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Análise da segregação celular : modelos estatísticos e simulaçõesBeatrici, Carine Priscila January 2014 (has links)
O fenômeno de segregação celular ocorre tanto na estruturação inicial dos organismos (morfogênese) quanto durante a regeneração de tecidos danificados. O reordenamento celular ocorre através do agrupamento de células de um mesmo tipo. A evolução do tamanho destes agregados é objeto de experimentos e de simulações relatados na literatura há mais de vinte anos. Os resultados encontrados, no entanto, são controversos. Ao simular a segregação celular pode-se obter uma lei de potência ou uma dependência logarítmica para a evolução do tamanho desses agregados. Por outro lado, dentro de certos intervalos, os experimentos podem ser ajustados com leis de potência, mas os expoentes obtidos diferem dos sugeridos nas simulações, deixando obscura a compreensão do problema. Para entender a origem física deste fenômeno estendemos os modelos de simulações baseados em diferença de adesão para incluir as hipóteses: de diferença de velocidades, de reconhecimento celular e de motilidade de grupo. Verificamos que as proporções de células de cada tecido são determinantes na distribuição espacial final do agregado e mapeamos isto em um diagrama. Para estudar a evolução do crescimento de agregados utilizamos dois métodos: a aproximação de agregado médio e a abordagem através da equação de coagulação-fragmentação de Smoluchowski. Em ambas abordagens supomos que as células formam agregados com simetria esférica e que o mecanismo principal responsável pela segregação é a fusão binária de agregados. Usando o primeiro método obtivemos resultados analíticos que mostram os efeitos de tamanho finito tanto das células individuais quanto do tamanho do sistema sobre as leis de evolução temporal. Além disso, a partir do ajuste de dados experimentais, mostramos que os expoentes corretos das leis de potência só podem ser obtidos redefinindo-se a dependência da constante de difusão dos agregados com sua massa. Para levar em conta o efeito da flutuação de tamanho dos agregados, uma equação de Smoluchowski generalizada é proposta. A distribuição de tamanhos de agregados é obtida integrando-se esta equação e, após, esse resultado é comparado com experimentos e simulações. / The celular segregation happens both in the initial organism structuration (morphogenesis) and in tissue regeneration. Cell sorting happens by grouping of cells of the same kind. The size evolution of these cluters has been reported in experiments and simulations in the literature in the last twenty years. The results found are, nevertheless, controversial. When simulating cell segregation one may obtain a power law or a logaritmic dependency for their evolution. On the other hand, within a limited range, the experiments suggest a power law, however the exponents differ from those obtained by simulations, leaving the problem undefined. In order to understand the physical origin of this phenomenon we have extended the simulations models based on differential adhesion to include the hypotheses of diferential velocities, cell recognition and diferential group motilities. We have verified that different cell type proportions determine different final cell spatial distribution and mapped this in a diagram. In order to study the evolution of cluster growth we have used two methods: the mean cluster approach and the Smoluchowski coagulation-fragmetation equation approach. In both cases we suppose that the cells form spherical clusters and that the primary aggregating mechanism is through binary cluster fusion. Using the first method we obtain analytic results showing the effects produced by the finite size of the individual cells and of the finite syze of the system on the evolution laws. Besides, from the experimental data fitting, we have shown that the correct exponent for the power laws is obtained only if we redefine the difusion constant dependency with the cluster mass. In order to consider the cluster size fluctuation effect, a generalized Smoluchowski equation is proposed. The system cluster size distribution is obtained integrating this equation and, then, this result is compared with experiments and simulations.
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Análise da segregação celular : modelos estatísticos e simulaçõesBeatrici, Carine Priscila January 2014 (has links)
O fenômeno de segregação celular ocorre tanto na estruturação inicial dos organismos (morfogênese) quanto durante a regeneração de tecidos danificados. O reordenamento celular ocorre através do agrupamento de células de um mesmo tipo. A evolução do tamanho destes agregados é objeto de experimentos e de simulações relatados na literatura há mais de vinte anos. Os resultados encontrados, no entanto, são controversos. Ao simular a segregação celular pode-se obter uma lei de potência ou uma dependência logarítmica para a evolução do tamanho desses agregados. Por outro lado, dentro de certos intervalos, os experimentos podem ser ajustados com leis de potência, mas os expoentes obtidos diferem dos sugeridos nas simulações, deixando obscura a compreensão do problema. Para entender a origem física deste fenômeno estendemos os modelos de simulações baseados em diferença de adesão para incluir as hipóteses: de diferença de velocidades, de reconhecimento celular e de motilidade de grupo. Verificamos que as proporções de células de cada tecido são determinantes na distribuição espacial final do agregado e mapeamos isto em um diagrama. Para estudar a evolução do crescimento de agregados utilizamos dois métodos: a aproximação de agregado médio e a abordagem através da equação de coagulação-fragmentação de Smoluchowski. Em ambas abordagens supomos que as células formam agregados com simetria esférica e que o mecanismo principal responsável pela segregação é a fusão binária de agregados. Usando o primeiro método obtivemos resultados analíticos que mostram os efeitos de tamanho finito tanto das células individuais quanto do tamanho do sistema sobre as leis de evolução temporal. Além disso, a partir do ajuste de dados experimentais, mostramos que os expoentes corretos das leis de potência só podem ser obtidos redefinindo-se a dependência da constante de difusão dos agregados com sua massa. Para levar em conta o efeito da flutuação de tamanho dos agregados, uma equação de Smoluchowski generalizada é proposta. A distribuição de tamanhos de agregados é obtida integrando-se esta equação e, após, esse resultado é comparado com experimentos e simulações. / The celular segregation happens both in the initial organism structuration (morphogenesis) and in tissue regeneration. Cell sorting happens by grouping of cells of the same kind. The size evolution of these cluters has been reported in experiments and simulations in the literature in the last twenty years. The results found are, nevertheless, controversial. When simulating cell segregation one may obtain a power law or a logaritmic dependency for their evolution. On the other hand, within a limited range, the experiments suggest a power law, however the exponents differ from those obtained by simulations, leaving the problem undefined. In order to understand the physical origin of this phenomenon we have extended the simulations models based on differential adhesion to include the hypotheses of diferential velocities, cell recognition and diferential group motilities. We have verified that different cell type proportions determine different final cell spatial distribution and mapped this in a diagram. In order to study the evolution of cluster growth we have used two methods: the mean cluster approach and the Smoluchowski coagulation-fragmetation equation approach. In both cases we suppose that the cells form spherical clusters and that the primary aggregating mechanism is through binary cluster fusion. Using the first method we obtain analytic results showing the effects produced by the finite size of the individual cells and of the finite syze of the system on the evolution laws. Besides, from the experimental data fitting, we have shown that the correct exponent for the power laws is obtained only if we redefine the difusion constant dependency with the cluster mass. In order to consider the cluster size fluctuation effect, a generalized Smoluchowski equation is proposed. The system cluster size distribution is obtained integrating this equation and, then, this result is compared with experiments and simulations.
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Análise da segregação celular : modelos estatísticos e simulaçõesBeatrici, Carine Priscila January 2014 (has links)
O fenômeno de segregação celular ocorre tanto na estruturação inicial dos organismos (morfogênese) quanto durante a regeneração de tecidos danificados. O reordenamento celular ocorre através do agrupamento de células de um mesmo tipo. A evolução do tamanho destes agregados é objeto de experimentos e de simulações relatados na literatura há mais de vinte anos. Os resultados encontrados, no entanto, são controversos. Ao simular a segregação celular pode-se obter uma lei de potência ou uma dependência logarítmica para a evolução do tamanho desses agregados. Por outro lado, dentro de certos intervalos, os experimentos podem ser ajustados com leis de potência, mas os expoentes obtidos diferem dos sugeridos nas simulações, deixando obscura a compreensão do problema. Para entender a origem física deste fenômeno estendemos os modelos de simulações baseados em diferença de adesão para incluir as hipóteses: de diferença de velocidades, de reconhecimento celular e de motilidade de grupo. Verificamos que as proporções de células de cada tecido são determinantes na distribuição espacial final do agregado e mapeamos isto em um diagrama. Para estudar a evolução do crescimento de agregados utilizamos dois métodos: a aproximação de agregado médio e a abordagem através da equação de coagulação-fragmentação de Smoluchowski. Em ambas abordagens supomos que as células formam agregados com simetria esférica e que o mecanismo principal responsável pela segregação é a fusão binária de agregados. Usando o primeiro método obtivemos resultados analíticos que mostram os efeitos de tamanho finito tanto das células individuais quanto do tamanho do sistema sobre as leis de evolução temporal. Além disso, a partir do ajuste de dados experimentais, mostramos que os expoentes corretos das leis de potência só podem ser obtidos redefinindo-se a dependência da constante de difusão dos agregados com sua massa. Para levar em conta o efeito da flutuação de tamanho dos agregados, uma equação de Smoluchowski generalizada é proposta. A distribuição de tamanhos de agregados é obtida integrando-se esta equação e, após, esse resultado é comparado com experimentos e simulações. / The celular segregation happens both in the initial organism structuration (morphogenesis) and in tissue regeneration. Cell sorting happens by grouping of cells of the same kind. The size evolution of these cluters has been reported in experiments and simulations in the literature in the last twenty years. The results found are, nevertheless, controversial. When simulating cell segregation one may obtain a power law or a logaritmic dependency for their evolution. On the other hand, within a limited range, the experiments suggest a power law, however the exponents differ from those obtained by simulations, leaving the problem undefined. In order to understand the physical origin of this phenomenon we have extended the simulations models based on differential adhesion to include the hypotheses of diferential velocities, cell recognition and diferential group motilities. We have verified that different cell type proportions determine different final cell spatial distribution and mapped this in a diagram. In order to study the evolution of cluster growth we have used two methods: the mean cluster approach and the Smoluchowski coagulation-fragmetation equation approach. In both cases we suppose that the cells form spherical clusters and that the primary aggregating mechanism is through binary cluster fusion. Using the first method we obtain analytic results showing the effects produced by the finite size of the individual cells and of the finite syze of the system on the evolution laws. Besides, from the experimental data fitting, we have shown that the correct exponent for the power laws is obtained only if we redefine the difusion constant dependency with the cluster mass. In order to consider the cluster size fluctuation effect, a generalized Smoluchowski equation is proposed. The system cluster size distribution is obtained integrating this equation and, then, this result is compared with experiments and simulations.
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Uso de fibroblastos em processo de morte celular programada como doadores de núcleos na técnica de transferência nuclear em bovinos / Fibroblasts in programmed cell death as nuclear donors for nuclear transfer in bovinesMiranda, Moysés dos Santos 19 March 2009 (has links)
Diversos tipos celulares nas mais variadas condições têm sido usados como doadores de núcleo para a TN. Ainda não está claro se o estado fisiológico destas células afeta o posterior desenvolvimento dos embriões. Neste trabalho, testou-se a hipóese que fibroblastos bovinos em processo de MCP podem ser reprogramados na transferência nuclear. Fibroblastos foram cultivados até atingirem 60% de confluência, sincronizados por restrição de soro durante 24h e em seguida a MCP foi analisada por citometria de fluxo com a ténica da Anexina V/Iodeto de propídeo. Células Anexina positivas (MCP) e Anexinanegativas (Vivas) foram separadas por citometria de fluxo e utilizadas para a TNS. Céulas não coradas e não separadas no citômetro serviram como controle (Controle). Os embriões reconstruídos foram avaliados quanto à fusão, clivagem (2º dia de cultivo), blastocisto (7º dia) e prenhez (D30, D60 e nascimento). O índice de MCP dos blastocistos obtidos foi determinado. Os resultados foram analisados pela ANOVA ou teste de X2 com nível de significância de 5%. Não houve efeito nas taxas de fusão (p>0,05). Embriões reconstruídos com células MCP tiveram menor taxa de clivagem e formação de blastocistos (72,7% e 18,8%, respectivamente) em comparação ao grupo reconstruído com células Vivas (83,4% e 34,7%, respectivamente; p<0,05), não diferindo dos embriões Controle (77,3% e 27,3%, respectivamente; p>0,05). O índice de MCP do grupo de embriões MCP foi similar aos índices dos embriões clonados a partir de células Vivas e Controle (p>0,05). Após a transferência para receptoras, os grupos MCP, Vivas e Controle não diferiram com relação à taxa de prenhez aos 30d (18,1%, 13,3% e 27,5%, respectivamente; p>0,05). Entretanto aos 60d, a perda gestacional no grupo MCP (25%) foi inferior a do grupo Vivas (100%) e Controle (62,5%). Somente um nascimento, do grupo MCP (4,5% dos embriões transferidos), foi obtido no experimento. Conclui-se que células em processo de MCP, podem ser reprogramadas quando utilizadas como doadoras de núcleo na técnica de transferência nuclear, podendo estabelecer gestações e nascimentos, entretanto houve um efeito prejudicial nas taxas de desenvolvimento embrionário até o estádio de blastocisto assim como houve aumento do índice de MCP nos embriões reconstruídos. / It is not clear if the physiological status of the cells can affect further embryonic development in NT. We hypothesized that adult bovine fibroblasts in PCD can be reprogrammed when used as nuclear donors for cloning. Fibroblasts were cultivated until 60% confluency, synchronized by serum starvation for 24 h and stained with Annexin V and Propidium iodide (PI) by flow citometry. Annexin positive cells (PCD cells) and Annexin negative cells (Live cells) were sorted and used for NT. Unsorted, unstained cells were used as control (Control cells). After reconstruction, fusion, cleavage (day 2 of culture), blastocyst (day 7) and pregnancy rates (day 30, 60 and birth) were recorded. Apoptotic index of the embryos was determined by TUNEL. Data were analyzed with ANOVA and Chi-square test with 5% of significance level. There was no effect on fusion rates (p>0.05). Embryos reconstructed with PCD cells had lower cleavage and blastocyst rates (72.7 and 18.8%, respectively) compared with embryos reconstructed with Live cells (83.4 and 34.7%, respectively; p<0.05). Apoptotic index in embryos produced from cells in PCD was similar compared to embryos produced from Live and Control cells (p>0.05). Pregnancy rates were similar between cloned groups on day 30 after embryo transfer (p>0.05). However it was observed a reduced pregnancy loss in PCD group on day 60 (25%) compared with Control (62.5%) and Live (100%) groups. Only one calf, from PCD cells (4.5% of the transferred embryos), has been obtained in this experiment. In conclusion, it was showed that cells in PCD process can be reprogrammed when used as nuclear donors after NT producing even live animals. However, a negative effect on embryonic development and an increase in the apoptotic index of these embryos was observed.
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Uso de fibroblastos em processo de morte celular programada como doadores de núcleos na técnica de transferência nuclear em bovinos / Fibroblasts in programmed cell death as nuclear donors for nuclear transfer in bovinesMoysés dos Santos Miranda 19 March 2009 (has links)
Diversos tipos celulares nas mais variadas condições têm sido usados como doadores de núcleo para a TN. Ainda não está claro se o estado fisiológico destas células afeta o posterior desenvolvimento dos embriões. Neste trabalho, testou-se a hipóese que fibroblastos bovinos em processo de MCP podem ser reprogramados na transferência nuclear. Fibroblastos foram cultivados até atingirem 60% de confluência, sincronizados por restrição de soro durante 24h e em seguida a MCP foi analisada por citometria de fluxo com a ténica da Anexina V/Iodeto de propídeo. Células Anexina positivas (MCP) e Anexinanegativas (Vivas) foram separadas por citometria de fluxo e utilizadas para a TNS. Céulas não coradas e não separadas no citômetro serviram como controle (Controle). Os embriões reconstruídos foram avaliados quanto à fusão, clivagem (2º dia de cultivo), blastocisto (7º dia) e prenhez (D30, D60 e nascimento). O índice de MCP dos blastocistos obtidos foi determinado. Os resultados foram analisados pela ANOVA ou teste de X2 com nível de significância de 5%. Não houve efeito nas taxas de fusão (p>0,05). Embriões reconstruídos com células MCP tiveram menor taxa de clivagem e formação de blastocistos (72,7% e 18,8%, respectivamente) em comparação ao grupo reconstruído com células Vivas (83,4% e 34,7%, respectivamente; p<0,05), não diferindo dos embriões Controle (77,3% e 27,3%, respectivamente; p>0,05). O índice de MCP do grupo de embriões MCP foi similar aos índices dos embriões clonados a partir de células Vivas e Controle (p>0,05). Após a transferência para receptoras, os grupos MCP, Vivas e Controle não diferiram com relação à taxa de prenhez aos 30d (18,1%, 13,3% e 27,5%, respectivamente; p>0,05). Entretanto aos 60d, a perda gestacional no grupo MCP (25%) foi inferior a do grupo Vivas (100%) e Controle (62,5%). Somente um nascimento, do grupo MCP (4,5% dos embriões transferidos), foi obtido no experimento. Conclui-se que células em processo de MCP, podem ser reprogramadas quando utilizadas como doadoras de núcleo na técnica de transferência nuclear, podendo estabelecer gestações e nascimentos, entretanto houve um efeito prejudicial nas taxas de desenvolvimento embrionário até o estádio de blastocisto assim como houve aumento do índice de MCP nos embriões reconstruídos. / It is not clear if the physiological status of the cells can affect further embryonic development in NT. We hypothesized that adult bovine fibroblasts in PCD can be reprogrammed when used as nuclear donors for cloning. Fibroblasts were cultivated until 60% confluency, synchronized by serum starvation for 24 h and stained with Annexin V and Propidium iodide (PI) by flow citometry. Annexin positive cells (PCD cells) and Annexin negative cells (Live cells) were sorted and used for NT. Unsorted, unstained cells were used as control (Control cells). After reconstruction, fusion, cleavage (day 2 of culture), blastocyst (day 7) and pregnancy rates (day 30, 60 and birth) were recorded. Apoptotic index of the embryos was determined by TUNEL. Data were analyzed with ANOVA and Chi-square test with 5% of significance level. There was no effect on fusion rates (p>0.05). Embryos reconstructed with PCD cells had lower cleavage and blastocyst rates (72.7 and 18.8%, respectively) compared with embryos reconstructed with Live cells (83.4 and 34.7%, respectively; p<0.05). Apoptotic index in embryos produced from cells in PCD was similar compared to embryos produced from Live and Control cells (p>0.05). Pregnancy rates were similar between cloned groups on day 30 after embryo transfer (p>0.05). However it was observed a reduced pregnancy loss in PCD group on day 60 (25%) compared with Control (62.5%) and Live (100%) groups. Only one calf, from PCD cells (4.5% of the transferred embryos), has been obtained in this experiment. In conclusion, it was showed that cells in PCD process can be reprogrammed when used as nuclear donors after NT producing even live animals. However, a negative effect on embryonic development and an increase in the apoptotic index of these embryos was observed.
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Torque Teno Virus em amostras fezes de pacientes com gastroenterite : prevalência, distribuição por genogrupos e carga viralNascimento, Carlos Augusto Pinho do January 2011 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-23T13:30:15Z
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Previous issue date: 2011 / CNPq
FAPERJ / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O Torque teno virus (TTV) é um vírus de DNA do gênero Alphatorquevirus
da família Anelloviridae. O TTV é altamente prevalente em populações de todo
o mundo. Isolados foram classificados em cinco grupos filogenéticos (1-5) com
grande distância genética entre eles. A presença do TTV já foi detectada nas
fezes, porém, não se sabe se todos os cinco genogrupos do TTV são
excretados nas fezes, e qual a distribuição do TTV entre os genogrupos. A fim
de avaliar a presença, a diversidade genômica e a carga viral do TTV em fezes,
135 amostras de pacientes com gastroenterite foram analisadas. O DNA do
TTV foi extraído de suspensão fecal e três diferentes métodos de reação em
cadeia da polimerase (PCR), dois qualitativos e um quantitativo, foram
avaliados. Nas amostras de fezes estudadas, 123 (91,1%) foram positivas em
pelo menos um dos três métodos. O DNA do TTV pertencente aos genogrupos
de 1 a 5 foi detectado em 37 (27,4%), 27 (20,0%), 57 (42,2%), 29 (21,5%) e
33 (24,4%) amostras, respectivamente. Co-infecções com dois, três, quatro e
cinco genogrupos do TTV foram encontradas em 23 (17,0%), 15 (11,1%), 7
(5,2%) e 7 (5,2%) amostras fecais, respectivamente. Assim, 52 (38,5%)
amostras continham mais de um genogrupo de TTV. A carga viral variou de 2,6
a 6,5 log de genoma equivalentes por grama de fezes. No entanto, variações
de carga viral foram observadas em função do genogrupo detectado e do
número de genogrupos presentes simultaneamente. Os resultados encontrados
são os primeiros a mostrar a alta prevalência e a diversidade de TTV nas fezes
humanas. / Torque teno virus (TTV) is a DNA virus of the genus Alphatorquevirus of
Anelloviridae family. The TTV is highly prevalent in populations from around the
world. Isolates have been classified into at least five main phylogenetic groups
(1-5) showing a large genetic distance between them. The presence of TTV has
been detected in feces. However, are presently unknown whether all five TTV
genogroups are excreted in feces and the genogroup distribution. To evaluate
the presence and the genomic distribution of TTV DNA in feces, 135 samples of
patients with gastroenteritis were analyzed. The DNA was extracted of fecal
suspension and three different PCR methods, two qualitative and one
quantitative, were used. One hundred and twenty three (91.1%) samples were
positive with at least one method. The TTV DNA belonging to the genogroups 1
to 5 was detected in 37 (27.4%), 27 (20.0%), 57 (42.2%), 29 (21.5%) and 33
(24.4%) fecal samples, respectively. Coinfections with two, three, four and five
TTV genogroups were found in 23 (17.0%), 15 (11.1%), 7 (5.2%) and 7 (5.2%)
fecal samples, respectively. Thus, 52 (38.5%) samples contained more than
one TTV genogroup. Viral loads ranged from 2.6 to 6.5 log genome equivalents
per gram of feces. However, variations of viral load were noted depending on
genogroup and number of coinfecting TTV genogroups. These results are the
first to show high prevalence and the diversity of TTV isolates in human feces.
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Genotipagem de isolados de Mycobacterium tuberculosis do Paraguai, da Argentina e da VenezuelaDíaz Acosta, Chyntia Carolina January 2010 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-24T13:20:12Z
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Previous issue date: 2010 / CNPq Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud-Universidad
Nacional de Asunción (IICS-UNA) / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium
tuberculosis (Mtb) o agente etiológico. Globalmente a família “Latin American-
Mediterranean” (LAM) é responsável por aproximadamente 15% dos casos de TB.
Dentro desta família, recentemente foi descrito um novo polimorfismo caracterizado
por uma deleção de 26,3 kb e designado como LSP RDRio. Esta linhagem é
freqüente (30%) no Rio de Janeiro e dados preliminares sugerem que cepas
pertencentes a este genótipo apresentam maior virulência. Neste contexto, é de
grande importância avaliar a distribuição e transmissibilidade deste genótipo em
nível regional e global. O presente estudo descritivo teve como objetivo,
primeiramente, estudar a variabilidade genética entre isolados de Mtb do Paraguai,
da Argentina e da Venezuela pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU-VNTR 12loci,
países onde existe pouca informação sobre a presença e natureza de genótipos de
Mtb. Outro foco abordado foi o estudo da família LAM, que alberga genótipos de
grande importância em nível regional. Para detectar esta família recentemente foi
descrito um novo marcador genético que implica o estudo da presença do SNP
Ag85C (G103A) por PCR-RFLP. Este marcador pode servir como complemento ao
método de Spoligotyping, para ajudar a classificar certos spoligotypes mal definidos
ou convergentes. O mesmo pode também constituir uma alternativa rápida e simples
para detectar isolados LAM, o que pode ser de grande importância para países de
menos recursos.
Finalmente, estudamos a freqüência da linhagem RDRio ao analisarmos além da
presença do LSP RDRio, outros marcadores para esta linhagem como a deleção de
RD174, a presença de 2 cópias alélicas no MIRU 2 e 1 cópia no MIRU 40 e genótipo
LAM. Quanto ao primeiro objetivo, foi observada uma distribuição ampla diferença
nas famílias de spoligotyping, de acordo com a região estudada. A maior taxa de
agrupamentos de isolados observou-se na população de isolados venezuelanos,
sugerindo um processo de transmissão contínua ou introdução de algumas
linhagens muito tempo atrás. Quanto ao segundo objetivo, foi observado um
comportamento variado do SNP Ag85C em referência ao seu papel como marcador
da família LAM. Nos isolados paraguaios e venezuelanos houve um grau
significativo de concordância com os resultados de spoligotyping enquanto nos
pacientes argentinos houve baixa concordância. A relação entre a presença do SNP
Ag85C (G103A) e o genótipo LAM, entretanto deve ser melhor estudada.
Finalmente, foi observada a presença da linhagem RDRio nos três países, com
maior frequência na Venezuela. A baixa freqüência no Paraguai chama a atenção e
deve ser mais bem estudada. As características genéticas da linhagem RDRio, salvo
poucas exceções, estiveram presentes nos isolados dos três países estudados.
Após construção de árvores tipo MST com base nos spoligotypes, observamos,
como previsto, a família LAM9 como nodo central que contem a linhagem RDRio e
do qual derivam os outros subtipos da família LAM. No entanto, os agrupamentos
dos isolados RDRio nos MST de MIRU-VNTR devem ser melhor estudados.
Concluindo, no presente estudo descrevemos os genótipos circulantes de Mtb nos
três países estudados. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem
ser abordados no futuro. / Tuberculosis (TB) still remains an important cause of death and its etiological agent
is Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Globally the “Latin American-Mediterranean”
(LAM) accounts for 15% of the TB cases. Within this family, recently a new Long
Sequence Polymorphism has been described, characterized by a 26,3kb deletion
and assigned as RDRio-LSP. Currently this lineage constitutes the predominant
clade (30%) of TB cases in Rio de Janeiro, and preliminary studies suggest that
strains belonging to this genotype present enhanced virulence. Consequently it is of
considerable importance to evaluate the distribution and the transmissibility of this
genotype regionally as well as globally.
The present descriptive study had three main objectives, starting with the study of the
genetic variability of the Mtb strains of three Latin-American countries, Paraguay,
Argentina, and Venezuela, with little information about the presence and nature of
Mtb genotypes; by using spoligotyping and MIRU-VNTR 12 loci. The other focus was
on the LAM family, which regionally is of extreme importance. To detect this family
recently a new genetic marker has been described, which involves the detection of
the SNP Ag85C (G103A) by PCR-RFLP. This marker allows classifying ill defined
spoligopatterns or convergent spoligopatterns and it constitutes a simple and fast
method, thus an important alternative in low resource countries.
Finally our third goal was to study the prevalence of the RDRio lineage by analyzing
the RDRio-LSP as well as other markers like the deletion of RD174, 2 allelic copies in
MIRU 2 and 1 in MIRU 40, as well as LAM genotype.
Regarding the first objective, the population structure obtained by spoligotyping
varied considerably according to the geographical location.The highest clustering
rate was detected within strains from Venezuela.
As for the second objective, we observed a variable behavior of the SNP Ag85C as a
marker for the LAM family. Both in strains from Paraguay and Venezuela, the marker
had a significant concordance when compared with spoligotyping results.
Nevertheless within Argentinean strains, the opposite was observed. Thus, the
relationship between the presence of the Ag85C (G103A) SNP and the LAM
genotype must be further studied. As for the third objective, we observed the
presence of the RDRio lineage within the three countries, but with the highest
prevalence in Venezuela. The low prevalence observed within Paraguayan strains
deserves more studies. The genetic characteristics of the RDRio lineage were
present within the RDRio strains of the three countries, with some few exceptions.
Expectedly the construction of MST trees allowed us to observe a central node of the
LAM9 family that contained the RDRio lineage and of which other sub-types of the
LAM family derived. The nodes observed within the MST based on MIRU, must be
further analyzed. In conclusion, we managed to describe the genotypes circulating
within the three studied countries. From the results obtained, interesting questions
were posed that should be analyzed in the future.
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