O estudo foi feito através de séries históricas de dados de um incubatório pertencente a uma integração avícola do Rio Grande do Sul, durante os anos de 1999 a 2003, com os quais foram feitas análises do tipo observacional analítico e transversal. Primeiramente usou-se os registros de 5 linhagens de frangos utilizadas pela empresa no transcorrer do período de 23 de fevereiro de 1995 a 25 de janeiro de 2002. As linhagens foram identificadas da seguinte forma: COBB, HIGH YIELD, MPK, ROSS308, e X. Esses 81 lotes analisados foram estudados através dos seus respectivos registros que continham: o número inicial de fêmeas, número inicial de machos, ração total/cabeça, ração/cabeça/inicial/recria, ração/cabeça/inicial/postura, ovos postos, ração p/ovo posto, pintos nascidos, percentagem viabilidade postura fêmea, percentagem viabilidade postura machos. O método aqui proposto provou ser capaz de classificar as linhagens a partir das entradas escolhidas. Na linhagem que apresentava uma grande quantidade de amostras a classificação foi muito precisa. Nas demais, com menor número de dados, a classificação foi efetuada, e, como era de se esperar, os resultados foram menos consistentes. Com o mesmo banco de dados dos lotes fechados, realizou-se a segunda etapa da dissertação. Nela, procedeu-se o treinamento das redes neurais artificiais onde foram utilizadas as seguintes variáveis de saída: ovos incubáveis, percentagem de ovos incubáveis, ovos incubados, percentagem de ovos incubados, pintos nascidos e pintos aproveitáveis. Os resultados apresentaram R2 oscilando entre 0,93 e 0,99 e o erro médio e o quadrado médio do erro ajustados, demonstrando a utilidade das redes para explicar as variáveis de saída. Na terceira e última etapa da dissertação, destinada à validação dos modelos, foram usados quatro arquivos distintos denominados da seguinte forma: INPESO (3.110 linhas de registros de pesos dos reprodutores), ININFO (56.018 linhas de registros com as informações diárias do ocorrido nas granjas de reprodução até o incubatório), INOVOS (35.000 linhas de registros com informações sobre os ovos processados), INNASC: 43.828 linhas de registros com informações sobre os nascimentos. O modelo gerado para o ano de 1999 foi capaz de predizer corretamente os resultados deste mesmo ano e dos anos de 2000, 2001, 2002 e 2003. O mesmo procedimento foi repetido criando modelo com os registros do ano em questão e validando-o com os registros dos anos subseqüentes. Em todas as ocasiões foram obtidos bons resultados traduzidos por um alto valor no R2. Concluindo, os fenômenos próprios do incubatório puderam ser explicados através das redes neurais artificiais. A técnica, seguindo a mesma tendência das dissertações que anteriormente já haviam demonstrado que esta metodologia pode ser utilizada para o gerenciamento de reprodutoras pesadas e de frangos de corte, pode realizar simulações, predições e medir a contribuição de cada variável no fenômeno observado, tornando-se uma poderosa ferramenta para o gerenciamento do incubatório e num suporte cientificamente alicerçado para a tomada de decisão.

A Escherichia coli é um microorganismo pertencente à flora bacteriana entérica de animais e seres humanos, estando amplamente disseminada na natureza. A colonização intestinal ocorre logo após o nascimento, sendo que 10 a 20% das E. coli podem ser potencialmente patogênicas para as aves. Esta bactéria representa um problema econômico na indústria avícola, pois é responsável por causar as colibaciloses. Este termo refere-se a qualquer tipo de infecção, localizada ou sistêmica, causadas total ou parcialmente por amostras patogênicas de E. coli. Como exemplos, podem-se citar os problemas respiratórios, como aerosaculite e pneumonias, além de peritonite, onfalite, salpingite e sinovite, entre outros. Além disso, a E. coli é o agente mais freqüentemente isolado nos casos de celulite aviária, provocando lesões cutâneas que levam as carcaças à condenação total ou parcial no momento do abate, provocando relevantes prejuízos. O objetivo deste trabalho foi verificar o perfil bioquímico de 261 amostras de E. coli, obtidas a partir de diferentes materiais de origem aviária, coletados no Rio Grande do Sul. Posteriormente, estes resultados foram associados com os Índices de Patogenicidade (IP) de cada amostra, verificando a possibilidade de relacioná-los. Além do teste de hemólise, foram realizadas 21 provas bioquímicas, sendo dez variáveis para E. coli. Dentre os testes variáveis, a melibiose, o sorbitol e a ramnose foram considerados positivos para as bactérias analisadas, pois mais de 90% das amostras fermentaram estes carboidratos. A salicina, a sacarose, a rafinose, o adonitol e o dulcitol, bem como a arginina e a ornitina continuaram apresentando-se como testes variáveis para E. coli. Os demais testes tiveram resultados positivos ou negativos de acordo com o esperado para E. coli. Constatou-se que as amostras positivas para arginina, dulcitol, rafinose e sacarose têm maiores Índices de Patogenicidade que as negativas. Por outro lado, as amostras negativas para a salicina e para o teste de indol também possuem IP’s mais altos que as positivas. Os resultados dos testes também foram analisados agrupando-se as amostras de acordo com a sua origem (quadros respiratórios, camas de aviários e lesões de celulite), apontando-se diferenças nos IP ao compará-los entre si. / The Escherichia coli are microorganisms that belong to the enteric bacterial flora of animals and humans, and are widespread in the nature. The intestinal colonization occurs right after de birth, as 10 to 20% could be potentially pathogenic to birds. The E. coli represents an economic trouble in the poultry industry, as it’s the responsible for causing the colibacilosis. This term refers to any kind of infection, localized or systemic, caused entirely or partly by pathogenic E. coli. As examples, it’s possible to quote the respiratory problems, as aerosaculitis and pneumonia, yonder peritonitis, onfalitis, salpingitis and sinovitis, among others symptoms. Besides that, E. coli is the most frequently isolated agent in avian cellulitis cases, promoting cutaneous lesions that brings the carcasses to total or partial condemnation in the abattoir, resulting in relevant prejudices. The objective of the present work was to verify the biochemical profile of 261 E. coli samples, obtained from different avian materials, collected in Rio Grande do Sul. Later, these results were associated to the Pathogenic Index (PI) of each sample, to verify if it was possible to relate them. Besides the hemolysis test, 21 biochemical’s tests were done, as ten were variable for E. coli. Among the variable tests, the melibiose, sorbitol and rhamnose were considered positive for the analyzed samples, as more than 90% fermented these carbohydrates. The salicin, sucrose, raffinose, adonitol and dulcitol, as arginine and ornithine still variable to E. coli. The results of the rest of the tests (positives and negatives) agree with what were expected for E. coli. It was noticed that the samples that were positive for arginine, dulcitol, raffinose and sucrose have higher Pathogenic Indexes than the others. On the other hand, the samples that were negative for salicin and indole test also possess high PI’s. The results of those tests were also analyzed aggregating the samples according to their origin (respiratory symptoms, avian litter and celullitis lesions), pointing to differences in the PI when comparing to each other.

Submitted by Ana Paula Lisboa Monteiro (monteiro@univates.br) on 2012-09-14T19:30:29Z No. of bitstreams: 3 DaianiFaleiro.pdf: 1520581 bytes, checksum: 9ff92fe1f2e23208f4aa25be70f88356 (MD5) license_text: 19841 bytes, checksum: 246811f83c7138920fc740114fa4b6ff (MD5) license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-14T19:30:29Z (GMT). No. of bitstreams: 3 DaianiFaleiro.pdf: 1520581 bytes, checksum: 9ff92fe1f2e23208f4aa25be70f88356 (MD5) license_text: 19841 bytes, checksum: 246811f83c7138920fc740114fa4b6ff (MD5) license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) / O controle de ácaros praga é fundamental para a manutenção da biossegurança de uma granja avícola, a ausência desse controle potencializa o risco de problemas sanitários e prejuízos econômicos. Dermanyssus gallinae (De Geer, 1778) é um ácaro hematófago associado às aves reprodutoras e poedeiras. Cheyletus malaccensis (Oudemans, 1903) comumente controla ácaros praga em grãos armazenados. O presente estudo buscou conhecer a acarofauna associada a ninhos abandonados por pássaros e aos diversos ambientes de aviários de postura de ovos comerciais, no Vale do Taquari, Rio Grande do Sul, avaliar a bioecologia da acarofauna associada a granja e avaliar as características biológicas de Cheyletus malaccensis alimentando-se de Dermanyssus gallinae, em laboratório, nas temperaturas de 20°C, 25°C e 30°C. As coletas de ácaros foram realizadas entre os meses de dezembro de 2010 e julho de 2011. Junto à granja de postura, foram amostrados dois aviários convencionais (Gaiola) e dois onde as aves ficam livres e tem ninhos a disposição (Livre). Foram dispostas 5 armadilhas de papelão/ galpão, substituídas quinzenalmente, foram coletadas três penas de nove aves/ galpão/ mês e em cada galpão Livre, foi coletado substrato de cinco ninhos/ mês. Ninhos abandonados por pássaros foram coletados aleatoriamente no Vale do Taquari e, assim como o substrato dos ninhos da granja, foram expostos em funil de Berlese. Um total de 11.757 ácaros pertencentes a 21 famílias e 31 espécies foram encontrados no estudo. Cerca de 99% dos espécimes foram coletados na granja. A família Cheyletidae mostrou maior riqueza de espécies, com quatro espécies, seguida da família Blattisocidade com três espécies. Dermanyssidae apresentou maior abundância, com 5.689 espécimes, seguido por Analgidae, com 2.175 espécimes. Maiores índices ecológicos de diversidade foram observados em ninhos do sistema Livre, seguido das armadilhas de papelão e por último, penas. A diversidade total e Variância Jackknife de 1o ordem (S2) foram significativos em armadilhas nos dois sistemas de alojamento. Nas armadilhas, a diversidade foi maior no sistema Gaiola, mas no sistema Livre foi observada maior abundância. Nas armadilhas, Dermanyssus gallinae foi a única espécie constante e eudominante. Nos ninhos da granja, Cheyletus malaccensis, Chortoglyphus arcuatus (Troupeau, 1879) e Tyrophagus putrescentiae (Schrank, 1781) foram constante e eudominante. Nas penas, Megninia ginglymura (Mégnin, 1877) foi constante, eudominante e a mais abundante. Em laboratório, Cheyletus malaccensis alimentou-se de diferentes estádios de Dermanyssus gallinae e completou seu desenvolvimento. Iniciou-se o estudo com 30 ovos individualizados em arenas para cada temperatura testada. Ovos, formas imaturas e adultas de Dermanyssus gallinae foram predadas, além disso, Cheyletus malaccensis demonstrou canibalismo, principalmente em suas fases imaturas. A temperatura influenciou de forma negativa no desenvolvimento de Cheyletus malaccensis. A maior viabilidade das fases imaturas foi a 25°C, com 70%, foi ainda nessa temperatura que ocorreu a maior fecundidade com 415,62 ±24,78 ovos/ fêmea. A duração média de cada geração em dias (T) foi maior a 20°C, com 78,41 dias. A capacidade inata em aumentar em número (rm) foi maior a 30°C com 0,12. Dermanyssus gallinae demonstrou ser uma presa adequada à Cheyletus malaccensis.

A doença de Marek (MD), causada por um alfaherpesvírus, é uma enfermidade linfoproliferativa que acomete principalmente galinhas. Como não existe tratamento, a melhor forma de prevenção e controle da MD é através do uso de vacinas atenuadas, que vêm sendo usadas desde 1970. Este trabalho descreve a análise de vacinas vivas congeladas contra o sorotipo 3 do vírus da doença de Marek (herpesvírus de peru – HVT) por PCR em tempo real (qPCR) e por cultivo em células de embrião de galinha. Foram avaliadas três vacinas (cepa FC126) provenientes de distintos fabricantes. As análises da homogeneidade inter e intra-lote apresentaram, respectivamente, média ± desvio padrão de 2,6 ± 1,7%, 2,1 ± 1,1% e 1,2 ± 0,1% e média ± desvio padrão de 1,5 ± 0,1%, 1,2 ± 0,8% e 1,0 ± 0,3% para A, B e C, respectivamente. A qPCR subestimou os títulos das vacinas concentradas 4x e superestimou os títulos das vacinas diluídas 8x, enquanto o cultivo celular superestimou os títulos das vacinas concentradas. As vacinas apresentaram quantidades diferentes de células/dose e unidade formadoras de placa/dose. Conseqüentemente, a relação PFU/célula também foi diferente, o que demonstra a necessidade de construção de curvas diferentes, para cada fabricante, para a titulação por qPCR.

Ornithobacterium rhinotracheale é uma bactéria associada com doença respiratória, decréscimo no crescimento, condenação de carcaças e mortalidade em galinhas e perus. Esta bactéria tem sido isolada em vários países e, recentemente, foi isolada no Brasil pelo nosso grupo que também estabeleceu um protocolo de reação em cadeia da polimerase (PCR) para a sua detecção e identificação e determinou a prevalência de anticorpos contra esta bactéria em plantéis comerciais de frangos e de matrizes da Região Sul do Brasil. O presente trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de O. rhinotracheale através de sorotipificação, resistência a antimicrobianos e single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SAFLP). Vinte e sete isolados foram compatíveis com esta espécie através de isolamento em ágar sangue com gentamicina, coloração de Gram, teste de aglutinação em lâmina e reação em cadeia da polimerase. Dezenove isolados foram classificados como sorotipo A, seis não puderam ser sorotipificados com o painel de soros existentes e dois pertenceram ao sorotipo C. Vinte e cinco isolados foram sensíveis à norfloxacina, amoxicilina, doxiciclina, lincomicina e cefalotina, dois isolados foram resistentes à neomicina e 18 foram resistentes à sulfametoxazol/trimetoprima. Na análise de SAFLP, 22 isolados apresentaram padrão idêntico e os cinco isolados restantes foram classificados em cinco padrões distintos. Os resultados da sorotipificação indicaram que o sorotipo A de O. rhinotracheale é predominante em criações comerciais no Brasil. Os isolados brasileiros foram sensíveis à maioria dos antimicrobianos testados. O poder discriminatório do teste de suscetibilidade a antimicrobianos foi maior do que a sorotipificação e SAFLP, porém o método de SAFLP gerou um maior número de padrões, sugerindo que possa ser utilizado como ferramenta em estudos epidemiológicos.

A avicultura brasileira é uma das áreas mais tecnificadas, produzindo com eficiência e exigindo máximo de desempenho da ave. Desta forma, existe uma constante busca para a manutenção de um bom status sanitário das aves, sendo que as patologias do sistema digestivo assumem um papel representativo. Com a crescente preocupação com a saúde intestinal das aves, têm sido realizados diversos estudos envolvendo a análise morfométrica do intestino. Este trabalho apresenta quatro experimentos distintos. O primeiro visa avaliar três porções intestinais (duodeno, jejuno e íleo) de 15 aves, com 13 dias de idade, para saber qual a melhor forma de clivagem para a obtenção do maior número de vilos viáveis para medição. Os intestinos foram coletados de duas formas, fechados e abertos. As amostras fechadas foram clivadas de forma transversal (T), hemicilindro (H) e longitudinal (L); já as amostras abertas apenas clivadas de forma transversal. Foram desidratadas, impregnadas em parafina e avaliadas os seguintes itens: número de campos observáveis e a contagem dos vilos viáveis para medição. O Experimento 2 foi realizado com 40 aves de 42 dias de idade, sacrificadas por eletrocussão. Foram coletadas porções do jejuno destes animais. O lúmen intestinal foi lavado com formalina a 10% e fixados no mesmo meio. Após clivadas (LC), foram confeccionadas lâminas histológicas e contado o número de células caliciformes e diversas estruturas mensuradas (altura e largura de vilo, altura do enterócito e do seu núcleo, altura dos microvilos, diâmetro de cripta e espessura de parede). No Experimento 3 foram utilizadas 20 aves (42 dias de idade) para a avaliação do efeito do tempos pós-morte sobre a morfometria intestinal. Foram estudados intestinos fixados imediatamente após o sacrifício do animas (T1), 10, 20, 30 e 60 minutos após a morte. O Experimento 4 consta da aplicação dos valores das variáveis do Experimento 2 na fórmula sugerida por Kisielinski et al (2002), para o cálculo da área da superfície de absorção intestinal, contudo teve caráter meramente ilustrativo. Analisando os resultados determinou-se que a porção intestinal que mais se presta a análise morfométrica é o jejuno, este coletado fechado e clivado na forma de hemicilindro. A avaliação morfométrica apresentou grande variabilidade, por este motivo se decidiu sugerir valores relativos ao invés de absolutos para estudos futuros. Foi observado, também, que somente as amostras coletadas em tempo menor de 10 minutos após a morte da ave são viáveis para o estudo morfométrico, seguindo o exigente protocolo estabelecido no presente estudo. Por fim, podemos afirmar que o estudo morfométrico intestinal requer uma série de cuidados, tanto para a obtenção das amostras, quanto para a análise das variáveis medidas. / Brazilian poultry is one of the most technologically advanced industries in this country, with efficient production demanding maximum performance to the bird. Thus, there is a constant search by maintaining good health status of the birds, and the digestive diseases play a representative role. With the growing concern to the intestinal health of birds, several studies have been conducted involving the morphometry analysis of the intestine. This paper presents four different experiments. The first one evaluated three intestinal portions (duodenum, jejunum and ileum) of 15 birds, 13 days of age, in order to know how was the best cut in the intestine to obtain the highest number of viable villi for measurement. The intestines were collected both open and closed. The samples were cut in cross, lengthwise and hemicylinder sections; whereas in the open samples were only made cross sections. All samples were dried, impregnated in paraffin and evaluated the following items: number of observable fields and villi that were feasible to perform measurements. Experiment 2 was conducted with 40 birds, 42 days old, from these animals were collected jejunum portions. The intestinal lumen was washed with 10% buffered formalin and fixed in the same way as in the first experiment. After the lengthwise-curved section, histological slides were prepared and counted the number of goblet cells and measured various structures as height and width of villus, enterocyte and its core, microvilli height, crypt diameter and wall thickness. In Experiment 3 were used 20 birds (42 days old) to evaluate the effect of the time postmortem over intestinal morphology. The intestines sections were studied immediately after birds sacrifice (T1), 10, 20, 30 and 60 minutes after death. In Experiment 4 was included the application of the values of variables obtained in Experiment 2 in the formula suggested by Kisielinski et al (2002), to determine the intestinal absorption capacity, but it had just illustrative character. The result analysis of experiments 1 to 3 showed that jejunum is the intestinal portion with better results for morphometric analysis, especially when the intestine is collected closed and the cuts are done as lengthwise-curve sections. The morphometric analysis showed a huge variability; therefore it was decided to suggest relative values rather than absolute values for future studies. It was also observed that only the samples collected in less than 10 minutes postmortem are viable for the morphometric study, following the demanding protocol established in this study. Finally, we can say that the intestinal morphometric study requires a lot of care, both for obtaining the samples, and for the analysis of the measured variables.

O estudo foi feito através de um banco de registros de amostras de Escherichia coli, isoladas de frangos de corte. Na presente tese foram utilizadas 246 amostras do patógeno citado acima, com todas as características utilizadas em recentes trabalhos acadêmicos. Para a classificação das amostras utilizou-se a inteligência artificial, onde traçou-se uma interrelação entre as variáveis usadas: origem (lesões cutâneas, quadros respiratórios, cama), motilidade das amostras, lesões causadas (aerossaculite, pericardite, peritonite, periepatite, celulite), IP, genes (cvaC, iss, iutA, falA, Kpsll, papC, tsh), 14 anitimicrobianos (Amicacina, Amoxacilina e Ácido clavulânico, Ampicilina, Cefalexina, Cefuroxina, Ceftiofur, Ciprofloxacina, Clindamicina, Cotrimoxazol, Enrofloxacina, Gentamicina, Norfloxacina, Ofloxacina, Tetraciclina) e os bioquímicos variáveis (Adonitol, Ornitina, Arginina, Dulcitol, Salicina, Sacarose, Rafinose). No total foram feitas durante a tese em torno de 140 redes neurais, das quais foram utilizadas somente as que melhor apresentaram uma classificação correta e dentre estas as que continham um número menor de variáveis envolvidas. Durante o trabalho foram anexados 5 artigos científicos. Os artigos foram intitulados da seguinte maneira: Resistência antimicrobiana de amostras de Escherichia coli oriundas de camas de aviários, lesões de celulite e de quadros respiratórios de frangos de corte do Rio Grande do Sul; Utilização de inteligência artificial (redes neurais artificiais) para classificar a resistência antimicrobiana de amostras de Escherichia coli isoladas de frango de corte; Utilização de inteligência artificial (redes neurais artificiais) para a classificação do comportamento bioquímico de amostras de Escherichia coli isoladas de frangos de corte; Use of artificial intelligence (artificial meural networks) to classify the pathogenicity of Escherichia coli isolates from broilers; Genes associated with pathogenicity of avian Escherichia coli (APEC) isolated from respiratory cases of poultry. Nos primeiro artigo observou-se uma multi-resistência a pelo menos duas das 14 drogas utilizadas. No segundo artigo citado, notou-se que dentre as amostras analisadas corretamente apresentaram uma porcentagem de 84% a 100% nas amostras intermediárias, 81% a 100% para as resistentes, 89% a 100% sensíveis. No terceiro trabalho, foi concluído que as redes feitas foram capazes de classificar corretamente as amostras com uma amplitude de 87,80% a 98,73%. Além disso, a sensibilidade e a especificidade das classificações obtidas variam de 59,32% a 99,47% e de 80,00% a 98,54%, respectivamente. No quarto artigo, seguindo a ordem descrita acima, as redes construídas que usaram 11 categorias dos índices de patogenicidade, apresentaram 54,27% de classificações corretas, no entanto quando foram usadas somente 3 categorias essa porcentagem subiu para 80,55%. Houve um aumento das classificações corretas para 83,96% quando as categorias foram apenas duas. No quinto artigo, foram usadas um total de 61 amostras de Escherichia coli, onde foram testadas a presença dos genes citados no início deste resumo, e houve uma presença de 73,8% do gene iss, 55,7% do tsh, 45,9% do iutA, 39,3% do felA, o papc apareceu em 24,3% das amostras, o cvaC em 23%, e por fim, o kpsll em 18%. Mais uma vez pode-se afirmar, que o uso das redes neurais artificiais cada mais, está servindo como uma ferramenta que dá um suporte científico para a tomada de decisão. / This study was made using a data bank with samples of Escherichia coli, isolated from broilers. In the present thesis, 246 samples of the mentioned pathogenic bacteria, which were cited above, with all the characteristics used in recent academic works. For the classification of the samples, artificial intelligence was used, and a correlation between the taken variables was established: origin (cutaneous lesions, lesions of poultry with respiratory signals, litter of poultry house), motility of the samples, injuries (aerosaculitis, pericarditis, peritonitis, periepatitis, celullitis), PI, genes (cvaC, iss, iutA, falA, Kpsll, papC, tsh), 14 antimicrobials (Amikacyn, Amoxacillin and clavulanic acid, Ampicilin, Cefalexin, Cefuroxime, Ceftiofur, Ciprofloxacin, Clindamycin, Cotrimoxazole, Enrofloxacin, Gentamycin, Norfloxacin, Ofloxacin, Tetracyclin) and the biochemical profile (Adonitol, Ornithine, Arginine, Dulcitol, Salicin, Sucrose, Raffinose). In this thesis, 140 neural networks were constructed, from which the ones that presented the best correct classifications, and the ones that used the lesser number of variables were chosen. Five scientific articles were annexed. The articles were entitled in the following way: Antimicrobial resistance of samples of Escherichia coli from litter of poultry house, celullitis lesions, and lesions of poultry with respiratory signals in broilers of Rio Grande do Sul; The use of artificial intelligence (artificial neural networks) to classify the antimicrobial resistance isolated from samples of Escherichia coli in broilers; The use of artificial intelligence (artificial neural networks) to classify the biochemical profile of samples isolated from Escherichia coli in broilers; The use of artificial intelligence (artificial neural networks) to classify the pathogenicity of Escherichia coli isolates from broilers; Genes associated with pathogenicity of avian Escherichia coli (APEC) isolated from respiratory cases of poultry. In the first article a multi resistance at least to two of the 14 used drugs was observed. In the second article, it was noticed that 84% to 100% were intermediate, 81% to 100% were resistant, and 89% to 100% were sensible. In the third work, it was concluded that the neural networks were able to classify correctly with an amplitude from 87.80% to 98.73%. Moreover, the sensitivity and the specificity of the gotten classifications vary from 59.32% to 99.47% and from 80.00% to 98.54%, respectively. In the fourth article, following the described order above, the constructed neural networks, which used 11 categories of the pathogenicity indices, presented 54.27% of correct classifications, when just 3 categories were used, the correct classification went up to 80,55%. There was an increase in the correct classifications to 83.96% when the categories were only two. In the fifth paper, it was used a total of 61 samples of Escherichia coli, and tested the presence of the cited genes at the beginning of this summary, and the presence was 73.8% of the gene iss, 55.7% of tsh, 45.9% of iutA, 39.3% of felA, papc appeared in 24.3% of the samples, cvaC in 23%, and finally, kpsll in 18%. One more time, it can be affirmed that the use of artificial neural networks is serving as a tool to provide a scientific support for the decision making.

O estudo foi feito através de um banco de registros de amostras de Escherichia coli, isoladas de frangos de corte. Na presente tese foram utilizadas 246 amostras do patógeno citado acima, com todas as características utilizadas em recentes trabalhos acadêmicos. Para a classificação das amostras utilizou-se a inteligência artificial, onde traçou-se uma interrelação entre as variáveis usadas: origem (lesões cutâneas, quadros respiratórios, cama), motilidade das amostras, lesões causadas (aerossaculite, pericardite, peritonite, periepatite, celulite), IP, genes (cvaC, iss, iutA, falA, Kpsll, papC, tsh), 14 anitimicrobianos (Amicacina, Amoxacilina e Ácido clavulânico, Ampicilina, Cefalexina, Cefuroxina, Ceftiofur, Ciprofloxacina, Clindamicina, Cotrimoxazol, Enrofloxacina, Gentamicina, Norfloxacina, Ofloxacina, Tetraciclina) e os bioquímicos variáveis (Adonitol, Ornitina, Arginina, Dulcitol, Salicina, Sacarose, Rafinose). No total foram feitas durante a tese em torno de 140 redes neurais, das quais foram utilizadas somente as que melhor apresentaram uma classificação correta e dentre estas as que continham um número menor de variáveis envolvidas. Durante o trabalho foram anexados 5 artigos científicos. Os artigos foram intitulados da seguinte maneira: Resistência antimicrobiana de amostras de Escherichia coli oriundas de camas de aviários, lesões de celulite e de quadros respiratórios de frangos de corte do Rio Grande do Sul; Utilização de inteligência artificial (redes neurais artificiais) para classificar a resistência antimicrobiana de amostras de Escherichia coli isoladas de frango de corte; Utilização de inteligência artificial (redes neurais artificiais) para a classificação do comportamento bioquímico de amostras de Escherichia coli isoladas de frangos de corte; Use of artificial intelligence (artificial meural networks) to classify the pathogenicity of Escherichia coli isolates from broilers; Genes associated with pathogenicity of avian Escherichia coli (APEC) isolated from respiratory cases of poultry. Nos primeiro artigo observou-se uma multi-resistência a pelo menos duas das 14 drogas utilizadas. No segundo artigo citado, notou-se que dentre as amostras analisadas corretamente apresentaram uma porcentagem de 84% a 100% nas amostras intermediárias, 81% a 100% para as resistentes, 89% a 100% sensíveis. No terceiro trabalho, foi concluído que as redes feitas foram capazes de classificar corretamente as amostras com uma amplitude de 87,80% a 98,73%. Além disso, a sensibilidade e a especificidade das classificações obtidas variam de 59,32% a 99,47% e de 80,00% a 98,54%, respectivamente. No quarto artigo, seguindo a ordem descrita acima, as redes construídas que usaram 11 categorias dos índices de patogenicidade, apresentaram 54,27% de classificações corretas, no entanto quando foram usadas somente 3 categorias essa porcentagem subiu para 80,55%. Houve um aumento das classificações corretas para 83,96% quando as categorias foram apenas duas. No quinto artigo, foram usadas um total de 61 amostras de Escherichia coli, onde foram testadas a presença dos genes citados no início deste resumo, e houve uma presença de 73,8% do gene iss, 55,7% do tsh, 45,9% do iutA, 39,3% do felA, o papc apareceu em 24,3% das amostras, o cvaC em 23%, e por fim, o kpsll em 18%. Mais uma vez pode-se afirmar, que o uso das redes neurais artificiais cada mais, está servindo como uma ferramenta que dá um suporte científico para a tomada de decisão. / This study was made using a data bank with samples of Escherichia coli, isolated from broilers. In the present thesis, 246 samples of the mentioned pathogenic bacteria, which were cited above, with all the characteristics used in recent academic works. For the classification of the samples, artificial intelligence was used, and a correlation between the taken variables was established: origin (cutaneous lesions, lesions of poultry with respiratory signals, litter of poultry house), motility of the samples, injuries (aerosaculitis, pericarditis, peritonitis, periepatitis, celullitis), PI, genes (cvaC, iss, iutA, falA, Kpsll, papC, tsh), 14 antimicrobials (Amikacyn, Amoxacillin and clavulanic acid, Ampicilin, Cefalexin, Cefuroxime, Ceftiofur, Ciprofloxacin, Clindamycin, Cotrimoxazole, Enrofloxacin, Gentamycin, Norfloxacin, Ofloxacin, Tetracyclin) and the biochemical profile (Adonitol, Ornithine, Arginine, Dulcitol, Salicin, Sucrose, Raffinose). In this thesis, 140 neural networks were constructed, from which the ones that presented the best correct classifications, and the ones that used the lesser number of variables were chosen. Five scientific articles were annexed. The articles were entitled in the following way: Antimicrobial resistance of samples of Escherichia coli from litter of poultry house, celullitis lesions, and lesions of poultry with respiratory signals in broilers of Rio Grande do Sul; The use of artificial intelligence (artificial neural networks) to classify the antimicrobial resistance isolated from samples of Escherichia coli in broilers; The use of artificial intelligence (artificial neural networks) to classify the biochemical profile of samples isolated from Escherichia coli in broilers; The use of artificial intelligence (artificial neural networks) to classify the pathogenicity of Escherichia coli isolates from broilers; Genes associated with pathogenicity of avian Escherichia coli (APEC) isolated from respiratory cases of poultry. In the first article a multi resistance at least to two of the 14 used drugs was observed. In the second article, it was noticed that 84% to 100% were intermediate, 81% to 100% were resistant, and 89% to 100% were sensible. In the third work, it was concluded that the neural networks were able to classify correctly with an amplitude from 87.80% to 98.73%. Moreover, the sensitivity and the specificity of the gotten classifications vary from 59.32% to 99.47% and from 80.00% to 98.54%, respectively. In the fourth article, following the described order above, the constructed neural networks, which used 11 categories of the pathogenicity indices, presented 54.27% of correct classifications, when just 3 categories were used, the correct classification went up to 80,55%. There was an increase in the correct classifications to 83.96% when the categories were only two. In the fifth paper, it was used a total of 61 samples of Escherichia coli, and tested the presence of the cited genes at the beginning of this summary, and the presence was 73.8% of the gene iss, 55.7% of tsh, 45.9% of iutA, 39.3% of felA, papc appeared in 24.3% of the samples, cvaC in 23%, and finally, kpsll in 18%. One more time, it can be affirmed that the use of artificial neural networks is serving as a tool to provide a scientific support for the decision making.

A doença de Marek (MD), causada por um alfaherpesvírus, é uma enfermidade linfoproliferativa que acomete principalmente galinhas. Como não existe tratamento, a melhor forma de prevenção e controle da MD é através do uso de vacinas atenuadas, que vêm sendo usadas desde 1970. Este trabalho descreve a análise de vacinas vivas congeladas contra o sorotipo 3 do vírus da doença de Marek (herpesvírus de peru – HVT) por PCR em tempo real (qPCR) e por cultivo em células de embrião de galinha. Foram avaliadas três vacinas (cepa FC126) provenientes de distintos fabricantes. As análises da homogeneidade inter e intra-lote apresentaram, respectivamente, média ± desvio padrão de 2,6 ± 1,7%, 2,1 ± 1,1% e 1,2 ± 0,1% e média ± desvio padrão de 1,5 ± 0,1%, 1,2 ± 0,8% e 1,0 ± 0,3% para A, B e C, respectivamente. A qPCR subestimou os títulos das vacinas concentradas 4x e superestimou os títulos das vacinas diluídas 8x, enquanto o cultivo celular superestimou os títulos das vacinas concentradas. As vacinas apresentaram quantidades diferentes de células/dose e unidade formadoras de placa/dose. Conseqüentemente, a relação PFU/célula também foi diferente, o que demonstra a necessidade de construção de curvas diferentes, para cada fabricante, para a titulação por qPCR.

Ornithobacterium rhinotracheale é uma bactéria associada com doença respiratória, decréscimo no crescimento, condenação de carcaças e mortalidade em galinhas e perus. Esta bactéria tem sido isolada em vários países e, recentemente, foi isolada no Brasil pelo nosso grupo que também estabeleceu um protocolo de reação em cadeia da polimerase (PCR) para a sua detecção e identificação e determinou a prevalência de anticorpos contra esta bactéria em plantéis comerciais de frangos e de matrizes da Região Sul do Brasil. O presente trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de O. rhinotracheale através de sorotipificação, resistência a antimicrobianos e single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SAFLP). Vinte e sete isolados foram compatíveis com esta espécie através de isolamento em ágar sangue com gentamicina, coloração de Gram, teste de aglutinação em lâmina e reação em cadeia da polimerase. Dezenove isolados foram classificados como sorotipo A, seis não puderam ser sorotipificados com o painel de soros existentes e dois pertenceram ao sorotipo C. Vinte e cinco isolados foram sensíveis à norfloxacina, amoxicilina, doxiciclina, lincomicina e cefalotina, dois isolados foram resistentes à neomicina e 18 foram resistentes à sulfametoxazol/trimetoprima. Na análise de SAFLP, 22 isolados apresentaram padrão idêntico e os cinco isolados restantes foram classificados em cinco padrões distintos. Os resultados da sorotipificação indicaram que o sorotipo A de O. rhinotracheale é predominante em criações comerciais no Brasil. Os isolados brasileiros foram sensíveis à maioria dos antimicrobianos testados. O poder discriminatório do teste de suscetibilidade a antimicrobianos foi maior do que a sorotipificação e SAFLP, porém o método de SAFLP gerou um maior número de padrões, sugerindo que possa ser utilizado como ferramenta em estudos epidemiológicos.