Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-12T16:24:50Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 230332 bytes, checksum: 5b41a9ec99d8c6835507f9f522bb1e8c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T16:24:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 230332 bytes, checksum: 5b41a9ec99d8c6835507f9f522bb1e8c (MD5) Previous issue date: 2003-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os objetivos deste trabalho foram simular estruturas de dados similares às condições reais observadas em rebanhos bovinos em relação a heterogeneidade; comparar os resultados das análises que consideram ou não a presença da heterogeneidade; quantificar o real efeito da heterogeneidade sobre a avaliação genética e seleção de touros, vacas e progênies, além de verificar a relação entre heterogeneidade e conexidade genética dos dados. Foram simulados vários conjuntos de dados formados por 75 touros, 3750 vacas e 7500 progênies, distribuídos em 15 rebanhos, por intermédio do programa Genesys (EUCLYDES, 1996). Quatro estruturas de heterogeneidade foram simuladas: rebanhos com heterogeneidade para todos os parâmetros tanto genéticos quanto fenotípicos - RHTP; rebanhos com médias genéticas similares e demais parâmetros heterogêneos - RMGS; rebanhos com heterogeneidade fenotípica - RHF e rebanhos sem heterogeneidade - RSH. Os rebanhos foram agrupados em três níveis: alta, média e baixa variabilidade. Foram simulados quatro graus de conexidade genética entre os níveis de variabilidade: 0%, 20%, 40% e 100% de conexidade genética (CG-0, CG-20, CG-40 e CG-100). Os arquivos de dados foram utilizados em análise de característica única que não considerava a heterogeneidade. Também, efetuou-se análise de características múltiplas, onde a produção em cada nível de variabilidade foi analisada como uma característica diferente, considerando- se, portanto, a heterogeneidade. As estimativas de variância genética e herdabilidades foram subestimadas para a estrutura de dados RHTP, mesmo nas análises de características múltiplas e para conjuntos de dados com alto grau de conexidade. Para as estruturas de dados que não apresentavam heterogeneidade para médias genéticas (RMGS, RHF e RSH), estas estimativas foram próximas dos valores simulados. Os valores genéticos preditos nas diferentes estruturas de dados foram comparados com os valores genéticos verdadeiros, através das correlações de ordem e de Pearson. Para RHTP, estas correlações foram inferiores a 50%, exceto para os valores genéticos de touros com 100% de conexidade entre os níveis de variabilidade. Para RMGS e RHF, as correlações foram altas e próximas às obtidas para dados sem heterogeneidade (RSH). Valores baixos para as correlações de Pearson indicam baixa acurácia na predição dos valores genéticos, enquanto baixas correlações de ordem indicam que a ordem de classificação dos animais com base nos valores genéticos preditos e verdadeiros é diferente. Conseqüentemente, classificados, animais com menor incorretamente, entre os valor animais genético poderão geneticamente ser superiores, prejudicando a eficiência da seleção. A heterogeneidade de média genética entre rebanhos prejudicou a acurácia da predição dos valores genéticos de touros e, principalmente de vacas e progênies, mas a heterogeneidade para outros parâmetros, não influenciou a avaliação genética dos animais. A análise de características múltiplas não foi eficiente para eliminar os problemas da heterogeneidade sobre a avaliação genética e o grau de conexidade dos dados influenciou os resultados das análises, apenas quando os rebanhos tinham médias genéticas heterogêneas. Assim, verificou-se que o problema da heterogeneidade sobre as avaliações genéticas é devido, basicamente à presença de médias genéticas diferentes entre rebanhos. / The objectives of this study were to simulate data structures similar to the real conditions observed in bovine herds according to parameters heterogeneous; to compare the results of the analysis that account or not for heterogeneity; to quantify the true effect of heterogeneity on the genetic evaluation and selection of bulls, cows and progenies, and to verify the relationship between parameters heterogeneous and genetic connectness of the data. It were simulated several groups of data formed by 75 bulls, 3750 cows and 7500 progenies, distributed in 15 herds, through the program Genesys (EUCLYDES, 1996). Four parameters heterogeneous structures were simulated: herds with heterogeneity for all the parameters, genetic and phenotypic - RHTP; herds with genetic means similar and the other parameters heterogeneous - RMGS; herds with heterogeneity phenotypic - RHF and herds without heterogeneity - RSH. Herds were grouped in three levels: high, mean and low variability. It were simulated four degrees of genetic connectness between the variability levels: 0%, 20%, 40% and 100% of genetic connectness (CG-0, CG-20, CG-40 and CG-100). Data files were used in single-trait analysis that didn't account for parameters heterogeneous. Also, it was carried out a multiple-trait analysis in which the production in each variability level was analyzed as a different trait. The estimates of genetic variance and heritability were underestimated for the data structure RHTP, even in the multiple-trait analysis and for groups of data with high connectness degree. For the structures of data that didn't present heterogeneity for genetic means (RMGS, RHF and RSH), these estimates were close to the simulate values. The estimated breeding values in the different structures of data were compared with the true breeding values, through rank correlations and Pearson correlations. For RHTP, these correlations were lower than 50%, except for the breeding values of bulls with 100% of connectness between the variability levels. For RMGS and RHF, correlations were high and close to values obtained for data without heterogeneity (RSH). Low values for Pearson correlations indicate low accuracy in the prediction of breeding values, while low rank correlations indicate that the ranking of animals based on estimated and true breeding values is different. Consequently, animals with smaller breeding value may be included, incorrectly, among the animals genetically superiors, harming the efficiency of selection. The heterogeneity of genetic mean between herds harmed the accuracy of breeding value predictions of bulls and, mainly of cows and progenies, but the heterogeneity for other parameters, didn't influence the genetic evaluation of the animals. The multiple- trait analysis was not efficient to eliminate the problems of parameters heterogeneous on genetic evaluation. The degree of connectness of the data influenced the results of the analysis, just when the herds had heterogeneous genetic means. Like this, it was verified that the problem of parameters heterogeneous about the genetic evaluations is due, basically to the presence of different genetic means between herds. / Tese importada do Alexandria

Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Rafael Medeiros de Oliveira Silva / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Claudio de ulhoa Magnabosco / Banca: Daniel Gustavo mansan Gordo / Banca: Daniel Jordan de Abreu Santos / Resumo: Reprodutores múltiplos (RM) é o sistema de manejo mais comum em produção de bovinos de corte principalmente devido a facilidade e baixo custo de manejo. No entanto, RM não permite a identificação de paternidade, tornando o pedigree incompleto um dos principais obstáculos para avaliações genéticas precisas. Existe um crescente interesse na investigação do uso de dados genômicos em modelos com paternidade incerta, visando aumentar a acurácia e diminuir o viés nas avaliações genéticas. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a aplicação do BLUP e single step genomic BLUP (ssGBLUP) em diferentes cenários com paternidade incerta utilizando dados simulados e reais em bovinos de corte. Foram simulados genótipos, pedigree e fenótipos para idade ao primeiro parto (IPP) e peso aos 550 dias (P550) utilizando herdabilidades baseadas em dados reais (0,12 para IPP e 0,34 para P550). O genoma foi simulado com um comprimento total de 2.333 cM, com 735.293 marcadores bialélicos e 7.000 QTL distribuídos aleatoriamente ao longo dos 29 cromossomos. Foi assumido que os QTLs explicaram 100% da variância genética. Para QTL, a quantidade de alelos variou aleatoriamente de dois a quatro por loci. Foram estudados cenários com 0%, 25%, 50%, 75% e 100% de RM e foram testados quatro tipos de escalas entre as matrizes G e A22. A acurácia e viés foram calculados para cincos grupos: ALL = todos os animais; BULL = apenas touros; GEN = animais genotipados, FEM = fêmeas e YOUNG = machos jovens. O uso ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Multiple service sire (MS) is the most common mating system in extensive beef production systems mainly due the facility and low management cost. However, MS does not allow the paternity identification, which makes the incompleteness of pedigree one of the main obstacles for accurate genetic evaluations. There is a grown interest to investigate the use of genomic data in uncertain paternity models aiming to increase the accuracy and to decrease bias in genetic evaluations. Therefore, the objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) under different scenarios of uncertain paternity, using simulated and real data in beef cattle population. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). The simulated genome had a total length of 2,333 cM, with 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci ranged randomly from two to four. Uncertain paternity scenarios using 0%, 25%, 50%, 75%, and 100% were studied. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; YOUNG = young males. The use of genomic information in the model (ssGBLUP) provided more accurated prediction (ranging from 0.31 to 0.97) than traditional BLUP (ranging from 0.05 to 0.97), especially in the YOUNG group. In real data, all models included contemporary groups and age at calving in classes as fixed effects. The ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Os transplantes de células germinativas e enxertos de testículo podem ser aplicados na reprodução de espécies comerciais e na conservação de espécies ameaçadas de extinção. No entanto, a maior limitação dos transplantes está na sua limitada eficiência, devido à baixa porcentagem de hospedeiros capazes de gerar gametas derivados do doador e da rejeição de enxertos de testículo alogênicos após poucas semanas de sua implantação. O sistema imunológico dos hospedeiros podem estar envolvidos na baixa de eficiência dos transplantes e na rejeição dos enxertos. Desta forma, este trabalho buscou verificar se a administração de drogas imunossupressoras como o tacrolimus e ciclosporina em emulsão poderiam ser utilizados para prolongar a viabilidade de enxertos de testículo em trutas arco-íris. Na primeira parte, experimentos in vitro com leucócitos do sangue periférico demonstraram que ambos o tacrolimus e a ciclosporina impedem a proliferação celular mesmo sob estímulo proliferativo da concanavalina. Nos ensaios in vivo, ambas as doses de tacrolimus (0,5 e 1,5 mg/kg) e a mais baixa de ciclosporina (20 mg/kg) inibiram significativamente a expressão de il2 no rim cefálico três dias após a injeção. Já a dose de 40 mg/kg de ciclosporina inibiu a expressão de il2 por até sete dias após a injeção. Na segunda parte, enxertos alogênicos de testículo foram realizados em animais tratados semanalmente com emulsões de tacrolimus. As análises histológicas (coloração H.E.) e as de RT-PCR (vasa e txdnc6) demonstraram a presença de espermatogônias na primeira semana e indicaram a presença de espermátides/espermatócitos na quinta semana, respectivamente, em alguns animais do grupo tratado com a dose de 0,5 mg/kg de tracrolimus. No grupo tratado com a dose mais alta de tacrolimus (1,5 mg/kg) e no grupo controle (sem imunossupressor), células germinativas ou marcadores destas não foram detectados. Estes resultados, portanto, fazem do tacrolimus um imunossupressor promissor para utilização em enxertos alogênicos e também em transplantes de células germinativas de truta arco-íris. A administração concomitante de um outro imunossupressor conjugado ao tacrolimus (na baixa dosagem) para inibir duas ou mais vias de ativação do sistema imunológico, conforme utilizado em transplantes de órgãos em humanos, pode ser uma alternativa para otimizar os efeitos imunossupressivos nos animais receptores. / Germ cell transplantation and testis graft can be applied for the reproduction of commercial or endangered species. However, mechanisms of rejection from the host immune system might limit the production of surrogate gametes and progeny after transplantation and induce rejection of testis allografts within few weeks. In this work, we aimed to administer immunosuppressants-containing emulsions in order to verify whether they are capable to prevent immune rejection and promote testis allograft survival in rainbow trout. In the first part of this study, it was demonstrated in vitro that tacrolimus and cyclosporine were able to inhibit leucocyte proliferation even under concanavalin-induced mitotic stimulation. In in vivo experiments, both dosage of tacrolimus (0,5 and 1,5 mg/kg) and a lower of cyclosporine (20 mg/kg) inhibited significantly the expression of il2 in head kidney at three days post-injection. A higher dosage of cyclosporine (40 mg/kg) was able to inhibit il2 expression for up to seven days post-injection. In the second part, testis allografts were conducted in fish treated weekly with tacrolimus-containing emulsions. Histological (H.E. staining) and RT-PCR (vasa and txdnc6) analysis demonstrated the presence of spermatogonias in the first week and indicated the presence of spermatids/spermatocytes in the fifth week, respectively, in some animals treated with 0,5 mg/kg of tacrolimus. In the group treated with the highest tacrolimus dose (1,5 mg/kg) and in the control group (without immunosupressant), no germ cells or their respective markers were detected. These results suggest that tacrolimus comprise a promising immunosuppressant, with applications to testis allografts or germ cell transplantation in rainbow trout. Co-administration combining tacrolimus (at lower dose) with other immunosuppressive drugs for inhibiting more than two activation pathways of the immune system, as done in human organ transplantation, can be an alternative to optimize the immunossupressive effects in host organisms.

Com as constantes mudanças do sistema produtivo de bovinos de corte, e um mercado consumidor ainda mais exigente, o enfoque sobre a escolha de animais que apresentem qualidade e rendimento de carcaça é cada vez maior. Para que as reivindicações dos frigoríficos sejam atendidas, o criador necessita de ferramentas de avaliação genética que possam identificar com mais precisão os touros que serão, de fato, melhoradores para as características desejáveis. Com isso, este trabalho teve como objetivo: (i) Estimar os componentes de variância e covariância, e os parâmetros genéticos para a característica de musculosidade em animais da raça Nelore; (ii) Estimar os componentes de variância e covariância, e os parâmetros genéticos para características de desenvolvimento ponderal (peso ao nascimento, peso a desmama, ganho de peso aos 345 dias) e reprodutivo (circunferência escrotal) em animais da raça Nelore; (iii) Estimar a correlação entre as características de musculosidade, desenvolvimento ponderal e reprodutivo; (iv) Comparar as metodologias que consideram o grupo de manejo a desmama como efeito fixo e aleatório; (v) Comparar as metodologias uni, bi e multicaracterística e avaliar as vantagens em incluir nos programas de seleção, através do cálculo de resposta correlacionada, a característica de musculosidade; (vi) Estimar as DEP´s para as características de musculosidade, desenvolvimento ponderal e reprodutivo; (vii) Comparar as metodologias multicaracterística e bivariadas na avaliação genética de touros, através do cálculo de perda de eficiência de seleção. / With the constant changes in the beef cattle production system, and an even more demanding consumer market, the focus on the carcass yield and quality is increasing. For the slaughters claims to be met, the breeder needs a tool that can identify the bulls that will be, in fact, the improvers to those specific features. Therefore, this project aims to: (i) Estimate the variance and covariance components, and the genetic parameters for the muscle score trait in Nellore animals; (ii) Estimate the variance and covariance components, and the genetic parameters for the growth traits (birth weight, weaning weight, post-weaning gain) and reproductive traits (scrotal circumference) in Nellore animals; (iii) Estimate the correlation between muscle score, growth and reproductive traits; (iv) Compare methodologies that consider the weaning management group as fixed and random effects; (v) Compare uni, bi and multi-trait methodologies and evaluate the advantages to include in the animal breeding programs, by the correlated response, the muscle score trait; (vi) Estimate the EPD\'s for muscle score, growth and reproductive traits and (vii) Compare the multi-trait and bivariate methodologies in the genetic evaluation of bulls through the calculation of selection efficiency loss.

O estudo teve por objetivo mostrar que as formas de relevo observadas na Bacia do Piracicamirim/SP traduzem a dependência genética de todo o conjunto de estruturas que se articulam no geossistema paisagístico dessa unidade geográfica, tendo por isso, grande importância como indicadoras da dinâmica precedente e da situação atual do mesmo, razão pela qual, o seu estudo foi tomado como fundamental não só para explicar a evolução dos processos geoecológicos da área mas, também, como norteador e, portanto, subsídio para o (re) planejamento futuro da referida bacia. A escolha da bacia em questão se justifica por sua meso-escala, o que a coloca, metodologicamente como adequada, para estudos de tendências, padrões de comportamento e de processos. A elaboração da carta morfodinâmica como método da pesquisa decorreu da intenção de avaliar a participação relativa do relevo na dinâmica dos processos, bem como da meta de identificar os graus de fragilidade ambiental. O estudo comprovou que a dinâmica das formas de relevo e as propriedades adquiridas em sua gênese determinaram a evolução dos processos geoecológicos e sócio-reprodutores observados na área; reforçou a adequação da perspectiva sistêmica e da sua materialização em uma carta síntese para estudos geomorfológicos com a pretensão técnica de subsidiar planejamento territorial; comprovou os riscos decorrentes da adoção, para o estudo de realidades complexas, de procedimentos exclusivamente analíticos; disponibilizou elementos de crítica em relação a procedimentos empíricos e computacionais de cartografação geomorfológica; identificou a relação relevo/solo/uso da terra como a que principalmente está a responder pela fragilidade ambiental na bacia; disponibilizou o ferramental que poderá subsidiar as necessárias ações públicas de (re) planejamento urbano/rural e de educação ambiental da área. / This study had the objective of showing that the shapes of the relief seen in the Piracicamirim Basin/SP translate the genetic dependence of all set of structures that articulate themselves in the geosystem of the landscape of this geographic unit, having thus great importance as indicators of the precedent dynamic and of its actual situation, this been the reason why its study was taken as fundamental not only to explain the evolution of the area geoecological processes but also as a north, and therefore a subside to the future (re)planning of the referred basin. The choice of this particular basin justifies itself for its meso-scale, which places itself methodologically as adequate to the studies of tendencies, processes and behavioral standards. The elaboration of the morphodynamic chart as methodology of research resulted from the intention of evaluating the relative participation of the relief in the dynamic of the processes as well as of the goal of identifying the levels of environmental fragility.The study proved that the dynamic of the shapes of relief and the acquired properties in their genesis determined the evolution of the geoecological and social- reproducing processes seen in the area ; reinforced the adequation of the systematic perspective and its materialization in a chart synthesis to geomorphological studies with the technical intension of subsidizing territorial planning; reassured the resultant risks of the adoption, to the study of complex realities, of exclusively analytical approaches; made critic elements in relation to empiric and computational approaches of geomorphologic cartographing available; identified the relation relief/soil/use of the land like the principal one to answer to environmental fragility of the basin; made the tool that can subsidize the necessary public actions of rural/urban (re)planning and of environmental education of the area.

A estratégia de criação de grupos genéticos aditivos é uma técnica que permite que animais de paternidade desconhecida tenham seus valores genéticos preditos de forma mais adequada quando incluídos em programas de melhoramento genético. O modo como esses grupos são formados é ainda arbitrário, o que torna importante o estudo de metodologias de formação de grupos genéticos aditivos (GG) visando a uma estrutura apropriada para as avaliações dos rebanhos em programas de melhoramento genético animal. O objetivo do trabalho foi definir a estrutura de grupo genético adequada às avaliações genéticas, comparando-as em relação às mudanças efetivas na eficiência do processo seletivo dos animais com paternidade desconhecida. As características estudadas foram: peso ao desmame, peso ao sobreano, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal ao sobreano e escore visual de musculosidade ao sobreano. Três cenários foram simulados a partir de um banco de dados composto apenas por animais com pedigree completo (grupo controle). O primeiro teve 30% dos animais com identificação de pai apagada, o segundo 50% e um terceiro com 70%. As estratégias de formação de GG foram: a fazenda de nascimento do animal com paternidade desconhecida; o ano de nascimento (SAFRA) e a concatenação de ano de nascimento e fazenda de nascimento (FAZSAFRA). Os componentes de variância foram calculados para o banco controle pelo software VCE e os valores genéticos foram preditos pelo software PEST, utilizando duas estruturas de modelo animal que se diferenciaram pela inclusão ou não do efeito fixo de GG. A definição da estrutura de grupo genético aditivo adequado à avaliação genética dos animais foi baseada na eficiência de seleção e na comparação entre os valores genéticos preditos quanto aos seus valores absolutos e quanto à classificação dos animais, sendo que animais do grupo controle foram assumidos como tendo o máximo em resposta à seleção genética. Os resultados demonstraram que os grupos genéticos aditivos proporcionam uma melhora na predição genética dos animais com paternidade desconhecida. As estratégias que proporcionaram valores mais próximos aos do grupo controle foram SAFRA e FAZSAFRA e, mesmo com similaridade de valores, a estratégia SAFRA foi superior na seleção dos melhores animais. / The structure of genetic groups is a technique that allows that animals with unknown paternity be included in breeding programs. The ways these groups are formed are still arbitrary, which makes it important to study formation methodologies of genetic groups aiming an appropriate framework for the evaluation of livestock in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to define the structure of genetic group suited to genetic evaluations, comparing them regarding changes in the effective efficiency of the process of animals with unknown parentage. The characteristics studied were: weaning weight, post-weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference at 18 months of age and visual muscularity score at 18 months of age. Three scenarios were simulated from a database consisting only of complete pedigree animals (control group). The first had 30% of animals with identification of father off, the second with 50% and a third with 70%. The training strategies additive genetic groups were: the farm of birth of the animal with unknown parentage; birth year (SAFRA) and the concatenation of year of birth and birth farm (FAZSAFRA). The variance components were calculated for the data bank control program by VCE and breeding values were predicted using PEST software, with two structures of animal models that differ by the inclusion or not of the fixed effect of additive genetic group. The definition of the structure of genetic group suitable for genetic evaluation of animals was based on the efficiency of selection and comparison of estimated breeding values to the \"control\" breeding values and the classification of animals, while control animals were assumed to have the maximum response to selection whereas the choice of any other group of animals results in a reduction thereof. The results demonstrated that the additives genetic groups provide an improvement in the genetic prediction of animals with unknown paternity. Strategies that provided values closer to those of the control group were SAFRA and FAZSAFRA and even with similarity values, strategy SAFRA was superior in selecting the best animals.

Orientador: Sergio Ricardo Batlouni / Resumo: Nosso objetivo foi avaliar o efeito das diferentes densidades de estocagem e proporções sexuais sobre o desempenho reprodutivo da espécie Astyanax altiparanae em sistema semi-natural. Foram realizados dois experimentos distintos, para o primeiro objetivo testamos quatro densidades de estocagem (3; 6; 12; 24 indivíduos) com quatro réplicas, mantendo sempre a proporção sexual de dois machos para uma fêmea. Quando o efeito da proporção sexual foi avaliado, utilizamos cinco proporções diferentes (1:1; 2:1; 3:1; 1;2; 1:3; macho: fêmea) e dois controles com três repetições, respeitando a densidade de 12 indivíduos em cada unidade experimental. Em ambos os experimentos os tratamentos foram comparados pelo desempenho reprodutivo por meio de variáveis como: a sobrevivência dos reprodutores, a proporção de réplicas com desovas, o volume de desova, percentual médio de fêmeas desovadas por réplica, taxas de fertilidade e eclosão, número de embriões obtidos por tratamento, histologia dos ovários e concentrações plasmáticas dos esteroides sexuais. A densidade não influenciou de forma negativa no desempenho reprodutivo da espécie, sendo observados os melhores desempenhos para as variáveis: volume médio de desova considerando apenas as réplicas onde houve desova 131,50±33,17ml e no número médio de embriões viáveis 73819,2±20462,1, nas unidades com maior densidade (24) animais. Notamos desempenhos muito semelhantes quando as diferentes proporções foram testadas, sendo a variável volume relati... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Our objective was to evaluate the effect of different storage densities and sexual proportions on the reproductive performance of the species Astyanax altiparanae in a semi-natural system. Two different experiments were carried out. For the first objective, we tested four stocking densities (3; 6; 12; 24 individuals) with four replicates, always maintaining the sex ratio of two males to one female. When the sex ratio effect was evaluated, we used five different ratios (1: 1, 2: 1, 3: 1, 1, 2, 1: 3, male: female) and two controls with three replicates, respecting the density of 12 individuals in each experimental unit. In both experiments the treatments were compared by reproductive performance using variables such as: reproductive survival, proportion of replicates with spawning, spawning volume, mean percentage of spawned females per replicate, fertility and hatching rates, number treatment embryos, ovarian histology, and plasma steroid plasma concentrations. The density did not negatively influence the reproductive performance of the species, with the best performances for the variables: average spawning volume considering only spawning replicates of 131.50 ± 33.17 ml and the average number of viable embryos 73819.2 ± 20462.1, in the units with higher density (24) animals. We observed very similar performances when the different proportions were tested, being the relative variable spawning volume in which the proportion of (3 males: 1 female) was more efficient than the oth... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-18T17:45:01Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1385325 bytes, checksum: ea9dbc49d8fec3ee26a2a139e1dd0baf (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão on 2017-01-23T19:14:45Z (GMT) / Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-24T10:46:09Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Reprodutores múltiplos (RM) é o sistema de manejo mais comum em produção de bovinos de corte principalmente devido a facilidade e baixo custo de manejo. No entanto, RM não permite a identificação de paternidade, tornando o pedigree incompleto um dos principais obstáculos para avaliações genéticas precisas. Existe um crescente interesse na investigação do uso de dados genômicos em modelos com paternidade incerta, visando aumentar a acurácia e diminuir o viés nas avaliações genéticas. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a aplicação do BLUP e single step genomic BLUP (ssGBLUP) em diferentes cenários com paternidade incerta utilizando dados simulados e reais em bovinos de corte. Foram simulados genótipos, pedigree e fenótipos para idade ao primeiro parto (IPP) e peso aos 550 dias (P550) utilizando herdabilidades baseadas em dados reais (0,12 para IPP e 0,34 para P550). O genoma foi simulado com um comprimento total de 2.333 cM, com 735.293 marcadores bialélicos e 7.000 QTL distribuídos aleatoriamente ao longo dos 29 cromossomos. Foi assumido que os QTLs explicaram 100% da variância genética. Para QTL, a quantidade de alelos variou aleatoriamente de dois a quatro por loci. Foram estudados cenários com 0%, 25%, 50%, 75% e 100% de RM e foram testados quatro tipos de escalas entre as matrizes G e A22. A acurácia e viés foram calculados para cincos grupos: ALL = todos os animais; BULL = apenas touros; GEN = animais genotipados, FEM = fêmeas e YOUNG = machos jovens. O uso da informação genômica no modelo (ssGBLUP) apresentou acurácia maior (variando de 0,31 a 0,97) do que o BLUP tradicional (variando de 0,05 a 0,97), especialmente no grupo YOUNG. No estudo com dados reais, todos os modelos incluíram grupos de contemporâneos e classe de idade da vaca como efeitos fixos. A acurácia do valor genético (EBV / GEBV) foi calculada em cada cenário para oito grupos de animais: ALL = todos os animais, BULL = apenas touros com dez ou mais progênies; GEN = animais genotipados, GENwithPHEN = animais genotipados com fenótipos, GENwithoutPHEN = animais genotipados sem fenótipos, YOUNG = machos e fêmeas jovens sem fenótipos, YwithoutGEN = animais jovens sem fenótipos e genótipos e YwithGEN = animais jovens sem fenótipos e com genótipos. As acurácias do EBV (método BLUP) variaram de 0,02 a 0,46 para P455 e 0,04 a 0,18 para IPP, enquanto que as acurácias do GEBV (ssGBLUP) variaram de 0,13 a 0,48 para P455 e 0,16 a 0,33 para IPP. Os resultados obtidos com dados simulados e reais mostraram que acurácias do EBV e GEBV diminuíram à medida que as proporções de RM aumentaram. Além disso, o uso da informação genômica na avaliação genética pelo ssGBLUP aumentou a acurácia da avaliação, especialmente para animais com menos informações e para animais jovens. / Multiple service sire (MS) is the most common mating system in extensive beef production systems mainly due the facility and low management cost. However, MS does not allow the paternity identification, which makes the incompleteness of pedigree one of the main obstacles for accurate genetic evaluations. There is a grown interest to investigate the use of genomic data in uncertain paternity models aiming to increase the accuracy and to decrease bias in genetic evaluations. Therefore, the objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) under different scenarios of uncertain paternity, using simulated and real data in beef cattle population. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). The simulated genome had a total length of 2,333 cM, with 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci ranged randomly from two to four. Uncertain paternity scenarios using 0%, 25%, 50%, 75%, and 100% were studied. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; YOUNG = young males. The use of genomic information in the model (ssGBLUP) provided more accurated prediction (ranging from 0.31 to 0.97) than traditional BLUP (ranging from 0.05 to 0.97), especially in the YOUNG group. In real data, all models included contemporary groups and age at calving in classes as fixed effects. The accuracy of the estimated breeding value (EBV/GEBV) prediction was calculated in each scenario with eight groups of animals: ALL = all animals in the population, BULL = only bulls with ten or more progenies; GEN = genotyped animals, GENwithPHEN = genotyped animals with phenotypes, GENwithoutPHEN = genotyped animals without phenotypes, YOUNG = male and female young animals without phenotypes, YwithoutGEN = young animals without phenotypes and genotypes, and YwithGEN = young animals without phenotypes and with genotypes. Accuracies of EBV (BLUP method) ranged from 0.02 to 0.46 for W450 and 0.04 to 0.18 for AFC, while the accuracies of GEBV (ssGBLUP) ranged from 0.13 to 0.48 for W450 and 0.16 to 0.33 for AFC. The results obtained in simulated and real data showed that EBV and GEBV accuracy decreased as the proportion of MS increased. Additionally, the use of genomic information in the genetic evaluation by ssGBLUP increases the accuracy of evaluation, especially for animals with few number of information, such as young animals. / FAPESP: 2013/25910-0

Com as constantes mudanças do sistema produtivo de bovinos de corte, e um mercado consumidor ainda mais exigente, o enfoque sobre a escolha de animais que apresentem qualidade e rendimento de carcaça é cada vez maior. Para que as reivindicações dos frigoríficos sejam atendidas, o criador necessita de ferramentas de avaliação genética que possam identificar com mais precisão os touros que serão, de fato, melhoradores para as características desejáveis. Com isso, este trabalho teve como objetivo: (i) Estimar os componentes de variância e covariância, e os parâmetros genéticos para a característica de musculosidade em animais da raça Nelore; (ii) Estimar os componentes de variância e covariância, e os parâmetros genéticos para características de desenvolvimento ponderal (peso ao nascimento, peso a desmama, ganho de peso aos 345 dias) e reprodutivo (circunferência escrotal) em animais da raça Nelore; (iii) Estimar a correlação entre as características de musculosidade, desenvolvimento ponderal e reprodutivo; (iv) Comparar as metodologias que consideram o grupo de manejo a desmama como efeito fixo e aleatório; (v) Comparar as metodologias uni, bi e multicaracterística e avaliar as vantagens em incluir nos programas de seleção, através do cálculo de resposta correlacionada, a característica de musculosidade; (vi) Estimar as DEP´s para as características de musculosidade, desenvolvimento ponderal e reprodutivo; (vii) Comparar as metodologias multicaracterística e bivariadas na avaliação genética de touros, através do cálculo de perda de eficiência de seleção. / With the constant changes in the beef cattle production system, and an even more demanding consumer market, the focus on the carcass yield and quality is increasing. For the slaughters claims to be met, the breeder needs a tool that can identify the bulls that will be, in fact, the improvers to those specific features. Therefore, this project aims to: (i) Estimate the variance and covariance components, and the genetic parameters for the muscle score trait in Nellore animals; (ii) Estimate the variance and covariance components, and the genetic parameters for the growth traits (birth weight, weaning weight, post-weaning gain) and reproductive traits (scrotal circumference) in Nellore animals; (iii) Estimate the correlation between muscle score, growth and reproductive traits; (iv) Compare methodologies that consider the weaning management group as fixed and random effects; (v) Compare uni, bi and multi-trait methodologies and evaluate the advantages to include in the animal breeding programs, by the correlated response, the muscle score trait; (vi) Estimate the EPD\'s for muscle score, growth and reproductive traits and (vii) Compare the multi-trait and bivariate methodologies in the genetic evaluation of bulls through the calculation of selection efficiency loss.

A estratégia de criação de grupos genéticos aditivos é uma técnica que permite que animais de paternidade desconhecida tenham seus valores genéticos preditos de forma mais adequada quando incluídos em programas de melhoramento genético. O modo como esses grupos são formados é ainda arbitrário, o que torna importante o estudo de metodologias de formação de grupos genéticos aditivos (GG) visando a uma estrutura apropriada para as avaliações dos rebanhos em programas de melhoramento genético animal. O objetivo do trabalho foi definir a estrutura de grupo genético adequada às avaliações genéticas, comparando-as em relação às mudanças efetivas na eficiência do processo seletivo dos animais com paternidade desconhecida. As características estudadas foram: peso ao desmame, peso ao sobreano, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal ao sobreano e escore visual de musculosidade ao sobreano. Três cenários foram simulados a partir de um banco de dados composto apenas por animais com pedigree completo (grupo controle). O primeiro teve 30% dos animais com identificação de pai apagada, o segundo 50% e um terceiro com 70%. As estratégias de formação de GG foram: a fazenda de nascimento do animal com paternidade desconhecida; o ano de nascimento (SAFRA) e a concatenação de ano de nascimento e fazenda de nascimento (FAZSAFRA). Os componentes de variância foram calculados para o banco controle pelo software VCE e os valores genéticos foram preditos pelo software PEST, utilizando duas estruturas de modelo animal que se diferenciaram pela inclusão ou não do efeito fixo de GG. A definição da estrutura de grupo genético aditivo adequado à avaliação genética dos animais foi baseada na eficiência de seleção e na comparação entre os valores genéticos preditos quanto aos seus valores absolutos e quanto à classificação dos animais, sendo que animais do grupo controle foram assumidos como tendo o máximo em resposta à seleção genética. Os resultados demonstraram que os grupos genéticos aditivos proporcionam uma melhora na predição genética dos animais com paternidade desconhecida. As estratégias que proporcionaram valores mais próximos aos do grupo controle foram SAFRA e FAZSAFRA e, mesmo com similaridade de valores, a estratégia SAFRA foi superior na seleção dos melhores animais. / The structure of genetic groups is a technique that allows that animals with unknown paternity be included in breeding programs. The ways these groups are formed are still arbitrary, which makes it important to study formation methodologies of genetic groups aiming an appropriate framework for the evaluation of livestock in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to define the structure of genetic group suited to genetic evaluations, comparing them regarding changes in the effective efficiency of the process of animals with unknown parentage. The characteristics studied were: weaning weight, post-weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference at 18 months of age and visual muscularity score at 18 months of age. Three scenarios were simulated from a database consisting only of complete pedigree animals (control group). The first had 30% of animals with identification of father off, the second with 50% and a third with 70%. The training strategies additive genetic groups were: the farm of birth of the animal with unknown parentage; birth year (SAFRA) and the concatenation of year of birth and birth farm (FAZSAFRA). The variance components were calculated for the data bank control program by VCE and breeding values were predicted using PEST software, with two structures of animal models that differ by the inclusion or not of the fixed effect of additive genetic group. The definition of the structure of genetic group suitable for genetic evaluation of animals was based on the efficiency of selection and comparison of estimated breeding values to the \"control\" breeding values and the classification of animals, while control animals were assumed to have the maximum response to selection whereas the choice of any other group of animals results in a reduction thereof. The results demonstrated that the additives genetic groups provide an improvement in the genetic prediction of animals with unknown paternity. Strategies that provided values closer to those of the control group were SAFRA and FAZSAFRA and even with similarity values, strategy SAFRA was superior in selecting the best animals.