Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-08-01T17:23:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) MARIAHIGA.pdf: 10049963 bytes, checksum: ff2b5ffa3cc9e446b2c71e1a5c4995e6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-01T17:23:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) MARIAHIGA.pdf: 10049963 bytes, checksum: ff2b5ffa3cc9e446b2c71e1a5c4995e6 (MD5) Previous issue date: 2011-04-30 / The proposal of this project is to reflect about the results of Socio-discursive Interactionism Theory (SDI), postulated by Bronckart (2007 [1999]) and detected in the compositions written in UFGD vestibular (university entrance exam) writings, in 2010. It was collected 50 compositions of candidates approved in Letters Graduation Course, aiming to scan the typological sequences and enunciative mechanisms. The objectives were: a) analyze the standard phases of argumentative sequences and expositive sequences in opinion articles; b) examine the empirical use of modalizations. The study is based on the National Parameter Curriculum (BRAZIL, 1998) orientations for Portuguese Language teaching/learning as well as Socio-discoursive Interactionism Theory, concerning its central epistemological line and the didactical questions arised from the analysis, as the one defended by Schneuwly & Dolz (2004). The results pointed out to a high level of complete argumentative sequences, if compared to expositive sequences and especially a high level of modalization occurrences in the writings. / O propósito deste trabalho é o de provocar reflexões sobre os resultados da utilização dos aportes teóricos do Interacionismo Sociodiscursivo (ISD) (BRONCKART, 2007) na análise da textualidade de redações produzidas durante o processo seletivo da Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD), no vestibular 2010. Coletadas 50 produções escritas dos candidatos aprovados no vestibular para o curso de Graduação em Letras, nosso objetivo consistiu em mapear as sequências tipológicas tendo como objetivos: a) analisar as fases da sequências argumentativas e das sequências explicativas do gênero artigo de opinião; b) verificar a utilização de mecanismos de modalização. A pesquisa tem como norte as diretrizes apontadas pelos Parâmetros Curriculares Nacionais (BRASIL, 1998) para o ensino/aprendizagem de Língua Portuguesa, além dos aportes teóricos do ISD em sua vertente epistemológica central e as questões didáticas daí advindas, como as defendidas por Schneuwly & Dolz (2004). Os resultados apontaram para uma incidência maior de sequências argumentativas completas, em detrimento de sequências explicativas, sobretudo, alta incidência de modalizações.

As sequências espectrais foram criadas por Jean Leray num campo de concentração durante a Segunda Guerra Mundial motivado por problemas inerentes à Topologia Algébrica. Num primeiro momento, surge como uma ferramenta para auxiliar no cálculo da cohomologia de um feixe. Porém, Jean-Louis Koszul apresenta uma formulação puramente algébrica para tais sequencias, que consiste basicamente no cálculo da homologia de um complexo total associado a um complexo duplo. Concentraremos nosso trabalho nas definições e resultados que nos permitem demonstrar os seguintes resultados conhecidos da Álgebra usando sequências espectrais: o Lema dos Cinco, o Lema da Serpente, Balanceamento para o Funtor Tor, Mudança de Base para o Funtor Tor e o Teorema dos Coeficientes Universais. Apresentamos, ao final do trabalho, uma generalização que nos permite entender melhor os funtores derivados à esquerda: as Sequências Espectrais de Grothendieck. / Spectral sequences were created by Jean Leray in a concentration camp during World War II motivated by problems of Algebraic Topology. At first, it appears as a tool to assist in calculating the cohomology of a sheaf. However, Jean-Louis Koszul presents a purely algebraic formulation for these sequences, which basically consists in calculating a total of homology complex associated with a double complex. We will focus our work on the definitions and results that allow us to demonstrate known results of algebra using spectral sequences: The Five Lemma, The Snake Lemma, Balancing of functor Tor, Base Change for Tor and Universal Coefficient Theorem. We present, at the end of this work, a generalization that allows us to better understand the left derivative functors: the Spectral Sequence of Grothendieck.

As sequências espectrais foram criadas por Jean Leray num campo de concentração durante a Segunda Guerra Mundial motivado por problemas inerentes à Topologia Algébrica. Num primeiro momento, surge como uma ferramenta para auxiliar no cálculo da cohomologia de um feixe. Porém, Jean-Louis Koszul apresenta uma formulação puramente algébrica para tais sequencias, que consiste basicamente no cálculo da homologia de um complexo total associado a um complexo duplo. Concentraremos nosso trabalho nas definições e resultados que nos permitem demonstrar os seguintes resultados conhecidos da Álgebra usando sequências espectrais: o Lema dos Cinco, o Lema da Serpente, Balanceamento para o Funtor Tor, Mudança de Base para o Funtor Tor e o Teorema dos Coeficientes Universais. Apresentamos, ao final do trabalho, uma generalização que nos permite entender melhor os funtores derivados à esquerda: as Sequências Espectrais de Grothendieck. / Spectral sequences were created by Jean Leray in a concentration camp during World War II motivated by problems of Algebraic Topology. At first, it appears as a tool to assist in calculating the cohomology of a sheaf. However, Jean-Louis Koszul presents a purely algebraic formulation for these sequences, which basically consists in calculating a total of homology complex associated with a double complex. We will focus our work on the definitions and results that allow us to demonstrate known results of algebra using spectral sequences: The Five Lemma, The Snake Lemma, Balancing of functor Tor, Base Change for Tor and Universal Coefficient Theorem. We present, at the end of this work, a generalization that allows us to better understand the left derivative functors: the Spectral Sequence of Grothendieck.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, Programa de Pós-Graducação em Informática, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-05-06T16:17:35Z No. of bitstreams: 1 2016_GabrielHelenoGonçalvesdaSilva.pdf: 2295730 bytes, checksum: c2d410a25e9d24795e425e4c29970712 (MD5) / Rejected by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br), reason: A pedido do cliente. on 2016-05-12T17:27:55Z (GMT) / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-05-12T17:33:17Z No. of bitstreams: 1 2016_GabrielHelenoGonçalvesdaSilva.pdf: 2295730 bytes, checksum: c2d410a25e9d24795e425e4c29970712 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-05-16T17:20:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_GabrielHelenoGonçalvesdaSilva.pdf: 2295730 bytes, checksum: c2d410a25e9d24795e425e4c29970712 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-16T17:20:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_GabrielHelenoGonçalvesdaSilva.pdf: 2295730 bytes, checksum: c2d410a25e9d24795e425e4c29970712 (MD5) / A comparação de sequências biológicas é uma operação importante na Bioinformática, que é realizada frequentemente. Os algoritmos exatos para comparação de sequências obtêm o resultado ótimo calculando uma ou mais matrizes de programação dinâmica.Estes algoritmos têm complexidade de tempo O(mn), onde m e n são os tamanhos das sequências. Fickettpropôs um algoritmo que é capaz de reduzir a complexidade paraO(kn), onde k é a faixa decomputação e representa a quantidade de diagonais da matrizefetivamente calculadas. Nessa dissertação de mestrado, propomos e avaliamos oFickett-CUDAlign, uma estratégia paralela que divide a comparação de sequências emmúltiplas comparações de subsequências e calcula uma faixa de Fickett apropriada paracada comparação de sequência (bloco). Com estaabordagem, nós reduzimos potencialmenteo número de células calculadas, quando comparada ao Fickett, que usa uma únicafaixa para toda a comparação. Nossa estratégia multi-bloco ajustável foi programada emC/C++ e pthreadse foi integrada ao estágio 4 do CUDAlign, uma ferramenta do estadoda arte para comparações ótimas de sequências biológicas. O Fickett-CUDAlign foi usadopara comparar sequências reais de DNA cujo tamanho variou de 10KBP (Milhares dePares de Base) a 47MBP (Milhões de Pares de Base),alcançando um speedup de 59,60xna comparação 10MBP x 10MBP, quando comparado aoestágio 4 do CUDAlign. Nestecaso, o tempo de execução foi reduzido de 53,56 segundos para 0,90 segundo. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Biological sequence comparison is an important task in Bioinformatics, which is frequently performed. The exact algorithms for sequence comparison obtain the optimal result by calculating one or more dynamic programming matrices. These algorithms have O(mn) time complexity, where m and n are the sizes of the sequences. Fickett proposed an algorithm which is able to reduce time complexity to O(kn), where k is the computation band and represents the amount of matrix diagonals actually calculated. In this MSc Dissertation, we propose and evaluate Fickett-CUDAlign, a parallel strategy that splits a pairwise sequence comparison in multiple comparisons of subsequences and calculates an appropriate Fickett band to each subsequence comparison (block). With this approach, we potentially reduce the number of cells calculated, when compared to Fickett, which uses a unique band to the whole comparison. Our adjustable multi-block strategy was programmed in C/C++ and pthreads and was integrated to the stage 4 of CUDAlign, a state-of-the-art tool for optimal biological sequence comparison. Fickett-CUDAlign was used to compare real DNA sequences whose sizes ranged from 10KBP (Thousands of Base Pairs) to 47MBP (Millions of Base Pairs), reaching a speedup of 59.60x in the 10MBP x 10MBP comparison, when compared to CUDAlign’s stage 4. In this case, the execution time was reduced from 53.56 seconds to 0.90 second.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2015. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-01-21T13:09:08Z No. of bitstreams: 1 2015_EdansFlaviusOliveiraSandes.pdf: 8651626 bytes, checksum: eb6970a8085ba3a4dc141481620451c6 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-05-15T13:57:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_EdansFlaviusOliveiraSandes.pdf: 8651626 bytes, checksum: eb6970a8085ba3a4dc141481620451c6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-15T13:57:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_EdansFlaviusOliveiraSandes.pdf: 8651626 bytes, checksum: eb6970a8085ba3a4dc141481620451c6 (MD5) / O alinhamento de sequências biológicas é uma das operações mais importantes em Bioinformática, sendo executado milhares de vezes a cada dia ao redor do mundo. Os algoritmos exatos existentes para este fim possuem complexidade quadrática de tempo. Logo, quando a comparação é realizada com sequências muito longas, tais como no escopo do genoma humano, matrizes na ordem de petabytes devem ser calculadas, algo considerado inviável pela maioria dos pesquisadores. O principal objetivo desta tese de Doutorado é propor e avaliar algoritmos e otimizações que permitam que o alinhamento ótimo de sequências muito longas de DNA seja obtido em tempo reduzido em plataformas de alto desempenho. Os algoritmos propostos utilizam técnicas paralelas de dividir e conquistar com complexidade de memória reduzida mantendo a complexidade quadrática do tempo de execução. O CUDAlign, em suas versões 2.0, 2.1, 3.0 e 4.0, é a principal contribuição desta tese, onde os algoritmos propostos estão integrados na mesma ferramenta, permitindo a recuperação eficiente do alinhamento ótimo entre duas sequências longas de DNA em múltiplas GPUs (Graphics Processing Unit) da NVIDIA. As otimizações propostas neste trabalho permitem que o nível máximo de paralelismo seja mantido durante quase todo o processamento. No cálculo do alinhamento em uma GPU, as otimizações Orthogonal Execution, Balanced Partition e Block Pruning foram propostas, aumentando o desempenho no cálculo da matriz e descartando áreas que não contribuem para o alinhamento ótimo. A análise formal do Block Pruning mostra que sua eficácia depende de vários fatores, tais como a similaridade entre as sequências e a forma de processamento da matriz. No cálculo do alinhamento com várias GPUs, a otimização Incremental Speculative Traceback é proposta para acelerar a obtenção do alinhamento utilizando valores especulados com alta taxa de acerto. Também são propostos métodos de balanceamento dinâmico de carga que se mostraram eficientes em ambientes simulados. A arquitetura de software chamada de Multi-Platform Architecture for Sequence Aligners (MASA) foi proposta para facilitar a portabilidade do CUDAlign para diferentes plataformas de hardware ou software. Com esta arquitetura, foi possível portar o CUDAlign para plataformas de hardware como CPUs e Intel Phi e utilizando plataformas de software como OpenMP e OmpSs. Nesta tese, sequências reais são utilizadas para validar a eficácia dos algoritmos e otimizações nas várias arquiteturas suportadas. Por meio do desempenho das ferramentas implementadas, avançou-se o estado da arte para permitir o alinhamento, em tempo viável, de todos os cromossomos homólogos do homem e do chimpanzé, utilizando algoritmos exatos de comparação de sequências com um desempenho de até 10,35 TCUPS (Trilhões de Células Atualizadas por Segundo). Até onde sabemos, esta foi a primeira vez que tal tipo de comparação foi realizada com métodos exatos. / Biological sequence alignment is one of the most important operations in Bioinformatics, executing thousands of times every day around the world. The exact algorithms for this purpose have quadratic time complexity. So when the comparison involves very long sequences, such as in the human genome, matrices with petabytes must be calculated, and this is still considered unfeasible by most researchers. The main objective of this Thesis is to propose and evaluate algorithms and optimizations that produce the optimal alignment of very long DNA sequences in a short time using high-performance computing platforms. The proposed algorithms use parallel divide-and-conquer techniques with reduced memory complexity, whilst with quadratic time complexity. CUDAlign, in its versions 2.0, 2.1, 3.0 and 4.0, is the main contribution of this Thesis. The proposed algorithms are integrated into the same tool, allowing efficient retrieval of the optimal alignment between two long DNA sequences using multiple GPUs (Graphics Processing Unit) from NVIDIA. The proposed optimizations maintain the maximum parallelism during most of the processing time. To accelerate the matrix calculation in a single GPU, the Orthogonal Execution, Balanced Partition and Block Pruning optimizations were proposed, increasing the performance of the matrix computation and discarding areas that do not contribute to the optimal alignment. The formal analysis of Block Pruning shows that its effectiveness depends on factors such as the sequences similarity and the matrix processing order. During the alignment computation with multiple GPUs, the Incremental Speculative Traceback optimization is proposed to accelerate the alignment retrieval, using speculated values with high accuracy rate. A dynamic load balancing method has also been proposed and its effectiveness has been shown in simulated environments. Finally, the software architecture called Multi-Platform Architecture for Sequence aligners (MASA) was proposed to simplify the portability of CUDAlign to different hardware and software platforms. With this architecture, it was possible to port CUDAlign to hardware platforms such as CPU and Intel Phi, and using software platforms such as OpenMP and OmpSs. In this Thesis, real sequences are used to validate the effectiveness of the proposed algorithms and optimizations in several supported architectures. Our proposed tools were able to advance the state-of-the-art of sequence alignment algorithms, allowing a fast retrieval of all human and chimpanzee homologous chromosomes, using exact algorithms at an unprecedented rate of up to 10.35 TCUPS (Trillions of Cells Updated Per Second). As far as we know, this was the first time that this type of comparison was carried out with exact sequence comparison algorithms.

Submitted by Marcos Samuel (msamjunior@gmail.com) on 2017-06-09T13:26:43Z No. of bitstreams: 1 Dissertação PDF.pdf: 1551524 bytes, checksum: 30f8f1699e0e5f9f4e3b58351f1da258 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2017-06-16T14:37:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação PDF.pdf: 1551524 bytes, checksum: 30f8f1699e0e5f9f4e3b58351f1da258 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-16T14:37:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação PDF.pdf: 1551524 bytes, checksum: 30f8f1699e0e5f9f4e3b58351f1da258 (MD5) / O presente trabalho tem como objetivo final apresentar sequências didáticas que propiciem a inserção do ensino da Matemática Financeira no ensino básico brasileiro. Com esta intenção é apresentada uma breve discussão sobre o conceito de letramento financeiro. As sequências são precedidas pela descrição do cenário pedagógico adequado (série e conteúdos necessários para a aprendizagem do conceito financeiro) e pelo conceito financeiro em si como defendido pela literatura técnica da área. São também apresentadas, para cada sequência didática, recomendações e sugestões de práticas que devem ser evitadas ou reforçadas para que o ensino da Matemática Financeira seja conduzido sem a inserção de dificuldades desnecessárias.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-03T12:11:26Z No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T12:11:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Klebsiella pneumoniae é um patógeno Gram-negativo da família Enterobacteriaceae, frequentemente associado às infecções. Isolados clínicos de K. pneumoniae usualmente apresentam resistência a classe dos beta-lactâmicos, devido a produção de carbapenemase do tipo KPC. Além da resistência a todos os beta-lactâmicos disponíveis, a KPC possui alta capacidade de disseminação, pois tem sido descrita em plasmídios associados à transposons (Tn4401). Foi descrita inicialmente nos EUA, e atualmente se tornou uma ameaça global. A sua primeira descrição no Brasil ocorreu em 2006 e desde então sua incidência tem crescido significativamente. Assim, o objetivo desse trabalho foi analisar o polimorfismo genético, determinar o perfil de resistência a antimicrobianos, identificar o plasmídio carreador e a região flanqueadora do gene blaKPC de 165 amostras de K.pneumoniae produtoras de KPC provenientes de doze estados Brasileiros (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ e SC) no período de 2006 a 2010. A confirmação da produção de KPC e identificação da variante alélica foram realizadas por PCR e sequenciamento. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi determinada através de difusão em ágar (CLSI, 2011) e determinação da CIM por Etest® (ANVISA N°1/2010). PFGE e MLST foram utilizados para a análise epidemiológica. Avaliação da região flanqueadora do gene blaKPC foi realizada através de PCR para detecção do Tn4401. A identificação do plasmídio carreador do gene blaKPC foi realizada através de extração plasmidial (Kado e Liu, 1981) e hibridização (Sambrook e Russel, 2001). As amostras foram recuperadas principalmente a partir de sangue (39%) e urina (37%), e todas as cepas produziram KPC-2. Foi observada resistência a ciprofloxacina (95,7%), sulfametoxazol/trimetoprima (84,2%), amicacina (34%) e gentamicina (57%), fosfomicina (7,8%), polimixina B (11%) e tigeciclina (38%). A maioria das cepas se mostrou multirresistente, sendo três resistentes a todas as classes de antimicrobianos testadas. Através de PFGE, encontramos 28 grupos clonais, sendo três mais prevalentes: grupo A (40,6%- ES, RJ, SC e CE); grupo C (23% - CE, DF, MG, GO, PE e RJ); grupo Q (9,7%- AL, ES, DF e PI). Através de MLST, também se observou 28 clones, mostrando boa correlação. Os grupos clonais A/KpRj, C e Q foram designados por MLST como ST437, ST11 e ST340 respectivamente. Através de análise filogenética, observamos três complexos clonais entre nossas amostras: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 e CC758-840. O CC11 apresenta grande importância epidemiológica, pois inclui dois STs que têm desempenhado papel de destaque em relação à disseminação do gene blaKPC: ST258 e ST11 (encontrado em nosso trabalho). O gene blaKPC-2 foi encontrado associado ao Tn4401, isoforma “a” em todas as amostras, e associado à plasmídios em 95,3% das amostras. Desses plasmídios, 92% eram de 40kb (IncN) e 8% de 55kb (IncL/M). Dessa forma, acreditamos que em nosso país esteja ocorrendo a disseminação do gene blaKPC tanto devido a dispersão de um mesmo plasmídio de aproximadamente 40kb do grupo de IncN entre cepas de diferentes STs, como também a disseminação de um mesmo complexo clonal (CC11), onde os clones A-KpRJ/ST437 e C/ST11 tem desempenhado importante. / Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative pathogen belonging to Enterobacteriaceae family, often associated with infections. Clinical isolates of K. pneumoniae usually show resistance to beta-lactams, due to production of KPC-type carbapenemase. In addition to resistance to all beta-lactams available, this carbapenamase has high capacity to spread, since it has been described in plasmids associated with transposons (Tn4401). KPC was first described in the U.S., and nowadays is considered a global threat. The first description of KPC in Brazil occurred in 2006 and since then its incidence has greatly increased. Thus, the objective of this study was to analyze the genetic polymorphism, determine the antimicrobial resistance profile, and identify the carrier plasmid and the flanking region of the blaKPC gene of 165 KPC-producing K.pneumoniae from twelve Brazilian states (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ and SC) in the period of years 2006 to 2010. Confirmation of KPC production and identification of the allele variant were performed by PCR and sequencing. The antimicrobial susceptibility was determined by agar diffusion (CLSI, 2011) and MIC determination by Etest® (ANVISA 1/ 2010). PFGE and MLST were used for epidemiological analysis. Evaluation of flanking region surrounding the blaKPC gene was performed by PCR for the detection of Tn4401. The identification of the plasmid carrying the blaKPC gene was performed by plasmid extraction (Kado and Liu, 1981) and hybridization (Sambrook and Russell, 2001). The isolates were mainly recovered from blood (39%) and urine (37%), and all strains produced KPC-2. Resistance was observed to ciprofloxacin (95,7%), sulfamethoxazole/trimethoprim (84.2%), amikacin (34%), gentamicin (57%), fosfomycin (7.8%), polymyxin B (11%) and tigecycline (38%). Most of the strains showed multidrug resistant pattern, and three of them were resistant to all classes of antimicrobials tested. By PFGE, we found 28 clonal groups, three being the most prevalent: group A (40.6% - ES, RJ, SC and EC), group C (23% - CE, DF, MG, GO, RJ and EP); group Q (9.7% - AL, ES, DF and PI). By MLST, we also found 28 profiles, showing good consistency between these two methodologies. The clonal group A/KpRj, C and Q were designated by MLST as ST437, ST11 and ST340 respectively. Phylogenetic analysis showed three clonal complexes: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 and CC758-840. The CC11 has great epidemiological importance, because it includes two STs that have been playing a prominent role in the spread of the blaKPC gene: ST258 and ST11 (found in our work). The blaKPC-2 gene was found associated with Tn4401, isoform "a" in all samples, and associated with plasmids in 95.3% of them. Of these plasmids, 92% had 40kb belonging to the IncN group and 8% had 55kb (IncL/M). Thus, we believe that our country is experiencing the spread of the gene blaKPC both associated with the dispersion of a single plasmid of approximately 40kb of the IncN group among strains of different STs, but also by the spread of the same clonal complex (CC11), where the clones A-KpRJ/ST437 and C/ST11 has played an important role.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-08-22T17:35:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3173145 bytes, checksum: ba6b5c3212fd93944d2ea7836762358e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-22T17:35:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3173145 bytes, checksum: ba6b5c3212fd93944d2ea7836762358e (MD5) Previous issue date: 2017-03-14 / Este trabalho aborda conceitos de Sequências Numéricas, Progressões Aritméticas e Geométricas. É apresentado um questionário de verificação de conhecimento prévio, essencial para o estudo, e uma proposta de Ensino de Sequências e Progressões para alunos do Ensino Médio. / This work deals the concepts of Numerical Sequences, Arithmetic and Geometric Progressions. It’s presented a prior knowledge verification questionnaire, essencial for the study, and a teaching proposal of Sequence and Progressions for High School students.

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-25T16:23:38Z No. of bitstreams: 1 monique_b_vieira_ioc_bcm_0035_2010.pdf: 3754001 bytes, checksum: e9addb2be437498db04bf586f51fc750 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-25T16:23:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 monique_b_vieira_ioc_bcm_0035_2010.pdf: 3754001 bytes, checksum: e9addb2be437498db04bf586f51fc750 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / Os vírus da hepatite B (HBV) e da hepatite C (HCV) são os maiores agentes causadores de doenças hepáticas crônicas. As vacinas recombinantes contra a hepatite B correspondem ao antígeno de superfície do vírus da hepatite B (HBsAg), formado apenas pela proteína small (S), as quais têm a propriedade de organizar-se em partículas subvirais não infecciosas secretadas em grande quantidade pelas células hospedeiras sendo facilmente purificadas. As partículas subvirais do HBV podem funcionar como uma estrutura carreadora de epítopos de outros agentes infecciosos e devido a essas propriedades, foram construídos plasmídios recombinantes contendo o gene S do HBV, no qual foi inserido uma sequencia de 129bp da região E2 hipervariável 1 (HVRI) do envelope do HCV, através de um sítio de restrição único localizado no interior da região nucleotídica para o determinante a do HBsAg. O objetivo deste estudo é a caracterização desses vetores HBsAg subvirais carregando epitopos do HCV, com avaliação de antigenicidade e imunogenicidade das construções plasmidiais, bem como das partículas quiméricas purificadas em comparação a partículas HBsAg subvirais. Três vetores de expressão em células de mamíferos comerciais, pcDNA3.1D/V5-His-TOPO © , o pcDNA3 e o pCI foram utilizados e os ensaios de transfecção transitória realizados em células de ovário de hamster chinês (CHO) e/ou células hepáticas de linhagem contínua humana (HuH7). A avaliação da presença de uma cauda de poli-histidina fusionada ao HBsAg foi realizada em construções utilizando como vetor o plasmídio comercial pCI. Os sobrenadantes e extratos celulares obtidos das transfecções transitórias foram analisados quanto à detecção de HBsAg por ensaios imunoenzimáticos. As proteínas recombinantes obtidas foram pré-purificadas por colchão de sacarose 20%, caracterizadas por eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante (SDS-PAGE) e Western-Blot e os ensaios de imunogenicidade foram realizados em camundongos BALB/c de 4 semanas. Os níveis de expressão transitória de partículas HBsAg subvirais expressas nas células CHO e HuH7 foram duas vezes menores utilizando o vetor pCI contendo a sequencia para poli-histidinas em comparação com o vetor pCI comercial. O perfil em SDS-PAGE evidenciou duas bandas protéicas de 30 kDa e 24 kDa, presentes somente nos sobrenadantes das culturas transfectadas transitoriamente e não nos controles negativos. Tais bandas foram reconhecidas em Western-Blot, por um anticorpo monoclonal anti-HBs específico para a proteína S, corroborando a antigenicidade da proteína HBsAg quimérica (30kDa) e não quimérica (24kDa). Os ensaios de imunogenicidade em camundongos BALB/c demonstraram que a vacinação com as construções moleculares contendo o gene HBsAg (pCI-SAa) ou a sequencia quimérica HBsAg/HCV (pCI-SAaHCV) foi capaz de elicitar uma resposta imune humoral, com uma detecção de anticorpos anti -HBs cerca de 3 e 400 vezes, respectivamente, maior do que detectada nos camundongos imunizados com as partículas HBsAg subvirais obtidas pelas mesmas construções plasmidiais. O desenvolvimento dessa tecnologia se torna uma ferramenta útil para a produção de vacinas bivalentes, como insumos para testes de diagnóstico ou ainda como agente terapêutico / The hepatitis B virus (HBV) and hepatitis C virus (HCV) are the major causative agents of chronic hepatitis disease worldwide. The HBV recombinant vaccines are composed of the HBV small (S) envelope protein(HBsAg).These particles have the capacity of self-assemble into virus-like particles (VLPs), which can be produced in large quantities and are easily enriched and purified. Nevertheless, the HBsAg subviral particles may be used as a carrier for foreign epitopes. Due to this property we have constructed HBsAg recombinant plasmids from a HBV isolate of genotype A, subgenotype A1, which we have used to insert epitopes of the E2 hypervariable region 1 (HVR1) from HCV envelope protein, using a natural unique restriction site located into the a determinant of S region. The aim of this study is to characterize these chimeric subviral HBsAg vectors carrying HCV epitopes, to evaluate the antigenicity and immunogenicity of molecular constructions, as well as, the purified chimeric particles compared with HBsAg subviral particles. The chimeric HBsAg/HCV and wild type HBsAg sequences were cloned into three different mammalian commercial vectors, the pcDNA3.1D/V5-His-TOPO©, pcDNA3 and pCI. Transient transfection assays were carried out in Chinese Ramster Ovary (CHO) and Human Hepatoma (HuH7) cell lines. The evaluation of a poly-histidine tag fused to HBsAg sequence was performed using pCI vector constructions. The detection of HBsAg from medium and cells extracts of the transient transfection cell lines were analysed by immunosorbent assay. The recombinant proteins were partially purified by 20% sucrose cushion, characterized by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) and Western-Blot analysis. The immunogenicity assays were performed with Male 4-week-old BALB/c mice. The expression patterns of HBsAg particles expressed by CHO and HuH7 cell lines were 2-fold lower in pCI vectors fused with a poly-histidine tag than commercial pCI vectors. The SDS-PAGE profile showed two protein bands of 30 kDa and 24 kDa at culture medium of transfected cells, which were absent at negative controls. These bands were detected in Western Blot assay, using a specific anti-HBs monoclonal antibody S protein, and corroborates the chimeric HBsAg (30 kDa) and wild type HBsAg (24 kDa) antigenicity. The immunogenicity assays performed at BALB/c mice showed the vaccination with molecular constructions, containing the HBsAg wild type (pCI-SAa) or chimeric HBsAg/HCV (pCI-SAaHCV) sequences, were able to elicit a humoral immune response, with anti-HBs antibodies titers about 3 to 400-fold higher than detected in mice immunized with wild type and chimeric HBsAg/HCV purified particles, obtained with the same molecular constructions. This study has practical applications, such as the development of bivalents vaccines, therapy, as well as, diagnosis fields.

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 irene_maldonado_ioc_mest_2014.pdf: 2979010 bytes, checksum: bfe0d09b07b55892192e2875ed4d25d1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O genótipo TcI é a subpopulação de Trypanosoma cruzi mais amplamente distribuída no Brasil e nas Américas, tanto em relação ao número de espécies hospedeiras quanto à sua distribuição geográfica. Classicamente considerado como sendo homogéneo, estudos mais recentes vem demostrando o contrário na medida em que na Colombia já se descreveu a heterogeneidade desta população. Inclusive uma subpopulação denominada TcDOM, associada ao ciclo doméstico naquele pais. Com o objetivo de estudar a variabilidade genética do T. cruzi I, trinta e três amostras isoladas de espécies do gênero Didelphis, provenientes de quatro biomas do Brasil, foram analisadas mediante árvores filogenéticas, usando quatro genes constitutivos e utilizando a técnica de Tipagem por Sequências de Multilocus (MLST). As espécies do gênero Didelphis se caracterizam por seus hábitos silvestres/sinantrópicas, por serem nómades, amplamente distribuídos por todos os biomas do Brasil e ecléticos, tanto em relação aos habitats que podem ocupar quanto à alimentação, ou seja expostos a todos os ciclos de transmissão Por estas características e por ser um dos hospedeiros mais antigos deT. cruzi foi escolhido como espécie hospedeira para a análise. Os resultados mostraram a existência de uma micro heterogeneidade presente nos isolados examinados, onde a maior diversidade foi observada no bioma Amazônia e a menor diversidade no bioma Caatinga. Observou-se uma correspondência entre a diversidade genética de T cruzi I e a diversidade faunística das áreas onde foram realizadas as coletas correpondentes a cada bioma. O gene LYT1 apresentou o maior número de sitios polimórficos nos isolados de T cruzi I, corroborando que ele constitue um gene recomendável para estudar variabilidade em TcI. O gênero Didelphis confirmou sua competência como bioacumulador da diversidade da DTU TcI de T. cruzi / cI genotype is the most widespread subpopulation of Trypanosoma cruzi in Brazil as well as in the Americas. This is so, in terms of the number of host species as well as of its g eographic distribution. Traditionally considered as homogeneous, this genotype has been shown by recent studies not to be so, since in Colombia its heterogeneity of population has already been described. This includes the so called Tc DOM , which is linked t o the domestic cycle in that country. In order to study the current genetic variability of T. cruzi I , thirty three samples isolated from species of the Didelphis spp genus adquired from four different biomes of Brazil were analyzed by means of phylogeneti c trees using four constitutive genes and the Multilocus Sequencing Typing (MLST) technique. Species of the Didelphis genus are characterized by their silvatic/sinanthropic habits, for being nomads that are widely distributed across Brazil, and for being e clectic in terms of their habitats as well as their feeding; i. e. exposed to all the transmission cycles. Because of these traits and also for being one of the most ancient hosts of T. cruzi they were selected as the host species for analysis. Results sho w the existence of a micro heterogeneity in the examined isolates, where the highest diversity was observed in the Amazonia biome, and the lowest in the Caatinga biome. A correspondence between the genetic diversity of T cruzi I and the faunal diversity of the areas where the corresponding captures took place. The gene LYT1 displayed the highest number of polymorphic sites in the T cruzi I isolates, corroborating that it constitutes an adequate gene for studying the variability of TcI. The Didelphis genus c onfirmed its aptitude as a bioacumulator for the diversity of the DTU TcI of T. cruzi .