Little is known about the behavior of juvenile brown trout (Salmo trutta) during winter in boreal streams. Harsh winter conditions presumably affect overwinter survival negatively in small streams, where ice may have a large effect on survival of young salmonids. The aim of this study was to examine the effect of over-head ice cover on the spatial positioning of small brown trout in a boreal stream. I hypothesized that during the day brown trout will use the middle of the stream to a greater extent in the presence of over-head ice cover than in its absence. In the absence of ice cover, trout were predicted to hold station near the shore. At night, I hypothesized that there will be little effect of ice cover on the spatial positioning of the trout, with trout expected to occupy the entire stream width. Analysis of the results for the entire study period revealed a strong positive correlation between the tendency to be positioned towards the middle of the stream during daytime and the presence of ice cover. An analysis based on the period when water temperature was around 0o C (< 0,3o C) showed that trout used the entire width of the stream in the presence of surface ice but were restricted to the margins in the absence of ice. My hypothesis regarding the spatial distribution of trout at night was not supported by the data, as there was no difference in their spatial distribution during the day and at night. / Det råder stor okunskap om hur vinterförhållanden påverkar överlevnaden av juvenila öringar (Salmo trutta) i boreala områden. Isformationer och dess bildningsprocesser kan ha avgörande effekt på mortaliteten hos unga öringar som övervintrar i mindre vattendrag. Denna studie handlar om istäckets påverkan på öringens positionering längs vattendragets bredd. Hypoteserna är 1) att närvaron av istäcket ger öringen större möjlighet att kunna utnyttja mer metaboliskt gynnsamma ståndplatser i vattendraget än utan is och 2) att istäcket har effekt på daglig respektive nattlig positionering ifrån strandkanten. Resultaten i studien visar ett starkt positivt förhållande mellan ökad andel istäckningsgrad och positionering längre ut från strandkanten mot mitten av vattendraget. Vidare visar mina resultat, som baseras på perioden när vattentemperaturen var runt 0o C (< 0,3o C), att öringen använde sig av hela vattendragets bredd i närvaro av istäcke, men var nära strandkanten vid frånvaro av istäcket. Min hypotes angående öringens rumsliga fördelning under natten stöds inte av resultatet, då det inte fanns någon skillnad i deras rumsliga fördelning under dagen respektive på natten.

La truite commune Salmo trutta L. est l'espèce de salmonidés la plus rependue en Europe. Cette espèce présente une grande diversité phénotypique liée à son histoire évolutive complexe. Chaque année, d’intenses repeuplements ont lieu afin d’augmenter les densités locales de populations, notamment pour la pêche sportive. Des truites d’origine atlantique, domestiquées depuis des décennies, et plus récemment des souches domestiques méditerranéennes, sont largement utilisées pour repeupler les populations sauvages locales d’origine méditerranéenne dans le sud de la France. Jusqu’à présent, les conséquences des interactions génétiques, telles que l’hybridation et l’introgression d’allèles domestiques dans les populations locales résultants de ces repeuplements, étaient suivies à l’aide de marqueurs allozymes et microsatellites. Cependant, en raison de leurs nombres extrêmement réduits, ces marqueurs n’offraient qu’une représentation très partielle du génome. Ainsi, leur étude ne permet pas de rendre compte fidèlement des signatures génomiques associées aux pratiques de repeuplement, nécessaires pour comprendre les conséquences évolutives de l’introgression. L’objectif de cette thèse est donc d’étudier à l’échelle génomique les conséquences des interactions génétiques induites par l’introduction d’individus domestiques d’origines atlantique et méditerranéenne dans les populations ‘sauvages’ méditerranéennes du bassin de l’Orb. La première partie de cette thèse rend compte du développement d’environ 196000 marqueurs SNPs et d’une carte de liaison génétique haute densité chez S. trutta. Dans la deuxième partie, les outils moléculaires précédemment développés sont utilisés pour détecter à l’échelle individuelle les haplotypes introgressés et ainsi décrire le paysage génomique de l’introgression dans trois populations sauvages du bassin de l’Orb. La distribution de la taille de ces haplotypes est alors utilisée en prenant en compte les variations du taux local de recombinaison pour estimer l’âge moyen de l’introgression dans chaque population locale. Finalement, la troisième partie s’intéresse aux pressions sélectives - positives ou négatives - qui modulent le paysage génomique de l’introgression d’allèles domestiques dans les populations sauvages. Les résultats suggèrent que les conséquences de l’hybridation sur la valeur sélective des individus doivent être considérées séparément entre le court et le long terme. Ces travaux montrent que la compréhension des mécanismes évolutifs impliqués présente un intérêt majeur pour la conservation et la gestion des populations naturelles. / The brown trout Salmo trutta L. is the most widely distributed salmonid species in Europe. The species presents a high level of phenotypic diversity linked to its complex evolutionary history. An Atlantic hatchery lineage, which has been domesticated for decades, and more recently a domesticated Mediterranean strain, have been largely used for restocking and enhancement of wild Mediterranean populations in southern France, especially for recreational fishing. The impact of restocking practices on brown trout genetic diversity and population genetic structure has been extensively studied with allozyme and microsatellite markers. However, the small number of genetic markers used in these studies did not allow to get a genome-wide representation of introgression. The aim of this thesis was to assess the genome-wide impact of repeated introductions of Atlantic and Mediterranean domesticated strains into wild Mediterranean populations. First, a large number of SNP markers have been developed as well as a high density genetic map for S. trutta. Secondly, the molecular tools previously developed have been used to detect introgressed haplotypes and to provide a detailed picture of introgression frequency patterns across the genome of three wild populations from the Orb drainage. The length distribution of admixture tracts was used to determine the timing of introgression, taking variation in local recombination rate into account. Finally, this study focused on the positive or negative selective forces that modulate the genome-wide landscape of introgression. Our results suggest that the consequences of hybridization on individual fitness have to be considered separately over short and long timescales. This work shows that understanding the evolutionary consequences of stocking practices is of major interest for the conservation and management of natural populations.

<p></p>

<p>An up-regulation of gene expression of the gonadotropin receptors FSHR and LHR, and a down-regulation of anti-Müllerian hormone (AMH), in the gonads of early maturing male Atlantic salmon parr (<em>Salmo salar</em>) have been shown to take place during the process of sexual maturation. It has however not been determined if this happens prior to or after the onset of spermatogenesis. The aim of this study was to see if such an up-regulation of the gene expression of FSHR and LHR mRNA, and down-regulation of AMH in the gonad tissue could be seen prior to the onset of spermatogenesis in early maturing salmon. For this study gonad tissues were sampled before and after the onset of spermatogenesis. Small pieces of testis tissue were removed using surgery from individually tagged one year old male Atlantic salmon parr in April prior to the onset of spermatogenesis. The same salmon were sampled again in July and maturing and non-maturing fish could be distinguished by differences in GSI. Each tissue sample from April could be matched with the July sample from the same individual by pit-tag numbers. This made it possible to separate the April samples into a maturing and non-maturing group. Gene expression levels were analysed using real-time PCR. The findings of this study showed that all three genes were expressed in the gonads in April but no significant difference in expression levels between maturing and non-maturing salmon was seen for any of the genes, which indicate that no up- or down-regulations had taken place in early maturing fish at this time. In July however, total FSHR and LHR expression levels/testis were significantly higher in maturing salmon which is in accordance with previous studies. AMH expression levels/unit RNA in July were found to be on average 25 times higher in the non-maturing group. A 100-fold drop in AMH from April through July was seen in the maturing fish, while only a 4-fold drop was seen in the non-maturing group which may indicate that a down-regulation of AMH expression took place as spermatogenesis was initiated in the maturing males.</p> / <p>En uppreglering av genuttrycket av gonadotropinreceptorerna (FSHR och LHR) samt en nedreglering av anti-Müllerian hormon (AMH) har observerats i gonaderna under spermatogenesen hos tidigt mognande atlantlaxhanar (<em>Salmo salar</em>). Man har dock inte kunnat visa huruvida detta sker före eller efter spermatogenesen inletts. Syftet med denna studie var att undersöka om en uppreglering av FSHR och LHR samt en nedreglering av AMH kunde ses hos tidigt mognande laxar redan före spermatogenesen inletts. I den här studien användes gonadprover tagna före och efter spermatogenesen inletts. Små gonadvävnadsprover togs från individuellt märkta ettåriga atlantlaxhanar i april, före spermatogenesen inletts, genom ett operativt ingrepp. I juli togs sedan gonadprover från samma individer igen och mognande och icke-mognande individer kunde nu särskiljas genom deras GSI-värden. Varje gonadprov från april kunde matchas med proverna från juli för samtliga individer genom att jämföra pit-tag nummer och möjliggjorde att även aprilproverna kunde sorteras i en mognande och en icke-mognande grupp. Nivåerna av genuttryck av mRNA analyserades med real-time PCR. Resultaten från denna studie visade att alla tre generna var uttryckta i de omogna gonaderna i april men det var ingen signifikant skillnad mellan de mognande och icke-mognande fiskarna för någon av generna, vilket betyder att det ännu inte skett någon upp- eller nedreglering vid denna tidpunkt hos de tidigt mognande fiskarna. I juli var dock de totala FSHR och LHR mRNA nivåerna/testikel signifikant högre hos mognande fiskar vilket överrensstämmer med tidigare studier. AMH mRNA/enhet RNA var uttryckt 25 gånger högre i de omogna gonaderna jämfört med de mognande. Mellan april och juli föll AMH nivåerna hos mognande fiskar nästan 100 gånger, medan de hos de omogna minskade endast 4 gånger vilket kan indikera att en nedreglering av genuttrycket för AMH skett i de individer där spermatogenesen inletts.</p>



An up-regulation of gene expression of the gonadotropin receptors FSHR and LHR, and a down-regulation of anti-Müllerian hormone (AMH), in the gonads of early maturing male Atlantic salmon parr (Salmo salar) have been shown to take place during the process of sexual maturation. It has however not been determined if this happens prior to or after the onset of spermatogenesis. The aim of this study was to see if such an up-regulation of the gene expression of FSHR and LHR mRNA, and down-regulation of AMH in the gonad tissue could be seen prior to the onset of spermatogenesis in early maturing salmon. For this study gonad tissues were sampled before and after the onset of spermatogenesis. Small pieces of testis tissue were removed using surgery from individually tagged one year old male Atlantic salmon parr in April prior to the onset of spermatogenesis. The same salmon were sampled again in July and maturing and non-maturing fish could be distinguished by differences in GSI. Each tissue sample from April could be matched with the July sample from the same individual by pit-tag numbers. This made it possible to separate the April samples into a maturing and non-maturing group. Gene expression levels were analysed using real-time PCR. The findings of this study showed that all three genes were expressed in the gonads in April but no significant difference in expression levels between maturing and non-maturing salmon was seen for any of the genes, which indicate that no up- or down-regulations had taken place in early maturing fish at this time. In July however, total FSHR and LHR expression levels/testis were significantly higher in maturing salmon which is in accordance with previous studies. AMH expression levels/unit RNA in July were found to be on average 25 times higher in the non-maturing group. A 100-fold drop in AMH from April through July was seen in the maturing fish, while only a 4-fold drop was seen in the non-maturing group which may indicate that a down-regulation of AMH expression took place as spermatogenesis was initiated in the maturing males. / En uppreglering av genuttrycket av gonadotropinreceptorerna (FSHR och LHR) samt en nedreglering av anti-Müllerian hormon (AMH) har observerats i gonaderna under spermatogenesen hos tidigt mognande atlantlaxhanar (Salmo salar). Man har dock inte kunnat visa huruvida detta sker före eller efter spermatogenesen inletts. Syftet med denna studie var att undersöka om en uppreglering av FSHR och LHR samt en nedreglering av AMH kunde ses hos tidigt mognande laxar redan före spermatogenesen inletts. I den här studien användes gonadprover tagna före och efter spermatogenesen inletts. Små gonadvävnadsprover togs från individuellt märkta ettåriga atlantlaxhanar i april, före spermatogenesen inletts, genom ett operativt ingrepp. I juli togs sedan gonadprover från samma individer igen och mognande och icke-mognande individer kunde nu särskiljas genom deras GSI-värden. Varje gonadprov från april kunde matchas med proverna från juli för samtliga individer genom att jämföra pit-tag nummer och möjliggjorde att även aprilproverna kunde sorteras i en mognande och en icke-mognande grupp. Nivåerna av genuttryck av mRNA analyserades med real-time PCR. Resultaten från denna studie visade att alla tre generna var uttryckta i de omogna gonaderna i april men det var ingen signifikant skillnad mellan de mognande och icke-mognande fiskarna för någon av generna, vilket betyder att det ännu inte skett någon upp- eller nedreglering vid denna tidpunkt hos de tidigt mognande fiskarna. I juli var dock de totala FSHR och LHR mRNA nivåerna/testikel signifikant högre hos mognande fiskar vilket överrensstämmer med tidigare studier. AMH mRNA/enhet RNA var uttryckt 25 gånger högre i de omogna gonaderna jämfört med de mognande. Mellan april och juli föll AMH nivåerna hos mognande fiskar nästan 100 gånger, medan de hos de omogna minskade endast 4 gånger vilket kan indikera att en nedreglering av genuttrycket för AMH skett i de individer där spermatogenesen inletts.

Lašišų (Salmo salar L.) skirtingų amžinių grupių tyrinėjimas yra svarbus norint įvertinti šių žuvų išteklių. Žuvų augimo įvertinimas yra svarbus rodiklis, leidžiantis apibūdinti populiacijos būklę ir prognozuoti žuvų išteklius. Jis gali kisti tiek laike, tiek erdvėje kartu su jam darančiais įtaką biotiniais ir abiotiniais veiksniais. Darbo tikslas yra, remiantis turima ir sukaupta informacija, išnagrinėti lašišų populiacijos paplitimo ypatumus ir gausumą Lietuvos upėse, jų išteklių sumažėjimo prevencines priemones, bei nustatyti lašišų jauniklių augimo priklausomybę nuo upių ekologinių sąlygų. Duomenys buvo rinkti lašišinėse upėse 2000 – 2006 metais, vykdant VU Hidrobiontų ekologijos ir fiziologijos laboratorijai Lašišinių žuvų monitoringo programą bei Lietuvos valstybinio žuvivaisos ir žuvininkystės tyrimų centrui Lašišinių žuvų įveisimo į valstybinius neišnuomotus vandens telkinius planus (programas). Upių bendro hidrologinio režimo apžvalgai panaudoti Žeimenos, Vilnios ir Šventosios upių Lietuvos hidrometeorologijos tarnybos vandens matavimo stočių duomenys už 2000 – 2006 metus. Pradėjus veisimo ir įžuvinimo darbus, 1999-2006 metais į upes išleista 715,56 tūkst. lašišų jauniklių, iš jų 39 % visos įveisimo medžiagos atiteko Neries baseinui, 34 % – Šventosios, 11 % – Šventosios (pajūro), 10 % – Dubysos ir 6 % Minijos baseinui. Pagal tyrimų ir eksperimentinio vertinimo duomenis 2006 m. 10 Lietuvos lašišinių upių potencialus produktyvumas siekia apie 137 tūkst. rituolių... [toliau žr. visą tekstą] / Researches on salmon (Salmo salar L.) adults and juveniles are important for the estimation of these fish stocks. The growth of individuals varies temporarily and spatially, relatively to abiotic and biotic factors. The aim of this work is to estimate a peculiarity and density of salmon population and define ecological conditions - dependent growth of salmon juveniles in Lithuanian rivers. Investigations were carried out in different salmon rivers sampling stations in 2000 – 2006, in pursuance of programme of salmon fish abundance monitoring in investigated water bodies by Institute of Ecology of Vilnius University, and in pursuance of programme of releasing cultured salmon juveniles into rivers by Lithuanian State Pisciculture and Fishery Research Centrum. Data for the overview of Žeimena, Vilnia and Šventoji river‘s hidrological regime was collected from Lithuanian Hydrometeorological Service under the Ministry of Environment for year 2000 – 2006. In 1999 – 2006 about 715560 individuals of cultured salmonids were released at all life stages, i.e. as fry, juveniles and smolts. 39 % of it‘s hatchery production comes for Neris river basin, 34 % - Šventoji river basin, 11 % – Šventoji (seabord) river basin, 10 % – Dubysa and 6 % Minija river basin. According to research and experimental assessment potential salmon smolt production in Lithuanian rivers amounts to 137 000 individuals. However, the actual annual wild salmon smolt production makes only 25.6 – 26 % of that potential... [to full text]

There are five endemic populations of migratory Atlantic salmon (Salmo salar, Salmonidae) and brown trout (Salmo trutta, Salmonidae) remaining in Lake Vänern, whereof two are salmon and three are trout. There is one population of each species in Klarälven, also one of each in Gullspångsälven and there is a population of trout still remaining in Tidan River. Since the beginning of the 20th century endemic populations of salmon and trout have either vanished or declined dramatically due to the construction of hydropower in the rivers around the lake, and still today the future of the remaining populations remains uncertain. To manage salmonid fishes effectively more knowledge of their ecology throughout their different life-stages is needed. A large part of the Lake Vänern salmonoids lives are spent in the lake, where a mayor mortality factor is recreational fishing, especially angling. Estimation of fishing effort and catch is important in order to remain a sustainable fishery. In Lake Vänern commercial fishers are bound to report their catch, but anglers are not, -even though they are now thought to be responsible for the largest proportion of the catch. Angler interviews and access point surveys are the best ways to get accurate information in order to assess sport fish effort and catch. There are drawbacks of this method though that includes large costs, logistical problems and biased results due to the higher chance of interviewing the most avid anglers. To hand out mail-surveys is a kind of off-site survey that is less costly compare to interviews, but the drawbacks are bigger in getting correct information due to biased results from non-respondence. A study was conducted to compare an interview-survey with a mail-in survey, in which the interviews were conducted in Lillängshamnen, a port on the northern coast of Lake Vänern, and the mail-in surveys were distributed in different ports around the lake, though not in Lillängshamnen. This study shows a significant difference in catch per boat day between the interviews and mail-in survey. To find out more about how to develop the interview-survey there was also an analysis done on the correlation between weather and the number of interviews that were collected. One could find a negative correlation between numbers of interviews collected and the wind ratio, where very few interviews were collected once the wind speed measured more than 5-8 meters per second. There are improvements to be made both for the conduction of interviews and mail-in surveys, including more staff for conducting interviews at different ports and follow-ups on the non-respondents for the mail-in survey. / Av atlantlax (Salmo salar, Salmonidae) och öring (Salmo trutta, Salmonidae) finns idag fem endemiska populationer kvar i Vänern varav två är av lax och tre av öring. Det finns en klarälvsvariant av båda arterna, likaså finns det en gullspångsvariant av varje och sen finns även en öringpopulation kvar i Tidan. Sen början av 1900-talet har populationer av lax och öring utrotats eller minskat kraftigt till följd av vattenkraftens utbyggnad i vattendragen runt Vänern, och än idag är de resterande populationernas framtid oviss. För att kunna förvalta laxfiskarna på ett bra sätt krävs kunskaper om deras ekologi i dess olika livsstadier. En stor del av laxfiskarna runt Vänerns liv tillbringas i Vänern, där en mortalitetsfaktor består av fritidsfisket, då främst trolling. Uppskattning av ansträngning och fångst är viktigt för att hålla fisket i sjön på en hållbar nivå. Yrkesfisket måste rapportera all sin fångst men detta krävs inte av trollingfisket som idag tros stå för den största proportionen lax- och öringsfångst i Vänern. Genomförandet av intervjuer är en typ av plats- och åtkomstpunktsundersökning och är den bästa metoden att samla in korrekt information för att uppskatta sportfiskets ansträngning och fångst. Det finns dock nackdelar i form av stora kostnader, svår logistik och vinklade resultat då de mest entusiastiska fiskarna löper större chans att bli intervjuade. Att dela ut enkäter är en form av distansundersökning och även brevundersökning som kostar betydligt mindre än att genomföra intervjuer men brister vad gäller svarsfrekvens som i sin tur leder till vinklade resultat. En studie gjordes för att jämföra intervjuer med enkäter, där intervjuer genomfördes i Lillängshamnen på Vänerns norra kust och enkäter delades ut i olika hamnar runt hela Vänern, dock ej i Lillängshamnen. Denna undersökning visade att enkäter har en signifikant större fångst per båt än intervjuer. För att ta reda på mer om hur genomförandet av intervjuer skulle kunna förbättras undersöktes hur vädret påverkade antalet intervjuer som genomfördes. Man fick en negativ korrelation mellan antalet genomförda intervjuer och vindhastighet där ytterst få intervjuer genomfördes i vindhastigheter över 5-8 meter per sekund. Det finns förbättringspotential vad gäller både genomförandet av intervjuer och enkätundersökningar, bland annat mer personal till att kunna intervjua fler folk i olika hamnar och uppföljning på de enkäter som inte svarats på.

Thesis (M.Sc.)--University of Adelaide, School of Earth and Environmental Sciences, Discipline of Environmental Biology, 2006. / "January 2006" Bibliography: p. 106-108. Also available in print form.

Tesis presentada como parte de los requisitos para optar al Grado de Magister en Ciencias de la Acuicultura / El mejoramiento genético es un elemento esencial en la acuicultura que permite, de forma continua, mejorar la eficiencia y la productividad de todo el modelo productivo y económico (Duncan et al., 2013). El mejoramiento genético en salmones se realiza mediante la selección artificial de las poblaciones de cultivo, en rasgos de relevancia económica que impactan en el crecimiento de los peces, en el rendimiento y en la calidad del producto final (Gjedrem 2012). Los programas de mejoramiento en salmones se iniciaron formalmente en Noruega a través de la empresa AKVAFORSK en 1975 (Gjedrem 2009). El principal y primer rasgo utilizado, que aporta valor económico para la empresa, es el peso a la cosecha, o su índice, la tasa de crecimiento especifico, y que con el paso de los años se ha consolidado como el principal criterio de selección para la industria salmonera e incorporado en la mayoría de los programas de mejoramiento genético a nivel mundial (Hershberger et al., 1990; Neira et al., 1997; Gjedrem 2000).