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INVENÇÕES Biotecnológicas no Brasil: Proteção de Sequências Biológicas Por Reivindicações de Gênero em Patentes

ZORZAL, P. B. 21 July 2017 (has links)
Made available in DSpace on 2018-08-01T21:35:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11592_Tese_Poliana Belisário Zorzal.pdf: 3085378 bytes, checksum: 82c8305a871c75a92577604f900dff7c (MD5) Previous issue date: 2017-07-21 / Genes e proteínas são resultados de grande importância de ações de pesquisa e desenvolvimento da indústria da Biotecnologia. Sequências de ácidos nucléicos e aminoácidos têm sido estudadas para atender as necessidades humanas e lançadas no mercado pelo setor, que, ao investir grande quantidade de recursos ao longo do desenvolvimento de sequências biológicas, buscam a proteção do fruto de suas pesquisas de modo mais amplo possível, por meio de patentes. Em contraposição, o sistema de patentes prevê que, em troca do direito de excluir terceiros das atividades relacionadas ao objeto da patente, a sociedade deve receber a invenção suficientemente descrita, de modo a permitir que um técnico no assunto seja capaz de reproduzi-la, e apresentando reivindicações claras e fundamentadas no relatório descritivo. Entretanto, devido às suas peculiaridades, a estrutura química destes compostos engloba uma linguagem biológica, cujas propriedades desconsideram o preceito do sistema de patentes de que o escopo das reivindicações deve estar confinado às estruturas exatas reveladas no relatório descritivo das patentes. Assim, a proteção para além da sequência revelada no pedido de patente, incluindo seus equivalentes funcionais e de estrutura semelhante, entretanto, não descritos no pedido de patente, é crucial. Em contraposição, no Brasil, o Instituto Nacional da Propriedade Industrial (INPI) concede apenas uma proteção literal das sequências biológicas listadas no pedido, justificando para isso, as condições requeridas ao pedido de patente brasileiro previstas em lei. Redatores de patentes em Biotecnologia em todo o mundo têm agrupado tais moléculas por meio de características comuns em reivindicações genéricas ou de gênero, objetivando a proteção das sequências funcionalmente equivalentes a uma determinada sequência de referência, estruturalmente descrita. As estratégias de redação de reivindicações utilizadas para ampliação do escopo protegido apresentam-se como altamente heterogêneas, sem clareza e, muitas vezes equivocadas tecnicamente, o que gera como resultado, um elevado grau de incerteza quanto à proteção de sequências para além do âmbito da sequência literalmente apresentada, quando não invalidando as reivindicações. Neste contexto, o presente estudo apresenta as peculiaridades das sequências biológicas que suscitam a necessidade de uma proteção para além do escopo daquelas literalmente apresentadas no pedido de patente, em geral buscada através de reivindicações de gênero. A suficiência descritiva, como um preceito do sistema de patentes é também apresentada destacando-se o contexto atual no Brasil, tratados internacionais em propriedade intelectual, União Europeia, Estados Unidos e Índia com relação ao tema, vinculado à descrição escrita de sequências biológicas. A partir da visão aprofundada do assunto foi possível o desenvolvimento de uma análise quanto ao entendimento técnico do contexto, apresentando-se ao final, a proposição de um modelo de reivindicação de gênero tecnicamente viável para uma proteção balanceada das sequências biológicas baseado no score de similaridade, parâmetro acessível aos pesquisadores da área durante o alinhamento de sequências. A proposição de alternativas, claras, homogêneas e aplicáveis à realidade do setor é um passo primordial na proteção das sequências biológicas de maneira equilibrada entre as necessidades econômicas da indústria e o interesse público, o que, consequentemente, representará papel essencial ao estímulo da pesquisa e inovação em Biotecnologia no Brasil.
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Medidas e forma em geometria / Measures and shaped geometry

Santos, Edjan Fernandes dos January 2015 (has links)
SANTOS, Edjan Fernandes dos. Medidas e forma em geometria . 2015. 61 f. Dissertação (Mestrado em Matemática em Rede Nacional) – Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Juazeiro do Norte, 2015. / Submitted by Erivan Almeida (eneiro@bol.com.br) on 2015-12-15T13:01:29Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_efsantos.pdf: 2235474 bytes, checksum: 976431d2a4782cb88fd52234af9d0839 (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales(rocilda@ufc.br) on 2015-12-15T13:35:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_efsantos.pdf: 2235474 bytes, checksum: 976431d2a4782cb88fd52234af9d0839 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-15T13:35:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_efsantos.pdf: 2235474 bytes, checksum: 976431d2a4782cb88fd52234af9d0839 (MD5) Previous issue date: 2015 / The work initially brings a historical approach, Greece (with the Pythagoreans), with the mathematician Eudoxus, referring to perhaps the greatest mathematical work, Euclid’s books. Then bring definitions and constructions of the real numbers as a complete body, the concepts of tiny, supreme, infinite sequences especially the convergent, Cauchy sequences and the three fundamental theorems for the calculus course, the annulment of the theorem, the intermediate value and Weierstrass. Soon after, we define metric and metric space in the plan, we show that the process of comparing an arbitrary segment with another set as unit leads to various types of positive real numbers: integers, rational and irrational, where the notion of measurable and immeasurable segment is explained. The area calculation for plane figures, where the usual formulas for the areas of simple polygons are presented, we present and application, Pick’s formula, without demonstration of the theorem, simple, fun, practical and efficient for area calculation, one this mathematical discipline of content throughout basic education in Brazil always present in external evaluation as OBMEP. / O trabalho traz inicialmente uma abordagem histórica, da Grécia (com os pitagóricos), com o matemático Eudoxo, fazendo referência a talvez à maior obra matemática, os livros de Euclides. Em seguida, trazemos definições e construções sobre os números reais com um corpo completo, os conceitos de ínfimo, supremo, sequências infinitas com destaque as convergentes, sequência de Cauchy e os três teoremas fundamentais para o curso de cálculo, o teorema do anulamento, do valor intermediário e de Weierstrass. Logo após, definimos métrica e espaço métrico no plano, mostramos que o processo de comparar um segmento arbitrário com outro fixado como unidade nos conduz aos diversos tipos de números reais positivos: inteiros, racionais e irracionais, onde a noção de segmento comensurável é explicada. O cálculo de área para figuras planas, onde são apresentadas as fórmulas usuais para as áreas dos polígonos mais simples, apresentamos uma aplicação, a fórmula de Pick, sem demonstração do teorema, simples, divertida, prática e eficiente para o cálculo de área, um conteúdo da disciplina de matemática presente em todo o ensino básico do Brasil sempre presente em avaliações externas como a OBMEP.
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Coordenadas geométricas em funções paramétricas no winplot / Geometric coordinates parametric functions in winplot

Silva, Francisco Allan Quintela January 2014 (has links)
SILVA, Francisco Allan Quintela. Coordenadas geométricas em funções paramétricas no winplot. 2014. 77 f. Dissertação (Mestrado em Matemática em Rede Nacional) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Erivan Almeida (eneiro@bol.com.br) on 2014-08-28T19:22:55Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_faqsilva.pdf: 5506208 bytes, checksum: 4f8d890679ecd13fb6f188db4a37f63c (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales(rocilda@ufc.br) on 2014-08-29T13:32:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_faqsilva.pdf: 5506208 bytes, checksum: 4f8d890679ecd13fb6f188db4a37f63c (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-29T13:32:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_faqsilva.pdf: 5506208 bytes, checksum: 4f8d890679ecd13fb6f188db4a37f63c (MD5) Previous issue date: 2014 / From the beginning, the numeric sequences and series generated interest among mathematicians. Your present applicability is extensive and includes the refined calculation of the surface area and volume of a variety of solids. In this work we will use the differences between the elements of a finite sequence in order to find laws that express the trends contained therein. We will also see how a simple study about arithmetic progressions of various orders is able to provide curves's parametric functions through predefined points, of surfaces containing predefined curves or even regions of the R³ localized between two given surfaces. Moreover, we will can, with the aid of the computational program Winplot, visualize the curves, surfaces, or regions obtained in each example of our study, in addition to eventually check points of relative maximum and minimum of a curve or calculate the area of a surface and the volume of a limited region of R³, all of this with a necessary and previous theoretical background. / Desde o princípio, as sequências e séries numéricas geraram interesse entre os matemáticos. Sua aplicabilidade atual é extensa e inclui o cálculo refinado da área da superfície e do volume de uma variedade de sólidos. Neste trabalho usaremos as diferenças entre os elementos de uma sequência finita a fim de encontrar leis que expressem as tendências nela contidas. Veremos também como um estudo simples sobre progressões aritméticas de ordens diversas é capaz de fornecer funções paramétricas de curvas passando por pontos pré-definidos, de superfícies contendo curvas pré-definidas ou, até mesmo, de regiões do R³ situadas entre duas superfícies dadas. Além disso, poderemos, com o auxílio do programa computacional Winplot, visualisar as curvas, superfícies ou regiões obtidas em cada exemplo de nosso estudo, além de, eventualmente, verificar pontos de máximo e mínimo relativos de uma curva ou calcular a área de uma superfície e o volume de uma região limitada do R³, tudo isto com um devido e prévio embasamento teórico.
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Teleportação de portas quânticas, entrelaçadores universais e conexões com a teoria dos números / Quantum gate teleportation, universal entanglers and connections with the number teory

Mendes, Fernando Vasconcelos 19 February 2015 (has links)
MENDES, F. V. Teleportação de portas quânticas, entrelaçadores universais e conexões com a teoria dos números. 2015. 215 f. Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática ) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-03-13T13:55:08Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_fvmendes.pdf: 3633066 bytes, checksum: badbaa661c71f7ba84f9fdbeffc133d2 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-03-24T10:57:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_fvmendes.pdf: 3633066 bytes, checksum: badbaa661c71f7ba84f9fdbeffc133d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-24T10:57:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_fvmendes.pdf: 3633066 bytes, checksum: badbaa661c71f7ba84f9fdbeffc133d2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-19 / The present thesis can be divided in three parts: 1) Quantum gate teleportation; 2) Numerical search of universal entanglers; 3) Connections between quantum information and number theory. Regarding the quantum gate teleportation, a separability criterion of normal matrices is used to find the analytical conditions of the preservation of separability under conjugation. That analytical condition allowed to find the general formula of an element of $mathbb{C}^{4}$ Clifford group, as well to understand the role of the basis of measurement in the quantum gate teleportation protocol. Considering the searching for universal entanglers, the same separability criterion of normal matrices was used as fitness function in a computational heuristics, in prder to find good candidates for universal entanglers in $mathbb{C}^{3} otimes mathbb{C}^{4}$ and $mathbb{C}^{4} otimes mathbb{C}^{4}$ Hilbert spaces. At last, in the connection of quantum information with the number theory, it is presented the study of the preparation and entanglement of several multi-qubit quantum states based in integer sequences, and the Riemannian quantum circuit, a quantum circuit whose eigenvalues are related to the zeros of the Riemann zeta function. The existence of such circuit proves that is always possible to construct a physical system related to a finite amount of zeros. / A presente tese está dividida em três partes: 1) Teleportação de portas quânticas; 2) Busca numérica por entrelaçadores universais; 3) Conexões entre a informação quântica e a teoria dos números. No que diz a teleportação de portas quânticas, um critério de separabilidade para matrizes normais é usada para encontrar as condições analíticas da preservação da separabilidade sob conjugação. Tais condições analíticas permitiram encontrar a forma geral de um elemento do grupo de Clifford em $mathbb{C}^{4}$, assim como também entender o papel da base de medição no protocolo de teleportação de portas quânticas. Considerando a busca por entrelaçadores universais, o mesmo critério de separabilidade de matrizes normais foi utilizado como função de aptidão em uma heurística computacional aplicada para encontrar bons candidatos a entrelaçadores universais nos espaços de Hilbert de dimensões $mathbb{C}^{3} otimes mathbb{C}^{4}$ e $mathbb{C}^{4} otimes mathbb{C}^{4}$. Por fim, sobre as conexões da informação quântica com a teoria dos números, é apresentado um estudo da preparação e entrelaçamento de vários estados quânticos de múltiplos qubits baseados em sequências de números inteiros. Apresenta-se ainda o circuito quântico Riemanniano, um circuito quântico cujos autovalores são relacionados aos zeros da função Zeta de Riemann. A existência deste circuito prova que é sempre possível construir um sistema físico relacionado a uma quantidade finita de zeros.
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Ordenação de sequências finitas por reversões usando conjugações em grupos de permutações

Moraes, José Luiz Correa de 29 June 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-10-01T12:29:21Z No. of bitstreams: 1 2012_JoseLuizCorreaMoraes.pdf: 1415261 bytes, checksum: 7ccca6e56251ac5c47ca3fbacd8a41b3 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-11-08T13:18:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_JoseLuizCorreaMoraes.pdf: 1415261 bytes, checksum: 7ccca6e56251ac5c47ca3fbacd8a41b3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-08T13:18:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_JoseLuizCorreaMoraes.pdf: 1415261 bytes, checksum: 7ccca6e56251ac5c47ca3fbacd8a41b3 (MD5) / O problema da distância entre duas sequências finitas por reversões é estudado neste trabalho em uma abordagem formal e algébrica com base em um grupo de permutações onde a operação do grupo e a de conjugação são utilizadas para simular reversões. A abordagem é geral por operar com sequências genéricas que podem representar estruturas utilizadas na especificação de uma grande variedade de problemas relevantes em computação e em matemática, entre as quais se incluem os genomas. Uma estrutura de grupo foi estabelecida sobre um conjunto de famílias de sequências para possibilitar aplicar uma reversão em uma destas famílias mediante uma operação de conjugação, onde a família e uma certa permutação, atuando como um conjugador, participam como fatores ou termos. Além disso, a mesma reversão pode ser simulada pela operação do grupo utilizando, como fatores ou termos, um conjugador especial da família e a mesma permutação que, acima, atuou como conjugador. O trabalho propõe um método diferente de computar que conduz a uma maneira di- ferente de pensar no problema da distância de reversão o que, eventualmente, poderá contribuir na descoberta de respostas a questões nesta área. Os programas computacionais que utilizam reversões podem ser adaptados ao método. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The problem of sorting finite sequences by reversals is studied in this work using a formal and algebraic approach based on a group of permutations where the operation of the group and the conjugation are used to implement reversals. The approach is general in the sense that it treats generic sequences which can represent structures, used in the specification of a wide variety of relevant problems in computer science and mathematics, among them are included the genomes. A permutation group structure was established on a set of families of sequences in order to apply a reversal on one of this family through the operation of conjugation, where the family and one certain permutation, acting as a conjugator, participate as factors or terms. Moreover, the same reversal may be applied by means the group operation using, as factors or terms, a special conjugator of the family and the same permutation, above mentioned, that served as conjugator. The work proposes a different method of computing resulting in a different way of thinking about the reversal distance problem which may possibly contribute to find answers in this area. Computer programs that use reversals can be adapted for the method.
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Estudo e teste das sequências de modelos em linhas mistas de montagem

Almeida, João Pedro Martins Brandão de January 2010 (has links)
Tese de mestrado integrado. Engenharia Industrial e Gestão. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2010
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Sequência de Fibonacci e uma fórmula para o seu termo geral

Mrás, Ana Maria January 2016 (has links)
Dissertação (mestrado profissional) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas, Programa de Pós-Graduação em Matemática, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2016-09-20T04:59:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 339470.pdf: 396622 bytes, checksum: 6674b54533ca1683079c5d8de0c2be85 (MD5) Previous issue date: 2016 / Neste trabalho mostraremos como encontrar uma fórmula para o termo geral da sequência de Fibonacci. Esta fórmula será encontrada de duas maneiras distintas, inicialmente utilizando a teoria de sequências definidas recursivamente e em seguida utilizando como método resultados de álgebra matricial.<br> / Abstract : In this work we show how to find a formula for the general term of the Fibonacci sequence. This formula will be obtained in two distinct ways, initially using the theory of recursively defined sequences and after that using results of matrix algebra.
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Sobre problemas envolvendo números de k-bonacci e coeficientes fibonomiais

Freitas, Gersica Valesca Lima de 20 September 2017 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, 2017. / Submitted by Gabriela Lima (gabrieladaduch@gmail.com) on 2017-12-04T18:18:20Z No. of bitstreams: 1 2017_GérsicaValescaLimadeFreitas.pdf: 606748 bytes, checksum: 862a9c6c361512e02280e540830d43c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-01-25T15:39:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_GérsicaValescaLimadeFreitas.pdf: 606748 bytes, checksum: 862a9c6c361512e02280e540830d43c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-25T15:39:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_GérsicaValescaLimadeFreitas.pdf: 606748 bytes, checksum: 862a9c6c361512e02280e540830d43c9 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / Os números de Fibonacci possui várias generalizações, entre elas temos a sequência (Fn (k))n que é chamada de sequência de Fibonacci k-generalizada. Observando a identidade F2 n+F2 n+1=F2n+1, Chaves e Marques, em 2014, provaram que a equação Diofantina (Fn (k))2+ (F(k) n+1)2= Fm (k) não possui soluções em inteiros positivos n, m e k, com n > 1 e k ≥ 3. Nesse trabalho, mostramos que a equação Diofantina (Fn (k))2 +(F(k) n+1)2 = Fm (l), não possui solução para 2≤ k < l e n > k + 1. Outra generalização da sequência de Fibonacci s˜ao os coeficientes fibonomiais. Em 2015, Marques e Trojovský provaram que uma condição mais fraca. se p ≡ ± 1 (mod 5), então p † [pa+1 pa] , para todo a ≥ 1.Nesse trabalho, encontramos as classe de resíduos de módulo p, p2, p3 e p4, quando p ≡ ± 1 (mod 5) e sobre uma condição mais fraca. Em particular, provamos que se p é um número primo tal que p ≡ ± 1 (mod 5), então [pa+1 pa] ≡ 1 (mod p). / Regarding the identity F2 n+F2 n+1=F2n+1, Chaves and Marques, in 2014, proved that (Fn (k))2+ (F(k) n+1)2= Fm (k) does not have solution for integers n, m e k, with n > 1 and k ≥ 3. In this work, we show that (Fn (k))2 +(F(k) n+1)2 = Fm (l) does not have solutions for 2≤ k < l and n > k + 1. Another generalization of the Fibonacci sequence are the Fibonomial coe#cients. In 2015, Marques and Trojovský proved that if p ≡ ± 1 (mod 5), then p † [pa+1 pa] for all a ≥ 1. In this work, we also find the residue class of [pa+1 pa] modulo p, p2, p3 e p4, when p ≡ ± 1 (mod 5) under some weak hypothesis. In particular, we proved that if p is a prime number such that p ≡ ± 1 (mod 5), then [pa+1 pa] ≡ 1 (mod p).
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Alinhamento primário e secundário de sequências biológicas em arquiteturas de alto desempenho

Lima, Daniel Sundfeld 19 December 2017 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-04-09T17:54:10Z No. of bitstreams: 1 2017_DanielSundfeldLima.pdf: 12850930 bytes, checksum: 3333336c19d2551133d18cdbd0f7a240 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-04-10T19:40:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_DanielSundfeldLima.pdf: 12850930 bytes, checksum: 3333336c19d2551133d18cdbd0f7a240 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-10T19:40:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_DanielSundfeldLima.pdf: 12850930 bytes, checksum: 3333336c19d2551133d18cdbd0f7a240 (MD5) Previous issue date: 2018-04-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / O alinhamento múltiplo primário de sequências biológicas é um problema muito importante em Biologia Molecular, pois permite que sejam detectadas similaridades e diferenças entre um conjunto de sequências. Esse problema foi provado NP-Completo e, por essa razão, geralmente algoritmos heurísticos são usados para resolvê-lo. No entanto, a obtenção da solução ótima é bastante desejada e, por essa razão, existem alguns algoritmos exatos que solucionam esse problema para um número reduzido de sequências. As sequências de RNA, diferente do DNA, não possuem dupla-hélice e podem dobrar-se, pois seus nucleotídeos podem formar pares de bases. É conhecido na Biologia Molecular que a função dessa estrutura está ligada à sua conformação espacial, e não à composição de seus nucleotídeos. Obter a estrutura secundária (2D) de uma sequência de RNA também exige uma grande quantidade de recursos computacionais, até mesmo para um pequeno número de sequências. Desta forma, as arquiteturas de alto desempenho são muito importantes para a obtenção dos resultados em um tempo factível. A presente tese visa investigar os problemas do alinhamento múltiplo primário e do alinhamento em pares secundário, utilizando arquiteturas de alto desempenho para acelerar a obtenção de resultados. Para o alinhamento primário ótimo de múltiplas sequências, propusemos na presente Tese o PA-Star, uma estratégia multithreaded baseada no algoritmo A-Star que usa uma política sensível à localidade de atribuição de trabalho às threads. De modo a lidar com o alto uso de memória, nossa estratégia PA-Star usa tanto memória RAM como disco. Para o alinhamento estrutural (2D) de sequências de RNA, propusemos o Foldalign 2.5, que é uma estratégia multithreaded heurística baseada no algoritmo exato de Sankoff, capaz de obter o alinhamento estrutural de grandes sequências em tempo reduzido. Finalmente, propusemos o CUDA-Sankoff, que é capaz de obter o alinhamento estrutural ótimo entre duas sequências de RNA em GPU (Graphics Processing Unit). / The primary multiple sequence Alignment is a very important problem in Molecular Biology since it is able to detect similarities and differences in a set of sequences. This problem has been proven NP-Hard and, for this reason, heuristic algorithms are usually used to solve it. Nevertheless, obtaining the optimal solution is highly desirable and there are indeed some exact algorithms that solve this problem for a reduced number of sequences. The RNA sequences are different than the DNA, they do not have double helix, their nucleotides can form base pairs and the sequence can fold on itself. It is known in the Molecular Biology that, the function of the RNA is related to its spatial structure. Calculating the secondary structure of RNA sequences also demand a high amount of computational resources, even for a small number of sequences. The High Performance Computing (HPC) Platforms can be used in order to produce results faster. The current thesis aims to investigate the primary multiple sequence alignment and the secondary pairwise sequence alignment, using High Performance Architectures to accelerate and obtaining results in reasonable time. For the primary multiple sequence alignment, we propose the PA-Star, a multithreaded solution based on the A-Star algorithm using a locality sensitive hash to distribute the workload among the threads. Due to the high RAM memory usage required by the algorithm, our strategy can also uses disk. For the RNA structural alignment, we proposed the Foldalign 2.5, a multithreaded solution that uses heuristics to reduce the Sankoff Algorithm complexity, and can obtain the pairwise structural alignment of large sequences in reduced time. Finally, we proposed CUDASankoff, that obtains the optimal pairwise structural alignment for RNA sequences using a GPU (Graphics Processing Unit).
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Modelagem Matemática no Ensino Médio por Meio de Sequências e Séries Numéricas / Mathematical Modeling in High School by Means of Numerical Sequences and Series

Fernandes Vasconcelos, Claudio [UNESP] 22 August 2016 (has links)
Submitted by CLAUDIO FERNANDES VASCONCELOS null (claudiofv@bol.com.br) on 2016-09-22T16:01:29Z No. of bitstreams: 1 dissertação claudio.pdf: 617700 bytes, checksum: e211c1d55550995ae36fa6c70e080a96 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T18:55:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandesvasconcelos_c_me_rcla.pdf: 617700 bytes, checksum: e211c1d55550995ae36fa6c70e080a96 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T18:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandesvasconcelos_c_me_rcla.pdf: 617700 bytes, checksum: e211c1d55550995ae36fa6c70e080a96 (MD5) Previous issue date: 2016-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho discorremos brevemente a respeito da modelagem matemática como metodologia de ensino e pesquisa e do modo como ela é abordada nos parâmetros curriculares nacionais. Apresentamos vários resultados da teoria de sequências e séries numéricas e, por fim, colocamos algumas propostas pedagógicas utilizando a modelagem matemática juntamente com a teoria de sequências e séries numéricas. O intuito destas propostas é proporcionar a construção do conhecimento matemático nos alunos do ensino médio.

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