas as sequências de genes da protease e TR isoladas de 101 amostras de pacientes com HIV-1 em falha terapêutica, entre abril/2002 a março/2004, através de Genotipagem realizadas no Ceará. O Banco de dados de Stanford foi utilizado para avaliação de resistência e SPSS versão 11 e Epi Info versão 6 para análise estatística. Resultados: Sexo masculino 76,2%, mediana de idade 38 anos, CD4 médio de 279,21 cells/mm3 e Carga Viral 4.49 log. Na classe de Inibidores de Protease (IP) 31 padrões mutacionais foram encontrados, nos inibidores da transcriptase reversa análogos de nucleosídeos (ITRN) 49 e para inibidores da transcriptase reversa não análogos de nucleosídeos (ITRNN) 17. As mutações mais frequentes foram L90M, M184V e K103N para IP, ITRN e ITRNN espectivamente. A K65R foi detectada em 5,9% dos isolados. Três ou mais falhas terapêuticas apresentaram maior perfil de resistência para todos os IPs exceto para Lopinavir, e para todos os ITRNs exceto para Tenofovir. Os seis principais padrões mutacionais para IPs equivaleram a 49% das sequências, para ITRNs a 38,5%, e para ITRNNs os dois principais padrões corresponderam a 40,9%. Foram encontrados altos índices de resistência para ITRNNs independente da quantidade de falhas terapêuticas. Conclusão: Nos IPs a menor resistência encontrada foi ao Lopinavir e nos ITRNs ao Tenofovir. Os principais padrões mutacionais para IPs, ITRNs e ITRNNs representaram quase metade de todos os padrões de resistência encontrados.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2005. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2005. / Härtill 4 uppsatser.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2004. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 154-169).

Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-13T18:26:36Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71822.pdf: 1728254 bytes, checksum: d921c02c1f05a7463f391f259e73255d (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-08-09T17:36:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71822.pdf: 1728254 bytes, checksum: d921c02c1f05a7463f391f259e73255d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T17:36:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71822.pdf: 1728254 bytes, checksum: d921c02c1f05a7463f391f259e73255d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os medicamentos utilizados no controle da infecção causada por espécies de Leishmania estão associados a alta toxicidade, dificuldade de administração, altos custos e crescente resistência. A procura por novas alternativas de tratamento é, portanto, uma prioridade. Na busca de outros fármacos que possam ser efetivos e menos tóxicos destacam-se os inibidores de protease. As proteases de Leishmania estão envolvidas nos mais diversos mecanismos, tais como virulência e patogênese. Dentro deste contexto, trabalhos mostram a atividade de inibidores de aspártico protease do HIV (IPs-HIV) em patógenos oportunistas, dentre eles Leishmania spp. No presente estudo trabalhamos com moléculas precursoras de síntese dos IPs-HIV, as hidroxietilaminas (HEAs). O objetivo deste estudo foi avaliar a atividade leishmanicida de HEAs e suas implicações na biologia de Leishmania spp. De 23 móleculas submetidas à triagem inicial em promastigotas, 15 prosseguiram nos testes e confirmaram sua atividade sobre amastigotas intracelulares de L. amazonensis, todas com IC50 < 5,0 \F06DM. A avaliação da toxidez in vitro sobre macrófagos peritoneais murinos e células MRC5 demonstrou que as substâncias-teste PMTB1, PMTB4, PMTB11, PLIP2, PLIP19 possuem índice de seletividade superior a 20. As substâncias mais ativas sobre amastigotas foram selecionadas para testes onde diferentes variáveis foram usadas, como: espécies do parasito, razão de infecção, tempo e metodologia de contagem. Os resultados destacaram os compostos PMTB1, PMTB8, PMTB10, PLIP1, PLIP27 e PLIP33, que foram mais ativos para L. amazonensis e L. major considerando as diversas variáveis Além disso, ficou evidente que existe uma diferença significativa no resultado de IC50/IC90 de acordo com a metodologia de contagem. Os testes de inibição da atividade proteolítica de aspártico protease mostraram que as HEAs tem perfis diferentes de inibição, e as com maior capacidade inibitória foram PLIP19, PLIP27, PMTB3, PMTB4, PMTB5, PMTB7, PMTB9 e PMTB10, não guardando correlação direta com a atividade leishmanicida. Ao analisarmos a relação estrutura/atividade das moléculas, percebemos que o grupamento NH2 mantém a atividade leishmanicida. A análise do perfil dos lipídeos neutros mostrou que não houve acúmulo de esteróis metilados na posição 14, que são caracteristíscos da inibição farmacológica da CYP51. No entanto, houve uma alteração na composição dos esteróis, principalmente pela PLIP27, cujo mecanismo necessita ser explorado. A análise in silico demostrou a aderência das moléculas à regra dos cinco (Ro5) de Lipinski, sugerindo que de acordo com parâmetros físico-químicos, elas são boas canditadas à administração oral. Juntos, estes resultados sugerem que as HEAs, principalmente PLIP27 e PMTB10, são moléculas promissoras com amplo espectro de atividade e podem auxiliar no estudo e desenvolvimento de protótipos semelhantes aos IPs-HIV para o tratamento das leishmanioses / Drugs used to control infection caused by Leishmania species are associated with poor therapeutic responses, adverse effects, high toxicity, high costs and resistance. The search for new treatment approaches is a priority. Seeking other effective and less toxic drugs there are the protease inhibitors. Leishmania proteases are involved in many mechanisms, such as virulence and pathogenesis. In this context, studies show the activity of HIV aspartic protease inhibitors (HIV-PIs) in opportunistic pathogens, including Leishmania spp. In this study we worked with hydroxyethylamines (HEAs) used as precursor molecules in the synthesis of HIV-PIs. The objective of the study was to evaluate the leishmanicidal activity of HEAs and their implications in Leishmania biology. From 23 molecules in the initial screening with promastigotes, 15 continued in the tests and confirmed their activity on intracellular amastigotes of L. amazonensis, all of them with IC50 < 5,0 \F06DM. The toxicity assay on murine peritoneal macrophages and MRC5 cells showed that the molecules PMTB1, PMTB4, PMTB11, PLIP2, PLIP19 have selectivity index greater than 20. The most active substances on amastigotes were selected for testing in different methodologies, ranging parasitic species, infection rate, time and counting procedure. The results highlighted PMTB1, PMTB8, PMTB10, PLIP1, PLIP27 and PLIP33 as the most active compounds for L. amazonensis and L. major, considering several variables Furthermore, it was evident that there are significant differences in results of IC50/IC90 according to the counting methodology. Inhibition tests of the proteolytic activity of aspartic protease showed that HEAs have different profiles of inhibition. PLIP19, PLIP27, PMTB03, PMTB04, PMTB05, PMTB07, PMTB09 e PMTB10 were the most potent inhibiting the protease activity, without having a direct correlation with the leishmanicidal activity. Analyzing the relationship structure / activity of molecules, we realize that the group NH2 is important for leishmanicidal activity. Analysis of neutral lipids from promastigotes of L. amazonensis treated with PLIP27 and PMTB10 showed that there was no accumulation of C14-methylated sterols, which are typical of pharmacological inhibition of CYP51. However, other changes in sterol composition induced mainly by PLIP27 were noted, but the mechanism remains to be explored. The in silico analysis demonstrated the adherence of molecules to the rule of five (Ro5) of Lipinski, suggesting that according to physicochemical parameters they are good candidates of oral treatment. Altogether, these results suggest that HEAs, mainly PLIP27 and PMTB10, are promising molecules with broad-spectrum activity, and can be useful in the study and development of prototypes similar to HIV-PI for the treatment of leishmaniasis

Mesmo com o grande número de estudos relacionados à proteases do subtipo B e de como suas mutações podem interferir na estrutura, na resistência a inibidores e na eficiência catalítica da enzima, existe ainda uma lacuna de como as mudanças polimórficas de proteases de HIV de outros subtipos de HIV-1 interferem nesses fatores. Nesse contexto insere-se esse trabalho, que utilizou proteases de HIV-1 isoladas de pacientes brasileiros HIV-1 infectados com o subtipo F, e outros dois mutantes, sendo que um do subtipo F e outro do subtipo B para ensaios frente a seis inibidores comercialmente disponíveis: amprenavir, indinavir, lopinavir, nelfinavir, ritonavir e saquinavir. Nossos resultados experimentais revelam que os seis inibidores comerciais estudados são significantemente menos ativos para o subtipo F e para as mutantes quando comparados ao subtipo B. Além disso, os valores de vitalidade dessas proteases também são considerados maiores que os obtidos para a proteína selvagem do subtipo B. O acúmulo de mutações comumente detectadas e o polimorfismo natural tornam a protease selvagem do subtipo F cataliticamente suficiente para manter a viabilidade do vírus e garantir alto grau de resistência cruzada frente a todos os inibidores estudados. / Despite years of intense research around the world, HIV continues to represent considerable therapeutical challenge. In order to gain more insights into resistance of polymorphic mutations of existing HIV subtypes toward commercially available pharmaceutics, we studied inhibition of subtypes B and F HIV proteases (PRs) [native and two mutant enzymes clinically identified in Brazilian patients] by six commercial inhibitors (amprenavir, indinavir, lopinavir, nelfinavir, ritonavir and saquinavir). Our results show that all these inhibitors have significantly higher Ki values for the subtype F HIV PR (Fwt) and both mutant enzymes than that for the B subtype HIV PR (Bwt). Furthermore, the biochemical fitnesses of these proteases, or their vitalities, are also considerably higher than that of Bwt. The accumulation of commonly detected resistant mutations in HIV PRs with natural polymorphisms turns Fwt sufficiently catalytically active to guarantee the virus viability and confers it a large degree of cross resistance against all studied inhibitors.

Thesis (M.Sc. (Chemistry)) - Rhodes University, 2008.

Thesis (M.Sc. (Chemistry)) - Rhodes University, 2009.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-20T16:00:52Z No. of bitstreams: 1 Mariela Ferreira de Vasconcelos.pdf: 1477755 bytes, checksum: ff699f8bebce035f77777ac4343e2091 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-20T16:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariela Ferreira de Vasconcelos.pdf: 1477755 bytes, checksum: ff699f8bebce035f77777ac4343e2091 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / As leishmanioses constituem um conjunto de doenças negligenciadas que afetam cerca de 12 milhões de indivíduos em 98 países. Os medicamentos utilizados no controle da infecção estão associados à baixa eficácia, alta toxicidade, dificuldade de administração, altos custos e crescente resistência. A procura por novas alternativas de tratamento é, portanto, uma prioridade. Este trabalho tem como objetivo avaliar a atividade leishmanicida de novas hidroxietilpiperazinas sintéticas e de Momordica charantia (Cucurbitaceae). Uma série de oito hidroxietilpiperazinas foi sintetizada e testada, a que demonstrou ser mais ativa e com menor citotoxidade, PMIC4, foi selecionada. Promastigotas de Leishmania amazonensis foram cultivadas em diferentes concentrações da PMIC4, que inibiu acentuadamente a multiplicação do parasito, com IC50 de 11,6 μM. Em amastigotas, os resultados mostraram que macrófagos tratados com 20 μM de PMIC4 apresentaram uma redução de 82% nos níveis de infecção, com IC50 de 1,8 μM. Uma vez que hidroxietilpiperazinas são utilizadas como precursores na síntese dos inibidores de protease do HIV, foram realizados ensaios para detectar se a PMIC4 seria capaz de inibir a atividade de aspártico proteases em promastigotas de L. amazonensis. Concentrações de até 200 μM de PMIC4 não foram capazes de inibir esta atividade enzimática. Para avaliar se houve diferença na composição dos esteróis de membrana entre L. amazonensis tratadas com a PMIC4 e não tratadas, os lipídeos neutros foram analisados por cromatografia de camada fina. Foi possível notar uma diferença significativa entre os grupos tratados e o grupo controle. Para avaliar o efeito desta hidroxietilpiperazina no controle da infecção por L. amazonensis em camundongos BALB/c, os animais foram tratados com a PMIC4, que mostrou possuir atividade leishmanicida in vivo por via oral. Paralelamente, também foi demonstrada a atividade leishmanicida de frações de Momordica charantia em promastigotas e amastigotas intracelulares de L. amazonensis. Ao longo do trabalho, foi realizado o fracionamento do extrato bruto das partes aéreas da planta, guiado pela atividade leishmanicida, até a obtenção de três frações semi-purificadas ativas. Em amastigotas intracelulares, as frações ativas MSØAc e F7 apresentaram IC50 de 1,69 μg/mL e 1,08 μg/mL, respectivamente. Este é o primeiro relato tanto da atividade de uma hidroxietilpiperazina quanto de Momordica charantia contra Leishmania amazonensis. Os extratos, frações e substâncias aqui apresentados podem ser considerados candidatos potenciais para o desenvolvimento de novos fitoterápicos e/ou quimioterápicos contra a leishmaniose cutânea. / Leishmaniasis is a group of neglected diseases that affect approximately 12 million people in 98 countries. The drugs used to control the disease are associated with low efficacy, high toxicity, difficulties of administration, high costs and increasing resistance. The search for new alternatives of treatment is a priority. This study aims to evaluate the leishmanicidal activity of new synthetic hidroxyethylpiperazines and of Momordica charantia (Cucurbitaceae). A series of eight hidroxyethylpiperazines was synthesized and the PMIC4 showed to be more active and less cytotoxic. Leishmania amazonensis promastigotes were cultivated in different concentrations of PMIC4, which strongly inhibited the multiplication of the parasite, with IC50 of 11.6 μM. In amastigotes, the results demonstrated that macrophages treated with 20 μM of PMIC4 presented 82% reduction in infection levels, with IC50 of 1.8 μM. Once hidroxyethylpiperazines are used as precursors in the synthesis of protease inhibitors of HIV, we tested whether the PMIC4 could inhibit the activity of aspartic proteases in promastigotes of L. amazonensis. Concentrations up to 200 μM of PMIC4 were not able to inhibit this enzyme activity. To determine differences in the composition of membrane sterols between L. amazonensis treated with PMIC4 and untreated, the neutral lipids were analyzed by thin layer chromatography. It was possible to observe a significant difference between treated and control groups. To evaluate the effect of this hidroxyethylpiperazine in controlling infection by L. amazonensis in BALB/c mice, animals were treated with PMIC4, which showed in vivo leishmanicidal activity orally. Moreover, we also demonstrated the leishmanicidal activity of fractions of Momordica charantia in promastigotes and intracellular amastigotes of L. amazonensis. Throughout the work, we performed the fractionation of crude extract of aerial parts of the plant, guided by the leishmanicidal activity until we get three very active fractions. In intracellular amastigotes, the active fractions MSØAc and F7 showed IC50 of 1,69 μg/mL and 1,08 μg/mL, respectively. This is the first report of the activity of hidroxyethylpiperazines and Momordica charantia against Leishmania amazonensis. The extracts, fractions and substances presented here can be considered potential candidates for the development of new phytotherapy and/or chemotherapy against cutaneous leishmaniasis.

Mesmo com o grande número de estudos relacionados à proteases do subtipo B e de como suas mutações podem interferir na estrutura, na resistência a inibidores e na eficiência catalítica da enzima, existe ainda uma lacuna de como as mudanças polimórficas de proteases de HIV de outros subtipos de HIV-1 interferem nesses fatores. Nesse contexto insere-se esse trabalho, que utilizou proteases de HIV-1 isoladas de pacientes brasileiros HIV-1 infectados com o subtipo F, e outros dois mutantes, sendo que um do subtipo F e outro do subtipo B para ensaios frente a seis inibidores comercialmente disponíveis: amprenavir, indinavir, lopinavir, nelfinavir, ritonavir e saquinavir. Nossos resultados experimentais revelam que os seis inibidores comerciais estudados são significantemente menos ativos para o subtipo F e para as mutantes quando comparados ao subtipo B. Além disso, os valores de vitalidade dessas proteases também são considerados maiores que os obtidos para a proteína selvagem do subtipo B. O acúmulo de mutações comumente detectadas e o polimorfismo natural tornam a protease selvagem do subtipo F cataliticamente suficiente para manter a viabilidade do vírus e garantir alto grau de resistência cruzada frente a todos os inibidores estudados. / Despite years of intense research around the world, HIV continues to represent considerable therapeutical challenge. In order to gain more insights into resistance of polymorphic mutations of existing HIV subtypes toward commercially available pharmaceutics, we studied inhibition of subtypes B and F HIV proteases (PRs) [native and two mutant enzymes clinically identified in Brazilian patients] by six commercial inhibitors (amprenavir, indinavir, lopinavir, nelfinavir, ritonavir and saquinavir). Our results show that all these inhibitors have significantly higher Ki values for the subtype F HIV PR (Fwt) and both mutant enzymes than that for the B subtype HIV PR (Bwt). Furthermore, the biochemical fitnesses of these proteases, or their vitalities, are also considerably higher than that of Bwt. The accumulation of commonly detected resistant mutations in HIV PRs with natural polymorphisms turns Fwt sufficiently catalytically active to guarantee the virus viability and confers it a large degree of cross resistance against all studied inhibitors.