Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-12-03T16:52:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Carlos Alberto da Silva Ferreira - 2013.pdf: 3762874 bytes, checksum: 06ca5b93d3764e7a71a4973b9944d204 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-12-03T16:54:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Carlos Alberto da Silva Ferreira - 2013.pdf: 3762874 bytes, checksum: 06ca5b93d3764e7a71a4973b9944d204 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-03T16:54:54Z (GMT). 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The borer’s association with microorganisms in the field results in the borer rot complex, a disease, responsible for significant agro industrial losses. So, the goal of this thesis was to evaluate the effects of the intensity of infestation of Diatraea saccharalis in the technological quality of varieties of sugarcane in the State of Goias. The experiment was conducted in the town of Goianesia, GO at the plantation field of Jalles Machado Plant during the period of April 2011 to May 2012, where was applied irrigation system with 50% of hydric necessity of culture. The experimental delimitation used was randomized blocks with the treatment being formed by sixteen variety: CTC2, CTC4, CTC9, CTC11, CTC15, CTC18, IAC87-3396, IAC91 -1099, IACSP94-3046, IACSP94- 2094, IACSP94-2101, IACSP95-5000, RB857515, RB92579, RB966928 e SP86-0042. There were two experiments conducted to measure the intensity of infestation of Diatraea saccharalis. The experiment one was randomly conducted in each portion, while the experiment two consisted of sugarcane grouped as plants with borer attacks, and those without signs of borer attacks. Thereafter, there were separatly technological analyses for both kinds of experiments. According to the results, the types highlighted the most were CTC9, CTC15, CTC11 e IAC91 -1099, showing high levels of technological quality and productivity. For interaction type versus borer there was not significant difference through the test F, which means the borer effects is independent of the type analysed. For the types studied 10,7% of samples with borer internodes resulted in the lowering of technological quality of sugarcane, due to reduction of brix broth, brix sugarcane, pol broth, pol sugarcane and recoverable total sugar. For every 1% of borer internodes, a loss of 0,26% of sugars and 0,25% in ATR occurs. For the chemical control using the product ALTACOR® (Chlorantraniliprole 35%), the control level of sugar cane borer is 3,29% of intensity of infestation, against 1% if using the Cotesia flavipes. / A broca da cana Diatraea saccharalis Fabr. (Lepidoptera: Crambidae) é uma das mais importantes pragas da cana-de-açúcar no Brasil. Os danos são ocasionados pelas lagartas que abrem galerias no interior dos colmos, provocando morte de grande número de perfilhos em canaviais jovens, e acentuada redução de produtividade em canaviais mais desenvolvidos, também é comum a entrada de fungos, que causam a “podridão vermelha”, com redução do teor de açúcar nos colmos devido à inversão da sacarose armazenada na planta. A associação da broca com micro-organismos presentes no campo resulta no complexo broca-podridão, responsável por significativas perdas agroindustriais. Assim, objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da intensidade de infestação de Diatraea saccharalis sobre a qualidade tecnológica de variedades de cana-de-açúcar em Goiás. O experimento foi conduzido no município de Goianésia, GO em área de plantio da Usina Jalles Machado, no período de abril de 2011 a maio de 2012, onde foram aplicadas lâminas de irrigação correspondente à 50% da necessidade hídrica da cultura. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, sendo os tratamentos constituídos por 16 variedades: CTC2, CTC4, CTC9, CTC11, CTC15, CTC18, IAC87-3396, IAC91 -1099, IACSP94-3046, IACSP94-2094, IACSP94-2101, IACSP95-5000, RB857515, RB92579, RB966928 e SP86-0042. Foram realizadas dois tipos de amostragens para se medir a intensidade de infestação por Diatraea saccharalis. A amostragem 1 foi realizada aleatoriamente em cada parcela e, já amostragem 2, foram escolhidas canas com ataque por broca e canas sem sinais de ataques por broca. Consequentemente, foram realizadas análises tecnológicas separadamente para ambos os tipos de amostragens. De acordo com os resultados, as variedades que mais se destacaram foram CTC9, CTC15, CTC11 e IAC91 -1099, apresentando altos índices de qualidade tecnológica e de produtividade. Para interação variedade x broca, não houve diferença significativa pelo teste F, ou seja, o efeito da broca independe da variedade avaliada. Para as variedades estudadas, o índice de 10,7% de entrenós brocados resulta em diminuição na qualidade tecnológica da cana, devido à redução nos teores de brix caldo, brix cana, pol caldo, pol cana e açúcares totais recuperáveis. Para cada 1% de entrenós brocados, ocorrem perdas de 0,26% de açúcares e 0,25% em ATR. Para o controle químico utilizando o produto Altacor (Clorantraniliprole 35%), o nível de controle da broca-da-cana é de 3,29% de intensidade de infestação e de 1% quando se faz o uso de Cotesia flavipes.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-01-21T10:32:18Z No. of bitstreams: 2 Tese - Oscar Lopes de Faria Junior - 2015.pdf: 951960 bytes, checksum: 0062348e43e2d2b586f641b9e70d3c69 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-21T10:44:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Oscar Lopes de Faria Junior - 2015.pdf: 951960 bytes, checksum: 0062348e43e2d2b586f641b9e70d3c69 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T10:44:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Oscar Lopes de Faria Junior - 2015.pdf: 951960 bytes, checksum: 0062348e43e2d2b586f641b9e70d3c69 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-07-02 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / In the period between harverts in the cerrado region, the production of great volumes of feed, is important for animal productivity, and being that sugar cane is a viable alternative, from there arises the necessity of avaluating the available cultivating for animal supplements. The objective of this study was to evaluate the productions, bromatologic composition and animal results of two cultivars (cv) of sugar cane (IAC 86-2480 and SP 80-0155) with increasing doses of phosghorous (0, 60, 120 and 180 kg P2O5 ha-1) in differing water systems (dry and irrigated). To evaluat these treatments the statiscal delineation of completely blocks was used, with three repetitions. The data were submitted to an alalysis of variance and the averages were compared to a 5% of probability (Tukey). The stalls collected were delimited thus: production green mass (PGM), concetrations of saccharose (%pol), production of dry mass (PDM), fiber in acid detergent (FAD), fiber in neutral detergent (FND, the relationship FND/%pol, and tillering. The tillering differed from the dry to the irrigated from 5.45 to 14.54 and from 6.75 to 13.68 units m-1 in the cultivars IAC and SP, respectively. In the avaliation PGM the cv SP was that which presented a better response with application of increasing doses of phosphorus (in dose 180 kg P2O5 ha-1), reaching greatest productivity with 122.25 and 173.97 t ha-1, for dry and irrigated, respectively. As such, the cv IAC presented in dryness a better PGM (91.88 t ha-1) in the dose of 120 kg P2O5 ha-1and under irrigation (168 t ha-1) in the dose 180 kg P2O5 ha-1. The PDM differed in function of the doses of phosphorus and presented the greatest PDM (39.16 and 43.21 t ha-1) in the doses of 120 e 180 kg P2O5 ha-1 for the cv IAC and SP, respectively. The %pol difered between cultivars, doses and water sistems. Under dryness the greatest concentração %pol (22.43 and 22.42) occurred in the doses 60 e 120 kg P2O5 ha-1 for the cultivars IAC e SP, respectively. Under irrigation the greatest concentration %pol (22.49 and 22.74) occurred in the dose of 120 P2O5 ha-1 for the cultivars IAC and SP. The quantities of FAD differed with the water treatment; the cv IAC presented the lowest values with irrigations (50.13%) and the cv SP with dryness (51.38). The smallest quantities of FAD were in the doses of 120 kg P2O5 ha-1 (34.88%) and 60 kg P2O5 ha-1 (33.35%). The lowest relationship FAD/%pol (2.3) was obtained from the doses 180 and 60 kg P2O5 ha-1 for the cv IAC and SP respectively. With the objective of avaluating the performance and the characteristics of the carcasses of ovines, the cv IAC and SP were utilized with two levels of concentrates, 50 and 70% DM (SP50, IAC50, SP70 and IAC70). The experimental design was a complet block design and factorial arrangeament with six repetitions. The data were submitted to analysis of variance and the averages compared ar 5% (Tukey). The cv SP showed great carcass yield and average daily weigth gain than cultivars IAC. The level of concentrate of 70% showed the greater average daily weigth gain. / No período de entressafra na região do cerrado, a produção de volumosos é importante para a produtividade pecuária, sendo que a cana-de-açúcar é uma alternativa viável, daí a necessidade de se avaliar os cultivares disponíveis para suplementação animal. Objetivou-se com esse trabalho avaliar a produção, composição bromatológica e desempenho animal de duas cultivares de cana-de-açúcar (IAC 86-2480 e SP 80-0155) sob doses crescentes de fósforo (0, 60, 120 e 180 kg P2O5 ha-1) em diferentes regimes hídricos (sequeiro e irrigado). Para avaliar estes tratamentos foi utilizado o delineamento estatístico de blocos inteiramente casualizados, com três repetições. Os dados foram submetidos a análise de variância e as médias foram comparadas a 5% de probabilidade (Tukey). Coletados os colmos determinou-se: produção de massa verde (PMV), concentração de sacarose (%pol), produção de massa seca (PMS), fibra em detergente ácido (FDA), a relação FDN/%pol, fibra em detergente neutro (FDN) e perfilhamento. O perfilhamento diferiu do sequeiro para o irrigado de 5,45 para 14,54 e de 6,75 para 13,68 unidades m-1, os cv IAC e SP, respectivamente. Na avaliação da PMV o cv SP foi o que apresentou melhor resposta com a aplicação das doses crescentes de fósforo (180 P2O5 ha-1), atingindo a maior produtividade com 122,25 t ha-1 e 173,97 t ha-1 para sequeiro e irrigado, respectivamente. Já a cv. IAC apresentou em sequeiro a melhor PMV (91,88 t ha-1) na dose 120 P2O5 ha-1 e sob irrigação (168,21 t ha-1) na dose 180 P2O5 ha-1. A PMS diferiu em função das doses de fósforo e apresentaram a maior PMS (39,16 e 43,31 t ha-1) na dose 120 e 180 P2O5 ha-1 para os cv. IAC e SP, respectivamente. A %pol diferiu entre cultivares, doses e regime hídricos. Em sequeiro a maior concentração %pol (22,43 e 22,42) ocorreu na dose 60 e 120 kg P2O5 ha-1 para as cv. IAC e SP respectivamente. Sob irrigação a maior concentração %pol (22,49 e 22,74) ocorreu na dose 120 P2O5 ha-1 para as cv. IAC e SP. Os teores de FDN das cultivares diferiu com o tratamento hídrico, a cv. IAC apresentou os menores valores sob irrigação (50,13%) e o cv. SP sob sequeiro (51,38%). Os menores teores de FDA foram nas doses de 120 (34,88%) e 60 (33.35%) P2O5 ha-1 para os cv. IAC e SP, respectivamente. A menor relação FDN/%pol (2,3) foram obtidas nas doses 180 e 60 P2O5 ha-1 para os cv. IAC e SP, respectivamente. Com o objetivo de avaliar o desempenho e as características da carcaça de ovinos, utilizou-se os cv. IAC e SP e dois níveis de concentrados 50 e 70% (SP50; IAC50, SP70 e IAC70). O delineamento experimental foi em blocos completos com arranjo fatorial (2 x 2) com seis repetições. Os dados foram submetidos a análise de variância e as médias comparadas a 5% (Tukey). O cv. SP promoveu maior rendimento de carcaça e ganho médio de peso diário (GMPD) que a cv. IAC. O nível de concentrado de 70% foi o que apresentou maior GMPD.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-26T13:43:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ilítia Ganaê de Oliveira Costa - 2016.pdf: 5422422 bytes, checksum: da6f13721ce50902b9fe7d9ac3713ab5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-26T13:43:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ilítia Ganaê de Oliveira Costa - 2016.pdf: 5422422 bytes, checksum: da6f13721ce50902b9fe7d9ac3713ab5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T13:43:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ilítia Ganaê de Oliveira Costa - 2016.pdf: 5422422 bytes, checksum: da6f13721ce50902b9fe7d9ac3713ab5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In the last decades the search for new renewable energy sources have increased and one of the emerged technologies was the production of ethanol from lignocellulosic biomass (second generation ethanol). For obtaining fermentable sugars from biomass, a complex of enzymes and proteins that acts on polysaccharides of the plant cell wall is required. Expansins are proteins that can help enzymes in the degradation process, promoting the loosening of the cell wall of plants by breaking hydrogen bonds between cellulose fibers and hemicellulose. The superfamily of expansins has been described mainly in plants, although they are also found in fungi and bacteria. Four families are described to this superfamily: α-expansins, β-expansins, expansins-like A and expansins-like B. The α-expansins are present in most eudicots, whereas the β-expansins are involved in cellular expansion process of the monocots family Poaceae. To analyze the sequence and to verify the functional activity of a β-expansin on filter paper, in this work a gene of β-expansin (expb11) of sugarcane was isolated, cloned and expressed in the yeast Pichia pastoris. Nucleotide sequences of expansin genes from sugarcane were initially obtained from the public SUCEST database using reference sequences of expansins from sorghum, maize and rice as query. A total of 227 ESTs were identified. These ESTs were submitted to clustering and 30 contigs and 92 singletons were obtained. Specific oligos were designed and used to capture the genomic fragment corresponding to the expb11 gene by PCR. The coding DNA fragment of expb11 was obtained by RT-PCR from the total RNA extracted from stalks of the RB867515 sugarcane cultivar. This fragment was cloned into the pGEM-T Easy vector and subcloned into the pPIC9 vector. Genomic and cDNA fragments were sequenced. The expression cassette generated by subcloning into the pPIC9 expression vector was integrated into the P. pastoris strain GS115 genome, but it has not been possible to detect a functional activity of expansin. The expb11 gene comprises 1367 bp, containing 3 introns, and its cDNA is 801 bp long, with an ORF of 776 bp. The alignment of sugarcane and sorghum sequences of expb11 showed that the two species share a 95% sequence identity along these genes and that the gene structure is highly conserved in these species. The in silico analysis of the putative EXPB11 amino acid sequence allowed the detection of two conserved domains, one similar to the GH45 family, and the other to the carbohydrate binding module (CBM). The putative EXPB11 protein has a predicted molecular weight of approximately 26.4 kDa, an isoelectric point (pI) of 4.88, and contains two glycosylation sites. Our results confirmed that the isolated and cloned expb11 gene corresponds to a β-expansin gene from sugarcane, paving the way to the expression, isolation and use of recombinant EXPB11 in the mix of enzymes and proteins for lignocellulosic biomass degradation. / Nos últimos anos tem crescido a busca por novas fontes de energia renováveis, e uma das tecnologias utilizadas é a produção de etanol a partir da biomassa lignocelulósica (etanol de segunda geração). Para a obtenção de açúcares fermentáveis a partir dessa biomassa, é necessário um complexo de enzimas e proteínas que atuarão sobre os polissacarídeos da parede celular vegetal. As expansinas são proteínas que podem auxiliar as enzimas no processo de degradação, promovendo o afrouxamento da parede celular das plantas pelo rompimento de ligações de hidrogênio entre fibras de celulose e hemicelulose. A superfamília das expansinas foi descrita principalmente em plantas, entretanto, há relatos em fungos e bactérias. São descritas 4 famílias de expansinas: α-expansinas, β-expansinas, expansinas like-A e expansinas like-B. As α e β-expansinas já são caracterizadas, desempenhando importante função no crescimento vegetal. As α-expansinas são mais presentes em plantas dicotiledôneas, enquanto que as β-expansinas estão envolvidas no processo de expansão celular de monocotiledôneas da família Poaceae. Para analisar a sequência e verificar a atividade funcional de uma β-expansina sobre bagaço de cana-de-açúcar, neste trabalho foi isolado, clonado e expresso um gene de β-expansina (expb11) de cana-de-açúcar na levedura Pichia pastoris. A sequência de nucleotídeos do gene de β-expansina da cana-de-açúcar foi obtida a partir da biblioteca de cDNA de cana-de-açúcar do projeto SUCEST. Sequências de referências de expansinas de sorgo, milho e arroz foram utilizadas para identificar ESTs de expansinas no banco de dados SUCEST. Foram identificadas 227 ESTs. Essas ESTs foram submetidas à clusterização e foram obtidos 30 contigs e 92 singletons. Após o desenho de oligonucleotídeos, o fragmento genômico correspondente ao gene expb11 foi amplificado por PCR. A região codante do gene expb11 foi obtida por RT-PCR a partir de RNA total obtido de colmo da cultivar RB867515. Esse material foi clonado no vetor pGEM-T Easy e subclonado no vetor pPIC9. Os fragmentos genômico e cDNA obtidos foram analisados por sequenciamento. O cassete de expressão gerado pela subclonagem em vetor de expressão pPIC9 foi integrado no genoma de P. pastoris linhagem GS115, mas não foi possível detectar atividade funcional da expansina. O gene expb11 possui 1367 pb, contendo 3 íntrons, enquanto o cDNA 801 pb. Pelo alinhamento das sequências genômicas do gene expb11 obtidas de cana-de-açúcar e de sorgo, foi possível se observar que estes genes possuem 95 % de identidade, e estrutura de íntrons/éxons semelhantes. Pela análise in silico da sequência de aminoácidos da proteína EXPB11 foi possível verificar que ela possui dois domínios, um similar ao da família GH45, e outro similar ao módulo de ligação ao carboidrato (CBM). A proteína EXPB11 possui peso molecular de aproximadamente 26,4 kDa, pI 4,88, e contém dois sítios de glicosilação. Os resultados obtidos através das análises in silico mostraram que o gene expb11, isolado e clonado, corresponde a um gene de β-expansina de cana-de-açúcar, e ao ser produzida, a EXPB11 recombinante poderá integrar o mix de enzimas e proteínas para a degradação de biomassa lignocelulósica.

A cana-de-açúcar é uma das principais culturas agroindustriais do Brasil. Como outras culturas de importância econômica, é também afetada por diversos patógenos como fungos, bactérias, vírus e fitoplasmas que podem limitar sua produção. A bactéria fastidiosa Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) é o agente causal do raquitismo-da-soqueira da cana-de-açúcar (RSD). Esta doença não apresenta sintomas externos característicos de fácil reconhecimento. Dessa forma, a incidência do RSD pode não ser perceptível durante inspeções visuais de campo e, assim, ser facilmente disseminado de uma região para outra. A bactéria restrita ao xilema é transmitida mecanicamente de plantas infectadas para plantas saudáveis por meio da seiva presente em ferramentas de corte e em outros equipamentos durante o plantio, o cultivo e a colheita da cultura. Em razão da importância da cana-de-açúcar e do dano causado por Lxx, este trabalho visou avaliar a termoterapia e o cultivo in vitro em dois experimentos direcionados à obtenção de plantas de cana-de-açúcar da variedade SP80-3280 livres de Leifsonia xyli subsp. xyli e, assim, fornecer subsídio para o aprimoramento das medidas atuais de controle. O primeiro experimento combinou a termoterapia de toletes de uma gema (52 °C por 30 minutos) com o cultivo de meristemas apicais de três tamanhos (0,5 mm, 1,0 mm e 1,5 mm); o segundo combinou três tempos de termoterapia (1 hora, 2 horas e 3 horas) a 50 °C em gemas laterais imaturas isoladas do tolete com o cultivo in vitro. No primeiro experimento, os resultados de RT-PCR das amostras coletadas aos 15 dias na casa de vegetação mostraram que os três tamanhos de meristemas produziram plantas com títulos bacterianos em média 25 vezes mais baixos que suas genitoras, mas não as isentaram completamente de Lxx, com exceção de 8 plantas que não apresentaram Lxx com 90 dias de cultivo (4 plantas provenientes do cultivo de meristemas de 0,5 mm, 1 planta de meristema de 1,0 mm e 3 plantas de meristemas de 1,5 mm). Além disso, os meristemas de 0,5 mm não necessariamente regeneraram plantas com títulos mais baixos da bactéria quando comparados com os meristemas de 1,0 mm e 1,5 mm, mostrando que estes tamanhos testados não apresentaram correlação direta com o nível de infecção da planta regenerada por eles. Em relação ao segundo experimento, os resultados de RT-PCR mostraram que o incremento no tempo de termoterapia proporcionou maior redução nos títulos bacterianos, sendo os tratamentos de 2 horas e 3 horas os mais bem sucedidos com média de redução de 80,08% e 81,73%, respectivamente, mas não foi capaz de eliminar a bactéria. Portanto, estes experimentos demonstram que a termoterapia associada ao cultivo de tecidos é uma metodologia promissora, pois apresentaram redução da presença da bactéria Lxx em plantas de cana-de-açúcar, mas por não terem sido totalmente efetivos na eliminação da mesma, reforça a necessidade de estudos complementares. / Sugarcane is one of the major agro-industrial crops of Brazil. Like other crops of economic importance, it\'s also affected by several pathogens such as fungus, bacteria, viruses and phytoplasmas that may limit its production. The fastidious bacterium Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) is the causal agent of ratoon stunting disease in sugarcane (RSD). This disease shows no external symptoms characteristic of easy recognition. Thus, the incidence of RSD may not be noticeable during visual inspection in the field and be easily spread from one region to another. The xylem-limited bacterium is transmitted mechanically from infected plants to healthy plants by the sap present in cutting tools and others equipments for planting, growing and harvesting the crop. Due to the importance of sugarcane and the damage caused by Lxx, this work aimed to evaluate thermotherapy and in vitro culture in two experiments in order to obtain sugarcane plants of variety SP80-3280 free from Leifsonia xyli subsp. xyli and thus provide subsidy for the improvement of current control methods. The first experiment combined thermotherapy on the individual bud (52 °C for 30 minutes) and the cultivation of apical meristems of three sizes (0,5 mm, 1,0 mm and 1,5 mm); the second combined three period of thermotherapy (1 hour, 2 hours and 3 hours) at 50 °C in immature lateral buds totally isolated from the tissue source followed by in vitro culture. In the first experiment, the results of RT-PCR samples collected at 15 days in the greenhouse showed that the three sizes of meristems produced plants with bacterial titers on average 25 times lower than their mother plants, but not completely exempted them from Lxx, except 8 plants that showed no Lxx after 90 days of cultivation (4 plants were from cultivation of meristems with 0,5 mm, 1 plant from 1,0 mm meristem and 3 plants from 1,5 mm meristems size). Furthermore, the meristems of 0,5 mm does not necessarily regenerate plants with lower title of the bacteria compared with the meristems of 1.0 mm and 1.5 mm, showing that these sizes tested did not present direct correlation with the level of infection on the plants regenerated from them. Regarding the second experiment, RT-PCR results showed that the increase in time of thermotherapy provided greater reduction in bacterial titers, and the treatments of 2 and 3 hours were the most successful with average reduction of 80,08 % and 81,73%, respectively, but was not able to eliminate the bacteria. Therefore, these experiments showed that thermotherapy associated with tissue culture is a promising methodology because it reduced titer of Lxx in sugarcane, but were not fully effective in eliminating the same, reinforcing the need for complementary studies.

A cana-de-açúcar é uma gramínea C4 cuja principal característica é o acúmulo de altas concentrações de sacarose no colmo. As variedades comerciais são derivadas de cruzamentos de S. officinarum, que possui colmos grossos com alto teor de açúcar, e S. spontaneum, que apresenta colmos finos, fibrosos, com baixo teor de açúcar, mas com maior perfilhamento e resistência a estresses. O desenvolvimento da tecnologia do bioetanol celulósico, no qual o bagaço é utilizado para produção de bioetanol, tem gerado o interesse no desenvolvimento da cana energia, que possui mais fibra e biomassa, porém menos sacarose. Para isso, é importante o entendimento das vias regulatórias de biossíntese de parede celular, principal constituinte da biomassa vegetal. Ainda, as variedades comerciais possuem uma base genética estreita, que pode ser um dos fatores responsáveis pela diminuição dos ganhos de produtividade que vem sendo observada a cada variedade lançada. Isso mostra a importância de se voltar aos genótipos ancestrais para identificar genes que possam ser importantes para o melhoramento da cana-de-açúcar, incluindo o desenvolvimento da cana energia. Assim, o presente trabalho analisou o transcriptoma de três genótipos ancestrais e dois híbridos comerciais, juntamente com a caracterização de dados morfo-fisiológicos. Essa abordagem permitiu ligar padrões de expressão gênica aos fenótipos e identificar genes e vias regulatórias que estão possivelmente relacionadas aos mecanismos que determinam características como produtividade, acúmulo de sacarose e lignina, principalmente genes de regulação da estrutura da cromatina, metabolismo de parede celular e algumas famílias de fatores de transcrição. A expressão desses genes apresentou maior correlação com acúmulo de sacarose do que a expressão dos próprios genes do metabolismo de sacarose. S. spontaneum foi o genótipo que apresentou perfil de expressão e fenótipos mais distintos, mostrando um potencial biotecnológico para produção de biomassa. A integração dos resultados sugere que o acúmulo de sacarose compete com o de lignina e que o controle do crescimento em entrenós mais jovens pode ser importante para a maior produtividade. Também foram construídas bibliotecas de cDNA full length e estas apresentaram 90% de insertos completos. O sequenciamento dessas bibliotecas revelou uma grande quantidade de transcritos novos e específicos do gênero Saccharum, juntamente com um número significativo de transcritos antissense e milhares de genes diferencialmente expressos que podem estar associados, principalmente, às diferenças de resistência a estresses de S. officinarum e S. spontaneum. Essas bibliotecas fornecem uma grande plataforma para estudos posteriores para descoberta de polimorfismos, splicing alternativo e alelos que possam ser importantes nas características dos genótipos. Ainda, foram identificadas sequências promotoras de genes do metabolismo de parede celular e de alguns candidatos a estarem envolvidos nesse processo; vários apresentaram sítios de ligação conservados responsivos a fatores de transcrição da biossíntese de parede celular, mas algumas diferenças importantes foram identificadas, evidenciando divergências evolutivas entre cana-de-açúcar e outras espécies. Nossos dados mostram-se importantes por avançar no entendimento das vias envolvidas no metabolismo de parede celular em cana-de-açúcar assim como por caracterizar parte da variabilidade dos genótipos ancestrais. / Sugarcane is C4 grass whose main characteristic is the accumulation of high concentrations of sucrose in its stem. Commercial varieties are derived from crosses between S. officinarum, which has thick culms with high sugar content, and S. spontaneum, which has thin fibrous culms, with low sugar content, but presents high tillering and stress tolerance. The development of cellulosic bioethanol technology, on which the bagasse is used to produce bioethanol, has raised the interest to produce the energy cane, which has high fiber content and biomass yield instead of sucrose. For this purpose, it is important to obtain knowledge on the regulatory pathways of the biosynthesis of the cell wall, the main component of plant biomass. Still, commercial varieties have a narrow genetic basis and this could be one of the reasons for the reduction on yield gains that has been noticed for new varieties released. This shows the importance to return to ancestor genotypes to identify genes that might be important for sugarcane improvement, as well as for energy cane development. The present work analyzed the transcriptome of three ancestor genotypes and two commercial hybrids, together with the characterization of morphophysiological traits. This approach allowed us to link gene expression pattern and phenotypes to identify genes and regulatory pathways that might be related to the mechanisms determining traits, such as yield, sugar and lignin content, especially genes related to chromatin structure regulation, cell wall metabolism and some transcription factors families. The expression of those genes showed a greater correlation to sucrose content than expression of sucrose metabolism genes itself. S. spontaneum is the genotype with the most distinct expression profile and phenotype, showing a biotechnological potential for biomass production. The integration of the results suggests that sucrose accumulation competes with lignin and the control of growth in younger internodes might be important in determining higher yield. In addition, full length cDNA library has been constructed and they showed 90% full length inserts confirmed. High-throughput sequencing revealed a large number of new and specific Saccharum transcripts, as well as a significant number of antisense transcripts and thousands of differentially expressed genes that might be related to, especially, the differences of stress tolerance of S. officinarum and S. spontaneum. These libraries provide a large platform for future studies to discover polymorphisms, splicing variants and alleles that might be important to genotype\'s traits. We also identify promoter sequences from cell wall-related genes and some candidates to be involved in this process; several of them showed conserved binding sites responsive to cell wall-related transcription factors, however, some differences were also identified, showing an evolutionary divergence among sugarcane and other species. Our data are important for advancing knowledge on cell wall-related pathways in sugarcane as well as for the characterization of genetic variability of ancestor genotypes.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:56:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertaca Gabriel Vassilios Piperaso.pdf: 157210 bytes, checksum: d1966a609906ee5b4c7c4a0ed755ef4c (MD5) Previous issue date: 2008-12-03 / The objective of this work had established DRIS norms for sugarcane crop in different yields levels. Results of the chemical analysis of leaves for N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn and Zn was used, with your respective yield of 78 commercial fileds collected in Cocal usin, in Paraguaçu Paulista, São Paulo state, Brazil, between October and November of 2007. For the database formation to divided in six yield levels, of 100, 110, 120, 130, 140 and 150 Mg ha-1, with the establishment of all the binary relationships among the nutrients studied, then calculated the average, the standard deviation and the variance for each nutrient concentration, as well as for the relationships among these, in each sub-population, being maintained 55 relationships, the ones that presented the largest reason in the variance among the sub-populations. It was calculated the index of each nutrients, IBN of each population and the potential of answer to nutrient application. There were found significant differences between the nutrients contents and the yields to different varieties, being RB 935744 the most productive. The binary relationships among nutrients presented different values in populations studied. The yield level of 140 Mg ha-1 presented higher correlation between IBN and the productivity, being selected for DRIS norms definition. The nutrient order to nutrient supply was: B>Mn>Cu>S. / O objetivo deste trabalho foi estabelecer as normas DRIS para a cultura da cana-de-açúcar em diferentes níveis de produtividade. Utilizou-se resultados da análise química de folhas para N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn e Zn com suas respectivas produtividades de 78 áreas comerciais coletadas na usina Cocal, em Paraguaçu Paulista SP, nos meses de outubro e novembro de 2007. Utilizou-se para a formação do banco de dados a divisão em seis níveis produtivos, de 100, 110, 120, 130, 140 e 150 Mg ha-1, com o estabelecimento de todas as relações binárias entre os nutrientes estudados, então calculou-se a média, o desvio padrão e a variância para cada concentração de nutriente, como também para as relações entre estes, em cada sub-população, sendo mantidas 55 relações, que apresentaram a maior razão na variância entre as sub-populações. Calculou-se o índice de cada nutriente, o IBN de cada população e o potencial de resposta á aplicação de cada nutriente. Foram encontradas diferenças significativas entre os teores de nutrientes e as produtividades das diferentes variedades utilizadas, sendo a RB 935744 a mais produtiva. As relações binárias entre nutrientes apresentaram valores distintos nas diferentes populações estudadas. O nível produtivo de 140 Mg ha-1 apresentou maior correlação entre o índice de balanço nutricional e a produtividade, sendo selecionado para definição das normas DRIS. A ordem dos nutrientes que apresentaram maior potencial de resposta a adubação foi B>Mn>Cu>S.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:56:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Claudinei Alberto Cardin.pdf: 993782 bytes, checksum: 7d058dd8161c5ec3de77e623de81cef5 (MD5) Previous issue date: 2014-09-26 / The objective of this study was to evaluate different management in the cultivation of sugar cane and possible changes in chemical and physical properties of an Alfisol Red Yellow. The experiment was carried out in 2012/2013 harvest in agricultural production area of a company located in the district of Ameliópolis in Presidente Prudente/SP. Areas were assessments made following completely randomized design in a 5x5 factorial design, characterized by four management systems applied to culture of sugar cane: Without Vinasse and No Burning, Without Vinasse and Burning, With Vinasse and Without Burning e With Vinasse and With Burning), plus native forest, in five soil sampling depths (0-10 10-20, 20-30, 30-40; 40-50 cm), with four replications. The native forest was used as a control to statement of changes in soil properties due to the application of managements cited. After collection, samples were transported to the laboratory soil analysis of UNOESTE for the determination of chemical and physical soil parameters, content of K (potassium), OCS (organic carbon in soil), SOM (organic matter in soil), TOCS (total organic carbon stock), Bd (bulk density), Pd (particle density), Tp (total porosity), and θs (saturation humidity) in the above referenced layers in sample undisturbed. The application of vinasse associated with the harvest without burning system increased the concentration of K in the soil layers up to 40 cm deep. The sandy texture of the soil enabled the movement of K in the profile. The managements did not increase SOM levels, OCS and TOC. Studied depths also no marked differences were observed. The Bd and Pd were not influenced by agricultural management and the depths sampled. The area managed in With Vinasse and Without Burning showed the highest θs at 0-10 and 10-20 cm depth compared with the other studied managements. The chemical and physical attributes evaluated within the respective managements should be evaluated over a longer period of time. / O objetivo deste trabalho foi avaliar alterações nos atributos químicos e físicos de um Argissolo Vermelho Amarelo em função dos manejos de aplicação de vinhaça em conjunto com as formas de colheita manual e mecanizada de cana queimada e cana crua, no oeste paulista. O experimento foi desenvolvido, na safra 2012/2013, em área de produção de uma empresa do setor de bioenergia, no distrito de Ameliópolis, em Presidente Prudente/SP. As avaliações das áreas foram realizadas seguindo o delineamento inteiramente casualizado (DIC), em esquema fatorial 5x5, caracterizados por quatro sistemas de manejo: SVSQ (Sem Vinhaça e Sem Queima), SVCQ (Sem Vinhaça e Com Queima), CVSQ (Com Vinhaça e Sem Queima), CVCQ (Com Vinhaça e Com Queima), além da área de mata nativa (MN) e cinco profundidades de amostragem do solo (0-10, 10-20, 20-30, 30-40; 40-50 cm), com quatro repetições. A área MN foi utilizada como testemunha para demonstração das alterações nas propriedades químicas e físicas do solo pela aplicação dos manejos. As amostras coletadas foram transportadas para o laboratório de análise de solos da UNOESTE para a determinação dos parâmetros teor de K, COT (carbono orgânico), MOS (matéria orgânica), ECT (estoque de carbono total), Ds (densidade do solo), Dp (densidade de partículas), Pt (porosidade total), e θs (umidade de saturação) nas camadas referenciadas acima. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias foram comparadas pelo teste de Tukey, ao nível de 5 % de probabilidade. A aplicação de vinhaça associada ao sistema de colheita sem queima incrementou a concentração de K nas camadas de solo até 40 cm de profundidade. A textura arenosa do solo possibilitou a movimentação do K no perfil. Os manejos SVCQ, SVSQ, CVCQ e CVSQ não aumentaram os teores de MOS, COT e ECT. Nas profundidades estudadas também não foram observadas diferenças marcantes. A Ds e a Dp não foram influenciadas pelos manejos agrícolas e pelas profundidades amostradas. A área manejada no sistema CVSQ apresentou maior θs nas profundidades de 0-10 e 10-20 cm comparada com os demais manejos estudados. Os atributos químicos e físicos avaliados dentro dos respectivos manejos devem ser avaliados por um período maior de tempo, destacando que o COT poder ser fracionado e o comportamento da rizosfera da cana de açúcar poderá ser estudado.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:51:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertaca Gabriel Vassilios Piperaso.pdf: 157210 bytes, checksum: d1966a609906ee5b4c7c4a0ed755ef4c (MD5) Previous issue date: 2008-12-03 / The objective of this work had established DRIS norms for sugarcane crop in different yields levels. Results of the chemical analysis of leaves for N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn and Zn was used, with your respective yield of 78 commercial fileds collected in Cocal usin, in Paraguaçu Paulista, São Paulo state, Brazil, between October and November of 2007. For the database formation to divided in six yield levels, of 100, 110, 120, 130, 140 and 150 Mg ha-1, with the establishment of all the binary relationships among the nutrients studied, then calculated the average, the standard deviation and the variance for each nutrient concentration, as well as for the relationships among these, in each sub-population, being maintained 55 relationships, the ones that presented the largest reason in the variance among the sub-populations. It was calculated the index of each nutrients, IBN of each population and the potential of answer to nutrient application. There were found significant differences between the nutrients contents and the yields to different varieties, being RB 935744 the most productive. The binary relationships among nutrients presented different values in populations studied. The yield level of 140 Mg ha-1 presented higher correlation between IBN and the productivity, being selected for DRIS norms definition. The nutrient order to nutrient supply was: B>Mn>Cu>S. / O objetivo deste trabalho foi estabelecer as normas DRIS para a cultura da cana-de-açúcar em diferentes níveis de produtividade. Utilizou-se resultados da análise química de folhas para N, P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn e Zn com suas respectivas produtividades de 78 áreas comerciais coletadas na usina Cocal, em Paraguaçu Paulista SP, nos meses de outubro e novembro de 2007. Utilizou-se para a formação do banco de dados a divisão em seis níveis produtivos, de 100, 110, 120, 130, 140 e 150 Mg ha-1, com o estabelecimento de todas as relações binárias entre os nutrientes estudados, então calculou-se a média, o desvio padrão e a variância para cada concentração de nutriente, como também para as relações entre estes, em cada sub-população, sendo mantidas 55 relações, que apresentaram a maior razão na variância entre as sub-populações. Calculou-se o índice de cada nutriente, o IBN de cada população e o potencial de resposta á aplicação de cada nutriente. Foram encontradas diferenças significativas entre os teores de nutrientes e as produtividades das diferentes variedades utilizadas, sendo a RB 935744 a mais produtiva. As relações binárias entre nutrientes apresentaram valores distintos nas diferentes populações estudadas. O nível produtivo de 140 Mg ha-1 apresentou maior correlação entre o índice de balanço nutricional e a produtividade, sendo selecionado para definição das normas DRIS. A ordem dos nutrientes que apresentaram maior potencial de resposta a adubação foi B>Mn>Cu>S.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:51:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Claudinei Alberto Cardin.pdf: 993782 bytes, checksum: 7d058dd8161c5ec3de77e623de81cef5 (MD5) Previous issue date: 2014-09-26 / The objective of this study was to evaluate different management in the cultivation of sugar cane and possible changes in chemical and physical properties of an Alfisol Red Yellow. The experiment was carried out in 2012/2013 harvest in agricultural production area of a company located in the district of Ameliópolis in Presidente Prudente/SP. Areas were assessments made following completely randomized design in a 5x5 factorial design, characterized by four management systems applied to culture of sugar cane: Without Vinasse and No Burning, Without Vinasse and Burning, With Vinasse and Without Burning e With Vinasse and With Burning), plus native forest, in five soil sampling depths (0-10 10-20, 20-30, 30-40; 40-50 cm), with four replications. The native forest was used as a control to statement of changes in soil properties due to the application of managements cited. After collection, samples were transported to the laboratory soil analysis of UNOESTE for the determination of chemical and physical soil parameters, content of K (potassium), OCS (organic carbon in soil), SOM (organic matter in soil), TOCS (total organic carbon stock), Bd (bulk density), Pd (particle density), Tp (total porosity), and θs (saturation humidity) in the above referenced layers in sample undisturbed. The application of vinasse associated with the harvest without burning system increased the concentration of K in the soil layers up to 40 cm deep. The sandy texture of the soil enabled the movement of K in the profile. The managements did not increase SOM levels, OCS and TOC. Studied depths also no marked differences were observed. The Bd and Pd were not influenced by agricultural management and the depths sampled. The area managed in With Vinasse and Without Burning showed the highest θs at 0-10 and 10-20 cm depth compared with the other studied managements. The chemical and physical attributes evaluated within the respective managements should be evaluated over a longer period of time. / O objetivo deste trabalho foi avaliar alterações nos atributos químicos e físicos de um Argissolo Vermelho Amarelo em função dos manejos de aplicação de vinhaça em conjunto com as formas de colheita manual e mecanizada de cana queimada e cana crua, no oeste paulista. O experimento foi desenvolvido, na safra 2012/2013, em área de produção de uma empresa do setor de bioenergia, no distrito de Ameliópolis, em Presidente Prudente/SP. As avaliações das áreas foram realizadas seguindo o delineamento inteiramente casualizado (DIC), em esquema fatorial 5x5, caracterizados por quatro sistemas de manejo: SVSQ (Sem Vinhaça e Sem Queima), SVCQ (Sem Vinhaça e Com Queima), CVSQ (Com Vinhaça e Sem Queima), CVCQ (Com Vinhaça e Com Queima), além da área de mata nativa (MN) e cinco profundidades de amostragem do solo (0-10, 10-20, 20-30, 30-40; 40-50 cm), com quatro repetições. A área MN foi utilizada como testemunha para demonstração das alterações nas propriedades químicas e físicas do solo pela aplicação dos manejos. As amostras coletadas foram transportadas para o laboratório de análise de solos da UNOESTE para a determinação dos parâmetros teor de K, COT (carbono orgânico), MOS (matéria orgânica), ECT (estoque de carbono total), Ds (densidade do solo), Dp (densidade de partículas), Pt (porosidade total), e θs (umidade de saturação) nas camadas referenciadas acima. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias foram comparadas pelo teste de Tukey, ao nível de 5 % de probabilidade. A aplicação de vinhaça associada ao sistema de colheita sem queima incrementou a concentração de K nas camadas de solo até 40 cm de profundidade. A textura arenosa do solo possibilitou a movimentação do K no perfil. Os manejos SVCQ, SVSQ, CVCQ e CVSQ não aumentaram os teores de MOS, COT e ECT. Nas profundidades estudadas também não foram observadas diferenças marcantes. A Ds e a Dp não foram influenciadas pelos manejos agrícolas e pelas profundidades amostradas. A área manejada no sistema CVSQ apresentou maior θs nas profundidades de 0-10 e 10-20 cm comparada com os demais manejos estudados. Os atributos químicos e físicos avaliados dentro dos respectivos manejos devem ser avaliados por um período maior de tempo, destacando que o COT poder ser fracionado e o comportamento da rizosfera da cana de açúcar poderá ser estudado.

Ratoon stunting disease (RSD), caused by Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) can cause substantial impact on biomass production in all sugarcane producing countries. Few management options exist for controlling the disease, and they are all centered on measures of hygiene and sanitation. These measures are not efficient in eliminating the bacteria and can damage bud germination. Phenotypic selection would be the best management practice. However, selection based on Lxx-restrictive multiplication is costly, time-consuming, and destructive. One potentially useful approach for identifying resistant genotypes is Fourier-transform infrared (FT-IR) spectroscopy. In this study, we demonstrate that by using qPCR to quantify bacterial titers and to determine the resistance levels of nineteen commercial varieties inoculated with Lxx and FT-IR spectroscopy we could identify resistant and susceptible genotypes based on specific functional groups. Using a non-linear machine learning techniques (SVM) and a linear partial least square regression (PLSR) we distinguished between resistant and susceptible sugarcane genotypes and predict bacteria concentration using spectral data and Lxx titer quantification. Our Results suggest that resistance may be associated with variation in chemistry. The resistant mechanisms involved against RSD are probably associated to polyamines regulation and aromatic rings compounds accumulation. The results demonstrated that both approaches, SVM and PLSR, are capable of providing accurate estimates of sugarcane resistance to Lxx and can be applied to screen resistant sugarcane in breeding programs. / O raquitismo da soqueira da cana (RS), causada pela bactéria Leifsonia xyli subsp. xyl (Lxx) pode produzir um impacto substancial negativo na produção de biomassa em todos os países produtores de cana-de-açúcar. Existem poucas opções de manejo para o controle da doença e todas são centradas em medidas de sanitização. Entretanto, este manejo não é eficiente, uma vez que não se elimina por completo a bactéria. Diante do exposto, uma alternativa interessante é a identificação e seleção de genótipos resistentes à doença. No entanto, por se tratar de um patossistema complexo, a seleção por métodos tradicionais não é viável em um programa de melhoramento. Uma nova abordagem é a identificação de genótipos resistentes por meio de técnica de espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier (FT-IR). Este estudo demonstrou que por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) foi possível quantificar os títulos bacterianos e determinar os níveis de resistência de dezenove variedades comerciais inoculadas com Lxx. Além disso, por meio da técnica de FT-IR foi possível distinguir genótipos resistentes de suscetíveis baseados em grupos químicos específicos. Por meio de um algoritmo não linear, support vector machine (SVM) e uma regressão linear, partial least square regression (PLSR), foi possível distinguir genótipos de cana-de-açúcar resistentes e suscetíveis à doença além de predizer a concentração de Lxx nos genótipos por meio de dados espectrais e de título bacteriano. Nossos resultados demonstram que a resistência a esta doença está associada às variações bioquímicas e que os mecanismos de resistência envolvidos podem estar associados à regulação de poliaminas e ao acúmulo de compostos que tenha como principal grupo funcional anel aromático. Os resultados evidenciaram que ambas as abordagens, SVM e PLSR, foram capazes de fornecer estimativas precisas da resistência da cana-de-açúcar à RS e que a técnica FT-IR pode ser utilizada em programas de melhoramento na seleção de genótipos de cana-de-açúcar resistentes ao RS.