Thesis (Ph. D.)--University of Texas at Austin, 2006. / Vita. Includes bibliographical references.

Essen, Universiẗat, Diss., 2005--Duisburg.

Proefschrift Rijksuniversiteit Limburg. Proefschrift (Med.) Maastricht. / Ten dele eerder verschenen art. Met samenv. i.h. Nederlands.

Thesis (M.S.)--Duquesne University, 2009. / Title from document title page. Abstract included in electronic submission form. Includes bibliographical references (p. 113-138) and index.

Made available in DSpace on 2015-12-06T22:54:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O presente estudo teve como objetivo determinar as β)lactamases envolvidas na resistência às cefalosporinas de amplo espectro em uma coleção de Pseudomonas aeruginosa isoladas de hemoculturas de pacientes internados em um complexo hospitalar universitário na cidade de São Paulo durante o ano de 2005. No primeiro trabalho descrevemos a produção de CTX)M)2 em um isolado que apresentava o estranho fenótipo de sensibilidade à ceftazidima e resistência à cefepima. O gene que codificava esta enzima estava localizado no cromossomo bacteriano, em um contexto genético idêntico àquele encontrado em plasmídeos que carregam blaCTX)M)2, que encontram)se disseminados entre enterobactérias. No segundo trabalho, descrevemos as β)lactamases envolvidas na resistência à ceftazidima em 43 isolados de P. aeruginosa da referida coleção, assim como o contexto e suporte no qual estavam inseridos os genes que codificavam as enzimas identificadas. Além disso, realizamos a tipagem molecular dos isolados estudados e pesquisamos os prontuários médicos dos pacientes infectados pelas amostras estudadas. A hiperprodução de AmpC foi considerada a única β)lactamase relacionada à resistência a ceftazidima em quatro isolados (9,3 por cento). Nove isolados (20,9 por cento) apresentaram a produção de β)lactamase de espectro estendido (ESBL), sendo que sete (16,3 por cento) apresentavam a enzima GES)1 e dois isolados (4,6 por cento) apresentavam a enzima CTX)M)2. A atividade hidrolítica contra os carbapenens foi detectada em trinta isolados (69,7 por cento), nos quais as enzimas IMP)1, GES) 5 e SPM)1 foram identificadas em 1, 2 e 27 isolados, respectivamente. Nenhum isolado apresentou produção simultânea de metalo)β)lactamase e ESBL. Os genes blaSPM)1 e blaCTX)M)2 estavam associados às seqüências de inserção ISCR4 e ISCR1, respectivamente, enquanto que os genes blaGES)1, blaGES)5 e blaIMP)1 estavam localizados em integrons da classe 1. Todos os genes codificadores de β)lactamases identificados apresentavam localização cromossomal. A tipagem molecular dos isolados estudados evidenciou a existência de sete genótipos distintos; porém, isolados produtores de uma mesma enzima freqüentemente apresentavam relação clonal. A análise dos prontuários médicos revelou que metade dos pacientes que apresentaram infecção da corrente sanguínea pelos isolados de P. aeruginosa estudados receberam terapia inadequada. Este estudo permitiu identificar a diversidade de genes codificadores de β)lactamases de amplo espectro hidrolítico que foram adquiridos por isolados clínicos de P. aeruginosa. Estes genes foram inseridos no DNA cromossomal destes isolados e, posteriormente, disseminados por transmissão cruzada.. / The aim of this study was to identify the β-lactamases involved in broad-spectrum cephalosporin resistance in P. aeruginosa isolates recovered from blood culture of patients hospitalized at a Brazilian teaching hospital located in São Paulo, between January and December 2005. In the first manuscript we have described the production of CTX-M-2 causing ceftazidime susceptibility and cefepime resistance in a P. aeruginosa clinical isolate. The CTX-M-2-encoding gene was located at the bacterial chromosome, and its vicinities were identical to those observed in blaCTX-M-2-carrying plasmids from enterobacterial isolates. In the second manuscript we have evaluated 43 ceftazidime-resistant P. aeruginosa isolates from the referred collection. We have described the β-lactamases involved in ceftazdidme resistance, as well as the genetic context and support of β-lactamaseencoding genes and we have performed molecular typing of isolates. The medical records of patients infected with isolates studied were also analyzed. AmpC overproduction was found to be the only β-lactamase-mediated mechanism responsible for ceftazidime resistance in four isolates (9.3%). Nine isolates (20.9%) produced an extended-spectrum β-lactamase (ESBL), either GES-1 (n = 7, 16.3%) or CTX-M-2 (n = 2, 4.6%). Carbapenemase activity was detected in 30 (69,7%) isolates, in which two (4.6%) produced the ESBL GES-5, a single isolate (2.3%) produced the metallo-β-lactamase (MBL) IMP-1; and 27 isolates produced the MBL SPM-1 (62.8%). None of the isolates coproduced both ESBL and MBL. Insertion sequence elements ISCR4 and ISCR1 were associated with blaSPM-1 and blaCTX-M-2 genes, respectively, whereas the blaGES and blaIMP-1 genes were part of class 1 integron structures. All β- lactamase-encoding genes identified were chromosomally located. Molecular typing showed the existence of seven distinct genotypes, in which producers of the same β- lactamase often belonged to a single clone. Clinical data revealed that half of the patients infected with isolates studied have received inadequate therapy, suggesting that empirical treatment protocols should be updated in the hospital studied. In this study we have identified a variety of broad-spectrum β-lactamase-encoding genes that have been initially acquired by P. aeruginosa clinical isolates, inserted on its chromosomal DNA and then spread between patients by cross-transmition. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Uma substância antimicrobiana produzida por Pseudomonas aeruginosa foi caracterizada. O microrganismo produtor foi isolado de um lago de tratamento de efluentes em um frigorífico localizado na região do vale do Rio Pardo, no Rio Grande do Sul. O isolado foi caracterizado por análise bioquímica e seqüenciamento do 16S rDNA. As condições de maior produção ocorreram a 30°C, sob agitação contínua, com o maior pico de produção a partir de 108 horas. A substância antimicrobiana foi parcialmente purificada através de precipitação com sulfato de amônio 70%, cromatografia de gel filtração (Sephadex G-100) e de troca iônica (DEAE Sepharose). A substância antimicrobiana foi caracterizada com as duas alíquotas coletadas a partir do eluato da coluna de gel filtração. Os dados da caracterização indicam que ambas as alíquotas são a mesma substância. A atividade antimicrobiana foi analisada sobre o gel de poliacrilamida. Uma banda majoritária no gel de poliacrilamida sugere que o peptídeo apresente uma massa molecular de aproximadamente 30 kDa. A substância apresentou uma ampla atividade antimicrobiana sobre cepas indicadoras, tais como S. aureus, L. monocytogenes, B. cereus e importantes bactérias patogênicas e deteriorantes. A atividade antimicrobiana foi constante na faixa de 10 a 100°C, por até 60 minutos, iniciando um declínio a 120°C. O peptídeo antimicrobiano resistiu a todas as proteases testadas e teve sua atividade diminuída com DMSO, Tween 20 e 80, TCA e uréia. A substância parcialmente purificada foi utilizada no combate de S. aureus artificialmente inoculados em hambúrgueres crus de carne bovina e não inibiu seu crescimento nas condições do experimento. / An antimicrobial substance produced by Pseudomonas aeruginosa was characterized. The producer microorganism was isolated from an effluents treatment lake from an abattoir localized in Rio Pardo valley area, Rio Grande do Sul, Brazil. The strain was characterized by chemical profiling and 16S sequencing. It has reached its maximum of production under the following conditions: 86ºF, continuous agitation and aeration, 108 h. The antimicrobial substance was partially purified by ammonium sulfate precipitation 70%, gel filtration (Sephadex G-100) and ion exchange chromatography (DEAE Sepharose). The antimicrobial substance was characterized into two fractions collected from gel filtration’s eluate. The characterization data indicates that both fractions are the same substance. Direct activity on sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) was observed. A major band on SDS-PAGE suggested that the peptide had a molecular mass of about 30 kDa. The substance was inhibitory to a broad range of indicator strains such as S. aureus, L. monocytogenes B. cereus, and important pathogenic and spoilage bacterias. The activity was constant from 50 to 212ºF, for 60 minutes, beginning to decline at 248ºF. The antimicrobial peptide resisted to all proteolitic enzymes tested and only reduced its activity with dimethyl sulfoxide, polysorbate 20, polysorbate 80, trichloroacetic acid and urea. The partially purified substance was used to combat S. aureus in meat hamburgers and didn’t inhibit its growth at the experiment conditions.

Uma substância antimicrobiana produzida por Pseudomonas aeruginosa foi caracterizada. O microrganismo produtor foi isolado de um lago de tratamento de efluentes em um frigorífico localizado na região do vale do Rio Pardo, no Rio Grande do Sul. O isolado foi caracterizado por análise bioquímica e seqüenciamento do 16S rDNA. As condições de maior produção ocorreram a 30°C, sob agitação contínua, com o maior pico de produção a partir de 108 horas. A substância antimicrobiana foi parcialmente purificada através de precipitação com sulfato de amônio 70%, cromatografia de gel filtração (Sephadex G-100) e de troca iônica (DEAE Sepharose). A substância antimicrobiana foi caracterizada com as duas alíquotas coletadas a partir do eluato da coluna de gel filtração. Os dados da caracterização indicam que ambas as alíquotas são a mesma substância. A atividade antimicrobiana foi analisada sobre o gel de poliacrilamida. Uma banda majoritária no gel de poliacrilamida sugere que o peptídeo apresente uma massa molecular de aproximadamente 30 kDa. A substância apresentou uma ampla atividade antimicrobiana sobre cepas indicadoras, tais como S. aureus, L. monocytogenes, B. cereus e importantes bactérias patogênicas e deteriorantes. A atividade antimicrobiana foi constante na faixa de 10 a 100°C, por até 60 minutos, iniciando um declínio a 120°C. O peptídeo antimicrobiano resistiu a todas as proteases testadas e teve sua atividade diminuída com DMSO, Tween 20 e 80, TCA e uréia. A substância parcialmente purificada foi utilizada no combate de S. aureus artificialmente inoculados em hambúrgueres crus de carne bovina e não inibiu seu crescimento nas condições do experimento. / An antimicrobial substance produced by Pseudomonas aeruginosa was characterized. The producer microorganism was isolated from an effluents treatment lake from an abattoir localized in Rio Pardo valley area, Rio Grande do Sul, Brazil. The strain was characterized by chemical profiling and 16S sequencing. It has reached its maximum of production under the following conditions: 86ºF, continuous agitation and aeration, 108 h. The antimicrobial substance was partially purified by ammonium sulfate precipitation 70%, gel filtration (Sephadex G-100) and ion exchange chromatography (DEAE Sepharose). The antimicrobial substance was characterized into two fractions collected from gel filtration’s eluate. The characterization data indicates that both fractions are the same substance. Direct activity on sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) was observed. A major band on SDS-PAGE suggested that the peptide had a molecular mass of about 30 kDa. The substance was inhibitory to a broad range of indicator strains such as S. aureus, L. monocytogenes B. cereus, and important pathogenic and spoilage bacterias. The activity was constant from 50 to 212ºF, for 60 minutes, beginning to decline at 248ºF. The antimicrobial peptide resisted to all proteolitic enzymes tested and only reduced its activity with dimethyl sulfoxide, polysorbate 20, polysorbate 80, trichloroacetic acid and urea. The partially purified substance was used to combat S. aureus in meat hamburgers and didn’t inhibit its growth at the experiment conditions.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2017-01-30T14:11:00Z No. of bitstreams: 1 2016_CristianeUrcinaJoannaOliveiraLima.pdf: 1643918 bytes, checksum: 5525da7babb7a34414f4d9eaf56084a3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-13T18:43:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CristianeUrcinaJoannaOliveiraLima.pdf: 1643918 bytes, checksum: 5525da7babb7a34414f4d9eaf56084a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T18:43:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CristianeUrcinaJoannaOliveiraLima.pdf: 1643918 bytes, checksum: 5525da7babb7a34414f4d9eaf56084a3 (MD5) / Introdução: Evidências científicas veem demonstrando que Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) destaca-se dentre os demais patógenos por promover elevadas taxas de morbidade, mortalidade e aumento de custos hospitalares em âmbito mundial. Este microrganismo é intrinsicamente resistente à ampla diversidade de fármacos e capaz de se tornar resistente a diversos agentes antimicrobianos. Atualmente, verifica-se uma significativa limitação do arsenal terapêutico que pode ser empregado para o tratamento de infecções causadas por esta bactéria multirresistente. Estudos têm demonstrado que o cogumelo Agaricus blazei Murrill (AbM) apresenta atividade antimicrobiana. Objetivo: Avaliar a ação antimicrobiana dos extratos do Agaricus blazei Murrill sobre Pseudomonas aeruginosa multirresistente. Métodos: As cepas de Pseudomonas aeruginosa multirresistente foram obtidas de pacientes internados no Hospital Regional da Asa Norte do Distrito Federal. A multirresistência antimicrobiana foi determinada segundo os critérios do National Committee for Clinical Labocamundongory Standasrds. Os extratos, aquoso e metanólico, foram preparados a partir do basidiocarpo bruto do AbM e parte de sua composição química foi determinada, assim como os compostos fenólicos (polifenóis totais, polimerizados e não polimerizados; ésteres tartáricos e flavonóis) e ação antioxidante pelos métodos de DPPH e ABTS. Os testes in vitro contemplaram as avaliações da concentração inibitória mínima, do potencial hemolítico dos extratos, da viabilidade celular e quantificação de citocinas (TNF-α, IL-10, IL-12) em células RAW 264.7. No ensaio in vivo, os animais foram infectados com a Pseudomonas aeruginosa multirresistente para avaliação da ação antimicrobiana dos extratos do cogumelo na sobrevida de camundongos. Resultados: Os dados da composição química do AbM demonstraram uma elevada quantidade de carboidratos, proteínas e fibras, associado a baixo teor de gorduras. O extrato metanólico apresentou uma maior quantidade de compostos fenólicos em relação ao aquoso, e ambos os extratos evidenciaram elevada atividade antioxidante pelo método ABTS. Os demais estudos in vitro demostraram que o extrato metanólico apresentou atividade inibitória no crescimento de P. aeruginosa, ambos os extratos de AbM não promoveram atividade hemolítica e não estimularam a secreção de citocinas. Além disso, os extratos diminuíram a viabilidade celular. Nos experimentos in vivo, o extrato aquoso aumentou a sobrevida de camundongos com infecção em 60%, quando comparados com animais controle. Conclusão: Estes dados sugerem que o extrato aquoso do cogumelo AbM pode ser uma alternativa terapêutica para o tratamento de infecções bacterianas multirresistentes. / Introduction: Scientific evidence demonstrating see that Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) stands out among the other pathogens by promoting high rates of morbidity, mortality and increased hospital costs worldwide. This microorganism is intrinsically resistant to wide range of drugs and able to become resistant to many antimicrobial agents. Currently, there is a significant limitation in the therapeutic arsenal that can be used for the treatment of infections caused by multidrug this bacterium. Studies have shown that Agaricus blazei Murrill (AbM) has antimicrobial activity. Objective: To evaluate the antimicrobial action of Agaricus blazei Murrill extracts on multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa. Methods: multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa strains were obtained from patients admitted to the Regional Hospital of the North Wing of the Federal District. The multidrug resistance was determined according to the criteria of the National Committee for Clinical Labocamundongory Standasrds. The extracts and aqueous methanol have been prepared from crude basidiocarp AbM and part of their chemical composition was determined, as well as phenolic compounds (total polyphenols polymerized and unpolymerized; Tartaric acid esters, flavonoids) and antioxidant activity by DPPH methods and ABTS. In vitro testing contemplated reviews the minimum inhibitory concentration, hemolytic potential of the extracts, the cellular viability and quantification of cytokines (TNF-α, IL-10, IL-12) in RAW 264.7 cells. In the in vivo test, the animals were infected with Pseudomonas aeruginosa multiresistant to evaluate the antimicrobial activity of mushroom extracts on the survival of mice. Results: The data on the chemical composition AbM showed a high amount of carbohydrates, protein and fiber, associated with low fat content. The methanol extract showed a greater amount of phenolic compounds in relation to the aqueous, and both extracts showed high antioxidant activity by ABTS method. Other in vitro studies showed that the methanol extract showed inhibitory activity on the growth of P. aeruginosa, both AbM extracts did not promote hemolytic activity and did not stimulate the secretion of cytokines. Moreover, the extracts decreased cell viability. In in vivo experiments, the aqueous extract increased the survival of mice infected by 60% when compared to control animals. Conclusion: These data suggest that the aqueous extract of the mushroom AbM may be a therapeutic alternative for the treatment of multidrug-resistant bacterial infections.

Uma substância antimicrobiana produzida por Pseudomonas aeruginosa foi caracterizada. O microrganismo produtor foi isolado de um lago de tratamento de efluentes em um frigorífico localizado na região do vale do Rio Pardo, no Rio Grande do Sul. O isolado foi caracterizado por análise bioquímica e seqüenciamento do 16S rDNA. As condições de maior produção ocorreram a 30°C, sob agitação contínua, com o maior pico de produção a partir de 108 horas. A substância antimicrobiana foi parcialmente purificada através de precipitação com sulfato de amônio 70%, cromatografia de gel filtração (Sephadex G-100) e de troca iônica (DEAE Sepharose). A substância antimicrobiana foi caracterizada com as duas alíquotas coletadas a partir do eluato da coluna de gel filtração. Os dados da caracterização indicam que ambas as alíquotas são a mesma substância. A atividade antimicrobiana foi analisada sobre o gel de poliacrilamida. Uma banda majoritária no gel de poliacrilamida sugere que o peptídeo apresente uma massa molecular de aproximadamente 30 kDa. A substância apresentou uma ampla atividade antimicrobiana sobre cepas indicadoras, tais como S. aureus, L. monocytogenes, B. cereus e importantes bactérias patogênicas e deteriorantes. A atividade antimicrobiana foi constante na faixa de 10 a 100°C, por até 60 minutos, iniciando um declínio a 120°C. O peptídeo antimicrobiano resistiu a todas as proteases testadas e teve sua atividade diminuída com DMSO, Tween 20 e 80, TCA e uréia. A substância parcialmente purificada foi utilizada no combate de S. aureus artificialmente inoculados em hambúrgueres crus de carne bovina e não inibiu seu crescimento nas condições do experimento. / An antimicrobial substance produced by Pseudomonas aeruginosa was characterized. The producer microorganism was isolated from an effluents treatment lake from an abattoir localized in Rio Pardo valley area, Rio Grande do Sul, Brazil. The strain was characterized by chemical profiling and 16S sequencing. It has reached its maximum of production under the following conditions: 86ºF, continuous agitation and aeration, 108 h. The antimicrobial substance was partially purified by ammonium sulfate precipitation 70%, gel filtration (Sephadex G-100) and ion exchange chromatography (DEAE Sepharose). The antimicrobial substance was characterized into two fractions collected from gel filtration’s eluate. The characterization data indicates that both fractions are the same substance. Direct activity on sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) was observed. A major band on SDS-PAGE suggested that the peptide had a molecular mass of about 30 kDa. The substance was inhibitory to a broad range of indicator strains such as S. aureus, L. monocytogenes B. cereus, and important pathogenic and spoilage bacterias. The activity was constant from 50 to 212ºF, for 60 minutes, beginning to decline at 248ºF. The antimicrobial peptide resisted to all proteolitic enzymes tested and only reduced its activity with dimethyl sulfoxide, polysorbate 20, polysorbate 80, trichloroacetic acid and urea. The partially purified substance was used to combat S. aureus in meat hamburgers and didn’t inhibit its growth at the experiment conditions.

Submitted by Etelvina Domingos (etelvina.domingos@ufpe.br) on 2015-03-12T16:57:48Z No. of bitstreams: 2 TESE_Agrinaldo Jacinto do Nascimento Júnior.pdf: 6927683 bytes, checksum: bf123d71858e87a718a988da950251f3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T16:57:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE_Agrinaldo Jacinto do Nascimento Júnior.pdf: 6927683 bytes, checksum: bf123d71858e87a718a988da950251f3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-12-19 / FACEPE CAPES INAMI / A membrana externa de bactérias Gram- negativas é constituida majoritariamente de lipopolissacárideo (LPS) e fosfolipídeo. Cada unidade de LPS é constituida por até três partes, o lipídeo A, o Core e outra nem sempre presente chamada antígeno-O. O lípideo A tem um maior carater apolar, embora possua grupos fosfatos. Já o core é a região mais carregada do LPS e possui não apenas açucares fosforilados, mas também carboxilados. Desta maneira, a superfície da membrana de LPS é negativa e a interação com os cátions necessária para neutralizar a carga da membrana. Por isso, estas membranas possuem alta capacidade em adsorver cátions e assim são candidatas a serem utilizadas como agente biorremediadores, na captura por exemplo de radionuclídeos. Numa perspectiva de saúde, o LPS atua como um antigeno para o sistema imunológico de mamíferos e a sua ação pode auxiliar a causar não apenas febre, mas até levar a morte individuos imunocomprometidos. A bactéria Gram-negativa Pseudomonas aeruginosa é um destes patógenos nosocomiais oportunistas e tem sido apontada como uma das principais responsáveis por provocar a morte de pacientes portadores de fibroce cística. A estrutura supramolecular das membranas de LPS afetam não apenas a sua permeabilidade, mas ainda a ativação do sistema imunológico do hospedeiro no momento da infecção. Para uma descrição a nível molecular da influência dos cátions, Na+ , K+, Ca2+, Mg2+ , Zn2+ e Ba2+ na membrana de LPS utilizamos uma abordagem teórica baseada na dinâmica molecular clássica atomística. O modelo da membrana foi uma bicamada constituida de 72 unidades de LPS de Pseudomonas aeruginosa do quimiotipo PAO1 ancorados em 180 moléculas de 1,2-dipalmitoil-3-fosfatidil-etanolamina (DPPE) considerando o pH = 7 e temperatura de 300K. Os resultados das análises das simulações indicaram que as membranas de LPS suportam um nível de hidratação maior do que as bicamadas de fosfolipídeos e além disso os cátions tendem a provocar a ligação cruzada entre as unidades de LPS. Ainda, o aumento do raio de hidratação dos cátions, bem como a diminuição da ligação cruzada entre as unidades de LPS tendem a promover a transição da membrana de um estado lamelar para não lamelar. Deste modo, os resultados sugerem que a escolha combinada da valência do cátion e sua capacidade relativa de coordenar os grupos fosfatos e moléculas de água podem servir como regra para modular propriedades das membranas de LPS como estrutura supramolecular, fluidez e hidratação.