Dans ce travail, des méthodes itératives ont été étudiées afin de préparer des oligomères à séquences bien définies en utilisant des supports solides ou solubles. Trois stratégies de couplage de monomères ont été exploitées (i) AB + AB, (ii) AB + CD et (iii) AA + BB. La première méthode a permis la synthèse d’oligopeptides en utilisant les protocoles classiques de la synthèse peptidique à partir notamment d’amino-acides protégés par des groupements Fmoc. Les deux autres stratégies ont permis de préparer des oligo(alcoxyamine amide)s et des oligoamides, en l’absence de groupements protecteurs. Dans ces cas, le contrôle de la structure primaire de l’oligomère a été rendu possible soit par l’utilisation de réactions chimio-sélectives (AB + CD) soit en introduisant un large excès de monomères bifonctionnels (AA + BB). Ainsi, les oligo(alkoxyamine amide)s ont été préparés en utilisant des couplages successifs de bromo-anhydride et d’amino-nitroxide ; et les oligoamides ont été obtenus par couplages de diacides et de diamines.L'approche pratique permettant la formation de ces oligomères à séquence contrôlée ainsi que leur caractérisation seront décrites dans cette thèse. / In this work, iterative methods have been studied to prepare sequence-defined oligomers on solid and soluble supports. Three model monomer coupling strategies have been exploited, (i) AB + AB, (ii) AB + CD and (iii) AA + BB, for the synthesis of oligopeptides, oligo(alkoxyamine amide)s and oligoamides, respectively. In the first strategy (AB + AB), oligopeptides have been synthesized using classical peptide synthesis protocols, in which Fmoc-protected amino acids were used. The other two strategies (AB + CD and AA + BB) are protecting-group free methods. In this case, the control over the oligomer primary structure has been achieved using chemoselective reactions (AB + CD) or a large excess of bifunctional monomers (AA + BB). The oligo(alkoxyamine amide)s have been prepared using successive coupling of bromo-anhydride and amino-nitroxide building blocks. The oligoamides have been obtained by sequential coupling of diacid and diamine building blocks. The practical approach to these primary structures using solid- and liquid-phase methodologies followed by the characterization of formed oligomers is the scope of this thesis.

Les premiers films chinois sont des documentaires de l’opéras traditionnels. Le langage cinématographique dans le cinéma chinois est née avec Tragédie de l’opium de 1916. L’industrie du cinéma a été fondée dans les années vingt avec la naissance de nombreux studios et avec une production débordante de long-métrage qui est très proche des films hollywoodiens. Le cinéma muet chinois est toujours présent dans les années trente. La mise en scène manifeste une conception cinématographique moderne en gardant la continuité de l’espace-temps. Dans l’utilisation du mouvement de caméra, SUN Yu garde une conception d’espace-temps rationaliste occidentale, tandis que FEI Mu respecte la fluidité d'image. Il y a trois styles principaux des cinéastes du muet : le "théâtre filmée", le modèle hollywoodien chinois et l’école de l’esthétique traditionnelle. La "tradition" du cinéma chinois n’est pas bien formée à l’époque du muet, pourtant elle est une tendance remarquable. Elle devient dans le début des années quarante avec le film parlant une conception générale de l’esthétique cinématographique qui est différente du cinéma d’autres pays. Elle se caractérise, par l’intégralité du plan avec l’utilisation fréquente du plan-séquence et le travelling continue. Cette esthétique cinématographique est influencée profondément par l’opéra traditionnel et la peinture chinoise, qui manifeste l’esprit de l’esthétique chinoise traditionnelle. La "tradition" du cinéma chinois se continue dans les films chinois d’aujourd’hui, pourtant, elle se trouve plutôt dans les films d’art. / The earliest film in China was the documentary of Chinese opera. It was the first time that the film language appeared in Victims of Opium of 1916. In the 1920s, the Chinese film industry came into being, building up many film studios and producing a quantity of Hollywood style feature films. The production of Chinese silent films had never stopped until the 1930s, when the concept of mise en scène had begun to pay attention to the continuity of time and space, showing the concept of modern film. As for the motion photography, the rational concepts of time and space in the West have been revealed in SUN Yu’s films while FEI Mu has created the implicit images by using motion photography. Thus, in the 1930s, there were three major types of film aesthetic tendencies: the dramatic films, Hollywood-style films and the films with Chinese traditional aesthetic tendency. In the silent era of films, the tradition had become the apparent aesthetic tendency in Chinese films, but it hadn’t developed into the mature film style. Not until the beginning of the 1940s of sound films had this tendency become a distinct national characteristic, which were keeping the integrity of single shot, frequently using le plan-séquence and ongoing motion photography. Chinese traditional opera and paintings have great influence on this film aesthetics, which shows Chinese traditional aesthetics revealed in the film art. The tradition in Chinese films has also been shown in today’s Chinese films; however, it is a style of the art film rather than the film aesthetics of those hot commercial films.

La thèse vise à examiner l’applicabilité des règles du droit de la concurrence, comme une solution alternative aux solutions existantes de la propriété intellectuelle dans le cas spécifique d'un de refus du titulaire d’un tel brevet. Sont étudiés: les solutions existantes, l'étendue de la protection conférée par un tel brevet, et si un tel refus du titulaire d’un brevet sur une séquence d’ADN est donc examiné en tant que pratique potentiellement répréhensible en vertu du droit de la concurrence. / Doctorat en droit / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Dans ce travail, nous proposons une méthode presque sans perte d’information pour encoder de longues séquences de texte ainsi que toutes leurs sous-séquences en des représentations riches en information. Nous testons notre méthode sur une tâche d’analyse de sentiments et obtenons de bons résultats avec les vecteurs de sous-phrases et de phrases. Ce travail présente aussi l’utilisation de la distillation de connaissance et de la quantification pour compresser le modèle de Transformer [Vaswani et al., 2017] pour la tâche de traduction. Nous sommes, au mieux de nos connaissances, les premiers à démontrer que le Transformer avec ses poids quantifiés à 8-bits peut obtenir un score BLEU aussi bon qu’avec ses poids de précisions pleines. De plus, en combinant la distillation de connaissance avec la quantification des poids, nous pouvons entraîner de plus petits réseaux Transformer et obtenir un taux de compression jusqu’à 12.59x, en ne perdant que seulement 2.51 BLEU sur la tâche de traduction WMT 2014 Anglais-Français, comparativement au modèle de base. Le chapitre 1 introduit des concepts d’apprentissage machine pour le traitement des langues naturelles, concepts qui sont essentiels à la compréhension des deux papiers présentés dans cette thèse. Chapitre 2 et 3 couvrent respectivement chaque papier, avant de conclure par le chapitre 4. / In this work, we propose a near lossless method for encoding long sequences of texts as well as all of their sub-sequences into feature rich representations. We test our method on sentiment analysis and show good performance across all sub-sentence and sentence embeddings. This work also demonstrates the use of knowledge distillation and quantization to compress the original Transformer model [Vaswani et al., 2017] for the translation task. We are, to the best of our knowledge, the first to show that 8-bit quantization of the weights of the Transformer can achieve the same BLEU score as the full-precision model. Furthermore, when we combine knowledge distillation with weight quantization, we can train smaller Transformer networks and achieve up to 12.59x compression while losing only 2.51 BLEU off the baseline on the WMT 2014 English-to-French translation task. Chapter 1 introduces machine learning concepts for natural language processing which are essential to understanding both papers presented in this thesis. Chapter 2 and 3 cover each paper respectively, before finally concluding with chapter 4.

Les microsatellites, séquences répétées en tandem de période une à six paires de bases, sont des entités génomiques présentes dans tous les organismes qu'ils soient animaux, végétaux ou microbiens. Ils présentent un cycle de vie caractérisé par trois phases principales : une apparition et une maturation, une dynamique à l'état mature, puis une dégénérescence. Nous nous intéressons dans cette thèse à la première phase, l'apparition des microsatellites. <br />Pour traiter ces questions, nous nous sommes basés sur l'analyse de la séquence du génome humain. L'une des lacunes de ce type d'analyse est qu'il faut d'abord extraire les microsatellites du génome, et qu'il existe plusieurs algorithmes de nature et fonctionnement différents. La première partie de cette thèse se concentre donc sur la comparaison de quelques-uns des principaux algorithmes de recherche de répétitions en tandem, et dresse un portait des différentes qualités et limitations de chacun des algorithmes.<br />Deux possibilités majeures sont détaillées, l'apparition par l'intermédiaire d'éléments transposables (ETs), et l'apparition spontanée à partir d'une séquence quelconque. Dans le premier cas, l'étude est focalisée sur le rôle des queues polyA des séquences Alu chez les primates. La question de l'apparition à partir d'une séquence quelconque cherche à établir l'impact de trois mécanismes mutationnels différents sur la création et le développement primordial des microsatellites : la mutation ponctuelle, le glissement de polymérase et la micro-duplication adjacente de quelques nucléotides. Un modèle général d'apparition des microsatellites est aussi proposé, suggérant une dynamique d'apparition plus complexe que ce qui était précédemment supposé.

Une structure en béton armé est sujette à différents types de sollicitations. Les tremblements de terre font partie des événements exceptionnels qui induisent des sollicitations extrêmes aux ouvrages. Pour faire face à cette problématique, les codes de calcul des ponts routiers font appel à une approche basée sur des niveaux de performance qui sont rattachés à des états limites. Actuellement, les états limites d'une pile de ponts en béton armé (BA) confinée à l'aide de polymères renforcés de fibres de carbone (PRFC) proposés dans la littérature ne prennent pas en compte le confinement lié au chemisage de PRFC en combinaison avec celui des spirales d'acier. Ce projet de recherche était la suite du volet de contrôle non destructif d'une étude réalisée en 2012 qui comprenait un volet expérimental [Carvalho, 2012] et un volet numérique [Jean, 2012]. L'objectif principal était de compléter l'étude du comportement des poteaux en BA renforcés de PRFC soumis à un chargement cyclique avec les données acoustiques recueillies par St-Martin [2014]. Plus précisément, les objectifs spécifiques étaient de déterminer les états limites reliés aux niveaux de performance et de caractériser la signature acoustique de chaque état limite (p. ex. fissuration du béton, plastification de l'acier et rupture du PRFC). Une méthodologie d'analyse acoustique basée sur l'état de l'art de Behnia et al. [2014] a été utilisée pour quantifier la gravité, localiser et caractériser le type de dommages. Dans un premier temps, les données acoustiques provenant de poutres de 550 mm x 150 mm x 150 mm ont permis de caractériser la signature acoustique des états limites. Puis, des cinq spécimens d'essai construits en 2012, les données acoustiques de trois spécimens, soient des poteaux circulaires d'un diamètre de 305 mm et d'une hauteur de 2000 mm ont été utilisée pour déterminer les états limites. Lors de ces essais, les données acoustiques ont été recueillies avec 14 capteurs de résonances qui étaient reliés à un système multicanal et au logiciel AEwin SAMOS 5.23 de Physical Acoustics Corporation (PAC) [PAC, 2005] par St-Martin [2014]. Une analyse de la distribution des paramètres acoustiques (nbr. de comptes et énergie absolue) combiné à la localisation des événements et le regroupement statistique, communément appelé clustering, ont permis de déterminer les états limites et même, des signes précurseurs à l'atteinte de ces états limites (p. ex. l'initiation et la propagation des fissures, l'éclatement de l'enrobage, la fissuration parallèle aux fibres et l'éclatement du PRFC) qui sont rattachés aux niveaux de performances des poteaux conventionnels et confinés de PRFC. Cette étude a permis de caractériser la séquence d'endommagement d'un poteau en BA renforcé de PRFC tout en démontrant l'utilité de l'écoute acoustique pour évaluer l'endommagement interne des poteaux en temps réel. Ainsi, une meilleure connaissance des états limites est primordiale pour intégrer les PRFC dans la conception et la réhabilitation des ouvrages.

Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur.

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation. / Initially, we modeled the structure of an RNA family with a graph grammar to identify sequences that correspond to it. Several other modeling approaches have been developed to derive sequences, such as stochastic context-free grammars, covariance models, secondary structures profiles and constraint networks. These modeling methods are based on secondary structure compared to our graph grammars which are based on the nucleotide cyclic motifs. To exemplify our graph grammar model, we used the loop E of the ribosome that contains the Sarcin-Ricin motif that has been widely studied since its discovery by X-ray crystallography in the early 90s. We built a graph grammar for the structure of the Sarcin-Ricin motif and derived the sequences that correspond to it. The biological relevance of these sequences is supported by an alignment of 800 bacterial ribosomal sequences. This comparison raised alternative alignments for some of the sequences that we supported by predictions of secondary and tertiary structures. According to a new tertiary structure, those alternative alignments accommodate the new derived sequences. The nucleotide cyclic motifs used in the grammar were observed by members of our laboratory in RNA tertiary structures that were solved experimentally. We study the sequences and tertiary structures of the nucleotide cyclic motifs of the Sarcin-Ricin motif. This study suggests that the space of sequences depends heavily on interactions between all nucleotides in the nearby three-dimensional space and not only between two adjacent base pairs. We compare the number of sequences generated by the graph grammar with non contextual methods and our graph grammar generates less sequences. This suggests the importance of context for the relationship between sequence and structure, hence the use of a contextual graph grammar is more expressive than context-free grammars. The graph grammars we used include the tertiary structure but neglect the interactions with extra-molecular factors, such as other macromolecules or ligands. In a second stage and to take into account these interactions, we developed a model incorporating the positioning of chemical groups on the surface of the tertiary structures. The assumption being that the chemical groups that are conserved on the surface of the RNA in active sequences are more likely to be involved in interactions with extra-molecular factors. Continuing with the example of the loop E, we searched the groups that could be involved its interactions with elongation factors. Knowledge of the groups involved in the important interactions serves to predict by three-dimensional modeling new sequences that have potentials to realize these interactions and thus the same function. There are few models that have been developed to address this problem: molecular descriptors, nucleotide adjacency matrices and others based on thermodynamics. These models use an oversimplified representation of the RNA structure, which limits their applicability. We applied our model to the tertiary structures of a set of variants of a sequence of one instance of the Sarcin-Ricin motif from a bacterial ribosome. Wool and coworkers at the University of Chicago studied this proceeding experimentally by testing the viability of twelve variants. They identified four viable variants and eight lethal. We used this set of twelve sequences for training our model and we identified a set of essential properties to their biological function. For each variant of the training set we built models of tertiary structures. We then measured the partial charges of exposed atoms on the surface and we encoded this information into vectors. We used principal component analysis to transform the vectors into a set of uncorrelated variables, called principal components. Using the weighted Euclidean distance and a nearest neighbor algorithm, we applied the technique of "Leave-One-Out Cross-Validation" to choose the best parameters to predict the activity of a new sequence to match these principal components. Finally, we validated the predictive model using a new set of eight variants whose viability has been verified experimentally in our laboratory. In conclusion, graph grammars are used to model the relationship between sequence and structure of an RNA structural element, such as the ribosomal loop E containing the Sarcin-Ricin motif. Applications range from the correction of sequence alignment to sequence design with a predetermined structure. We also developed a model to take into account the specific interactions related to a specific biological function. Our model is based on the retention of the exposure of chemical groups that are involved in these interactions. This model has allowed us to predict the biological activity of a set of variants of the loop E that binds to elongation factors.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Cette thèse démontre que la dynamique d’intégration peut expliquer l’instabilité financière d’une économie. Sur le plan théorique, nous analysons les éventuelles non-linéarités dans l’effet de la libéralisation financière sur la stabilité externe. Sur le plan empirique, nous proposons les modèles à seuil comme alternative aux modèles linéaires conventionnelles. Notre thèse se subdivise en 4 chapitres. Le premier chapitre revisite le débat sur la nature de l’effet exercé par l’intégration financière sur la stabilité externe. Le second chapitre analyse l’intégration financière et la structure d’intermédiation dans les régions les plus assujettis à des sévères crises. Les crises financières majeures se sont survenues au sein de dynamiques non-optimales d’intégration. Le troisième chapitre présente deux modélisations régionales de la relation Intégration financière/Pressions spéculatives. La première démontre que la libéralisation financière accroit les pressions spéculatives au-delà d’un degré seuil. En outre, l’évolution au sein d’une dynamique non-optimale d’intégration accroit les tensions de change dès les premières étapes d’intégration. La seconde recherche préconise que l’effet « pressions spéculatives » du processus d’intégration dépend de la matrice (dynamique d’intégration/ structure financière). Les économies basées sur les crédits bancaires semblent être moins vulnérable aux tensions de change. Le dernier chapitre s’intéresse à l’effet de la dynamique d’intégration sur la vulnérabilité des économies du Moyen-Orient et d'Afrique du Nord aux crises de change. Le premier essai démontre que le maintien d’une dynamique optimale d’intégration retarde le changement structurel dans l’effet de la libéralisation financière sur les tensions de change. Le second essai signale que l’excès de la libéralisation financière constitue un déterminant de la stabilité de change. Désormais ce n’est plus le choix de la séquence d’intégration qui détermine la stabilité de change mais plutôt c’est le maintien d’une dynamique optimale d’intégration. Notre réflexion peut fournir les fondements d’une théorie de dynamique optimale d’intégration. / This thesis demonstrates that the integration dynamics can explain exchange instabilities. Theoretically, we discuss the possible non-linearity in the effect of financial liberalization. Empirically, we suggest the threshold models as an alternative to traditional linear models. Our thesis is divided into 4 chapters. The first chapter re-examines the debate on the financial liberalization impacts on external stability. The second chapter analyses the financial integration and the intermediation structure in the regions the most impacted by severe financial crises. These crises have been produced within non-optimal integration dynamics. Chapter three analyses two regional investigations of the relationship between financial integration and speculative pressures. The first analysis demonstrates that the financial integration increases the speculative pressures once the degree of financial liberalization exceeds a specific threshold. The second investigation suggests that the effect “exchange instabilities” of the financial integration process depends on the matrix financial structure versus liberalization dynamics. The bank-dominated systems seem to be less financially vulnerable than the market-dominated ones. The final chapter focuses on the effect of integration dynamics on MENA economies 'vulnerability to exchange crises. The first investigation suggests that the preservation of an optimal liberalization dynamic has delayed the structural break in the relationship between speculative pressures and financial liberalization. The second investigation outlines that the excess of financial liberalization constitutes an important determinant of exchange stability. It is no longer the choice of integration sequence which determines exchange imbalances, but rather the preservation of an optimal dynamic of integration. As a final contribution, our investigations can provide specific theoretical guidelines related to the optimal dynamic of integration