L’objet de ce travail est l’élaboration d’une séquence didactique qui permet à l’apprenant de connaître à la fois le fonctionnement et l’utilisation des Formules Routinières (FR). Pour ce faire, nous considérons les débats de la Phraséologie, de la Phraséodactique, des analyses sur la constitution des genres textuels et la Pédagogie des Projets. Ayant comme base un ensemble de textes poduits à partir du genre correspondance personnel. Dans des expériences pédagogiques passées, nous avons constitué un corpus textuel, sur lequel nous avons sélectionné un ensemble de FR. Nous les avons classées en plusieurs groupes et niveaux selon leur fonction dans les textes. Les catégories identifiées étaient: les formules discursives, sousdivisées en formules d’ouverture, de clôture et de transition, et les formules psycho-sociales catégorisées comme formule d’expression, de consentiment, directive, assertive, rituels et miscellaneous. Les formules directives, à leur tour, sont sousdivisées en formules d’exortation, contraires, d’entousiasme et d’information. Il a fallu aussi élargir cette classification en annexant un sous-groupe de formules directives, (l’autobiographie, le langage, la quantité, le temps, la localisation, les préférences, la nourriture, les achats). Après cette classification nous avons établi des paramètres pour la construction de la séquence didactique présentée à la fin de ce mémoire. Comme résultat de notre recherche nous présentons: l’identification d’un ensemble de FR collectées dans un corpus qui s’origine de la pratique concrète des apprenants brésiliens de FLE; le classement des FR en accordant deux propositions complémentaires de Corpas Pastor (1996) et Nattinger et DeCarrico (1992); l’établissement des paramètres pour l’élaboration de la séquence didactique et la construction de cette séquence. À travers ce travail nous espérons apporter un support pour ce qui concerne l’enseignement de la Phraséologie aux professeurs brésiliens de FLE, à qui il manque encore des matériaux didactiques pour utiliser en classe, surtout dans des écoles publiques. / Esta dissertação tem como objetivo a elaboração de uma sequência didática que possibilite ao aprendiz tanto conhecer o funcionamento das Fórmulas de Rotina (FR) como utilizar essas combinações léxicas. Para dar conta do objetivo proposto, revisaram-se as contribuições da Fraseologia, da Fraseodidática, das reflexões sobre a constituição do gênero e suas implicações para o Ensino Baseado em Projetos. A partir de um conjunto de textos produzidos em experiências pedagógicas anteriores, envolvendo o gênero correspondência pessoal, constituiu-se o corpus textual no qual se selecionou um conjunto de FR. Categorizaram-se essas FR em vários grupos e níveis segundo sua função nos textos. As categorias identificadas foram: fórmulas discursivas, subdivididas em abertura, fechamento e transição, e fórmulas psicossociais classificadas em de expressão, de consentimento, diretivas, assertivas, rituais e miscelânea. Por sua vez, as fórmulas diretivas subdividem-se em fórmulas de exortação, contrárias, de ânimo e de informação. Foi necessário, ainda, para dar conta de todas as FR encontradas nos textos analisados, ampliar essa classificação, acrescentando mais um subgrupo de fórmulas diretivas, os tópicos necessários (autobiografia, linguagem, quantidade, tempo, localização, preferências, comida, compras). Após a classificação, estabeleceram-se parâmetros para a construção da sequência didática, apresentada no final da dissertação. Como resultados da pesquisa pode-se destacar: a identificação de um conjunto de FR coletadas em um corpus oriundo da prática concreta de estudantes brasileiros de FLE, a classificação das FR combinando duas propostas complementares de Corpas Pastor (1996) e de Nattinger e DeCarrico (1992), o estabelecimento de parâmetros para a elaboração da sequência didática e a própria construção dessa sequência. Espera-se com este trabalho poder oferecer alguns subsídios sobre o ensino da fraseologia aos professores brasileiros de FLE, ainda carentes de materiais didáticos para utilização em sala de aula, principalmente nas escolas públicas.

Les déficits en facteurs de la coagulation sont des pathologies hémorragiques congénitales rares. Le développement récent des techniques de biologie moléculaire ont permis l'indentification de nombreuses anomalies génétiques dans les gènes codant les facteurs de coagulation. Cependant, la détermination de l'impact clinique réel de ces nouveaux variants est souvent un défi pour le biologiste moléculaire.La première partie de ce travail a consisté à l'étude par analyse chromosomique sur puce à ADN de grands réarrangements génomiques identifiés chez des patients hémophiles A ou B ayant parfois des phénotypes cliniques atypiques. Nous avons montré que certains gènes voisins des gènes F8 et F9 étaient associés, lorsqu'ils sont concernés par ces réarrangements de grande taille, à des déficits mentaux (SOX3) ou des pathologies cardiovasculaires (BRCC3).La seconde partie de cette étude a été centrée sur l'étude des variants de signification indéterminée localisés au niveau des sites d'épissage. Nous avons démontré par l'utilisation conjointe d'algorithmes informatiques et de tests in vitro de type minigène la pathogénicité de 21 variants identifiés chez des hémophiles A.La dernière partie de ce travail a consisté en la description de nouveaux mécanismes moléculaires responsables de pathologies hémorragiques. Nous avons identifié une délétion intronique chez 6,1% des hémophiles A mineurs de notre cohorte. Nous avons montré que cette anomalie était probablement responsable d'une dérégulation de l'hnRNP C ce qui entrainait l'insertion d'une séquence AluY dans les transcrits du gène F8. Enfin, nous avons décrit les mécanismes moléculaires responsables de la présence de concentrations très élevées de thrombomoduline soluble dans les plasmas de patients porteur de la mutation du gène THBD c.1611C>A. Ces travaux ont permis de détecter et de mieux appréhender certains mécanismes moléculaires responsables de pathologies rares hémorragiques / Inherited coagulation disorders are caused by a large number of genetic abnormalities. However, the determination of the clinical impact for some of these genetic variations is challenging for the molecular biologist.In a first part, we characterized large genomic rearrangements in haemophilia patients using cytogentic microarray analysis. In a first study, we delineated six F9 complete deletions in order to investigate genotype/phenotype correlations. We identified SOX3 as a candidate gene for intellectual disability (ID) found Haemophilia B patients. In a second study, we described five complex Xq28 rearrangements in Haemophilia A (HA) patients. We showed that several F8 neighbouring genes are involved in these rearrangements and some of these genes are involved in other pathologies such as ID, physical abnormalities and cardiovascular disease. Such investigations would be particularly useful for genetic counseling in female carriers to assess the risk of transmitting haemophilia associated with other diseases.In a second, we developed a minigene assay to characterise putative splice site mutations in F8 and we showed that 21 out of the 26 variations studied are associated with splicing defect.In the third part, we described two original molecular mechanisms leading to coagulation disorders. In a first case, we reported a recurrent deep intronic deletion in mild HA. We gave some evidences that this deletion promoted AluY exonization in F8 transcrits. Due to its high prevalence (6.1%), this deletion must be investigated in all patients with mild HA in whom no mutation has been detected by standard genetic analysis. In the second study we investigated the mechanism responsible for bleeding tendency in patient carrying the THBD c.1611C>A and having high levels of soluble thrombomoduline (TM). We showed that a higher sensitivity of the mutated TM to the proteolysis by metalloproteases and a defect of TM synthesis seemed responsible for TM shedding

Bien qu'elle soit omniprésente dans notre société, l'écriture au clavier reste assez mal caractérisée. L’étudier impose de s'intéresser à l'intersection de plusieurs champs de recherche tels que la psycholinguistique, le contrôle moteur et la programmation de séquence. Le but de cette thèse était d'étudier les processus linguistiques et moteurs mis en jeu lors de l'écriture au clavier. Une première étude comportementale a démontré l'importance des processus linguistiques pour expliquer les performances d'écriture (temps de réaction, intervalles inter-frappes et proportion de réponses correctes). Dans une deuxième étude, nous avons évalué la fiabilité d’une plateforme de récolte de données en ligne pour enregistrer des séquences de frappe à grande échelle. Ensuite, trois études d'EEG ont permis de caractériser les processus de préparation de réponses motrices et leur éventuelle interaction avec des processus linguistiques. Nous avons observé à plusieurs reprises un patron d'activation/inhibition des cortex moteurs, précédemment caractérisé dans le contexte de tâches de choix forcé. Nous avons pu également observer la dépendance de cet index aux effecteurs engagés dans la séquence tapée. Les résultats présentés sont discutés en termes de processus linguistiques et moteurs sous-jacents. L'écriture au clavier se présente comme une modalité appropriée pour étudier leur interaction potentielle lors de la production écrite et la question générale de la transmission d'information entre processus cognitifs. Les données présentées ici contribuent à la caractérisation de ce comportement désormais omniprésent et ouvrent ainsi de nombreuses perspectives de recherche dans ce domaine. / Typing has become a ubiquitous skill in our modern information societies. It constitutes an important language production modality and probably our preferred way to produce written language. Still its investigation is rather scarce. Understanding typing behavior pertains to several research domains such as language production, motor control and sequence programming. The aim of this thesis was to characterize linguistic and motor processing during typing. The methodology combined fine grained behavioral and electroencephalography (EEG) investigations.The first study aimed to assess the importance of linguistic processes during typing. It revealed a composite pattern of effects on response latencies, inter-keystroke intervals and accuracy rates. The second study assessed the reliability of an online platform to perform large-scale studies of typing skills. Then, three EEG studies aimed to characterize motor planning during typing and their putative interaction with linguistic processing. While linguistic processing was harder to trace with EEG, all three studies revealed a reliable pattern over motor cortices prior to the striking of the first keystroke of a word, interpreted as an index of motor preparation. The manipulation of effectors engaged in sequence production revealed versatile inhibitory processes dependent on the content of the sequence. The results are discussed in terms of linguistic and motor processes and their putative interactions during typed language production, contributing to the popular debate about information processing in cognitive science. This work provides novel data that pave the way to promising future investigations of typing.

L’incidence de l’adénocarcinome de l’œsophage augmente depuis 30 ans dans les pays occidentaux et son pronostic est sombre. Le reflux gastro-œsophagien et les acides biliaires ont été incriminés dans l’apparition de la muqueuse de Barrett et sa dégénérescence en adénocarcinome, selon la séquence métaplasie/ dysplasie/ adénocarcinome. Au cours de cette séquence carcinogénétique, a été observée, à partir de tissus humain, une augmentation de l’expression des mucines MUC1 et MUC4. MUC1 et MUC4 sont des O-glycoprotéines membranaires impliquées dans les phénomènes de reconnaissance cellulaire et de signalisation intracellulaire. Les mécanismes du reflux gastro-œsophagien conduisant à l’adénocarcinome de l’œsophage (AO) demeurent mal compris. Tout d’abord, nous avons effectué une approche critique d’un modèle de reflux œsophagien induit chirurgicalement chez le rat. Pour cela, nous avons randomisé 108 rats Sprague-Dawley en deux groupes expérimentaux ; ainsi était réalisée une anastomose oesophagoduodenale avec ou sans gastrectomie afin d’induire respectivement un reflux duodéno-oesophagien (groupe RDO, n=63), et un reflux duodéno-gastro-oesophagien (groupe RDGO ; n=45). Les groupes contrôles comprenaient : (i) la réalisation d’une anastomose oesophago-jéjunale sur anse-en-Y (groupe chirurgical contrôle sans reflux), (ii) une laparotomie blanche, (iii) une gastrectomie subtotale pour induire un reflux duodéno-gastrique (groupe RDG), et enfin (iv) la même procédure que dans le groupe RDGO avec administration d’inhibiteurs de la pompe à protons (groupe IPP). Des analyses histologiques et moléculaires sont réalisées sur l’œsophage. La prévalence de l’œsophage de Barrett (OB) de la dysplasie et de l’AO dans les groupes expérimentaux étaient de 41%, 7% et 11% respectivement. Les analyses histologiques et moléculaires dans les groupes RDO, RDGO et RDG suggèrent que l’OB survient selon le schéma d’une métaplasie intestinale de novo et le migration proximale de cellules duodénales. Aucune métastase à distance n’a été identifiée. Les caractéristiques moléculaires de l’OB identifié chez le rat étaient similaires à celles de l’homme. L’OB était plus fréquent, la dysplasie et l’AO moins fréquent dans le groupe RDO que dans le groupe RDGO(44% vs 24% [ P = 0,038] et 7% vs 25% [ P =0,012], respectivement). Des élements de la séquence carcinogénétique survenait de façon moins fréquente dans le groupe IPP que dans le groupe RDGO [P = .019].Il a été mis en évidence une surexpression des gènes de mucines Muc1 et Muc4, de gènes impliqués dans la prolifération, l’invasion et les métastases, l’adhésion cellulaire et dans la voie PI3K , une diminution de l’expression de gènes suppresseur de tumeur dans les lésions de métaplasie et d’adénocarcinome, dans les zones les plus exposées au reflux.Ensuite, nous avons étudié les propriétés biologiques de cellules issues d’un adénocarcinome de l’œsophage humain et mis en évidence que la perte d’expression de MUC1 dans les cellules OE33 (i) diminue fortement leurs propriétés de prolifération, migration et invasion in vitro et la croissance tumorale in vivo, suggérant un rôle majeur de MUC1 dans la tumorigenèse épithéliale si MUC1 est surexprimée (ii) est corrélée avec une diminution de l’expression de Nfκb et PI3K et peut-être corrélé à l’altération des propriétés biologiques, notemment de prolifération (iii) avec une diminution de l’expression de TSG 101 et Mcm6 potentiels marqueurs mis en évidence dans le modèle murin.En conclusion malgré des différences pathophysiologiques avec l’homme, le modèle de reflux oeso-gastro-duodénal reproduit les lésions histologiques et moléculaires de la séquence carcinogénétique de Barrett et a permis d’identifier des protéines associées à la tumorigenèse et dont l’impact sur les propriétés biologiques des cellules tumorales a été confirmé in vitro et qui pourraient être de potentiels biomarqueurs et cibles thérapeutiques dans l’adénocarcinome de l’œsophage. / Incidence of oesophageal adenocarcinoma developed on Barrett oesophagus increases since 30 years and its prognosis remains poor. Gastro esophageal reflux and biliary acid have been incriminated in Barrett oesophagus metaplasia and its degeneration in adenocarcinoma according to the sequence metaplasia/dysplasia/adencrcinoma. During the carcinogenetic sequence, was observed an increase of expression of the mucins MUC1 and MUC4. MUC1 and MUC4 are membrane bound O-glycoprotein implicated in cell recognition and intracellular signaling. The mechanisms of esophageal reflux leading to esophageal adenocarcinoma (EA) remain poorly understood. In a first part we appraised critically an operatively induced chronic reflux rat model.We randomized 108 Sprague-Dawley rats into 2 experimental groups; one was performing esophagoduodenal (ED) anastomosis with or without gastrectomy to induce duodeno-esophageal reflux (DER group; n = 63), and the other involved duodeno-gastro-esophageal reflux (DGER group; n = 45). Control groups included (i) Roux-en-Y esophagojejunal anastomosis, (ii) laparotomy alone, (iii) subtotal gastrectomy to induce duodenogastric reflux (DGR group), and (iv) the same procedure as in the DGER group plus proton pump inhibition (PPI group). The esophagus underwent histologic and molecular analyses.The prevalence of Barrett’s esophagus (BE), dysplasia, and EA in the experimental groups was 41%, 7%, and 11%, respectively. Histologic and molecular analyses in groups DER, DGER, and DGR suggested that BE occurred through de novo intestinal metaplasia and proximal migration of duodenal cells. No distant metastases were identified. The molecular characteristics of both BE and EA were similar to humans. BE was more common, and dysplasia and EA less frequent in the DER groupwhen compared with the DGER group (44% vs 24% [ P = .038] and 7% vs 25% [ P = .012], respectively). Compared with the DGER group, carcinogenic sequence occurred less frequently in the PPI-treated group (P = .019). It was highlighted an overexpression of MUC1 and MUC4 genes, of genes implicated in proliferation, invasion, metastasis, cell adhesion , in PI3K pathways, a diminution of the expression of tumors suppressor genes in metaplasia, adenocarcinoma lesions in the areas most exposed to reflux. Then cell biological properties studies were carried out in vitro in OE33 oesophageal adenocarcinomatous cells. We showed that loss of expression of MUC1 in OE33 cells (i) induced a reduction of their proliferation, migration and invasion in vitro properties , tumor growth in vivo suggesting a major role of MUC1in epithelial tumorigenesis si MUC1 is overexpressed, (ii) is linked with a diminution of the exprssion of nfκb and PI3K and can be correlated with an alteration of the biological properties especially proliferation (iii) is lined with e diminution of expression of TSG101 and MCM6 , potential biomarkers highlighted in the rat model.In conclusion, despite pathophysiologic differences with humans, the rat model of esophagoduodenostomy reproduces accurately histologic and molecular lesions in the carcinogenetic sequence of BE and allowed us to identify novel, tumor-associated proteins that may be potential biomarkers and new therapeutic targets in EA.

Les métastases sont une cause majeure de décès dans le cas du cancer. En effet, ces tumeurs secondaires peuvent se développer dans divers organes, distants de la tumeur primaire, et surviennent à des temps différents au cours de la croissance de la tumeur primaire. De nombreuses techniques d’imagerie biomédicale peuvent être utilisées pour les détecter. Parmi celles-ci, l’Imagerie par Résonance Magnétique (IRM) a l’avantage de ne pas utiliser de rayonnements ionisants et permet de forts contrastes entre des tissus mous différents. Toutefois il est encore nécessaire de développer de nouvelles techniques IRM pour mieux caractériser les tumeurs, obtenir des données quantitatives, et réduire drastiquement les durées d’examen. Parmi les caractéristiques biophysiques mesurables par IRM, le temps de relaxation T1 semble être un bio-marqueur de l’efficacité d’une thérapie anti-cancéreuse. Cependant, sa mesure est généralement trop chronophage pour être utilisée en imagerie préclinique sur des cohortes d’animaux, ou pour une utilisation en routine clinique. Cette thèse a porté sur le développement d’une séquence de quantification T1 fiable et rapide. Elle a été appliquée pour détecter et caractériser des métastases chez la souris avec comme pré-requis de générer des images avec une résolution spatiale élevée, d’être insensible aux mouvements respiratoires et de permettre des mesures reproductibles du T1. La séquence Magnetization Prepared 2 Rapid Acquisition Gradient Echoes (MP2RAGE) à encodage cartésien a donc été choisie pour son fort potentiel de quantification T1, sa robustesse aux hétérogénéités de champ magnétique, et pour obtenir rapidement des cartes paramétriques en 3D. L’influence des paramètres de la séquence a d’abord été évaluée par simulations. Puis la séquence a été modifiée pour être compatible avec une méthode d’accélération appelée acquisition comprimée. Cette méthode a alors été utilisée soit pour réduire le temps d’acquisition des cartes T1, soit pour en améliorer la résolution spatiale. Cette nouvelle séquence MP2RAGE a alors été utilisée à 7T pour détecter et caractériser des métastases cérébrales disséminées dans le cerveau de souris. Pour détecter des métastases hépatiques, l’encodage cartésien initial s’est avéré trop sensible aux mouvements respiratoires. Il a donc été remplacé par un encodage radial, nécessitant une adaptation du schéma de reconstruction des cartes T1. Ainsi, des cartes T1 3D de l’abdomen entier de souris ont été obtenues en 9 minutes. Un suivi longitudinal de métastases hépatiques a montré des hétérogénéités de T1 inter- et intra-métastatiques. Pour une accélération supplémentaire, la séquence a été développée avec un encodage multi-coupe 2D, permettant ainsi d’utiliser les nombreux temps-morts présents dans le chronogramme. Des optimisations des paramètres de la séquence ont permis d’obtenir 6 cartes T1 en 9 s in vivo sur le cerveau et l’abdomen de souris. De plus, une étude préliminaire a montré qu’elle permettait de réaliser de la thermométrie. Une première perspective de ces travaux consiste à transférer cette séquence sur un aimant de recherche clinique. Une autre perspective serait de développer une séquence multi-coupe 3D radiale, accélérée par acquisition comprimée, applicable sur le petit-animal comme chez l’humain. Celapermettrait d’allier efficacité de la séquence, forte résolution spatiale et robustesse aux mouvements pour un large éventail d’applications. / Metastases are a leading cause of death in the case of cancer. Indeed, these secondary tumors can develop in various organs, distant from the primary tumor, and occur at different times during the growth of the primary tumor. Many biomedical imaging techniques can be used to detect them. Among these, Magnetic Resonance Imaging (MRI) has the advantage of not using ionizing radiation and allows strong contrasts between different soft tissues. However, it remains necessary to develop new MRI techniques to better characterize tumors, obtain quantitative data and to drastically reduce exam times. Among the biophysical characteristics measurable by MRI, the T1 relaxation time seems to be a biomarker of the efficiency of an anti-cancer therapy. However, its measurement is generally too time consuming to be used in preclinical imaging on cohorts of animals, or for routine clinical use. This thesis therefore had the challenge of developing a reliable and rapid T1 quantification sequence. It has been applied to detect anc characterize metastases in mice with the prerequisites of generating images with high spatial resolution, being insensitive to respiratory movements and allowing reproducible T1 measurements. The Magnetization Prepared 2 Rapid Acquisition Gradient Echoes sequence (MP2RAGE) with Cartesian encoding was therefore chosen for its high T1 quantitation potential, its robustness to magnetic field heterogeneities, and its ability to quickly obtain 3D parametric maps. First, simulations were performed to evaluate the influence of sequence parameters. Then the sequence was modified to be compatible with an acceleration method called Compressed Sensing. This method was then used either to reduce the acquisition time of the T1 maps, or to improve the spatial resolution. This new MP2RAGE sequence was then applied at 7T to detect and characterize disseminated brain metastases in the mouse. The initial Cartesian encoding proved to be too sensitive to respiratory movements to detect liver metastases. It was therefore replaced by a radial encoding, which required an adaptation of the reconstruction scheme of the T1 maps. Thus, 3D T1 maps of the entire abdomen of mice were obtained in 9 minutes. Longitudinal follow-up of hepatic metastases showed inter and intra-metastatic T1 heterogeneities. For an additional acceleration, the sequence was developed with a 2D multi-slice encoding, thus allowing to use the many dead times present in the chronogram. Optimizations of the parameters of the sequence made it possible to obtain 6 T1 maps in 9 s in vivo on the brain and the abdomen of mice. In addition, a preliminary study showed a possible application for thermometry. A first perspective of this work is to transfer this sequence to a clinical research MRI system. Another perspective would be to develop a 3D radial multi-slice sequence, accelerated by Compressed Sensing, applicable to small animals as in humans. This would combine sequence efficiency, high spatial resolution and robustness to movements for a wide range of applications.

Les espèces forestières sont particulières à bien des égards par rapport aux autres espècesdomestiquées. Les arbres forestiers ont de longues phases juvéniles, entrainant de long et couteuxcycles de sélection et nécessitant une sélection en plusieurs étapes indépendantes. Bien que cetteméthode soit efficace du point de vue opérationnel, elle reste couteuse en temps et en ressources,entrainant une dilution de l’intensité et de la précision de sélection. Au vu de ces contraintes,les arbres sont de bons candidats pour la mise en oeuvre de l’évaluation génomique. La sélectiongénomique (SG) repose sur le classement et la sélection d’individus à partir de l’informationcontenu dans leur génome sans utilisé une étape d’évaluation phénotypique et ainsi accélérerle processus de sélection.Ce travail visait à identifier les situations, les critères et les facteursdans lesquelles la SG pourrait être une option réalisable pour le peuplier. Notre étude a montréque les avantages de l’évaluation génomique dépendent du contexte. C’est dans des situationsles moins avantageuse que l’évaluation génomique se montre la plus performante, elle profiteégalement de la densification de l’information génétique de faible à moyenne suite à une étaped’imputation de haute qualité. La sélection génomique pourrait être une option intéressante àstade précoce, où la précision de la sélection est généralement faible et la variabilité génétiqueabondante. Notre travail a également montré qu’il est important d’évaluer les performancesavec des critères alternatifs, comme ceux liés au classement, notamment lorsque ces critèresrépondent au contexte opérationnel du programme d’élevage étudié. / Forest species are unique in many ways compared to other domesticated species. Forest trees have long juvenile phases, leading to long and costly selection cycles and requiring selection in several independent stages. Even if this method is operationally effective, it remains costly in terms of time and resources, resulting in a diluted intensity and accuracy of selection.In view of these constraints, trees are good candidates for the implementation of genomic evaluation. Genomic selection (SG) is based on the classification and selection of individuals from the information contained in their genome without using a phenotypic evaluation step and thus accelerating the selection process, in order to identify the situations, criteria and factors in which SG could be a feasible option for poplar. Our study showed that the benefits of genomic evaluation are context-dependent. Genomic evaluation is most effective in theless-advantageous situations, it also benefits from low to medium density genetic information following a high-quality imputation step. Genomic selection could be an interesting option at an early stage, when the accuracy of selection is generally low and genetic variability is abundant.Our work has also shown that it is important to evaluate performance with alternative criteria,such as those related to ranking, especially when these criteria fit the operational context of the breeding programme under study.

Lorsqu'une erreur survient dans le noyau Linux, celui-ci émet un rapport d’erreur appelé "kernel oops" contenant le contexte d’exécution de cette erreur. Les kernel oops décrivent des erreurs réelles de Linux, permettent de classer les efforts de débogage par ordre de priorité et de motiver la conception d’outils permettant d'améliorer la fiabilité du code de Linux. Néanmoins, les informations contenues dans un kernel oops n’ont de sens que si elles sont représentatives et qu'elles peuvent être interprétées correctement. Dans cette thèse, nous étudions une collection de kernel oops provenant d'un dépôt maintenu par Red Hat sur une période de huit mois. Nous considérons l’ensemble des caractéristiques de ces données, dans quelle mesure ces données reflètent d’autres informations à propos de Linux et l’interprétation des caractéristiques pouvant être pertinentes pour la fiabilité de Linux. Nous constatons que ces données sont bien corrélées à d’autres informations à propos de Linux, cependant, elles souffrent parfois de problèmes de duplication et de manque d’informations. Nous identifions également quelques pièges potentiels lors de l'étude des fonctionnalités, telles que les causes d'erreurs fréquentes et les causes d'applications défaillant fréquemment. En outre, un kernel oops fournit des informations précieuses et de première main pour un mainteneur du noyau Linux lui permettant d'effectuer le débogage post-mortem car il enregistre l’état du noyau Linux au moment du crash. Cependant, le débogage sur la seule base des informations contenues dans un kernel oops est difficile. Pour aider les développeurs avec le débogage, nous avons conçu une solution afin d'obtenir la ligne fautive à partir d’un kernel oops, i.e., la ligne du code source qui provoque l'erreur. Pour cela, nous proposons un nouvel algorithme basé sur la correspondance de séquences approximative utilisé dans le domaine de bioinformatique. Cet algorithme permet de localiser automatiquement la ligne fautive en se basant sur le code machine à proximité de celle-ci et inclus dans un kernel oops. Notre algorithme atteint 92% de précision comparé à 26 % pour l’approche traditionnelle utilisant le débogueur gdb. Nous avons intégré notre solution dans un outil nommé OOPSA qui peut ainsi alléger le fardeau pour les développeurs lors du débogage de kernel oops. / When a failure occurs in the Linux kernel, the kernel emits an error report called “kernel oops”, summarizing the execution context of the failure. Kernel oopses describe real Linux errors, and thus can help prioritize debugging efforts and motivate the design of tools to improve the reliability of Linux code. Nevertheless, the information is only meaningful if it is representative and can be interpreted correctly. In this thesis, we study a collection of kernel oopses over a period of 8 months from a repository that is maintained by Red Hat. We consider the overall features of the data, the degree to which the data reflects other information about Linux, and the interpretation of features that may be relevant to reliability. We find that the data correlates well with other information about Linux, but that it suffers from duplicate and missing information. We furthermore identify some potential pitfalls in studying features such as the sources of common faults and common failing applications. Furthermore, a kernel oops provides valuable first-hand information for a Linux kernel maintainer to conduct postmortem debugging, since it logs the status of the Linux kernel at the time of a crash. However, debugging based on only the information in a kernel oops is difficult. To help developers with debugging, we devised a solution to derive the offending line from a kernel oops, i.e., the line of source code that incurs the crash. For this, we propose a novel algorithm based on approximate sequence matching, as used in bioinformatics, to automatically pinpoint the offending line based on information about nearby machine-code instructions, as found in a kernel oops. Our algorithm achieves 92% accuracy compared to 26% for the traditional approach of using only the oops instruction pointer. We integrated the solution into a tool named OOPSA, which would relieve some burden for the developers with the kernel oops debugging.

Nos travaux décrits dans cette thèse portent sur l’apprentissage d’une représentation pour la classification automatique basée sur la découverte de motifs à partir de séries temporelles. L’information pertinente contenue dans une série temporelle peut être encodée temporellement sous forme de tendances, de formes ou de sous-séquences contenant habituellement des distorsions. Des approches ont été développées pour résoudre ces problèmes souvent au prix d’une importante complexité calculatoire. Parmi ces techniques nous pouvons citer les mesures de distance et les représentations de l’information contenue dans les séries temporelles. Nous nous concentrons sur la représentation de l’information contenue dans les séries temporelles. Nous proposons un cadre (framework) pour générer une nouvelle représentation de séries temporelles basée sur la découverte automatique d’ensembles discriminants de sous-séquences. Cette représentation est adaptée à l’utilisation d’algorithmes de classification classiques basés sur des attributs. Le framework proposé transforme un ensemble de séries temporelles en un espace d’attributs (feature space) à partir de sous-séquences énumérées des séries temporelles, de mesures de distance et de fonctions d’agrégation. Un cas particulier de ce framework est la méthode notoire des « shapelets ». L’inconvénient potentiel d’une telle approache est le nombre très important de sous-séquences à énumérer en ce qu’il induit un très grand feature space, accompagné d’une très grande complexité calculatoire. Nous montrons que la plupart des sous-séquences présentes dans un jeu de données composé de séries temporelles sont redondantes. De ce fait, un sous-échantillonnage aléatoire peut être utilisé pour générer un petit sous-ensemble de sous-séquences parmi l’ensemble exhaustif, en préservant l’information nécessaire pour la classification et tout en produisant un feature space de taille compatible avec l’utilisation d’algorithmes d’apprentissage automatique de l’état de l’art avec des temps de calculs raisonnable. On démontre également que le nombre de sous-séquences à tirer n’est pas lié avec le nombre de séries temporelles présent dans l’ensemble d’apprentissage, ce qui garantit le passage à l’échelle de notre approche. La combinaison de cette découverte dans le contexte de notre framework nous permet de profiter de techniques avancées (telles que des méthodes de sélection d’attributs multivariées) pour découvrir une représentation de séries temporelles plus riche, en prenant par exemple en considération les relations entre sous-séquences. Ces résultats théoriques ont été largement testés expérimentalement sur une centaine de jeux de données classiques de la littérature, composés de séries temporelles univariées et multivariées. De plus, nos recherches s’inscrivant dans le cadre d’une convention de recherche industrielle (CIFRE) avec Arcelormittal, nos travaux ont été appliqués à la détection de produits d’acier défectueux à partir des mesures effectuées par les capteurs sur des lignes de production. / Our research described in this thesis is about the learning of a motif-based representation from time series to perform automatic classification. Meaningful information in time series can be encoded across time through trends, shapes or subsequences usually with distortions. Approaches have been developed to overcome these issues often paying the price of high computational complexity. Among these techniques, it is worth pointing out distance measures and time series representations. We focus on the representation of the information contained in the time series. We propose a framework to generate a new time series representation to perform classical feature-based classification based on the discovery of discriminant sets of time series subsequences (motifs). This framework proposes to transform a set of time series into a feature space, using subsequences enumerated from the time series, distance measures and aggregation functions. One particular instance of this framework is the well-known shapelet approach. The potential drawback of such an approach is the large number of subsequences to enumerate, inducing a very large feature space and a very high computational complexity. We show that most subsequences in a time series dataset are redundant. Therefore, a random sampling can be used to generate a very small fraction of the exhaustive set of subsequences, preserving the necessary information for classification and thus generating a much smaller feature space compatible with common machine learning algorithms with tractable computations. We also demonstrate that the number of subsequences to draw is not linked to the number of instances in the training set, which guarantees the scalability of the approach. The combination of the latter in the context of our framework enables us to take advantage of advanced techniques (such as multivariate feature selection techniques) to discover richer motif-based time series representations for classification, for example by taking into account the relationships between the subsequences. These theoretical results have been extensively tested on more than one hundred classical benchmarks of the literature with univariate and multivariate time series. Moreover, since this research has been conducted in the context of an industrial research agreement (CIFRE) with Arcelormittal, our work has been applied to the detection of defective steel products based on production line's sensor measurements.

La thèse propose l’étude de systèmes de constellations locales permettant le positionnement dans des milieux difficiles. Dans ce contexte, il apparaît que les trajets indirects perturbent la mesure du temps de propagation entre l’antenne de l’émetteur et l’antenne du récepteur. L’éblouissement entre les signaux, phénomène d’interférence du CDMA, est exacerbé à cause des distances courtes et des variations de puissance de réception. La thèse apporte des réponses à ces deux problématiques. Pour les trajets indirects nous proposons d’utiliser les mesures de phase de la porteuse qui y sont moins sensibles. Il faut alors solutionner le problème de l’ambiguïté entière sur ces mesures. Une méthode le permet sans avoir recours à une technique différentielle en utilisant une boucle de poursuite insensible aux trajets indirects : la SMICL. Pour l’éblouissement, nous avons développé trois approches. L’une d’elle utilise les séquences de longueurs maximales et permet de réduire notablement son importance. Une deuxième méthode, baptisé Technique de la Double Emission (TDE), permet de supprimer intégralement ces interférences pour une paire d’émetteurs lorsque leurs Doppler respectifs sont égaux. Nous avons étudié le cas où les Doppler sont différents et mis au point une version améliorée de la TDE, la TDE étendue à la porteuse, qui permet de supprimer les influences du Doppler. Nous avons également montré que cette dernière peut s’appliquer à un émetteur fixe en présence d’une constellation de satellites. Une troisième méthode, appelée TDE maximale, utilise à nouveau une séquence de longueur maximale pour étendre la méthode TDE au cas de plusieurs émetteurs en présence. / The thesis proposes the study of systems of local constellations for positioning indoors.In this context, it appears that indirect paths disturb the measurement of time delay between the transmitter antenna and receiver antenna. The Near-Far problem between signals, a CDMA interference phenomenon, is exacerbated because of the short distances and variations in received power. The thesis provides answers to these two issues.For indirect multipath we propose to use carrier phase measurements. It must then solve the problem of ambiguity on these measurements. A method without carrying out a differential technique is proposed: a tracking loop insensitive to indirect routes: the SMICL. For the Near-Far problem, we have developed three approaches. One approach uses sequences of maximum length and significantly reduces its influence. A second method, called the Double Transmission Technique (DTT), can completely remove the interference for a pair of transmitters when their respective Doppler are equal. We have studied the case where different Doppler and developed an improved version of the DTT, the DTT extended to the carrier, which eliminates the influence of the Doppler. We also showed that this may also be applied to a fixed transmitter in the presence of a constellation of satellites. A third method, called DTT maximum, again uses a maximum length sequence to extend the method to the case DTT in the presence of several transmitters.

Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida est un agent pathogène aquatique causant la furonculose chez les salmonidés, particulièrement les poissons d’élevage. L'antibiothérapie est la méthode couramment utilisée pour traiter cette maladie dans le monde entier. Toutefois, son efficacité est menacée par l’apparition de souches résistantes, voire multirésistantes, aux antibiotiques. L’étude de ces souches bactériennes devient donc nécessaire afin d’identifier les éléments génétiques responsables de ces résistances et comprendre comment ils contribuent à la propagation de l’antibiorésistance. C’est dans cette démarche que se positionne la présente étude qui a pour objectif de caractériser de nouveaux éléments génétiques porteurs de résistances aux antibiotiques chez A. salmonicida ssp. salmonicida à l’aide du séquençage à longues lectures. Plus spécifiquement, au centre de ce projet se trouve la souche SHY16-3432 dont l’étude a permis d’identifier trois nouveaux variants de plasmides nommés pAsa9b, pAsa5-3432 et pRAS3-3432, où ces deux derniers confèrent les résistances aux antibiotiques observées. L’analyse des séquences de ces trois variants a révélé qu’ils se distinguent tous de leur contrepartie classique par leur contenu en éléments génétiques mobiles. Le plasmide pAsa5-3432 possède une nouvelle région de multirésistances composée de plusieurs éléments génétiques mobiles. Celle-ci semble avoir été acquise à la suite d’une recombinaison entre deux plasmides. De son côté, pRAS3-3432 porte un nouvel élément inséré qui a uniquement été identifié chez l’agent pathogène porcin Chlamydia suis. Quant à pAsa9b, il se différencie du plasmide de référence par l’absence d’une séquence d’insertion. Ces découvertes soulignent ainsi l’importance des éléments mobiles sur la plasticité génomique d’A. salmonicida ssp. salmonicida ainsi que sa grande capacité d’interactions avec d’autres bactéries incluant des agents pathogènes animaux. En outre, les données obtenues dans ce projet suggèrent qu’il est nécessaire d’utiliser le séquençage à lectures longues pour caractériser complètement le génome de bactéries au plasmidome complexe comme A. salmonicida ssp. salmonicida. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is an aquatic pathogen that causes furunculosis to salmonids, especially in fish farms. Antibiotherapy is a common method used to treat this worldwide disease. Unfortunately, its effectiveness is becoming limited due to the presence of drug-resistant strains and even multidrug-resistance strains of the bacterium. The study of these bacterial strains becomes necessary in order to identify the genetic elements responsible for this resistance and to understand how they contribute to the spread of antibiotic resistance. In this study, we focused on the A. salmonicida subsp. salmonicida strain SHY16-3432 to characterize novel genetic elements conferring resistance to antibiotics using long-read sequencing technologies. It allowed us to identify three novel plasmid variants named pAsa9b, pAsa5-3432 and pRAS3-3432, the latter two being responsible for the observed antibiotic resistance. The sequence analysis of these three variants revealed that they all differ from their classical counterparts through the presence or absence of mobile genetic elements. The plasmid pAsa5-3432 carries a new multi-drug resistance region composed of numerous mobile genetics elements that appears to have been acquired through plasmid recombination. As for pRAS3-3432, it contains a new inserted element that has only been reported in the swine pathogen Chlamydia suis. Lastly, the only variation between pAsa9b and the reference plasmid is the absence of an insertion sequence in pAsa9b. Overall, these discoveries highlight the significant implication of mobile genetics elements in the genomic plasticity of A. salmonicida subsp. salmonicida and suggest that this aquatic bacterium has a high capacity to interact with other bacteria, including animal pathogens. Furthermore, the data obtained suggest that the use of long-read sequencing technologies is required to fully decipher the genome of bacteria possessing complex plasmid repertoire, such as A. salmonicida subsp. salmonicida.