Le système Tat (pour Twin Arginine Translocation) exporte des protéines repliées depuis le cytoplasme vers le périplasme des bactéries. L'adressage des protéines à exporter au système Tat repose sur une séquence signal spécifique amino terminale clivée après exportation. Chez le phytopathogène Dickeya dadantii, l'homologue de pectine lyase PnlH possède une séquence signal Tat qui assure son adressage au système Tat mais qui n'est pas clivée après exportation et ancre la protéine dans la membrane externe. Chez les protéobactéries, la majorité des protéines de membrane externe sont soit des lipoprotéines soit des protéines intégrales de membrane en tonneau β. L'adressage de ces protéines à la membrane externe repose sur des voies spécifiques du type de protéine : la voie Lol pour les lipoprotéines et la combinaison des chaperons périplasmiques SurA, Skp et DegP et du complexe de membrane externe Bam (β barrel assembly machinery) pour les protéines en tonneau β. Au cours de ce travail, l'étude de l'adressage de PnlH à la membrane externe a montré que SurA se liait à la séquence signal hydrophobe de PnlH pour la protéger de l'environnement hydrophile au cours de son transit dans le périplasme. La séquence signal de PnlH (41 acides aminés) porte l'intégralité de l'information nécessaire à son adressage à la membrane externe. La nature de l'information adressant les protéines au système Tat est bien connue et dans ce travail nous nous sommes efforcés d'identifier les informations requises pour les deux dernières étapes de l'adressage de PnlH à la membrane externe : la traversée du périplasme et l'insertion dans la membrane externe. La délétion d'une région conservée comprise entre les résidus 28 et 41 de la séquence signal de PnlH affecte l'adressage de cette dernière à la membrane externe. Des substitutions des acides aminés conservés de cette région ne semblent pas affecter l'adressage de PnlH, indiquant que l'information nécessaire à l'adressage de PnlH à la membrane externe après exportation ne réside pas dans la séquence en acides aminés de la séquence signal de PnlH. En revanche, nos données suggèrent que la présence d'une hélice α hydrophobe dans la séquence signal de PnlH est importante pour son adressage à la membrane externe. Cette observation est particulièrement intéressante puisqu'une telle structure est généralement considérée comme une caractéristique des protéines de membrane interne.

La thèse propose l'étude de systèmes de constellations locales permettant le positionnement dans des milieux difficiles. Dans ce contexte, il apparaît que les trajets indirects perturbent la mesure du temps de propagation entre l'antenne de l'émetteur et l'antenne du récepteur. L'éblouissement entre les signaux, phénomène d'interférence du CDMA, est exacerbé à cause des distances courtes et des variations de puissance de réception. La thèse apporte des réponses à ces deux problématiques. Pour les trajets indirects nous proposons d'utiliser les mesures de phase de la porteuse qui y sont moins sensibles. Il faut alors solutionner le problème de l'ambiguïté entière sur ces mesures. Une méthode le permet sans avoir recours à une technique différentielle en utilisant une boucle de poursuite insensible aux trajets indirects : la SMICL. Pour l'éblouissement, nous avons développé trois approches. L'une d'elle utilise les séquences de longueurs maximales et permet de réduire notablement son importance. Une deuxième méthode, baptisé Technique de la Double Emission (TDE), permet de supprimer intégralement ces interférences pour une paire d'émetteurs lorsque leurs Doppler respectifs sont égaux. Nous avons étudié le cas où les Doppler sont différents et mis au point une version améliorée de la TDE, la TDE étendue à la porteuse, qui permet de supprimer les influences du Doppler. Nous avons également montré que cette dernière peut s'appliquer à un émetteur fixe en présence d'une constellation de satellites. Une troisième méthode, appelée TDE maximale, utilise à nouveau une séquence de longueur maximale pour étendre la méthode TDE au cas de plusieurs émetteurs en présence.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Résumé: L'imagerie par résonance magnétique (IRM) est un outil de choix en clinique pour la détection des maladies cardiovasculaires. Ses résolutions spatiale et temporelle élevées en font une technique fiable pour l'évaluation de la structure, de la fonction, de la perfusion ou encore de la viabilité du muscle du myocarde. Les modèles animaux, et plus particulièrement le rat et la souris transgénique, sont de plus en plus utilisés pour étudier les gènes et les mécanismes biologiques mis en cause dans les maladies cardiaques. L'IRM est devenue la méthode de référence pour l'étude non-invasive de ces modèles, et ce malgré des différences physiologiques comme la fréquence cardiaque élevée (jusqu'à 600 battements par minute chez la souris) ou la taille de l'animal qui rendent l'acquisition d'images plus ardue que dans le cadre clinique. Cependant, il est possible d'obtenir des images de bonne qualité grâce aux appareils dédiés à haut Champ, à des nouvelles stratégies de synchronisation des acquisitions et à l'utilisation de séquences d'impulsions optimisées pour l'imagerie du petit animal. Les travaux rapportés dans ce mémoire portent sur la mise en place de ces techniques sur l'appareil IRM 7 T du Centre d'Imagerie Moléculaire de Sherbrooke (CIMS). Nous donnons un aperçu des possibilités offertes par l'IRM cardiaque chez le petit animal, puis nous présentons le matériel et les méthodes utilisées pour réaliser l'étude de la fonction cardiaque chez le rat avec l'imagerie cinématique. Dans cette étude, nous proposons l'utilisation d'une technique de débruitage afin d'améliorer l'évaluation quantitative des paramètres de la fonction cardiaque. Enfin, nous détaillons le développement de deux séquences d'impulsions appliquées à un modèle d'infarctus du myocarde chez le rat : une séquence d'inversion-récupération pour l'imagerie de rehaussement tardif au gadolinium et une séquence de préparation T2 pour l'imagerie de pondération T2. // Abstract: Magnetic Resonance Imaging (MRI) is a clinically valuable tool for the detection of cardiovascular diseases. Its high temporal and spatial resolutions have established it as a reliable technique for assessment of cardiac structure, fonction, perfusion, and myocardial viability. Animal models, and particularly rats and transgenic mice, are increasingly used for the study of genes and biological mechanisms involved in heart diseases. MRI has become the gold-standard for the non-invasive examination of these models, despite physiological differences such as the rapid heart rate (up to 600 beats per minute for the mouse) and the animal size, that make its application more challenging than clinical imaging. However, high-quality images can be obtained with dedicated high-field MRI scanners, novel gating strategies and optimised pulse sequences. The work reported in this thesis consists in the implementation of these techniques on the dedicated 7 T MRI scanner at the Sherbrooke Molecular Imaging Center. We first provide an overview of the possibilities offered by cardiac MRI in small animals, then we present the material and methods for the study of cardiac function in rats with cine-imaging. In this study, we propose the use of a denoising technique as a way to improve the evaluation of global cardiac function parameters. Finally, we explain in detail the development of two pulse sequences for their application in a myocardial infarction model : an inversion-recovery sequence for late gadolinium enhancement imaging and a T2-prepared sequence for T2-weighted imaging.

Les séquences répétées en tandem sont constituées de motifs adjacents. Elles constituent une classe de séquences génétiques dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cette thèse, nous traitons le problème de la comparaison de séquences répétées en tandem sous un modèle évolutif particulier. Plus précisément, nous nous intéressons au problème de leur alignement dans lequel, en plus des trois opérations classiques, mutation, insertion et délétion, nous considérons l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original, la contraction est l'événement inverse. L'amplification (resp. la contraction) est dite « n-aire d'ordre m », si elle copie (resp. retire) m motif(s) n fois. Nous proposons une méthode donnant un score d'alignement, qui est une métrique, entre deux séquences répétées en tandem, sous un modèle comprenant les cinq opérations précédemment citées où l'amplification et la contraction sont unaires d'ordre 1. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel à de l'algorithmique de graphe. Nous avons réalisé un programme nommé MS_Align qui implémente cette méthode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. À l'aide de ce programme, nous avons étudié des données biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modèle évolutif s'applique bien à ce type de séquences d'ADN. Nous avons construit à partir de nos résultats des arbres phylogénétiques semblables à ceux obtenus grâce à d'autres marqueurs du chromosome Y indépendants de MSY1, nos arbres offrent une meilleure résolution. Une partie de cette thèse est consacrée au problème général où nous relaxons les contraintes sur les amplifications et contractions.

La duplication de code source a de nombreuses origines : copie et adaptation inter-projets ou clonage au sein d'un même projet. Rechercher des correspondances de code copié permet de le factoriser dans un projet ou de mettre en évidence des situations de plagiat. Nous étudions des méthodes statiques de recherche de similarité sur du code ayant potentiellement subi des opérations d'édition telle que l'insertion, la suppression, la transposition ainsi que la factorisation et le développement de fonctions. Des techniques d'identification de similarité génomique sont examinées et adaptées au contexte de la recherche de clones de code source sous forme lexemisée. Après une discussion sur des procédés d'alignement de lexèmes et de recherche par empreintes de n-grams, est présentée une méthode de factorisation fusionnant les graphes d'appels de fonctions de projets au sein d'un graphe unique avec introduction de fonctions synthétiques exprimant les correspondances imbriquées. Elle utilise des structures d'indexation de suffixes pour la détermination de facteurs répétés. Une autre voie d'exploration permettant de manipuler de grandes bases indexées de code par arbre de syntaxe est abordée avec la recherche de sous-arbres similaires par leur hachage et leur indexation selon des profils d'abstraction variables. Des clones exacts de sous-arbres de forte proximité dans leurs arbres d'extraction peuvent alors être consolidés afin d'obtenir des correspondances approchées et étendues. En amont et en aval de la recherche de correspondances, des métriques de similarité sont définies afin de préselectionner les zones d'examen, affiner la recherche ou mieux représenter les résultats

A la fin des années 50, les premières descriptions d'amnésie antérograde chez le patient H.M. ont mis en évidence le rôle crucial de l'hippocampe dans la mémoire. Ces travaux fondateurs ont été étendus grâce à l'enregistrement de l'activité cérébrale chez le rat libre de ses mouvements, avec l'étonnante découverte que les neurones hippocampiques codent la position de l'animal dans l'environnement (« cellules de lieu »). Lorsqu'un rat parcourt une trajectoire, il traverse successivement différents « champs de lieu », et les cellules de lieu correspondantes déchargent les unes après les autres en séquences. De façon surprenante, lorsque la décharge d'une cellule de lieu est observée par rapport au rythme thêta (~8 Hz) présent dans l'hippocampe lorsque le rat explore son environnement, l'ordre dans lequel les cellules déchargent est maintenu à une échelle de temps très rapide (~150 ms), au sein de chaque cycle de l'oscillation thêta. Ces « séquences thêta » reflètent ainsi les positions passée, présente et future de l'animal, ancrant les lieux visités par l'animal dans leur contexte temporel. Pendant le sommeil, les séquences d'activité des cellules hippocampiques sont spontanément réactivées, reproduisant virtuellement la trajectoire du rat lors de son exploration. Ces réactivations ont lieu lors de patterns d'activité transitoires appelés sharp wave-ripples (SPW-Rs). La réintégration répétitive de l'activité séquentielle liée à l'expérience pourrait renforcer les connexions synaptiques entre les cellules. De plus, il a été montré que les SWR-Rs et leurs réactivations associées jouent un rôle causal dans la consolidation de la mémoire. Comment ces réactivations peuvent-elles avoir lieu ? De façon intéressante, pendant l'exploration, les séquences thêta permettent la compression des trajectoires de l'animal à une échelle de temps compatible avec des processus de plasticité. Par conséquent, ces séquences thêta pourraient soutenir l'apprentissage séquentiel pendant l'exploration, et pourraient sous-tendre le codage initial des traces mnésiques. Toutefois, des preuves directes en faveur de ce scénario n'ont pas été fournies... / In the late 50's, the first descriptions of anterograde amnesia in patient H.M. have highlighted the crucial role of the hippocampus in memory. These seminal works have been extended with brain electrophysiological recordings in freely moving rats, with the striking discovery that hippocampal neurons code for the location of the animal in the environment (‘place cells'). When a rat runs through a trajectory, it successively crosses multiple ‘place fields', and the corresponding place cells fire one after the other in sequence, in an order corresponding to the trajectory of the rat. Strikingly, when the place cell firing is observed relative to the ongoing theta rhythm (~8 Hz) recorded in the hippocampus when the rats is exploring its environment, the order in which the cells fire is maintained at a much shorter time scale (~150 ms), in each cycle of the theta oscillations. These ‘theta sequences' thus reflects the past, present and future locations of the animal, anchoring locations in their temporal context. During subsequent sleep, the sequences of hippocampal cell activity are spontaneously reactivated, virtually reproducing the trajectory of the rat during its previous exploration. This replay occurs during transient hippocampal activity patterns called sharp wave-ripples (SPW-Rs). Repetitive reinstatement of experience-related sequential activity may strengthen synaptic connections between cells. Moreover, SPW-Rs and their associated replay have been causally linked to memory consolidation. How does such replay occur during sleep? Interestingly, during exploration, theta sequences allowed the temporal compression of the animal’s trajectory at a time-scale compatible with synaptic plasticity processes. Therefore, these theta sequences have been hypothetized to support sequential structure learning during exploration, and might underlie the initial encoding of memory traces. However, direct evidence supporting this scenario remains elusive...

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Comment la morphogenèse embryonnaire peut-elle être conservée malgré une divergence importante des séquences codantes et non-codantes ? Pour répondre à cette question, nous avons travaillé sur le développement précoce d’ascidies divergentes, Phallusia mammillata et Ciona intestinalis. Ces espèces partagent une morphogénèse pratiquement identique et des lignages cellulaires stéréotypés. Or, leurs génomes sont tellement divergents que leurs séquences ne peuvent pas être alignées.Nous avons choisi d’étudier les cellules précurseuses de l’endoderme au cours de deux processus développementaux conservés : spécification du destin et la gastrulation. Nous avons comparé par hybridation in situ l’expression transcriptionelle des gènes régulateurs orthologues dans Phallusia et Ciona. Nous avons trouvé que l’expression dans l’endoderme de 8 gènes régulateurs impliqués dans ces processus développementaux est qualitativement conservée entre les deux espèces.Pour étudier comment ces gènes ont conservé leur régulation malgré une divergence non-codante importante, nous avons collaboré avec l’équipe Gomez-Skarmeta pour cartographier, par ATAC-seq, la chromatine ouverte dans les deux espèces pour identifier les régions régulatrices actives à l’échelle du génome. 35 sur les 39 séquences ouvertes avoisinant les gènes de l’endoderme ont été trouvé active avant le stade larval, par éléctroporation. La plupart des séquences testées ont conservé leur activité dans les deux espèces malgré la divergence de séquence. Nous avons alors identifié des sites de fixations pour facteurs de transcription potentiels se trouvant dans les enhancers pour l’endoderme pour identifier les régulateurs dans Phallusia et Ciona.Nos résultats suggèrent des changements assez importants de l’ordre des sites de fixations sans pour autant avoir de changement dans l’architecture dans les réseaux de gènes régulateurs ; ceci explique la conservation qualitative de l’expression des gènes entre ces ascidies divergentes. En outre, nous avons trouvé que les shadow enhancers sont plus répandus qu’anticipé. / How can embryonic morphogenesis be evolutionarily conserved in spite of extensive divergence in coding and non-coding genome sequences? To address this question, we worked on the early development of two very divergent ascidians, Phallusia mammillata and Ciona intestinalis. These species share an almost identical early morphogenesis and stereotyped cell lineages. Remarkably, however, their genomes are divergent to the extent that their non-coding sequences cannot be aligned and gene order has not been conserved.We focus our attention on the behaviour of endoderm precursors throughout two important evolutionarily conserved developmental processes: initial fate specification and early gastrulation. We first compared by in situ hybridisation the transcriptional expression of orthologous regulatory genes in Phallusia and in Ciona. We found that the endodermal expression of 8 regulatory genes known to be involved in these developmental processes is qualitatively conserved between the two species.To study how these genes conserved their regulation in spite of extensive non-coding sequence divergence, we collaborated with the Gomez-Skarmeta lab to map, by ATAC-seq, open chromatin regions in both species to identify active regulatory regions genomewide. Three quarters of the 39 open chromatin regions for endodermal genes behaved as active regulatory sequences by the larval stage, when tested by electroporation in embryos. Many of the tested sequences had conserved cis-regulatory activity in both species in spite of sequence divergence. We have identifed putative transcription factor binding sites in endodermal enhancers in both species to identify conserved upstream regulators shared between Phallusia and Ciona.Taken together our results suggest that extensive transcription factor binding site turn over, without radical change in GRNs architecture, may explain the qualitative conservation of gene expression patterns between highly divergent ascidian genomes. Furthermore, we found that shadow enhancers are much more prevalent than initially anticipated.Taken together our results suggest that extensive transcription factor binding site turn over, without radical change in GRNs architecture, may explain the qualitative conservation of gene expression patterns between highly divergent ascidian genomes. Furthermore, we found that shadow enhancers are much more prevalent than initially anticipated.

Cette thèse a pour objectif général de proposer une approche renouvelée de l'exploitation méthodologique de la chanson en classe de langue. Elle propose d'abord une définition théorique du genre de discours "chanson" (et notamment son ancrage dans la complexité du rapport création / production / diffusion / réception qui le définit). Cette démarche définitoire conduit à considérer un hypergenre (la chanson), décliné en trois genres de discours (la chanson interprétée version studio, la chanson représentée version en concert, la chanson illustrée version clip vidéo), chacun ayant ses spécificités génériques. Elle étudie ensuite l'inscription de ce genre dans la problématique méthodologique, en particulier telle qu'elle est présentée dans le CECRL. A la lumière d'une lecture critique des nombreuses contributions publiées depuis une quarantaine d'années et de témoignages d'enseignants, elle envisage quels objectifs l'enseignement/apprentissage peut viser par l'utilisation de chansons, quelles compétences cette exploitation peut permettre d'acquérir (la compétence générique s'avérant centrale) et comment l'exploitation de la chanson peut répondre aux enjeux induits par la notion de "tâche" et celle de "séquence didactique". Elle présente enfin des options méthodologiques concrètes, articulées selon différentes cohérences séquentielles, dont celles basées sur la tâche ou définies par la pédagogie du projet. / The general purpose of the thesis is to offer a renewed approach in the method of using songs in a language course. At first, the thesis gives a genral definition of the genre "song" (in particular its link with the complex chain creation / production / broadcast / reception which defines it). This defintion attempt leads up to the notion of a hyper genre (song), comprising three sub genres (studio recorded song, live song, illustrated song in a video clip), each one having its own generic specificity. The work then deals with the way this genre can be inscribed in the methodological questioning, in particular as it is presented in the CECRL.Through a critical reading of the numerous contributions published during the last forty years, the thesis presents which objectives the teaching/learning process can aim at through songs, which competences this pedagogy through songs allows to gain (as the generic competence appears to be central) and how it can constitute a means to tackles the specificities involved by the notions of "task" and "didactical sequence". Lastly, the thesis presents actual methodological options, in relation to the different sequence organisations, among which those based or defined by the pedagogy of project.