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Étude expérimentale de la stabilité, sélectivité d'appariement et dynamique d'oligonucléotides DNA-DNA et LNA-DNA

Boccongelli, Marina 20 March 2008 (has links)
Le traitement et le diagnostic de maladies d'origine génétique suscite un grand intérêt à l'heure actuelle. De par leur spécificité d'appariement avec les acides nucléiques, les oligonucléotides possèdent un grand potentiel dans ce domaine. Ils se heurtent toutefois à des limitations majeures, dont leur faible stabilité en milieu physiologique et la difficulté qu'ils ont à franchir les membranes biologiques. De nombreuses équipes de recherche s'intéressent, afin de pallier ces limitations, à la conception et à la synthèse d'oligonucléotides chimiquement modifiés. Parmi ceux-ci, les Locked Nucleic Acids (LNA), présentant une modification qui consiste en l'insertion d'un pont −O−CH2− entre l'atome C2' et l'atome C4' du sucre, constituent une famille qui semble posséder les propriétés requises. Ils sont considérés comme des candidats très prometteurs en tant qu’agents thérapeutiques et qu’outils de diagnostic du génome. La caractérisation de la stabilité et de la sélectivité d'appariement entre les LNA et les acides nucléiques naturels est, dans ce contexte, important. Dans ce travail, nous avons étudié la stabilité, la sélectivité d'appariement ainsi que la dynamique de la structure double brin d'un oligonucléotide hybride LNA-DNA, et nous avons comparé ces propriétés à celles d'un oligonucléotide DNA-DNA de même séquence. Ce dernier est constitué de 11 paires de bases formées par l'appariement du brin 5'-GCGTGTGTGCG-3' avec le brin 3'-CGCACACACGC-5'. Dans le cas de l'hybride, les nucléotides du second brin sont tous remplacés par des LNA. La stabilité a été étudiée expérimentalement par différentes techniques : spectroscopie d'absorption UV, calorimétrie différentielle à balayage, résonance magnétique nucléaire et calorimétrie à titrage isotherme. Ces études montrent que la stabilité du duplexe hybride est plus importante que celle du naturel, et que ce phénomène s'explique par un terme entropique plus favorable pour la formation du duplexe LNA-DNA que pour la formation du duplexe DNA-DNA. La sélectivité d'appariement a été étudiée en comparant la stabilité des deux oligonucléotides étudiés avec celle d'oligonucléotides présentant un mésappariement dans la séquence. Nos résultats montrent que la sélectivité d'appariement du brin LNA n'est pas significativement différente de celle du brin DNA. Ce résultat ne doit cependant pas être généralisé car nous n'avons testé qu'une position centrale pour le mésappariement. L'étude de la dynamique de la structure des oligonucléotides a été effectuée par RMN et porte sur la caractérisation de la cinétique de l'ouverture individuelle des paires de bases. Nous observons que la durée de vie de l'état fermé des paires de bases G-C est supérieure dans l'oligonucléotide LNA-DNA, tandis que l'état fermé des paires A-T semble posséder une durée de vie supérieure dans l'oligonucléotide DNA-DNA. Au cours de ce travail de thèse nous avons pu caractériser les facteurs énergétiques à la base de la stabilité accrue des oligonucléotides chimiquement modifiés de type LNA. Nous avons montré que leur sélectivité d’appariement n’est pas toujours supérieure à celle des oligonucléotides naturels et dépend des séquences impliquées. Enfin, nous avons mis en évidence les différences entre la dynamique de la structure d’un oligonucléotide possédant des LNA et celle d’un duplexe DNA.
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Stabilité et qualité du réglage de vitesses des turbines hydrauliques fonctionnant en parallèle

Soucy, Alain 01 January 1963 (has links) (PDF)
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Synthèse et relations structure-fonction de nouveaux analogues de l'apéline-13

Murza, Alexandre January 2015 (has links)
L'apéline est le ligand endogène du récepteur APJ, un membre de la superfamille des récepteurs couplés aux protéines G. Le système apélinergique est apparu comme une cible prometteuse associée à plusieurs processus physiologiques. Notre intérêt s'est porté particulièrement sur les rôles liés au système cardiovasculaire et à la modulation de la douleur. Nous posons l'hypothèse que la synthèse d'analogues de l'apéline-13 nous permettrait d'identifier d'une part des composés plus stables et d'autre part les voies de signalisation impliquées dans la modulation de la douleur, les effets hypotenseurs et cardioprotecteurs de notre cible. Ces outils pharmacologiques contribueront ultimement à concevoir un agent thérapeutique pour le traitement de la douleur chronique et des maladies cardiovasculaires. Les données de relations structure-fonction de l'apéline-13 révèlent la présence de deux pharmacophores distants importants. Le fragment N-terminal Arg[indice supérieur 2]-Pro[indice supérieur 3]-Arg[indice supérieur 4]-Leu[indice supérieur 5] semble primordial pour l'affinité, alors que la Phe[indice supérieur 13] C-terminale serait cruciale pour l'internalisation du récepteur et les effets hypotenseurs. Afin de mieux comprendre les relations structure-fonction de l'apéline-13, nous avons synthétisé près d'une centaine d'analogues linéaires et macrocycliques. Les composés ont été évalués pour leurs capacités à lier APJ, à inhiber la formation d'AMPc, à recruter les β-arrestines et à activer les protéines Gα[indice inférieur i/o]. Une variété de modifications chimiques a été introduite en C-terminal, nous conduisant à la découverte de composés de haute affinité et puissance. Deux analogues, 1Nal[indice supérieur 13] et 2Nal[indice supérieur 13], se sont distingués pour leurs différences d'effets analgésiques dans un modèle in vivo de douleur tonique. Ces derniers présentent une intéressante divergence de sélectivité fonctionnelle suggérant que l'effet analgésique serait associé à un biais favorisant le recrutement des β-arrestines par rapport à l'inhibition de l'accumulation d'AMPc. Un autre volet du projet dédié à l'investigation de la stabilité plasmatique de l'apéline-13 nous a permis d'identifier son profil de dégradation protéolytique in vitro et in vivo. L'évaluation des demi-vies plasmatiques des analogues de l'apéline-13, modifiés à des positions clés, a révélé l'importance de l'acide aminé C-terminal dans la stabilité plasmatique. Enfin, une étude préliminaire de SAR par une approche macrocyclique novatrice du ligand endogène nous a conduit à un composé induisant un effet hypotenseur deux fois supérieur à celui de l'apéline-13. Un autre macrocycle a, quant à lui, démontré une sélectivité fonctionnelle inédite, n'activant pas la voie AMPc mais provoquant le recrutement de la β-arrestine2. Cette classe de molécules, potentiellement plus stables, a un grand potentiel pour nous aider à identifier les voies de signalisation liées aux effets physiologiques d'intérêts, et représente surtout un premier pas vers un futur agent thérapeutique.
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Reliable computation for geometric models

Jiang, Di January 2008 (has links)
Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.
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Étude de l’encapsulation de Cydia Pomonella Granulovirus (CpGV) dans des émulsions doubles / Study of encapsulation of Cydia pomonella Granulovirus ( CpGV ) in double emulsions

Nollet, Maxime 17 December 2012 (has links)
Le Cydia pommonella granulovirus (CPGV) est un insecticide naturel des ravageurs des pommes sensible à l’environnement extérieur (UV et dioxygène). Pour le protéger, nous avons encapsulé le CpGV dans des émulsions doubles de type eau dans huile dans eau (E/H/E). Cependant, l’utilisation des émulsions doubles requiert la maitrise de leur stabilité thermodynamique et la compréhension des mécanismes mis en jeu au cours de leur déstabilisation. C’est dans ce contexte que différents paramètres de formulation : procédé d’émulsification, type de stabilisant hydrophile, concentration en stabilisant lipophyle et en gouttelette d’eau, utilisation d’un agent anti-UV ont été testés pour étudier leur influence sur la libération du virus. Chaque formulation a fait l’objet de test d’efficacité sur les vergers et detransposition à l’échelle pilote afin de déterminer la formulation la plus efficace et pouvant être produit industriellement. / Cydia pommonella granulovirus (CpGV) is a natural insecticide pest of apples wich is sensitive to the external environment (UV and oxygen). To protect it, we have encapsulatedthe CpGV in double emulsions of water-in-oil-in-water (W / O / W). However, it’s necessary to understand the mechanisms involved in their destabilizationin order to master their thermodynamic stability. In that context, several various formulation parameters: emulsification processes, hydrophilic stabilizer type, lipophilic stabilizer concentration and water droplet, using a UV stabilizer were tested to study their influence on virus release. Each stable formulation undergoes efficiency tests in fields and pilot scale to determine the most effective formulation which could be industrially produced.
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La stabilité de la relation entre le commissaire aux comptes et les PME / Stability of the relationship between the auditor and SMEs

Bessour, Mustapha 24 January 2013 (has links)
La relation entre l'entreprise auditée et l'auditeur est un sujet qui suscitait l'intérêt des chercheurs en audit ces dernières années, la relation a une influence sur la qualité, le résultat et le processus de l'audit. Cette thèse ne prétend pas créer une théorie expliquant la relation auditeur audité, mais elle se limite à comprendre les déterminants de cette relation ainsi que les conditions de sa stabilité. / The relationship between the auditee and the auditor is a topic that aroused the interest of researchers in auditing in recent years, the relationship has an influence on the quality of the result and the audit process. This thesis does not purport to create a theory explaining the relationship auditor audited, but it is limited to understanding the determinants of this relationship and the conditions of its stability.
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Contribution des tensioactifs fluorés à la synthèse de matériaux mésoporeux : Application à la conception d'un bioréacteur / Contribution of fluorinated surfactants to the synthesis of mesoporous materials : Application to the conception of a bioreactor

Michaux, Florentin 24 September 2009 (has links)
Ce travail concerne l'étude approfondie des propriétés physicochimiques de plusieurs systèmes à base de tensioactifs non ioniques fluorés et hydrogénés en relation avec la synthèse de matériaux mésoporeux silicatés. L'un des buts recherché est de prévoir les caractéristiques structurales et texturales du matériau en fonction de l'application visée. Nous avons ainsi démontré que la courbe de point de trouble, qui caractérise les systèmes à base de tensioactifs non ioniques, doit être localisée à haute température pour obtenir un matériau structuré. Toutefois, cette condition n'est pas suffisante et le rapport des volumes molaires des parties hydrophiles (VA) et hydrophobes (VB) du tensioactif doit être prise en compte. Ainsi, l'étude de nombreux systèmes mixtes a permis de préciser la gamme des rapports VA/VB compatible avec l’obtention de matériaux organisés. A la suite de ce travail, une étude structurale des micelles a été engagée par des méthodes de diffusion de rayonnements (neutrons, RX). A partir des systèmes fluorés étudiés, nous avons montré que la présence de micelles sphériques favorise la formation de matériaux structurés selon une symétrie hexagonale. De façon complémentaire, le suivi in-situ de la formation de la mésophase hybride a apporté des informations intéressantes sur le mécanisme d'auto-assemblage qui gouverne la génération des silices mésoporeuses structurées. L'effet de l'ensemble des paramètres de synthèse sur les propriétés des matériaux mésoporeux a également été étudié, notamment en faisant appel à la méthode des plans d'expériences. La stabilité hydrothermale marquée des silices mésoporeuses préparées à partir de composés fluorés a été démontrée. Finalement, les propriétés spécifiques des silices mésoporeuses, préparées à partir de micelles fluorées, ont été mises à profit pour la conception de bio-réacteurs. Nous avons ainsi montré qu'une lipase physisorbée à la surface de tels matériaux pouvait catalyser une réaction d'estérification. Ce résultat très prometteur offre des ouvertures pour des applications dans le cadre par exemple du développement d'agro-diesel. / This work deals with the study of the properties of several non-ionic fluorinated and hydrogenated surfactant based systems which are related to the synthesis of mesoporous silicate materials. One of the aims is to predict the structural and textural properties of the final material for a given application. Thus, we have proved that the cloud point curve, which is characteristic of non-ionic surfactant based systems, must be present at high temperature to obtain well-ordered materials. However, this condition is not the only one but also the ratio between the molar volumes of the hydrophilic part (VA) and the hydrophobic part (VB) of the surfactant should be taken into account. Thus, the study of several mixed systems has allowed to precise the values of VA/VB which correspond to hexagonal materials. A structural study of the fluorinated micelles have been also performed by scattering methods (neutrons and X-ray). We have shown that the presence of spherical micelles promotes the formation of ordered hexagonal materials. Moreover, the in situ observation of the hybrid mesophase formation has shed light on the cooperative templating mechanism which leads to mesostructured silica materials. The effect of the synthesis parameters onto the properties of the materials has also been studied, particularly using the factorial design method. The high hydrothermal stability of the materials prepared from fluorinated surfactant based systems has been demonstrated. Finally, the mesoporous materials prepared from fluorinated micelles have been used as a support for the immobilization of an enzyme. Furthermore, we have shown that a lipase, physically adsorbed onto these materials, can be used to catalyse an esterification reaction. This result offers an outlook for applying these mesoporous materials to bio-diesel synthesis.
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Ordre et stabilité dans les théories NIP / Order and stability in NIP theories

Simon, Pierre 21 October 2011 (has links)
Le domaine de cette thèse est la théorie des modèles, une branche de la logique mathématique.Ce travail porte sur l'étude d'une classe de théories, appelés théories NIP, qui inclut en particulier des corps ordonnés et corps valués. On y étudie plusieurs aspects. Tout d'abord, on définit une classe particulière de mesures sur ces structures, appelées "mesures génériquement stables". On montre qu'elles ont des propriétés analogues aux types dans une théorie stable, puis on donne des constructions pour en produire. On étudie aussi une forme faible de définissabilité des types. Enfin, on définit une notion de théories NIP "purement instable" et on montre comment on peut, dans le cas général, détecter des parties stables de types. / This thesis deals with model theory, a branch of mathematical logic.We study a particular class of theories called "NIP theories", which includes in particular some ordered fields and valued fields. We are interested in various aspects of those structures. First, we study a specific class of measures, which we call "generically stable measures". We show that they have properties analogous to those of types in a stable theory and we give some constructions to produce them. We also study a weak form of definability of types. Finally, we define a notion of a "purely unstable" NIP theory and show how, in general, we can detect the stable parts of types.
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Etude des effets sismo-induits et stabilité des pentes en zone urbanisée via modélisation numérique / Seismically induced effects and slope stability in urbanized zones by numerical modeling

Domej, Gisela 29 October 2018 (has links)
Les phénomènes d’instabilité générés par les séismes dans les pentes représentent un risque naturel majeur à l’échelle mondiale. Ce risque a, de plus, tendance à croître du fait d’une urbanisation croissante dans des zones à fort aléa, comme en témoignent de nombreux évènements catastrophique à travers le passé. Pour garantir la sécurité des personnes et des biens face à ce type d’aléa, il faut améliorer les prédictions des déplacements générés par les séismes dans les pentes.Les premiers travaux scientifiques visant à corréler les caractéristiques des instabilités dans les pentes aux paramètres sismiques sont de nature empirique et remontent aux années 1980. Ces méthodes ne permettent pas d’expliquer tous les mouvements de terrain observés à travers le monde, notamment lorsque les effets de site modifient sensiblement la distribution des mouvements dans les pentes et génèrent des déplacements plus grands ou plus petits que ceux prédits par les lois empiriques qui négligent les effets de site.La première partie de cette thèse présente une nouvelle base de données mondiale de 277 glissements de terrain d’origine sismique ou non. L’analyse statistique conduite sur les données de cette base a montré que la forme géométrique moyenne des glissements de terrain reste stable lorsque le volume des instabilités augmente.La deuxième partie de la thèse est dédiée à l’analyse de la stabilité du glissement de terrain de Diezma (Espagne) au moyen de trois méthodes : la Méthode de NEWMARK (1965) basée sur le principe de l’équilibre limite en 2D qui suppose des conditions elasto-parfaitement-plastiques ; l’analyse par différences finies dans le domaine temporel avec le code FLAC en 2D et en 3D qui suppose des conditions visco-elasto-parfaitement-plastiques ; et l’analyse par recombinaison modale dans le domaine fréquentiel avec le code CESAR-LCPC en 2D et en 3D qui suppose des conditions visco-élastiques.Situé dans une région sismiquement active, le glissement de terrain de Diezma est susceptible d’être affecté par des séismes. Une analyse des déplacements induits dans ce versant par onze signaux sismiques différents a été menée dans l’objectif d’établir des corrélations entre les paramètres macro-sismiques des scenarios sismiques appliqués et les déformations calculées par les trois méthodes.Les résultats montrent des différences marquées à la fois qualitatives et quantitatives. Les conclusions principales sont : (a) Les déplacements obtenus par les trois méthodes ont des ordres de grandeur différents et peuvent donc conduire à une surestimation ou à une sous-estimation des déplacements ; (b) Les deux méthodes numériques montrent que les déplacements sont fortement conditionnés par la géométrie des modèles ; seule la méthode par différences finies fait apparaître une réponse en termes de déplacements qui dépend du scénario sismique considéré; (c) Les résultats des simulations2D et 3D ne sont pas comparables ; des analyses complémentaires doivent encore être menées pour guider l’utilisateur dans le choix de la méthode la plus appropriée; (d) La Méthode de NEWMARK (1965), dont l’utilisation reste très répandue de nos jours, est tout à fait appropriée à l’étude de cas simples mais elle peut se révéler inexacte lorsque la structure géologique / topographique du versant conduit à un fort effet de site car ce dernier n’est pas pris en compte par cette méthode / Seismically induced slope deformation is a worldwide common phenomenon that poses an increasing and considerable threat to fast expanding urbanization, and a great number of catastrophic events throughout the past attest thereof. For this reason, displacement predictions allowing for proper slope surveillance became a major concern.Early attempts to relate slope failures to seismic parameters are of empirical nature and date back to the 1980s. Although having proven stable, these relations are frequently disturbed by site effects causing outliers in terms of smaller or greater displacements than expected.The first part of this thesis presents a newly build chronological database of 277 globally distributed seismically and non-seismically induced landslides. A comprehensive statistical analysis was conducted on the data of this database with the main result that – statistically seen – the average geometrical shapes of landslides differ only proportionally.The second part of the thesis is dedicated to a comparative slope stability analysis of the Diezma Landslide (Spain) by means of three methods: the limit-equilibrium based NEWMARK-Method (1965) in 2D under elasto-perfectly-plastic conditions; finite-difference analysis in the time domain with the code FLAC in 2D and 3D under visco-elasto-perfectly-plastic conditions; and modal recombination analysis in the frequency domain with the finite-element code CESAR-LCPC in 2D and 3D under visco-elastic conditions.Located in a seismically active region, the Diezma Landslide is likely to be affected by earthquakes and was therefore considered as a suitable model case. A broad analysis of expected displacements was conducted using eleven strong-motion seismic scenarios. Moreover, the thesis searches for potential relations between macro-seismic parameters of the applied earthquake scenarios and the predicted deformations obtained from the three methods.It appeared that – due to the functionality of the methods – results differ quantitatively as well as qualitatively, and so does their suitability. Major findings are: (a) Results from the three methods are of different orders of magnitude and, thus, can easily lead to over- or under-estimations of displacements; (b) Both numerical methods reveal a strong influence of the model-geometry on the predicted displacements, whereas a scenario-dependent slope behavior manifested itself only within the finite difference analysis; (c) The switch from 2D to 3D does not necessarily result in a similar performance in each dimension and results must be critically judged before further use; (d) The NEWMARK-Method (1965) has proven itself once more to be appropriate for first slope assessments but not for sophisticated evaluations of ground response to seismic shaking
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L’impact de la spécialisation sur la stabilité économique : le cas des pays émergents. / The impact of the specialization on the economic stability : the case of emerging countries

Abbes, Ons 12 April 2017 (has links)
La croissance rapide du commerce mondial au cours des deux dernières décennies a été caractérisée par une évolution économique accrue couplée à de l’instabilité économique des pays émergents. D’après la littérature, la spécialisation technologique est souvent associée à la croissance, la compétitivité et la stabilité économique. Partant de ce double constat, nous analysons dans cette thèse l’impact de la spécialisation des pays émergents sur leur croissance et leur stabilité économique et nous évaluons l’impact de la compétitivité (elle-même liée à la spécialisation) de ces pays sur leurs performances à l’exportation.Dans un premier chapitre, nous délimitons le contour définitionnel des notions de spécialisation selon les différentes théories.Après avoir déterminé le plus objectivement possible une liste de pays émergents en se référant aux critères les plus utilisés dans la littérature et après avoir mesuré le degré de spécialisation de ces pays, nous étudions la carte de leur spécialisation technologique sur la période 1995-2014. D’après cette cartographie, nous remarquons une mauvaise orientation de la spécialisation dans ces pays. Ces derniers se caractérisent essentiellement par une forte spécialisation dans les articles manufacturés à forte intensité de main-d’œuvre et provenant de ressources naturelles et dans les articles à faible technologie qui sont des spécialisations à faible valeur ajoutée. La spécialisation dans la haute technologie est en grande partie tirée par les importations, les produits exportés étant principalement issus d’activités de montage.Dans le duexième chapitre, nous évaluons dans un premier temps l’impact des spécialisations technologiques des pays émergents sur la croissance économique et nous comparons les résultats trouvés à ceux des pays développés et en développement. Nous constatons que les différents types de spécialisation ont un impact positif sur la croissance des pays émergents. Mais cet impact positif, ne peut pas occulter la mauvaise orientation de cette spécialisation (résultat du chapitre 1).Dans un deuxième temps, nous étudions l’impact de la compétitivité (prix et hors-prix) des pays émergents sur l’évolution de leurs exportations. Nous remarquons que l’impact de la compétitivité-prix sur l’évolution des exportations des pays de notre échantillon varie selon l’indicateur utilisé. Il est négatif quand nous utilisons le taux de change et positif quand nous utilisons la productivité.Nous trouvons aussi que l’impact de la compétitivité structurelle, expliquée par les dépenses dans la haute technologie et par la spécialisation dans la haute technologie, est positif. Cela peut être expliqué par la demande mondiale croissante dans les produits de haute technologie.Dans le troisième et dernier chapitre, nous nous intéressons à la relation entre spécialisation et stabilité économique et nous comparerons cette relation avec celle observée dans les pays développés. Nous constatons que les pays dont la spécialisation est basée sur les ressources naturelles sont plus instables et que l’impact de la spécialisation dans la haute technologie dépend du niveau de développement du pays. L’impact est négatif pour les pays développés et positif pour les pays émergents. Cette différence dans l’impact peut être due à la politique d’assemblage utilisée par la plupart des pays émergents, politique qui consiste à importer la majeure partie des produits de haute technologie (HT) sous forme de pièces et composants. / The fast growth of the world trade during the last two decades was characterized by an improved performance as well as an economic instability of emerging countries. According to the literature, the technological specialization is often associated with growth, competitiveness and economic stability. Recognizing this, we analyze the impact of the specialization of emerging countries on their growth and on their economic stability and we estimate the impact of the competitiveness (itself related to specialization) of these countries on their export performance.In a first chapter, we outline the contours of the notion of specialization according to the various theories.Having determined as objectively as possible a list of emerging countries referring to the most criteria used in the literature and having measured the degree of specialization of these countries, we study the map of the technological specialization in emerging countries over the 1995-2014 period. According to this cartography, we notice a bad orientation of their specialization. These countries are essentially characterized by a strong specialization in Labour-intensive and resource-intensive manufactures and low-tech items that are low value-added specialization. The specializing in high technology is largely driven by imports. Exports are mainly drawn by assembly activities.In the second chapter, we first assess the impact of technological specializations of emerging countries on their economic growth and we compare the results with those found in the developed and developing countries. We find that different types of specialization have a positive impact on the growth of emerging countries. But this positive impact cannot hide the misdirection of this specialization (result of Chapter 1).Second, we study the impact of competitiveness (price- and non-price competitiveness) of emerging countries on the development of their exports. We note that the impact of price-competitiveness on the evolution of the exports of the countries in our sample depends on the indicator used. It is negative when we use the exchange rate and positive when we use productivity.We also find that the impact of the structural competitiveness, measured by the expenses in the high technology and by the specialization in the high technology, is positive. It can be explained by the more and more increasing world demand in the high-technology products.In the last chapter, we focus on the relationship between specialization and economic stability and we compare this relationship with that observed in developed countries. We find that countries whose specialization is based on natural resources are more unstable and that the impact of specialization in high technology depends on the country's level of development. The impact is negative for developed countries and positive for emerging countries. This difference in the impact may be due to the assembling policy used by most emerging countries and which leads to import of high-tech products (HT) as parts and components.

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