A alimentação é um dos custos mais relevantes da produção de bovinos de corte e melhorar a eficiência na utilização de nutrientes é essencial para a viabilidade da produção, dado o atual cenário de crescente demanda por proteína animal e mercado altamente competitivo. Nesse contexto, a proteômica surge como uma importante ferramenta na busca por alternativas que aumentem a eficiência alimentar (EA) de bovinos de corte. Assim, o objetivo deste trabalho é caracterizar o proteoma hepático de bovinos Nelore classificados quanto à EA. Noventa e oito animais foram avaliados em projeto anterior e seis indivíduos de baixa (BEA) e alta eficiência (AEA) tiveram amostras de fígado coletadas no abate, congeladas em Nitrogênio líquido e armazenadas em freezer à -80 ºC. Após a extração e precipitação das proteínas, as amostras foram processadas por duas abordagens distintas: digeridas com tripsina em solução e analisadas em cromatógrafo líquido de alta eficiência acoplado ao espectrômetro de massas (LC-MS/MS); e previamente separadas em gel para posterior digestão e análise (GeLC-MS/MS). Os dados adquiridos por LC-MS/MS foram analisados com o programa MaxQuant contra os bancos de Bos taurus e Bos indicus do Uniprot para identificação das proteínas, e os resultados analisados com o programa Perseus. Os dados obtidos por GeLC-MS/MS foram analisados com os programas Mascot Distiller e X! Tandem e validados no Scaffold Q+ contra o banco Bos taurus do Uniprot e os resultados analisados com os programas Scaffold Q+ e Perseus. Para abordagem LC-MS/MS, 376 proteínas foram quantificadas e submetidas à análise de abundância diferencial e construção de redes de co-expressão pelo WGCNA, identificando 42 proteínas diferencialmente abundantes (PDAs, p < 0,05) e três módulos significativamente associados à EA. Pela abordagem GeLC-MS/MS foram quantificadas 102 proteínas, das quais cinco foram PDAs (p-valor < 0,05). Três PDAs foram comuns às duas abordagens proteômicas. As proteínas associadas negativamente à EA foram principalmente relacionadas à síntese lipídica, degradação de ácidos graxos, enzimas do sistema do citocromo P450 e processos oxidativos. Por outro lado, as proteínas positivamente relacionadas à EA, foram principalmente envolvidas em processamento e enovelamento de proteínas, além de proteínas atuantes na manutenção da integridade e restauração do citoesqueleto celular. Em ambos os grupos também foram identificadas proteínas que atuam no sistema imunológico e resposta inflamatória. Estes resultados comprovam experimentos anteriores do grupo e demonstram a existência de diferença entre os proteomas do fígado de animais eficientes e ineficientes. / Feeding is one of the most relevant cost of beef cattle production and improving nutrient utilization efficiency is essential for the viability of production, given the current scenario of increasing demand for animal protein and highly competitive market. In this context, proteomics appears as an important tool in the search for alternatives that increase the feed efficiency (FE) of beef cattle. Thus, the aim of this work is to characterize the hepatic proteome of beef cattle selected for divergent FE. Ninety-eight animals were evaluated in a previous project, and six individuals with low feed efficiency (LFE) and six with high feed efficiency (HFE) had liver samples collected at slaughter, frozen in liquid Nitrogen and stored in a freezer at -80 °C. After protein extraction and precipitation, the samples were processed by two different approaches: digested with trypsin in solution and analyzed in a high efficiency liquid chromatograph coupled to the mass spectrometer (LC-MS/MS); and previously separated in gel for further digestion and analysis (GeLC-MS/MS). Data acquired by LC-MS/MS were analyzed with MaxQuant software against the Bos taurus and Bos indicus Uniprot databases for proteins identification and the results analyzed with Perseus software. The data obtained by GeLC-MS/MS were analyzed with the softwares Mascot Distiller and X! Tandem and validated in the Scaffold Q+, against Bos taurus Uniprot database and results analyzed with the softwares Scaffold Q+ and Perseus. For the LC-MS/MS approach, 376 proteins were quantified and submitted to differential abundance analysis and co-expression networks by WGCNA, identifying 42 differentially abundant proteins (DAPs, p < 0.05) and three modules significantly associated with FE. For the GeLC-MS/MS approach, 102 proteins were quantified, of which five were DAPs (p-value < 0.05). Three DAPs were common to both proteomics approaches. Proteins negatively associated with FE were mainly related to lipid synthesis, degradation of fatty acids, cytochrome P450 system enzymes and oxidative processes. On the other hand, proteins positively related to FE were mainly involved in protein processing and folding, maintenance of the integrity and restoration of the cellular cytoskeleton. In both groups were also identified proteins that play a role on the immune system and inflammatory response. These results prove previous experiments of the group and demonstrate the existence of difference between liver proteomes of efficient and inefficient animals.

Esse trabalho foi desenvolvido para avaliar a relação entre diferentes medidas de eficiência utilizadas na bovinocultura de corte e as características de desempenho, carcaça e termografia infravermelho (TIV) em bovinos Nelore confinados. Foram utilizados 111 bovinos Nelore, machos não-castrados contemporâneos, com idade aproximada de 16±2 meses, peso corporal médio de 420±55 kg. Os animais foram confinados por 91 dias, sendo 21 dias de adaptação às instalações e à dieta. A dieta foi a mesma para todos os animais e composta por 73% de concentrado e 27% de volumoso. O consumo de matéria seca (CMS) foi avaliado diariamente, enquanto o peso vivo, medidas de ultrassom para avaliação de características de carcaça e imagens de TIV foram realizadas a cada 28 dias até o dia 70. A partir dos dados de CMS foram calculados o consumo alimentar residual (CAR), ganho de peso residual (GPR), consumo e ganho residual (CGR). Após a obtenção dos dados foram realizadas análises de associação (correlação e regressão) visando à identificação de possíveis relações entre as diferentes características com as medidas de eficiência. Não houve correlação entre o GMD com o CAR (r=0,001), e com o CGR (r= 0,114), enquanto o GPR apresentou correlação com o GMD (r= 0,588). O CMS foi correlacionado com o CAR (r= 0,612) e com o CGR (r= -0,532) e não houve correlação com o GPR (r= -0,002). Não houve correlação entre as medidas de eficiência com as características de peso vivo inicial (PVI) e peso vivo final (PV70). Dentre as características de carcaça avaliadas ao abate, apenas o GPR apresentou correlação com a gordura renal pélvica e inguinal (GRPIkg), trato gastrintestinal (TGIkg) e peso de corpo vazio (PCVZkg) na ordem de (r= 0,240), (r= 0,226) e (r= 0,210), respectivamente. Entre as medidas de carcaça avaliadas por ultrassom, apenas a espessura de gordura subcutânea (EGS) final apresentou correlação com o CAR (r= 0,348), GPR (r= -0,188) e CGR (r= -0,340), enquanto a espessura de gordura da picanha (EGP) final apresentou correlação apenas com o CAR (r= 0,233) e CGR (r= -0,200). Houveram correlações entre o ganho de EGS e o CAR (r= 0,371) e CGR (r= 0,345), porém o ganho de EGP se correlacionou apenas com o CAR (r= 0,202). Não foram observadas correlações entre as medidas de eficiência e TIV, porém, esses resultados podem ter sido influenciados pelos fatores ambientais. A AOL não apresentou correlação com nenhuma das medidas de eficiência avaliadas. Dessa forma conclui-se que, o CAR é a medida que mais se aplica n seleção de animais de menor CMS, sem prejuízos as características de desempenho. Adicionalmente, o CAR e CGR selecionam animais mais eficientes em termos de menor consumo, enquanto que o GPR seleciona animais de maior GMD. / The aim of the present study was to evaluate the relationship between different efficiency indexes used in beef cattle and performance, carcass traits and thermography in Nellore cattle at the feedlot system. A total of 111 Nellore male, with around 16±2 months age and 420±55 kg of body weight, were used. The animals were confined for 91 days, with 21 days for adaptation to the facilities and diet. The diet was the same for all animals, and composed by 73% of concentrate and 27% of roughage. Dry matter intake (DMI) was evaluated daily, and performance, ultrasound measurements and infrared thermography images were performed every 28 days until day 70. From the DMI measurements, residual feed intake (RFI), residual weight gain (RWG), residual intake and body weight gain (RIG) were calculated. From the data obtained, association analysis (correlation and regression) were performed to identify the possibilities relationships between the different characteristics with the efficiency measures. The ADG showed no correlation with RFI (r= 0.001) and RIG (r= 0.114); however, the RWG was correlated with ADG (r= 0.588). DMI was correlated with RFI (r= 0.612) and RIG (r= -0.532) and there was no correlation with RWG (r= -0.002) There was no correlation between efficiency measures with initial body weight (IBW) and final body weight (BW70). For carcass traits, evaluated at slaughter, only the RWG showed correlation with pelvic renal and inguinal fat (PRIFkg), gastrintestinal tract (GITkg) and empty body weight (EBWkg) in order of the (r= 0.240), (r= 0.226) and (r= 0.210), respectively. For carcass measurements evaluated by ultrasound, the final backfat thickness (BFT) showed correlation with RFI (r= 0.348), RWG (r= -0.188) and RIG (r= -0.340), while final subcutaneous fat thickness on the Biceps femoris muscle (BFTP8) showed a correlation with RFI (r= 0.233) and RIG (r= -0.220). In addition, BFT gain has been also correlated with RFI (r= 0.371) and RIG (r= 0.345); however, the BFTP8 gain only showed correlation with the RFI (r=0.202). There was no correlation between efficiency measures and the infrared thermography (IRT). The rib eye area (REA) showed no correlation with any the efficiency measures evaluated. In conclusion, the RFI is the measure that most applies in the selection of animals of smaller DMI, without damage to the performance traits. In addition, the RFI and RIG can promoter the selection of more efficient animals by lower consumer, whereas the RWG selected great ADG animals.

A seleção de bovinos de corte para eficiência alimentar (EA) é bastante vantajosa não só do ponto de vista produtivo e econômico como também por ajudar a diminuir o impacto ambiental da produção pecuária. Por ser uma característica multifatorial e de mensuração onerosa, objetivou-se com esse trabalho, a partir da expressão gênica global hepática de animais com alta eficiência alimentar (AEA) e baixa eficiência alimentar (BEA), identificar novos genes, funções biológicas e genes reguladores associados a esse fenótipo. Para isso, 98 bovinos Nelore foram avaliados quanto ao desempenho em confinamento, medidas de EA, ultrassonografia de carcaça, bioquímica sérica, biometria, rendimento de carcaça, maciez de carne e avaliação de líquido ruminal. Além disso, 8 animais de AEA e 8 animais de BEA, selecionados pela medida de consumo e ganho residual ao final do confinamento, tiveram dados de perfil transcriptômico hepático analisados por 3 abordagens: expressão gênica diferencial, co-expressão e co-expressão diferencial. Foi observado que os grupos de AEA e BEA apresentaram desempenho igual quanto ao peso inicial e final, ganho de peso, rendimento de carcaça e área de olho de lombo. Por outro lado, os animais de BEA tiveram maior consumo de alimentos e maior deposição de gordura subcutânea e visceral. Além disso, os animais de BEA apresentaram níveis elevados de colesterol e de GGT e a análise de perfil transcriptômico mostrou estar relacionada à resposta imunológica, inflamação e metabolismo de lipídeos. Baseado nesses resultados e em pesquisas em humanos criou-se a hipótese de que os animais de BEA são mais susceptíveis a infecção bacteriana no fígado em resposta à mudança da dieta a pasto para a dieta de confinamento. / The selection of beef cattle to feed efficiency (FE) traits is very important not only from the productive and economic perspective but also for helping to reduce the environmental impact of livestock production. Being a multifactorial and expensive to measurement trait, the aim of this work was to analyze the liver global gene expression profile of animals with high feed efficiency (HFE) and low feed efficiency (LFE), to identify new genes, biological functions and regulatory genes associated to this phenotype. For this purpose, 98 Nellore cattle were evaluated regarding feedlot performance, FE measures, carcass ultrasound, serum biochemistry, biometric measures, carcass evaluation, meat tenderness and evaluation of ruminal fluid. In addition, 8 animals of HFE and 8 animals of LFE, selected by the measure of residual intake and body weight gain at the end of feeding trial, had liver transcriptomic profile data analyzed by three approaches: differential gene expression, co-expression and differential co-expression. It was observed that HFE and LFE groups showed equal performance for initial and final weight, weight gain, carcass yield and rib eye area. On the other hand, the animals of LFE had higher feed intake and increased deposition of subcutaneous and visceral fat. In addition, animals of LFE showed higher levels of cholesterol and GGT and transcriptomic profile analysis showed to be related to immune response, inflammation and lipid metabolism. Based on these results and research in humans we created the hypothesis that the LFE animals are more susceptible to bacterial infection in the liver in response to the change of pasture diet to feedlot diet.

O consumo alimentar residual (CAR) é uma medida de eficiência alimentar independente da taxa de crescimento e do peso adulto. Pouco se sabe sobre associações entre o CAR e as características de produtividade dos animais selecionados para este parâmetro, bem como os mecanismos relacionados ao aumento na eficiência alimentar dos animais selecionados para o CAR. O objetivo deste estudo foi avaliar as associações entre CAR, desempenho, crescimento dos componentes da carcaça e digestão do amido em bovinos Nelore, em confinamento, e avaliar a utilização dos parâmetros fecais, (porcentagem de amido, proteína, matéria seca e pH), como indicadores da digestão do amido. Noventa e seis touros da raça Nelore selecionados como elite ou superior na prova de ganho de peso a pasto e classificados quanto ao seu temperamento, medido pela distância mínima de aproximação, foram confinados e alimentado ad libitum (68% NDT, 13,5% PB, 28,1% amido) durante 68 dias com peso vivo médio inicial de 408±33 e idade de 645±52 dias. A ingestão de matéria seca (IMS) e o ganho médio diário (GMD) foram medidos individualmente. As pesagens e as mensurações da espessura de gordura subcutânea (EGS), espessura de gordura na picanha (EGP) e a área de olho de lombo (AOL) foram realizadas a cada 21 dias. Os animais foram classificados como sendo de alto CAR (DP>0,5), baixo CAR (DP<0,5) e intermediário. O amido das amostras da ração e da sobra coletadas durante sete dias consecutivos, no final do experimento, foi determinado por análise laboratorial e a quantificação do amido fecal foi feita através do NIRS e a digestão do amido estimada. Durante o confinamento, novilhos com baixo CAR tiveram menores IMS e conversão alimentar que novilhos com alto CAR, mas nenhuma diferença foi observada no GMD, no PV final, AOL, EGP, EGS, temperamento e ganho de peso durante a prova de ganho de peso. Animais mais eficientes também não diferiram dos demais quanto à digestão do amido, no entanto, animais mais eficientes tiveram menores quantidades de proteína fecal. O CAR foi positivamente correlacionado com a IMS, consumo de amido, proteína fecal e eficiência alimentar e negativamente correlacionado com a conversão alimentar, no entanto não houve correlação entre o CAR e o GMD na prova de ganho de peso a pasto e temperamento. A digestão do amido foi positivamente associada com a PB fecal e negativamente correlacionada com a MS e o amido fecal. Não houve associação entre o CAR, o GMD a pasto e o temperamento, talvez porque são filhos de vacas selecionadas para essas características e também foram os que tiveram os melhores desempenhos na prova a pasto. / Residual feed intake (RIF) is a trait of efficiency independent of growth rate and mature weight. Little is known about the association between RFI and productivity and the mechanisms associate on improve efficiency in RFI. This work aimed to study the association between RFI, performance, growth of carcass traits and starch digestion in Nellore bulls and to investigate the utilization of fecal parameters like crude protein, dry matter and pH, as indicators of starch digestion. Ninety six Nellore bulls, with 645±52 days, 408±33kg initial body weight, previously selected as elite or superior in performance test on pasture and classified according to their temperament, were fed a finishing ration (68% TDN, 13,5%CP and 28,1% starch) on an ad libitum basis, for 68 days. Daily dry matter intake (DMI) and body weight gain (BWG) were measured individually. All animals were weighed and had ultrasonic measurements of Longissimus muscle area (REA) and backfat thickness (BF) on the 12th and 13th ribs obtained every 21 days. RFI was calculated as the difference between actual DMI and predicted DMI for a common mid-test BW0.75 and daily BWG and the animals were classified as high (SD>0,5), low (SD<0,5) and intermediary RFI. The starch of the diet and orts was determinate by laboratory analyses and the fecal starch was determinate with NIRS, and the starch digestion estimated. Low RFI bulls had low DMI and feed:gain than high RFI bulls, but no difference were observe in daily BWG, final BW, REA, BF, temperament and daily gain in the pasture performance test. More efficient bulls had no difference in starch digestion, however low RFI bulls had lower crude protein in the feces. RFI was positively correlated with DMI, starch intake and feed efficiency, but RFI was not correlated with daily BWG in the pasture performance test and temperament. Starch digestion was positively associated with Fecal CP and negatively associated with DM and starch. There was no association between RFI and daily BWG on pasture and temperament, perhaps because these animals belonged to a herd that was selected for these characteristics and also were the animals that had the best performance on pasture test.

The selection on genetic values predicted from markers could substantially increase the rate of genetic gain in animals by increasing accuracy of prediction and reducing generation interval, especially for difficult to measure traits, such as feed efficiency. Feed efficiency is the most important trait in animal production due to its impacts on cost of production and environmental factors. Many metrics measure the feed efficiency, such as ratio of gain to feed (FER), the ratio of feed to gain (FCR) and residual feed intake (RFI). Nevertheless, in ovine, no study with the aim of understand the genetic variants or the accuracy of genomic estimated breeding value (GEBV) for feed efficiency traits was published yet. Moreover, before to apply the genomic information, it is necessary to understand and characterized the population structure, for instance, by linkage disequilibrium (LD). Both genome-wide association studies (GWAS) and genomic selection (GS) leverage LD between marker and causal mutation. Based on the above considerations, the aim of this study was to map LD in ovine, characterized by Brazilian Santa Inês sheep; to search genetic variants for feed efficiency traits (FER, FCR and RFI) through GWAS; and to verify the accuracy of GEBV for RFI. In total, 396 samples (animals) of Longissimus dorsi muscle were collect. A high-density panel of SNP (Illumina High-Density Ovine SNP BeadChip&reg;) comprising 54,241 SNPs was used to obtain the genotyping data. The phenotype data was comprised of 387 animals. The average LD between adjacent markers for two LD metrics, r² and |D\'|, were 0.166 and 0.617, respectively. The degree of LD estimated was lower than reported in other species and it was characterized by short haplotype blocks. Consequently, for genomic analyses, high-density panels of marker are recommended. Many markers were associated to feed efficiency traits in GWAS, mainly to RFI trait. Few candidate genes were reported in this study, highlighting NRF-1 (nuclear respiratory factor 1), which controls mitochondrial biosynthesis, the most important process responsible by a great fraction of the produced energy. Finally, we verified the accuracy of GEBV for RFI using few Bayesian regression models, and we found low accuracy, ranging from 0.033 (BayesB with &pi;=0.9912) to 0.036 (BayesA), which might be explained by the low relationship among animals and small training population. / A seleção com base nos valores genéticos genômicos preditos pode aumentar substancialmente a taxa de ganho genético em animais por meio do aumento da acurácia de predição e redução do intervalo de gerações, especialmente para características de difícil e/ou onerosa mensuração, como eficiência alimentar. A eficiência alimentar é uma das características mais importantes na produção animal devido principalmente aos seus impactos econômicos e ambientais. Muitas métricas representam a eficiência alimentar, por exemplo: a relação do ganho de peso e consumo alimentar (EA), a proporção do consumo alimentar e ganho de peso (CA) e o consumo alimentar residual (CAR). Em ovinos, nenhum estudo com o objetivo de buscar variantes genéticas ou verificar a acurácia do valor genético genômico estimado para eficiência alimentar foi publicado. Adicionalmente, antes de aplicar a informação genômica, é necessário compreender e caracterizar a estrutura da população, como por meio do desequilíbrio de ligação (LD). O estudo de associação genômica (GWAS) e seleção genômica (GS) consideram o LD entre marcador e a mutação causal. Com base nas considerações acima, o objetivo deste estudo foi mapear o LD em ovinos, caracterizado pela raça ovina Santa Inês; localizar variantes genéticas para as características de eficiência alimentar (EA, CA e CAR) utilizando a abordagem GWAS; e verificar a acurácia da estimação dos valores genéticos genômico para o CAR. No total, foram coletadas 396 amostras (animais) do músculo Longissimus dorsi, para posterior genotipagem utilizando o painel de alta densidade (Illumina High-Density Ovine SNP BeadChip&reg;), compreendendo 54.241 SNPs. O banco fenotípico é composto por 387 animais. O LD médio entre marcadores adjacentes para duas métricas de LD, r² e |D\'|, foram 0,166 e 0,617, respectivamente. O grau de LD estimado foi menor que o relatado em outras espécies e foi caracterizado por blocos de haplótipos curtos. Consequentemente, para as análises genômicas são recomendados painéis de marcadores de alta densidade. No GWAS, foram encontrados muitos marcadores associados aos fenótipos, em especial, à característica CAR. Alguns genes candidatos foram relatados neste estudo, destacando-se o NRF-1 (fator respiratório nuclear 1), que controla a biossíntese mitocondrial, o processo mais importante responsável por grande parte da produção de energia. Finalmente, verificamos a acurácia do valor genético genômico estimado para o CAR usando modelos de regressão Bayesiana, e encontramos baixos valores para acurácia (0,033 a 0,036) o que pode ser explicado pelo baixo grau de relacionamento entre os indivíduos e tamanho reduzido da população de treinamento.

A eficiência alimentar (EA) é um fenótipo complexo, controlado por diversos processos biológicos. Determinar e entender esses processos é fundamental para selecionar animais superiores ou mesmo orientar decisões de manejo com o objetivo de aumentar a produtividade e diminuir o impacto ambiental da pecuária. Neste trabalho, propusemos analisar a EA através de uma abordagem de biologia de sistemas, baseada em transcriptômica multitecidual, a fim de gerar um entendimento sistêmico dessa característica. Para isso, 18 animais extremos para consumo alimentar residual foram selecionados a partir de um grupo de 98 bovinos Nelore machos inteiros e tiveram seu transcriptoma de hipotálamo, pituitária, adrenal, músculo e fígado sequenciado (RNAseq). Os reads gerados foram alinhados com o genoma de referência bovino (UMD3.1), filtrados e a expressão de cada gene foi estimada. A partir desses dados três abordagens de análises de dados foram desenvolvidas. Na primeira, cinco critérios de inclusão foram definidos para selecionar genes e construir uma rede de co-expressão para os cinco tecidos, de forma que além de indicarmos diversos genes e processos associados à EA, também fomos capazes de determinar dois genes reguladores, o NR2F6 e o TGFB1. Na segunda abordagem focamos no eixo hipotálamo-pituitária-adrenal, também utilizando análises de co-expressão, mas dessa vez sem partir de prévia seleção de genes e concluímos que o sistema de recompensa do cérebro pode estar envolvido no estímulo para maior consumo de alimentos observado no grupo de baixa EA. Finalmente, com a terceira abordagem, identificamos RNAs longos não codificadores (lncRNAs) expressos nos cinco tecidos e encontramos 30 transcritos expressos diferencialmente entre a alta e baixa EA na pituitária, músculo e adrenal, sendo que alguns deles se mostraram relacionados a processos já previamente demostrados como sendo associados a essa característica. Concluímos que, apesar de não conseguirmos determinar nesse momento o papel da maior susceptibilidade ao estresse, reportado na literatura para animais de baixa EA, no estímulo para maior ingestão de alimentos desse grupo, o sistema de recompensa hipotalâmico parece estar envolvido nesse processo. A maior ingestão pode ser a causa da resposta inflamatória observada no fígado, sendo ela de origem bacteriana, indicada pela maior concentração de endotoxina sérica nos animais menos eficientes. O maior turnover de proteínas no músculo de animais de baixa EA já havia sido indicado como um dos fatores que levam ao maior gasto energético nesses indivíduos e foi confirmado nesse trabalho. Além de alguns fatores de transcrição serem indicados como reguladores centrais desse fenótipo, lncRNAs também parecem ter função regulatória importante na EA. / Feed efficiency (FE) is a complex phenotype, controlled by several biological processes. Determining and understanding these processes is fundamental to select superior animals or even guide management decisions, aiming to increase productivity and reduce the environmental impact of livestock. In this work, we propose to analyze FE through a systems biology approach, based on multi-tissue transcriptomics, in order to generate a systemic understanding of this trait. For this purpose, 18 extreme animals for residual feed intake were selected from a group of 98 male Nellore cattle and had their hypothalamus, pituitary, adrenal gland, muscle and liver transcriptome sequenced (RNAseq). Reads generated were aligned with the bovine reference genome (UMD3.1), filtered and the expression of each gene was estimated. From these data three experiments were developed. In the first one, five inclusion criteria were defined to select genes and to construct a network of coexpression for the five tissues, so that besides indicating several genes and processes associated with EA, we were also able to determine two regulatory genes, NR2F6 and TGFB1. In the second experiment, we focused on the hypothalamic-pituitary-adrenal axis, also using co-expression analysis, but this time without starting from previous selected genes. We conclude that the reward system of the brain might be involved in the stimulus for higher feed intake observed in the low EA group. Finally, in the third experiment, we identified long noncoding RNAs (lncRNAs) expressed in the five tissues and found 30 transcripts differentially expressed between the high and low FE in the pituitary, muscle and adrenal, and some of them were related to previously demonstrated processes associated to this trait. We conclude that although we cannot determine at this time the role of higher susceptibility to stress, reported in the literature for animals of low FE, in the stimulus for higher feed intake of this group, the hypothalamic reward system seems to be involved in this process. The higher ingestion might be the cause of the inflammatory response observed in the liver of, being of bacterial origin, indicated by the higher concentration of serum endotoxin in less efficient animals. The higher turnover of proteins in the muscle of low FE animals had already been indicated as one of the factors that lead to higher energy expenditure in these individuals and it was confirmed in this study. In addition to some transcription factors being indicated as central regulators of this phenotype, lncRNAs also appear to play an important regulatory role in FE.