Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal. / Le syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP) est une maladie virale d'une importance économique considérable, caractérisée par des signes d'hyperthermie et d'anorexie, accompagnés de problèmes reproducteurs chez les truies de toutes parités, et de problèmes respiratoires chez les porcs de tous âges. Le SRRP est apparu dans plusieurs États américains ainsi qu'au Canada au cours de l'année 1987. La maladie fut rapportée en Allemagne vers la fin de l'année 1990 et se propagea rapidement en Europe occidentale. Dès 1994, la présence de l'infection avait été officiellement reconnue dans les élevages de porc de plus de 16 pays d'Amérique, d'Europe et d'Asie. La sévérité des signes cliniques est très variable selon le statut immunitaire des animaux et les souches virales en cause : il peut s'agir d'une atteinte asymptomatique, d'une infection chronique se manifestant par une baisse de la productivité (retard de croissance, problèmes d'infertilité), ou d'une atteinte plus manifeste où les problèmes respiratoires peuvent être responsables de mortalités, de hauts taux de condamnation à l'abattage et d'un nombre très accru d'avortements tardifs ou de pertes majeures de jeunes porcelets.

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Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP) est actuellement l’une des principales menaces pour la santé des troupeaux porcins. Les multiples voies de transmission complexifient l’épidémiologie de l’infection et en font une maladie particulièrement difficile à contrôler. L’objectif général de ce projet de recherche était de déterminer les facteurs associés au statut SRRP des sites de production afin de mieux comprendre l’épidémiologie de cette maladie au sein de deux régions du Québec ayant des densités porcines différentes. Les stratégies d’introduction des cochettes de remplacement ont d’abord été examinées. Des lacunes importantes ont été identifiées représentant un risque potentiel pour l’introduction du virus ou pour la recirculation d’une souche endémique au sein d’un troupeau reproducteur. Ainsi, appliquée à titre de stratégie de contrôle, l’acclimatation s’est révélée particulièrement problématique. Les principes de base étaient peu respectés, pouvant donc avoir un impact négatif considérable sur la circulation virale au sein du troupeau et potentiellement sur le voisinage immédiat. La fréquence de plusieurs mesures de biosécurité externe a ensuite été évaluée, permettant d’identifier certains problèmes dont ceux touchant principalement les mesures d’hygiène relatives au protocole d’entrée. Des différences de fréquence entre les régions et les types de production ont également été notées, ce qui peut orienter les interventions de rehaussement. Une classification multivariée a permis de grouper les sites en différents patrons de biosécurité pour constituer par le fait même un index de biosécurité. Cette étape a permis d’évaluer l’association entre certaines caractéristiques de l’élevage et le niveau de biosécurité indiqué par l’index. La distribution géographique des patrons au sein des deux régions, couplée à la détection d’agrégats spatiaux de sites ayant un patron similaire, a également permis de cibler davantage les interventions en fonction de la localisation des sites. Suite à l’investigation du statut SRRP des sites, une prévalence apparente très élevée a été obtenue pour les deux régions, complexifiant le contrôle de la maladie. L’étude de facteurs de risque dans la région de densité modérée a mis en évidence quatre facteurs associés au statut SRRP positif des sites, soit un inventaire important, la proximité du site porcin immédiat, l’absence de douche ainsi que le libre accès au site par l’équarrisseur. Une action préventive intégrant des mesures de biosécurité spécifiques peut donc être entreprise directement à la ferme au regard des deux derniers facteurs. Le fait d’utiliser un index de biosécurité plutôt que des mesures de biosécurité spécifiques a également été évalué. Les résultats ne supportent pas l’index global dans l’évaluation de l’association entre la biosécurité et le statut SRRP des sites de production. Finalement, la corrélation entre les distances génétique, euclidienne et temporelle des souches de SRRP, considérant également l’appartenance au même ou à des propriétaires différents, a été évaluée au sein de la région de haute densité. Une corrélation positive entre la distance génétique et euclidienne observée jusqu’à 5 km a souligné l’importance de la propagation régionale impliquant les aérosols, les insectes, d’autres espèces animales ou les objets inanimés. De plus, les souches génétiquement similaires appartenaient davantage à des sites ayant le même propriétaire, ce qui sous-tend des mécanismes de transmission impliquant une source commune d’animaux, d’employés, d’équipement, voire de véhicules. / The economic impact of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) on swine industry compelled us to improve our knowledge on the epidemiology of the disease in a perspective of prevention. On-farm and regional management of the disease is complex due to the numerous pathways of transmission of the virus. The main objective of this project was to determine factors associated with PRRS status of production sites in two areas of different swine density in Quebec to improve our knowledge on the epidemiology of PRRS. Gilt replacement strategies were first investigated and practices potentially at risk for PRRSV introduction or recirculation into the sow herd were identified. Acclimatization, which is reported to be an effective strategy to control PRRSV within a herd, was the most common but was the worst applied strategy in the participating herds. Basic principles were not respected which could enhance PRRSV circulation into the sow herd and potentially in the neighbourhood. The frequency of different biosecurity practices was also examined and led to the identification of some shortcomings, mainly related to the entrance protocol for people; these should be addressed at the farm level before implementing any PRRS regional control. Differences of frequency were observed between regions and production types, thus using this information could help targeting future intervention of biosecurity enhancement. A biosecurity index was developed by grouping sites in different biosecurity patterns using a multivariable technique of classification. This allowed the identification of associations between biosecurity index and characteristic of sites. The geographical distribution of biosecurity patterns among each region combined with the detection of cluster of sites having similar pattern would help to target intervention based on site location. PRRS status of sites was determined and a high apparent prevalences of infected sites were obtained in both regions which will complicate PRRS management. In the moderate density area, four variables were associated with PRRS positive status: high inventory, proximity to the closest pig site, absence of shower and free access to the site by rendering trucks. Whereas the first two factors are non modifiable characteristics of site, the other ones can be directly managed on the site by biosecurity. The impact of using a biosecurity index instead of specific biosecurity variables was also evaluated. Results do not support the use of a global index to assess association between biosecurity and PRRS status. Finally, the correlation among genetic, Euclidean and temporal distances and ownership of PRRSV strains was assessed in the high density area. Positive correlation between genetic distance and ownership suggests either common sources of animals or semen, employees, technical services or vehicles. A positive correlation was also obtained between genetic and Euclidean distances up to 5 km, suggesting the importance of mechanisms involved in area spread such as aerosols, insects, others animal species or fomites.

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