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Seleção genética da exploração dos braços abertos por ratos albinos e seu efeito na emocionalidade e aprendizagem / Genetic selection of an elevated plus-maze open arms by albino rats and its effect in emotion and learning.

Brito, Thiago Marques de 30 January 2015 (has links)
A seleção genética de comportamentos relacionados a um componente emocional do tipo ansiedade, associada ao estudo das possíveis influências desse traço sobre outros componentes emocionais como o medo, impulsividade e tarefas de aprendizagem aversiva, podem contribuir para o entendimento da ansiedade, bem como, fornecer uma base sólida para investigações neurofisiológicas, bioquímicas e moleculares da mesma. Assim, o presente trabalho selecionou duas linhagens de ratos da linhagem Wistar: uma com característica de alta exploração dos braços abertos do labirinto em cruz-elevado (Filô-HE) e outra com baixa exploração desses braços (Filô-LE), e comparou os efeitos da seleção dessas duas linhagens sobre comportamentos associados à ansiedade, medo, impulsividade e aprendizagem aversiva. Para isso, um lote de animais fornecidos pelo Biotério Central da USP-RP foram distribuídos em dois grupos distintos: (1) os que apresentavam maior exploração dos braços abertos do Labirinto em Cruz Elevado (LCE) - (Filô-HE) e (2) os com menor exploração desses braços (Filô-LE) ao longo de doze gerações (de S1 a S12, sem contar o grupo inicial do qual derivam as gerações). Na sexta, nona e décima segunda gerações, os animais foram submetidos aos seguintes testes comportamentais: LCE, Campo Aberto (somente na décima segunda), esquiva passiva, labirinto aquático de Morris (somente na décima segunda), sobressalto (que avalia a resposta de medo), e gradiente de aversão elevado (desenvolvido em nosso laboratório para medir impulsividade). Os dados indicaram a seleção de duas linhagens de ratos Wistar com características distintas para a exploração dos braços abertos do LCE. De um lado, foi selecionada a linhagem Filô-HE, que possui como principal característica, altos índices de exploração de ambientes que geralmente são evitados por outros animais. De outro, foi selecionada (até a oitava geração), a linhagem Filô-LE, que explorava muito pouco ambientes potencialmente aversivos. Tais resultados podem ser interpretados, respectivamente, como (a) baixa e alta frequência de comportamentos associados à ansiedade e medo, (b) baixa e alta frequência de comportamentos associados à impulsividade, (c) altos e baixos níveis de dificuldade na aprendizagem relacionada a memórias emocionais, ou (d) até mesmo o efeito conjunto de todas essas características comportamentais. Porém, para um conhecimento mais confiável, é necessário que os estudos supracitados passem a explorar aspectos neurofisiológicos, psicofarmacológicos, bioquímicos e genéticos, ampliando a investigação dos componentes emocionais selecionados. Bem como, promovendo um controle mais rígido dos traços selecionados e de suas relações com outros componentes que possam interferir na seleção / The genetic selection of behaviors related to an anxiety-like emotional component, associated to the study of the possible influences of this trait over other emotional components like fear, impulsivity and aversive learning, can contribute to the understanding of anxiety as well as supply a solid basis for its neurophysiological, biochemical and molecular investigation. Thus, the present work selected two strains of Wistar rats: one characterized by a high exploration of the open arms of an elevated plus-maze (Filô-HE) and another with a low exploration of these arms (Filô-LE), and compared the effects of such a selection on behaviors associated with anxiety, fear, impulsivity and aversive learning. For this, a batch of animals supplied by the animal house of the USP at Ribeirão Preto were distributed into two distinct groups: (1) one presenting more exploration of the open arms of an elevated plus-maze (EPM) Filô-HE and (2) one with less open arm exploration Filô-LE along twelve generations (from S1 to S12, not counting the initial group from which all generations derived). On the sixth, ninth and twelfth generations the animals were submitted to the following behavioral tests: LCE, open-field (only in the twelfth generation), passive avoidance, Morris aquatic maze (only in the twelfth generation), startle (which evaluates a fear response), and elevated aversion gradient (developed in our laboratory to measure impulsivity). The data indicated a selection of two Wistar rats strains with distinct characteristics concerning the exploration of the open arms of and EPM. On the one hand, the strain Filô-HE was selected exhibiting as the main characteristic high measures of exploration of environments which are usually avoided by other animals. On the other hand, the strain Filô-LE was selected (up to the eighth generation) exhibiting very little exploration of potentially dangerous environments. These results may be interpreted as, respectively, (a) low and high frequency of behaviors associated to anxiety and fear, (b) low and high frequency of behaviors associated to impulsivity, (c) high and low levels of difficulty in learning related to emotional memories, or (d) even the joint effect of all these behavioral characteristics. However, for a more reliable knowledge it is necessary that the studies above begin to explore neurophysiological, psychopharmacological, biochemical and genetic aspects, broadening the investigation ot hte selected emotional components, as well as promoting a more strict control of the selected traits and of its relations with other components that may interfere in the selection
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Índice de seleção em cultivares de algodoeiro herbáceo / Selection index in upland cotton cultivars

Farias, Francisco José Correia 07 December 2005 (has links)
Os índices de seleção são combinações lineares de valores fenotípicos, resultando numa medida que concentra em único valor, os atributos positivos e negativos de cada genótipo para vários caracteres. Por necessitarem das estimativas das variâncias e covariâncias genotípicas e fenotípicas dos caracteres, esses índices são mais indicados para programas de seleção recorrente. Contudo, existem também outros tipos de índices não lineares, conhecidos como não paramétricos que, por não precisarem das estimativas dos parâmetros genéticos, podem ser utilizados na seleção de cultivares em fase final dos programas de melhoramento. Para essa situação, uma alternativa bastante promissora é o emprego do índice de seleção de cultivares proposto por Garcia (1998) que é uma medida de distância genética entre cada genótipo a um ideótipo. Esta técnica permite a aplicação de teste de comparação de médias e a identificação de genótipos com desempenhos abaixo dos critérios mínimos definidos pelo melhorista. Este trabalho teve como objetivos avaliar a viabilidade do índice proposto por Garcia (1998) na identificação de genótipos superiores de algodão, estimar os parâmetros de estabilidade do índice e verificar quanto da variação fenotípica do índice é de natureza genotípica. Foram utilizados quinze genótipos de algodoeiro do Ensaio Estadual de Algodoeiro Herbáceo (2000/01) avaliados em 27 locais sob o delineamento de blocos ao caso com quatro repetições. Os caracteres avaliados foram produtividade de algodão em caroço (kg/ha), altura de planta (cm), peso de um capulho (g), porcentagem de fibra (%), resistência da fibra (gf/tex), comprimento da fibra (mm), finura da fibra (IM), ramulose (notas) e bacteriose (notas) Os resultados obtidos evidenciaram que o índice proposto por Garcia (1998) identificou com eficiência as cultivares superiores com destaque para BRS AROEIRA, CNPA 97- 4565 e DELTA OPAL. As cultivares mais estáveis foram: CNPA CO 99-01, BRS IPÊ e BRS JATOBÁ, para o índice de seleção e BRS AROEIRA, BRS IPÊ e CNPA 99-01, para a produtividade. Os índices de seleção apresentaram médio e alto coeficiente de determinação genotípica, indicando que é possível antever o sucesso com a seleção utilizando as estimativas do índice proposto por Garcia (1998). Neste aspecto, recomenda-se complementar o emprego do índice de seleção com informações sobre a estabilidade e adaptabilidade das cultivares selecionadas sob condições favoráveis e desfavoráveis. / Selection indices are linear combinations of phenotypic values, which combine in one unique value the positive and negative attributes of each genotype for the characters evaluated. Because these indices need estimates of genetic and phenotypic variances and covariances, their use is best suited in recurrent selection programs. However, other types of non-linear indices also exist, and are known as non-parametric indices; these can be used in selection of cultivars at the final stage of breeding programs, since genetic parameter estimates are not a requirement. In this situation, the selection index developed by Garcia (1998) is a promising alternative. This index is an estimate of the genetic distance from each genotype to an "ideotype". This technique allows the comparison of means and the identification of genotypes with performances that meet the minimum requirements chosen by the breeder. The present work had the following objectives: to evaluate the viability of the Garcia index for the identification of superior genotypes, to estimate the stability parameters of the index and verify how much of the phenotypic variation is genotypic. Fifteen genotypes of the Upland cotton Variety Trials (Ensaio Estadual de Algodoeiro Herbáceo) - 2000/01 were evaluated in 27 locations in randomized complete block design with four replications. Characters assessed were: seed cotton yield (kg/ha), plant height (cm), boll mass (g), lint percentage (%), fiber strength (gf/tex), fiber length (mm), lint micronaire (IM), ramulosis (scores) and bacterial blight (scores). The data showed that the Garcia index identified superior cultivars successfully, as BRS AROEIRA, CNPA 97-4565 and DELTA OPAL. The most stable cultivars were: CNPA CO 99-01, BRS IPÊ and BRS JATOBÁ for selection index and BRS AROEIRA, BRS IPÊ e CNPA 99-01 for yield. The selection indices showed medium and high coefficient of genotypic determination indicating that is possible to expect selection success when the Garcia index is used. We suggest to complementing the use of the selection index with informations about stability and adaptability of the selected cultivars at favorable and unfavorable environments.
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Aplicação de equações de modelos mistos em testes clonais de Eucalyptus spp. / The aplication of mixed models equations in the Eucalyptus spp clonal experiments.

Garcia, Carlos Henrique 19 November 2004 (has links)
A avaliação genética dos candidatos à seleção é um processo fundamental ao melhoramento genético de plantas e animais. Em plantas perenes, a seleção propriamente dita deve basear-se nos valores genéticos aditivos (quando o interesse é a propagação sexuada dos indivíduos selecionados) e genotípicos (quando o interesse é a propagação assexuada dos indivíduos selecionados) preditos de todos os indivíduos avaliados em campo. As técnicas ótimas de avaliação genética envolvem simultaneamente a predição de valores genéticos e a estimação de componentes de variância, sob modelos estatísticos em nível de indivíduos. O procedimento ótimo e padrão para predição de valores genéticos é o BLUP (melhor predição linear não viciada) individual, usando estimativas de componentes de variância obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) sob modelo individual. No presente estudo, foram testados 312 clones de um experimento de Eucalyptus spp in-stalado em Eunápolis, BA, incluindo as espécies grandis, pellita e híbridos urograndis aos 7 anos de idade. Com o objetivo de selecionar os melhores clones foi obtida a Melhor Predição Linear não Viesada (BLUP) dos efeitos genotípicos via metodologia de modelos mistos e estimados os componentes de variância e parâmetros genotípicos pelo processo da Máxima Verossimilhança Restrita (REML). O vetor de soluções das equações de modelos mistos processadas pelo programa SELEGEN, desenvolvido pela Embrapa, apresenta os efeitos genotípicos preditos, ganhos de seleção e valores genotípicos preditos para cada clone. A seleção dos clones com desempenho relativo superior a 80% resultou numa nova média para volume igual a 0,519 m3 correspondendo a um aumento de 22,8% em relação à média das testemunhas (clones de E. grandis, origem Rio Claro), que foi de 0,415 m3, e ganho de 36,8% em relação à média do experimento, que foi equivalente a 0,380 m3. Foram selecionados 26 clones, sendo 23 procedentes da Aracruz (E. urograndis), dois de Avaré (híbridos de E. urophylla) e um originário de Cardwell, Austrália (E. grandis puro). / The genetic evaluation of candidates to the selection is a fundamental process to the genetic improvement of plants and animals. In perennial plants, the selection properly said should be based in the addictive genetic values (when the interest is the sexuated propagation of the selected individuals) and genotypics (when the interest is the vegetative propagation of selected individuals) predicted of all the individuals evaluated in ¯eld. The optimized techniques of genetic evaluation involve the simultaneous prediction of genetic values and the estimate of variance components, under statistical models in individual level. The optimum and standard procedure for prediction of breeding values is the BLUP (best linear unbiased prediction) individual, using estimates of variance components obtained by the method of the restricted maximum likelihood (REML) under individual model. A clonal test of Eucalyptus spp was evaluated in Eunápolis, Bahia state. The objective of this work was selecting the best clones based on Best Lineal Unbiased Prediction (BLUP) of the genotypic effects using the Mixed Models Methodology. The variance components and genotypic parameters were obtained by using the Maximum Restricted Likeli- hood (REML) process. The vector of solutions of mixed models equations, processed by the program SELEGEN, developed by Embrapa, presents the predicted genotypic effects, gain of selection and predicted genotypic values for each clone. The selection of the best clones by the REM/BLUP methodology was e±cient with high gain by selection. The selection of the clones with superior relative acting at 80% resulted in a new average for volume equal to 0,519 m3 corresponding to an increase of 22,8% in relation to the average of the witness (clones of E. grandis, from Rio Claro), and a gain of 36,8% in relation to the average of the experiment, that was equivalent at 0,380 m3. From total, 26 clones were selected, being 23 of Aracruz (E. urograndis), 2 of Avaré (hybrid of E. urophylla) and 1 of Cardwell, Australia (E. grandis).
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Associação entre polimorfismos de base única com perfil de ácidos graxos da carne em bovinos da raça Nelore, utilizando painéis de alta densidade / Association study of single nucleotide polymorphisms with fatty acid profile of the Nellore meat using high-density panels

Rezende, Romulo Germano de 12 February 2015 (has links)
Há grande preocupação por parte da população com o consumo de gorduras saturadas, e a carne bovina é geralmente tida como importante fonte da mesma. A gordura intramuscular não pode ser separada da carne para o consumo, por isso a manipulação do perfil de ácidos graxos da carne (AG's) se torna de suma importância para se obter uma carne bovina com riscos reduzidos a saúde humana. Este estudo teve como objetivo identificar regiões que influenciam na composição de AG's da carne de bovinos Nelore.para isso foi realizado análise de perfil de ácidos graxos para quantificação de ácido esteárico (C18:0), ácido palmítico (C16:0), ácido linoleico (C:18:2; 9,12 ω6), ácido linoleico conjugado (CLA) (C18:2; c9, t11), ácido linolênico (C18:3; 9,12,15 ω3), ácido oleico (C18:1; 9 ω9), do músculo Longissimus dorsi de 929 animais, que foram genotipados com o chip de alta densidade (Illumina SNP800 BeadChip).para a realização do estudo de associação ampla de genoma (GWAS), para a identificação de regiões associadas às características de interesse , e posterior identificação de genes candidatos posicionais. Para isto foram utilizados 929 bovinos da raça Nelore para a genotipagem com chip de 770K, amostras do músculo Longissimus dorsi foram coletadas para análise do perfil de AG's. Foram encontradas 148 regiões que explicam mais do que 0,04% da composição dos seis AG's avaliados. As regiões explicam em porcentagem da variação fenotípica: 1,24% para C18:0, 1,01% para C16:0, 2,31% para:18:2;, 1,34% para CLA C18:2;, 1,74% para C18:3, 1,83% para C18:1. Foram encontrados no presente estudo, 85 QTL's descritos na literatura relacionados a outras raças. Um total de 107 genes candidatos posicionais foram encontrados no presente estudo relacionados ao metabolismo de AG's. Os resultados deste estudo ajudam a elucidar as regiões que influenciam o perfil de AG da carne possibilitando sua utilização em programas de seleção assistida, com impacto a saúde humana / There is great concern among the population with the consumption of saturated fats, and beef is generally viewed as an important source of it. Intramuscular fat can not be separated from meat for consumption, so the handling of the meat fatty acid profile (AG's) becomes extremely important to obtain a beef with reduced risks to human health. This study aimed to identify regions that influence the AG's composition of Nelore meat there for was accomplished profile analysis of fatty acids for quantification of stearic acid (C18: 0), palmitic acid (C16: 0), linoleic acid (C: 18: 2; 9.12 - ω6), conjugated linoleic acid (CLA) (C18: 2; c9, t11), linolenic acid (C18: 3; 9,12,15 - ω3), oleic acid (C18 1; 9 ω9), of Longissimus dorsi of 929 animals genotyped with high density chip (Illumina BeadChip SNP800) for the realization of wide genome association study (GWAS), for identify regions associated with characteristics of interest, and subsequent identification of positional candidate genes. 929 Nelore bulls were genotyped with 770K chip, muscle Longissimus dorsi samples were collected for analysis of the AG's profile. 148 regions able to explaining more than 0.04% of the composition of the six AG's evaluated. The regions account for a percentage of the phenotypic variation: 1.24% for C18:0, 1.01% for C16:0, 2.31% for 18:2 ;, 1.34% CLA C18:2; 1 74% of C18: 3, 1.83% for C18:1. Were found in this study, 85 QTL described in the literature related to other breeds. A total of 107 positional candidate genes were foundin this study associated with fatty acids metabolism. The results of this study help to elucidate the regions that influence the AG profile of the meat allowing their use in assisted selection programs, impacting human health
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Seleção genética da exploração dos braços abertos por ratos albinos e seu efeito na emocionalidade e aprendizagem / Genetic selection of an elevated plus-maze open arms by albino rats and its effect in emotion and learning.

Thiago Marques de Brito 30 January 2015 (has links)
A seleção genética de comportamentos relacionados a um componente emocional do tipo ansiedade, associada ao estudo das possíveis influências desse traço sobre outros componentes emocionais como o medo, impulsividade e tarefas de aprendizagem aversiva, podem contribuir para o entendimento da ansiedade, bem como, fornecer uma base sólida para investigações neurofisiológicas, bioquímicas e moleculares da mesma. Assim, o presente trabalho selecionou duas linhagens de ratos da linhagem Wistar: uma com característica de alta exploração dos braços abertos do labirinto em cruz-elevado (Filô-HE) e outra com baixa exploração desses braços (Filô-LE), e comparou os efeitos da seleção dessas duas linhagens sobre comportamentos associados à ansiedade, medo, impulsividade e aprendizagem aversiva. Para isso, um lote de animais fornecidos pelo Biotério Central da USP-RP foram distribuídos em dois grupos distintos: (1) os que apresentavam maior exploração dos braços abertos do Labirinto em Cruz Elevado (LCE) - (Filô-HE) e (2) os com menor exploração desses braços (Filô-LE) ao longo de doze gerações (de S1 a S12, sem contar o grupo inicial do qual derivam as gerações). Na sexta, nona e décima segunda gerações, os animais foram submetidos aos seguintes testes comportamentais: LCE, Campo Aberto (somente na décima segunda), esquiva passiva, labirinto aquático de Morris (somente na décima segunda), sobressalto (que avalia a resposta de medo), e gradiente de aversão elevado (desenvolvido em nosso laboratório para medir impulsividade). Os dados indicaram a seleção de duas linhagens de ratos Wistar com características distintas para a exploração dos braços abertos do LCE. De um lado, foi selecionada a linhagem Filô-HE, que possui como principal característica, altos índices de exploração de ambientes que geralmente são evitados por outros animais. De outro, foi selecionada (até a oitava geração), a linhagem Filô-LE, que explorava muito pouco ambientes potencialmente aversivos. Tais resultados podem ser interpretados, respectivamente, como (a) baixa e alta frequência de comportamentos associados à ansiedade e medo, (b) baixa e alta frequência de comportamentos associados à impulsividade, (c) altos e baixos níveis de dificuldade na aprendizagem relacionada a memórias emocionais, ou (d) até mesmo o efeito conjunto de todas essas características comportamentais. Porém, para um conhecimento mais confiável, é necessário que os estudos supracitados passem a explorar aspectos neurofisiológicos, psicofarmacológicos, bioquímicos e genéticos, ampliando a investigação dos componentes emocionais selecionados. Bem como, promovendo um controle mais rígido dos traços selecionados e de suas relações com outros componentes que possam interferir na seleção / The genetic selection of behaviors related to an anxiety-like emotional component, associated to the study of the possible influences of this trait over other emotional components like fear, impulsivity and aversive learning, can contribute to the understanding of anxiety as well as supply a solid basis for its neurophysiological, biochemical and molecular investigation. Thus, the present work selected two strains of Wistar rats: one characterized by a high exploration of the open arms of an elevated plus-maze (Filô-HE) and another with a low exploration of these arms (Filô-LE), and compared the effects of such a selection on behaviors associated with anxiety, fear, impulsivity and aversive learning. For this, a batch of animals supplied by the animal house of the USP at Ribeirão Preto were distributed into two distinct groups: (1) one presenting more exploration of the open arms of an elevated plus-maze (EPM) Filô-HE and (2) one with less open arm exploration Filô-LE along twelve generations (from S1 to S12, not counting the initial group from which all generations derived). On the sixth, ninth and twelfth generations the animals were submitted to the following behavioral tests: LCE, open-field (only in the twelfth generation), passive avoidance, Morris aquatic maze (only in the twelfth generation), startle (which evaluates a fear response), and elevated aversion gradient (developed in our laboratory to measure impulsivity). The data indicated a selection of two Wistar rats strains with distinct characteristics concerning the exploration of the open arms of and EPM. On the one hand, the strain Filô-HE was selected exhibiting as the main characteristic high measures of exploration of environments which are usually avoided by other animals. On the other hand, the strain Filô-LE was selected (up to the eighth generation) exhibiting very little exploration of potentially dangerous environments. These results may be interpreted as, respectively, (a) low and high frequency of behaviors associated to anxiety and fear, (b) low and high frequency of behaviors associated to impulsivity, (c) high and low levels of difficulty in learning related to emotional memories, or (d) even the joint effect of all these behavioral characteristics. However, for a more reliable knowledge it is necessary that the studies above begin to explore neurophysiological, psychopharmacological, biochemical and genetic aspects, broadening the investigation ot hte selected emotional components, as well as promoting a more strict control of the selected traits and of its relations with other components that may interfere in the selection
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Aplicação de equações de modelos mistos em testes clonais de Eucalyptus spp. / The aplication of mixed models equations in the Eucalyptus spp clonal experiments.

Carlos Henrique Garcia 19 November 2004 (has links)
A avaliação genética dos candidatos à seleção é um processo fundamental ao melhoramento genético de plantas e animais. Em plantas perenes, a seleção propriamente dita deve basear-se nos valores genéticos aditivos (quando o interesse é a propagação sexuada dos indivíduos selecionados) e genotípicos (quando o interesse é a propagação assexuada dos indivíduos selecionados) preditos de todos os indivíduos avaliados em campo. As técnicas ótimas de avaliação genética envolvem simultaneamente a predição de valores genéticos e a estimação de componentes de variância, sob modelos estatísticos em nível de indivíduos. O procedimento ótimo e padrão para predição de valores genéticos é o BLUP (melhor predição linear não viciada) individual, usando estimativas de componentes de variância obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) sob modelo individual. No presente estudo, foram testados 312 clones de um experimento de Eucalyptus spp in-stalado em Eunápolis, BA, incluindo as espécies grandis, pellita e híbridos urograndis aos 7 anos de idade. Com o objetivo de selecionar os melhores clones foi obtida a Melhor Predição Linear não Viesada (BLUP) dos efeitos genotípicos via metodologia de modelos mistos e estimados os componentes de variância e parâmetros genotípicos pelo processo da Máxima Verossimilhança Restrita (REML). O vetor de soluções das equações de modelos mistos processadas pelo programa SELEGEN, desenvolvido pela Embrapa, apresenta os efeitos genotípicos preditos, ganhos de seleção e valores genotípicos preditos para cada clone. A seleção dos clones com desempenho relativo superior a 80% resultou numa nova média para volume igual a 0,519 m3 correspondendo a um aumento de 22,8% em relação à média das testemunhas (clones de E. grandis, origem Rio Claro), que foi de 0,415 m3, e ganho de 36,8% em relação à média do experimento, que foi equivalente a 0,380 m3. Foram selecionados 26 clones, sendo 23 procedentes da Aracruz (E. urograndis), dois de Avaré (híbridos de E. urophylla) e um originário de Cardwell, Austrália (E. grandis puro). / The genetic evaluation of candidates to the selection is a fundamental process to the genetic improvement of plants and animals. In perennial plants, the selection properly said should be based in the addictive genetic values (when the interest is the sexuated propagation of the selected individuals) and genotypics (when the interest is the vegetative propagation of selected individuals) predicted of all the individuals evaluated in ¯eld. The optimized techniques of genetic evaluation involve the simultaneous prediction of genetic values and the estimate of variance components, under statistical models in individual level. The optimum and standard procedure for prediction of breeding values is the BLUP (best linear unbiased prediction) individual, using estimates of variance components obtained by the method of the restricted maximum likelihood (REML) under individual model. A clonal test of Eucalyptus spp was evaluated in Eunápolis, Bahia state. The objective of this work was selecting the best clones based on Best Lineal Unbiased Prediction (BLUP) of the genotypic effects using the Mixed Models Methodology. The variance components and genotypic parameters were obtained by using the Maximum Restricted Likeli- hood (REML) process. The vector of solutions of mixed models equations, processed by the program SELEGEN, developed by Embrapa, presents the predicted genotypic effects, gain of selection and predicted genotypic values for each clone. The selection of the best clones by the REM/BLUP methodology was e±cient with high gain by selection. The selection of the clones with superior relative acting at 80% resulted in a new average for volume equal to 0,519 m3 corresponding to an increase of 22,8% in relation to the average of the witness (clones of E. grandis, from Rio Claro), and a gain of 36,8% in relation to the average of the experiment, that was equivalent at 0,380 m3. From total, 26 clones were selected, being 23 of Aracruz (E. urograndis), 2 of Avaré (hybrid of E. urophylla) and 1 of Cardwell, Australia (E. grandis).
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Desempenho, características de carcaça e qualidade de carne de bovinos Nelore com diferentes potenciais genéticos para crescimento pós-desmama / Performance, carcass characteristics and meat quality of Nellore young bulls with different genetics potentials for post-weaning growth

Juliana da Silva 31 August 2018 (has links)
O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho, características de carcaça e qualidade de carne de bovinos Nelore com diferentes potenciais genéticos para crescimento pós-desmama pela diferença esperada na progênie (DEP). Foram utilizados 147 machos não-castrados da raça Nelore, com peso corporal médio inicial de 412 ± 54kg e média de idade de 19 meses, provenientes de recria em sistema de pastejo contínuo. Os animais foram distribuídos em um delineamento inteiramente casualizado e divididos dois tratamentos em função do potencial genético para crescimento: 1) alta taxa de crescimento (TC+) representada pela média de 11,50 kg e 2) baixa taxa de crescimento (TC-) representada pela média de -1,0 kg. Os animais foram confinados por um período de 100 dias, sendo os primeiros 21 dias de adaptação à dieta e as instalações. A dieta continha 73% de concentrado e 27% de volumoso (silagem de milho). No início do período experimental e a cada 28 dias todos os animais foram pesados e submetidos a avaliações de ultrassonografia. A ingestão de matéria seca foi avaliada diariamente, para ajuste da oferta e avaliação da eficiência alimentar. Ao fim do período de confinamento, todos animais foram abatidos, o peso de carcaça quente e a gordura pélvica, renal e inguinal foram pesados. Após 24 horas, foi avaliado o pH final e a meia carcaça esquerda foi seccionada entre a 12ª e 13ª costelas. As meias carcaças seguiram para desossa completa para análise de rendimentos dos cortes cárneos comerciais, em seguida amostras foram retiradas do contrafilé para posterior análise de cor, perdas de peso por cozimento, força de cisalhamento, comprimento de sarcômero e análise sensorial. Houve efeito da TC sobre o peso corporal final (P = 0,04), sendo que os animais de alta TC apresentaram maiores pesos. Não houve efeito da TC para AOL, EGS e espessura de gordura da picanha (Biceps femoris) avaliados pela ultrassonografia; no entanto, houve diferença significativa para o período de coleta das imagens (P < 0,05). Com relação ao rendimento dos cortes cárneos comerciais, animais de alta TC tiveram a ponta de peito (P = 0,01) e músculo traseiro (P = 0,07) mais pesados em relação aos animais de baixa TC. A DEP não influenciou a qualidade das características sensoriais da carne dos animais exceto para a cor, sendo que os valores de L* (P = 0,03) foram maiores para animais de baixa TC, no entanto, os maiores valores de a* (P = 0,06) foram expressados pelo grupo de alta TC. Além disso, para todas as variáveis de qualidade, houve efeito do tempo de maturação (P > 0,05). Em conclusão, o potencial genético para o crescimento pós-desmama não afetou a maioria das características, incluindo desempenho, produção de carne e qualidade no final do período de terminação. / The aim of this study was to evaluated the performance, carcass characteristics and meat quality of Nellore young bulls with different genetics potentials for post-weaning growth for expected progeny differences (EPD\'s). A total of 147 Nellore bulls with average initial body weight (412 ± 54kg) and 19 months old, were distributed in a completely randomized design and divided into two groups according with growth rate: 1) high growth rate (GR+) represented by the mean of 11.50 kg and 2) low growth rate (GR-) represented by the average of -1.0 kg . The animals were in a feedlot system for a total 100 days, with the first 21 days of adaptation to the diet and facilities. The finishing diet was composed by 73 % concentrate and 27 % corn silage. At the beginning of the experimental period and every 28 days all animals were weighed and submitted to ultrasound evaluations. Dry matter intake was measured daily. At the end of the feedlot period, all animals were slaughtered and the hot carcass weigth and internal fat were recorded. After 24 hours, the final pH was evaluated and the left half carcass was sectioned between the 12 th and 13 th ribs. The half carcass was completely deboning to analyze the wholesale cuts. In addition, longissimus was sampled to analyze color, cooking loss, tenderness, sarcomere length and sensory property. There was an effect of GR on the final body weight (P = 0.04), where the group of animals with high EPD presented higher weights. There was no effect of GR for longissimus muscle area (LMA), fat thickness (FAT) and rump fat (Biceps femoris) evaluated by ultrasonography; however, there was a significant difference for the collection period (P > 0.05). Regarding the wholesale cuts, animals of higher GR had the heavier (P = 0.01) and hind muscle (P = 0.07) weights than the animals of lower GR. The GR did not influence the quality sensory characteristics of the meat of the animals except for the color, and the values of L* (P = 0.03) were higher for animals with low GR, however, the highest values of a* (P = 0.06) were expressed by the high GR group. In addition, for all quality variables, there was an effect of maturation time (P > 0.05). In conclusion, the potential genetic for growth measured post-weaning did not affect most traits, including performance, meat production and quality at the end of finishing period.
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Associação entre polimorfismos de base única com perfil de ácidos graxos da carne em bovinos da raça Nelore, utilizando painéis de alta densidade / Association study of single nucleotide polymorphisms with fatty acid profile of the Nellore meat using high-density panels

Romulo Germano de Rezende 12 February 2015 (has links)
Há grande preocupação por parte da população com o consumo de gorduras saturadas, e a carne bovina é geralmente tida como importante fonte da mesma. A gordura intramuscular não pode ser separada da carne para o consumo, por isso a manipulação do perfil de ácidos graxos da carne (AG's) se torna de suma importância para se obter uma carne bovina com riscos reduzidos a saúde humana. Este estudo teve como objetivo identificar regiões que influenciam na composição de AG's da carne de bovinos Nelore.para isso foi realizado análise de perfil de ácidos graxos para quantificação de ácido esteárico (C18:0), ácido palmítico (C16:0), ácido linoleico (C:18:2; 9,12 ω6), ácido linoleico conjugado (CLA) (C18:2; c9, t11), ácido linolênico (C18:3; 9,12,15 ω3), ácido oleico (C18:1; 9 ω9), do músculo Longissimus dorsi de 929 animais, que foram genotipados com o chip de alta densidade (Illumina SNP800 BeadChip).para a realização do estudo de associação ampla de genoma (GWAS), para a identificação de regiões associadas às características de interesse , e posterior identificação de genes candidatos posicionais. Para isto foram utilizados 929 bovinos da raça Nelore para a genotipagem com chip de 770K, amostras do músculo Longissimus dorsi foram coletadas para análise do perfil de AG's. Foram encontradas 148 regiões que explicam mais do que 0,04% da composição dos seis AG's avaliados. As regiões explicam em porcentagem da variação fenotípica: 1,24% para C18:0, 1,01% para C16:0, 2,31% para:18:2;, 1,34% para CLA C18:2;, 1,74% para C18:3, 1,83% para C18:1. Foram encontrados no presente estudo, 85 QTL's descritos na literatura relacionados a outras raças. Um total de 107 genes candidatos posicionais foram encontrados no presente estudo relacionados ao metabolismo de AG's. Os resultados deste estudo ajudam a elucidar as regiões que influenciam o perfil de AG da carne possibilitando sua utilização em programas de seleção assistida, com impacto a saúde humana / There is great concern among the population with the consumption of saturated fats, and beef is generally viewed as an important source of it. Intramuscular fat can not be separated from meat for consumption, so the handling of the meat fatty acid profile (AG's) becomes extremely important to obtain a beef with reduced risks to human health. This study aimed to identify regions that influence the AG's composition of Nelore meat there for was accomplished profile analysis of fatty acids for quantification of stearic acid (C18: 0), palmitic acid (C16: 0), linoleic acid (C: 18: 2; 9.12 - ω6), conjugated linoleic acid (CLA) (C18: 2; c9, t11), linolenic acid (C18: 3; 9,12,15 - ω3), oleic acid (C18 1; 9 ω9), of Longissimus dorsi of 929 animals genotyped with high density chip (Illumina BeadChip SNP800) for the realization of wide genome association study (GWAS), for identify regions associated with characteristics of interest, and subsequent identification of positional candidate genes. 929 Nelore bulls were genotyped with 770K chip, muscle Longissimus dorsi samples were collected for analysis of the AG's profile. 148 regions able to explaining more than 0.04% of the composition of the six AG's evaluated. The regions account for a percentage of the phenotypic variation: 1.24% for C18:0, 1.01% for C16:0, 2.31% for 18:2 ;, 1.34% CLA C18:2; 1 74% of C18: 3, 1.83% for C18:1. Were found in this study, 85 QTL described in the literature related to other breeds. A total of 107 positional candidate genes were foundin this study associated with fatty acids metabolism. The results of this study help to elucidate the regions that influence the AG profile of the meat allowing their use in assisted selection programs, impacting human health
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Índice de seleção em cultivares de algodoeiro herbáceo / Selection index in upland cotton cultivars

Francisco José Correia Farias 07 December 2005 (has links)
Os índices de seleção são combinações lineares de valores fenotípicos, resultando numa medida que concentra em único valor, os atributos positivos e negativos de cada genótipo para vários caracteres. Por necessitarem das estimativas das variâncias e covariâncias genotípicas e fenotípicas dos caracteres, esses índices são mais indicados para programas de seleção recorrente. Contudo, existem também outros tipos de índices não lineares, conhecidos como não paramétricos que, por não precisarem das estimativas dos parâmetros genéticos, podem ser utilizados na seleção de cultivares em fase final dos programas de melhoramento. Para essa situação, uma alternativa bastante promissora é o emprego do índice de seleção de cultivares proposto por Garcia (1998) que é uma medida de distância genética entre cada genótipo a um ideótipo. Esta técnica permite a aplicação de teste de comparação de médias e a identificação de genótipos com desempenhos abaixo dos critérios mínimos definidos pelo melhorista. Este trabalho teve como objetivos avaliar a viabilidade do índice proposto por Garcia (1998) na identificação de genótipos superiores de algodão, estimar os parâmetros de estabilidade do índice e verificar quanto da variação fenotípica do índice é de natureza genotípica. Foram utilizados quinze genótipos de algodoeiro do Ensaio Estadual de Algodoeiro Herbáceo (2000/01) avaliados em 27 locais sob o delineamento de blocos ao caso com quatro repetições. Os caracteres avaliados foram produtividade de algodão em caroço (kg/ha), altura de planta (cm), peso de um capulho (g), porcentagem de fibra (%), resistência da fibra (gf/tex), comprimento da fibra (mm), finura da fibra (IM), ramulose (notas) e bacteriose (notas) Os resultados obtidos evidenciaram que o índice proposto por Garcia (1998) identificou com eficiência as cultivares superiores com destaque para BRS AROEIRA, CNPA 97- 4565 e DELTA OPAL. As cultivares mais estáveis foram: CNPA CO 99-01, BRS IPÊ e BRS JATOBÁ, para o índice de seleção e BRS AROEIRA, BRS IPÊ e CNPA 99-01, para a produtividade. Os índices de seleção apresentaram médio e alto coeficiente de determinação genotípica, indicando que é possível antever o sucesso com a seleção utilizando as estimativas do índice proposto por Garcia (1998). Neste aspecto, recomenda-se complementar o emprego do índice de seleção com informações sobre a estabilidade e adaptabilidade das cultivares selecionadas sob condições favoráveis e desfavoráveis. / Selection indices are linear combinations of phenotypic values, which combine in one unique value the positive and negative attributes of each genotype for the characters evaluated. Because these indices need estimates of genetic and phenotypic variances and covariances, their use is best suited in recurrent selection programs. However, other types of non-linear indices also exist, and are known as non-parametric indices; these can be used in selection of cultivars at the final stage of breeding programs, since genetic parameter estimates are not a requirement. In this situation, the selection index developed by Garcia (1998) is a promising alternative. This index is an estimate of the genetic distance from each genotype to an “ideotype”. This technique allows the comparison of means and the identification of genotypes with performances that meet the minimum requirements chosen by the breeder. The present work had the following objectives: to evaluate the viability of the Garcia index for the identification of superior genotypes, to estimate the stability parameters of the index and verify how much of the phenotypic variation is genotypic. Fifteen genotypes of the Upland cotton Variety Trials (Ensaio Estadual de Algodoeiro Herbáceo) – 2000/01 were evaluated in 27 locations in randomized complete block design with four replications. Characters assessed were: seed cotton yield (kg/ha), plant height (cm), boll mass (g), lint percentage (%), fiber strength (gf/tex), fiber length (mm), lint micronaire (IM), ramulosis (scores) and bacterial blight (scores). The data showed that the Garcia index identified superior cultivars successfully, as BRS AROEIRA, CNPA 97-4565 and DELTA OPAL. The most stable cultivars were: CNPA CO 99-01, BRS IPÊ and BRS JATOBÁ for selection index and BRS AROEIRA, BRS IPÊ e CNPA 99-01 for yield. The selection indices showed medium and high coefficient of genotypic determination indicating that is possible to expect selection success when the Garcia index is used. We suggest to complementing the use of the selection index with informations about stability and adaptability of the selected cultivars at favorable and unfavorable environments.
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Avaliação da eficiência do teste precoce no melhoramento genético de soja / Evaluation of early generation testing effectiveness in soybean breeding

Agnaldo Donizete Ferreira de Carvalho 10 April 2008 (has links)
O teste em gerações precoces no melhoramento genético de plantas consiste em identificar e selecionar progênies promissoras em gerações iniciais de endogamia, tais como F2 ou F3, e com isso concentrar tempo e recursos somente em populações com potencial para gerar linhas puras superiores. Considerando a ocorrência de relatos conflitantes, este trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência do teste precoce no melhoramento genético de soja, utilizando uma população derivada de um cruzamento biparental entre as linhagens 14 e 38, contrastantes para produção de grãos, e selecionadas do cruzamento entre os genitores PI-123439 e PI-239235. Os tratamentos consistiram de uma amostra de 100 progênies de cada tipo: F2:3, F3:4 e F4:5, que foram avaliadas em experimentos em látice 10 x 10 no ano agrícola 2005/6 na área experimental do Departamento de Genética da ESALQ/USP, em Piracicaba, SP. Os experimentos foram avaliados novamente no ano agrícola 2006/7, em dois locais: Piracicaba, SP e Anhumas, SP, utilizando, para isso, os bulks oriundos dos experimentos do ano anterior, isto é, progênies F2:4, F3:5 e F4:6,. A parcela experimental foi constituída de uma linha de 2 m de comprimento, espaçada de 0,5 m, contendo 35 plantas por parcela após o desbaste. Foram avaliados os seguintes caracteres: altura das plantas no florescimento (AF), dias para florescimento (DF), altura das plantas na maturação (AM), dias para maturação (DM) e produção de grãos por parcela (PG). Devido à baixa taxa de germinação das sementes nos experimentos derivados de plantas F3 (F3:4 e F3:5) e, consequentemente à baixa precisão experimental, estes foram excluídos do estudo. Com base nos resultados dos experimentos de 2005/6 foram estimadas as variâncias genéticas e fenotípicas, os coeficientes de herdabilidades e as respostas esperadas com seleção, supondo diferentes intensidades (20%, 30%, 40% e 50%). Com base nos resultados das avaliações de 2006/7 foram obtidas as respostas observadas com seleção, que possibilitaram avaliar a eficiência do teste precoce nas diferentes intensidades de seleção. Observou-se uma boa correspondência entre as respostas preditas e observadas somente para as progênies F4:5, fato este já esperado, considerando o alto grau de heterozigose nas progênies F2:3. Os resultados gerais indicaram que a seleção em geração tão precoces como F2:4 pode ser efetuada, desde que sejam utilizadas intensidades moderados de seleção, da ordem de 40%. / Early generation testing in plant breeding consists of selecting progenies in early generations of selfing such as in F2 or F3, in order to save time and resources. The objective of this work was to assess the early generation testing effectiveness in soybean breeding programs. The base population consisted of a two way cross between inbred lines 14 and 38, derived from the cross between PI-123439 and PI-239235 parents. Entries consisted of a sample of 100 progenies of each generation: F2:3, F3:4 e F4:5, evaluated in lattice 10 x 10 designs in the 2005/6 growing season at Department of Genetics (ESALQ/USP) in Piracicaba, SP. In the 2006/7 growing season new experimental evaluations were performed, using the same experimental designs, in two locations: Piracicaba, SP, and Anhumas, SP, where the entries consisted of bulks derived from 2005/6 entries, i.e., F2:4, F3:5 and F4:6 progenies. Plots consisted of single 2-meter-long rows spaced 0.5 meter apart, with 37 plants after thinning in all experiments. The following traits were evaluated: plant height at flowering (AF), days to flowering (DF), plant height at maturity (AM), days to maturity (DM), and grain yield (PG). Due to the low germination rate and, consequently, the low experimental precision, experiments of F3 derived lines (F3:4 and F3:5) were eliminated. Estimates of genetics variances, heritabilities and expected response to selection, considering four selection intensities (20%, 30%, 40% e 50%) were obtained from 2005/6 evaluations. The observed responses to selection were obtained from the 2006/7 experiments, in order to evaluate the effectiveness of early selection. A good correspondence between estimated and observed responses to selection were observed only for experiments based on F4 derived lines, which is expected, considering the higher degree of heterozigosity of the progenies in as early generations as in F2. General results has shown that selection based in early generation as in F2 can be performed, using moderate intensities of selection, such as 40%.

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