Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le présent travail porte sur la caractérisation de séquences simples, composées des tri nucléotides (GGC). Elles ont d'abord été identifiées dans le génome de poulet avec une sonde d'ADN complémentaire cloné de 1'histone H5 de poulet lors du criblage d'une librairie d'ADN génomique. Plusieurs clones donnant un signal indiquant une homologie partielle avec cette sonde ont été étudiés. Par la séquence de deux d'entre eux, il a été établi que de courtes séquences contenant des répétitions consécutives d'un petit nombre de (GGC) (5 ou 6) en étaient responsables. L'organisation de ces séquences simples dans le génome a été étudiée par des hybridations sur de 1'ADN génomique. Il s'avère que ce type de séquences simples forment une famille de séquences faiblement répétées chez le poulet (cent cinquante fois) et également chez toutes les autres espèces eucaryotiques étudiées à savoir le saumon, le canard, le pigeon, la souris et l'humain. Un polymorphisme dans le nombre de (GGC) consécutifs a été rencontré dans le gêne de 11 histone H5 de poulet par rapport à 1 ‘ADN complémentaire cloné utilisé comme sonde. Ce polymorphisme ainsi que la génération proprement dite de ces séquences pourraient être expliqués par un mécanisme de glissement et de mauvais appariements des répétitions ("slipped mispairing"), lors de la réplication de 1'ADN. Une étude de la transcription de ce type de séquences a été réalisée chez l'embryon de six jours et les globules rouges immatures de poulet. Dans ces cas, ces séquences simples seraient surtout présentes dans les ARN nucléaires. Finalement, une recherche par ordinateur dans des banques de séquences d'ADN a permis l'identification de plusieurs gènes porteurs de (GGC) , pouvant suggérer une variété de rôles biologiques pour ces séquences. / Montréal Trigonix inc. 2018

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les bactéries se prêtent très bien aux analyses phylogénétiques en raison du fait que plusieurs génomes ont été entièrement séquencés -et leur nombre continue d'augmenter -et leurs génomes sont petits et ne contiennent que peu d'ADN répétitif en contraste avec les génomes des eucaryotes. La molécule d'ARNr 16S, l'ARN composant de la petite sous-unité du ribosome, a été établie comme la macromolécule de choix pour les analyses phylogénétiques et l'identification des espèces bactériennes. En dépit de sa position centrale, l'utilisation de l'ARNr 16S n'est pas sans inconvénients. En effet, l'évolution d'un seul gène n'est pas nécessairement représentative de l'évolution d'un génome entier, des hétérogénéités entre des copies du gène d'ARNr 16S -des allèles -ne sont pas exceptionnelles, et des copies paralogues peuvent suggérer des phylogénies différentes. De plus, au cours des dernières années, des analyses phylogénétiques basées sur des séquences codant pour des protéines conservées -telles des gènes de ménage (house-keeping genes) -ont donné des résultats discordants. Parmi les bactéries, les y-protéobactéries avec 33 génomes entièrement séquencés sont les plus étudiées, certainement en raison de leurs importances cliniques et biologiques. L'objectif de mon travail a été, d'une part d'étudier l'hétérogénéité des séquences des allèles de l'ARNr 16S chez 33 y-protéobactéries et de déterminer si un seul allèle par bactérie est suffisant pour établir une phylogénie, d'autre part de construire les arbres phylogénétiques de ces 33 y-protéobactéries à partir de l'analyse comparée des séquences de certains gènes de ménage à savoir: l'adénylate kinase (adk), la shikimate déshydrogénase (aroE), la glucose-6-phosphate déshydrogénase (gdh) et de leurs séquences concaténées. Ces phylogénies seront comparées entre elles et aussi à celle établie à partir du gène de l'ARNr 16S. Les analyses phylogénétiques ont démontré que la plupart des séquences alléliques d'une même souche sont identiques ou quasi identiques et sont regroupées à l'intérieur d'un même genre et d'une même espèce. À cause de leurs homogénéités, un seul allèle du gène de l'ARNr 16S est suffisant pour construire la phylogénie des y-protéobactéries au niveau du genre et de l'espèce. Les arbres phylogénétiques construits à partir de chacun des trois gènes de ménage -adk, aroE et gdh -et des séquences concaténées des trois gènes sont, en général, similaires à l'arbre construit à partir du gène de l'ARNr 16S, aux niveaux de la famille, du genre, de l'espèce et de la souche, avec certaines exceptions. Les gènes de ménage, cependant, montrent un plus haut taux de substitutions nucléotidiques que le gène de l'ARNr 16S. De plus, parce que les trois gènes de ménage ont chacun un pourcentage plus bas de similarité de séquences que le gène de l'ARNr 16S, ils ont montré une meilleure différenciation des neuf souches de bactéries entériques Escherichia-Shigella-Salmonella. Ils peuvent potentiellement révéler des relations sur des branches plus profondes d'un arbre phylogénétique que ne le peut le gène de l'ARNr 16S. De plus, puisque ces gènes de ménage sont utilisés dans les typages de séquence multi-locus "multilocus sequence typing (MLST)", nous pouvons nous attendre à ce que le nombre de séquences disponibles dans le domaine public pour ces trois gènes de ménage augmente rapidement les rendant ainsi d'autant plus utiles pour complémenter le gène de l'ARNr 16S dans des études phylogénétiques, ou pour certaines autres analyses phylogénétiques très ciblées. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : y-protéobactéries, Gènes de ménage, Phylogénie, ARNr 16S.

Les alphabets structuraux sont des collections de motifs structuraux répétés dans les structures de protéines. Durant ma thèse, j'ai utilisé l'un d'eux, les blocs protéiques (BPs), pour diverses applications comme la prédiction, la comparaison et l'analyse de structures de protéines. J'ai d'abord étudié les variations structurales observées au sein de structures ayant des séquences protéiques identiques et au cours de simulations de dynamique moléculaire. Les résultats de ces analyses ont été synthétisés sous la forme de matrices de substitution et ont montré des similitudes surprenantes avec les précédentes matrices établies pour les protéines homologues ou les ensembles RMN. La méthode kPRED qui permet de prédire le squelette des protéines sous forme de BPs a été amélioré en prenant en compte les structures locales voisines. La nouvelle version privilégie aussi les informations provenant des protéines homologues lorsqu'elles sont disponibles, atteignant une précision moyenne de 66,3% sur un jeu de données test. J'ai aussi étendu la portée de la base de données PENTAdb pour couvrir l'ensemble des structures de la PDB. Je montre que l'effet de cette augmentation de 950% dans le contenu de PENTAdb améliore notre compréhension de la relation séquence-structure au niveau d'un pentapeptide. J'ai également utilisé PB-ALIGN, un outil de comparaison rapide et efficace de structures des protéines, pour comparer toutes les structures protéiques dans la PDB entre elles et pour étudier les similitudes structurales. J'ai généré une grande collection de données d'alignement et j'explore son usage pour l'annotation fonctionnelle et l'identification de possibles relations évolutives. / Structural motifs found in protein structures. They help in approximating protein structure as a 1D string with minimal loss of structural information. Here I have employed a widely used structural alphabet called Protein Blocks (PB) for various applications like predicting, comparing and analyzing protein structures. PBs were used to study the structural variations in proteins with identical primary structure and also during the course of molecular dynamics (MD) simulations. The results from these analyses were summarized in the form of substitution matrices and showed striking similarities to previously established matrices for homologous proteins and NMR ensembles. I improved kPRED, a knowledge-based prediction of protein backbone in terms of PBs, by taking into consideration the neighboring local structures. The new version of the algorithm also privileges structural information from homologous proteins when available reaching an average accuracy of 66.3% on a benchmark dataset. The scope of the PENTAdb database has been expanded to cover the entire protein structure space in an automated manner. I show that the effect of this 950% increase in the contents of PENTAdb improves our understanding of the sequence-structure relationship at the pentapeptide level. I also used PB-ALIGN, a fast and efficient protein structure comparison tool, to compare all protein structures in PDB in an all-vs-all manner and to investigate PB-based structural similarities. This generated a huge collection of alignment data and I discuss its use for functional annotation and identification of possible evolutionary relationships.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La bioinformatique constitue un outil de choix dans l'étude des plantes. Lorsqu'utilisées efficacement, la gestion ainsi que l'analyse informatique des données biologiques permettent de réduire considérablement la durée des expériences ainsi que les coûts liés à la recherche tout en élargissant le spectre d'analyses pouvant être effectuées. L'objectif de cette recherche est de définir un protocole efficace utilisant les outils actuels et mettant en oeuvre de nouvelles approches, dans le but de faire le prétraitement, le clustering et l'assemblage d'un ensemble d'EST. Ce mémoire traite des algorithmes et des techniques informatiques utilisés dans l'étude de l'expression différentielle à partir des EST. Les particularités du projet de FGAS sont présentées et une attention particulière est portée sur la manière dont les résultats ont été analysés. À travers la classification en sous-groupes fonctionnels et de l'analyse différentielle digitale, l'identification des gènes potentiellement impliqués dans le phénomène d'acclimatation du blé au froid est effectuée. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bioinformatique, Clustering, Assemblage, Expressed Sequence Tags, Tolérance au froid.

Les microARNs sont de petits ARNs qui participent à la régulation de l'expression génique dans les organismes vivants. Depuis l'apparition des nouvelles techniques de séquençage à haut débit, leur identification et caractérisation dans les espèces animales et végétales font partie des défis actuels de la bioinformatique. Dans ce mémoire nous abordons ce problème en recherchant les microARNs exprimés chez le blé sous une dizaine de conditions environnementales différentes. Contrairement aux études antérieures similaires dans d'autres organismes, des difficultés additionnelles se sont ajoutées, associées à la partialité du génome du blé disponible, la multitude de conditions expérimentales et le peu de microARNs connus retrouvés par prédiction. Une nouvelle approche, employant une double validation par deux algorithmes de prédiction, a permis d'identifier plus de 3862 microARNs potentiels chez le blé ainsi que leurs gènes cibles. Parmi eux, 206 sont différentiellement exprimés entre les conditions expérimentales. Ces microARNs ont été répartis en 1222 familles en fonction des paramètres de leur similarité intra et intergroupe déduite des microARNs connus de mirBase. Pour minimiser le nombre de faux positifs, nous avons développé une méthode d'apprentissage machine (miRdup) pour valider la position des microARNs séquencés sur son pré-microARN en estimant plusieurs caractéristiques associées à ces petits ARNs. Ce dernier nous a permis d'établir 1016 microARNs avec un haut score de prédiction (502 familles). Pour chacun des microARNs prédits, en exploitant les données de leurs niveaux d'expression et l'identification des gènes ciblés, nous avons décrypté leurs rôles dans les différentes conditions expérimentales imposées au blé. Plusieurs microARNs sont en cours de validation expérimentale. Par ailleurs, pour faciliter l'implémentation de cette plateforme, nous avons intégré le pipeline de recherche conçu au cours de ce mémoire dans le logiciel Armadillo. Ce dernier permettra à l'avenir de faciliter la reproduction d'une telle étude chez d'autres plantes. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : microARNS, prédiction, séquençage haut débit, blé, apprentissage machine.

ROCHA, Silmara Ferreira da. Funções discursivas dos marcadores metadiscursivos no gênero carta ao leitor. 2011. 105f. – Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Ceará, Departamento de Letras Vernáculas, Programa de Pós-graduação em Linguística, Fortaleza (CE), 2011. / Submitted by Márcia Araújo (marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2014-08-18T14:00:32Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_sfrocha.pdf: 762960 bytes, checksum: 521afca42f5dbba8e9aa8169aa058938 (MD5) / Approved for entry into archive by Márcia Araújo(marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2014-08-18T16:46:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_sfrocha.pdf: 762960 bytes, checksum: 521afca42f5dbba8e9aa8169aa058938 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-18T16:46:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_sfrocha.pdf: 762960 bytes, checksum: 521afca42f5dbba8e9aa8169aa058938 (MD5) Previous issue date: 2011 / Nesta dissertação, propomos um estudo sobre as possíveis funções discursivas que os marcadores metadiscursivos de posicionamento (stance) e de engajamento (engagement) categorizados por Hyland (2005), e alguns de seus subtipos, particularmente os intensificadores (hegdes) e atenuadores (boosters) sugeridos por Cabrera (2004), desempenham na sequência argumentativa dominante proposta por Bronckart (2007), considerando o entorno enunciativo do gênero carta ao leitor das revistas Época, Istoé e Veja. Temos como objetivo principal relacionar o uso dos marcadores metadiscursivos com as funções discursivas que podem desempenhar no gênero carta ao leitor. Além disso, objetivamos, também, relacionar os marcadores identificados com as fases da seguência argumentativa de Bronckart (2007). As correntes pesquisas apóiam-se no estudo da metadiscursividade para contribuir com o ensino, entretanto, nossa ideia é articular essa tendência da Linguística Aplicada com interface na Linguística Textual ao abordarmos as sequências argumentativas e as funções discursivas propostas. A análise seguiu o método indutivo em que recorremos às manifestações particulares para descrevermos o fenômeno. Nossos dados foram tratados de forma qualitativa, concretizando-se por meio de uma análise crítica das escolhas metadiscursivas que desempenham funções discursivas na carta ao leitor. Identificamos como resultado, o fato de ocorrer uma sobreposição das funções discursivas desempenhadas, bem como uma função comum a todos os marcadores, que é a de invocar o leitor a concordar com o ponto de vista do autor.

Les Entérovirus, et notamment les coxsackievirus B (CV-B), sont une cause commune de myocardite. Cette maladie peut évoluer vers une myocardite chronique jusqu’au stade de cardiomyopathie dilatée (CMD). Le mécanisme moléculaire permettant le passage de l’infection aigue à l’infection persistante dans le tissu cardiaque humain reste méconnu. Pour étudier les activités de réplication des CV-B persistant, un réplicon a été généré à partir d’une souche cardiotrope. Il a permis de caractériser les activités de réplication de CV-B persistant dans des cellules cardiaques humaines. Une analyse par séquençage à moyen débit a permis de mettre en évidence la sélection de variants tronqués dans le cœur pouvant expliquer la progression de la myocardite virale vers la CMD. De plus, l’existence de populations majoritaires tronquées de 19 à 50 nucléotides associées à des formes virales minoritaires complètes a été mise en évidence chez 8 patients atteints de CMD. La proportion de populations tronquées s’est révélée négativement corrélée au ratio ARN+/ARN- et à la charge virale (R2=0,748; P=0,016; R2= 0,36, P=0,038, respectivement). Des études immuno-histologiques et par hybridation in situ des tissus cardiaques ont montrées que le clivage de la dystrophine était uniquement retrouvé dans les cardiomyocytes infectés par les CV-B. La transfection d’ARN de synthèse complets et tronqués dans des cultures de cardiomyocytes humains primaires a mis en évidence une trans-complémentation entre les 2 formes virales induisant de faibles activités de réplication. Nos résultats démontre l’existence d’un nouveau mécanisme moléculaire de coopération entre des populations persistantes d’entérovirus B tronquées et complètes qui contribue à la physiopathologie de la CMD. / Enteroviruses, especially group B coxsackieviruses (CV-B) are considered to be a common cause of acute human myocarditis, a disease that is a precursor of chronic myocarditis cases as well as dilated cardiomyopathy (DCM). The molecular mechanisms related to the switch from the acute to the CV-B chronic persistent infection in human cardiac tissues are still unknown. To study the replication activities of CV-B a replicon from a cardiotropic prototype strain was generated and was used to study persistent CV-B replication activities into human cardiac cells. Using NGS analyses, our results evidenced that the molecular selection of TD viral forms in heart could explain pathophysiological progression from acute viral myocarditis to DCM. Moreover, we demonstrated in 8 end-stage DCM patients the existence of CV-B major populations characterized by 5’NTR deletions ranging from 19 to 50 nucleotides that were associated with minor full-length viral forms. The amounts of persistent deleted populations appeared to be negatively correlated to RNA(+)/RNA(-) minus ratio and viral load values (R2=0.748; P=0.016; R2= 0.36, P=0.038, respectively). In situ hybridization and immunohistological assays in cardiac tissues demonstrated that the dystrophin disruption was only present in EV-B infected cardiomyocytes. Transfection of deleted and full-length RNA-populations in cultured primary human cardiomyocytes evidenced a trans-acting genomic complementation system between the two viral forms resulting in low viral replication activities. Our findings suggest a new molecular mechanism through which persistent low replicative EV-B deleted and full-length collaborative populations contribute to the pathogenesis of idiopathic DCM cases.